5OYSA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 3
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oysA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oysA01
4EP3A 5HE5A 3BHEA 5P4VA 3DM6A 2XYEA 2ZHRA 1QBRA 5P3MA 3VCMA 5P1HA 3O99A 5P0LA 3AIDA 5DQ2A 4TVGA 4Y4DA 3OU1A 4J1FA 4QJ9A 8HVPA 5P1VA 1PPKE 3U71A 1G0VA 2V11C 1ENTE 3MXEA 5OZ7A 1EBZA 4RRNA 5P5YA 5JODA 4I0DA 4ZEAA 1HVHA 1PSAA 5P46A 5P1GA 5P4SA 3NU9A 4Y3WA 5P8HA 1EC3A 4HA5A 3NLSA 5P2HA 5DQCA 2NPHA 1IDBA 4GZFA 3T6IA 1ZTZA 2AVOA 3I25A 3L58A 3BUFA 4HVPA 1PPME 5OZ2A 3HAWA 1YX9A 2HAHA 1BDLA 1MSNA 2NMYA 5P6ZA 4PEPA 5P3IA 4OBDA 5P5WA 3SA5A 1EPQE 3TLHA 4D83A 5J25A 2AZCA 5P2XA 5P7BA 2XFJA 4K4QA 4Y4WA 4H3FA 1GNOA 1M43A 4QJ2A 4QJ7A 2IKUA 5P1FA 4DQGA 2PH8A 5P0DA 5P76A 1PSNA 2HM1A 5P50A 5P42A 5P68A 5P4PA 5P7JA 5OZ9A 3PHVA 3KA2A 3QPJA 5P6DA 1KJFA 4HDBA 4I12A 5OZOA 2JYSA 5P1LA 4H3JA 3NSHA 5P8VA 1MSMA 5P4OA 1EPRE 4CPQA 1K1TA 2HS1A 5P6IA 3ZKNA 3O9EA 3HVGA 5P3HA 3M9FA 3QI1A 4ACXA 1EBWA 5P4BA 2BQVA 5P26A 5P62A 5I3YA 2VIYA 1ODWA 3ZLQA 1SMEA 2IENA 4COEA 2QMGA 4LAPA 5P3KA 2ZE1A 5E5KA 5P2DA 2F8GA 5P7XA 2AODA 2QD6A 4Z4XA 1EC2A 5P8RA 5P55A 3KFPA 3QS1A 3KF0A 5P34A 4AA8A 2VNNA 3KYRA 2IRZA 4X2LA 5P8DA 5P2AA 5IVTA 2ZGAA 4Y51A 3QP0A 4EXHA 2WF3A 4YCTA 3U6AA 3UDPA 5DR7A 3N3IA 5P3VA 3EL4A 5P54A 5P6PA 1WKRA 3UDRA 2OHMA 3JVYA 1CPIA 1KJGA 5HVPA 3EKXA 5P5MA 4R8YA 3ZKSA 3NR6A 4DV9A 1ER8E 2HS2A 2A4FA 5P6OA 5P22A 1K1UA 5CONA 2VIZA 4DJYA 1HRNA 2JE4A 2ZHVA 5P0QA 3BGCA 4A6CA 4OD9A 2FLEA 2PYMA 5P1MA 1A94A 1BWAA 4OBGA 4F74A 2OHQA 5P7EA 5P0TA 5P7WA 4LL3A 4R92A 5P2YA 5P17A 4NKKA 1EPME 4NJSA 1BV7A 5P0KA 3SM2A 3TL9A 5P5UA 4RYCA 4I8ZA 2UPJA 5P4DA 4GMIA 3PB5A 4J5JA 1MEUA 2AZBA 4DI2A 2VA7A 3N4LA 3UFNA 3GGVA 3SKGA 