5M2VA

Structure of gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with (2s,4r)-4-(2-carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid at 3.18 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
253
structure length
251
Chain Sequence
TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design and Synthesis of a Series of l-trans-4-Substituted Prolines as Selective Antagonists for the Ionotropic Glutamate Receptors Including Functional and X-ray Crystallographic Studies of New Subtype Selective Kainic Acid Receptor Subtype 1 (GluK1) Antagonist (2S,4R)-4-(2-Carboxyphenoxy)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
total genus 72
structure length 251
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5m2vA02
2W7YA 4GVOA 1LB8A 1VR5A 4GQOA 4K3FA 4QSEA 3MZBA 2PMSA 4TQUQ 4F1UA 1UTBA 5F1QA 1H44A 1PB9A 3KGCA 1B7HA 4YB7A 4EQBA 3CG3A 3Q25A 5KZTA 3IB1A 2ANJA 3FV2A 3UK4A 2E0SA 5H8NA 3PUXE 3A3UA 4F3SA 3JYRA 4ZECA 3Q27A 1LBCA 2DYXA 2GHAA 4I1DA 5L9OA 2Q89A 2DE3A 2DSFA 2XX8A 5TU0A 3MQ9A 3RTWB 3ZKKA 3EHUA 3K4UA 1H43A 2DXRA 2X7PA 3MJNA 3KN7A 4P0IA 4U1ZA 5K2YA 4KCDA 4H8IA 4IGRA 2H98A 3OELA 3P7IA 2O1LA 4OVJA 5JEIA 5L8DA 2F7CA 3MW0A 1AL3A 4EXLA 4DCXA 3FIRA 1FQFA 4DE8A 5B70A 4XIGQ 1B1XA 4OWDA 5CMKA 1VFDA 4G68C 1M5DA 3VFJA 3MUQA 4LQ2A 3VDFA 5EHSA 3MPKA 2G93A 2H25A 4N07A 2NOOA 4DZ1A 5AA4B 4JB7A 1IIWA 3UP9A 4RYAA 1IQ7A 2QMXA 4QF9A 3G3IA 4LZ7A 1LFGA 1D9YA 1H3DA 3HO7A 3N6TA 3CG1A 1UTHA 4NWDA 4MLVA 2O7IA 4WEPA 2Z22A 1PB8A 1ZTYA 5FHOA 4C1UA 1M5EA 4R2FA 2A5SA 5KCJB 4Q0CA 3OO6A 1LB9A 1EU8A 2ZYMA 3GLBA 1P99A 1N7WA 1TWYA 1B3EA 2UXAA 4IGTA 2PT2A 3PUWE 1T0KA 2Y7KA 1URGA 4YICA 2IA4A 1BP5A 3DELB 3SEWA 3IO4A 4LA9A 3E3KA 4FEDA 3SERA 2XD3A 2ABHA 3LSWA 3OSQA 5AA2D 1URDA 2D3IA 2D21A 5BUUA 1R1NA 3O2AA 3MVWA 3U72A 1IUDA 4YB5A 4NF5B 1B6HA 5DTBA 3OO7A 5CBSA 2GHBA 4H5GA 4JWOA 2PVUA 4GWOA 5TPAA 1BIYA 2UYEA 5HM4B 4DLDA 3CFLA 2F35A 5H8SA 5HPQA 4U23A 3B6QA 3B6TA 3G3GA 3H03A 4ZE8A 3RNNA 1QKAA 4EF2A 4ESXA 