5OZ2A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 13
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz2A01
3KMXA 1MTRA 5ENMA 4TVHA 5P58A 3UFNA 5P2NA 3VCMA 1TQFA 5P6GA 2IQGA 3L58A 1TCXA 2AOFA 5P6MA 1APUE 1BV7A 4EYRA 3PBZA 1QRPE 2QNNA 2JXRA 2AQUA 3NLSA 2AVOA 5OZ2A 3PLDA 4I0IA 5P6JA 5P5CA 2VIJA 1AM5A 2XFJA 1BDRA 2OHRA 4Z2ZA 4KE0A 4YD3A 1SDUA 5P0DA 2ZHTA 3CIDA 1U8GA 3ZPSA 1W51A 5P3RA 5P1UA 5P3CA 3OAGA 4J54A 1PSOE 3UQUA 4Y5BA 4F75A 1GVXA 4CPWA 1EPPE 4GZFA 1GVVA 3LIVA 2Z4OA 4Y3YA 3UQXA 3NU3A 4KUPA 1FMBA 4YD4A 5P13A 3U71A 5P6DA 3CKRA 3I8WA 5P3NA 1B6JA 5P5FA 2JJIA 5HE5A 5P05A 4Y4DA 1BBSA 5FIVA 1Z8CA 3NXNA 1T7JA 4Y48A 5P8RA 2B7FA 5P2QA 5P2LA 1FQ7A 3EKPA 4Y54A 6UPJA 5ISKA 4WY1A 4BEKA 3PI5A 5P1DA 5P4WA 3TTPA 2AVSA 3LIXA 2AOGA 5P5ZA 2NR6A 3NUOA 2ZJIA 5P1EA 1HVHA 2Q5KA 1UH9A 5AHBA 5P6WA 1HBVA 4GB2A 1XE6A 2ZJLA 5P7JA 1ZTZA 1LYAB 5P5NA 1PSNA 3OWNA 1G0VA 3ER5E 3UDMA 5I70A 2P3BA 1XS7D 2R38A 4YCTA 5JFUA 3R4BA 3FSMA 3INEA 4GJCA 5P0XA 5P0HA 4EXGA 1XL2A 5P0QA 4PZXA 4PPHA 1TW7A 5P0RA 5EZXA 2WF1A 3FNUA 3UDQA 3NU9A 1EC1A 5P7QA 5P8VA 5P3JA 4HA5A 4Y41A 3NWXA 5P38A 3ST5A 2BPWA 4GIDA 1HVSA 1GNOA 5P0EA 4AZYA 1MT7A 4OD9B 3APPA 2QNQA 4Y5GA 5OYUA 1DIFA 3QBFA 3N4LA 3T3CA 3PSYA 5P2SA 3FV3A 3R0YA 4UPJA 5P18A 3SA7A 4OBKA 3UF3A 3BRAA 5P64A 2QMFA 3IVHA 4RROA 2G1YA 2NNKA 4NJVA 3S53A 2ZYEA 2G94A 3QRSA 2A4FA 5OZDA 3T7QA 4L1AB 3PLLA 1UH8A 1MPPA 3BVBA 2PH8A 4KE1A 5JFPA 2NXDA 4IVSA 4S1GA 4CPRA 3K5FA 3WZ7A 5P0BA 2VIZA 4J1FA 3TLHA 3KN0A 3EL5A 3NDWA 5P01A 5P60A 3IAWA 3GI4A 3HAUA 1MESA 1OEXA 2Q64A 5OZ9A 2PK6A 4GJ9A 2ER6E 1FQ5A 5P5RA 5OZMA 3U6AA 1MRWA 1NSOA 4CPXA 5P87A 4YCKA 3OUAA 1LYWB 5P6ZA 3ZKXA 5P3GA 5SZ9A 5P15A 4B00A 5P3UA 1IZDA 1SMRA 4B78A 1D4LA 5KOSA 