5OYTA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 4
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oytA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oytA01
5P6VA 1AZ5A 5P5FA 3T7XA 2AVQA 3L5FA 1FQ5A 1DW6C 3BVBA 2Z4OA 5P4RA 3KDDA 5HVPA 3RSXA 4AUCA 2G1RA 3EKTA 1PSAA 3A2OA 5P6HA 2NXDA 3KMYA 4CPTA 4CMSA 1F7AA 1APTE 4PZWA 4Y5LA 5P8BA 3HAWA 1SIVA 5P24A 2BPXA 5P30A 3NDWA 2Q64A 1WKRA 1A8KA 2BBBA 2BQVA 5P3GA 1APWE 3PWWA 4R95A 2G1YA 4M8YA 5P2KA 3KT2A 3BC4A 2NPHA 1W6IA 3EL1A 5OZ6A 1AAQA 3UDRA 1M4HA 5P0MA 2IGXA 5P0UA 1FMXA 5SY3A 4I0GA 5P0AA 1HPVA 1SDTA 5P35A 3VUCA 3OADA 3OAGB 3UQRA 5P6UA 4APRE 3K4VA 5P1EA 3KFPA 4J1IA 2PSGA 3Q6YA 5BWYA 3UF3A 4A6BA 5P2QA 4DJYA 1EC3A 3OUAA 5P3OA 1MEUA 2ZE1A 5HDUA 1MERA 5P0IA 3OXCA 2QMPA 5ER1E 5HDZA 5OZDA 3SA8A 3S43A 4LP9A 3L5EA 4WY6A 4FM6A 3OQKA 4RVJA 4PPHA 4H3GA 5P18A 2XFKA 3MSLA 5P5ZA 2O4PA 3UDNA 3B7VA 4EJ8A 4Y6MA 3DK1A 1ZJ7A 4Y48A 5P1SA 3TOGA 4J1CA 4FS4A 4ZPEA 4KE1A 3CIDA 4ER4E 5P54A 1UPJA 1PSNA 3ZPUA 4Y47A 3Q3TA 1EPRE 5E5KA 5P5OA 3FNTA 4BELA 2CEJA 2O40A 3EKYA 2RKFA 5IVQA 5P1ZA 4I0JA 2QNNA 5APRE 4NJVA 5P2XA 1HTRB 4RLDA 2OAHA 4Z4XA 4CPSA 3HVPA 5AGZA 4GJBA 4AMTA 1E5OE 5HDXA 5P0JA 3UFNA 1BWAA 2G20A 4LC7A 5P1QA 5P4BA 1FFFC 4B00A 3PI0A 3G70A 4TRZA 1SDVA 4K9HA 5DQ2A 3SA4A 1NSOA 1VIJA 4GJ7A 4F73A 5P36A 1VIKA 1B5FA 5P53A 1BVGA 2F80A 3SFCA 4H3FA 1D4JA 3L5DA 5P1BA 5P5CA 5P8TA 3UDYA 5P4KA 3DV1A 3OK9A 1HTGA 4FIVA 5COPA 3QN8A 1XL2A 5OZSA 3O9IA 5P27A 1BV9A 3EMYA 2G27A 5P3EA 1DIFA 4JOOA 1NPAA 5P2DA 2P3BA 5I3WA 2ZHSA 3VF3A 4Y4GA 2FS4A 5DR3A 5P8MA 1B6PA 4NJTA 5P7MA 4I10A 2BPYA 5P44A 2ZHRA 2QMDA 4Y43A 5KR0A 3Q4BA 1LYAA 1OEXA 4QJ2A 5P2RA 1IBQA 2VIJA 3BXSA 5P7HA 2B8VA 4J1KA 1FLHA 1BXOA 5P6XA 1Z8CA 2QMGA 3NDUA 5I3VA 3NWXA 5P7JA 3SO9A 4Y5GA 2AVSA 3AUPA 3BHEA 5P69A 1FIVA 1YTHA 1W5XA 5DR8A 1OEWA 2OF0A 5P39A 3DM6A 3LHGA 5OZAA 2JYSA 3NXNA 5P6PA 1FQ7A 5P2UA 3PEPA 2OHMA 2AOCA 3S85A 5IVRA 3DOXA 4YDFA 3LZUA 4Y4ZA 2AOHA 5P47A 5P5BA 