4EXGA 3VLAA 5P57A 1C6YA 3PVKA 5TOLA 5P8EA 5KOSA 1XL2A 4DJWA 5P69A 4Y4EA 4DQFA 3KDDA 4BELA 3TPRA 4EHCA 1G2KA 4TVHA 1QRPE 4APRE 5HTZA 2PSVA 5P89A 3SFCA 1D4YA 3OXWA 3R0YA 5P1YA 5P5RA 5P1RA 1LYAB 3EKPA 4Y3YA 2G94A 5P8GA 1DP5A 4PPHA 2EWYA 3OAGA 3LZYA 1W5WA 3CKPA 1EBYA 3UF3A 3UPJA 5OZ6A 4QJ6A 3RSXA 5P0AA 2QI1A 1XE5A 1T7JA 4Y50A 4K4PA 6UPJA 3FSMA 3MSLA 2P3DA 3TH9A 4R91A 4MC6A 2WEAA 3VF5A 3NDXA 1HXWA 4B1EA 2QI4A 1GNMA 5BRYA 2Q11A 4HZTA 5P5HA 3ER3E 1GKTA 2R3WA 1LYWA 2ER0E 1UH9A 4H3IA 3L38A 3QRMA 3HD8A 1HWRA 1NH0A 2JJJA 1OD1A 1EPLE 4OD9B 1SMRA 5EZZA 1RV7A 4DQBA 5P3JA 4Y39A 2AVSA 1SDVA 5P6CA 4GJ8A 2FDDA 4EP2A 4FSLA 2VS2A 5P84A 5P4TA 2IL2A 1NPAA 5P4AA 3CIDA 3LINA 5OZYA 2PSGA 2FNTA 1FKNA 4RCFA 3NU3A 5P71A 1FIVA 5P5BA 4DH6A 5OZWA 5P7CA 3I8WA 4I0JA 3K5CA 4RLDA 5P5DA 1YM4A 3OQKA 5P6WA 4M8XA 4CP7A 3RVIA 4RVJA 3CKRA 3S43B 4FM6A 1D4JA 3OXCA 4I0FA 5P58A 2WEZA 5P28A 5OZTA 2I4UA 4J1IA 5P88A 2V00A 5P8CA 3R1GB 2IDWA 4Y3SA 4Y3LA 3ZKGA 3QROA 3VLBA 3GGAA 1GVXA 3KMYA 3KFNA 5OZVA 3TOHA 4Y3RA 5P3AA 5P60A 3OHFA 2QCIA 4HDFA 2RKGA 5P0NA 5P5NA 2WEBA 4YD5A 5P03A 1FQ6A 5OYXA 3L5EA 1HPSA 5AH8A 5P7MA 2O4SA 5P0RA 3HBOA 3OAGB 1ME6A 5IS4A 1A9MA 1TSUA 2VJ7A 4Y5MA 1HVLA 3DUYA 4JPCA 3O9IA 2AOIA 4B1DA 4RCDA 2WJOA 5OZ4A 4DJRA 5P0ZA 2QNNA 5P14A 2ER9E 3ER5E 5HDXA 5P0VA 1TCWA 1B6MA 4FGXA 2Q55A 3OQFA 5P5EA 3NYGA 4DJUA 4FAEA 4X7IA 2ZHTA 4RRSA 3RTNA 4YCKA 3PI0A 2ZDZA 2HC0A 1ZJ7A 5P27A 4KB9A 2ZHSA 2NXLA 1EPOE 5OZHA 1HSGA 1APTE 5KOQA 3HDKA 3PJ6A 3VV6A 5P8SA 4Y6MA 1D4IA 1AXAA 4YE3A 3UHLA 5P4QA 3IVIA 1DIFA 5P10A 2OHTA 3S45A 5P0XA 1J71A 5P7UA 1FQ7A 5P0YA 1FFFC 1LEEA 5P30A 5F00A 2ZJMA 4F75A 3D20A 5P70A 3LZSA 1EC0A 3INDA 3QIHA 3EKWA 2XYFA 4LP9A 1TW7A 5P6TA 3K1WA 5OZPA 5P2KA 3PWWA 5P67A 3FX5A 