5OZCA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 23
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozcA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozcA01
1HIHA 4HVPA 4Y4TA 5P0PA 3PB5A 5P7DA 4ACUA 2VNNA 5P1RA 1EC1A 5P4GA 4D85A 3U7SA 3PLDA 5P7CA 3VV7A 3SABA 4KE1A 3K5GA 5P3QA 2OHTA 3BHEA 1EC3A 4YD6A 1K6CA 4M8XA 4YD7A 5P0NA 2A1EA 1HOSA 3I2LA 5AHBA 5P30A 1HTEA 5P24A 4CPQA 1IZIA 4TRYA 2IRZA 5P55A 3DCKA 4FM8A 3PMUA 5P6VA 5P7WA 5P2EA 4J55A 4HE9A 5OZXA 5COOA 5P7VA 4DH6A 5HDVA 4Y3YA 4PZXA 2AVSA 4J54A 4NJTA 1LF2A 5F01A 2AZCA 5HDXA 1LV1A 2G21A 5AH9A 5OZCA 3B7VA 5P0VA 2XFKA 3UQUA 2ER7E 4I8ZA 5P5NA 5AHCA 2APRA 3OUBA 5P1UA 5P1FA 4Z4XA 1K2CA 4Y3LA 5P8PA 2PK6A 1TZSA 4Y3NA 3URIA 2BPWA 3LZUA 3PBZA 4I0HA 3FNUA 4R92A 5HE7A 4HDBA 3DOXA 3SPKA 1T7IA 5P6BA 5OZ0A 1WBMA 5P2RA 5OZ6A 1MSMA 3KDDA 5P07A 5P8UA 1MEUA 4R93A 1RPIA 5P3JA 5KAOA 2WF3A 4FRSA 3URLA 3EKYA 5P0EA 5P7TA 3OUAA 4FAEA 4H1EA 4Y48A 1TSUA 4QJ9A 5P4WA 1PSAA 5DR7A 2P83A 4HDPA 5P1WA 4XX4A 5P6UA 3EL5A 3OAGA 2I0DA 1AIDA 3RTHA 2R5PA 4YE3A 4ZPFA 4B70A 3MSJA 6UPJA 5HCOA 4X2LA 4Y4BA 4DI2A 2G1YA 3LHGA 4QGIA 1N49A 3R0YA 1Q9PA 4QLHA 4EHCA 5P0IA 3CKRA 3GI0A 5HCTA 4RYGA 4FM7A 1YTHA 4Y5KA 4BFBA 3T7PA 4S1GA 1EPOE 5P11A 5COKA 2G1SA 3O9DA 1YM2A 4L7GA 3WZ8A 4QJ2A 2OHQA 4FRJA 4GZFA 3LIYA 3ZKSA 3SA5A 5P2VA 1J71A 2P3CA 5P8OA 3EBZA 5P59A 4Y4DA 4ER1E 2QD6A 5P1NA 3VLAA 2JJIA 3IXKA 4A4QA 1BILA 1HXWA 2CEMA 1MESA 1QBSA 4WTUA 4L1AB 1F7AA 5P5VA 5P4NA 2VJ9A 4Y44A 2VJ7A 1HPVA 5I3WA 3H0BA 3DCRA 4BEKA 3VSWA 4AZYA 3SLZA 5P5GA 4YCTA 5IVTA 4Y38A 3OADB 4QJ7A 4JECA 5P85A 4WY6A 2G24A 5P1DA 2P3AA 1LEEA 4X7IA 2V00A 4DFGA 4Y5CA 3BUHA 4WY1A 5P0MA 5P43A 5ENMA 5P0XA 1AJXA 1QS8A 5BWYA 2HB4A 3SFCA 4FLGA 1C6XA 4RYCA 1BV7A 4CKUA 5KR1A 5P3CA 4EP3A 3IN3A 2FDEA 6FIVA 1HVJA 2NXLA 5DGWA 4Y3TA 2RSPA 5P2KA 3L59A 4EXHA 4NPUA 5P54A 1ZTZA 2G94A 5P8GA 1MIQA 1EPQE 3O9FA 3UF3A 4R8YA 5P49A 3S2OA 5OZIA 3O99A 4R95A 1MT9A 4YA8A 1K6VA 3OQ7A 2AODA 