1IZEA 5P0KA 5P2VA 5AH7A 3IXOA 3HDKA 5P38A 4D88A 5OZCA 3R2FA 5P86A 1A8GA 5OYUA 2G22A 3KDBA 5EZZA 3L58A 2F81A 4DJWA 3DCRA 1ENTE 1C6ZA 5CONA 5P74A 4EPJA 2QI7A 4Y3WA 1IZDA 3VG1A 5C9DA 3L5BA 5P70A 2I4VA 3PLLA 5P2ZA 2R3TA 4DQHA 3Q5HA 3S8IA 1M43A 1A30A 3WZ8A 1HTFA 1T6EX 4EYRA 4I8WA 4FM8A 4DJXA 1KJHA 3EKXA 1K6CA 4R5NA 3PI5A 4Y54A 1HVHA 2R3WA 2AOIA 4IVSA 2P3CA 5P1NA 2HS1A 4J1HA 3UTLA 2RSPA 5P4FA 2F3FA 4MC1A 5P1DA 5KQYA 1D4YA 5HD0A 3D1ZA 5P4LA 2PSVA 5P3TA 5P3LA 5P6OA 5P8KA 3SQFA 3GGXA 5P34A 2FIVA 4GIDA 3KFSA 3EL9A 2AVOA 4J1FA 2AQUA 5P7WA 5P14A 1MVPA 5P2TA 3T11A 5P31A 5SXNA 2QD6A 2CEMA 4Y5AA 5P20A 5P22A 3EL5A 5P3DA 5P0TA 2VJ9A 4FRJA 3INFA 3FNUA 2IDWA 1N49A 3QRVA 8HVPA 3PSUA 3VSXA 2G1NA 3KDCA 2Q11A 5P8DA 4B78A 2WEBA 2HIZA 3VF5A 1HOSA 5P41A 2PWRA 4FRIA 5P2JA 4J0VA 5P51A 4BFDA 1MESA 5P23A 5PEPA 1EPME 2VNMA 4EWOA 1HIVA 5P8NA 3IA9A 2WF1A 3O9DA 9HVPA 4RCFA 4ZSPA 3RTNA 4YBFA 5JFUA 1T3RA 1W50A 2ZJHA 4DFGA 1EEDP 3JVYA 4YD6A 4GJAA 1EPOE 2R8NA 5P7FA 5P84A 3OU1A 4Y3MA 5JODA 5P6JA 4QJAA 2HM1A 2ER9E 4Y4DA 5P3FA 2ZHTA 4GJ5A 2PMAA 4Y58A 1APUE 3FX5A 3RTMA 4DPIA 4Y4UA 3TL9A 2J9KA 3GI5A 1QBRA 3O9LB 5P3CA 5OZUA 1K6TA 1QS8A 2V13A 3PBDA 4KUPA 4FAFA 5P3IA 3VCMA 2QI0A 2J9JA 4EHCA 4F75A 4MC2A 1DP5A 1SMRA 3EM3A 2PK5A 4E43A 1EPQE 5P0QA 2QK5A 1HXBA 5P7VA 4DJRA 5P0VA 4FLGA 4FSEA 4J0ZA 2OHTA 1FFIC 1HSHA 4DJOA 3OQAA 4YCTA 3OTYA 3IVIA 1SMEA 4YD4A 5P0PA 2ZJIA 3WSJA 5OZHA 1MUIA 4Y4TA 1G0VA 5P6DA 5P6QA 1TQFA 4FM7A 4TRWA 4Y3EA 1TSQA 3PBZA 4B1DA 4OBGA 4Y51A 4EP2A 4RRSA 3I8WA 5P4MA 5P06A 2WF0A 5P3VA 3H0BA 3OHHA 4OC6B 4MC6A 4L1AB 1W5VA 3GW5A 5OZ9A 2IL2A 3O9HA 4CPXA 1FG6C 2B60A 4TVHA 4HA5A 1MRWA 1EPPE 5P1MA 2PH6A 3T6IA 2G26A 3HVGA 1LF4A 4NPTA 5P0DA 4DJUA 5P6AA 1QBSA 2AOEA 5P4HA 3PSYA 5P8HA 5P3YA 1TCXA 4EJKA 5KR8A 1UH7A 4GJ8A 5OYXA 3EBZA 5P65A 2ASIA 2AOGA 3U6AA 1IIQA 5P2SA 1IZHA 5P5TA 4GYEA 5P7RA 2V16C 1LYWB 4Y4XA 3CIBA 4XKXA 4Z22A 5P4YA 5IVTA 1HPSA 2NMYA 4AA8A 5P87A 5ISKA 2AOFA 5P3ZA 2VKMA 