5OYVA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 6
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyvA01
2AODA 5P5ZA 4A4QA 3VF5A 4PZWA 5P2ZA 1HVSA 3TPRA 1SP5A 4IVSA 2WF4A 5P0VA 1FQ6A 1T7KA 2NXDA 1B6KA 5JG1A 5OZ7A 1CPIA 3EKVA 1YM4A 1ZPKA 3EKXA 2IEOA 1W5VA 5P50A 5P08A 3FKTA 2XFIA 2NMZA 1XL2A 5P70A 5P68A 4Q1NA 4E43A 1HTGA 5P0LA 5P2GA 5OZKA 5P3VA 3QBHA 4Y3LA 5J25A 3CMSA 4LXMA 5AH8A 4OBGA 4Y5BA 4YCKA 1A30A 5P85A 5P45A 5JFUA 5P6VA 3MXEA 5ER2E 5KR1A 4PEPA 1Z1HA 5P8JA 2WF2A 2V10C 5P41A 2VA6A 5P78A 1D4LA 4LL3A 4LXAA 1YM2A 2PSUA 5P4NA 1D4SA 4NKKA 1SMRA 3ZMGA 2HPEA 4Y51A 2R5QA 1HVRA 4TRYA 5P44A 1YTIA 1HVIA 3AIDA 3G72A 3UQPA 5P6BA 5P3NA 3SPKA 2I4QA 3EC0A 4RROA 4U7VA 1TZSA 5P7YA 5OZJA 5DGWA 2AOFA 2XFJA 2PYNA 3OOZA 2ZHSA 1IZIA 2B7ZA 5OYXA 1K6VA 3FX5A 3LIXA 5P15A 1HXWA 5OZMA 7HVPA 3O9FA 4Y4GA 5P5VA 5P2MA 2P3CA 5P3SA 4F76A 2IDWA 3IVHA 5KR2A 2R3WA 2AOEA 5P62A 3O9GA 3F9QA 4HE9A 1XE5A 3IN4A 3NU9A 3LZVA 5JFPA 5P6YA 2FXDA 4CPWA 2BPYA 1EPQE 5OZXA 5P28A 4Y3AA 2PH8A 5P1UA 2IKOA 2R9BA 1NPVA 3R2FA 1T6GA 2VIYA 1BVGA 4F74A 5P2WA 5P6PA 1PFZA 1IBQA 3ZPTA 3TOFA 1EC1A 5P4GA 4Q1YA 5P5CA 3OU3A 5P4KA 4I1CA 4HDBA 5HDVA 4D88A 5P19A 4APEA 4MC2A 5SY3A 1HSIA 3NSHA 4DJUA 5P12A 3RSXA 3OQFA 3S53A 1AIDA 4L1AB 5P8IA 1DMPA 1WBMA 4ACXA 2XYFA 3O9IA 1KJHA 4FGXA 5HU0A 2BPXA 5P5KA 5P43A 3BXRA 1D4HA 5P0EA 3LIYA 3PI0A 4CPUA 1FQ5A 1BWAA 1OEXA 5DQ1A 1D4KA 4JP9A 2QMPA 1IVQA 3UQXA 2G69A 1LYBA 3TOHA 3JVWA 3PB5A 3WB5A 1EC2A 3QRMA 5P8EA 3ZPUA 3LIQA 3OQ7A 4QLHA 1HIIA 5P8HA 1ODXA 4FM6A 4Y3PA 5P4WA 1BWBA 3VF7A 3BVBA 4R5NA 3UDQA 4EWOA 4GB2A 5P27A 2VJ7A 1RPIA 5P07A 2AVMA 4Y6MA 5ISJA 3SA4A 1AAQA 5P55A 1HOSA 4B77A 5OZPA 3VYFA 2VIZA 4QGIA 2ZHTA 2QZXA 5BRYA 5P33A 5P0QA 5C9DA 