5M2VA

Structure of gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with (2s,4r)-4-(2-carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid at 3.18 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
253
structure length
251
Chain Sequence
b'TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
publication title Design and Synthesis of a Series of l-trans-4-Substituted Prolines as Selective Antagonists for the Ionotropic Glutamate Receptors Including Functional and X-ray Crystallographic Studies of New Subtype Selective Kainic Acid Receptor Subtype 1 (GluK1) Antagonist (2S,4R)-4-(2-Carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 72
structure length 251
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA02
1M5EA 2O1LA 1ZJLA 2Q8JA 4K3FA 5CI5A 3TKDA 4UA8A 1US4A 4GD5A 4N07A 2VOZA 3LSLA 3MP6A 4U4SA 2Z8DA 3V89B 5AA2B 3MVWA 1MQGA 4IO7A 5FHNA 3TZAA 3T9XB 2NOOA 3PD8A 2F6PA 3M8UA 1D3KA 5I2KB 1XOCA 1XC1A 3OEMA 3HSTA 1M5BA 2AYSA 5DVFA 2FYIA 3K1PA 1ELJA 4QSDA 2ZYNA 3R6UA 3OEKA 1FW0A 3Q25A 2QS2A 3ILUB 3JYRA 4U23A 3GZGA 4R6KA 1B0LA 4OYVA 4XXUA 4H65A 4PFTA 2NVUB 4G2ZA 3FXQA 5CMCA 2B65A 3T96B 2HZKA 4U22A 1JW1A 3GLBA 1B4ZA 4F3GA 2DWHA 1US5A 4LZ5A 4FJPA 3VVDA 3UA8A 3FASA 1FTLA 3ZSFA 2UYEA 3MVZA 3IB0A 3IB1A 4GWOA 3RPWA 2RINA 4M1VA 4FIMA 1DMBA 1LAGE 1J1NA 1USYE 2O7IA 1N76A 4LUBA 1POTA 1UIVA 5BUUA 3M3LA 5I58B 3RNNA 4IY5A 3EQ1A 2PVUA 2I4CA 2O1MA 2Y7RA 3MJNA 4KYEA 4DCYA 4WEPA 4RYAA 4OESA 3N6UA 4RA1A 3UK4A 3QAXA 2W7YA 4LZ7A 3EHTA 1PBPA 4POXA 2DQVA 3KZGA 3PGFA 1B3LA 4XTCQ 3G7WA 3U72A 3PMXA 3T9HB 4F1UA 1NH7A 2UXAA 4PE5B 2HAUA 3RN8A 3Q29A 4GF8A 2DE4A 4R9GA 4I9DA 1S50A 2F97A 1IQ7A 1PC3A 3KEIA 4JWOA 1NMUA 2O7UA 2P1SA 1JNFA 3OOAA 2IA4A 4FECA 4UACA 3ECRA 5AA2D 1PDAA 4KQPA 1FQBA 1BIYA 