5OZ8A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 19
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz8A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz8A01
4B72A 1META 5P09A 4OBFA 3O9IA 4ACUA 5P69A 4Y3NA 3APRE 5P5XA 3O9EA 5P1SA 5P74A 4I0HA 3FNUA 2JXRA 4F73A 5P3EA 2CENA 5P5PA 2ZE1A 5T4SA 2FNTA 2Q3KA 5P73A 3DV5A 4GB2A 5P20A 5P7WA 1MERA 5HDZA 5P84A 5P5EA 3L59A 5P1JA 3INFA 1AZ5A 2FDEA 5P8SA 5P6KA 4OBZA 2NMZA 5KQZA 4EJ8A 3RTHA 5P2BA 4RYCA 3KT5A 5P7TA 3VUCA 3ZOVA 5P5WA 4Y53A 1BDLA 1QBSA 3PBZA 1FFIC 3VF3A 4Y3YA 4OBJA 5OZDA 5OZRA 2I4VA 3UCBA 1D4JA 4COEA 3EMYA 1ZP8A 5P56A 1TSUA 3HVGA 3OUDA 2OHUA 1LF4A 3UTLA 4QJAA 3S53A 5KR1A 4ZSPA 5P5NA 4Y43A 5HU1A 3FV3A 3TKGA 3O9HA 3O99A 5E5KA 2BB9A 3GGXA 3KA2A 4JECA 3PCWA 5P0MA 5P6XA 3INDA 5P4DA 4DPFA 5OZVA 2WEAA 1YTIA 3HZCA 1G6LA 4H1EA 5P8JA 1YM4A 3PM4A 5P2MA 4B00A 3D3TA 2FGUA 4Y5CA 3PSYA 3TKWA 1FB7A 2FGVA 1ER8E 3R0WA 3PB5A 2QI3A 1XN3A 1A9MA 4RVJA 3R4BA 4DVFA 2ZJKA 2AOIA 3KMYA 4Y3GA 5P76A 5P1MA 5JODA 5E5JA 3PWMA 3TOHA 3TNEA 1ODWA 2OHRA 3L3AA 4ZSQA 1MT8A 5P37A 2AOFA 3TPLA 4Y3EA 5KR0A 1BILA 5UPJA 5P23A 2FDDA 2AODA 3MSJA 3HDKA 4ER2E 3S85A 4LXMA 1IDAA 1HTFA 1FEJC 3KFRA 1EBWA 4NJVA 3SLZA 1D4SA 2R3TA 1MPPA 5P55A 5HD0A 1NH0A 1JLDA 2G94A 5OYSA 1SMEA 1Q9PA 4R95A 4Y4BA 5I3WA 5KAOA 1ZPKA 2ZJJA 1HPOA 5AH8A 3NR6A 5OZ3A 1YTGA 4LHHA 3OU4B 4QLHA 1WKRA 1HWRA 3D1YA 2WF1A 2AZBA 2R5PA 4J0YA 1NPVA 4QJ9A 2QZWA 1NPAA 1HSIA 3PRSA 2G22A 2ASIA 3TPPA 3UPJA 4Y3ZA 5P4WA 4HZTA 1BBSA 4RYGA 2P3BB 4DJYA 1GNMA 1M4HA 5P0YA 2VJ9A 4ACXA 3O9AA 4FAFA 5OZJA 4Y4JA 4Y3TA 1HHPA 3H5BA 4Z22A 3O9BA 4DQBA 4U7VA 1PPME 2ZHSA 1YT9A 5P7IA 1EC3A 1W5YA 1XL2A 3Q6YA 4I0JA 5KOSA 5OZSA 2WHHA 1SP5A 1ZLFA 2IL2A 4Y4GA 3DOXA 4EP2A 3SA4A 1SGZA 2PK5A 5OYVA 5P6LA 2QD6A 5P5SA 1ME6A 2HIZA 4PEPA 1YG9A 2APRA 2FXEA 4DJVA 5P6SA 1E81E 5P5JA 5P1BA 2B8VA 4Y5BA 5DQ1A 4EHCA 2PH8A 3LIXA 5DGUA 1SDUA 2NXMA 1XN2A 3AIDA 5HVPA 2OHMA 5P8AA 3UDMA 1IBQA 1SDTA 3SA7A 4PZWA 3PMYA 