3EKQA 4NJVA 1HIHA 1HBVA 4OBZA 1LYBB 3RVIA 2NNKA 2ZE1A 4GYEA 4YCTA 5F00A 5KQFA 5P7HA 1C6XA 5P1AA 3D20A 1FMXA 2AOGA 3S56A 3NWXA 3VG1A 5P5RA 1G0VA 5OYWA 4Y4JA 5P2YA 1MRXA 3VFBA 4EQ0A 5P1RA 5OYYA 4EYRA 4ZEAA 2BPVA 3WZ7A 2OAHA 5P2HA 4KE0A 5OYVA 1KJ7A 4Y5GA 3VSXA 2O4LA 2AZ9A 3K5FA 1K6CA 5HCOA 4OBZB 3K5CA 4Y4AA 2HB2A 5AH6A 5OZRA 3FV3A 4Z4XA 4LBTA 5P64A 4DJXA 1SGUA 1PPME 5P47A 1HWRA 2F3FA 1IZHA 4OBJA 5OZ8A 3KYRA 3UDJA 5HE5A 3TPLA 5P67A 3OTSA 1E82E 3QRVA 1LYWA 2PH6A 3LHGA 4ZLSA 5P5LA 2B8VA 5P7NA 1FF0C 2FXEA 3IXKA 1UH8A 2B7FA 3OK9A 1ZSFA 3OUDA 3VV8A 2VJ6A 5P8NA 1GVWA 5AGZA 2Q55A 5P6OA 5IS4A 5P30A 3DCKA 1APWE 1EPRE 3VUCA 5P22A 5AH7A 5P60A 3VV7A 5P6XA 5OZCA 5P7OA 5P0KA 1BDRA 4I0DA 3GGVA 4NPUA 3A2OA 1LYWB 1BXQA 2WF0A 3APRE 5P5JA 2FNSA 5P3MA 2AOCA 2PSVA 5P4HA 3FNSA 5P1VA 2QNQA 5P3RA 1GKTA 1FLHA 3IAWA 3OUDB 3RSVA 5P04A 3OXWA 4BEKA 2QHCA 2IL2A 4ZPGA 5P7LA 4I0FA 2NTRA 5EZZA 4PPHA 5P1TA 5P4FA 4DQEA 1RQ9A 5HU1A 1SH9A 1UPJA 3L58A 4A6BA 1BXOA 4Y3EA 2ZJNA 5P6MA 5P2EA 3PBZA 1EAGA 5P4DA 2HAHA 4B0QA 4TRWA 3T7QA 4Y3SA 4CPRA 1B6LA 5P0WA 4TRZA 1NH0A 4I10A 4Y4BA 4DQCA 2Q64A 4Z2ZA 2P83A 3LZSA 2RMPA 4HDFA 2G1OA 3VV6A 5P1LA 5P06A 5P6KA 3QS1A 1HEGE 1K2CA 2WL0A 1FG6C 1MTBA 3QPJA 5P53A 3KF0A 2BB9A 3DK1A 4Y36A 3CIDA 3L5CA 2QI4A 3QP0A 5P8BA 4DJVA 4R93A 2FMBA 1K6TA 2P4JA 4YD6A 3N4LA 4X7IA 5OZEA 2JYSA 4D85A 5P4QA 5KR8A 5P1GA 2G1NA 1HVJA 4Y3JA 5P8GA 1D4IA 5ER1E 5P56A 3S2OA 5AHBA 3IXJA 4ER4E 2I4XA 3LIVA 4PHVA 1HVLA 1SIVA 5P86A 3UDRA 2G1YA 4Y9WA 5P3EA 5UPJA 3VYEA 2V00A 5OZHA 5OZDA 4Y5NA 5OZWA 4J1KA 4FRJA 3K4VC 2H6TA 3SM2A 3PRSA 3T6IA 4RGHA 1FQ4A 3VEUA 2J9JA 5P3JA 4H3JA 3K5GA 2BQVA 2CEMA 3BGCA 1KJFA 4L7JA 5OYRA 4OBHA 5P0ZA 4DVFA 4RRSA 4DJWA 5P3CA 2OHSA 5P5SA 3S7LA 