4DH6A 1M0BA 1LF4A 5P7AA 1J71A 5P3MA 5KOQA 5P7VA 3TH9A 1HPOA 5P45A 5P43A 5P7PA 5DR4A 2ZJNA 2QHCA 3URJA 4GJ5A 2IL2A 3SA3A 5P4JA 1HXWA 5P04A 3NSHA 5HDVA 3QRMA 3O9LB 5P41A 1B6PA 2PWCA 4OC6A 4HDFA 2V0ZC 5P47A 1D4SA 1LF3A 5P19A 2V13A 1EC2A 3MWSA 1QBTA 5ENKA 3EKQA 3INDA 2G20A 1PSAA 5I3XA 3T6IA 3TKWA 5OZBA 3S43B 3VEUA 4YOBA 4ZPEA 1OD1A 1HEFE 5BRYA 3C9XA 4Y5CA 3D1YA 1HIHA 1RNEA 2SAMA 4I12A 2QMDA 3ZKQA 4NPTA 1BAIA 3CIBA 3VLBA 4F76A 5P28A 5DR8A 5P1LA 1T6GA 5P7SA 1FLHA 5OZZA 4Y9WA 3WB4A 4FIVA 8HVPA 5P40A 5P7IA 1HOSA 1BVEA 5DQ4A 5HU1A 3U7SA 4JECA 5P1ZA 4NJTA 1QBUA 2FS4A 4Y3XA 5P4TA 5P4AA 1HWRA 3EL0A 5OZNA 5P5DA 2O40A 3LIQA 3DV1A 2NMYA 3TPPA 1HPXA 4GMIA 4EHCA 2G26A 5P5HA 3D3TA 4I0DA 5P7OA 1HEGE 1BVGA 4Y3WA 2OHQA 3BGBA 1LEEA 1KJ7A 4ZPGA 3NWQA 5P1GA 3ZKMA 3CYXA 5DR7A 5C9DA 2HM1A 4OBGA 4RLDA 1FF0C 2CENA 5P4RA 2RKFA 3M9FA 5JG1A 4DPIA 4NPUA 2WJOA 2ZJMA 4GJDA 1AZ5A 3GGXA 3GW5A 2WEBA 2J9JA 3OU1A 5P6BA 1E80E 3OHFA 4Y43A 1YX9A 1ZLFA 3KDBA 5OYZA 5P0AA 2WEZA 4FCOA 2G69A 5P0PA 3OGQA 5EZZA 3SLZA 1CMSA 4M8YA 4Y5PA 3KM4A 3OUDB 1B6LA 3QRVA 2AOEA 3L38A 5P6TA 5OZ8A 1IVQA 4YE3A 1HTEA 1A9MA 3OQKA 2IGXA 1HPSA 5P61A 3AUPA 5BS4A 2OAHA 1XDHA 3LIYA 5P0ZA 1ZP8A 5P0LA 4EWOA 3SKGA 3PEPA 5OZKA 4X7IA 5HE7A 4Y5MA 2G1SA 3Q5HA 4MC2A 2BPZA 3TKGA 1XN3A 4DJWA 5P8JA 4Y3TA 4DQGA 4I0EA 4YCYA 4YDFA 2AVQA 5P65A 5CONA 5P5QA 2F8GA 2QZXA 2V16C 2O4SA 3IN3A 5P3EA 3OXXA 4RVJA 5P7BA 2F3EA 1EC0A 4HVPA 5P23A 5P8TA 4JPEA 4HLAA 5OZ4A 1SMEA 5APRE 3VYDA 1B5FA 4Y4TA 5P2OA 3G70A 4B1DA 2IKOA 2P8HA 4RCFA 5P3WA 5P5MA 5P50A 4ZSRA 2ZHVA 2QP8A 3VLAA 3PVKA 5P44A 1EPNE 2P3DA 2QI1A 5P4MA 1KJHA 3LZSA 4JPCA 4OBFA 4GJ8A 5HCTA 1ZPAA 4U7VA 2OHPA 1APVE 4OBDA 2VS2A 4DJVA 3QBHA 1FB7A 5P6HA 1AXAA 1HSIA 4Y3ZA 