5OZ4A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 15
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A01
1FQ8A 1LYWA 4B1DA 3QI1A 1EBYA 1NH0A 5P4ZA 3NUOA 3R4BA 4DQCA 2JYSA 1HPSA 4HVPA 3WZ6A 2ER6E 3S85A 5ENMA 5P6BA 1K6PA 1ZBGA 1MSNA 4J17A 4YDGA 4I8ZA 3PBDA 1G2KA 2I4UA 3NDXA 4FM7A 4J55A 5P2AA 3ZPTA 3S43A 2G1RA 3PWRA 1PSNA 4DQEA 5P1VA 5P11A 5P0RA 4CPRA 4Q1YA 5P5GA 5P5AA 5P09A 5P7QA 3NU6A 3PSYA 1EPNE 4Y3NA 3KFSA 2BPYA 3KFNA 1MTRA 2QCIA 3KYRA 3OHFA 1SMRA 1BV9A 1RNEA 2WEAA 3BVAA 2FS4A 1C6ZA 5P26A 3EKVA 2RKGA 3LIVA 1PSAA 3EL9A 1J71A 5F01A 5P75A 3PGIA 4YD7A 2I0AA 5HE4A 1B6LA 4I0IA 3H5BA 4HLAA 5BWYA 3LPKA 4DI2A 5ISKA 5P73A 3EKQA 4S1GA 3NXEA 4R93A 5P8HA 2I4DA 1EC2A 3OGPA 5P3TA 2I4WA 5DR0A 5P7MA 4Y5KA 4JPCA 1IZHA 4PZXA 5P66A 3O9FA 5FIVA 5P23A 2QZWA 1TSQA 2B8VA 5P43A 4DJRA 5OZFA 3VFAA 2FGVA 1YM4A 3SA7A 2VA7A 4L7HA 4AMTA 3PSGA 4Y50A 3QAAA 5P7KA 2J9JB 2R5QA 4WY1A 1K1TA 1XL5A 3TOHA 1T3RA 5P22A 5P3AA 4CMSA 5P8MA 1MVPA 5P0JA 5P8DA 3VSXA 3DUYA 1ZLFA 3UDRA 3IN3A 1HVIA 5P7LA 1A9MA 2PMAA 3VUCA 2WKZA 3LITA 5P4MA 4QJ8A 3RTHA 5P57A 4EP3A 4EQ0A 2B7ZA 3FKTA 1LYBA 6UPJA 5KQYA 3INHA 2ER7E 2XYEA 5P63A 1NPVA 3KM4A 5P4KA 5P81A 4GJDA 5DQ5A 2HB3A 1IBQA 3GI5A 3QVIA 5OZDA 1XE6A 4H3FA 5P78A 2B7FA 1HVJA 4FIVA 4FRSA 1M43A 4OBKA 1DMPA 5P4HA 3FX5A 3UDPA 5P6GA 5P80A 2NXDA 1APUE 4Y5NA 3SA3A 1FMXA 1HSGA 2V10C 5P85A 1SDTA 5KR0A 1B6KA 2AOCA 3QIHA 2G21A 5P4QA 2OHNA 5P4NA 5P5YA 1BWBA 1KJHA 5P8CA 1HPOA 3APPA 1HVCA 2PSVA 3LZSA 3WSJA 4Y38A 5P2NA 3FIVA 2AVOA 5OZ0A 5P67A 5P2JA 1Q9PA 1LEEA 1M4HA 1HXBA 5P6NA 3BC4A 3K4VC 1F34A 5P0YA 2IS0A 5P0SA 4Y57A 1MT9A 2R9BA 4KE1A 1D4HA 4R95A 2G20A 5P3XA 5SY2A 4GYEA 3CIBA 5AGZA 5OZEA 1HVLA 4QJ2A 3OWNA 4Q5MA 3NWQA 1MEUA 2WF2A 