3EL4A 4Y3GA 5P2SA 5P0BA 2WEDA 5OZFA 3OXVA 2FIVA 4YDFA 1FFIC 5P3KA 2NNPA 3SO9A 5P7KA 2I4VA 5P7ZA 1HPXA 2VIJA 3BRAA 5P46A 3VF3A 5P2AA 2I0AA 3NU4A 2F81A 5P6RA 5I3VA 5P7BA 5P29A 5P3TA 5P87A 3UDMA 1E5OE 4LP9A 5P40A 3SM1A 5P8TA 3VLBA 5P5WA 3MSJA 4Y3WA 3S43A 5P59A 2F8GA 5P6UA 5OYZA 2J9JB 5P24A 5E5JA 1QRPE 4FSEA 2A4FA 5P6SA 5P7XA 2ZGAA 3HZCA 4RCEA 2AVSA 1XDHA 5P4EA 3SACA 2PK6A 3KFRA 3TPPA 3NR6A 1TSQA 4I8WA 4OBFA 3UTLA 2QI5A 2P3AA 2ZHVA 4OC6A 2VIEA 3INFA 4Y3DA 2O40A 2QD7A 4K9HA 4NJTA 4LXKA 5IE1A 3SAAA 1MPPA 1F34A 5P2DA 2PSGA 3I2LA 4Y4ZA 5COKA 1HTEA 3O9BA 5P7UA 2WECA 1IIQA 2FLEA 2HS2A 1MSNA 4NPTA 4MC1A 5I3XA 5P5TA 1SDUA 5P4CA 4EJ8A 3NYGA 3DCRA 5P5OA 4CP7A 5P6EA 2ZJLA 2Z4OA 1EPLE 5SXNA 5P4VA 5P5BA 5P0XA 2QU2A 4I8ZA 4BFDA 2AVVA 5P6DA 1LYAB 5OZ3A 2R43A 5P8UA 2FDEA 4Y35A 5AH9A 4R92A 3QAAA 2NPHA 3HDKA 2ZHUA 3LITA 1EEDP 1K1UA 2QD6A 4Y43A 4Y41A 4Y3YA 3HAWA 1YG9A 3SA9A 3O9DA 4Q1XA 5OZ6A 4J1EA 5OYQA 5P2JA 1W5WA 3INEA 3U71A 4YBFA 3EKYA 4R8YA 5P0IA 4HVPA 1XN2A 5DR1A 5P0YA 1HRNA 5P6GA 4I0ZA 3EKTA 3VYDA 4R91A 3OTYA 2R3TA 4L6BA 1MERA 3PVKA 2G94A 3GI0A 5P7CA 4Y5PA 4I0IA 2HS1A 1AM5A 3D91A 4RYCA 3L5DA 5KOQA 4AZYA 5P3WA 3ZKIA 4HA5A 1W50A 5P0NA 5P3XA 4FRIA 5BWYA 3FSMA 5P34A 5T4SA 2ER6E 4B1CA 1T7IA 5DR0A 2OHMA 3ST5A 6UPJA 3K4VA 1B6JA 3OWNA 5SZ9A 2JJJA 3VFAA 3S7MA 4K4PA 3VCMA 4Z22A 1HEFE 1ME6A 1KJGA 5AHCA 3Q6YA 1E80E 2ER0E 4HEGA 2ER9E 2F80A 2MIPA 2PWRA 3DJKA 3QI1A 4TVGA 4DJYA 2G24A 5ISKA 7UPJA 3ZKXA 5P2TA 3I8WA 3DM6A 3FIVA 3SKFA 4DQFA 4I0HA 1T7JA 4YD3A 5OZNA 3LPIA 3S8IA 3D1ZA 5P65A 3UQUA 4BELA 4Q5MA 1MSMA 1U8GA 1A8KA 5P5IA 3CYWA 4ZSQA 5F01A 2HB4A 5P6JA 4DFGA 4KB9A 3PMUA 2RKFA 2WHHA 5P3PA 9HVPA 4Y48A 1K2BA 3BUGA 2R38A 5P1JA 5P3DA 2VNMA 1EBZA 5P26A 3H5BA 