4EYRA 4YCYA 4TRWA 5FIVA 3QVIA 5OYSA 3OOZA 3QN8A 3ZKIA 1B6JA 5P2NA 5P2BA 1U8GA 5P20A 1KJHA 2G1YA 3NUJA 5SXNA 5P37A 5COPA 5P3LA 4FL8A 3L59A 3TPJA 3NXNA 1BBSA 1XS7D 2B7ZA 3OU4B 2G1RA 5P3ZA 1PPLE 3UDMA 1K2CA 5P3EA 2P3AA 2PK6A 4XXSA 1G35A 4FRJA 3O9AA 2FGVA 5P3CA 4GYEA 5P7LA 5IE1A 3EKTA 3VEUA 2O4LA 3T7QA 5P0EA 5P39A 2PYNA 1Z8CA 2G1NA 3O9HA 3R4BA 5P07A 2OHPA 4EPJA 2F80A 4GJDA 5HE7A 3KFRA 1IVPA 2PK5A 5P1QA 5P6JA 2I4VA 1AJXA 1HPOA 1BV9A 3GGUA 3L5FA 5P81A 1LF3A 1GVWA 5P1BA 2QI0A 5P8OA 1FQ5A 1MPPA 3H5BA 3OHHA 2IGYA 3SKFA 4Y45A 4GJAA 4J1HA 1F34A 3F9QA 2R5PA 2FS4A 2UY0A 5P6MA 3EKQA 5P0SA 2QI7A 4MC2A 3Q6YA 5P5JA 5P79A 4GJ9A 5ENKA 5P8LA 4BEKA 3A2OA 3NXEA 5P08A 4ZSQA 4J0PA 3EL1A 5P3PA 3GGXA 5OYUA 5P45A 5P0CA 1MTBA 5P2EA 5OYWA 5P5CA 5F01A 5P7NA 5P0GA 2BPXA 4YDFA 4U8WA 1T6GA 1BIMA 3JW2A 2FDEA 3S7LA 1DPJA 2NXMA 3LIXA 4J1EA 4ZPFA 5P3GA 1YM2A 1E81E 5P2GA 3VSWA 3UQXA 1AIDA 4Q1XA 4Y53A 5P06A 3PWMA 5P64A 4TRZA 5DPZA 3RSVA 2SAMA 5P2SA 2VIEA 1FQXA 1META 3BRAA 3SA9A 4OC6A 3IVHA 2Z54A 2V16C 3CYWA 4EJDA 2IGXA 2BKSA 2WHHA 3S2OA 1TSQA 2WKZA 5OYVA 5OZIA 2QZLA 2FGUA 4KE0A 5HE4A 3SA7A 4KE1A 1UH8A 4ZE6A 2PH6A 1QBUA 5P6QA 4D85A 3NUOA 3OQDA 3GI5A 5P40A 5P8KA 3WZ7A 5P49A 1ZP8A 5P1IA 5P7RA 3U7SA 4Z22A 5P2ZA 4GJ7A 5DGUA 3EM4A 5P19A 3QBHA 1F7AA 3VG1A 2J9JA 4ZSRA 5P33A 3APRE 1RNEA 9HVPA 1RQ9A 2VKMA 5HCOA 2F3EA 4HLAA 2NTRA 3OU1B 5AHAA 3B7VA 4Y36A 3L5BA 3BUHA 1AAQA 5P4ZA 3LIVA 4I0HA 3VFAA 3KFSA 4Y3JA 1FQ4A 3LPKA 4J1KA 1QDMA 4U7QA 3EKYA 3IN4A 3VV8A 1QS8A 1T7IA 5P16A 1E5OE 4QJAA 5P6HA 5P1ZA 1MRWA 5DR3A 5P2FA 3L5DA 1XN2A 4YDGA 4LXMA 5P72A 3IN3A 4LBTA 3D1ZA 4Y48A 1ZPKA 5PEPA 1HOSA 3UTLA 5P78A 3D1XA 1RL8A 4Y4JA 5P25A 4Y47A 4Y3FA 5P7GA 1XN3A 2HB4A 4Y4ZA 5P47A 1TQFA 3Q4BA 4K9HA 4B72A 