4D8CA 3WZ6A 1MTRA 3Q70A 1BILA 3UDHA 1XL5A 5J25A 5FIVA 5HE7A 4YA8A 3VFBA 3OOZA 3N4LA 5P5XA 5P3BA 3S56A 4HVPA 2AIDA 2VJ7A 1FQ6A 3MXEA 5P5HA 4FRKA 4B1CA 5OYZA 4FE6A 2G69A 1MT9A 3BUFA 1BBSA 1QDMA 5OZ4A 3SA6A 3KA2A 3KF0A 5P32A 2RENA 5P2OA 5P6BA 5IVSA 2ZJMA 1ODWA 2ER7E 2I4QA 4ZPGA 5I70A 5DGUA 4Y5EA 1HVIA 3NU9A 1SGUA 5ISJA 5P1LA 2G94A 4I1CA 1HTEA 1GVTA 5P2FA 1XDHA 3OUBA 1GNOA 4PZXA 5P59A 4ZSRA 5OZBA 1MIQA 5OZPA 5IE1A 3PVKA 2Z54A 1YM4A 2EWYA 3OWNA 1W5YA 3MSKA 3O9EA 3QRMA 5P2BA 5P3QA 2QI5A 4Y5CA 2ZJJA 3CMSA 2QU2A 5OZVA 2IQGA 3HD8A 2PWCA 5P6SA 3UQUA 2I4WA 4RROA 1CMSA 2OHQA 1D4KA 4DPFA 3SA5A 1GVVA 2BKSA 5P1RA 5OZIA 1PFZA 5P8EA 3SPKA 5P7OA 5AH9A 1W5WA 3I7EA 3L59A 4X7IA 5P8RA 2V12C 2R5QA 3CICA 4YD5A 2R9BA 3D3TA 3EM6A 5P88A 1KJ4A 4MC9A 1KZKA 3IXKA 3PLDA 3OU4A 5P6TA 3VV8A 1SH9A 3ZKIA 4Y3JA 3KT5A 1HPOA 5P7KA 1LS5A 3OADB 5P0FA 5P85A 2SAMA 4QLHA 1HVSA 4TVGA 5EZXA 1ZSFA 5P3UA 2PQZA 5P57A 5P1PA 4Y56A 1B6MA 5P7LA 5P0BA 5P5IA 1DPJA 4RVIA 4I12A 3QBHA 4RYGA 2PC0A 3URIA 3IAWA 1LZQA 1D4SA 2I0AA 2V10C 3NDTA 5P3HA 3S43B 4DJPA 1G2KA 1EPNE 5P5SA 3IN3A 5KOSA 3NU3A 3UQWA 2P3DA 2ZDZA 3M9FA 3L3AA 3TPJA 1KJFA 2ZHVA 3NWQA 3QVIA 1MSMA 1HSGA 5P08A 1ZAPA 4OBZA 2IEOA 5OZ5A 4Y4WA 5P80A 5P7SA 3SLZA 4D83A 3N3IA 4J55A 2VNNA 1MPPA 5P26A 1EC2A 3O9GA 3TH9A 2I1AA 5DPZA 4DQFA 3I2LA 3BGCA 4LBTA 2O4KA 1A94A 5P8AA 1ZPAA 1AIDA 1HVJA 5P3KA 4DQGA 4JP9A 1B11A 3EKVA 3TTPA 4EXHA 5T4SA 5P56A 1AVFA 5OZEA 2RMPA 4B70A 5P0RA 4ER1E 2P83A 1LYBA 1F34A 2HB3A 5P1YA 4H3IA 3ST5A 4OBHA 5DR7A 5P5JA 3ZMGA 4NPUA 2FLEA 3QS1A 3OUDB 4FRSA 4A4QA 1ODYA 1RL8A 1B5FB 5P11A 1HVLA 3L38A 1GNNA 5P3MA 2ER6E 5P4UA 5P73A 1IZIA 3ZKSA 3QVCA 4CPRA 4YDGA 4NJUA 5OZQA 2WF3A 3PMUA 1EAGA 4Y5KA 4KE0A 5P4JA 3GGUA 4Y36A 3TPLA 1B6KA 4Q1YA 3K5DA 4LXMA 5KR1A 4L6BA 1E80E 2Q15A 5P2WA 3UDQA 3T7QA 3NU5A 4YD3A 2OHRA 3EKWA 4EP3A 5P1OA 5ENMA 3BRAA 5OYVA 1RQ9A 4FGXA 5OYQA 5IS4A 2QHCA 3WB4A 2QD8A 2H6TA 1ER8E 2QZKA 5P0SA 4CPWA 3KN0A 5P12A 3QAAA 5P5KA 