5OYZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 10
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyzA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyzA01
5P84A 2R5PA 5P3XA 2QMFA 3ZKQA 2I4VA 4S1GA 1LF3A 3NUOA 2V12C 4YD3A 3PEPA 4B1CA 5P64A 4Y3AA 3O9GA 5P3DA 1RPIA 1ZSRA 5JG1A 3KF0A 1WBKA 3EKVA 3KDCA 3LNKA 4JECA 4DQGA 5P5UA 1A9MA 5KOSA 5P1PA 5IVTA 3UPJA 4A6BA 1TSUA 5P88A 4I0FA 4Y3TA 2VNMA 4J0PA 1EPLE 2AOHA 2BPYA 2H6TA 5P5VA 2VS2A 3TPLA 4Y51A 4Y5EA 1APUE 3OXWA 1SDTA 5P8SA 4K4RA 4YD4A 4IVTA 4ZLSA 4FLGA 4B05A 4L7HA 3APRE 4Y48A 5P3UA 1HIVA 5P1TA 2WF2A 3GI4A 3PWRA 5OYSA 2QHYA 4GJ7A 3URLA 4RGHA 3SA3A 2RKFA 1HVLA 2IEOA 1DPJA 4B78A 1B5FA 1GVXA 5P15A 5OZXA 2FGVA 5P35A 5IE1A 2PQZA 4TVGA 3ECGA 5P44A 1B6MA 1IVPA 1EBYA 5P62A 5P0JA 3S54A 4MC2A 4EJKA 1META 3EL9A 4TVHA 3TH9A 3O9CA 5KR1A 2NXLA 3UHLA 1D4SA 3K1WA 5KR0A 3EL1A 1OEWA 4ACXA 1KJHA 1K6PA 2Q5KA 4GIDA 1ZBGA 2ZJHA 4PHVA 3ZPTA 3MXDA 4FSLA 2WEDA 2IQGA 5P4ZA 2QAKA 5P4LA 5P6JA 4DJWA 2QU3A 1QBTA 5APRE 1EBWA 2ZYEA 2R8NA 2HS2A 4FRJA 5P0XA 5IS4A 3AUPA 4Z4XA 3OOTA 2OHSA 2QNQA 3BVAA 5P67A 1HVIA 2G21A 5DQ2A 5P2HA 3TOFA 4GJ9A 3OGQA 1Z8CA 4GMIA 4H3FA 5P1SA 1XE6A 3LZSA 1HPSA 4M8YA 5P01A 1YM2A 5HE5A 5P0AA 3SA5A 1GKTA 1EBZA 1ER8E 5P5IA 1XE5A 5P02A 1MT9A 5P8JA 4RVJA 1ENTE 3F9QA 5OZ8A 5OZFA 4B70A 4DJQA 1MTBA 3GI0A 4BELA 5P72A 5P0DA 2F8GA 5P43A 3UQWA 1BV9A 3INFA 5P1WA 5OYYA 4J1CA 1FQ6A 5EZXA 1B11A 2UPJA 5JFPA 3R2FA 3BUHA 4FS4A 5P2LA 3NWXA 3BRAA 3KFSA 3G70A 3UQXA 2NNPA 1FGCC 5P1IA 3TL9A 2P3BB 2A1EA 2QI1A 3WZ7A 3IGBA 4HLAA 4J0ZA 5P0QA 5OZYA 3IVIA 5P8DA 5P83A 3T11A 3KN0A 4PEPA 4APEA 5P6BA 5P3JA 1FKNA 3OXVA 3S2OA 4I0HA 5P1NA 4Y4XA 5AGZA 1EPPE 5P8VA 3INDA 3QN8A 4Y5GA 5OZUA 3EL4A 4QLHA 4ZSRA 3RVIA 4HVPA 5KQFA 2G26A 5UPJA 5P16A 3GGAA 3DK1A 3IVHA 2EWYA 3UCBA 5OZ0A 1D4YA 5P4IA 3FSMA 3NSHA 1PSNA 3K5FA 3EMYA 3KFPA 3PHVA 5P2MA 2V16C 1SGZA 1EAGA 4I8WA 5OZDA 5P6FA 4BFDA 4NJSA 4ZPFA 5P22A 4KB9A 5P8HA 5P34A 5P8IA 8HVPA 