3I2LA 3VYDA 1W6IA 3PCWA 3OUCA 3VF3A 1D4KA 2QU3A 3Q5HA 4UPJA 1APUE 4LXKA 5P05A 4Y5GA 2AOCA 3NDWA 1DMPA 3INHA 2G20A 4MC9A 1XL5A 2OHNA 3SA8A 1JLDA 5OZDA 4B1CA 3SABA 3ZPUA 2HIZA 1KJ7A 5P0FA 5P2UA 3LZVA 3PI5A 3UQWA 3O9LA 3OTSA 5DR4A 4DFGA 1HEGE 3VYEA 4EJ8A 5P0JA 1M0BA 3CIBA 3EL0A 4Q5MA 5P3RA 2AVQA 2QZXA 5P5SA 1APVE 4JP9A 5P0HA 4YBFA 1N49A 2I0AA 3MSJA 4E43A 2B42A 5P3UA 4B70A 2JJIA 3SPKA 5P1SA 5BWYA 1Z1HA 1W5YA 2QMFA 3JVWA 4FLGA 5P38A 4L6BA 5P0WA 4Y35A 2I4WA 2ZJHA 4S1GA 2V13A 3CICA 1VIJA 3FNUA 3HAUA 2BPZA 1MT8A 3GI6A 5P1CA 1ZAPA 5IVSA 5AHCA 1LYBA 1MUIA 3PSGA 5P7HA 1KZKA 3BVBA 2O40A 3ZPSA 1LZQA 2HB2A 5OZCA 1CZIE 1IZHA 2Q64A 5DR8A 3TPPA 1ZPAA 5P4MA 3O9GA 4EQ0A 2P4JA 4I8WA 2CEJA 1HTEA 3TKWA 5P5ZA 5P4RA 4CPSA 3NU4A 5P73A 2RSPA 4PHVA 2BBBA 5AH7A 5P6RA 2ZJKA 5P85A 3WB4A 4RZ1A 4I0IA 5P86A 1K6TA 5HDZA 5P0UA 5P6LA 1IIQA 5OZ1A 3WZ8A 4Y4GA 5P3SA 5SY3A 2VNMA 1SGZA 3LNKA 2ER6E 2Q3KA 1B6LA 2VIJA 4I1CA 1C6XA 1FLHA 2OHKA 4B00A 1MRXA 3OWNA 2P3BA 1T3RA 2UXZA 3OQAA 4RVXA 5JFUA 5ENMA 5P2MA 3O9LB 5P7QA 3PGIA 5P7FA 2AOJA 3EC0A 2JXRA 3EKVA 1SGUA 5P4JA 2NNKA 2V12C 5P1AA 2ANLA 1FB7A 4H3GA 3G6ZA 4I0EA 3VFBA 3IA9A 3DV5A 2NMZA 2IS0A 1C6ZA 5P6UA 1HVCA 3TPLA 3NU5A 1HHPA 2B8VA 4DJVA 3QAAA 5DQ1A 3G70A 3PBZA 1E80E 2Q63A 4L1AA 4Q1WA 3UDQA 3OY4A 3IXKA 4FCOA 5ER2E 4OBZA 1FMBA 3URJA 1HSHA 5P4HA 4GB2A 5P5FA 3EL5A 4QLHA 5DQ5A 5P31A 2G1OA 3ZPTA 5P11A 4Y4BA 2NR6A 2RENA 4OBHA 3DK1A 2FMBA 5OZJA 4B0QA 4F73A 5P3TA 2ZJJA 4EWOA 2R3TA 1LYBB 3GI4A 3SLZA 4ER2E 2WF1A 5P12A 5P6YA 4B78A 3L3AA 1PROA 3O9BA 2AOFA 5P2VA 3K4VC 3ECGA 5P0IA 4DUSA 2BPVA 5P8MA 3WB5A 1TCXA 3OK9A 5HU0A 2PQZA 5C9FA 4I0GA 1UPJA 1DAZC 1ZLFA 3NDTA 3PSUA 4Y3ZA 1LYWB 2QD8A 4FS4A 5ISKA 2PSUA 3FKTA 4EQJA 5KR2A 5AH6A 4Z50A 1A8GA 