5OZHA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 28
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozhA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozhA01
5P5IA 2WL0A 3QBHA 5BS4A 5ISJA 2XYFA 4NJVA 4DJXA 2QD6A 3TL9A 3ST5A 5P1UA 5P6VA 5P7LA 1LV1A 3DJKA 5P7DA 1FQ6A 2QMFA 5P7JA 3VSXA 1MT7A 4GJAA 1VIKA 5P0TA 4HDBA 4FRSA 2HB4A 4LHHA 3BXSA 5P8AA 2ZHTA 3B80A 3OOZA 4GZFA 3KN0A 5P8VA 2XYEA 2RSPA 2PK6A 4DQEA 5P6GA 5P84A 4EP2A 4CPSA 3RU1A 4Y5AA 3PBZA 4K8SA 3UQXA 1BDRA 1HIIA 3VYDA 3OQ7A 3UDPA 1HIVA 2O4KA 5P74A 3L5BA 5E5KA 1BAIA 5P85A 3S43A 4Y4XA 1QRPE 3KFRA 4WTUA 2ZJJA 3EM3A 4ER1E 5KOQA 3QPJA 3ZKGA 2FIVA 1ZP8A 5P1RA 3BRAA 1SH9A 3JW2A 3LPKA 2BQVA 5HU0A 3IVIA 5DQ4A 4ZSPA 5P1EA 3OQDA 1MRXA 5P4IA 5P1LA 1GVXA 5P24A 5P2XA 1EEDP 2HPFA 4Y3RA 1E82E 1Z8CA 8HVPA 5P3GA 5OYQA 4ZEAA 1HVLA 3QIHA 2P83A 1DPJA 3WZ7A 4EYRA 4B1EA 5P5LA 2ZJIA 4U7QA 3R1GB 1EBWA 2ER7E 5P0CA 5P77A 5I3VA 1XL5A 3OQFA 4K4QA 2PSGA 4N00A 1PPKE 3QN8A 5P3IA 1B5FA 4Y3YA 2RKGA 4DPFA 5P69A 4L7HA 2QD8A 3ECGA 3UDJA 1VIJA 5P19A 5P8PA 2P3BA 3LIVA 5P4AA 1YTGA 3UDKA 3MWSA 1BV7A 3CMSA 3QRSA 5OZRA 5P18A 5AHAA 3INHA 2J9JA 4ZSRA 5P6AA 4K9HA 5KQYA 3UQRA 4M8YA 3PGIA 7UPJA 3TH9A 5IVQA 1PSAA 5OYZA 2AOCA 3VFAA 4EJKA 1PSNA 1T7JA 5P3XA 3VV7A 3TTPA 3T11A 5P1AA 5P88A 4Y35A 3Q5HA 1APVE 1D4YA 1UH9A 2AVMA 5P4SA 3EBZA 4Y3QA 1FG8C 4A4QA 1SP5A 3K5CA 2QD7A 4Y5GA 4Q1YA 1ME6A 2HB2A 5OZOA 5P5SA 5P02A 3G72A 3QS1A 5P1SA 2G24A 1IZHA 3BXRA 2I4XA 4J1FA 3HVGA 1LYBB 2P3DA 4OD9B 1MEUA 3U6AA 3G70A 4J54A 5P5XA 2NXMA 1G35A 4RCDA 3UF3A 1C6ZA 4Y4WA 4J1IA 5IE1A 3SABA 5P68A 3R4BA 5P5CA 3CYXA 4EXHA 4XXSA 5P8FA 3RSXA 5HVPA 3OUDB 2PK5A 2QHYA 1SMRA 5P7XA 3S2OA 1Z1RA 4KE0A 5P41A 5P6OA 1ZSFA 1UH7A 3OUBA 3K5DA 2VNNA 3PMUA 