3NU4A 5P3KA 5OZRA 1IZHA 2UY0A 5SY3A 1QBRA 4EQ0A 4Y3FA 2G1OA 4Y5BA 3N3IA 3CMSA 3MXDA 1FEJC 1YM4A 9HVPA 5P66A 3WB4A 3OXCA 5P00A 5P2CA 5P1SA 1HSIA 4CMSA 3I7EA 1IZEA 2QI4A 3L3AA 2VJ6A 3K4VC 2Z54A 4Y3MA 4OBJA 3T7QA 2O4LA 5P4CA 3EKVA 2IQGA 5P0ZA 5P5BA 3QBFA 4J17A 3ZKNA 5P6CA 5OYZA 5P5IA 5P75A 4DJVA 3OWNA 5P1YA 2PSVA 3S85A 4YDGA 5P51A 2G20A 1E82E 2ZHVA 3T3CA 5CLMA 2ZJJA 5P36A 1KZKA 5HVPA 5OZ1A 4Y3ZA 1LS5A 1GVUA 4XXSA 1Z1HA 3OGPA 2R8NA 3T11A 1UPJA 3S8IA 3PSUA 4FM6A 3LZSA 3PGIA 5P2XA 3KN0A 5P7BA 1ZSFA 4OBKA 5P5YA 5AGZA 2WEDA 4EYRA 4H3JA 5P2IA 1HEFE 5P4EA 5P7GA 2QNPA 5P73A 5P1GA 3UDHA 1XL5A 3LZVA 2OHKA 1C70A 1DIFA 5P12A 5P45A 3CIBA 1FGCC 1BWBA 1PSOE 2ASIA 3DUYA 4I0IA 1VIJA 5KQYA 5P7PA 3GGXA 3OU1B 5FIVA 1RL8A 1ZSRA 5P58A 5P8BA 4D88A 5AH8A 2QMPA 4YBFA 1G35A 3PJ6A 5P0OA 3RVIA 2H6TA 2R9BA 5DR3A 1FLHA 2BPYA 5JODA 3UDMA 5OZDA 3QS1A 5P26A 3OTYA 3INHA 1W50A 2O4SA 5P2UA 5P6ZA 4Q1WA 3MSKA 5ENKA 2QI5A 4Y5PA 4YD3A 3CYWA 2G27A 1M0BA 3WZ6A 4I0ZA 1K2BA 5OZUA 4FRKA 5P38A 5P6GA 4CPRA 4EWOA 3IGBA 2ZHUA 4Y4GA 3G70A 1ZBGA 5P6EA 3PLLA 3VFBA 2NNKA 3EC0A 4CPSA 4EP2A 1GVWA 3VYFA 4OBFA 1EBKC 2OAHA 3S43B 5OZFA 3NU9A 5I70A 4Z22A 3VUCA 4DQBA 2WJOA 2QU3A 2PMAA 1ODXA 4NPTA 3LNKA 4ZPGA 1B6MA 4R91A 1EPRE 2I4WA 5P77A 1HTRB 2OHLA 3DM6A 1FFIC 2I4UA 2VIYA 4H3GA 5P5TA 5P8MA 2IL2A 3OQDA 3SA8A 3LIVA 2P4JA 3HAUA 5P1CA 4Y3HA 4JP9A 5TOLA 1PPME 2VNMA 1SDUA 5P8RA 5P50A 3QVIA 4MC1A 2HIZA 3EKWA 1GVVA 1Z1RA 4GJ5A 1W5XA 5P8DA 1YT9A 3L5FA 5EZXA 2MIPA 2JXRA 2I4QA 1MTRA 1MRXA 4L1AA 4DJPA 3NXEA 5HDZA 1XE6A 1AVFA 1MT8A 3N4LA 3DV5A 3UQWA 5C9FA 3OUDB 5CONA 5P56A 5P71A 5P8VA 4RZ1A 1XS7D 2FXEA 1GVXA 3TPLA 5OZ7A 5OZVA 4EJKA 4Y4UA 2CEJA 1W5YA 3EL9A 1DAZC 1C6ZA 3L38A 5P5FA 2G22A 4Y35A 1QRPE 3OU3A 2PSUA 1OEWA 3T7XA 4DJWA 3QN8A 2Q15A 4DJYA 2RENA 3OADA 5P8FA 5OYRA 5P3BA 2AZBA 5P6TA 5P8NA 5P06A 5P10A 5P2BA 4OD9B 4EPJA 3EKXA 5P4HA 4I0FA 2WF4A 1PPKE 4DV9A 3KMXA 1OD1A 5P0AA 3VYDA 5P2FA 3TOGA 3EL0A 5P32A 5P6IA 5P4DA 