4NJSA 2F3FA 3D1XA 4CPSA 5P4ZA 4J1EA 1LYBA 4D83A 5P7CA 4XX3A 5OZPA 4HEGA 5P81A 5P10A 2FNSA 3SA4A 5OZUA 4Y5AA 2ZJHA 1EPOE 4IVTA 3L59A 5P4YA 5P0YA 1MTBA 1LV1A 2B60A 4Y5EA 5P8PA 3EL4A 3IXJA 5P7RA 3JVWA 1B6KA 5P3HA 4I1CA 2R8NA 2Q15A 5HVPA 2AZ8A 4DVFA 4OBZB 1EAGA 4J1IA 5P4UA 3KFRA 5P1SA 4FRIA 5P4FA 1IDBA 1FFFC 5HCOA 5P3LA 3VSWA 3L5EA 5P57A 5IVRA 3OU4B 4A6CA 2R3WA 1HIVA 3QI1A 3BXRA 3PHVA 4OBJA 4YBIA 2CEMA 3K4VA 3WSJA 3L5BA 4L7HA 1GVUA 3EKXA 5P26A 4Y3DA 2NXMA 3HW1A 3H5BA 2QI7A 1IVPA 1KJGA 3OADA 4RCDA 2I4DA 5AH6A 2QMGA 5IVSA 3LZVA 2WEAA 2JJJA 3UDRA 4FRKA 1BV9A 1EC3A 3FX5A 4ZSPA 2B42A 2AZBA 3UTLA 3RTMA 5P8SA 4YD6A 2NTRA 1AAQA 3WZ8A 5P8IA 4Y3LA 5ISJA 3PMUA 3UFLA 4Y3HA 2G27A 1FFIC 2ZGAA 1ODYA 2QI4A 3VV6A 1HVJA 3Q70A 1A94A 2VJ6A 4Q1YA 4D85A 2PK5A 3T11A 4Q1WA 5AHCA 5P86A 3AIDA 2PC0A 3QAAA 3FNSA 4Y4BA 5HE4A 3HD8A 5P31A 5IE1A 5J25A 5P33A 4FSLA 2WKZA 5TOLA 1EBYA 2ASIA 5OYYA 5P2JA 3PCWA 5P56A 3O9EA 1UH7A 5P2RA 5P8EA 3CKTA 5AH7A 5P85A 1YM4A 5OZEA 5E5JA 3RSVA 1YT9A 5BWYA 4DV9A 5HDUA 4CPQA 5OZGA 1MT9A 1CZIE 5P53A 2ZHSA 1HVRA 4J17A 2HIZA 5P8AA 5P7FA 2RENA 2BPXA 4A4QA 5E5KA 4L6BA 4Q5MA 5P7MA 5P2YA 3INFA 3VV7A 5P3BA 1NPWA 2ANLA 4RRSA 2FNTA 5P1MA 2IENA 5P3QA 3LPJA 4HDPA 5P0KA 5P1CA 5P2BA 1A8KA 3GI0A 5P8CA 1K6TA 1K6CA 4J0PA 4F73A 1VIKA 2V10C 4M8XA 2B7ZA 5P5TA 5P8GA 4B77A 3O9IA 5P1IA 1GNMA 4PZWA 4ZIPA 1EPME 5F01A 1G35A 3S56A 4EP2A 6APRE 1TSUA 4APRE 4D8CA 2AIDA 5DR1A 4Y53A 5P7LA 3PGIA 5P0VA 1CPIA 5P16A 3SFCA 4K4RA 2RSPA 5P12A 3K1WA 3TPLA 1KJFA 4PYVA 4WY6A 2I1AA 3OGPA 5P4SA 2EWYA 4Y3GA 5P8UA 2I4UA 5P39A 2QMPA 3GGAA 5P4GA 5IS4A 4FM6A 3SM2A 5OZ1A 5P24A 3ZKGA 4LAPA 4YDGA 4ZPFA 1C6XA 3OXCA 4I0ZA 3IN4A 3B80A 1PPLE 2ZJKA 1ODWA 4LXMA 2OHKA 5P03A 2HB4A 4YA8A 