5OYQA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 1
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyqA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyqA01
4Y4DA 1C70A 5P37A 3QIHA 4U7QA 2QHYA 4FGXA 6FIVA 4HVPA 2G69A 2V11C 4Y5CA 5KR8A 2O40A 5P73A 2FGVA 5ER2E 3VEUA 4I0GA 1LS5A 3K4VC 3KT2A 3EL9A 5P8DA 5P83A 1FGCC 4I0HA 1HIVA 5P2VA 5P6TA 5P4TA 4OBFA 2JJJA 3KMXA 4PZXA 1FQ5A 3G72A 4R91A 4B00A 3TPRA 4PEPA 3LZVA 5P8NA 5P5LA 5P35A 4Y57A 5OYYA 3LHGA 2FLEA 3HAUA 5HE4A 1GVUA 3ER3E 4CPWA 4RCFA 4J1HA 2NXDA 4ZEAA 4OD9A 1OEXA 2AOIA 3I6OA 1LF4A 2HS2A 1NPAA 3PRSA 1IZEA 1ZPAA 4GB2A 5P3SA 1F7AA 5KOSA 5BS4A 4DJUA 4CKUA 4MC1A 3S43A 1B6LA 3QBHA 3IXKA 5P48A 4ZSQA 1BXQA 3RSXA 1FLHA 4HE9A 5I3XA 2AOEA 2QI3A 4WTUA 2CENA 2VNNA 6UPJA 3CYWA 2AVVA 3EL1A 5DQ4A 2PQZA 3D91A 5P5SA 3TL9A 2NTRA 1MTRA 3URIA 7UPJA 1T7IA 1LYAA 4FSEA 4J0PA 3PB5A 5J25A 4ZLSA 4GYEA 4D85A 5P1EA 1MUIA 1D4HA 2AIDA 5P6GA 3OGQA 1B11A 4Y4TA 5P49A 4B05A 5P5CA 5KR2A 1HSIA 1IVQA 5JFPA 2FNTA 4EQJA 1T7KA 1HPVA 4J55A 2IKOA 5P16A 2FDEA 4DFGA 1EBKC 4J5JA 1ODWA 3TPJA 4Y3TA 3URLA 5P72A 3I25A 4X2LA 3U6AA 4EJ8A 5P3YA 3D1ZA 2Q3KA 1G6LA 3S7LA 5P04A 3L5CA 4DV9A 5P3LA 5P80A 1ENTE 4I0FA 2EWYA 3L5EA 1EAGA 4LBTA 3SA7A 2OHLA 1MERA 2O4NA 4L1AA 4J0TA 5OYRA 5E5KA 4AUCA 1LF2A 5OZCA 3FSMA 1XN2A 2I1AA 1FKNA 2QZKA 3APPA 3UFNA 3O9LA 5P3NA 5C9FA 5P3RA 5P6IA 4YCKA 5P7RA 5P85A 4Y4EA 1BAIA 5P1BA 1EPPE 4DQHA 4Y3HA 1FF0C 3VUCA 5P1ZA 2QCIA 2IEOA 3SPKA 1APWE 2ZJNA 3IA9A 5P4PA 5P2EA 3TOHA 2P3AA 2XFKA 2PK5A 4J0VA 4Y9WA 2WEAA 3OADB 2VJ6A 5P4RA 4H3FA 3UQXA 1KJHA 2QI7A 2BBBA 2UXZA 4Y5GA 2AOHA 2Q54A 5P06A 2A4FA 5P5OA 5P2GA 2P8HA 3INHA 2QZLA 2B7FA 1W5YA 1MTBA 2BJUA 3LITA 5P1YA 1OD1A 2QAKA 5P64A 3S8IA 1T7JA 5P74A 5P2DA 