3PI5A 4Y53A 5C9DA 5P30A 2ZYEA 4Y58A 4I0DA 2AOEA 7HVPA 3SO9A 2B7FA 5P27A 3NDUA 5JFUA 4Z22A 3BHEA 3ZKNA 2HB3A 3L38A 2XFJA 1IZDA 5AGZA 3KDBA 5P5QA 4I8WA 1MUIA 5OYRA 1W51A 3GI4A 4LXMA 1XN3A 3Q70A 2VIYA 3TNEA 3VFBA 5DGWA 3H0BA 1HTEA 1OEXA 5P6MA 1PROA 2UPJA 5OZKA 2VJ9A 3FV3A 1EPPE 1SDUA 1FFIC 1C6XA 1EPQE 5P2YA 5P26A 2R3WA 1ZLFA 2CENA 1LYAB 4Y3JA 3T7PA 2VA6A 4RGHA 5OZSA 1B6KA 4NPUA 3CIBA 1GNOA 2IQGA 3C9XA 3OQAA 2ANLA 3RTNA 2ASIA 2VS2A 2ZJLA 4CPWA 1EC1A 1ZJ7A 1CPIA 5PEPA 3KYRA 5P48A 3SA9A 5JG1A 2ZGAA 1HVIA 3LINA 5P3OA 2G69A 1IVPA 1YM2A 3MSLA 5P0HA 4OBZA 3QVIA 5HDXA 2QU3A 3EKVA 5DQ5A 1QBUA 2QNPA 4GJ6A 3KMYA 3BUGA 5HE4A 2BBBA 1B6PA 3OGPA 4Y3LA 2O4PA 3O9IA 3SA3A 4B72A 5OZBA 2G21A 3BC4A 4YCYA 2QNNA 2PQZA 1NPWA 1W5XA 1FQXA 4R92A 3PWRA 2Q55A 1Q9PA 3GI5A 4DJPA 1HVHA 5P0VA 1CZIE 5P3DA 3PBDA 4AA8A 5P4NA 5P0QA 1F7AA 3AIDA 2QZXA 4OBHA 1DIFA 1HVSA 4RCEA 5P7WA 4Y3NA 3TPJA 2B8VA 5KQXA 4CPUA 3MXEA 5P5EA 4AA9A 1EC3A 3SAAA 1HRNA 3UQWA 5P3UA 3EKYA 5P7HA 5OZMA 4BEKA 3OOTA 4D83A 1DP5A 4XX4A 3S8IA 3DCRA 5P6NA 3S43B 2HC0A 3MSJA 4Y4TA 5P1CA 4R91A 1HBVA 3OGQA 5P6LA 4J17A 5P4CA 3DOXA 4MC6A 1HSHA 4Q1NA 2IKUA 5C9FA 2IL2A 5P29A 5P5NA 4D88A 2OHQA 2QI1A 3K4VA 5P5AA 2F8GA 5OZAA 4Y3HA 1MT9A 5P7TA 3D91A 1QBRA 2VA5A 2RMPA 5P8MA 3ZL7A 4PZXA 3ZLQA 5P0KA 4QJ6A 4B0QA 4FAFA 3N3IA 5P3SA 1M43A 2VJ6A 5OYYA 5P8LA 4L7JA 3N4LA 3TLHA 4KUPA 5T4SA 2BJUA 5KR0A 3LIQA 4Y5CA 4I0EA 5P1OA 4A6CA 5E5JA 5AH8A 2PYMA 3CKPA 2FDEA 4APEA 4J1HA 4BFDA 4J0VA 3OAGA 1B5FB 4JP9A 3KFSA 4I11A 3VF5A 1TCXA 5OZUA 2P3BB 3A2OA 4Y51A 3PI0A 4Y3DA 1K2BA 5P0YA 2J9JB 5P61A 5P1HA 5P59A 4PPHA 1ZAPA 2VNMA 4Y3AA 3URIA 1A94A 2AOJA 5P37A 2JJJA 1W5VA 1E80E 1LF4A 1GVTA 1GVVA 2FDPA 5P2SA 5OZGA 5OZ0A 3ZPTA 4EJ8A 3PB5A 4LXAA 3OU3A 