5OZ3A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 14
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz3A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz3A01
5JFPA 4GJ6A 5P1JA 3G72A 3QS1A 3PSYA 3TLHA 4NJSA 2O4SA 1ZAPA 1EC0A 2VNNA 2QHCA 1YT9A 3QAAA 4YA8A 5P0XA 5P8VA 2B60A 4B72A 3F9QA 4J1CA 5OZ1A 3NUJA 3OQKA 5P24A 5B18A 5P5SA 3UDQA 3AUPA 4FRIA 5KQYA 4AZYA 1A8GA 5P2OA 4MC9A 4FM7A 5P7QA 1B6KA 4K4QA 1HTEA 4FE6A 3U71A 1LYAB 1HHPA 4OBDA 3OU3A 1NH0A 3DCRA 2Q3KA 5P7KA 3WZ6A 8HVPA 5P6KA 3IA9A 3LPJA 1META 4R93A 5P5NA 5P3PA 4QGIA 5OYXA 5P5PA 3OWNA 1W6HA 1XN2A 4JOOA 3DV5A 4NKKA 1APUE 2AIDA 3UQWA 3U7SA 4CPSA 2F3EA 4RCEA 4Y3QA 4HA5A 2AOCA 3S56A 3FNUA 5P0AA 4OBJA 2AOFA 5P5JA 2PSVA 5OYWA 5P02A 1MVPA 5P4LA 5P5YA 5P3EA 4CPTA 1BAIA 2NXDA 2G1SA 1K6CA 5P2ZA 4YD4A 5P6SA 5P4MA 1MIQA 3PHVA 1MTBA 4EPJA 3SM2A 1SMRA 3ZPSA 2PC0A 2J9JA 3UQUA 3O9CA 3LZVA 3NWXA 5P2WA 1EPNE 5OZ5A 5P6YA 5P14A 2AOEA 5P2CA 1MRXA 3DCKA 5OZVA 1LYBB 4J1HA 5P8FA 5P7JA 5P80A 2BPVA 4HE9A 3QP0A 3O9LB 5P66A 3KN0A 3VYFA 4J1FA 2VA5A 3QIHA 4Y50A 2OAHA 2PWCA 3NU5A 5P5WA 5P2BA 5P46A 5P63A 1PFZA 3IN4A 3EMYA 1FFFC 3DOXA 1SDTA 4DJXA 1MPPA 3Q4BA 3EKYA 5P31A 4CPUA 5P52A 3TL9A 2NPHA 5P12A 2BBBA 3N4LA 3TOHA 5P5GA 3VFAA 1BIMA 1RL8A 5HE5A 2QD8A 4YBIA 3VLBA 4J5JA 4J1IA 2F3KA 3OQ7A 1M4HA 4ZSMA 3IAWA 3KT5A 3EXOA 5P4UA 3RVIA 5OZHA 2VIJA 5P7VA 1ZP8A 2I4DA 2QI0A 5P6UA 5KR1A 4DFGA 4I8ZA 4LXMA 4QJ2A 3BXRA 4N00A 4S1GA 3LIVA 1MT8A 5P06A 5P1VA 3ZMGA 5OZRA 4FRSA 5P3GA 1RNEA 1E5OE 2WEZA 2ZE1A 4NPTA 2IDWA 3LPIA 3S8IA 1PPLE 3CIDA 2P3CA 5P5HA 3RU1A 2QI4A 3OY4A 4OD9A 1FFIC 5P3CA 3FV3A 4A6BA 3R1GB 4YD7A 3HDKA 4TRYA 3G70A 4B1EA 1AJXA 2RSPA 3HZCA 5OYSA 3G6ZA 3TPJA 3DK1A 3FNTA 5HDUA 5P8JA 5P7EA 3ZKQA 3Q6YA 