5OZEA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 25
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozeA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozeA01
1ZP8A 3O9AA 5P6HA 5ER2E 5OZ4A 3IXKA 2R9BA 5C9DA 2HB3A 1SIPA 4J0PA 4LHHA 2AZ8A 2OAHA 5JFPA 1TZSA 4QJ8A 4ACUA 1GVXA 2QMGA 4J55A 2WF0A 2BKSA 5HE4A 1IZHA 1FQ5A 3CKPA 4N00A 5OZ1A 5P3SA 4NPUA 3LPKA 4Q1NA 4DJUA 5OZHA 2B8LA 2WECA 5P75A 3TKWA 1TCWA 2F3KA 4D8CA 5P8GA 5P4SA 3APRE 3UTLA 2WHHA 3R4BA 1YTJA 5KOSA 4GZFA 1PSNA 1PPME 5P68A 3PI0A 5P4KA 2UY0A 5OZPA 4QJ2A 2NMZA 5P5RA 4YD4A 5P00A 5C9FA 2HM1A 1ZSFA 5P6IA 3OAGA 2VJ6A 5P6EA 4Y41A 4CPXA 3QVCA 5P6OA 2BPVA 4LP9A 1EPPE 2QD6A 1MIQA 5P1OA 3SA5A 3QP0A 2VS2A 3TPJA 4L1AB 4OBJA 4YE3A 4DI2A 5P0RA 3KDBA 5OZ7A 1CPIA 5I3XA 5DR3A 5P3HA 1E5OE 2IDWA 5P7VA 1KJGA 2B7FA 1T7IA 2PYMA 1Z8CA 4IVSA 2JYSA 3EKXA 4Y48A 4OBKA 5P1FA 2QZWA 5DR8A 5P7YA 1G2KA 1MSMA 1BDLA 1LF3A 5P5TA 5P3FA 3VSWA 5P84A 5P31A 1RQ9A 1PPKE 5OYRA 1IBQA 1YTIA 3BHEA 2R5QA 5P0SA 1DPJA 2IGYA 3B80A 5P60A 4Y5PA 2ZJMA 2AOCA 3K4VC 2V00A 3OQDA 3VYDA 2QNPA 5I70A 2R8NA 1K6PA 5DR7A 5P52A 2AVSA 4QLHA 3KT2A 5P27A 1HWRA 5CONA 2J9JB 1SIVA 4NJSA 1META 4Y4AA 1D4YA 3NDWA 2RSPA 4PYVA 4DUSA 5P2OA 2G94A 4R95A 1PFZA 1SDUA 1FG8C 1TQFA 3INDA 2AOHA 1FIVA 5P7UA 4PHVA 2PSGA 2UXZA 5AHAA 5DQCA 2IQGA 3OUDB 2ANLA 1MT8A 2FDPA 5KQFA 2FLEA 5P6UA 5P2GA 3RTMA 3GGVA 1HOSA 4Y3GA 4KUPA 5P4NA 1B6MA 3OQAA 5P1PA 1EBZA 1G35A 1EBWA 5OZVA 3QRMA 1BVEA 2AOFA 3TNEA 4QGIA 1AAQA 5P2ZA 1YG9A 2B42A 3FNUA 1D4JA 2FGVA 4MC6A 4J0VA 4U7QA 4J1CA 5HDZA 2WEDA 5OYXA 2AVQA 3CIDA 5P1QA 1F7AA 3HLOA 5HDVA 4Y3MA 2XFKA 3KT5A 4Y3ZA 3UF3A 4M8YA 5P07A 3T7QA 4I8WA 2QHYA 2HS2A 5P0GA 5P8OA 3GI0A 1TW7A 3O9LA 3FV3A 4LL3A 1HRNA 4OC6B 2QCIA 3CICA 4L7HA 2I4DA 3UFLA 2VJ9A 5P58A 4KE0A 5P5ZA 4YD7A 3KDDA 2PSVA 4CMSA 4D89A 3EM3A 3TTPA 4YCYA 1SGZA 3VSXA 3D3TA 5P6VA 4KB9A 3ER3E 4RCFA 3B7VA 1ODYA 3TOGA 4BFDA 1FMXA 5COOA 4OBZA 3N3IA 3EKWA 3BGBA 1W6HA 1DMPA 3KYRA 