5OZFA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 26
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA01
4J1KA 3PM4A 4E43A 5P41A 1M4HA 2Q3KA 4OC6A 5OZ6A 5OZ1A 3CICA 5P4GA 1HIHA 5P82A 3PI0A 1EC1A 4PHVA 1YG9A 5IVQA 2R5PA 1FFIC 1LS5A 1HTFA 1D4SA 1QBUA 1APVE 4Y3AA 5P4DA 2QI1A 4CPQA 4U7VA 4BFBA 5CONA 4WY6A 3URIA 1HXWA 3OWNA 5P4BA 5P2TA 3K5GA 1A9MA 5P0WA 5P29A 4Y5GA 4Y5CA 3HZCA 2WEBA 1HOSA 4Y4BA 1DPJA 5AHCA 5P61A 5P7QA 5P78A 2NNKA 3VG1A 5P1OA 1IDBA 3S85A 3L5FA 3UDYA 1XDHA 1BIMA 4J1IA 5C9DA 3L38A 3KDDA 2BPYA 3FKTA 4FRJA 3GGAA 1BDLA 4Y44A 5P8EA 1GVVA 3O9EA 4Y3XA 3WZ7A 4EP2A 5DQ2A 2HB4A 3WZ6A 5P3DA 5P2MA 2QMDA 4LXMA 5P80A 5P49A 3EL4A 1A8GA 1SMEA 4EWOA 1CPIA 3INFA 1HSGA 4Y4UA 3VV8A 4Y3HA 3EKVA 1D4LA 5P7BA 2IGXA 1EAGA 3L59A 4Y3GA 4CMSA 4GJCA 5DQ1A 5P5IA 5P5SA 5P4LA 4Y3JA 5P86A 4HLAA 3O99A 5P1CA 1GVXA 2QNNA 4Z22A 2ER7E 3UDPA 3WB4A 3NU3A 5HTZA 5P3KA 3UTLA 3HDKA 2P3DA 4K4PA 1GNNA 1W51A 3EKWA 5P66A 5C9FA 5OYYA 3TLHA 4ZIPA 4YDGA 4ZPFA 5DR1A 4DJWA 2VNMA 4H3JA 5P3WA 1ZLFA 1HPXA 3OQDA 3VUCA 1T7IA 2WHHA 5OZBA 3EL5A 1AM5A 5P1SA 2ZJKA 5P79A 4JP9A 3NDTA 2BPWA 3R1GB 5P4VA 1T3RA 4ER2E 5P14A 3PMUA 3PLDA 5OZ5A 3BUFA 4KUPA 2WF2A 3K5CA 4DH6A 5P1YA 5P3LA 4I0FA 2JXRA 2AIDA 1FQ6A 5P89A 1QBRA 5P71A 4FM8A 5P23A 4Y3YA 3I6OA 5DR8A 5P3QA 4LL3A 5OZDA 1BWBA 3Q6YA 4B00A 2Z4OA 1ZSFA 4K9HA 5B18A 2QNPA 5P0FA 3VFAA 5P0QA 2WJOA 4Y4AA 3GGUA 2PWCA 3TPJA 4LXAA 3HAUA 3BXSA 4DUSA 4FE6A 3PLLA 3GI4A 5P7GA 3IXJA 3VF3A 1EBKC 4RYGA 2V13A 5P1WA 3RTNA 3VCMA 4OBGA 1GVWA 5HCTA 4F73A 1FQ4A 2HB2A 4Y39A 1PROA 3QRSA 3PI5A 1HHPA 5P0ZA 5P25A 4OBZB 3R0YA 3CKPA 1MRWA 4Y3DA 4ZPEA 1PSAA 5P1HA 1TW7A 5P0LA 3LHGA 4ZSMA 2P4JA 2FDDA 2AOGA 4ACXA 4M8XA 4JPCA 3KT2A 3PBZA 2BBBA 3HW1A 