1ENTE 2G27A 5P54A 1EPNE 2F3EA 5P7CA 3BVAA 2P4JA 4Y5AA 2B60A 2R3WA 1FLHA 5APRE 2PSVA 5P0OA 5P1QA 1FQ7A 3S54A 2PSUA 2G1OA 1TCXA 4DQEA 5P3RA 4EWOA 5OZ8A 5BWYA 1LYAB 5OZGA 3QBHA 4L1AB 2OHSA 5P49A 3FKTA 4RZ1A 1LYBB 4ZPEA 1G2KA 3SA3A 5P4PA 3U6AA 3EKQA 2G21A 5P0EA 5P43A 4QGIA 1NPWA 2Q54A 5P29A 5P0DA 1YTHA 4EQ0A 5JFUA 5P6WA 4Z2ZA 4WY1A 5P1KA 3QVCA 2PWCA 5P4FA 2ZJMA 4Y5MA 3NSHA 3KDCA 3QN8A 5PEPA 3OQFA 3CKPA 1XL5A 1MEUA 2O4KA 2I0AA 1FKNA 3VV6A 3LHGA 4CPUA 3VV8A 5COKA 2QI7A 3KMXA 5IVQA 2MIPA 2I4XA 5P35A 2HAHA 2HPEA 4YD3A 2RKGA 4EQJA 5P6CA 5P4GA 1AM5A 1E80E 5P5LA 4U7QA 1ZBGA 5DQ2A 4L7GA 4YDFA 1FMBA 2AZ8A 2QD8A 2ZJLA 5COOA 3WZ6A 4PHVA 3OU3A 4F74A 4Y5PA 5P2WA 5P62A 3KFSA 1EPOE 1RV7A 3UDRA 5P6GA 4APEA 1SMRA 3B7VA 5P77A 2O4LA 4X7IA 5P57A 2QNQA 4WY6A 1LYWA 2A4FA 1MSMA 2O4PA 3NXNA 2ZHVA 4RCFA 2P3AA 3UDNA 3DM6A 5P02A 2ZJIA 2Q5KA 1M0BA 5P4KA 5HCTA 1RL8A 3OU1A 5DR1A 3BGCA 5P4SA 5C9DA 5P6OA 4NJUA 2QP8A 4R91A 3NLSA 5P48A 1D4IA 4EXHA 2P8HA 2WL0A 3UQRA 3LPKA 1C6YA 4Y4ZA 1EC1A 1G0VA 3OGQA 5COPA 1HVSA 7UPJA 3GW5A 1OD1A 4I0IA 6FIVA 1DW6C 1TQFA 4J0VA 5P1NA 4OBGA 4YBFA 1YX9A 3QROA 2FXDA 4Y3WA 5P6QA 3EBZA 3NU3A 4I0EA 3U7SA 1HVCA 3VYFA 3BC4A 4AMTA 3SABA 5OYWA 5OZKA 2BPVA 5P2HA 5P2KA 2BPZA 3GGAA 3EM4A 1B6MA 3TLHA 4CPRA 3H0BA 3OY4A 5P7KA 3T7QA 2WJOA 4M8XA 3T11A 4LC7A 3N3IA 1FIVA 4I0FA 4L7JA 4RROA 3D91A 3VSWA 4Q1WA 3QRSA 5P88A 1PROA 4YD7A 3LINA 3D1XA 5P6TA 4F76A 5P72A 2VA7A 3LNKA 5IVSA 4ZIPA 5P8OA 3WZ7A 5P3PA 4K9HA 5P6MA 4Y3XA 2F3KA 2XFIA 3HLOA 2OF0A 4ER1E 4X2LA 5AH6A 5P7DA 1MTRA 3G72A 3OWNA 5P0CA 1ZSFA 5P50A 3ZKSA 5P2VA 4GIDA 3JVWA 3QAAA 3O9GA 5OYXA 4GJ5A 5P6AA 3I8WA 2FDPA 1QRPE 5P3FA 3INHA 1HRNA 2AVVA 2PYMA 3NU5A 2A1EA 1D4LA 3VLBA 5P1RA 2IEOA 3KDBA 4YD6A 4Y4UA 5P8IA 2JE4A 4Y3DA 5DQ5A 2NNPA 1TZSA 1A8KA 5P63A 3MSKA 1UPJA 5OZ2A 2QMFA 1MESA 1KJ4A 3Q5HA 5P5BA 5P2OA 3LPIA 4J1EA 5P7VA 3TPRA 2FLEA 3I7EA 2WEDA 3OQDA 5P59A 5P39A 4MC1A 2P3DA 5P5ZA 5P34A 2VA6A 4ER4E 4Y3QA 1PPKE 3URIA 