4ELQA 5ICTA 1SI0A 3O97A 3R26A 4QFOA 4YMAA 1WDNA 4MBPA 2HFBA 3QUFA 1B58A 4L17A 5BWJA 4GVOA 2RCBA 4GXSB 1FTOA 1AL3A 4IO2A 2I3VA 1HSEA 1LFGA 1QUKA 4OEVA 5A5XA 2FA7A 4PQJA 1H44A 3C33A 2PBWA 3HV1A 3THIA 5ITPA 1FTJA 2Y84A 2Y7KA 1EZPA 4JB7A 4OQOA 3GXAA 3N26A 2QMXA 3C31A 3C4MA 4THIA 1LB9A 3QSLA 4Q0CA 5I2NA 2AL4A 2X26A 4G68B 2XXXA 4E0WA 5H8HA 4DCXA 2I4BA 2XD3A 5AA2A 4YKJA 5AA4A 1IZ1A 2M8CA 4FEBA 1PB8A 4ZZEA 4YAHX 4DE8A 5L9SA 3VFJA 5K2YA 1FQFA 2H98A 1YTVA 2A5TB 1EU8A 3KN7A 4H8JA 4ZEFA 5AA1A 2XXQA 5DT6A 2O84X 3V83A 5H8QA 4DXCA 4AB5A 3H06B 2V3QA 2XXYA 3IR1A 1LFHA 2XXPA 5I57B 3PPNA 4TOZA 4NF6A 4RJZA 2ABHA 3IJOB 3KN3A 4U21A 4JXIA 2F7BA 1XS5A 3IX1A 3DP8A 3MVXA 3OMBA 1TT1A 1NNFA 3CFLA 3OO8A 1GTKA 4YZZA 4N13A 3TUSA 4RK2A 1MY4A 4XKRA 1JVXA 3MBPA 4KCDA 4ESWA 4O3AA 2REGA 2CZLA 2I6EA 1IXCA 3MAMA 1MQDA 2RC8A 3MPLA 2H99A 3PUYE 1WVJA 5DYHA 3FVKA 4G8MA 2AIXA 3N5LA 5I56B 3HN0A 1B1XA 3N6TA 4NE4A 2XXIA 2ZNUA 4IO5A 5KDTB 2OWSA 4FEDA 3ILTB 4PETA 4DIGA 4YB6A 2I58A 2B3FA 4EQ7A 1OQHA 1UTBA 4YKIA 4QFPA 3CG3A 3H6UA 2ZYKA 3OO7A 3FVOA 4Q8RA 3CI8A 3KBRA 4BLAA 3SEWA 2PMSA 1USYH 3JZJA 1P1WA 3H7MA 1Y3QA 2HCAA 1Y3PA 3TQWA 1QULA 3RT8A 2ALUA 3VXBA 2YLNA 4BDRA 1MPDA 2LAOA 3VLWA 3KJ7A 2B3BA 3K6VA 4JDFA 3TTNA 2XXVA 1ZIUA 4QHQA 4YB5A 5H8FA 3U92A 2HQ0A 3HPIA 3PPRA 2DVZA 4I8CA 1MY2A 1AH5A 1B4HA 3VLVA 2X7QA 1MQJA 3P7IA 1ANFA 2RC7A 1B5JA 3MZBA 2XHDA 2WKYA 1B7UA 5CMBA 2ESNA 4RK9A 5AA3A 2DXRA 3ONMA 3SDFA 2R6GE 1ATGA 4HW8A 5AE4A 1IXHA 2ZYOA 1A7LA 3O29A 3PD9A 2I0BA 4AQ4A 2E1SA 1SDXA 4WKMA 3S4UA 1POY1 5JTYA 4NF8B 5CM6A 3E13X 2Q9TA 1B7ZA 4GLIA 5TPAB 2VP1A 3ODBA 1MY3A 1VE4A 1Y20A 4NMYA 1B0HA 4EF1A 4DZ1A 3B6WA 1UIUA 1UQWA 1PB9A 1XT8A 5JK4A 2F8DA 4F3BA 3SEYA 3C35A 1LBCA 3T9UA 3GBBA 4IO4A 4NWCA 2V84A 3CSGA 1N7XA 3DP6A 4KD5A 5J1DA 3PU5A 5FHMA 