4TRZA 2R3WA 5ISKA 4FM8A 4EJ8A 1DMPA 3ZPUA 5P7FA 1BXQA 1B6LA 4FL8A 4DQBA 2ZHTA 5P0OA 4NKKA 3L58A 5P4AA 5P6UA 5P79A 1HIIA 3O9IA 4ZSPA 2AOCA 4FM6A 4Y3YA 5DQ1A 4LL3A 5P8LA 1HSHA 2WEAA 5P6PA 5P26A 5P3OA 4QJ9A 4J54A 4H1EA 1Q9PA 3PCZA 6UPJA 1IIQA 2I4UA 1FG8C 3VLAA 4PYVA 3OQFA 4YCKA 2FLEA 5DQCA 4Y57A 1M43A 4R91A 5P7ZA 3SO9A 1T7IA 4CPTA 2BKTA 1ZSFA 6FIVA 3OXXA 5P6XA 1MSMA 1LYBB 1T7KA 1KJGA 1FQXA 1Z1HA 2IS0A 5P07A 1FIVA 1ME6A 3UDYA 2OHPA 1NPWA 3SM2A 3VSWA 3SLZA 3VSXA 3SPKA 3NDXA 5OYUA 4Y3DA 5P8RA 2AZCA 5P0MA 5P3AA 1SIPA 2VIEA 1TW7A 1AXAA 4AZYA 2SAMA 5BS4A 3KFRA 3RSXA 5P3NA 3R4BA 2RMPA 4RRSA 5P80A 1T6GA 3RTMA 2F81A 3IN3A 5OZHA 1A94A 5P32A 5HCTA 2G20A 2NMYA 3M9FA 4KE1A 4Q1YA 1YTJA 3O9AA 1SDUA 4Y4JA 3KMXA 4E43A 4AMTA 5KQYA 5P6WA 5P7OA 3SA9A 5JFUA 4XX3A 3SFCA 4Y3RA 5HDUA 3PSUA 1NSOA 5P1MA 2HB4A 1MT7A 4OD9A 5P76A 2Q15A 2HM1A 3NWQA 2BJUA 5P5SA 5HCOA 1ODXA 3Q5HA 3PRSA 3EKYA 3QPJA 2I0DA 4CKUA 4CPRA 4XX4A 5P4TA 5P4CA 4GZFA 5P2ZA 3Q4BA 3IA9A 2WL0A 3WB4A 1HEGE 4DPFA 2IGYA 4F73A 1EPRE 4DJYA 4LC7A 2IGXA 2B7ZA 3IN4A 4Y3XA 3UDMA 5P5MA 1XL2A 3QIHA 3CMSA 2PYNA 5P7HA 5P24A 3NU9A 5P5PA 2JE4A 2QNPA 5P6YA 5P6VA 2PSGA 4OBKA 3PBDA 3O99A 4COEA 3KYRA 2WHHA 5P3SA 2HS1A 4AA9A 2P3BA 1A8GA 5OZOA 5P3YA 2WEBA 1RL8A 5P4NA 3VLBA 2ER9E 1SH9A 2QMGA 1TSQA 5OZ1A 5P4JA 1GVTA 2OHLA 5P1KA 4JP9A 5P3VA 1XL5A 3PCWA 3WSJA 1IVQA 4PZXA 4CPWA 1PPME 5COOA 2QI5A 5OZRA 1B6PA 2G24A 5OYTA 3OXCA 4YCYA 3CIDA 3WZ8A 3OQDA 2QI0A 1HPXA 3I25A 4Y50A 3OUCA 3H0BA 3O9EA 4J1EA 1EC1A 1SBGA 3ER5E 4H3GA 3DCKA 3RSVA 2I4XA 4ZPGA 4HE9A 3PWMA 3VG1A 2ZHSA 3UTLA 2XFKA 2V10C 4ACUA 2J9KA 3NDTA 4QJAA 2VIZA 4LAPA 5PEPA 3QVCA 3ZLQA 1FEJC 4D83A 5P85A 3G72A 5P50A 3UF3A 1F34A 4Y3GA 5P7GA 3SQFA 3VF3A 5P1UA 1AVFA 5P0VA 5P82A 4UPJA 1OHRA 3INHA 4JPEA 3KFNA 5P86A 5P6RA 2Q11A 4OBHA 5P6HA 1XN2A 4U7VA 3BC4A 2AOIA 1EBKC 1FMUA 3GW5A 5P27A 1N49A 3EBZA 5P5TA 3G6ZA 3VFAA 3LITA 1FQ5A 1BWAA 2PH8A 4GJAA 4Y47A 1IZIA 5P1BA 2QMPA 5P5LA 5HU1A 3I6OA 