5P5NA 3VLAA 1SIPA 3UPJA 5P4SA 3MSJA 2G1SA 4OBGA 2I0DA 3D1YA 2I4UA 4DQEA 4E43A 3EKVA 3EL5A 4I11A 3PLDA 5P4XA 3NU5A 1DP5A 2QD7A 3OQ7A 3OHHA 1M0BA 1T6EX 2XFJA 4R92A 4Y3GA 4EJLA 5C9DA 5DR1A 2R3WA 5P0AA 5P6YA 3PLLA 5OZ3A 1HXWA 1PSOE 2OF0A 1GVVA 4J1EA 4FL8A 5HCTA 2VNMA 4Y39A 1T6GA 3VF3A 5AH8A 1HSHA 1LYWB 5P38A 5P4NA 5COPA 4D88A 5HD0A 5COKA 3U7SA 3SA4A 4B1CA 1YG9A 4JPEA 3UQUA 2AODA 2O4PA 4K4QA 2OHMA 1HEFE 3KFNA 5P7MA 5SXNA 5P6EA 4J1IA 3WB4A 4LHHA 5I3WA 4GZFA 1B6KA 2P3BB 5T4SA 5KQXA 5F00A 3EM4A 2AZCA 2G20A 4Y3XA 4Y5NA 2PH8A 1ME6A 5P6ZA 4BELA 3O9AA 4GJ5A 5P3QA 2QU3A 3OTYA 5OYTA 3O9FA 4Y44A 3OHFA 4TRZA 4Y5MA 2FMBA 4I10A 5OZEA 5P2AA 5BRYA 1QBUA 3GI6A 5OZPA 3OUDA 5PEPA 5P0GA 5IE1A 3UDPA 2AVOA 4H3GA 5HDVA 3ZKGA 5P4BA 2OHTA 4RGHA 1MESA 2ZJMA 4JPCA 4U7VA 3BGBA 4CPSA 5P2RA 5P01A 4HZTA 5P17A 2AZ8A 3O9GA 4YDGA 5P6WA 5P45A 1AM5A 1MRWA 4RRNA 1E81E 3MXDA 3KFPA 3VV7A 3SA8A 3PSYA 4I0JA 2AZ9A 1HEGE 5P1KA 3PWMA 2I0AA 2FGUA 3BVAA 5P36A 4NJUA 4DUSA 2R8NA 5ENKA 1DPJA 5P4WA 4HA5A 2H6SA 2ER6E 3URJA 4B0QA 3K5DA 4CMSA 3UQPA 3EXOA 3AUPA 1TCWA 1MSNA 2AQUA 2QZWA 2NPHA 5P0XA 4DJXA 4XXSA 5P0QA 1U8GA 5SY3A 5P2MA 2OHUA 1B6MA 1XL5A 4Y38A 3DOXA 3RU1A 5P7CA 5P0OA 3ZKSA 2PSUA 1D4LA 3OWNA 3RVIA 2OHQA 3R0WA 4COEA 5HTZA 2HPEA 3ZKXA 2HC0A 3MXEA 3K5FA 3EL4A 5P8PA 5P7IA 4EJKA 4FS4A 5P1DA 1APTE 5P8UA 3LIVA 1E5OE 1M43A 2WECA 5AH9A 2OAHA 2Z54A 3Q4BA 5P3VA 3D1XA 2QI5A 4J17A 2G1RA 3GGVA 5P6FA 5KOQA 3OTSA 1PROA 2UY0A 3INFA 5P2YA 5OZIA 5JODA 5OZFA 4YDFA 1D4SA 5P8MA 3T7XA 5KQYA 1BV9A 5P57A 5P24A 2PMAA 1D4KA 3KDBA 5P2JA 3NUJA 3FKTA 3JW2A 2BPWA 3O9BA 4GJ9A 1LYWA 5OZJA 5P6PA 4QJAA 4J1FA 5P32A 2QMGA 5P71A 3L38A 4NPUA 1FIVA 3OUBA 5P5YA 1AIDA 3L58A 2J9JA 1D4IA 4FCOA 4Y58A 5HVPA 5P2HA 4L7GA 4FRIA 