5CC2A 3CR9A 3HHFA 3H3GA 2F7AA 5I84A 5KCJA 4EUOA 1B3EA 5DEXA 4QF9A 4YB7A 4JBZA 3A3UA 2CMOA 1URSA 3VE1B 4M4GA 1NNTA 3IJXB 4NF4A 1TXFA 2QPQA 3CFZA 1SW5A 2OZZA 3UP9A 3V5AA 3USDA 4P0IA 1A54A 2ZMBA 4KPTA 3VV5A 4G68C 3C36A 1DSNA 1PB7A 4ESXA 3PMWA 1OLCA 3KGCA 1F9BA 3SEUA 3T9VA 2X7PA 4QFKA 3PUZE 4U2RA 2UVJA 1LSTA 1NNPA 1FTKA 1MRPA 4ZECA 1TWYA 1IXIA 1DOTA 2QL3A 1ZBMA 3O6GA 2Q2CA 1EZ9A 4R73A 1BP5A 2ONKE 3K0VA 2O69A 3PPPA 1D9VA 1LBBA 2F36A 3U1OA 1MM6A 5TP9B 4DLDA 5CMKA 4H0WA 2DSFA 2Z23A 3EHUA 2XX8A 5HBCA 2VD3A 2Z8EA 3ZS6A 1EZOA 3T22A 2NUVA 4G8NA 4TQUQ 3H6WA 4RY1A 2DE3A 1UTHA 1GR2A 2Q89A 1YAEA 3K2DA 2F5XA 1EH3A 3T66A 2OK2A 4C0RA 1LAXA 2NXOA 4F19A 3S9LC 3DP4A 1MQHA 4OETA 3IAZA 4AB6A 3OELA 3OXNA 3BBRA 3FV1A 3O6IA 3CIJA 4R75A 3OSRA 1LCTA 1Y1ZA 1P1UA 4NTLA 3DELB 4NF5A 3B7DA 3VLUA 2DOJA 3FGSA 5B7DA 2OWTA 3Q27A 2XD2A 1DPEA 3IOTA 4R74A 3I5OA 3K6WA 1MPCA 3B6TA 4F3SA 1OMPA 3FJGA 2XXWA 3PUXE 1BTJA 2V3TA 4ZE8A 2XXRA 2F6GA 1M5DA 3A3CA 1H43A 2I48A 3B6QA 4POWA 1I6BA 4Q5TA 3H03A 3C9HA 2YJPA 2Y7WA 4F18A 1XVXA 5K2XA 2Y7PA 4RXLA 1QJMA 3IOUA 1SVXB 3KJTA 1SD3A 1VSOA 1Y4CA 5CRYA 4G4PA 3OD7A 2DWIA 4GXAA 4ZZAA 4DXUA 4DXBA 4KYDA 4OZ9A 3PPOA 1MXZA 1RYOA 1SYIA 3UIFA 2REJA 3VVFA 4PFYA 5H8NB 1SI1A 3TODA 4XKPA 1SQYA 2OBGA 1IEJA 3E9XA 5FTIA 4F1VA 3TQLA 1OIBA 1MG1A 4BDLA 4E0XA 2ONRA 4HCWA 5ELVA 3RLFE 5I2KA 1AMFA 1ZU0A 3MWBA 1IXGA 1URDA 1B3HA 3MP8A 3CVGA 3LBSA 4Z0IA 1B9JA 3G3KA 4G8HA 3TTLA 4YMBA 3FIRA 3M3KA 3CFXA 1D4NA 1B2HA 3M3FA 3BFTA 3TPAA 4MLVA 2DVCA 4X48A 3TDJA 3L6GA 1OVTA 2QSXA 1QVSA 4FORA 1P1OA 4O3BA 3WAEA 1SW4A 3D4GA 2D5WA 4LZ8A 1JQFA 4PP0A 3N94A 4R2FA 5EHMA 2F78A 4H5FA 1FQDA 1MS7A 3IO6A 4U4XA 2O6AA 4OENA 5I58A 3U93A 3FVGA 4QRZA 3SEXA 1B32A 5TP9A 1OQGA 3FD3A 1MQIA 4TLLB 1N7WA 5DVJA 4ND9A 5FHOA 1O63A 2F7CA 2R9JA 