2NXLA 1AIDA 2IGYA 2XFKA 5P0ZA 5P2HA 3DUYA 1HEGE 2J9KA 4GJ7A 5KR2A 3IXJA 5P3WA 1HVJA 3PSGA 4Y4UA 3ZKQA 5P6IA 3EC0A 5P2JA 1B6LA 4I0FA 1HVRA 3SA5A 3INEA 5J25A 4Y3MA 5P4JA 4A6BA 2AZCA 4EP3A 1KZKA 2Q64A 2G1RA 1APWE 5P1KA 5P6UA 3EM4A 4RZ1A 4YOAA 4S1GA 4HE9A 1TQFA 3KFPA 3MSKA 2OHLA 3GGXA 3TPPA 5P2IA 5DR0A 3O9BA 5HCTA 3QROA 1BWBA 1C6YA 2FGUA 4D85A 5P3JA 1G2KA 5P6KA 1MSMA 5KQFA 3UDNA 1ODWA 2BPYA 1ENTE 5P67A 5ER2E 2IENA 5P0IA 4L7GA 2BKSA 5SZ9A 4JPEA 4GJ8A 2WECA 1IDAA 1BIMA 1FQ8A 5HE5A 4UPJA 3FX5A 5P5HA 2JXRA 4HDFA 1HHPA 1LEEA 1FQ4A 5OZEA 5P8SA 5OZFA 3HD8A 5KQZA 4AZYA 5OZPA 1QDMA 4FRIA 3EL0A 3QAAA 4Y3PA 1T6EX 3NXEA 5P5TA 4RRNA 5KOSA 4Y4BA 1HTRB 5P06A 3IN3A 4I0GA 3TOFA 1LYWA 1WBKA 1EBZA 3NDWA 5P6RA 5P0UA 5P7FA 4BELA 3RTHA 1GNNA 4D8CA 1HPSA 5P01A 5P28A 5P0DA 1TCWA 2H6TA 2O40A 2OHKA 2V10C 5P3VA 3HAUA 4TRZA 4Y9WA 2AZ9A 5P4DA 3CIDA 4D89A 5KR8A 4LXKA 1AXAA 1RV7A 3PWMA 1T3RA 4TVHA 1OHRA 5COOA 5P4WA 2FLEA 2O4NA 5JODA 3ER5E 1K6TA 5P7CA 5I3XA 3LHGA 4OBZB 3LNKA 3EMYA 4LAPA 3I7EA 5P51A 2QHCA 1K6PA 1AJVA 1HVKA 5OZWA 2ZHUA 4RVIA 4KB9A 1DAZC 3SKFA 5P7YA 2I4WA 2P4JA 3OK9A 5P1QA 4EXGA 4L1AA 4L6BA 1KJ7A 2RKFA 4H1EA 4IVSA 4OBKA 5P12A 1EPNE 2QU2A 4YD4A 1W6IA 1GVUA 3B7VA 4X7IA 1EC0A 5P0AA 3L59A 2MIPA 5P1FA 2G1SA 5SY2A 5P40A 4RLDA 4R95A 1D4LA 1T7IA 4PZWA 3HBOA 5BRYA 2FGVA 1MVPA 4FSEA 1W6HA 3LIXA 4RROA 3NWQA 4DJWA 4Y3GA 3UHLA 5P4EA 3VF7A 1AZ5A 2V13A 1W5WA 3PM4A 2JYSA 2PSVA 2WF4A 4U7VA 5P5JA 4OC6A 1Z1HA 3D3TA 5OZIA 5P89A 5EZXA 1HXBA 5P6JA 2HS1A 3O9EA 4F75A 4DVFA 2AODA 4FIVA 2G1NA 2VKMA 2WEBA 4CMSA 5P5KA 4Y36A 4AMTA 2QZLA 5P75A 2ZDZA 4Y3XA 5P2QA 5P3ZA 4FSLA 5P49A 3OTSA 2P3AA 5P8NA 3SKGA 5JFPA 3UQUA 4NJSA 5P55A 3FNUA 3ZKMA 3AUPA 1NPAA 3FSMA 5CLMA 4EJDA 5P7BA 2I4DA 5P4GA 