5P5CA 1HVSA 5P6AA 5P0VA 2V11C 4Q1WA 4QJ9A 2FGVA 4J1KA 5P8RA 2QD7A 2EWYA 5P2DA 2WF3A 3S7MA 4DI2A 4HZTA 1HIHA 1ZSRA 5OZQA 3VSXA 3NDUA 4D8CA 2G27A 5P01A 3I25A 4GJAA 3SQFA 4DPFA 2P3BB 5P8EA 2R3TA 1Z1RA 1HBVA 5P13A 5P1CA 3DUYA 4OBKA 5P65A 2PH6A 5P2MA 4FAFA 3PI0A 3IXOA 1TQFA 1CZIE 2XYEA 3OADA 3TTPA 5P26A 3EKVA 5P5IA 3ZKGA 5P1IA 5TOLA 3S45A 4Y53A 5P37A 3L5FA 2XYFA 5P3XA 3S54A 4EJDA 4TRWA 3UFLA 5HDZA 5P4JA 1A94A 2V10C 3SAAA 4FSLA 1FMUA 2Q15A 4AA8A 2HPEA 2HM1A 4OBFA 2NMZA 3O9EA 5P7XA 3SA7A 5P4RA 5P07A 5P33A 1SIVA 2QZXA 4EXHA 1K2CA 4Y4WA 3CYXA 4KE1A 1QBTA 4RYGA 1M0BA 5P7YA 4DJPA 4DJOA 5P04A 3SLZA 4WY6A 3OGPA 5SY2A 4CPXA 1APWE 1QRPE 5P2FA 1IZIA 2Q11A 4I1CA 4EJLA 2ANLA 2WKZA 3LZSA 4R8YA 5P76A 4DQBA 1T7KA 5HCOA 4ZE6A 3GI6A 4LC7A 3WZ8A 2ER6E 2BKTA 2AVVA 5P09A 5OZJA 3DJKA 1SH9A 4ER1E 5OZCA 4Y35A 3PGIA 5P75A 5P03A 5COKA 4ER4E 1QDMA 4ZEAA 2ZGAA 5P0DA 2O4LA 5P8IA 3TH9A 1E80E 2WL0A 2I0DA 4EQ0A 3UHLA 3DV1A 5OZ8A 4UPJA 2FDEA 1XE5A 1A9MA 4FAEA 4Y3WA 4Y56A 3FNSA 4YD3A 1EC2A 4HDBA 5P70A 3OXWA 2ZHSA 1MRWA 2WF1A 5P3AA 1AM5A 4B00A 5P1ZA 3BGBA 1G35A 3QROA 4RVXA 5P40A 1IVPA 2V16C 1SDVA 1QS8A 3QBHA 4K4PA 1FIVA 6UPJA 4LHHA 4GYEA 1HVCA 2AZBA 5IS4A 5EZZA 4XXSA 1ER8E 5P48A 3C9XA 5P8KA 3MSKA 1SP5A 1LYAA 5ISKA 3PLDA 1FEJC 5P0NA 1FG6C 4IVTA 2NMYA 5P2UA 1B11A 5P4SA 5AH8A 3NDWA 5P8GA 4A6CA 3MXEA 1XL2A 2G26A 5KOSA 3OU4A 3KFRA 5P73A 4Y4EA 1MTRA 2Q5KA 5APRE 5P30A 4FM8A 3PCWA 2BPZA 2VIZA 1APVE 2FMBA 2G22A 4I0FA 4L7HA 4ZIPA 3A2OA 2V12C 3NDXA 2IKOA 1HTGA 3K5FA 2G1OA 5P88A 4GB2A 1SGUA 3OOZA 5OZ6A 5P3WA 3D91A 1BBSA 1G2KA 1IVQA 2FLEA 4Y3HA 3INHA 5P50A 1NPWA 4WY1A 1PPME 2HB2A 4Y3XA 5OZKA 5ISJA 1MUIA 1VIJA 5C9FA 5P3RA 5P51A 5P7OA 4D89A 5P8NA 4D85A 5JG1A 5OZYA 5P4EA 3KA2A 2ZYEA 2BB9A 