4MFIA 1Q35A 1I6QA 5M2VA 4Q30B 4IO6A 1FTMA 3TELA 4F29A 3K4UA 4F2OA 1MH3A 1Y9UA 1ZKBA 2RC9A 3O66A 2PX1A 4HTGA 4R6YA 3O9PA 1M5CA 5EHSA 1JETA 3QIMA 3FUZA 1DTGA 4YICA 1MXWA 5I59B 1BLFA 4F31B 3V8XB 3QXMA 2F34A 4OVJA 1Z7NE 1B6HA 2P2AA 4HS7A 3RGYA 4BDMA 3DM0A 5FTHA 4ZDMA 1B1HA 1B7HA 5ISUA 2H9BA 4R6HA 2ANJA 3FVNA 1O64A 2GHBA 4KFQA 1CB6A 1FQAA 2NWJA 3MC2A 4QSCA 4GQOA 1SW2A 1OLAA 1IIWA 1LB8A 1N84A 4H6DA 3TCFA 5JEIA 5EYFA 1QW0A 2UYFA 4JSOA 4OFOA 4GRKA 4U1OA 1A8EA 1ZTYA 3H4ZA 3MUQA 1A99A 4X1DA 4ZS9A 1A8FA 3ZKLA 4EXLA 2UVHA 4GOTA 1I6AA 3PUVE 4BDQA 1LAFE 3WAFA 2I49A 4P11A 4N6PA 4G68A 3RTFB 5A5XB 3VXCA 3OENA 3TTMA 3DLNA 4XKQA 2DYXA 2Z22A 3EN3A 2V93A 1R6ZA 3KSXA 2A5TA 2FNCA 3K01A 2F35A 4WXJA 4MH5A 3SESA 4F1YA 2H5YA 5I2NB 4GIZA 3TCHA 3PUWE 2ZNSA 2UVIA 1DPPA 4IB2A 2GFEA 5H8HB 1TFDA 1NL5A 3MW0A 4FE8A 5AA4B 4LATA 5I57A 4ZEDA 3FV2A 2XX9A 4OHNA 3T93B 4MF3A 3TMGA 1MH4A 3H6VA 1NH8A 4IGRA 3U94A 1S7YA 4XIGQ 4GL8A 1MXUA 4JWYA 4PFWA 4KR5A 4Z7EA 1LFIA 5ICQA 4QFLA 5H8QB 3LSXA 3R7XA 3EHSA 1MM7A 3K1MA 4TLMB 4NF6B 3FZVA 3TEPA 4F39A 3LSFB 4LA9A 4R2BA 3KFMA 4OWDA 1JW5A 4NEDA 3IK6B 1BKAA 5I56A 2YPNA 3LR1A 1URGA 4OFLA 2PYYA 5KDTA 3EPEA 2QRYA 4KCCA 3OO9A 3LUYA 5HM4B 3KG2A 1SW1A 1SYHA 1B5HA 1FCKA 3L6HA 2Z8FA 3CRBA 3IOVA 3K6XA 4BDNA 4RPNA 1MXYA 2HAVA 1OVBA 3I6VA 3K1NA 1R1NA 1PBQA 4LONB 1AOVA 2XXHA 2VHAA 1T0KA 1B40A 4R72A 5IKBA 2THIA 1HSLA 1IUDA 3MP1A 2QS1A 3FXUA 5I59A 1MDP1 1UTBB 1VR5A 1M5FA 4KHZE 4HCYA 2HEUA 4IY6A 1XHYA 4I1DA 2RCAA 2VGQA 3W9WA 1YPNA 3S9EA 3HCQA 3S2VA 5CBSA 5IAIA 4ECFA 5LOMA 4EQBA 3MPKA 3RT6B 3RY3A 4O3CA 3W15C 3KN8A 4ZEBA 4EDPA 5L9OA 5KZTA 3G3FA 2ZYMA 3MZ1A 3G3GA 3S9NC 4F3PA 2XX7A 3Q28A 3FJMA 2ONSA 2D3IA 1MPBA 5HPQA 5H8FB 4LVQA 4ZE9A 1LAHE 1GVCA 3MQ9A 5F7VA 3TYHA 3SETA 3O2AA 1JVYA 4MLQA 2ZNTA 3D4CA 1IITA 