1BLFA 4POWA 3E9XA 4ZEIA 3TQLA 1LLSA 1Z7NE 4ISUA 1YAEA 1B4HA 1I6QA 1TFAA 4IO5A 3MPLA 4MBPA 4QFPA 3FGSA 1P1UA 1OIBA 3PUVE 4ND9A 5ICQA 4XKRA 1EH3A 3OO9A 1FQCA 4YKPA 3SEUA 3VXCA 4BDRA 1JVXA 4DXUA 4ELRA 1MM7A 2R71A 3T66A 4EQ9A 1R6ZA 1NNKA 1QKBA 1QVSA 2VP1A 2Y7IA 3TCGA 3C32A 3UGWA 5ELVA 4ZZEA 1N84A 3C4MA 1FQEA 1XVYA 4R9GA 3FJMA 5A5XB 1B5HA 4QFNA 4JXIA 5CM6A 1P1NA 2F36A 2XXTA 3KJ7A 4PFYA 3U94A 4BDOA 4F19A 1EZOA 1SW2A 2XXPA 4U21A 4ZDMA 1VSOA 2NVUB 3CSBA 3ECRA 1Y4TA 1Z7ME 2REGA 3ONMA 1PC3A 1USYH 4YB6A 1LFIA 1O7TA 1ELJA 3O28A 4IO6A 4IY5A 3T22A 3C35A 3OEMA 1XS5A 3W9WA 4ZEDA 3R7XA 3RUMA 2P1SA 5AA3A 1CB6A 1J1NA 3LSXA 3PMWA 2Q2AA 1IZ1A 3PV0E 3MP6A 4THIA 4WEDA 3SEYA 5I59B 3CI8A 4G77A 2NWJA 4JBZA 1I6BA 3FXQA 2IEEA 3K2DA 4F39A 2RC9A 2ALUA 4IO4A 2P2AA 3FXUA 3Q28A 1SW1A 1GGGA 2I0BA 3SETA 3QSLA 2H5YA 4BLAA 3SESA 1PBQA 2ZXTA 2ZYOA 2PBWA 5B7DA 1MY3A 1B4ZA 1ZIUA 2Q88A 3MWBA 5I56A 4QRZA 4HW8A 2AYSA 4IO2A 1MQGA 4RA1A 3MVYA 1YTVA 5DT6A 2HCAA 1DTZA 5LOMA 4KQPA 4HCWA 3O9PA 1D3KA 1MS7A 3OEKA 4GRKA 2XXVA 2Z8EA 3LR1A 4DXBA 4YU0A 1SYIA 1MQIA 3TUSA 2BJJX 2V84A 1HSEA 1ZKBA 3IOUA 4OXVA 1LGBC 1JQFA 2Y84A 3RQTA 3EHSA 1NH8A 1PEBA 1AOVA 1POY1 1B5IA 3B7DA 1HSLA 3KBRA 4EDPA 2I3WA 1UIUA 2XD2A 3WAEA 1MXXA 2XXIA 2GFEA 4IO7A 4OERA 3IOVA 2Q9TA 2O69A 5F7VA 2AL4A 1L5TA 3ZSFA 3VV5A 5I2KB 4C1TA 4F3BA 1MG1A 1ZU0A 4O3BA 3G3HA 1KWHA 3O6GA 3SEXA 5AA1A 2NUVA 1B7UA 4QHQA 1YCJA 5ITPA 4KPTA 5FHNA 2DWIA 1LAFE 2OZZA 2G29A 3OO8A 2XXHA 3S2VA 3TPAA 4E0XA 3FATA 2R6GE 3K1MA 1FTKA 1S7YA 3QIMA 2DE4A 1R9QA 1B51A 3SEVA 4EUOA 4YKJA 4U4SA 4NF6B 3I5OA 3TELA 2V3UA 4G2ZA 4OFOA 4FORA 1WDNA 1MPCA 1Y20A 4I8CA 4BDLA 3S9EA 2QS2A 3V8XB 3L6HA 4M1VA 3D4CA 3FVOA 1IXIA 3S9LC 4QFOA 3KEIA 1QW0A 4N13A 4JWYA 1SD3A 1B40A 3G3JA 1FTMA 3BFUA 3HSTA 4U22A 4X9TA 2DS9A 5IAIA 5KDTA 5TPAB 4ZEFA 4R6HA 4ZZAA 1B52A 5I57A 1AH5A 4YZZA 3ILUB 4KHZE 1A7LA 2Y7PA 3DP8A 4GD5A 5FTIA 4F1VA 2I58A 3OSRA 1PDAA 1XT8A 3DM0A 3IK6B 3FVNA 4RK9A 4F31B 3WAFA 1OQHA 2OWSA 4PFTA 3KSJA 1MQDA 1XHYA 5I57B 2VGQA 