5OZ7A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 18
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz7A01
4QJ2A 1OD1A 3VLAA 5EZXA 3PRSA 5P5IA 4F74A 4GJ5A 5P2SA 1SIPA 3CYXA 4R8YA 5P89A 4RVJA 4YA8A 1SDVA 2JYSA 2QP8A 3WZ8A 2NNPA 4OBZA 3T6IA 3CYWA 1ZJ7A 1LS5A 1UH7A 1ZAPA 2O4PA 3KN0A 3LHGA 2R5QA 2OHMA 2R3WA 4QGIA 3NWQA 4AMTA 1T3RA 2WEAA 3O9LA 5P4KA 2QI6A 4GMIA 1DW6C 1DIFA 2JXRA 3QRMA 4GZFA 4EXHA 5P4WA 3GI0A 2BPXA 4LXKA 3IGBA 4AA9A 3OK9A 5P2OA 5P5DA 3EL1A 3C9XA 2Q64A 4EHCA 3CIBA 8HVPA 4KE0A 1EEDP 1ME6A 5P6BA 5P46A 4EWOA 5C9DA 4L1AB 5P01A 4FS4A 4H3FA 3ZPSA 4CPQA 3DK1A 5P70A 1EC0A 3KMYA 2CEMA 4J55A 5P1FA 5P5UA 5P0VA 5P5MA 5P4ZA 4IVSA 3VYDA 1LYAB 2QZWA 5P7PA 1HTGA 3NR6A 1EC3A 4Y37A 3SA5A 3QRSA 1LF2A 5P0RA 3OHFA 5OZ2A 3SKGA 2BPZA 4Z2ZA 2VJ9A 5P40A 5OYTA 4Y36A 1E5OE 1QBUA 5P2QA 3S43A 2G94A 2I4WA 3FKTA 2A4FA 2R38A 4J5JA 4ZE6A 3L59A 3QS1A 5P4MA 4AUCA 5KOSA 5P7GA 3TPJA 5P1SA 5P67A 3UDRA 5P0DA 4EJ8A 1RQ9A 5KQZA 1XN3A 1B5FB 3QVIA 2PYMA 5P24A 5P6TA 1T7JA 4CPWA 5P84A 2OF0A 1XN2A 1K6PA 2PWCA 4Y3ZA 5P8EA 4Y41A 5P43A 1LF4A 2ZE1A 5P09A 3RTNA 2Q5KA 3ER5E 5P0MA 4Y4DA 5P2JA 1W5YA 1HTFA 2F8GA 1HRNA 3SLZA 4ACUA 1UH9A 5KQXA 4APRE 1C70A 5P4OA 4FM6A 4Q1NA 4RGHA 2IRZA 1SIVA 5DQ1A 4Y5PA 2FDEA 4Y3WA 1BVGA 4KUPA 1ZTZA 3MXDA 4FAFA 3O9AA 3R1GB 1ODYA 3BC4A 2NPHA 2FMBA 5OZOA 4HDFA 5P6RA 2P4JA 1TSQA 5OYWA 5P4DA 5IVTA 5P0QA 1SGUA 2I4XA 2QI7A 2HB3A 3OADB 3QBFA 1W50A 2NR6A 5P49A 5P5ZA 2QNPA 1BDRA 1OEXA 1ZSRA 4LXMA 3IVIA 3HW1A 3VF5A 2FS4A 3K5GA 5P3WA 4J1KA 3OOZA 2G69A 5CLMA 2G27A 2QHCA 2V16C 4RROA 5P0SA 3QIHA 2VIYA 2WKZA 4GJCA 2VJ7A 2PH8A 4YCKA 5C9FA 2AVOA 4J0PA 1U8GA 5P51A 5OYYA 3IXOA 5P4CA 7HVPA 4Y5NA 3OGPA 1SMRA 5P4BA 3HDKA 1M43A 4CKUA 2BPWA 1C6XA 