1MESA 5P2EA 2PH6A 2AOJA 5P3RA 3I8WA 5P3MA 2VJ9A 4EJ8A 5HDVA 5KQFA 3QAAA 4LC7A 3NWXA 3UCBA 4ER1E 3OXWA 2QI5A 5P1DA 1XL5A 4J1EA 5KOQA 5AH8A 1BWAA 1FQ7A 3OTSA 2P3BB 3ER3E 3OTYA 2BB9A 5P8MA 1HXBA 3QN8A 3SM1A 1VIKA 5P69A 1HIVA 1BV9A 4CPRA 1UH7A 3D1XA 5P6RA 4K8SA 4Y51A 4H3GA 2CENA 5P4HA 4AZYA 1FQ8A 4EQ0A 1K2CA 3BGBA 2AODA 5P58A 2I4DA 1A94A 5OZVA 2B7ZA 5P1AA 3H0BA 4JECA 4Y58A 3SKFA 4Z4XA 3FNUA 4L7GA 2NR6A 1HIIA 4EJDA 5P5CA 3UDRA 2JE4A 1LYBA 1XN2A 4I0DA 1K1TA 4FRKA 5P4ZA 1B5FB 5P30A 5P4EA 3ZLQA 5OZUA 3KMXA 3UQPA 4I0IA 2ZJHA 5JFUA 5OZPA 4BEKA 4HVPA 5P7JA 3NSHA 1XS7D 4Y4EA 3PWWA 5SY2A 5P8OA 1HBVA 1YT9A 5P32A 1SDVA 1FMUA 2F81A 3PBDA 3AUPA 5P4JA 5ER2E 4OBDA 5P3OA 3LPIA 3UDMA 4EQJA 5P3JA 4TVGA 5P6MA 3NU4A 4Y45A 3SA7A 1YTIA 5PEPA 2WF0A 4R95A 3MSJA 4U7QA 3KF0A 3OU1A 1FF0C 3TOHA 1W5XA 4HA5A 6UPJA 5P75A 3TOFA 5P6IA 1BDRA 3GI0A 4NKKA 3QPJA 1T7KA 5P33A 3O9CA 3NR6A 5KR1A 1CZIE 3UF3A 5P0EA 1A8KA 5P48A 1BBSA 1FB7A 4J1HA 4CPTA 2HM1A 1HPVA 5P4KA 1W5VA 5P8BA 5KR0A 5OZOA 2QD6A 4YOAA 4YCKA 2O4SA 3FIVA 2AZCA 4H3IA 5P1ZA 3EM3A 3U71A 2ZJNA 5P7AA 3S7MA 3OQKA 4YD3A 3URLA 2R3TA 4DI2A 4HDFA 4EHCA 2Q5KA 1K6TA 5P2WA 1HVJA 5P2BA 1JLDA 5P16A 3S43B 1W5WA 2ER6E 5IVTA 2XYFA 4YBFA 5OZXA 1GKTA 2ER0E 5P81A 4NPTA 2XFJA 4J1CA 5P11A 3VSWA 5KOSA 5HDZA 3PCWA 4GZFA 3S56A 5OZNA 3MXEA 2NXLA 2AVQA 4QLHA 5OZ7A 2I4WA 3BC4A 5P8LA 1BAIA 2MIPA 3LPJA 1K6VA 1LV1A 3SO9A 2H6SA 4ZSPA 2R5QA 5I3VA 5OZHA 2IENA 3ZPTA 4B05A 5P4AA 3RTMA 1KZKA 5P2JA 5P74A 5ISJA 1IDAA 2RKGA 3U7SA 5P5ZA 1W5YA 3Q70A 3TKWA 3Q5HA 5P2FA 5P1JA 3APPA 1HTEA 3GI6A 3EXOA 5DPZA 2OF0A 3LZSA 3TPRA 4EJKA 1APTE 2VJ7A 3OK9A 3VEUA 5KAOA 3L5BA 4CPUA 4I0GA 3D1YA 5J25A 4WY1A 5P53A 4LBTA 5P84A 3VLBA 3ZMGA 3HVGA 4ZEAA 3OOZA 1N49A 