3O99A 3OUCA 1C6YA 4I0FA 5P66A 4COEA 3I25A 3VF7A 1T6EX 2J9KA 3CMSA 1AJVA 1KJ4A 2ZHRA 5P76A 3NU4A 5P3AA 1HSGA 3MXEA 4XXSA 2ZJJA 1ODXA 3SO9A 2QD6A 5P37A 5OZRA 2H6SA 3TOFA 2R3TA 2FDEA 5P0JA 4Z22A 4DI2A 3OY4A 1TZSA 3WB5A 3DJKA 5P5WA 3JW2A 3Q4BA 3G6ZA 3UDPA 5P0NA 5P6LA 1HVCA 5C9FA 3KFPA 1K1TA 4ER2E 3ZKSA 5P4OA 4DJRA 1META 5P36A 2QCIA 6FIVA 1BDLA 2FLEA 3S45A 4RRNA 1D4YA 2QZWA 4TRZA 3OQ7A 4J1KA 4ER1E 5P6SA 4LHHA 4Y5NA 3UQRA 5P0UA 5P3XA 4I0GA 2BKSA 3O9DA 4B70A 5P34A 1D4HA 5P2FA 2OHUA 5P1NA 3PSGA 4QJ2A 5P2XA 3VFBA 1D4IA 1SGUA 4DJPA 1MUIA 3UCBA 3Q3TA 3H0BA 3UDKA 1MVPA 2AZCA 4J5JA 2XFKA 3D20A 1SH9A 3EKTA 5IVQA 4DPFA 3L5CA 4RZ1A 4CPUA 2APRA 3S54A 4Y47A 3VFAA 3OXWA 4QJ9A 1ZJ7A 5P71A 3IXKA 5P2MA 2QK5A 3DCRA 4Y38A 2R5QA 1W6HA 3RTHA 3OAGB 5P8OA 4DQCA 1MSMA 4Z50A 1PPKE 5P3ZA 5P77A 4FGXA 5DR0A 4Y4WA 5P5IA 3BHEA 4R95A 2Q63A 1F7AA 2QU3A 3PWMA 1RQ9A 4OBHA 5COKA 3K5DA 4OBZA 4DQEA 2I0DA 2R9BA 3VYFA 5P75A 2H6TA 5P6VA 1FQ8A 5P46A 3PSUA 4Y3FA 1FQ4A 3S7MA 4Y3QA 4FM7A 3ZLQA 3SA5A 3BUHA 3TOGA 5P5XA 2R5PA 2VJ7A 1BIMA 1ENTE 5DGUA 1C70A 3EKWA 2FDDA 5P68A 4B0QA 2NXLA 4FL8A 5P80A 3HBOA 1XL5A 1PFZA 5P5YA 2HS2A 5P0WA 2PSGA 1YTGA 2P3BB 3DCKA 1GVWA 3DM6A 2PYNA 1ZSFA 3QP0A 2Q11A 1BDQA 3SA6A 2VIYA 4APEA 3SQFA 4CPTA 2VNNA 2VA6A 4FSEA 5PEPA 5P3OA 3QVCA 4QJ6A 5OZCA 5P6AA 3TPRA 5P7NA 2HAHA 2P4JA 5P8MA 5P6FA 4I8WA 3VYEA 1OEWA 1XN2A 2F3KA 1Z1RA 1SBGA 4B1CA 5P7DA 4QJ7A 3ZPUA 3IXOA 5P02A 5P84A 5P4NA 5OYVA 1F34A 2BJUA 5SY3A 3B7VA 5P6CA 5KQZA 3ZKIA 4YOAA 5P3SA 3DUYA 4LC7A 5P79A 4FE6A 4CMSA 5CLMA 5P88A 4QGIA 1JLDA 1K2CA 4H3JA 5P8DA 5P22A 3EM6A 1EBWA 3EM4A 5DQ5A 4J0TA 1LYAA 5P1AA 1EPQE 4DUSA 1M43A 2IGYA 4H3FA 1K6PA 5P5AA 4ZE6A 5P48A 2WEDA 3OOTA 5P5SA 4Y3MA 5OZXA 3TPJA 5P1VA 