1LYBA 3BUFA 1EC3A 3O9LA 3EL9A 1ZPKA 1MSMA 2QMDA 5P8OA 2ZJMA 3KMXA 5P8QA 2JYSA 4Y3NA 3QVIA 3WSJA 5P3NA 1UPJA 5P81A 2ER9E 3INEA 5P47A 3Q70A 5AH6A 2WF2A 3OXCA 5P1UA 3D20A 1M43A 3PB5A 5P6TA 4OBHA 4X7IA 4CPRA 3EM4A 4FRKA 4Q5MA 3L5BA 4H3JA 5T4SA 4DJQA 3QPJA 1E81E 3EL4A 2HB4A 4Y5PA 3PBDA 1PSAA 5AH9A 5P8SA 1RQ9A 5AHAA 2OHQA 3OUAA 2BPWA 2G24A 3MXDA 1G0VA 5ENKA 5BRYA 2QI6A 4RLDA 1Q9PA 4ZPFA 3QVCA 5DQ1A 5DQ2A 1GVTA 5P0TA 3UDPA 5I3YA 2WJOA 3O9IA 5P8UA 2HC0A 1EBYA 4KB9A 5DR4A 5P4BA 3VF7A 1EAGA 1K1UA 4J0TA 2ZDZA 5P0KA 2Q55A 5P7LA 3JVWA 3QI1A 5P34A 1FLHA 4RRSA 4KE0A 1DP5A 4Z22A 3B80A 3LITA 2F3FA 1BDRA 3O9HA 1D4KA 3NUOA 4L6BA 2G69A 5P2YA 5P00A 3T11A 3OXVA 3GW5A 2Z54A 1TZSA 1HPOA 5P60A 5P1HA 5P1YA 5P6PA 4Y6MA 1T7JA 5SY3A 3OTSA 5P0WA 4YCYA 4Y36A 3CKTA 3HAWA 4LAPA 5P0RA 4H3FA 5IE1A 2QNQA 3BVAA 3TNEA 5P1DA 1ME6A 9HVPA 1W51A 5P6GA 4RZ1A 2P3BA 2FDDA 3MSLA 1W5YA 5DQ5A 5I3VA 1GVWA 5OZAA 3UQRA 3KDDA 2PQZA 3PWMA 2RKGA 2ZHRA 5P6LA 5OZSA 1XE6A 3T7PA 5P3JA 1YG9A 1B6MA 5KQFA 2APRA 5HDVA 5P6XA 5KQZA 4BFDA 5P45A 5P36A 3OOTA 3NU6A 4PZWA 1HTFA 3TPRA 3INDA 2R38A 4CPWA 2OHRA 4Y3JA 3TKGA 1ZTZA 3LIYA 5P0OA 7UPJA 5HU1A 2ZJLA 5P3YA 3URIA 3VF5A 2B7FA 4DPIA 4H3GA 1HRNA 4I0EA 5DPZA 3T6IA 1ZBGA 1K6TA 2ZJNA 4D88A 2FXEA 4Y3FA 5P1QA 3NWQA 2HS1A 2BQVA 1ZJ7A 3PWRA 5P79A 1EPOE 4BELA 2QU2A 3OXXA 3JVYA 4XX4A 4DJYA 5P1FA 2Z4OA 1BILA 2AOJA 4GIDA 5OZ9A 3K4VC 3LHGA 4OC6B 3VYDA 5C9BA 1N49A 5OZNA 3BGCA 3BUGA 4Y5EA 5P3QA 4EYRA 3K5DA 1BWAA 1FF0C 3T3CA 5P0UA 2CEMA 4RROA 5P1LA 5P55A 1BVEA 4I11A 3PSGA 4EJ8A 2QK5A 5I3XA 5ENMA 4Y41A 3H0BA 3L5EA 1D4JA 4EJKA 4LL3A 3QRSA 5P3ZA 1E82E 5P1OA 2ZHTA 1FGCC 4Y5CA 5P4QA 3R0YA 5P62A 3HD8A 5P16A 4FGXA 2RENA 3CKPA 1K1TA 3O9FA 5P7FA 4Y4BA 4EWOA 1AAQA 1SIPA 4GMIA 