3L3AA 5P1MA 3RVIA 5P4MA 2P3CA 5P7IA 1EPQE 5OZEA 2G94A 4NJSA 3BGCA 4N00A 5P2DA 5P3XA 4DQCA 5I70A 3SM2A 5OYQA 5P8PA 1BVGA 2G22A 2IS0A 3CYWA 5OZAA 4B70A 1SDUA 4GYEA 3ER5E 5P2OA 3SA8A 5P3VA 1AJXA 4R92A 3M9FA 1LYWA 1ZTZA 2AOCA 3OGPA 1K6CA 5P5RA 3K4VA 5P02A 3NDXA 4EXHA 5P73A 3PJ6A 3BXRA 3Q3TA 5P2GA 4LXKA 5P67A 1HTGA 2G26A 4GJ8A 5P1NA 2FXDA 1APUE 4QJ9A 5P42A 3T3CA 4DVFA 4B72A 4Y3PA 3A2OA 4RVIA 5P1QA 4FAEA 4I0HA 5P0UA 5P20A 1NH0A 3OGQA 4HDPA 5P4QA 5OYXA 4H3FA 5P6NA 3SA3A 2FLEA 4Y56A 3DCKA 1SIPA 3LITA 3PEPA 1D4HA 5P1GA 4Y4JA 4RVXA 3QBFA 5P7NA 4ACUA 5P8TA 4GJDA 4HDBA 5P7WA 3U6AA 4I0EA 4DJXA 4B78A 2RENA 1FMXA 4YBIA 5P5VA 3EKXA 1YTJA 1MTRA 2IKUA 4NJTA 3ZKQA 2UY0A 1K2BA 2QCIA 1FIVA 3B80A 3SFCA 2WEAA 3T7QA 5P5TA 5AH6A 5P4CA 1HVSA 1LF2A 4KE0A 2F80A 1TCXA 5E5KA 2AOIA 5BWYA 2RMPA 5P6YA 3BUGA 4J0ZA 4B1EA 5AHAA 2Q11A 5HU0A 5P3FA 5HD0A 1EPOE 2F8GA 4R91A 2PK6A 2VNNA 5P3PA 5P35A 5P5WA 4Q5MA 3OADA 1G35A 2VKMA 4R93A 4GJBA 2G27A 3K5FA 4XX4A 4OD9B 4Y38A 2PYMA 2P83A 5P2UA 5JODA 5P6HA 3EC0A 2G24A 4EPJA 3LZUA 4COEA 5P26A 1DW6C 5P17A 3BUHA 3ZKMA 2ZGAA 4CKUA 5P5UA 5P62A 1D4JA 5HE7A 4X2LA 2PSVA 3PSYA 4Y5BA 1ODYA 3ZKXA 4OC6B 1LF4A 5P6BA 5P6VA 2J9JA 5P3EA 5P0AA 5P0BA 2IKOA 2APRA 2IL2A 4Q1YA 5P8NA 4ZSRA 1T6EX 1TCWA 4Y5KA 3VV6A 3HVPA 3WZ8A 3OUDA 2ZJLA 2VA5A 4FSLA 1KJFA 1KJHA 5P4TA 3RSVA 4Y5MA 4MC1A 3O9IA 1HVHA 3QP0A 1AJVA 2ZHVA 2RSPA 1HTRB 3C9XA 5OYSA 2VA7A 2HS2A 4F76A 4AMTA 4YCYA 3LIYA 5AH7A 4IVSA 5P6UA 5ER1E 3O9LA 2PWRA 4NPUA 5JFPA 2F3FA 4K4QA 2WEZA 4HEGA 1TZSA 5P8UA 4FL8A 2B8VA 2R38A 1T7JA 1NSOA 5P3ZA 3ST5A 5OZRA 3UQRA 3SA4A 2Q15A 3OXVA 5OZIA 1Z1HA 4B1CA 3OQFA 1EBYA 2OHLA 3PHVA 5KQYA 3G6ZA 1MT9A 1IBQA 2QD7A 4YOBA 5P0HA 5P4NA 1F34A 3IGBA 2O4KA 2OHSA 3KFRA 