3URLA 5HCOA 5OZQA 3O99A 4Y4TA 2P3BB 1MSNA 1SBGA 5P7OA 4J1HA 4LHHA 5P71A 4Y6MA 3ZKQA 5DR3A 3BVAA 4PEPA 4ZLSA 4Y4EA 5P0HA 1HOSA 5B18A 1EC2A 3OAGA 4CPTA 5IS4A 5OZEA 3NXEA 4ZEAA 4Y5MA 3U71A 1TCWA 4DJYA 1NPWA 5SY3A 3EL0A 5P6KA 3WB4A 3MXEA 5HCTA 3BXRA 5P3PA 5P5SA 3LIQA 2F80A 5P76A 2WECA 5P7JA 4I0EA 3VFAA 2PMAA 3UF3A 5P7HA 4Y43A 2AVMA 5KR2A 3IXKA 5OZ9A 5OZ8A 5P1NA 3SQFA 3NU9A 3UTLA 3K5DA 5IVSA 2HS2A 3S43B 1FQ6A 1YX9A 1Z1RA 4AZYA 2VA5A 4RRNA 3NDUA 2B42A 4XXSA 3UDHA 4F76A 4J1CA 4WY1A 4Y54A 1KJGA 5P3FA 4RCDA 3UCBA 4BFDA 2Q63A 5P8KA 5P1QA 1MT7A 1HXWA 4ZPFA 5P1XA 1YM2A 1IDBA 3QVCA 1D4HA 5I3WA 3IXJA 1MPPA 4EP3A 5P65A 1APWE 4U7QA 5P3OA 3OWNA 3KT5A 1HEFE 1LYWA 4Y3LA 4EJKA 5OZMA 4Y3MA 3DCKA 5P25A 3CKTA 4DQBA 2QI3A 2QI1A 4YOAA 2NNKA 5P61A 3QRVA 4Y3FA 5HU0A 1D4IA 1HVLA 4L7GA 1A30A 3KA2A 1CMSA 3CICA 3KFRA 5P3UA 2FDPA 4WTUA 1META 4YD6A 1HVCA 1BXOA 3UDKA 3NYGA 5P2DA 2QHZA 3D20A 3NUJA 5P39A 2ZJKA 1D4SA 1EC1A 2XFJA 4ZPGA 4Y3YA 5P2VA 3UDNA 1EPME 2XFIA 5P7EA 3UQWA 4JP9A 1PROA 3EKWA 3RSVA 3PBDA 4A4QA 4TRYA 2IL2A 4Y47A 4KB9A 5JG1A 5P45A 1XDHA 3O9BA 2ZHUA 3CKPA 2OHKA 5P1GA 3ZPTA 5C9BA 2BKTA 1XS7D 1G2KA 2APRA 2NMZA 5P3QA 4S1GA 4XX4A 2QD8A 3LINA 5DQ4A 1LEEA 1W5XA 5P2YA 2BJUA 4LL3A 5P3JA 5P7NA 3URJA 1IBQA 1E80E 5P0BA 1TSUA 2I4QA 5P4LA 3PSUA 5OYVA 5KOQA 5P57A 3NSHA 2QMGA 5P5TA 1FGCC 2NXMA 3URIA 2ZDZA 4GYEA 5P0YA 2PSVA 5DQ5A 5OZJA 3T11A 1LYBA 4Y38A 2QHYA 1KZKA 3ZKSA 3PBZA 5P8UA 4Y5LA 4Y3QA 5P8VA 3BGBA 1D4YA 1GVUA 5P1TA 5DR1A 5P32A 3KDCA 2V12C 5P4PA 5P4HA 1ZLFA 3FNUA 2O4NA 1FFIC 3OU1A 4X7IA 4DV9A 5P1JA 2XFKA 4M8XA 5ER2E 5P5JA 4YD7A 5P8CA 1APUE 5P6IA 4B1CA 3ZMGA 5HE5A 5P6NA 5KQYA 2G21A 2I1AA 3K5FA 2R3TA 4Y48A 4ZSPA 2VJ6A 5P6AA 2ER6E 2OHRA 1GVTA 2WEZA 3EM3A 