4GLIA 4XKQA 1MPBA 2UYFA 5FTHA 4QFLA 5KCJA 5I56B 2Y7WA 5CI5A 3KZGA 1OLCA 3KN3A 1GTKA 1N76A 1URSA 2V3TA 4HCYA 4NE4A 1EZ9A 5JTYB 4AQ4A 2RCBA 3HV1A 4H0WA 3VVEA 1BTJA 1QUIA 4PFUA 3EPEA 4NF6A 1A40A 5DVIA 1RYXA 1UQWA 1P1WA 5I59A 1POTA 4YKKA 3O6HA 1FTLA 5EHMA 2AL5A 3QK6A 3TKDA 3VE1B 4ZE9A 2QS4A 3HHGA 4IB2A 4WXJA 4LZ5A 4NF4B 3V83A 3UN6A 2H99A 1MDP1 1A55A 1DSNA 4ZEKA 3VLUA 1TXFA 4X48A 3H6VA 2QL3A 3IJOB 2F6PA 3A09A 4F3GA 3IJXB 2Z8FA 3MVXA 4OESA 2H9BA 4XTCQ 1SW4A 1P1OA 1SW5A 3K1NA 4LUBA 1B3HA 4R73A 5I58A 1OQGA 2Q8JA 4PETA 1MXVA 4OEVA 1FTJA 1SBPA 4XKNA 3RPWA 1WVJA 1GR2A 3PPOA 4ELOA 5H8NB 1US4A 2F97A 4POXA 3O66A 2DWAA 2HAUA 3GZGA 3M3FA 4EF1A 2V93A 3CIJA 3KJTA 3FVKA 4NF4A 4OTEA 3K0VA 3IOWA 3SKPA 3RT8A 3DP6A 2HQ0A 4MH5A 1HSJA 1NKXA 1OVBA 1ANFA 3E4RA 2QJEA 3FD3A 4FATA 3TQWA 3TMGA 2HZKA 3N5LA 1SDXA 1FQBA 1M5CA 2VD3A 4ELQA 4H1XA 4LQ5A 1AIVA 1OLAA 3N94A 4E0WA 2Z8DA 2UVIA 3K01A 3KG2A 1ZMGA 4OFJA 5JTYA 1VE4A 3ZS6A 1JW4A 1ZLQA 2KLFA 4OYVA 3GBAA 4QSDA 3MBPA 4U1OA 3U8QA 4DDDA 1LSTA 3IAZA 1D4NA 4L17A 3VLVA 1SYHA 5CC2A 4O3AA 5I58B 2B65A 1LAGE 1XC1A 1S9TA 3K6VA 3KOTA 1NNTA 4NMYA 4P11A 3M8UA 1D9VA 2B3FA 2O7UA 2FA7A 2ZYKA 5DEXA 1GV8A 1MY4A 1P1QA 2F34A 1M5BA 3N6UA 1B0HA 4G8NA 4GL0A 2QMWA 2I4CA 1II5A 2F5XA 4JWXA 4G4PA 4OQOA 5KDTB 3K6UA 4MLQA 2P0SA 1NH7A 2I4BA 5ITOA 1IEJA 2XXXA 3PPQA 4GF8A 3F11A 2CMOA 2WKYA 1ZBMA 4ZEBA 3TTMA 4F2QA 1N04A 1O64A 3U1OA 5AA4A 2UVJA 1F9BA 1VFEA 1N3WA 3K6WA 3RGYA 3PGFA 3VVDA 1MQHA 2XX7A 3C33A 3K02A 4JSDA 3CFXA 4F1YA 5ICTA 1JEVA 1S50A 5K2XA 4R2BA 4GXSB 1N3XA 2HEUA 4OFLA 3TTNA 1H45A 1LAXA 4RY1A 2REJA 4EXKA 4Z7EA 4MF3A 1B3FA 3G3KA 2O84X 2HXWA 3OOAA 1SI1A 2FNCA 4HS7A 5I2KA 5ISUA 3E13X 3FV1A 3ILTB 1B05A 1OVTA 3PUYE 4ELPA 4YMAA 2HZLA 2UVGA 1YPNA 3FJGA 3PMVA 1MH3A 1A8EA 1CE2A 1XVXA 4NF5A 1O63A 3Q26A 1US5A 4DCYA 3MZ1A 4PQJA 4PP0A 3TFLA 4H5FA 1TT1A 4R72A 3M3KA 4H67A 1UTBB 2I49A 1IXGA 3H6WA 4Q30B 4HTGA 4OEUA 3K00A 3K6XA 4IY6A 1QUKA 2OBGA 3C31A 4I62A 4U2RA 3CRBA 1FW0A 4KYEA 2DXYA 1ATGA 2OK2A 3HN0A 