3NUJA 5P4QA 2XYFA 3IGBA 4EJ8A 4YD7A 1DAZC 5IVTA 2ZE1A 2O4PA 3D1ZA 3K4VC 2AVVA 2F81A 1FGCC 4L7GA 2PMAA 1BXOA 5P0MA 4CP7A 5P52A 3QIHA 3GI5A 5OZ3A 1W5VA 4U7QA 3GI6A 4OD9A 4H1EA 5DR3A 3ER3E 3URIA 1IZEA 5P6QA 4WTUA 3GGVA 4DJYA 1NPAA 5KQXA 5P4LA 2NMZA 4FRJA 4Y58A 4QLHA 3UQWA 1RPIA 5P3FA 3ECGA 3OOZA 2IRZA 3S85A 3LIZA 1Z1HA 1ZSRA 1G2KA 5P3TA 1GKTA 3DOXA 1W5WA 4XX4A 4L1AA 3BGCA 1HTGA 2HB2A 1DPJA 4Y36A 1UPJA 2P3AA 4RVXA 5P1QA 1IBQA 4Y39A 5P2DA 1HVLA 1SDVA 3ZKNA 5KR2A 2O4KA 4EJLA 4EQ0A 1AVFA 4RCEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KMX A;  1MTR A;  5ENM A;  4TVH A;  5P58 A;  3UFN A;  5P2N A;  3VCM A;  1TQF A;  5P6G A;  2IQG A;  3L58 A;  1TCX A;  2AOF A;  5P6M A;  1APU E;  1BV7 A;  4EYR A;  3PBZ A;  1QRP E;  2QNN A;  2JXR A;  2AQU A;  3NLS A;  2AVO A;  5OZ2 A;  3PLD A;  4I0I A;  5P6J A;  5P5C A;  2VIJ A;  1AM5 A;  2XFJ A;  1BDR A;  2OHR A;  4Z2Z A;  4KE0 A;  4YD3 A;  1SDU A;  5P0D A;  2ZHT A;  3CID A;  1U8G A;  3ZPS A;  1W51 A;  5P3R A;  5P1U A;  5P3C A;  3OAG A;  4J54 A;  1PSO E;  3UQU A;  4Y5B A;  4F75 A;  1GVX A;  4CPW A;  1EPP E;  4GZF A;  1GVV A;  3LIV A;  2Z4O A;  4Y3Y A;  3UQX A;  3NU3 A;  4KUP A;  1FMB A;  4YD4 A;  5P13 A;  3U71 A;  5P6D A;  3CKR A;  3I8W A;  5P3N A;  1B6J A;  5P5F A;  2JJI A;  5HE5 A;  5P05 A;  4Y4D A;  1BBS A;  5FIV A;  1Z8C A;  3NXN A;  1T7J A;  4Y48 A;  5P8R A;  2B7F A;  5P2Q A;  5P2L A;  1FQ7 A;  3EKP A;  4Y54 A;  6UPJ A;  5ISK A;  4WY1 A;  4BEK A;  3PI5 A;  5P1D A;  5P4W A;  3TTP A;  2AVS A;  3LIX A;  2AOG A;  5P5Z A;  2NR6 A;  3NUO A;  2ZJI A;  5P1E A;  1HVH A;  2Q5K A;  1UH9 A;  5AHB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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