3OAGB 4DQGA 5HCTA 2CEMA 5E5KA 3OGQA 5J25A 3TL9A 3JW2A 3NXNA 1EBKC 5P05A 5P7KA 3ZLQA 3T6IA 5P7JA 2FS4A 1GVUA 3FKTA 3LZUA 5OZIA 4J5JA 5DR1A 5P7SA 4U7VA 4GIDA 3UDYA 3UQPA 2HAHA 3OADA 1EC1A 4ACXA 2BPZA 5KR0A 3G70A 1CMSA 4GMIA 4ZSPA 4UPJA 1UH7A 7HVPA 5P5QA 3TPRA 3GGXA 5DQ4A 5P0LA 4YCKA 1EPRE 5P0OA 3INFA 5P67A 2IRZA 3EM6A 4RRSA 4Y4UA 3C9XA 5P8AA 4CPSA 1AJVA 1BILA 5P4FA 1YX9A 2Q3KA 3K1WA 5P1ZA 5P2WA 2PK6A 1A8GA 4RROA 5P0EA 3SPKA 2ZGAA 1HTRB 5OYWA 5P43A 2OHLA 3NUJA 5HE5A 4FM6A 5P5GA 3WZ7A 2O4NA 3PGIA 2VIYA 3SA8A 5P18A 1LYAB 4DJPA 2VJ7A 3NU6A 5P6TA 3GGUA 3Q5HA 4HA5A 4I1CA 5P0FA 3OUAA 5OYSA 4R8YA 4DPFA 4DV9A 3S85A 1Z1HA 3DOXA 3PMYA 4Y3PA 5F01A 5P8BA 3O99A 4EP3A 1FEJC 3HAUA 5P8TA 3ZKSA 3SM2A 3Q4BA 1W6IA 3OWNA 5E5JA 3LIQA 5OZ8A 1FFFC 1LYWA 5P4WA 4ER2E 1MRXA 2APRA 4DJVA 1GVWA 4Y5CA 1XN2A 1ZBGA 2IL2A 1ZAPA 3TOFA 1BDRA 1NSOA 3OXXA 3NUOA 5P8RA 2XFIA 5P8CA 4L1AA 4DVFA 1W51A 4ZPFA 3QBHA 4FLGA 1AVFA 3D1ZA 1APUE 4ZE6A 2V0ZC 5ISJA 5OZLA 5AHBA 4CKUA 5SZ9A 2NMYA 4FSLA 5P6MA 5P32A 2AQUA 5P3EA 3L5BA 4Y45A 2V11C 3T7XA 3S54A 5P3DA 4RVJA 4K4PA 5P8KA 3O9LB 3IN3A 2VA6A 5HD0A 1LYBB 1MPPA 2FGUA 3ZMGA 5P2YA 3OY4A 4PEPA 3QIHA 5P3KA 3VUCA 5P4OA 1SH9A 5P3MA 4YBIA 5P1JA 5P51A 1BV7A 5P3GA 5P20A 1BAIA 4Q1WA 5P53A 2OHTA 5P3TA 4NJVA 1IDAA 1HPSA 5P5VA 5AHCA 4RVXA 5OZQA 5P87A 5OZMA 1T6GA 5P7GA 4J1HA 2ZJKA 1HVJA 3LIYA 2VNNA 5OZKA 2V10C 5P85A 4Z2ZA 2J9JA 4RRNA 5P2RA 5P1UA 2IENA 1OEXA 5KR2A 4HEGA 4BELA 4I12A 5P8UA 4QJ9A 1HBVA 4HE9A 3OHHA 2QD8A 3O9EA 1BDQA 1MT7A 1FMUA 3OUDA 4GJ5A 5P7AA 4BFBA 4Y38A 4Y3WA 3S53A 2PMAA 2WF1A 2G1SA 4I0ZA 1DP5A 1QS8A 3S56A 5OZFA 1XDHA 3KN0A 3I2LA 4D83A 3NDUA 4YD6A 5P74A 3IXOA 2HS1A 1E82E 3ZL7A 2QMDA 1Q9PA 1LS5A 1FG6C 5P2KA 1B11A 5P11A 4XKXA 4Y4WA 3SO9A 4Y58A 5KR8A 5P4PA 5P7XA 5P06A 4Y39A 5P2DA 1UH8A 1D4SA 3SA6A 3JVYA 1ER8E 3SA4A 4TRZA 1PROA 7UPJA 5P0DA 5P7CA 4FRIA 3OXVA 3QN8A 5DQ1A 5P56A 4EWOA 2ASIA 3CYWA 1QBRA 3OU4A 5P0AA 6UPJA 3NDTA 3O9CA 5P4EA 3OTYA 3D1XA 