3FIVA 1EPOE 2IKOA 1HPXA 1ENTE 1BIMA 2QZLA 4GJ9A 5P3HA 2UXZA 1DMPA 2WEDA 5P37A 1BVEA 2AVVA 5OZUA 3TL9A 4Y3AA 1HVJA 2FXEA 5OZKA 3EKPA 4HEGA 5OZ7A 5OZZA 3BUFA 3VV6A 5P3ZA 4DJWA 4Y5EA 5P6UA 3I6OA 1HTRB 1M4HA 2G1NA 4OBKA 5OZPA 4F73A 3TLHA 5EZZA 5P35A 5SZ9A 3L38A 1LYWB 2Q54A 3HZCA 2AVQA 3GW5A 5P4GA 5P42A 3OQKA 3S53A 1MIQA 3SFCA 4ZPEA 3D1YA 3U6AA 5P0PA 3LZSA 2ER0E 1FF0C 2IDWA 4TVGA 3SM1A 4GIDA 5P4EA 3UQUA 3ER3E 3K4VC 3SA4A 5P7RA 5P28A 4NJUA 5AH7A 5DR7A 5P8GA 5HE7A 3OU4A 5P4RA 5IE1A 3HD8A 2VNMA 5P53A 3WZ7A 5OZNA 5P2XA 4R5NA 3PSGA 4L6BA 3KDDA 2UPJA 2V13A 3EM6A 5P2LA 1T7KA 3IN3A 1YTIA 4I0ZA 5I3YA 5OZ0A 5P0WA 5P3SA 5P55A 5P2WA 3UFLA 3NUOA 4YDGA 4I0DA 1HVHA 4FSEA 5P6PA 4DQCA 4Z4XA 5P5FA 5OZVA 3K1WA 3GGUA 5OZSA 3PEPA 3PSYA 1OHRA 3ZKXA 5P1UA 4I8ZA 4ACXA 2HPFA 3G70A 3OGQA 5P3LA 2V00A 5DQ2A 4Y51A 1TQFA 1EPPE 2AQUA 2O4LA 5F00A 5P5YA 5P68A 5P0FA 4YCTA 3FX5A 3HVPA 1CPIA 4ZSMA 5P1WA 1AM5A 3QAAA 4LXAA 5P5GA 4OD9B 3EKYA 4HVPA 5P78A 3NU5A 4DJXA 5P4TA 5P3DA 5P7CA 5P7WA 5KR1A 3ZLQA 4Y4BA 3O9IA 5P6YA 2B60A 2IQGA 2AODA 5P07A 5P7FA 2IGXA 4QJAA 4DJRA 4D89A 2BPVA 4I11A 2AZCA 2Z54A 4I0FA 3F9QA 5P7KA 4B70A 4Y3EA 4J0TA 5P0IA 3ZKGA 2O4SA 5P8JA 3ZKIA 5ISKA 5P2TA 5IVRA 3UQXA 5OZLA 1GVXA 1ZPKA 5OZ4A 3OXVA 4NJSA 2PK5A 3OHHA 3VSXA 2IEOA 3WB5A 5IVQA 5P02A 2G26A 4FRSA 5OZBA 5P0GA 5P0EA 5P8HA 1VIKA 5P8OA 2Q55A 5JFPA 5P34A 5P23A 5P1RA 3G72A 2J9KA 2QZXA 5P3TA 3Q4BA 2WEBA 1IVPA 1FIVA 2AZ8A 4OC6A 1HVKA 4HE9A 5P0KA 1ODWA 4Y4XA 5P2KA 4J0ZA 2WF4A 2ZGAA 5P1HA 3H5BA 3U7SA 1RNEA 4B72A 4HA5A 3PLDA 2G1OA 1HIIA 2VNNA 5P1ZA 2WF3A 3Q5HA 1HXBA 3JVWA 5P5LA 2HS1A 5DQCA 3VF7A 3I8WA 1FQXA 3IAWA 3TPRA 3BGCA 1A94A 5P5OA 4Q5MA 4Y45A 3PWMA 5P3KA 3NU3A 4DI2A 2FIVA 5COOA 1AXAA 4Y3RA 5OZXA 1KJHA 4Y5CA 5DGWA 5P2GA 2JJIA 2B8VA 4R93A 5J25A 3EXOA 4BELA 1GVWA 5P27A 2F3FA 5P86A 1F34A 5P0LA 1MTRA 5P1BA 4RCFA 1HVIA 4BEKA 2I0DA 2R8NA 2QNNA 4BFBA 2HB4A 5OZDA 4TRWA 3OUBA 3SPKA 5P5XA 3OU4B 1PSAA 3BUGA 5P5RA 3LZVA 4I12A 5P1AA 2B7ZA 1A8GA 3R0YA 4R92A 4TRZA 2CEJA 3OUDA 4OBJA 3INHA 5ER1E 2IS0A 3OQDA 1K2BA 5P0CA 2G22A 4OBZB 2HC0A 4Y39A 1AAQA 1D4KA 5P48A 3EKXA 3PI0A 2V0ZC 2QD7A 4EP2A 1G35A 3L3AA 1ZSFA 4Y57A 4ER4E 5OZCA 1IVQA 2OHNA 4FL8A 4EXGA 2JE4A 5HDVA 3O9LB 3DV5A 5P8LA 3ECGA 2RMPA 4OBGA 1ZP8A 4FM7A 3LZUA 5HTZA 4D88A 1UH8A 5P8RA 3PGIA 1PPLE 5P3EA 1D4JA 2NTRA 2WF2A 1NPVA 3PVKA 3UDYA 3PMYA 5P85A 3EL4A 3O9FA 3EMYA 4I10A 3EL9A 4RCEA 5P18A 4FLGA 2ZJJA 5P0NA 4Z50A 3TOHA 4J1IA 3G6ZA 4PZWA 4Y4AA 5P1MA 3FV3A 1IIQA 1W5WA 1T7IA 3WSJA 3I2LA 1HIVA 3KYRA 4QJ8A 1QRPE 5OZWA 3PB5A 5P0XA 1HSIA 4JPCA 2Q11A 3L5CA 4Y50A 2QMDA 5P60A 3APRE 1B6MA 5SXNA 1B6LA 2P3AA 3L5DA 4DPIA 5P88A 1WBKA 5P22A 5P5NA 5DR8A 4CPRA 2G1YA 4B78A 1YG9A 3QPJA 1K1UA 1XL5A 2J9JA 2FGUA 1B6KA 5P81A 1G0VA 2ZHSA 3VLBA 5P5BA 5PEPA 2O40A 1A9MA 2ZYEA 3MSJA 5P6FA 4DH6A 2I4VA 1BDQA 4YD3A 2QMPA 3OQ7A 3LZYA 2HAHA 3HAWA 1MERA 1YTJA 3APPA 5P3YA 5OZYA 1IZEA 5P4NA 3D1ZA 2P83A 5P7XA 2AOFA 1HSHA 1BV9A 5P3XA 7UPJA 4OBFA 5P1KA 2OAHA 3VEUA 4E43A 2NXDA 3LPKA 5BRYA 2SAMA 2AOJA 3INFA 2Z4OA 1FG6C 1T6GA 2ER9E 5P8QA 4HDPA 1FQ5A 5P2RA 4J17A 4MC2A 5P13A 3I7EA 3UPJA 1PSOE 1MVPA 3MWSA 1TZSA 4X2LA 2I4UA 3OU3A 4L7HA 4QJ7A 5P3RA 5OZTA 5P5WA 4YD4A 4JECA 3PLLA 3GI5A 2F81A 3PCZA 1AVFA 4K8SA 6FIVA 1NSOA 3D1XA 2WJOA 3KDBA 5OYUA 5P56A 5BWYA 3TOFA 1BBSA 5P4UA 2PC0A 4H1EA 1RL8A 2QAKA 5P19A 1EBWA 5P7SA 2IGYA 1YTHA 4J0YA 5P4QA 1QBSA 4QJ6A 3T7PA 2OHSA 1HWRA 5P7VA 5P72A 4DQHA 3NDXA 5P82A 3OXXA 5P6ZA 2VIJA 5KR0A 3HLOA 