5P8CA 3HAWA 4ZSPA 1ZLFA 7UPJA 3TOFA 3FNTA 5P22A 3A2OA 5SZ9A 3S53A 3HVGA 3OXXA 4A6CA 2I4XA 3UDKA 4KB9A 5P19A 2F3KA 2VA6A 3NU6A 4APEA 5P08A 4J1FA 1BVEA 4B72A 2WF0A 2ER0E 5P23A 5P5AA 3FIVA 2WL0A 1VIKA 2ZE1A 1LYBB 4RLDA 2ER9E 5P5CA 4IVTA 3FV3A 3QRVA 4J0ZA 1FF0C 3QROA 4DVFA 1ODWA 2G1RA 3PHVA 4ZEAA 1FQXA 5P0FA 1M4HA 4B77A 5P7OA 2I4DA 2H6SA 3EXOA 3UDQA 5P2ZA 3KFRA 2Q3KA 2ANLA 2PWCA 3EL4A 1BDRA 4LAPA 1D4HA 2F3EA 4EQJA 3VCMA 2ZJMA 5C9BA 2WECA 5P2GA 4COEA 3IVHA 4B1CA 3O9BA 4I0EA 5OYXA 2A4FA 4FE6A 3GGAA 5P7EA 3ZMGA 3EKQA 3KYRA 5DQ5A 5P3HA 3R0WA 4E43A 5OZQA 5P8AA 3VV8A 3PWMA 5P1VA 5P7JA 5P0KA 2JJJA 4Y43A 8HVPA 5P4MA 2AZ8A 3KDBA 1Z8CA 1E5OE 3EKTA 5P68A 5P6MA 1ER8E 1MVPA 4Y45A 5P8HA 5P0HA 1W6IA 5P5OA 5P6HA 1LYWB 4HA5A 2ZJNA 3T6IA 2QD7A 2ZYEA 4GJ7A 5P5MA 1AAQA 4LXAA 4YOAA 4AUCA 4U7QA 5P0LA 2B8VA 2NXDA 4GJAA 3GI5A 2QI1A 4MC6A 2QU2A 5P1JA 2QNNA 5P5QA 2FIVA 5P2QA 5DR8A 5P28A 5P69A 3OQAA 5P33A 3GGUA 4KUPA 2FLEA 3OU1A 5P1QA 3O9EA 2HAHA 2AOHA 1B11A 2QP8A 3R1GB 2V11C 2Q5KA 2QZLA 1W5VA 5OZAA 4J1CA 2P3DA 2OF0A 1ODYA 5P5RA 5P39A 4CPTA 4DQCA 4OBDA 3VFAA 4FL8A 1HPXA 4BFDA 4F73A 5DQCA 1B5FB 3O9LB 5AHAA 3MSLA 2FS4A 3UQXA 3ZL7A 4Y5MA 5P63A 5ER2E 4H3IA 4I1CA 5P2NA 2QI3A 4EJDA 5P3EA 2B60A 4CPXA 2QAKA 4ACXA 5KR2A 5P3WA 4FAFA 3NWQA 4PPHA 1ZP8A 3NDTA 2IKUA 3GW5A 3SA3A 3Q4BA 1D4YA 5P3NA 5DPZA 2AVMA 1SIVA 1SMEA 5P4FA 5P3IA 1HSGA 1NSOA 4Y4EA 4OBHA 5P0SA 4H3FA 3ZLQA 2FXDA 3VSXA 2IEOA 5P3OA 5B18A 4DQHA 5KR8A 5P13A 2ZHRA 5P81A 1APTE 5P4IA 5P6RA 5P03A 3VG1A 1A9MA 3AUPA 3S43A 4YCYA 5P7RA 4Y37A 1HTGA 3TPPA 4DJOA 1SP5A 1JLDA 4HEGA 3INFA 4YCKA 4J0TA 5P4BA 3ZPSA 5IS4A 5P8TA 1FMXA 3HD8A 4BELA 5OZ8A 3PM4A 1BAIA 1D4SA 5P27A 2ER6E 4Q1XA 4LHHA 5E5KA 3KDCA 3BVBA 2SAMA 3PSGA 1IVQA 3D91A 2QNQA 5OYYA 5OZOA 5P6FA 5P60A 4Y3XA 5P67A 4Y3QA 3Q70A 4JPCA 3L5DA 4Q1YA 2HS2A 5P47A 3INEA 1AM5A 1AJVA 2O4NA 1HPSA 5P1TA 3VV6A 2OHUA 2R5QA 3VF3A 1HEGE 5OYVA 4GB2A 5P8EA 3OUDA 1SDTA 3NXNA 5P6NA 1XN3A 1KJ7A 3TPRA 4Y3WA 