1QBSA 5P0SA 1RPIA 1HPXA 3EKWA 3QVCA 4Y5BA 5ENMA 1NSOA 2Q5KA 4B78A 2ZJHA 1ZP8A 3RTNA 3R0YA 3EC0A 1UPJA 1M4HA 4ZSRA 5P3XA 1BBSA 1EC2A 3LPKA 3BXRA 5P8HA 4Y4GA 5HDUA 1K6TA 2P4JA 5P77A 5P5VA 4QJ8A 5P4JA 4DJYA 4CPRA 3L5BA 2Z4OA 2P3DA 3UDKA 5C9BA 5P42A 2CEMA 4Y43A 5KR1A 1CZIE 1FQ6A 2F8GA 5P14A 1SDVA 1UH8A 5TOLA 3BUGA 3PSGA 2IQGA 3OXCA 4YOBA 2V0ZC 1BDLA 1HTRB 4LAPA 3SO9A 1CPIA 4TVHA 5P1CA 5P6XA 5IVRA 5P8LA 4FAFA 4F73A 2AVQA 3CKRA 4NJTA 2QZXA 4D89A 4Q1NA 3PM4A 5P2WA 1HVLA 2B8VA 5AHCA 3O9EA 3WZ6A 3BXSA 3PCZA 4YD7A 1ZTZA 2R38A 3KA2A 4Y5KA 2QI0A 2IKUA 1FQ8A 5P3GA 5P4DA 2IGYA 4HLAA 5P5AA 1QS8A 4DQFA 1FG8C 4RVJA 1PFZA 1NH0A 5P65A 5P75A 1ZSFA 3R1GB 2NMYA 2RKFA 4LL3A 5P87A 2HPFA 3ZKQA 5P27A 3O9IA 5P55A 2VA6A 3ZKMA 2ZJLA 3S54A 5P3TA 4OBJA 5P15A 1F34A 3R2FA 3I2LA 5HDZA 5P5MA 5P7JA 4Z50A 5P8BA 3TOFA 3CIBA 1RQ9A 2OHPA 1G35A 3VSXA 4YD6A 5P67A 3OOTA 1EPNE 5P13A 5P3MA 5P7EA 4R93A 1FQ7A 1EC3A 5OZ2A 2O4SA 3QPJA 3KM4A 1K2BA 2ER9E 3NDXA 3NSHA 4JECA 2ZJIA 4Z2ZA 2G1YA 3CICA 3IN3A 4FSLA 1BV7A 3LINA 2AOJA 8HVPA 4K4PA 2PWCA 5P4LA 5P0CA 5P1IA 3VCMA 4FLGA 3OAGB 5P0YA 5P6QA 1ODYA 5P81A 3EBZA 5B18A 5P7HA 4GJAA 3QS1A 4QLHA 1HIIA 5AH6A 5P20A 2BKTA 5P2XA 3OQKA 1HTGA 3PWWA 2I4VA 4EP2A 1A9MA 5P0KA 1K6VA 5P31A 4CPTA 4GJ8A 4FRKA 3T3CA 3SA3A 2ER0E 4Y6MA 4F75A 5OZGA 5P60A 1SIVA 5P7AA 5OZDA 1LEEA 3SLZA 4HDFA 1YT9A 2QMFA 5P6KA 3TPLA 1RL8A 1YTJA 2JJIA 1C6XA 5OZVA 2G26A 4Z4XA 5P46A 2PYMA 2JYSA 3KF0A 3BUHA 3PWRA 3S45A 2VKMA 5P5QA 1N49A 2V13A 2APRA 4L7JA 1QBTA 5EZZA 3UDNA 3HW1A 3C9XA 3GGAA 4IVTA 5P11A 3VG1A 4BFBA 1BXOA 4NPTA 5P3AA 2F81A 3OU1B 4FE6A 4RZ1A 5P51A 5P8FA 4YCYA 3UDQA 2WEDA 1HVIA 5DGWA 1YTHA 4FM7A 1K6CA 5P84A 4YA8A 5P8QA 3OU3A 5I3YA 5HE5A 2VIYA 1AXAA 2A1EA 3QBFA 1APVE 3LIQA 