2XXUA 3TAJA 1B5JA 1MDQA 1DTGA 3KOSA 3MP1A 3RT6B 4UACA 1I69A 1MY1A 1UTHB 2I6EA 4KYDA 4GFRA 4OENA 4X1DA 2RKMA 5L9SA 4FECA 1PBPA 1FQDA 4P0GA 2YJPA 3FJ7A 2CZLA 2ZNSA 3MVZA 1IXCA 2QPQA 3W15C 2HFBA 3H06B 1DMBA 1Y1ZA 5DEXB 3D4GA 5L9MA 1MXUA 3S9NC 4AB6A 1JETA 3K1PA 3T93B 3FXRA 2RCAA 2XXWA 3MP8A 1MRPA 1Y9UA 3EF7A 5DVJA 1BKAA 2O6AA 3H6UA 3KSXA 1I6AA 3MC2A 3PPRA 4FEBA 5AA2A 3IORA 3O97A 2DP8A 3N26A 2XXRA 3EQ1A 4TOZA 1DPPA 5A5XA 4OETA 4TLMB 3RN8A 2ZNTA 3T9UA 3O29A 4EQ7A 1FTOA 4C0RA 3CR9A 5M2VA 5DYHA 3C34A 1LAHE 3USDA 1SI0A 1NFTA 4NTLA 4ONYA 2X26A 1MY2A 3MZ9A 2I48A 1DPEA 3OD7A 4GL8A 4KR5A 3HCQA 2ZMBA 3I6VA 3UORA 2V3QA 5DVFA 2DVZA 4M4GA 4YMBA 1FQAA 1Y3NA 2ESNA 2OWTA 4RK2A 2H4IA 1PB7A 2QRYA 3LBSA 4KFQA 5H8FB 3LUYA 3FVGA 4KCCA 4Q8RA 4MFIA 2DOJA 2GH9A 4KYSA 3TCFA 4OHNA 1MXYA 3QAXA 2D5WA 3BFTA 4F22A 1XOCA 1WODA 4GOTA 1JEUA 1LCFA 3IB0A 4GXAA 4PE5B 4PFWA 2RC7A 4X1BA 3TODA 4FAJA 2YLNA 3G7WA 2QS3A 4XXUA 3AXFA 4G68A 3U93A 3OENA 1B32A 4ZS9A 2YPNA 1IXHA 1QULA 3L6GA 3QXMA 4I9DA 4NF8A 4F3PA 1JW1A 3S9MC 1M5FA 3IR1A 4RPNA 2F6GA 3OMBA 3QUJA 4RPOA 2OCUA 3H4ZA 2DE2A 2UVHA 5H8QB 2F78A 3TYHA 3IX1A 3Q29A 4R74A 5CBRA 1Y1MA 3QUFA 3DP4A 3FZVA 3PPPA 4GIZA 1FCKA 4RNSA 4H6DA 1MY0A 2RF1A 4RJZA 4Z0IA 1RYOA 2FYIA 1Y3PA 3U92A 3V89B 3IOTA 1B46A 2O68A 3JZJA 4G8MA 3TZAA 1B7ZA 3PPNA 1MH4A 3PMXA 3TTKA 1Y3QA 2Y7RA 1NNFA 5TP9A 4LVQA 4N6PA 1Y4CA 3LSLA 5FHMA 1TFDA 2M8CA 1QUJA 3T96B 4DXCA 3H3GA 4WKMA 1GVCA 1SVXB 2I0CA 1USYE 4NEDA 1Q35A 3TTLA 5BWJA 5IKBA 3VXBA 3W9VA 3C9HA 3LC8A 2DWJA 1A8FA 4O3CA 3RLFE 2DQVA 3OXNA 5CMMA 5H8QA 3CVGA 3THIA 3TDJA 3UA8A 4TLLB 3CFZA 4H65A 1NMUA 2OLBA 5CMBA 3EHTA 4YKIA 3I3VA 2DWHA 4F29A 3TCHA 2B3BA 4NWCA 1B0LA 3H7MA 2F8DA 3VVFA 1LCTA 3RTFB 4LZ8A 2O1MA 2XXQA 1B58A 2F7BA 2QS1A 5CMCA 1NL5A 3TTRA 1B9JA 2V25A 3SDFA 1B2HA 4FJPA 3LSFB 3T9HB 1RKMA 1B3GA 4F2OA 5J1DA 1JVYA 1Q1KA 1LBBA 3T9XB 1H76A 1MQJA 4QSCA 4R75A 5EYFA 3BKIB 3H6TA 3ODBA 4UA8A 5AE4A 5H8FA 2AIXA 1A99A 4AB5A 4ESWA 2LAOA 1B3LA 3BBRA 3PUZE 4BDMA 2ZNUA 3R26A 1DOTA 