2I4UA 5P56A 4Y5AA 5P7SA 1B5FB 4DV9A 1C6YA 2WEBA 3SA8A 3TKWA 4NJUA 1YTHA 2OHNA 1MERA 3GGAA 4F74A 1JLDA 2QZKA 3K4VA 5P18A 5P1TA 4R91A 5P61A 2QI7A 3PMYA 4RVIA 4F73A 1ZLFA 3L38A 4AMTA 4GJBA 2OHUA 4YCTA 3PWWA 5DR0A 2UPJA 6FIVA 5OYZA 5P4YA 1DW6C 3FSMA 5P6HA 5P1EA 3PLLA 2JJJA 4YD5A 1LS5A 5P1WA 3HAUA 1PSOE 2H6SA 3SKFA 2G1NA 5CLMA 3HW1A 5OZFA 5P4FA 4U8WA 5P8LA 4RYCA 4HDFA 1OD1A 1LZQA 1DIFA 4YOAA 5P2SA 4Z2ZA 1Z8CA 1EPQE 5OYVA 5OZ4A 1ZSFA 4OBGA 1OHRA 2G1YA 2PWRA 2F8GA 2QAKA 2ZJJA 3VSWA 4E43A 2VIYA 1TCWA 1A8KA 1W6IA 5P0HA 3SKGA 3S53A 4DJWA 4QJ6A 5OZ7A 5P67A 1D4YA 5OZXA 5P39A 1C70A 1SBGA 4HDPA 4I0DA 5P59A 3O9DA 5P3FA 5KQXA 5F00A 5OYTA 3FIVA 5P08A 3ZPTA 2AZCA 4J17A 4L7GA 4Y3DA 5P7ZA 1D4LA 5P6RA 4IVSA 2IQGA 2FIVA 2AQUA 3APPA 5AHCA 1MT9A 2MIPA 2AOHA 4D83A 5P3SA 3UDHA 5P5VA 4GJ8A 2Q54A 3PBZA 5P2XA 5IVQA 5P1XA 5UPJA 4CPQA 3EC0A 3NXEA 1QBUA 5P58A 1AIDA 4Y4GA 5P5XA 3BC4A 3LIQA 1YM2A 2WHHA 4K4RA 5OZZA 3IXJA 4Y43A 3SA3A 4ZSQA 5HU0A 5P4PA 4H3IA 5P53A 1BDQA 4JECA 5P0FA 3I2LA 3VUCA 2PSGA 2VA7A 5P71A 5P8MA 3TPLA 1ENTE 3GGXA 1ODWA 3CYWA 6APRE 3SPKA 5P8DA 1FMXA 2NXMA 5P4XA 3VG1A 3EKTA 4Y39A 4Y57A 5OZ0A 5EZXA 4Y3AA 1OEWA 3EKWA 1WKRA 3ZKXA 1HIVA 4B77A 5P3DA 5P77A 3EBZA 2Q63A 2AVMA 5P2NA 3OHHA 3VV6A 4J54A 5P3IA 3KF0A 2QMFA 2PK6A 5P6QA 2F81A 3MSJA 2AOIA 2G1RA 2OHKA 1EPME 3U6AA 5P6NA 4X2LA 2WECA 3D1ZA 3I8WA 5P8PA 2OHMA 4BEKA 4Y4TA 5P3TA 4PHVA 1HPSA 4R5NA 3SA4A 5P78A 1LF3A 3NU9A 5P68A 5P82A 4K9HA 4ZSPA 5P83A 2QI3A 1ZPAA 1FQ8A 3NU3A 2PYMA 4Y5LA 5ER1E 3PSUA 1YX9A 5P5AA 3OHFA 1QBSA 5P0ZA 1LYWB 4YDGA 3O99A 3UDRA 1WBKA 3L5DA 5HD0A 5P41A 4TVHA 5AHBA 5P4AA 2OHSA 2FS4A 5HE7A 3EKPA 3L5CA 1FMBA 2WEDA 4MC6A 5IVSA 5P4DA 3GI0A 5OZTA 2B42A 1DPJA 3IVHA 4Y4JA 1K2BA 3R2FA 5P3VA 2SAMA 