4RLDA 5P4MA 5P35A 4FCOA 2AZ8A 1HVCA 4RVJA 5P0JA 2QZKA 2RSPA 3FNTA 3IN3A 5P6IA 4MC9A 5P2RA 4Y3HA 1TCWA 1SIPA 4YD7A 4L7HA 3DOXA 5KAOA 2APRA 1HIVA 4WTUA 4B1DA 4B05A 2FNTA 3Q5HA 5OZLA 3KM4A 1ZP8A 3PCWA 5P82A 5IVQA 5P5DA 2IGXA 1DP5A 1LV1A 4DJOA 3BUHA 5P3ZA 3QRSA 4MC6A 5P14A 5P8MA 4DQBA 4DQHA 4WY6A 5P72A 3SKGA 4J0VA 3EL5A 5P0SA 1EPME 3PJ6A 3UF3A 1BBSA 2QU3A 3ZPSA 3ZKGA 4Y4XA 3UFLA 5CONA 3NDXA 2QMDA 5KQXA 2V16C 2F3KA 4HZTA 5P4RA 1XE6A 5FIVA 3Q70A 4B00A 3G70A 3S54A 1GNMA 5OZIA 3OGQA 5P69A 1RNEA 3Q3TA 2PWCA 3U7SA 5HVPA 2QZWA 4JECA 3PSYA 3RTMA 2QMFA 1AJXA 4Y45A 4GJ7A 5P4AA 4JPCA 4A6CA 5P20A 5P13A 1HPOA 5P3FA 3OGPA 4QJ8A 3TKGA 1EPNE 3S85A 4JPEA 5P49A 4GIDA 1OD1A 1EPPE 3EXOA 1GVTA 5P48A 3B80A 3BC4A 4YOBA 3L3AA 1M43A 4Y3TA 3S45A 3WZ6A 3BVAA 1Q9PA 2G22A 5KQZA 5P5UA 2QHYA 1ER8E 1W6IA 3URJA 4H1EA 1K6PA 4ZIPA 4RYGA 3OAGA 1HSGA 4Y3NA 4J17A 4ZPEA 1MESA 1D4YA 4ZSPA 1A9MA 5P32A 5P36A 5I3WA 3KA2A 3NXEA 3SLZA 1DIFA 4X2LA 4QJ7A 5P8RA 5P25A 3OY4A 5P1YA 3KFSA 4EXGA 5P31A 3NLSA 3INHA 3B7VA 3IA9A 5P8KA 5DR7A 3WSJA 1E81E 5HCTA 3TLHA 2FDDA 3MSLA 4YA8A 2JE4A 2NXLA 2FGUA 2ZDZA 5P02A 1F7AA 4EP3A 2XYEA 3EL9A 1BILA 2QD8A 2HIZA 5P73A 1ZTZA 5P17A 3K1WA 3RTNA 1YTGA 4XXSA 5P5QA 1AJVA 3T11A 4DQGA 5P7MA 1G35A 2ZHRA 4ZSMA 2I4UA 5P77A 1VIKA 5P1KA 3TL9A 5P1IA 2Q15A 2R8NA 3T7PA 4QJ2A 5P1HA 1ZJ7A 4EP2A 2WEAA 4K4RA 4GJ5A 3PGIA 5P4UA 3NUOA 3OHFA 5P74A 5OZOA 4ZSRA 2O4NA 3UPJA 4Y37A 3PLDA 2AOHA 3OUBA 5P8FA 2PC0A 5P1OA 4RZ1A 2Q63A 1VIJA 4M8XA 5P38A 5P6TA 4I11A 1FMBA 3UDPA 4YD5A 1G6LA 5P5XA 3SA8A 2RKGA 2SAMA 4GJ8A 5P2XA 3MSKA 3TPJA 3L5BA 5OZZA 4H3GA 5P57A 5DR3A 5P52A 5P3UA 3DV5A 3APPA 3TOGA 3SA7A 4OD9A 4F73A 4ZPFA 2FDPA 4B72A 4EJKA 5P1PA 4GZFA 1XL5A 3OXCA 1WKRA 1M0BA 4LHHA 