2QI6A 5P7DA 1G35A 1PPKE 5KR2A 4D8CA 3GGUA 2WKZA 4Y5BA 5P7TA 4CPQA 2ZJMA 5P1QA 3CICA 1LYBA 5P8CA 2FXEA 3CYWA 4RYGA 5P4RA 5P7CA 4EHCA 1E81E 4Y9WA 3SAAA 1AJXA 5HVPA 2F3FA 4CPSA 5P63A 3DUYA 1YT9A 2QU2A 5P42A 2NTRA 1OEXA 3FX5A 4CPXA 4B77A 2QI3A 4OBFA 2BPVA 3RU1A 3UDRA 2NR6A 2VJ9A 3S56A 1PROA 5JODA 2R5QA 5P0CA 5P69A 4J0TA 1EC3A 5P2OA 3GGVA 3SKFA 2ZHUA 3PJ6A 1ZLFA 4Y53A 4Y4DA 2AVQA 1GNOA 5OZIA 1FQ7A 1CZIE 5P57A 5P5HA 4OBDA 1K6TA 3L5EA 3MXEA 1DIFA 1FMBA 4YDGA 2NXDA 3NYGA 5BRYA 2FS4A 3HDKA 3EM6A 5P5JA 5P5KA 1F7AA 4CMSA 5OYWA 5P5DA 1K2BA 2ANLA 5AHCA 1QBSA 3O9HA 2NXMA 1LZQA 1IBQA 1ZAPA 2V11C 1LYAB 1MIQA 4XXSA 3VV8A 3D20A 5P4PA 2O4SA 2QHCA 5P49A 5OYVA 3SABA 5P56A 1LF2A 4B72A 1IZHA 3QRVA 1IZEA 1K1TA 5P1FA 5P31A 5P3FA 2HC0A 1D4JA 5I3WA 5P3MA 5P18A 4RVIA 5P2RA 2ZJNA 4Y4ZA 2G1RA 5DQ4A 2G1OA 5P20A 4L7JA 2VKMA 1MT8A 4J1FA 2VNNA 1C70A 2FNTA 2F80A 2AVOA 2IDWA 5P8EA 2A4FA 3NDUA 3SA6A 1MEUA 3ZOVA 3TOGA 2HPFA 4GJCA 3T3CA 5P8PA 5C9BA 2RKGA 5P8OA 5P2KA 4DH6A 5OYQA 5SXNA 2G22A 3ST5A 4Y3EA 4J5JA 4Y3SA 1YM4A 5P7SA 2OAHA 4EWOA 5P78A 4MC6A 5P5FA 2B7FA 5KQXA 2OHTA 3ZKGA 3MSKA 4GJ5A 3U71A 4Y5MA 4EXGA 2ZDZA 5DGWA 3DCRA 4Y5NA 1APWE 4NJTA 4J0YA 2OHMA 4BEKA 1EPQE 1HWRA 3DV1A 3OU3A 5P6LA 2HB2A 1KZKA 4NPTA 1FB7A 5ER1E 2BPZA 5COPA 5P6NA 3VV7A 5P2XA 3PWWA 5P17A 1FG6C 2PSVA 4Y5AA 4DJRA 3I2LA 1FLHA 3HD8A 3S85A 3NXNA 3ZKIA 2FDPA 3LPIA 4EQJA 5OZ5A 3EM4A 5HDZA 5P0TA 3S7MA 5P7XA 5P71A 1W51A 1D4IA 4MC9A 4WTUA 2FNSA 5OZGA 5P6MA 5P89A 3VEUA 3VF5A 3OY4A 4YE3A 1APTE 1GVVA 1MUIA 2G1SA 3L3AA 5P6DA 2ZGAA 2UY0A 3ZPSA 2AODA 4J1KA 3LPKA 3HAWA 5DR0A 2O4PA 3QROA 5P6OA 4YCTA 5P6IA 2Q3KA 4XKXA 3AIDA 5I3YA 1M4HA 1W5XA 4Y4AA 2QK5A 3IXOA 4QJ2A 4RLDA 5KQZA 2QI4A 4K4PA 2IKUA 2ZJLA 3K5GA 3SA7A 4YD7A 5P04A 5P2QA 5P7MA 2R38A 5P7BA 2BBBA 1VIKA 3BVBA 5OZAA 5P0SA 1DP5A 4YOBA 5P0FA 4LXKA 1T6EX 1YTHA 3NU5A 3TKGA 2PSUA 3BXRA 5P2CA 2G1NA 3K4VC 4JOOA 5P25A 2NPHA 5P5CA 3S45A 3U6AA 1LYWB 2FIVA 4DQHA 5P4KA 1D4LA 5OZJA 