3VG1A 3LIZA 1EBZA 1HTEA 4H3GA 3L5BA 4PHVA 1B6PA 3NLSA 5P3IA 3S2OA 4ZIPA 2BB9A 1HPSA 5P17A 1JLDA 3TKGA 2VKMA 5P6QA 3EL5A 3AUPA 4CMSA 4Y3XA 2I0AA 5E5JA 1BWAA 5OYSA 5HDZA 4YBFA 5P75A 1GNMA 4LP9A 3QROA 4RZ1A 4JPEA 4EQ0A 2QU2A 2ER7E 2WHHA 3RVIA 5HVPA 4L1AA 3EKQA 4FSLA 1RV7A 3EC0A 2WF1A 1HBVA 5P7QA 3S7LA 3KM4A 3DUYA 2P3CA 4B77A 3OAGB 5P06A 5P47A 1BV7A 3EKVA 5P0OA 3HVGA 3UQPA 3RTHA 3HBOA 5P3MA 2OHPA 3DOXA 1YT9A 4HDBA 1W5VA 5P2EA 5P4XA 3VYFA 5P08A 2PK6A 4N00A 2FDDA 4FGXA 4EQJA 4YD5A 5P54A 5P74A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ2 A;  1OD1 A;  3VLA A;  5EZX A;  3PRS A;  5P5I A;  4F74 A;  4GJ5 A;  5P2S A;  1SIP A;  3CYX A;  4R8Y A;  5P89 A;  4RVJ A;  4YA8 A;  1SDV A;  2JYS A;  2QP8 A;  3WZ8 A;  2NNP A;  4OBZ A;  3T6I A;  3CYW A;  1ZJ7 A;  1LS5 A;  1UH7 A;  1ZAP A;  2O4P A;  3KN0 A;  3LHG A;  2R5Q A;  2OHM A;  2R3W A;  4QGI A;  3NWQ A;  4AMT A;  1T3R A;  2WEA A;  3O9L A;  5P4K A;  2QI6 A;  4GMI A;  1DW6 C;  1DIF A;  2JXR A;  3QRM A;  4GZF A;  4EXH A;  5P4W A;  3GI0 A;  2BPX A;  4LXK A;  3IGB A;  4AA9 A;  3OK9 A;  5P2O A;  5P5D A;  3EL1 A;  3C9X A;  2Q64 A;  4EHC A;  3CIB A;  8HVP A;  4KE0 A;  1EED P;  1ME6 A;  5P6B A;  5P46 A;  4EWO A;  5C9D A;  4L1A B;  5P01 A;  4FS4 A;  4H3F A;  3ZPS A;  4CPQ A;  3DK1 A;  5P70 A;  1EC0 A;  3KMY A;  2CEM A;  4J55 A;  5P1F A;  5P5U A;  5P0V A;  5P5M A;  5P4Z A;  4IVS A;  3VYD A;  1LYA B;  2QZW A;  5P7P A;  1HTG A;  3NR6 A;  1EC3 A;  4Y37 A;  3SA5 A;  3QRS A;  1LF2 A;  5P0R A;  3OHF A;  5OZ2 A;  3SKG A;  2BPZ A;  4Z2Z A;  2VJ9 A;  5P40 A;  5OYT A;  4Y36 A;  1E5O E;  1QBU A;  5P2Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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