4B00A 4J0TA 5P3XA 4OC6A 5OYTA 1MT9A 4Y3LA 2G26A 5P57A 5P0TA 4J17A 3BGCA 5P7NA 5P1LA 5P3WA 3EL4A 2HPFA 5P2BA 4B77A 5CLMA 5ENKA 1D4IA 2NR6A 1F34A 1LZQA 1HPOA 1NPAA 1K6TA 2ZHSA 4PPHA 2QK5A 1OHRA 3ZPSA 3UQRA 3QI1A 2V13A 3DCKA 1FKNA 4RZ1A 3M9FA 1YT9A 3ZKXA 5P59A 2OHNA 1LYWB 2B60A 1PPLE 3MWSA 2XYFA 4QJ6A 2ZJJA 3VFAA 5P83A 4CPRA 3SQFA 2ZJIA 5P5DA 2I4UA 3INEA 4HVPA 5P73A 5P7OA 3R2FA 3OQKA 3PJ6A 3CKRA 3LIVA 4YOAA 5P1DA 4CPUA 5P5YA 5P2VA 3HAWA 5P66A 5P1AA 4YD3A 3PBDA 2HPEA 5OZJA 5P8QA 2CENA 5P5EA 2A4FA 4J1IA 3NLSA 5P0VA 3QAAA 3SA7A 3OK9A 5P1CA 2SAMA 3D20A 4IVTA 1MVPA 2FDDA 5P33A 2G21A 4R92A 3ZKIA 3LIZA 5P5FA 2G1OA 4Y3JA 3APPA 4YBFA 2ZDZA 5AGZA 4ZPGA 3O9DA 1DW6C 3UDJA 5P6AA 5P37A 2XFJA 5DPZA 5P1MA 4B1CA 3NWXA 1XE5A 4JPCA 1SGUA 5P7EA 4R93A 4HDFA 5AH6A 5P82A 3N4LA 1SP5A 1HPVA 3OXCA 1LYAA 4Y4GA 5IVQA 5UPJA 3KFPA 2Q55A 1HTEA 4Y51A 2AVOA 1OD1A 5P6QA 3VCMA 1A8KA 4KE1A 4I0EA 5OZ6A 3SM1A 3U7SA 2QI7A 4LXKA 4FAFA 2QZLA 5P0BA 2OHRA 6APRE 2G24A 4GYEA 5P16A 4Y54A 4F74A 5OYUA 1D4HA 1GNNA 2F80A 3PCZA 4FRJA 3CIBA 4Y3AA 5P7PA 1LEEA 2JJIA 2O4PA 3KF0A 5APRE 1HVIA 5P7ZA 4FCOA 4H1EA 5P5BA 1K6VA 4BEKA 4LBTA 2BJUA 5P1YA 1FQ8A 5P4JA 3KDCA 2F3FA 4Z4XA 2RKGA 3NXEA 4JECA 1D4KA 2JE4A 3OU3A 1TSQA 1T3RA 2Q64A 4LXAA 5OZTA 4I0GA 1HXWA 1ODWA 3ER5E 4J0ZA 4EXGA 3HVGA 4Y3TA 1C70A 2NNPA 4GJDA 1BWBA 3VF5A 3OU4B 1IZEA 5OZ9A 5P8JA 5P25A 5P24A 1K1TA 3PVKA 5P3UA 1BBSA 3OUCA 4GJ6A 5P42A 1DAZC 3VYEA 1LYBA 5COKA 5HTZA 3LNKA 2R38A 4EPJA 3S7MA 3O9FA 2AZCA 5I3YA 1K2BA 4HLAA 5OZYA 1D4LA 3S45A 3UCBA 4XX4A 5DGUA 1RV7A 4YD5A 4I10A 4RVIA 2QU3A 1ZTZA 5P23A 3UDRA 3QVIA 3EC0A 2PYNA 3IXJA 5OZXA 4K4QA 2OHKA 1M0BA 5P6LA 4FGXA 5P5WA 3IN4A 5P45A 1IZDA 3HZCA 2QD7A 5IVTA 2VKMA 1MEUA 3DV1A 5P4ZA 3LITA 3NR6A 5P8HA 1EPLE 3KFNA 5P0CA 1SMRA 4TRWA 4CPTA 5COPA 1BV9A 2OHUA 4FAEA 5AH7A 5P78A 1FB7A 3ZKNA 5P1RA 1AJXA 3LZVA 3RTHA 3LPIA 1BVGA 4NKKA 2Q54A 2QI0A 4ZSRA 5P8DA 5P4HA 3SKGA 2IKOA 5OZUA 2QHCA 5P2IA 4Y37A 5P4GA 3DCRA 5P3OA 