5P86A 5P63A 3FNSA 3LPIA 3OUAA 1G6LA 1W5YA 4I8ZA 4Y4JA 5OZ2A 3NXNA 1BXQA 4Z50A 4RVXA 4MC2A 1ER8E 2HAHA 5P65A 3UDRA 1SGZA 5I3YA 1AM5A 4Y47A 2AIDA 2IS0A 3EKQA 1LF3A 2O4SA 3OAGB 3QRMA 3HZCA 1D4KA 3NDTA 3CYWA 3BUHA 4Y56A 5KR1A 1KJFA 3OXCA 3WB4A 1XS7D 5P83A 2FS4A 2NPHA 5P6FA 5P2UA 3NU4A 5P6DA 5P38A 2JJIA 4FM8A 5P1XA 4YD3A 5P78A 2OHMA 3TPLA 5OZ3A 3EL5A 1MPPA 5P10A 2AZ8A 5P47A 5P6QA 3OY4A 1EPRE 2UY0A 2R5QA 2IRZA 4QJ9A 3HLOA 5HDVA 4NJUA 5P54A 4ZPFA 4I0JA 1D4HA 5P81A 4QJ2A 4GJDA 5DQ2A 1MRWA 5P6EA 3NWXA 5P4OA 5P6SA 3IXKA 4Y5MA 1SMEA 3LIZA 5P62A 4ZE6A 3S54A 5OZ8A 3HVPA 4OBDA 5P1DA 5P2DA 5HE7A 4NPTA 1RL8A 3EXOA 2Q3KA 1QS8A 3T3CA 2VIZA 4FRJA 5P2TA 5P53A 4Z4XA 2OHNA 5P6BA 1APTE 3NU9A 2I1AA 4MC9A 3LZSA 3FNTA 4YA8A 4R8YA 5P6CA 2FXDA 4I0IA 4Q1XA 4GB2A 4FCOA 4ER2E 4R5NA 2VJ7A 1IZEA 5P43A 1TW7A 2HM1A 5P7ZA 4ZIPA 5P7AA 3IVHA 5P32A 2SAMA 5P08A 4KE1A 1K6CA 4Y43A 3EL4A 4H3IA 1FQ5A 4ACUA 4RYCA 2QI5A 4Y50A 1LYWB 1RQ9A 3NUJA 4FM6A 5P39A 2BPXA 4Y57A 1M4HA 5P2GA 2WEAA 3VUCA 1D4SA 3O9LA 4YHQA 3R0YA 2QZWA 4Y3ZA 5OZTA 4Y3TA 5P6XA 1IVQA 1A8GA 1G0VA 4ER4E 5P7RA 2I4QA 4I0HA 2VIJA 4ZSMA 3SACA 5IVSA 6FIVA 2NXDA 1J71A 1FMXA 1MERA 4OBFA 4Y5EA 5OZ7A 5P6ZA 2AOIA 3KDDA 5P0NA 2PMAA 4R93A 1XL2A 3NLSA 5P3QA 1TSQA 5OZDA 3O9DA 3SA4A 5P6TA 5APRE 1FIVA 5OYSA 5OZ4A 2PSUA 5P1YA 5P5UA 4Z2ZA 1EPME 5P4LA 3I25A 5P3RA 2G1OA 5OZNA 2I0DA 5P8QA 1ZBGA 4ZPEA 1CMSA 3QI1A 2JE4A 1APUE 2G20A 4J55A 5OZ1A 1K6VA 4EWOA 5P8DA 4YBFA 1OEWA 4L1AB 1HSIA 1GKTA 1FMUA 4ACXA 5OYUA 4GJ9A 5P3MA 4I10A 2OHSA 1DW6C 5P20A 3GGAA 5P76A 1M0BA 5P3FA 5P22A 4YD7A 3OU1A 2OHTA 5EZZA 3ZMGA 2ZHRA 4HLAA 5KAOA 1RPIA 4BFBA 5P2EA 4RCFA 1A9MA 4J0TA 5P1PA 3JVWA 4Y4AA 1EBKC 4WY6A 2XFIA 4H3GA 3M9FA 2NMZA 2WKZA 3IAWA 4YCKA 4FRKA 3SA6A 