1A94A 3RU1A 1VIKA 3GI0A 4CP7A 2Q11A 1HEGE 2G20A 4I0GA 5P45A 2WF4A 3S2OA 1T6EX 3BHEA 9HVPA 1MIQA 4DJOA 1TSQA 3OXXA 3EKTA 4NJTA 4Y3PA 2IKOA 4Y3LA 4OBZB 4Y4WA 3OUAA 4LAPA 5P4VA 4FCOA 3EKWA 3KF0A 5P2FA 3S8IA 1AJVA 5P3AA 3WSJA 4OD9A 3TL9A 3S45A 4YHQA 5P1PA 2V0ZC 2BPXA 2BBBA 5P80A 2WECA 1MT7A 2FMBA 3EL4A 3PLDA 4PZXA 2I4DA 3TOFA 3RSVA 3OUDB 3QRVA 3NXEA 5P5OA 5P4UA 2QAKA 1C6XA 3TOGA 3VFAA 1AXAA 5P7EA 2RSPA 5AGZA 5OYYA 1YM2A 5BS4A 2JYSA 4J0ZA 5P4XA 5P66A 1APWE 3PEPA 4NJSA 5SXNA 1EC0A 1K2BA 4Q5MA 5P4OA 4FGXA 5P3OA 4L6BA 1T7JA 4TVGA 4FS4A 4BELA 4H3IA 5OZ5A 1B5FA 1QBUA 4R92A 3EKXA 2XFKA 5OZCA 3CICA 1J71A 1MTBA 5P61A 4JP9A 2VA5A 3DK1A 1W6IA 3ZMGA 4Y3AA 5P3NA 1APVE 2EWYA 4I11A 4FSEA 4MC2A 3VEUA 4K4PA 3UDQA 3GGUA 4I0DA 5P4ZA 2J9JA 5P67A 2HS1A 4RVIA 4YCKA 1HSGA 1KJ7A 1MT9A 4RRSA 5P3JA 5P5UA 5P19A 5P7AA 2IENA 3OOTA 4DI2A 1APUE 4J17A 1AAQA 3OOZA 5P11A 2HM1A 1MUIA 4TRZA 2H6TA 4IVSA 5P3WA 4Z4XA 4Y3SA 3R2FA 5DR4A 3EXOA 3UQXA 2QMPA 4I10A 2UPJA 3L5EA 2IKUA 5P8EA 4XX3A 4YCYA 1SIPA 3S7LA 4FL8A 2WEZA 4Y9WA 5P7GA 1GVXA 4N00A 3LZSA 2VKMA 3K4VC 4CPQA 4XX4A 1K1UA 2G1RA 2V13A 3CKTA 4AA9A 4APRE 4JOOA 4OBKA 1LF3A 5P2GA 1FG8C 1HVLA 4IVTA 5P0KA 1GVVA 5CONA 3OK9A 1N49A 3ECGA 5P0WA 2ZJNA 4ZE6A 2G1NA 1XDHA 1PSAA 5P32A 4DFGA 5P6ZA 4Y4XA 4GJAA 5P07A 3IA9A 3K4VA 1XE6A 4J1FA 2QI1A 2IDWA 4KE1A 2NTRA 5P3KA 4OBDA 5P4YA 5P3CA 3VCMA 5P2JA 5P4TA 5P58A 3OUCA 3NWXA 5OZ0A 5P6PA 5P3MA 4Y5KA 3NDTA 1HTEA 4XXSA 3L38A 1K6PA 3HW1A 5DR3A 3ER5E 2RMPA 3UDJA 3EL0A 4K8SA 3ZPTA 5P4LA 5C9BA 3OTYA 4GJ9A 5P8BA 4WTUA 5P53A 2AOGA 5P3TA 2ER9E 1MRWA 1EAGA 4BEKA 1CPIA 4LP9A 1PSOE 4AUCA 4DQFA 2IRZA 1T3RA 5P2TA 4S1GA 3ST5A 4HEGA 5P3IA 3KFPA 3VYDA 3OADA 5P1XA 4I0ZA 1HBVA 5OZOA 5P13A 3UQWA 5C9FA 4Y51A 5KR2A 3PHVA 1ZAPA 2IGXA 2QK5A 4J0TA 4OC6A 5OZ1A 1LF2A 5P7MA 5P0VA 5P17A 1BV7A 2QU2A 4EPJA 2F3FA 2XYFA 5P10A 5P7HA 3A2OA 2NXLA 5P83A 5P31A 5HDUA 5P82A 5P85A 2J9KA 5P1OA 1BVGA 4Y4EA 1C70A 5P4RA 4QJ2A 1IVPA 5OZTA 1GKTA 