3OU4B 5P3PA 1HXWA 1DAZC 1W5WA 3PJ6A 1E81E 5P5BA 5OZCA 3ZLQA 3NR6A 5P6CA 2VS2A 2EWYA 1AIDA 1JLDA 5P3KA 3HW1A 4YD3A 4Y3EA 4Y4EA 5P77A 3NDTA 5P5HA 4K8SA 3EMYA 1FQ6A 2F3FA 3O9IA 3IVIA 4F74A 3Q6YA 5P86A 5HDZA 1HOSA 4BFBA 2BPVA 4DJXA 3KF0A 4Y54A 3FNTA 4DQGA 4OBHA 3OQ7A 3VV8A 3JVWA 5P1LA 4Q1WA 5P4SA 3HBOA 2QZLA 5P1MA 4Y48A 5P28A 1PROA 4EJKA 3S7MA 1D4LA 4TVHA 1B6JA 4JECA 1A30A 3OUAA 4FRJA 5OYSA 1AJVA 2UXZA 2ZGAA 1QBSA 4LC7A 4ER2E 4J0VA 2P3BB 1NSOA 4YCYA 2NNKA 2ER9E 5P2VA 4ZEAA 1SP5A 4Y5GA 3TL9A 1EPOE 1B11A 3EL1A 4DJWA 4Y5PA 1K2CA 1FFIC 4Y36A 1EPPE 5P8NA 5P4FA 4Y3LA 3TPJA 4DJQA 3PLDA 3PMUA 5P7SA 3SA5A 5P0CA 2V12C 2ZJIA 1HVSA 5P3LA 3UDMA 5P16A 5P5VA 1EPLE 2AVVA 5OZVA 3ZPSA 1ZJ7A 4I0GA 5P5OA 4DQBA 1NPAA 4OBZA 4ZSPA 5P1BA 1D4KA 5AH8A 2ZHTA 3SPKA 1W5VA 4ZPEA 5P6WA 3MSJA 4HZTA 5P24A 3QVCA 2Q55A 2V16C 3KT2A 4KE0A 4ER4E 3HAUA 5P6TA 4Y39A 3PI5A 2A1EA 1CZIE 3RU1A 3T11A 3OXVA 4KB9A 2PH6A 4IVTA 5OZRA 5P8UA 1ZSFA 5P65A 3PSUA 3D3TA 2JXRA 1AJXA 2O4SA 5P03A 4Q1XA 1OD1A 5P1RA 3VLAA 4DPIA 2HB4A 3IAWA 4LHHA 3L3AA 2PSUA 2QHYA 5P5IA 4NJUA 3LIYA 1WKRA 3L5CA 2FLEA 3MSLA 1ER8E 3UDKA 2ASIA 5P38A 5OZSA 4R91A 3UTLA 3BGBA 3VYEA 4YCKA 2HPEA 2AODA 4OBDA 4LXAA 3PB5A 1YTJA 3DM6A 5P5EA 3S53A 3EKTA 5P3JA 3WB4A 3PWWA 3NDWA 4F75A 1SGUA 2ZHVA 2IGYA 3F9QA 4FM6A 4Y35A 3NU3A 4TRZA 1MRWA 4LXMA 5AH6A 1QS8A 3IXOA 2WHHA 4RLDA 1B6PA 3RVIA 2WEDA 5P55A 4Z4XA 4N00A 1FEJC 4ZIPA 3ER3E 3CICA 7UPJA 4RRSA 2SAMA 2R8NA 4YA8A 1FG6C 5P48A 5P4PA 4D88A 4CP7A 3UDQA 2AZCA 4RVXA 2Q64A 3LPJA 3O9LB 2G1OA 3OXCA 1C6YA 2QD7A 5P17A 4RCFA 5AHBA 3NXNA 5P2LA 4D8CA 5P2ZA 4FE6A 3O9HA 4OD9A 5HCOA 3TKWA 2WEZA 5P64A 3GW5A 4GJBA 5P0OA 1T6EX 4FSEA 1B5FB 3ZKQA 3K5FA 2ZJLA 5OZ7A 5P68A 3HVPA 5OZ8A 1QBTA 3Q70A 