4J1FA 5P3UA 4MC2A 5P2XA 3ZPSA 5IS4A 4L7JA 2FMBA 5P5MA 1ZPAA 1META 3NUJA 4Y3EA 5KQXA 3OY4A 3TKGA 3JVYA 5IVRA 2QMPA 1MPPA 4BFDA 4DJPA 4KE1A 4QJ8A 3NU6A 5P3YA 1HVKA 4L7HA 4FCOA 5OZMA 5HVPA 5OZQA 3TTPA 4FSEA 5P09A 4X7IA 4A6CA 5P5HA 4DJVA 5P4SA 5P68A 5I3WA 3KN0A 4Y36A 3MSKA 5HDXA 4RGHA 2RKFA 2FDPA 5SZ9A 4Y5NA 4I1CA 4EJLA 1MUIA 3EM6A 3FNTA 1EBWA 1YTGA 3VF5A 2Q54A 3UQXA 2WKZA 5P12A 4Y4DA 5P3HA 3PRSA 2VIEA 3Q4BA 5P0RA 5P2RA 1BV7A 3PB5A 3CIDA 5OYZA 3SKGA 3VSXA 4LAPA 5P0XA 5P1BA 4DQHA 1SGZA 5P8HA 5DQ4A 3GW5A 4Y5LA 3VF7A 4Z2ZA 7HVPA 2AZ8A 4Y5PA 1EPPE 1MRXA 4Y48A 5OYUA 5P8GA 4GJ9A 1TQFA 4OBJA 5DR4A 1EPNE 4L1AA 1HVCA 1WBKA 3L5DA 3SPKA 1AIDA 1E80E 2ZJIA 5OYWA 3TOGA 4I12A 1BXOA 2PMAA 5P37A 2AZ9A 4ZSQA 5P5OA 5P5EA 1EBZA 1RL8A 3G70A 2G1RA 2BQVA 3T6IA 4Y3NA 3QBHA 5P22A 2IRZA 4J0TA 5T4SA 3PWRA 3VYFA 1PSOE 5P06A 3PCZA 4UPJA 1EPLE 4RZ1A 4ER4E 2QMFA 3SA5A 2AVVA 3APRE 4QGIA 4PPHA 8HVPA 2WECA 2BPZA 3JW2A 4CPWA 4S1GA 2G69A 1RQ9A 5P3CA 3TPLA 5C9BA 2OHKA 1FQXA 4DV9A 4Y6MA 3LPKA 5P72A 5P1RA 1MT7A 1C6YA 4KB9A 1AXAA 2BKTA 4F75A 2G1YA 2WF1A 4I0JA 2NPHA 2QNQA 5P5XA 1F7AA 1PSNA 3IXKA 2QZKA 4D83A 4Q1NA 1EPRE 1ODWA 5P1KA 5P1EA 2HIZA 2O4LA 3O9FA 5P8QA 5EZZA 3O9BA 1APWE 4YD5A 4I11A 5KQZA 4Y4TA 4J0PA 3I25A 5P13A 3EBZA 2PH8A 2FNTA 1DIFA 5OZ9A 3DV1A 3QVCA 5P7RA 1IZEA 5P5KA 2ER9E 4RCFA 2G21A 2SAMA 5F01A 1LYBB 5P7UA 2V11C 2VJ6A 3D20A 2I4UA 3S7LA 5P45A 4BELA 2FGVA 3QRMA 5P0DA 3NYGA 4Y41A 3KDBA 3PSGA 4RRSA 2ZDZA 1HVIA 2AQUA 1HSIA 1XL2A 4DPFA 5P7KA 3O9DA 4LHHA 5P39A 5P1LA 2O4NA 5P6LA 1RPIA 3HLOA 4RCDA 1YM2A 5P0CA 5P7FA 1TSUA 1DP5A 4U8WA 3MWSA 5P24A 1B6JA 4TRZA 4EP3A 5P7LA 4Z50A 1A30A 3OU1B 5P2LA 1ZJ7A 4DJYA 3PGIA 3LIVA 4OBFA 3ZPUA 5P88A 5EZXA 1YM4A 4H1EA 4QJ2A 2VIZA 