3T7PA 2PMAA 3G72A 1OEWA 1MIQA 3OXVA 4WY1A 6APRE 1D4LA 4Y3EA 3H0BA 4ZIPA 3SACA 5P4FA 4RVIA 3QRSA 2P8HA 5P1JA 1M4HA 3K4VA 4K8SA 2G22A 5ER1E 5HD0A 4HEGA 4YOAA 2I4DA 5P01A 3HVPA 2F3KA 5P52A 2QMPA 3O9CA 5AHBA 4CPXA 5P8IA 1K6CA 4U7VA 5OZ0A 5P3OA 2QNPA 4FE6A 1IZDA 2OAHA 3PLLA 1LV1A 5P5AA 4D89A 2G21A 1ODXA 4IVSA 1FF0C 3BXRA 5IVQA 1IZIA 2G69A 3TOGA 3TTPA 3KDCA 5P6BA 3VSXA 2QZKA 4I10A 1HTRB 3NWQA 5OZUA 2A1EA 3OGQA 1ODYA 1WBKA 4Y44A 2RMPA 4BFBA 1T6EX 1FMXA 4J54A 5C9DA 3UDJA 3ZMGA 4DQEA 4Y38A 5OZ5A 1HPXA 5P8AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EP3 A;  5HE5 A;  3BHE A;  5P4V A;  3DM6 A;  2XYE A;  2ZHR A;  1QBR A;  5P3M A;  3VCM A;  5P1H A;  3O99 A;  5P0L A;  3AID A;  5DQ2 A;  4TVG A;  4Y4D A;  3OU1 A;  4J1F A;  4QJ9 A;  8HVP A;  5P1V A;  1PPK E;  3U71 A;  1G0V A;  2V11 C;  1ENT E;  3MXE A;  5OZ7 A;  1EBZ A;  4RRN A;  5P5Y A;  5JOD A;  4I0D A;  4ZEA A;  1HVH A;  1PSA A;  5P46 A;  5P1G A;  5P4S A;  3NU9 A;  4Y3W A;  5P8H A;  1EC3 A;  4HA5 A;  3NLS A;  5P2H A;  5DQC A;  2NPH A;  1IDB A;  4GZF A;  3T6I A;  1ZTZ A;  2AVO A;  3I25 A;  3L58 A;  3BUF A;  4HVP A;  1PPM E;  5OZ2 A;  3HAW A;  1YX9 A;  2HAH A;  1BDL A;  1MSN A;  2NMY A;  5P6Z A;  4PEP A;  5P3I A;  4OBD A;  5P5W A;  3SA5 A;  1EPQ E;  3TLH A;  4D83 A;  5J25 A;  2AZC A;  5P2X A;  5P7B A;  2XFJ A;  4K4Q A;  4Y4W A;  4H3F A;  1GNO A;  1M43 A;  4QJ2 A;  4QJ7 A;  2IKU A;  5P1F A;  4DQG A;  2PH8 A;  5P0D A;  5P76 A;  1PSN A;  2HM1 A;  5P50 A;  5P42 A;  5P68 A;  5P4P A;  5P7J A;  5OZ9 A;  3PHV A;  3KA2 A;  3QPJ A;  5P6D A;  1KJF A;  4HDB A;  4I12 A;  5OZO A;  2JYS A;  5P1L A;  4H3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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