2ZJMA 4K4QA 5P4JA 2CEMA 5P2SA 5APRE 3BXRA 2O4KA 4X7IA 4A4QA 5P7ZA 3QN8A 4OBJA 4EXHA 3IVHA 4Y5BA 5P8LA 3EM3A 5P0TA 3N3IA 5P37A 3T3CA 5P5CA 1UH7A 5P8GA 5P2IA 3TKGA 4ER1E 3OAGB 4B1EA 2CEJA 5HD0A 4JOOA 5P2QA 1D4JA 4I0DA 4PPHA 5HDUA 5HU1A 4Y3DA 3FV3A 2FMBA 3HDKA 1LYAB 5OYTA 2NNPA 5OZBA 5I3VA 4ZSQA 5P3EA 5P1OA 1QRPE 5HCTA 3UQUA 4F73A 3L5FA 4L7JA 3UQXA 4J0YA 5P13A 3WB5A 5P2RA 4DJVA 2ZHRA 5OZ1A 3O9GA 3HAWA 1FFFC 3I2LA 2ZJKA 5P8OA 5P7FA 4L1AA 5P1XA 4GJ8A 3I25A 3OOZA 4Y3JA 3NSHA 5P2FA 5P0NA 3NUJA 2FDEA 3QRVA 4H3GA 3MXEA 5P4WA 5P4DA 1C70A 5P0UA 4OBFA 4DJOA 4DJPA 1IVQA 1YG9A 4RROA 4Y3XA 1APVE 5P3HA 5P6RA 4Y3TA 4J5JA 5P3WA 2R5PA 4R8YA 5P1PA 1BDLA 1BWAA 1ZPAA 1KJGA 2V13A 4Y43A 5P61A 5UPJA 4I8WA 3OY4A 1SDUA 4Y4UA 2OAHA 2I1AA 4L7GA 1GKTA 3PCZA 3DCRA 2BPZA 5P5SA 1EC0A 4J1IA 2G1SA 2QI1A 5P1JA 3VSWA 2QI0A 2VA6A 2OHQA 5P7HA 4B00A 4Y5MA 1ZAPA 3APRE 1BXQA 3NWXA 5P0KA 4AA8A 5IS4A 4DPFA 1ENTE 5IVRA 3EM6A 1AAQA 3AUPA 5OYWA 3O9CA 2R3WA 4I11A 2QI5A 4H3IA 5P4YA 3KFRA 4QJ6A 2P3DA 1G0VA 5P89A 1ME6A 2PQZA 3SLZA 4LAPA 4RRNA 2QD8A 4GJ7A 1GNNA 3SFCA 5AH9A 5OYRA 5P5FA 5P5TA 5DR4A 3RSVA 3TOGA 4AA9A 4LL3A 2UY0A 5OZZA 5EZXA 2F3EA 2PWRA 5P6HA 5T4SA 2J9KA 4Y3SA 4A6BA 4NPTA 3UCBA 5P5JA 1HPVA 4Z50A 5P59A 5PEPA 2AOEA 5P8FA 3UFNA 4B77A 2BJUA 3ST5A 1HTFA 3GGAA 2VIJA 4CPUA 4GJ5A 5P3GA 3BHEA 4GMIA 4RCDA 5DR8A 2FXEA 5P0WA 3WZ7A 3CYWA 2HS2A 2RENA 1YTHA 1A94A 4D83A 3HZCA 5P2BA 4I12A 1SH9A 3SAAA 1K2BA 1META 5COOA 2VJ6A 3SM2A 4DFGA 2IL2A 5P6EA 5P4IA 3ZKSA 2HB2A 4ZLSA 4Y5CA 2PC0A 2PYNA 1VIKA 1W5YA 1IDBA 5P49A 4KUPA 5P1GA 5ENKA 2WEBA 3PMYA 3EL0A 3SQFA 1N49A 3UQPA 4D89A 1PPLE 1DP5A 4AZYA 5SY3A 3NDUA 5P06A 3KMXA 1EC1A 5P8JA 2PYMA 2FGUA 4MC1A 2B8LA 3PEPA 4EJLA 5P3RA 3G6ZA 5DGUA 