5P3GA 3OQAA 5P3TA 4APEA 1U8GA 1E82E 1HEGE 2OHNA 5IVSA 5P51A 3OUBA 3FSMA 1D4KA 3OAGA 2Q55A 5ENKA 5P28A 5OZLA 2R9BA 4NJUA 2HC0A 4GIDA 1BILA 1LYAA 3OXCA 4XX3A 5P38A 5P2AA 3QI1A 1IIQA 5P7ZA 5P03A 1OEXA 5P7PA 2UPJA 1GVTA 3R2FA 5P4WA 3NXEA 1WBMA 4Y57A 3FX5A 5P36A 5P8CA 1SMRA 4Y50A 5P15A 2PQZA 2F3EA 3SA9A 2ZJMA 2AOFA 5COPA 5CLMA 6APRE 5P7TA 2G20A 2XYEA 1MT8A 3LIXA 5P2IA 1HWRA 1FQ5A 1PPLE 2NMYA 3EKPA 5P34A 2QZXA 3NDWA 5P46A 3O9AA 3DJKA 3BVBA 3D91A 5E5JA 4Y9WA 2QMGA 4XXSA 3FNSA 3OQ7A 5FIVA 5OZGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1K A;  3PM4 A;  4E43 A;  5P41 A;  1M4H A;  2Q3K A;  4OC6 A;  5OZ6 A;  5OZ1 A;  3CIC A;  5P4G A;  1HIH A;  5P82 A;  3PI0 A;  1EC1 A;  4PHV A;  1YG9 A;  5IVQ A;  2R5P A;  1FFI C;  1LS5 A;  1HTF A;  1D4S A;  1QBU A;  1APV E;  4Y3A A;  5P4D A;  2QI1 A;  4CPQ A;  4U7V A;  4BFB A;  5CON A;  4WY6 A;  3URI A;  1HXW A;  3OWN A;  5P4B A;  5P2T A;  3K5G A;  1A9M A;  5P0W A;  5P29 A;  4Y5G A;  4Y5C A;  3HZC A;  2WEB A;  1HOS A;  4Y4B A;  1DPJ A;  5AHC A;  5P61 A;  5P7Q A;  5P78 A;  2NNK A;  3VG1 A;  5P1O A;  1IDB A;  3S85 A;  3L5F A;  3UDY A;  1XDH A;  1BIM A;  4J1I A;  5C9D A;  3L38 A;  3KDD A;  2BPY A;  3FKT A;  4FRJ A;  3GGA A;  1BDL A;  4Y44 A;  5P8E A;  1GVV A;  3O9E A;  4Y3X A;  3WZ7 A;  4EP2 A;  5DQ2 A;  2HB4 A;  3WZ6 A;  5P3D A;  5P2M A;  2QMD A;  4LXM A;  5P80 A;  5P49 A;  3EL4 A;  1A8G A;  1SME A;  4EWO A;  1CPI A;  3INF A;  1HSG A;  4Y4U A;  3VV8 A;  4Y3H A;  3EKV A;  1D4L A;  5P7B A;  2IGX A;  1EAG A;  3L59 A;  4Y3G A;  4CMS A;  4GJC A;  5DQ1 A;  5P5I A;  5P5S A;  5P4L A;  4Y3J A;  5P86 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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