3ZOVA 3OQ7A 5P8VA 3ZKQA 5P08A 2H6TA 3VG1A 2AOEA 2ZHRA 5P0KA 2PH6A 5P7FA 4NJTA 3T3CA 5P7LA 5P13A 5HVPA 1YM2A 1KJ4A 1B6PA 5P6ZA 2JXRA 5OYYA 1ZJ7A 5P8MA 1EPME 4Q1XA 5P5HA 1GKTA 3OHFA 2NXDA 1HVHA 3DJKA 1WBMA 2I1AA 5P2AA 5P2HA 3S7LA 2BKTA 2J9KA 2R43A 5DR0A 5KR1A 2AIDA 3PM4A 2FXEA 4EJLA 4EJKA 5P6PA 1FQXA 2F8GA 2V12C 4DJXA 5P2XA 1MTBA 4Y4EA 5P5UA 4DQBA 1QDMA 1EAGA 4EXHA 3FIVA 5BWYA 2G20A 4I0FA 5P01A 3PWWA 1M43A 5P7BA 5P8FA 1LF4A 5P40A 5P0HA 3H5BA 3UDNA 3GGAA 4OBHA 3PI5A 5P89A 2I4VA 1EC3A 1IZIA 4DJOA 2BPXA 4ZPEA 4Y3FA 3LIXA 3SABA 5P3BA 5P4VA 1MSNA 4U8WA 4RCDA 1N49A 3ZPUA 2I0DA 1HSGA 5P44A 3IVIA 5PEPA 4Z22A 5OZGA 1W5VA 3S43B 4FRSA 1JLDA 2R3TA 2PC0A 5KAOA 5P4YA 2V16C 3PMUA 4Q1YA 4S1GA 3F9QA 5P5KA 3ZKGA 4Y3NA 4OD9A 5SXNA 4ZIPA 4ER4E 3LPJA 5P79A 3MXDA 2HIZA 3SAAA 1SDVA 2BPWA 3L3AA 4Y43A 1TCXA 5P55A 3U6AA 2HC0A 4EYRA 4K4RA 5P2JA 3KFRA 1T7JA 4PZWA 3I25A 3GW5A 1VIKA 1EC0A 4J0YA 2BBBA 3MXEA 2NNKA 4A6BA 5P50A 1B6LA 4TRYA 4Y9WA 4Y4TA 2OHQA 2IKUA 1G6LA 1GVVA 2P3AA 4Y5LA 5P3YA 1APTE 5P4QA 1MESA 4L7JA 2P8HA 1HVRA 1SDTA 3PLDA 2BPYA 5P5CA 1FQ4A 2Q11A 5P7WA 2JJJA 2WEAA 5B18A 1APWE 1DIFA 3D91A 5P4IA 5P6CA 4J1FA 3SFCA 1C6YA 5P2LA 1RL8A 5P6JA 4F75A 1AXAA 2ZJNA 2QNNA 1QRPE 1XL5A 2VNMA 4L7GA 5P6XA 4JPEA 5FIVA 3O9HA 5OZZA 2ER9E 1SBGA 3L38A 1KJ7A 4NPTA 2PH8A 5P41A 1U8GA 5EZZA 5IS4A 3PB5A 5OZ5A 4H3JA 4QJ7A 2P3DA 5DR4A 5P69A 4FSEA 5P71A 1NPWA 5P3QA 3O9GA 5P70A 2QU2A 3S2OA 4OBDA 4AMTA 3SACA 5C9BA 5JODA 1GVTA 2NXMA 1EBYA 5P0WA 3O9BA 1MRWA 4YCTA 5P14A 5P4RA 5P34A 3K5GA 4Y5AA 4YA8A 4WY6A 5P3IA 4AA8A 4R91A 5HCOA 4H3FA 5P2UA 5P5XA 3IGBA 5P1HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZP8 A;  3O9A A;  5P6H A;  5ER2 E;  5OZ4 A;  3IXK A;  2R9B A;  5C9D A;  2HB3 A;  1SIP A;  4J0P A;  4LHH A;  2AZ8 A;  2OAH A;  5JFP A;  1TZS A;  4QJ8 A;  4ACU A;  1GVX A;  2QMG A;  4J55 A;  2WF0 A;  2BKS A;  5HE4 A;  1IZH A;  1FQ5 A;  3CKP A;  4N00 A;  5OZ1 A;  5P3S A;  4NPU A;  3LPK A;  4Q1N