2I4WA 4UPJA 1TSQA 5P86A 1FG6C 3UF3A 1DIFA 5P41A 3MWSA 5P8SA 5AHBA 3EKYA 5P03A 4RVXA 1GNNA 2BPZA 3TH9A 1SH9A 3PCWA 1B5FB 4S1GA 5OZNA 3S85A 2G22A 4ZE6A 3NR6A 4EJDA 5P62A 3L5FA 5OZTA 4B72A 3NU6A 3QI1A 3UDRA 3MSLA 5P6NA 3UQWA 3PSUA 1TQFA 5P2ZA 4Y48A 5JG1A 4Y47A 5P76A 3WSJA 5ER1E 3L5DA 2VJ9A 4FRJA 3TNEA 4APRE 5OYQA 1PPKE 5P0ZA 3PMUA 2ZHSA 5OZXA 5P8TA 4Y3AA 1HVJA 2V12C 2F3EA 5OZQA 3PI0A 3KN0A 1DW6C 4BEKA 3NYGA 2G24A 3DCRA 2Q64A 2B7ZA 5P2NA 5P5WA 3G6ZA 1ZBGA 4DJWA 5P0NA 2OHNA 4I0EA 5SZ9A 3APRE 5CLMA 1GKTA 4DQBA 4TVGA 6APRE 1EBYA 5IVQA 5P2FA 2WF3A 3LIXA 2VIZA 1KZKA 1ZPKA 4Y35A 1HSGA 2Q15A 5P8OA 4B77A 4FM8A 5P4KA 1EPQE 5P68A 1SMRA 1HPSA 5P2UA 2HAHA 2RMPA 3T11A 3RTHA 4F76A 4EQ0A 4NKKA 4Y51A 5P4ZA 3ZMGA 4I0DA 5P52A 1HBVA 1FQXA 5P1SA 3ZPTA 2HB3A 2XYEA 3NU3A 4CP7A 1BDQA 1W6HA 1APUE 5HDXA 5P1QA 1EPOE 3PHVA 2G21A 5P66A 1SMEA 4A6CA 4DPFA 1A30A 2IL2A 1FEJC 3B80A 2FS4A 3OXWA 3HBOA 3DV5A 4KUPA 4Y3MA 1HXBA 2HIZA 5P00A 4KE1A 5P0UA 2VA5A 3GI5A 5P63A 1B6JA 3T6IA 3T7QA 1EPRE 5P3OA 4DJPA 2Q11A 5P05A 4I8ZA 3OAGA 3ST5A 2ZHVA 4OC6B 5P5JA 4GJCA 1VIJA 2B42A 2PWRA 3K5CA 4EPJA 2ZYEA 4I12A 1EC0A 4YD5A 2AOGA 3TOGA 3VF7A 4Y37A 5P4QA 1FMUA 5P5ZA 5P5PA 5HU0A 1CMSA 2QI4A 2JXRA 2QNPA 3QROA 5DR4A 5P0DA 1C6ZA 4F74A 5OZSA 4Q5MA 5P1TA 5IVSA 2OHKA 3ZPSA 3OU4B 4DI2A 1J71A 5P4CA 5P6UA 5P8CA 5P0MA 5P0JA 2OHSA 2IGXA 1A8GA 1ZAPA 2WL0A 5P0HA 5P2SA 5P5KA 1ER8E 2QNNA 4Y3EA 2WJOA 4QJ6A 1PSAA 3O9DA 5P7GA 4ER2E 4Y50A 5P2BA 3PBDA 5OZRA 4K4RA 3OU1A 5P4UA 4I1CA 4XX4A 3BHEA 3GI0A 5P79A 4Y36A 4X7IA 4ZSMA 3HZCA 2NMZA 4YHQA 1FMBA 1SGZA 4HDPA 1BILA 5P1LA 5P26A 3EKQA 4GMIA 2B60A 4RYCA 5P0PA 5P3IA 3OADA 3KDCA 3CYXA 2NR6A 4Y4WA 5P7VA 5OZLA 4XX3A 3ZKNA 4Y4UA 3PEPA 4OBKA 4Y3WA 5P3FA 1OEWA 5P12A 5P6AA 