2OHRA 5P5SA 5P2LA 2AVOA 4PEPA 2PYMA 4L6BA 5P4SA 4B0QA 3SACA 3OQFA 3R2FA 5I3YA 1META 1ME6A 5P6JA 4Y6MA 3NR6A 3ZPUA 5P34A 1DMPA 4NJUA 5P70A 4ER2E 3G6ZA 3PCZA 2QMFA 2AIDA 1SMRA 1D4JA 1A8KA 5OZNA 4Y56A 3TKGA 1U8GA 4OD9A 1HIIA 1BV9A 4U8WA 1A94A 3ECGA 3O9GA 3GI6A 3HW1A 3CKPA 4LC7A 3L58A 1OHRA 4Y50A 5P64A 2AVQA 1UH7A 2R43A 5P5EA 5P3LA 1IDBA 5P5ZA 3JVWA 2QMGA 1EPME 5P09A 2EWYA 4RVXA 3S54A 4EJ8A 4APRE 5J25A 1F34A 2WEAA 2P8HA 4J0PA 1NPVA 5P5JA 4N00A 2OHNA 4RGHA 3UQPA 2FNTA 2HB2A 5P4AA 3OXVA 3EKPA 1XN2A 3OXWA 5P4XA 3UDJA 4DJXA 4PYVA 3LINA 5P4RA 5P4ZA 4QJAA 4GYEA 3OQKA 4XX3A 3SKFA 3TPJA 4Y4WA 5APRE 2ZHTA 2NXMA 3NYGA 5P31A 3LPIA 5P4OA 4DQGA 3NDUA 2J9JB 5P6YA 1EPLE 3S56A 3ZPTA 3PWRA 5P3UA 4I10A 1IZDA 1W5WA 4R5NA 5ISKA 3NSHA 3PSYA 2WEBA 4M8YA 3QVCA 1FQ7A 5P5WA 5P20A 2F81A 1W6HA 4I0GA 5SXNA 2V12C 4Y3JA 5P02A 1K1UA 5P14A 5P5UA 3L5EA 3SKGA 4OBZB 4LXKA 1BIMA 5P4QA 3RU1A 5P4PA 3BRAA 4Y4AA 3KT2A 4Y54A 4JOOA 1YTJA 3C9XA 2RMPA 3PRSA 5OZBA 4J0VA 5P0BA 2HPEA 3BGCA 5P74A 3D1YA 5P89A 1HTFA 2ZHSA 1D4KA 3ZKGA 3LIXA 5P83A 1LYWA 4IVSA 4Y3PA 1YTIA 4F74A 3M9FA 5P0YA 3VEUA 4J1IA 3PI5A 5P1MA 4LP9A 3GI4A 1E80E 2AOJA 2R38A 1HVSA 1BXQA 5P3ZA 3EM3A 4AA9A 1K6PA 4FSLA 3SA6A 3U6AA 1MT7A 4TRZA 1PPLE 3CICA 4DQFA 1A30A 3UDNA 1NPWA 3AIDA 2VIEA 3SA4A 3IAWA 5P7UA 3VLBA 3D1ZA 5P25A 3UCBA 5P05A 4FS4A 5P0JA 3S7MA 4QJ6A 5DQ4A 5P17A 5KQFA 4PZWA 2PK5A 4ZPEA 1SH9A 2V10C 3MXEA 5P0TA 3EM6A 5P8QA 3HVPA 4ZSRA 3KFNA 3L5CA 4Q5MA 2IS0A 3QP0A 3OY4A 4FCOA 3PEPA 1LYAB 5OYWA 3TTPA 1HVIA 2AOGA 3UHLA 3HLOA 4F75A 5P3GA 4FIVA 5P1KA 4U7VA 4GJDA 3LZYA 3BUGA 1XE5A 4K8SA 4AMTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HIH A;  4HVP A;  4Y4T A;  5P0P A;  3PB5 A;  5P7D A;  4ACU A;  2VNN A;  5P1R A;  1EC1 A;  5P4G A;  4D85 A;  3U7S A;  3PLD A;  5P7C A;  3VV7 A;  3SAB A;  4KE1 A;  3K5G A;  5P3Q A;  2OHT A;  3BHE A;  1EC3 A;  4YD6 A;  1K6C A;  4M8X A;  4YD7 A;  5P0N A;  2A1E A;  1HOS A;  3I2L A;  5AHB A;  5P30 