A;  4DJU A;  5OZH A;  2B8L A;  2WEC A;  5P75 A;  3TKW A;  1TCW A;  2F3K A;  4D8C A;  5P8G A;  5P4S A;  3APR E;  3UTL A;  2WHH A;  3R4B A;  1YTJ A;  5KOS A;  4GZF A;  1PSN A;  1PPM E;  5P68 A;  3PI0 A;  5P4K A;  2UY0 A;  5OZP A;  4QJ2 A;  2NMZ A;  5P5R A;  4YD4 A;  5P00 A;  5C9F A;  2HM1 A;  1ZSF A;  5P6I A;  3OAG A;  2VJ6 A;  5P6E A;  4Y41 A;  4CPX A;  3QVC A;  5P6O A;  2BPV A;  4LP9 A;  1EPP E;  2QD6 A;  1MIQ A;  5P1O A;  3SA5 A;  3QP0 A;  2VS2 A;  3TPJ A;  4L1A B;  4OBJ A;  4YE3 A;  4DI2 A;  5P0R A;  3KDB A;  5OZ7 A;  1CPI A;  5I3X A;  5DR3 A;  5P3H A;  1E5O E;  2IDW A;  5P7V A;  1KJG A;  2B7F A;  1T7I A;  2PYM A;  1Z8C A;  4IVS A;  2JYS A;  3EKX A;  4Y48 A;  4OBK A;  5P1F A;  2QZW A;  5DR8 A;  5P7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3DK1 A;  3VF3 A;  4J1E A;  2O4S A;  2MIP A;  3U71 A;  4CP7 A;  4B78 A;  3NYG A;  1RNE A;  5P3V A;  3Q70 A;  2ZHU A;  4M8X A;  1ZLF A;  1B5F A;  5AH9 A;  5P0M A;  3K5D A;  2WF2 A;  5P1G A;  2H6S A;  2PK5 A;  2F81 A;  2OHM A;  4Y3E A;  3IVH A;  5P88 A;  3WB5 A;  5P48 A;  4Y4Z A;  8HVP A;  4Y6M A;  4CPW A;  4FM7 A;  5P61 A;  5P5J A;  4LC7 A;  2QMF A;  1IVQ A;  3NSH A;  1IDB A;  5P1B A;  4DJY A;  2RKF A;  4Y5K A;  3INH A;  3L5F A;  5P0J A;  2WEZ A;  1KJF A;  2FDE A;  3BXR A;  5OZ2 A;  3UHL A;  5P4B A;  5BRY A;  1RPI A;  3QBF A;  5OZ3 A;  2I4X A;  1B6K A;  2Q63 A;  3PWM A;  2VA7 A;  5P30 A;  1KZK A;  4I0D A;  2R5P A;  4B72 A;  3L5E A;  1J71 A;  4F73 A;  5P2S A;  4I0I A;  5P3N A;  2VIJ A;  2FNS A;  5P5P A;  2O4L A;  4EQJ A;  3QRV A;  1A30 A;  3DUY A;  2BB9 A;  4MC9 A;  3EL0 A;  3UQW A;  5DGW A;  5SY2 A;  5P49 A;  3UDP A;  1VIJ A;  2OHP A;  2HB2 A;  4FS4 A;  5P81 A;  3TPP A;  4Y3H A;  4DJQ A;  3G72 A;  5P1N A;  3OXW A;  5P0Q A;  3FSM A;  2NTR A;  4Q5M A;  1IIQ A;  3EL1 A;  3SKF A;  5TOL A;  5P0U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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