5P3BA 4RCFA 3D91A 5ER2E 4FRSA 5P2WA 3INEA 2ZHRA 4Y3PA 5P23A 5P5ZA 3ER3E 1HPVA 4YOAA 2P83A 2Q63A 4L7GA 3B80A 5P7AA 5P1RA 1APVE 3HAUA 4FGXA 2PWRA 5HTZA 3UDPA 5I3XA 2VIJA 4RCEA 5CONA 2QMDA 1ZP8A 1CPIA 1UH9A 2QZXA 5P1LA 1ZTZA 3UQUA 3UFLA 5P11A 5IVRA 2QD7A 5AH9A 5P6ZA 2I4WA 1W6HA 4A6CA 5P6AA 1A8KA 5B18A 4PZWA 2V0ZC 3FNTA 2FGUA 2BQVA 1LYAA 5P4QA 1BAIA 3PLDA 5P0IA 5DQ5A 5P5OA 4GJ8A 2IKOA 4Q1NA 4Y6MA 3BGBA 4QJ6A 2XFIA 5OZ9A 4FAFA 5P8QA 3GI6A 5C9FA 1U8GA 3OWNA 5P5QA 3U7SA 1HSGA 5P4EA 3VYFA 5OZ7A 3LZYA 5P1GA 5P4YA 4DI2A 5P5WA 3S43B 5P8UA 3FV3A 4I1CA 4ZSQA 3LIVA 1WKRA 3VYDA 5P2AA 2OHNA 5P10A 4R92A 1E82E 4OC6B 1ODWA 1W5WA 1QDMA 5OYRA 4Z50A 1E5OE 5P5GA 2PWCA 4ZPEA 5P2JA 4Y5CA 4K8SA 5P6QA 5OZLA 4LBTA 1SIVA 3LIYA 3SA8A 5P1EA 1GVWA 5CLMA 1RV7A 1ZPAA 2QZKA 3URJA 5OZVA 4LXAA 4TRYA 4I0DA 2ASIA 5OZTA 2BB9A 5SY3A 1SMRA 3L5CA 1HVCA 3QBFA 1AZ5A 4Q1XA 3EL5A 2OHQA 4HEGA 2I4DA 4ER1E 3Q3TA 4J1IA 3ZL7A 1NPVA 3B7VA 1WBMA 1XDHA 1W5VA 2FDDA 3ZKMA 5C9DA 3EKWA 4Y4BA 3I7EA 4Y5KA 5P7RA 5P2GA 1NH0A 3OADB 3Q6YA 2QZWA 3OHFA 5P03A 1GVUA 1HTEA 1RQ9A 4DJUA 4N00A 3EKXA 3QBHA 5P2DA 4FCOA 5P68A 5P7KA 5AHBA 3MSLA 4ZE6A 3L38A 1ZPKA 5P7VA 3S8IA 5P30A 1TCWA 3LPJA 1YX9A 3NU3A 5P4HA 4Y3ZA 2JJIA 3TNEA 1RNEA 2Q64A 4RZ1A 4YA8A 2HAHA 4BFBA 5P37A 3OUBA 2OHRA 1MRXA 5P87A 5KAOA 2AVVA 2OF0A 5P7WA 3QVIA 5P4GA 1B6KA 3QP0A 4RRNA 5P3LA 2P3CA 5DR8A 5P0ZA 4K9HA 2P8HA 1NPAA 1LS5A 1C6XA 5P74A 1HBVA 5P70A 4Y4WA 3URIA 2JXRA 5P48A 3GI5A 5OZWA 5P45A 3A2OA 2R43A 3OUDB 1B6JA 1QRPE 4YBFA 3OK9A 1QS8A 1LYWA 5P7PA 4DVFA 4YBIA 1HTGA 2ZE1A 4Y38A 1EPNE 4RCDA 3LINA 1LEEA 4FE6A 5P2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P84 A;  2R5P A;  5P3X A;  2QMF A;  3ZKQ A;  2I4V A;  4S1G A;  1LF3 A;  3NUO A;  2V12 C;  4YD3 A;  3PEP A;  4B1C A;  5P64 A;  4Y3A A;  3O9G A;  5P3D A;  1RPI A;  1ZSR A;  5JG1 A;  3KF0 A;  1WBK A;  3EKV A;  3KDC A;  3LNK A;  4JEC A;  4DQG A;  5P5U A;  1A9M A;  5KOS A;  5P1P A;  5IVT A;  3UPJ A;  4A6B A;  1TSU A;  5P88 A;  4I0F A;  4Y3T A;  2VNM A;  4J0P A;  1EPL E;  2AOH A;  2BPY A;  2H6T A;  5P5V A;  2VS2 A;  3TPL A;  4Y51 A;  4Y5E A;  1APU E;  3OXW A;  1SDT A;  5P8S A;  4K4R A;  4YD4 A;  4IVT A;  4ZLS A;  4FLG A;  4B05 A;  4L7H A;  3APR E;  4Y48 A;  5P3U A;  1HIV A;  5P1T A;  2WF2 A;  3GI4 A;  3PWR A;  5OYS A;  2QHY A;  4GJ7 A;  3URL A;  4RGH A;  3SA3 A;  2RKF A;  1HVL A;  2IEO A;  1DPJ A;  4B78 A;  1B5F A;  1GVX A;  5P15 A;  5OZX A;  2FGV A;  5P35 A;  5IE1 A;  2PQZ A;  4TVG A;  3ECG A;  5P44 A;  1B6M A;  1IVP A;  1EBY A;  5P62 A;  5P0J A;  3S54 A;  4MC2 A;  4EJK A;  1MET A;  3EL9 A;  4TVH A;  3TH9 A;  3O9C A;  5KR1 A;  2NXL A;  3UHL A;  1D4S A;  3K1W A;  5KR0 A;  3EL1 A;  1OEW A;  4ACX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HB3 A;  2OHK A;  4LHH A;  1MSN A;  1KJ4 A;  3EL0 A;  1YTI A;  3R1G B;  2PH6 A;  4CP7 A;  5SZ9 A;  1G6L A;  4FM7 A;  5P46 A;  5P3E A;  2G27 A;  1AID A;  4GJB A;  1Z1R A;  5ISJ A;  5P6T A;  4DJX A;  2BKS A;  1HEF E;  3CYX A;  4Y3M A;  4EJD A;  3Q70 A;  3OU4 A;  1KJF A;  3KT5 A;  3PSY A;  5P52 A;  1FF0 C;  2ZJK A;  1M0B A;  4DFG A;  4EJL A;  5P2Y A;  5F01 A;  1TCX A;  2NNK A;  1K6C A;  5I70 A;  4FRK A;  2ZJI A;  1FQ8 A;  3H5B A;  5P7N A;  3NR6 A;  1EPM E;  3QRM A;  1BVG A;  1FFI C;  4JPC A;  3S7L A;  4KE0 A;  3NU4 A;  5P14 A;  5P0Y A;  3CKT A;  4DQF A;  1HXB A;  5OYX A;  4YD5 A;  1AAQ A;  4L6B A;  5P6S A;  3QAA A;  4OBG A;  5J25 A;  1HIH A;  4EXH A;  3LIQ A;  5P2I A;  4J0V A;  2H6S A;  2PYM A;  1JLD A;  1BIL A;  1BWB A;  4DJP A;  3BXS A;  2PC0 A;  2G1Y A;  2UXZ A;  2APR A;  2VJ7 A;  4Y4G A;  5P00 A;  3OU1 A;  3FIV A;  4DJO A;  3UDN A;  1SP5 A;  4WY1 A;  2QCI A;  4FAE A;  1PSO E;  1W50 A;  4D85 A;  4FRI A;  5P0W A;  4F76 A;  3O9L A;  5AH7 A;  4Q1W A;  4D89 A;  3KA2 A;  1HPO A;  2WJO A;  5P7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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