2QD6A 4TRZA 5AH7A 5OZUA 3UDYA 2QZLA 2P3AA 5P6WA 1YTJA 5P89A 4DQHA 5P10A 3Q5HA 4Y3RA 5P4IA 1BV9A 3OQAA 5I3WA 4RRNA 5P4KA 4CKUA 3EM6A 2AZ9A 5P5BA 2VA6A 3OTYA 4Y48A 4Y4AA 4Y3YA 1SGZA 3GGVA 2CEJA 3Q3TA 4YDFA 4I10A 4F75A 1IZDA 5P11A 5OZEA 2G20A 5P7GA 4K8SA 5P7IA 5DGWA 2JXRA 2H6TA 3D1YA 5P4OA 1GNNA 1HVJA 3S7LA 4Y37A 2PSUA 4ZSRA 1AJVA 1T6EX 2AZ8A 2P8HA 2NNPA 2BKSA 3CIBA 1FQXA 2VNMA 5P5MA 4ZLSA 4Y58A 2VJ9A 5P2EA 3OGQA 4Y3GA 4Q1XA 4Q1NA 3QBFA 4OC6A 3SO9A 3GI4A 5KR2A 2FGUA 3ST5A 4R95A 5P0EA 2AOGA 2ZJHA 2O4KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JFP A;  4GJ6 A;  5P1J A;  3G72 A;  3QS1 A;  3PSY A;  3TLH A;  4NJS A;  2O4S A;  1ZAP A;  1EC0 A;  2VNN A;  2QHC A;  1YT9 A;  3QAA A;  4YA8 A;  5P0X A;  5P8V A;  2B60 A;  4B72 A;  3F9Q A;  4J1C A;  5OZ1 A;  3NUJ A;  3OQK A;  5P24 A;  5B18 A;  5P5S A;  3UDQ A;  3AUP A;  4FRI A;  5KQY A;  4AZY A;  1A8G A;  5P2O A;  4MC9 A;  4FM7 A;  5P7Q A;  1B6K A;  4K4Q A;  1HTE A;  4FE6 A;  3U71 A;  1LYA B;  1HHP A;  4OBD A;  3OU3 A;  1NH0 A;  3DCR A;  2Q3K A;  5P7K A;  3WZ6 A;  8HVP A;  5P6K A;  3IA9 A;  3LPJ A;  1MET A;  4R93 A;  5P5N A;  5P3P A;  4QGI A;  5OYX A;  5P5P A;  3OWN A;  1W6H A;  1XN2 A;  4JOO A;  3DV5 A;  4NKK A;  1APU E;  2AID A;  3UQW A;  3U7S A;  4CPS A;  2F3E A;  4RCE A;  4Y3Q A;  4HA5 A;  2AOC A;  3S56 A;  3FNU A;  5P0A A;  4OBJ A;  2AOF A;  5P5J A;  2PSV A;  5OYW A;  5P02 A;  1MVP A;  5P4L A;  5P5Y A;  5P3E A;  4CPT A;  1BAI A;  2NXD A;  2G1S A;  1K6C A;  5P2Z A;  4YD4 A;  5P6S A;  5P4M A;  1MIQ A;  3PHV A;  1MTB A;  4EPJ A;  3SM2 A;  1SMR A;  3ZPS A;  2PC0 A;  2J9J A;  3UQU A;  3O9C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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