4U8WA 4B77A 5P1JA 2I0AA 4DFGA 2A4FA 5P1IA 5P6YA 1KJ4A 1WBMA 1JLDA 4LBTA 4QJ8A 3Q3TA 3VG1A 4OC6B 4Y5BA 3UDMA 4CPTA 4Y3FA 3I8WA 3DCKA 5P0WA 3PWWA 1ZSRA 5P0BA 1XE5A 2VA7A 3LIYA 4FM7A 5P2RA 3TKWA 5DPZA 1XDHA 5IS4A 3LZUA 3ZOVA 1T6GA 4J0ZA 5P13A 4H3JA 4E43A 1IBQA 5UPJA 4RVJA 5HCOA 5P45A 5P33A 5P5ZA 5P3EA 5P6WA 3T7QA 4FS4A 5P7IA 1A30A 1PFZA 2FMBA 1AJXA 4M8XA 4GMIA 5AH9A 3UPJA 4Y41A 4DJVA 3L3AA 3O9FA 3ZPUA 5P8OA 4HZTA 5P0LA 3SQFA 2OAHA 2QI6A 2NMYA 5P7UA 2HIZA 3TOGA 2G26A 3PSUA 1MIQA 2O4LA 4XKXA 3RTMA 2WEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5I A;  2WL0 A;  3QBH A;  5BS4 A;  5ISJ A;  2XYF A;  4NJV A;  4DJX A;  2QD6 A;  3TL9 A;  3ST5 A;  5P1U A;  5P6V A;  5P7L A;  1LV1 A;  3DJK A;  5P7D A;  1FQ6 A;  2QMF A;  5P7J A;  3VSX A;  1MT7 A;  4GJA A;  1VIK A;  5P0T A;  4HDB A;  4FRS A;  2HB4 A;  4LHH A;  3BXS A;  5P8A A;  2ZHT A;  3B80 A;  3OOZ A;  4GZF A;  3KN0 A;  5P8V A;  2XYE A;  2RSP A;  2PK6 A;  4DQE A;  5P6G A;  5P84 A;  4EP2 A;  4CPS A;  3RU1 A;  4Y5A A;  3PBZ A;  4K8S A;  3UQX A;  1BDR A;  1HII A;  3VYD A;  3OQ7 A;  3UDP A;  1HIV A;  2O4K A;  5P74 A;  3L5B A;  5E5K A;  1BAI A;  5P85 A;  3S43 A;  4Y4X A;  1QRP E;  3KFR A;  4WTU A;  2ZJJ A;  3EM3 A;  4ER1 E;  5KOQ A;  3QPJ A;  3ZKG A;  2FIV A;  1ZP8 A;  5P1R A;  3BRA A;  1SH9 A;  3JW2 A;  3LPK A;  2BQV A;  5HU0 A;  3IVI A;  5DQ4 A;  4ZSP A;  5P1E A;  3OQD A;  1MRX A;  5P4I A;  5P1L A;  1GVX A;  5P24 A;  5P2X A;  1EED P;  2HPF A;  4Y3R A;  1E82 E;  1Z8C A;  8HVP A;  5P3G A;  5OYQ A;  4ZEA A;  1HVL A;  3QIH A;  2P83 A;  1DPJ A;  3WZ7 A;  4EYR A;  4B1E A;  5P5L A;  2ZJI A;  4U7Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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