A;  1HTE A;  5P24 A;  4CPQ A;  1IZI A;  4TRY A;  2IRZ A;  5P55 A;  3DCK A;  4FM8 A;  3PMU A;  5P6V A;  5P7W A;  5P2E A;  4J55 A;  4HE9 A;  5OZX A;  5COO A;  5P7V A;  4DH6 A;  5HDV A;  4Y3Y A;  4PZX A;  2AVS A;  4J54 A;  4NJT A;  1LF2 A;  5F01 A;  2AZC A;  5HDX A;  1LV1 A;  2G21 A;  5AH9 A;  5OZC A;  3B7V A;  5P0V A;  2XFK A;  3UQU A;  2ER7 E;  4I8Z A;  5P5N A;  5AHC A;  2APR A;  3OUB A;  5P1U A;  5P1F A;  4Z4X A;  1K2C A;  4Y3L A;  5P8P A;  2PK6 A;  1TZS A;  4Y3N A;  3URI A;  2BPW A;  3LZU A;  3PBZ A;  4I0H A;  3FNU A;  4R92 A;  5HE7 A;  4HDB A;  3DOX A;  3SPK A;  1T7I A;  5P6B A;  5OZ0 A;  1WBM A;  5P2R A;  5OZ6 A;  1MSM A;  3KDD A;  5P07 A;  5P8U A;  1MEU A;  4R93 A;  1RPI A;  5P3J A;  5KAO A;  2WF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5OZM A;  2HC0 A;  4Y5N A;  3EM4 A;  2Q63 A;  4DQE A;  1IVP A;  2WEZ A;  4Q1N A;  1HPO A;  3K5D A;  5OZK A;  4FSE A;  3PVK A;  1B6K A;  1QBU A;  4ZSQ A;  4F76 A;  4TVH A;  3CKT A;  3DK1 A;  3OOT A;  1HVK A;  5P3P A;  2F80 A;  5EZZ A;  4EJL A;  4EXG A;  2AOE A;  4OC6 B;  5P2O A;  3ST5 A;  1HXB A;  3WZ7 A;  3QPJ A;  1FQ6 A;  4Z50 A;  3BXS A;  1HIV A;  4K4P A;  1T7J A;  1RQ9 A;  2NPH A;  3QRS A;  4PHV A;  1HSH A;  3LPK A;  5P6X A;  1TW7 A;  5OZY A;  1KJF A;  4K9H A;  2HM1 A;  5P6W A;  5P15 A;  1ZPK A;  5P6O A;  3OHF A;  5P7S A;  4B1D A;  2BPX A;  1XDH A;  3NUO A;  5P0Q A;  4RRN A;  2WHH A;  1DW6 C;  5P5L A;  4D89 A;  1NPA A;  4YHQ A;  1HVC A;  2VA7 A;  4ZLS A;  2VKM A;  5P5P A;  4B05 A;  5P1L A;  2QHY A;  4Y5G A;  3TNE A;  3D20 A;  3APP A;  1FMB A;  5UPJ A;  5P1I A;  3G72 A;  4K4Q A;  5P29 A;  3KMY A;  1SIP A;  3NUJ A;  3VYE A;  5P3S A;  4YOB A;  4J1E A;  5P16 A;  5P7X A;  1APU E;  3NU5 A;  5P65 A;  3HZC A;  5P79 A;  4DPI A;  5P3A A;  4Y4J A;  3KF0 A;  5P6D A;  1HVH A;  2ZJK A;  2ZJL A;  2HS1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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