3SA6A 4KB9A 3EKPA 1E5OE 5CLMA 4TRYA 2Q55A 3S43A 4HA5A 5P0HA 5P8LA 1XS7D 1FG6C 2F8GA 1TW7A 3NWQA 5P6FA 3BGBA 4Y50A 4D83A 3BUFA 3UDYA 1UH9A 3L5BA 5DR8A 2V00A 4YA8A 4GYEA 1G35A 3MXDA 5P8VA 5P42A 1DPJA 2O4SA 5BRYA 5OYQA 5P47A 3CIDA 3ZKGA 4A6BA 2JJIA 3QS1A 5P65A 5JFPA 3MWSA 2QNPA 3FNTA 4Y3RA 2WF2A 2BPYA 5P7RA 5IVRA 5P8KA 3OAGA 5P5RA 1TCWA 4Y3JA 1LYWB 2AOCA 3NUJA 4FAEA 5AH9A 3HAUA 1HPVA 4FRKA 5P0SA 3BVBA 2QHZA 3OU1B 4RVXA 1EPME 3PCZA 2NMYA 4B0QA 2ZJHA 4Q1YA 3B80A 2WF0A 3OXWA 4Y35A 3NDUA 5P1CA 3UQUA 4CPXA 4CMSA 3CIBA 5OZ7A 2ZYEA 4B1CA 3EC0A 1HTGA 2QU3A 2BKSA 3IGBA 1W50A 4DV9A 5P5AA 1IZDA 3EKYA 2QHYA 5P0PA 5P05A 3EM3A 3NU9A 5P2SA 5P06A 1SDVA 2NNKA 5P0UA 2ZGAA 1F34A 4BFDA 1OHRA 2QNNA 3LITA 4A6CA 3G6ZA 5P5QA 3NUOA 1W5VA 3TTPA 5P8QA 3URJA 5P86A 3LIVA 2AVOA 2IGYA 3INEA 5P1ZA 1AIDA 5OYUA 2UXZA 4M8YA 3PSUA 5P0GA 2QZKA 3L5CA 1ZTZA 5P0LA 5P36A 2QI4A 3GI4A 5OZLA 2XFJA 3GI6A 1BVEA 5IE1A 4CPTA 3KYRA 5P01A 5P6EA 1XE5A 1HEFE 1IDBA 1EEDP 1IZEA 5P0QA 3K1WA 4AA8A 4YD5A 2R43A 5P0RA 3ZKNA 1IZHA 1B6LA 1ZPAA 5P7QA 3SQFA 2I4WA 3CMSA 6APRE 3JVYA 2PWRA 2FS4A 1UH7A 4Y4TA 3K5CA 5P22A 5P5HA 3PVKA 1CZIE 3IN3A 5P5TA 1QBTA 3PI5A 3T6IA 1DP5A 2VS2A 5P7JA 5SY3A 4DJQA 2HB3A 2F81A 1CMSA 2ER7E 2R5QA 5P25A 5HE4A 5SY2A 5P44A 2NPHA 2AOHA 1EBYA 4ZSMA 3T3CA 2R8NA 3KN0A 2IQGA 3RTMA 3URLA 3UHLA 3Q3TA 3CKRA 4J5JA 1PSNA 3HBOA 1MVPA 5P8NA 5P1YA 4UPJA 2B7FA 5P6NA 2ZHRA 1EPPE 2OHLA 3OHHA 1RPIA 5P1LA 5P2XA 3LZUA 1APTE 1Z1RA 3OTSA 3FIVA 4J54A 4XKXA 3SPKA 5P2UA 4Y3FA 5P3YA 3FNSA 4LXAA 5KQYA 4PYVA 4BFBA 5AHCA 1A8GA 1W5XA 2AVSA 2I0DA 4HLAA 2OHNA 4H3FA 2ANLA 4OD9B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B72 A;  1MET A;  5P09 A;  4OBF A;  3O9I A;  4ACU A;  5P69 A;  4Y3N A;  3APR E;  5P5X A;  3O9E A;  5P1S A;  5P74 A;  4I0H A;  3FNU A;  2JXR A;  4F73 A;  5P3E A;  2CEN A;  5P5P A;  2ZE1 A;  5T4S A;  2FNT A;  2Q3K A;  5P73 A;  3DV5 A;  4GB2 A;  5P20 A;  5P7W A;  1MER A;  5HDZ A;  5P84 A;  5P5E