3OOTA 5P2HA 3PRSA 4RZ1A 1XE5A 5OZXA 3S7MA 5P72A 2WECA 1FG8C 4L7JA 3APPA 1GVWA 2Q54A 4Y4JA 3IGBA 4R93A 4D89A 1XE6A 3NU6A 5P8OA 5P7QA 5P2IA 2QAKA 4GMIA 4OD9B 3NYGA 2NMZA 2A4FA 4B05A 5P7EA 1HEFE 2G24A 5I3XA 3TOHA 5KR2A 3K5GA 5OYWA 5P0XA 5JG1A 1DMPA 2VA5A 3KFNA 5P4EA 5HCOA 1T7IA 1HHPA 1FEJC 2IS0A 5P4QA 2AODA 5P48A 4Y3DA 1BDRA 3ZL7A 2I4XA 5P4DA 2OHLA 1C70A 2XYFA 4CKUA 2IKOA 1BAIA 2CENA 2JE4A 5P0LA 2XFIA 2NR6A 5HU1A 3NR6A 1HIIA 5P77A 1G35A 1HXWA 5P6FA 3PWRA 4Y38A 4GJ9A 3OXXA 3DUYA 5P4SA 3LITA 3O99A 4H3JA 1HEGE 1TZSA 5AHBA 1BIMA 5ENKA 4S1GA 5P45A 2WEZA 1K6PA 5P16A 2NTRA 3OQ7A 5P07A 3B80A 1GNMA 4YHQA 3NUOA 4NKKA 5P1VA 3L5CA 5P67A 4R91A 1MT8A 4Y3SA 5P2NA 5P2GA 3OTSA 4Y3RA 3EM4A 4ZSMA 5OZOA 5P4GA 3UQXA 5P17A 3TNEA 2AVVA 3T3CA 4OBDA 2QI1A 3UDJA 3OUCA 5P60A 3LIXA 4QJ9A 4Y5MA 1W51A 4YD7A 5P58A 2OHNA 3K1WA 3CYWA 5P78A 1KJ7A 3QROA 2HAHA 5OZJA 5P8GA 5P3AA 5P3PA 1BXQA 5P4CA 2ZHUA 5P8PA 1IVQA 3KYRA 5HU0A 2P4JA 5F01A 2BB9A 3BUHA 5OZYA 2ANLA 3JVWA 2QCIA 2ZYEA 3QI1A 1GVUA 3T7PA 4ZSQA 4Q5MA 3SA9A 3IVHA 5P1AA 3OU1B 4Y57A 1FF0C 5UPJA 4RRNA 3VYFA 1DAZC 5HDVA 1SDUA 3S45A 4YCKA 3DV5A 5P1FA 3FKTA 4DVFA 1TW7A 2XYEA 3IN4A 5HCTA 4PYVA 5P6LA 5P0CA 4I0FA 5P40A 2G1SA 5OZGA 4ZIPA 4J0TA 4J0YA 5C9BA 5P43A 5C9FA 3ZKNA 3OXVA 5P71A 4GJCA 2HC0A 5P4AA 4DH6A 3GGAA 3PHVA 4QJ6A 3BGBA 5P50A 5P5YA 4OC6A 4Y3LA 2NNKA 5P5NA 1YX9A 2FGVA 5OZ1A 1TCWA 5P4WA 3SACA 4KB9A 3FV3A 5P7BA 1B6LA 3BUGA 1PPKE 4J1EA 2G21A 2AZ8A 4DJQA 3VSWA 2HB2A 5B18A 2QI4A 3G72A 4Y3YA 4YOBA 3UQPA 1IDAA 4Z50A 3ZOVA 5SZ9A 3AIDA 4Y3ZA 3VF7A 4YBIA 1Z1RA 5CLMA 4M8XA 2UPJA 2VIYA 2R38A 3PGIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6V A;  1AZ5 A;  5P5F A;  3T7X A;  2AVQ A;  3L5F A;  1FQ5 A;  1DW6 C;  3BVB A;  2Z4O A;  5P4R A;  3KDD A;  5HVP A;  3RSX A;  4AUC A;  2G1R A;  3EKT A;  1PSA A;  3A2O A;  5P6H A;  2NXD A;  3KMY A;  4CPT A;  4CMS A;  1F7A A;  1APT E;  4PZW A;  4Y5L A;  5P8B A;  3HAW A;  1SIV A;  5P24 A;  2BPX A;  