4MC2A 3GGUA 4Y3DA 1AVFA 5P5GA 3FNTA 5CONA 5P6HA 4Y56A 1K2CA 3K5GA 3Q5HA 3UHLA 2AOCA 4YE3A 4Q1YA 4Y3FA 5I70A 3SQFA 3HAWA 3OQDA 1NPVA 3ER5E 1YM4A 1PPLE 4Y3ZA 1FFFC 2FXDA 3ZLQA 3S56A 2NNPA 3S53A 2R5PA 2F80A 2G94A 5P2TA 2QNQA 4YD3A 4BFDA 3GI4A 5OZAA 2ZJJA 3VV8A 3SKFA 3HVPA 5P4YA 1HPOA 2FIVA 5P88A 3IAWA 1UH7A 3MSKA 4QJ7A 3O9CA 5P4VA 1XS7D 3LZYA 3O99A 2RKGA 1IBQA 4R5NA 5DR8A 5P3HA 5P61A 3DM6A 4M8YA 4KE0A 3TKGA 1AJVA 1DMPA 1LF3A 3HDKA 4TRWA 4MC9A 2OHRA 1E80E 3TKWA 5P1VA 3IVHA 3IGBA 1FMXA 3NWXA 4GJ6A 4DQGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4D A;  1C70 A;  5P37 A;  3QIH A;  4U7Q A;  2QHY A;  4FGX A;  6FIV A;  4HVP A;  2G69 A;  2V11 C;  4Y5C A;  5KR8 A;  2O40 A;  5P73 A;  2FGV A;  5ER2 E;  3VEU A;  4I0G A;  1LS5 A;  3K4V C;  3KT2 A;  3EL9 A;  5P8D A;  5P83 A;  1FGC C;  4I0H A;  1HIV A;  5P2V A;  5P6T A;  5P4T A;  4OBF A;  2JJJ A;  3KMX A;  4PZX A;  1FQ5 A;  3G72 A;  4R91 A;  4B00 A;  3TPR A;  4PEP A;  3LZV A;  5P8N A;  5P5L A;  5P35 A;  4Y57 A;  5OYY A;  3LHG A;  2FLE A;  3HAU A;  5HE4 A;  1GVU A;  3ER3 E;  4CPW A;  4RCF A;  4J1H A;  2NXD A;  4ZEA A;  4OD9 A;  1OEX A;  2AOI A;  3I6O A;  1LF4 A;  2HS2 A;  1NPA A;  3PRS A;  1IZE A;  1ZPA A;  4GB2 A;  5P3S A;  1F7A A;  5KOS A;  5BS4 A;  4DJU A;  4CKU A;  4MC1 A;  3S43 A;  1B6L A;  3QBH A;  3IXK A;  5P48 A;  4ZSQ A;  1BXQ A;  3RSX A;  1FLH A;  4HE9 A;  5I3X A;  2AOE A;  2QI3 A;  4WTU A;  2CEN A;  2VNN A;  6UPJ A;  3CYW A;  2AVV A;  3EL1 A;  5DQ4 A;  2PQZ A;  3D91 A;  5P5S A;  3TL9 A;  2NTR A;  1MTR A;  3URI A;  7UPJ A;  1T7I A;  1LYA A;  4FSE A;  4J0P A;  3PB5 A;  5J25 A;  4ZLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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