3OUCA 4YHQA 4CPXA 3EC0A 2QMFA 3OQFA 2AOIA 1MSMA 3UFLA 4CPQA 3Q5HA 3ZPUA 4FAFA 5DQ1A 2Q63A 2NTRA 5P4UA 3BXSA 3KT5A 4PEPA 5P1EA 2OHSA 4LXKA 5P31A 4FSLA 5P53A 5P1FA 5OZQA 3PHVA 2P3CA 3ZL7A 1EC3A 4CPTA 1B5FA 2OF0A 4HE9A 3OXWA 5P79A 2HC0A 3DV1A 5P5ZA 1FQXA 1HTEA 5P2WA 5P7BA 2FNTA 1T7KA 2IEOA 1FF0C 2F8GA 5P3MA 3PVKA 1OHRA 5ER2E 3JVYA 1HTRB 8HVPA 5P7TA 2WJOA 5P1TA 1IVPA 1F7AA 3OU1B 1TW7A 3G70A 5P1KA 4HDBA 2BPXA 3FNUA 3GGUA 5P3NA 3K1WA 1IZIA 2BKSA 3OAGA 5OZ3A 3NYGA 1D4YA 3AIDA 2NR6A 5P6JA 3WZ8A 3CIDA 4I0ZA 3ZKNA 2BKTA 2XFIA 2OHTA 4DVFA 3ZKMA 1EPQE 5P8SA 3CKPA 1BIMA 5P05A 2WL0A 4L6BA 4Y3AA 5P0DA 2QI6A 5AHCA 5P2DA 5OZJA 1LV1A 4PYVA 5OZXA 2VJ7A 3PCWA 5P2MA 1NPWA 4CPWA 3LHGA 2VIEA 4MC9A 5KAOA 1GVTA 3EKWA 5P6VA 4YBFA 1BILA 3OGQA 4JPEA 2R38A 4Y4JA 1IDAA 6FIVA 4TVGA 5P8QA 5I3WA 1WBMA 1WBKA 3BUGA 4YD4A 1GVXA 5OYQA 2OHLA 4PHVA 1KZKA 1QBUA 3HLOA 1SIVA 4Y3FA 4I1CA 5AHAA 4DUSA 4Y3GA 5P8VA 1EPME 4Y3ZA 4OC6B 3VEUA 5P7IA 4Y4TA 5P62A 5P0GA 1W6IA 3LIQA 5OZMA 4YD5A 4Y47A 3UQWA 6APRE 3KDBA 3NU9A 2G1YA 2F81A 4Y6MA 4Y45A 5P82A 3URJA 5OZPA 5P35A 5AH7A 3S43B 3EKYA 5P5XA 3N4LA 1FMUA 1OEXA 2P83A 4I0HA 4J1KA 1EBKC 1TQFA 5P7YA 4WTUA 5B18A 4J1FA 1DPJA 1GVUA 4EPJA 1FQ4A 3PBZA 1HIVA 5P27A 5P7JA 3EKXA 5P6SA 5OZOA 5P8EA 1FQ7A 3ER5E 3O99A 4FLGA 3KDCA 1BAIA 2ANLA 4R5NA 3OQAA 4NJSA 5OZNA 4Y44A 5P7RA 1SGZA 5P4LA 3HD8A 3PI0A 4NKKA 4RCEA 1MT7A 4UPJA 4ZSRA 2NMYA 4NJTA 5ISJA 2V11C 3FSMA 2J9JA 5KR8A 5P29A 4E43A 2R3TA 4NJVA 2VNMA 4EWOA 4B1CA 3VLBA 5KOSA 1XN2A 1MPPA 2VJ9A 1ODXA 2OHRA 5P04A 2FDPA 5DQCA 3D20A 1W6HA 3DK1A 2G24A 3LIXA 1M0BA 3SABA 5OYVA 5P0XA 5P2GA 4EP2A 2CENA 4K4PA 4B0QA 4MC2A 4U7QA 5OZUA 5HU0A 1K1UA 4U8WA 3VV7A 2B42A 4Y4XA 4IVSA 5P08A 3URIA 2ZDZA 3OUDB 4ZSMA 