2DXYA 4F2QA 4NWDA 3F11A 1B05A 2PT1A 1MY1A 1B3GA 3RTWB 4NF8A 5H8SA 3TTKA 2R71A 4U1ZA 5TPAA 1JEVA 2Q88A 1XVYA 4LQ2A 4ONYA 4ELPA 4EXKA 1FQCA 3OSQA 3O6HA 1N3WA 1NFTA 3HO7A 4R9FA 4OEUA 1H76A 1ZLQA 3RQTA 2D21A 2GH9A 4H1XA 1Y1MA 3UORA 1RYXA 1LGBC 5JTYB 4I62A 2DP8A 2QS3A 2QMWA 4OMBA 3S9MC 2DE2A 2OLBA 4OERA 4LP2B 1Q1KA 3EF7A 1H3DA 3FATA 1MDQA 4FATA 3CSBA 4C1TA 2H4IA 3SEVA 1II5A 4GL0A 1GGGA 1PEBA 2BJJX 1S9TA 2O51A 3I3VA 1JW4A 3E3KA 4OFJA 5F1QA 5KCJB 4P0GA 4ELOA 5DEXB 4X1BA 1L5TA 2QJEA 2I3WA 3W9VA 3FJ7A 2KLFA 1YCJA 3TTRA 4NF4B 3E4RA 2ZXTA 3TFLA 3PPQA 1A55A 2Y7IA 2O68A 2OJTA 2VD2A 3O28A 4F22A 5ITOA 3KOSA 1VFEA 4ZEKA 2V25A 3H6TA 1TFAA 3G3HA 1FQEA 3FXRA 4PFUA 4BDOA 2IEEA 1B51A 2AL5A 4ELRA 2DS9A 3BFUA 4YKKA 2G29A 4JSDA 3PV0E 1Y4TA 4C1UA 1GV8A 1O7TA 4H5GA 1NKXA 3Q26A 4EF2A 3C32A 4H8IA 2P0SA 5TU0A 4FAJA 2Q2AA 3IOWA 2HXWA 3K00A 4KI0E 2I0CA 3K6UA 1QKBA 4LQ5A 1P1NA 1RKMA 1MXVA 5DVIA 3IL1B 3JV9A 3LC8A 3UGWA 3KOTA 3IB2A 3AXFA 1CE2A 4QFNA 4RPOA 3VVEA 1LCFA 4JWXA 4XKNA 2XXTA 2HZLA 2G93A 4H67A 1D9YA 4X9TA 2XXUA 3QUJA 1UTHB 4IGTA 1A40A 3RUMA 1JEUA 3G3IA 2OCUA 1VFDA 1SBPA 2QS4A 3MVYA 2UVGA 1KWHA 2PT2A 2DWJA 4QSEA 3A09A 1B3FA 2DWAA 3SERA 3HHGA 1QUJA 4OTEA 3C34A 1MY0A 3SKPA 4NF5B 1R9LA 1H45A 4IO3A 1HSJA 3OO6A 4G77A 4WEDA 2V3UA 3ZKKA 4KYSA 3IO4A 3UN6A 4YKPA 2H25A 3TAJA 1B5IA 4YU0A 1LLSA 3G3JA 1Z7ME 1AIVA 2RF1A 3QYTA 3VDFA 3LSWA 1ZMGA 4EQ9A 1QKAA 1WODA 1QUIA 1R9QA 1Y3NA 3PMVA 1B52A 4RNSA 5CBRA 3K02A 2GRVA 3MZ9A 5DTBA 2RKMA 3IORA 3KSJA 3BKIB 5H8NA 3QK6A 5B70A 1I69A 3GBAA 1DTZA 1B46A 4GFRA 2E0SA 5L8DA 1P1QA 3TCGA 2A5SA 1N0TA 4ISUA 5CMMA 1NNKA 1N04A 2GHAA 3U8QA 4OXVA 4ZEIA 5L9MA 1N3XA 1P99A 4DDDA 1MXXA 3CG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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