A;  3L59 A;  5P1J A;  3INF A;  1AZ5 A;  2FDE A;  5P8S A;  5P6K A;  4OBZ A;  2NMZ A;  5KQZ A;  4EJ8 A;  3RTH A;  5P2B A;  4RYC A;  3KT5 A;  5P7T A;  3VUC A;  3ZOV A;  5P5W A;  4Y53 A;  1BDL A;  1QBS A;  3PBZ A;  1FFI C;  3VF3 A;  4Y3Y A;  4OBJ A;  5OZD A;  5OZR A;  2I4V A;  3UCB A;  1D4J A;  4COE A;  3EMY A;  1ZP8 A;  5P56 A;  1TSU A;  3HVG A;  3OUD A;  2OHU A;  1LF4 A;  3UTL A;  4QJA A;  3S53 A;  5KR1 A;  4ZSP A;  5P5N A;  4Y43 A;  5HU1 A;  3FV3 A;  3TKG A;  3O9H A;  3O99 A;  5E5K A;  2BB9 A;  3GGX A;  3KA2 A;  4JEC A;  3PCW A;  5P0M A;  5P6X A;  3IND A;  5P4D A;  4DPF A;  5OZV A;  2WEA A;  1YTI A;  3HZC A;  1G6L A;  4H1E A;  5P8J A;  1YM4 A;  3PM4 A;  5P2M A;  4B00 A;  3D3T A;  2FGU A;  4Y5C A;  3PSY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DJP A;  5P2Q A;  3PLL A;  4Q1N A;  5OZE A;  4TVH A;  2B7Z A;  3UDH A;  5P3L A;  4LXK A;  4DJU A;  1BAI A;  2AZC A;  1YTJ A;  2OHQ A;  5P1I A;  5P81 A;  4Y39 A;  1BDR A;  3OXV A;  5P4H A;  5P5M A;  3BUG A;  5P8D A;  4Y41 A;  3IAW A;  5I3Y A;  5IS4 A;  4Q1X A;  5P7L A;  4D8C A;  3C9X A;  3LIQ A;  4I8W A;  5P2Y A;  3HD8 A;  3QRM A;  4GZF A;  3RTN A;  1E82 E;  1SIV A;  5P7O A;  4ZEA A;  5P3H A;  3VFB A;  3LPJ A;  5P2R A;  2G69 A;  1HIH A;  1EPR E;  4YD4 A;  1IVQ A;  5P3B A;  1DIF A;  2BKT A;  3EKV A;  5P2A A;  1ZJ7 A;  4FLG A;  2R38 A;  4CPW A;  1BWA A;  3ZKI A;  1BDQ A;  5P8M A;  3RSX A;  4HDP A;  1FQ8 A;  5P0A A;  1FQX A;  4Y5E A;  5OZZ A;  1SGU A;  3G70 A;  2VJ6 A;  5P41 A;  2FNS A;  4ZPG A;  4I8Z A;  5P89 A;  5I3X A;  4YBI A;  3PMU A;  1LZQ A;  2H6S A;  1FF0 C;  1MRX A;  3PBD A;  1Z1H A;  4NPU A;  3SA9 A;  3VYE A;  5P7B A;  5P2C A;  5HTZ A;  2I4Q A;  5P4B A;  3GI5 A;  1B11 A;  4A4Q A;  2SAM A;  5OZI A;  5JG1 A;  3OGP A;  5P7S A;  4J1I A;  1D4H A;  5OZM A;  1KJG A;  4KUP A;  2QI5 A;  2V11 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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