4QLHA 3M9FA 1SBGA 4Y3QA 1HVHA 7HVPA 1K6TA 3RSXA 5ER1E 1FG8C 4RYGA 5DR1A 1HVRA 4EXGA 1TCXA 2R43A 4FL8A 1MIQA 4Y41A 1U8GA 5P5QA 4Y58A 5P2CA 5P0LA 5P0HA 4Y4DA 1YTGA 5P40A 4FCOA 4K4RA 4YDFA 4GIDA 3TH9A 2QHZA 4MC6A 3LIZA 3T7XA 2AOHA 3TPPA 3OUBA 2QMGA 3QRSA 5P1NA 4QJ7A 5P8RA 2XFKA 4JP9A 1UPJA 3LZVA 4XXSA 3IXKA 5P00A 3C9XA 1MERA 3DCKA 3EL5A 5P6XA 2Q11A 3KDDA 4Y3HA 3A2OA 4GB2A 2VNNA 3O9BA 5P6DA 5P5KA 2PH8A 2IQGA 2HAHA 3SKGA 4Y4ZA 5COPA 5P7UA 5P1DA 3OQKA 3LINA 2XFJA 2MIPA 2VIZA 3SA4A 5DGWA 5P4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ8 A;  1LYW A;  4B1D A;  3QI1 A;  1EBY A;  1NH0 A;  5P4Z A;  3NUO A;  3R4B A;  4DQC A;  2JYS A;  1HPS A;  4HVP A;  3WZ6 A;  2ER6 E;  3S85 A;  5ENM A;  5P6B A;  1K6P A;  1ZBG A;  1MSN A;  4J17 A;  4YDG A;  4I8Z A;  3PBD A;  1G2K A;  2I4U A;  3NDX A;  4FM7 A;  4J55 A;  5P2A A;  3ZPT A;  3S43 A;  2G1R A;  3PWR A;  1PSN A;  4DQE A;  5P1V A;  5P11 A;  5P0R A;  4CPR A;  4Q1Y A;  5P5G A;  5P5A A;  5P09 A;  5P7Q A;  3NU6 A;  3PSY A;  1EPN E;  4Y3N A;  3KFS A;  2BPY A;  3KFN A;  1MTR A;  2QCI A;  3KYR A;  3OHF A;  1SMR A;  1BV9 A;  1RNE A;  2WEA A;  3BVA A;  2FS4 A;  1C6Z A;  5P26 A;  3EKV A;  2RKG A;  3LIV A;  1PSA A;  3EL9 A;  1J71 A;  5F01 A;  5P75 A;  3PGI A;  4YD7 A;  2I0A A;  5HE4 A;  1B6L A;  4I0I A;  3H5B A;  4HLA A;  5BWY A;  3LPK A;  4DI2 A;  5ISK A;  5P73 A;  3EKQ A;  4S1G A;  3NXE A;  4R93 A;  5P8H A;  2I4D A;  1EC2 A;  3OGP A;  5P3T A;  2I4W A;  5DR0 A;  5P7M A;  4Y5K A;  4JPC A;  1IZH A;  4PZX A;  5P66 A;  3O9F A;  5FIV A;  5P23 A;  2QZW A;  1TSQ A;  2B8V A;  5P43 A;  4DJR A;  5OZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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