5P30 A;  3NDW A;  2Q64 A;  1WKR A;  1A8K A;  2BBB A;  2BQV A;  5P3G A;  1APW E;  3PWW A;  4R95 A;  2G1Y A;  4M8Y A;  5P2K A;  3KT2 A;  3BC4 A;  2NPH A;  1W6I A;  3EL1 A;  5OZ6 A;  1AAQ A;  3UDR A;  1M4H A;  5P0M A;  2IGX A;  5P0U A;  1FMX A;  5SY3 A;  4I0G A;  5P0A A;  1HPV A;  1SDT A;  5P35 A;  3VUC A;  3OAD A;  3OAG B;  3UQR A;  5P6U A;  4APR E;  3K4V A;  5P1E A;  3KFP A;  4J1I A;  2PSG A;  3Q6Y A;  5BWY A;  3UF3 A;  4A6B A;  5P2Q A;  4DJY A;  1EC3 A;  3OUA A;  5P3O A;  1MEU A;  2ZE1 A;  5HDU A;  1MER A;  5P0I A;  3OXC A;  2QMP A;  5ER1 E;  5HDZ A;  5OZD A;  3SA8 A;  3S43 A;  4LP9 A;  3L5E A;  4WY6 A;  4FM6 A;  3OQK A;  4RVJ A;  4PPH A;  4H3G A;  5P18 A;  2XFK A;  3MSL A;  5P5Z A;  2O4P A;  3UDN A; 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 3QRM A;  5P2B A;  5P3Q A;  2QI5 A;  4Y5C A;  2ZJJ A;  3CMS A;  2QU2 A;  5OZV A;  2IQG A;  3HD8 A;  2PWC A;  5P6S A;  3UQU A;  2I4W A;  4RRO A;  1CMS A;  2OHQ A;  1D4K A;  4DPF A;  3SA5 A;  1GVV A;  2BKS A;  5P1R A;  5OZI A;  1PFZ A;  5P8E A;  3SPK A;  5P7O A;  5AH9 A;  1W5W A;  3I7E A;  3L59 A;  4X7I A;  5P8R A;  2V12 C;  2R5Q A;  3CIC A;  4YD5 A;  2R9B A;  3D3T A;  3EM6 A;  5P88 A;  1KJ4 A;  4MC9 A;  1KZK A;  3IXK A;  3PLD A;  3OU4 A;  5P6T A;  3VV8 A;  1SH9 A;  3ZKI A;  4Y3J A;  3KT5 A;  1HPO A;  5P7K A;  1LS5 A;  3OAD B;  5P0F A;  5P85 A;  2SAM A;  4QLH A;  1HVS A;  4TVG A;  5EZX A;  1ZSF A;  5P3U A;  2PQZ A;  5P57 A;  5P1P A;  4Y56 A;  1B6M A;  5P7L A;  5P0B A;  5P5I A;  1DPJ A;  4RVI A;  4I12 A;  3QBH A;  4RYG A;  2PC0 A;  3URI A;  3IAW A;  1LZQ A;  1D4S A;  2I0A A;  2V10 C;  3NDT A;  5P3H A;  3S43 B;  4DJP A;  1G2K A;  1EPN E;  5P5S A;  3IN3 A;  5KOS A;  3NU3 A;  3UQW A;  2P3D A;  2ZDZ A;  3M9F A;  3L3A A;  3TPJ A;  1KJF A;  2ZHV A;  3NWQ A;  3QVI A;  1MSM A;  1HSG A;  5P08 A;  1ZAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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