4AUCA 3L38A 2JJIA 3QROA 3EMYA 3UCBA 4YOAA 4FRKA 1PPLE 3R0WA 3NU3A 1AVFA 3CYXA 1ZBGA 5P1BA 4Y5EA 3QIHA 5IVRA 3UQRA 4GMIA 2WEBA 1HHPA 5P6QA 4OD9B 1B11A 1META 5HE4A 1B6PA 3EL1A 3OQDA 5P3IA 4YE3A 3BHEA 3OADA 3EKWA 4KE1A 3R4BA 1NSOA 3UDYA 4Y50A 5P6WA 4GJ6A 3GGAA 3PI5A 2O4SA 5P7TA 5P0RA 3VLAA 2ZJHA 5TOLA 2NR6A 5P61A 5P00A 1B5FA 1SMEA 1EC0A 2Q54A 3GI6A 1FEJC 5P0MA 5DPZA 2OHTA 3IVIA 1BDLA 1HPSA 4U7QA 2ZJIA 2WF3A 5P63A 1IVPA 1N49A 5DGUA 5P3AA 3K5DA 3CKPA 4H3IA 3IGBA 1NPAA 4D83A 4PZXA 3I7EA 2Q11A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOD A;  5P5Z A;  4A4Q A;  3VF5 A;  4PZW A;  5P2Z A;  1HVS A;  3TPR A;  1SP5 A;  4IVS A;  2WF4 A;  5P0V A;  1FQ6 A;  1T7K A;  2NXD A;  1B6K A;  5JG1 A;  5OZ7 A;  1CPI A;  3EKV A;  1YM4 A;  1ZPK A;  3EKX A;  2IEO A;  1W5V A;  5P50 A;  5P08 A;  3FKT A;  2XFI A;  2NMZ A;  1XL2 A;  5P70 A;  5P68 A;  4Q1N A;  4E43 A;  1HTG A;  5P0L A;  5P2G A;  5OZK A;  5P3V A;  3QBH A;  4Y3L A;  5J25 A;  3CMS A;  4LXM A;  5AH8 A;  4OBG A;  4Y5B A;  4YCK A;  1A30 A;  5P85 A;  5P45 A;  5JFU A;  5P6V A;  3MXE A;  5ER2 E;  5KR1 A;  4PEP A;  1Z1H A;  5P8J A;  2WF2 A;  2V10 C;  5P41 A;  2VA6 A;  5P78 A;  1D4L A;  4LL3 A;  4LXA A;  1YM2 A;  2PSU A;  5P4N A;  1D4S A;  4NKK A;  1SMR A;  3ZMG A;  2HPE A;  4Y51 A;  2R5Q A;  1HVR A;  4TRY A;  5P44 A;  1YTI A;  1HVI A;  3AID A;  3G72 A;  3UQP A;  5P6B A;  5P3N A;  3SPK A;  2I4Q A;  3EC0 A;  4RRO A;  4U7V A;  1TZS A;  5P7Y A;  5OZJ A;  5DGW A;  2AOF A;  2XFJ A;  2PYN A;  3OOZ A;  2ZHS A;  1IZI A;  2B7Z A;  5OYX A;  1K6V A;  3FX5 A;  3LIX A;  5P15 A;  1HXW A;  5OZM A;  7HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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