3T9VA 1MXZA 5CRYA 5TP9B 2ONRA 2XHDA 2A5TA 2PX1A 4KD5A 4R9FA 2E1SA 4OMBA 5H8HA 4YAHX 3JV9A 4JDFA 2XXYA 3IL1B 3PU5A 1OMPA 4R6KA 2VD2A 3S4UA 2Q2CA 2XX9A 1UIVA 3KN8A 3IB2A 1JNFA 5I2NA 2RC8A 2QSXA 3V5AA 1AMFA 1R9LA 5I84A 3HPIA 4DIGA 2OJTA 2ONSA 2GRVA 3A3CA 3HHFA 3QYTA 1JW5A 2O51A 2X7QA 5AA2B 2PYYA 3DLNA 3G3FA 3O6IA 4XKPA 4FE8A 1N0TA 3CSGA 4LP2B 4QFKA 5I2NB 4NF8B 1QJMA 3RY3A 2DVCA 1B1HA 4JSOA 2NXOA 4G8HA 4R6YA 4G68B 4FIMA 4ECFA 1A54A 2F7AA 2THIA 4OZ9A 1EZPA 3C36A 3VLWA 2A5TB 1MM6A 2VOZA 5H8HB 2ZYNA 1SQYA 4F18A 5JK4A 2RINA 4Q5TA 3M3LA 4RXLA 4U4XA 3UIFA 4KI0E 3B6WA 1MXWA 3GBBA 4BDQA 3ZKLA 3KFMA 3PD9A 4BDNA 3TEPA 1ZJLA 5HBCA 3EN3A 2R9JA 4H8JA 3FASA 4LONB 4LATA 2VHAA 1N7XA 1NNPA 1LFHA 3R6UA 4IO3A 3PD8A 3MAMA 2I3VA 3FUZA 3IO6A 2HAVA 2PT1A 2ONKE 2Z23A 1IITA 3GXAA 1MPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFIA 4GQOA 4QSEA 2WYKA 4F1UA 1FJ9A 1FRPA 3CG3A 4F3SA 4ZECA 4I1DA 5L9OA 2Q89A 5TU0A 2CEXA 2X7PA 3E79A 1BK4A 4H8IA 3OELA 3P7IA 4PC9A 4DCXA 1FQFA 4G68C 4LN5A 3MUQA 4LQ2A 3VDFA 4JB7A 1IQ7A 2HXRA 1D9YA 4Q0CA 2P3NA 2FVZA 1EU8A 2ZYMA 4IGTA 4MAGA 3PUWE 1BP5A 3DELB 2XD3A 2ABHA 5BUUA 3U72A 1B6HA 5DTBA 4GWOA 4ESXA 1KA0A 1P1UA 3PUVE 4XKRA 1EH3A 3OO9A 1FQCA 4DXUA 1R6ZA 1NNKA 2VP1A 3C32A 1XVYA 4QFNA 2FIEA 3KJ7A 4ZDMA 4GX6A 3CSBA 1Y4TA 4YB6A 1VDWA 3PV0E 2Q2AA 1IZ1A 4THIA 4NQ8A 3CI8A 3K2DA 2IEEA 4F39A 3FXUA 5B7DA 3SESA 1PBQA 2ZYOA 1MY3A 1B4ZA 1ZIUA 4HW8A 4RA1A 1DTZA 2XXVA 3LR1A 4DXBA 2BJJX 1LGBC 3EHSA 1POY1 1B5IA 1MXXA 3IOVA 1L5TA 3ZSFA 3VV5A 1FBHA 5I2KB 4NF0A 3O6GA 3SEXA 2NUVA 4QHQA 5FHNA 4E0XA 3OO8A 1FTKA 4OVPA 2DE4A 1R9QA 3SEVA 4EUOA 4U4SA 3TELA 1MPCA 2DDKA 4JWYA 1B40A 1YXIA 4X9TA 1B52A 3ILUB 2Y7PA 4GD5A 4F1VA 1PDAA 1FPJA 3IK6B 1MQDA 2VGQA 2XWIA 4XKQA 4QFLA 3MSTA 5JTYB 4AQ4A 5DVIA 1RYXA 2VPOA 1FTLA 3KC1A 4IB2A 4NF4B 4PFRA 2F6PA 3IJXB 4R73A 3RPWA 2WYPA 1WVJA 1GR2A 4ELOA 5H8NB 2DWAA 2HAUA 4OTEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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