5OZJA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 30
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozjA01
3DOXA 3ZL7A 3BVBA 4XXSA 1FB7A 1IIQA 1B6KA 4DJXA 4DQFA 3TOFA 3T3CA 2QHCA 3UDYA 2JXRA 5HE4A 3RU1A 4GIDA 1HHPA 4PZXA 2G22A 5P75A 5IVRA 2IENA 5P2MA 3OK9A 5P0NA 5P8HA 4COEA 3QAAA 3R2FA 5P3XA 1K2CA 5E5JA 3OY4A 1LV1A 5P7ZA 4J0VA 3KMXA 5P64A 3WZ7A 2VA5A 5IVTA 1VIJA 4J0TA 4YD6A 2WF0A 5P8CA 1K6PA 3OHFA 3LIQA 1QBSA 4H3GA 3VF3A 1MUIA 1OHRA 2NMYA 2QHZA 4B05A 4L7GA 3PSYA 3K4VC 5P34A 3CYXA 1SGUA 4Z50A 2Q3KA 3NXEA 5P7OA 5J25A 1TCWA 1MTRA 5P5DA 2AOJA 5OZYA 2P83A 5P2CA 2Q5KA 4FRKA 1K6VA 4Y39A 5P3AA 4X2LA 4YCTA 5P6TA 5OYVA 1NSOA 3NDTA 3B80A 5OZ5A 3Q5HA 2QMGA 3CKRA 3UF3A 3T7QA 3PLLA 4XX3A 4DPIA 3HD8A 3KDCA 2PK6A 1LZQA 1LYBB 5P7SA 3SACA 1TQFA 1FG6C 2HC0A 2AVSA 2HB4A 1MVPA 3QRVA 1AXAA 3I6OA 3O9IA 2AIDA 3LPJA 3K4VA 5P58A 3FIVA 4NPUA 1GVUA 3K1WA 1A8GA 4FAFA 4RROA 2RKGA 3G72A 2PYMA 3EKWA 5P3GA 5OZAA 4B00A 4GJ9A 3G70A 3OUCA 5ENKA 4BEKA 5JFPA 4R92A 4GJDA 4Y5CA 4YCYA 1PROA 4EJLA 5P6XA 5P4JA 1HSHA 4Y3JA 2ZHRA 4DQHA 5P7UA 4OBZB 4Y3HA 4ZLSA 2V13A 5P08A 4EP2A 2UXZA 4YBIA 2ER0E 5P77A 1Z1RA 3D1XA 1EPLE 3SA4A 5EZXA 5P6YA 2PWCA 5P2WA 2OHKA 5P2DA 5P59A 4DQGA 5P7XA 1EBWA 4BFDA 5P70A 3PBDA 2Q15A 2F3KA 3L38A 5P4UA 5P6QA 3IXOA 4RYCA 3ZPUA 2QNPA 3KYRA 4Y3MA 5OZKA 5P0DA 5P0EA 5OZIA 1IBQA 1TW7A 3UTLA 3S56A 5P1SA 3LZYA 1W6HA 4I0GA 1UH9A 3PSGA 4OD9A 3TPLA 1BIMA 2QK5A 3DCKA 3H0BA 1E82E 5P2FA 2QNQA 2G27A 2RKFA 4RGHA 1GKTA 3OQ7A 4I11A 3ZKXA 3INHA 4Y35A 1EBZA 1DPJA 2WECA 5P8QA 5P0RA 4Y5LA 1B11A 3IGBA 2OHPA 5P43A 1QBRA 4EWOA 2ANLA 1Z1HA 5P5FA 3TL9A 5P1MA 2F8GA 2ZHVA 5P4YA 1ZPAA 1FIVA 3OADB 1BV9A 5P4RA 4I0EA 5P3TA 5P3KA 2I4WA 4M8XA 2QCIA 5P31A 4AUCA 1HSIA 4DFGA 1M0BA 2QZKA 4A6BA 3L5FA 5P41A 2P3BA 1EEDP 4YD7A 2ZDZA 4R91A 3D91A 2R3TA 1DIFA 3UDKA 1EC2A 5P1XA 5P1VA 5P52A 2MIPA 5OZPA 1SIPA 2BJUA 4DJRA 1PPLE 1HPSA 4WY1A 4Y4EA 4HDBA 2HPEA 5P3IA 1MSMA 5OZQA 2UY0A 5P72A 3VV7A 3N3IA 5OYTA 3NLSA 1C6YA 5P8FA 3I8WA 1HSGA 3EM4A 2ZJJA 3CKTA 4MC1A 1UH8A 1HXWA 5OZ4A 4XX4A 1ODWA 5OZ2A 3VFBA 5P0QA 4Z4XA 4GJ5A 4J17A 3U71A 5P6VA 4BELA 2PSVA 2WF3A 3MSJA 5AH6A 4LXKA 2O40A 4YDGA 4ZIPA 2AOFA 4KUPA 1OEXA 3KF0A 2SAMA 1D4YA 5P48A 1ER8E 4D88A 3PLDA 5I70A 1HPVA 3SQFA 3APRE 4I8ZA 3OOTA 5P8LA 1W5YA 5OZCA 5OZGA 1B6JA 2AOEA 1CPIA 1MT7A 5P47A 3S85A 2WEAA 3L5DA 4Y3PA 3UDJA 3OUAA 4ZPGA 3AIDA 5OZNA 5P1CA 5P25A 5P23A 3GI4A 3NUJA 1LS5A 4J5JA 2UPJA 5P7DA 1IZEA 1ZAPA 4EJKA 1KZKA 1AJXA 4JPEA 3ZKGA 5P6RA 3PJ6A 4YHQA 3BC4A 4Y3NA 5OYUA 5BS4A 5P85A 1EPRE 3S7MA 5P4TA 1OD1A 3K5CA 1LF2A 5P76A 4Z22A 3QBFA 2PMAA 5P0LA 5P51A 4QGIA 4PEPA 1D4SA 1EC1A 2NPHA 5P5RA 3O9EA 2BPWA 3BUGA 1FQ6A 5P8RA 5P5YA 3O9LB 4K4RA 1KJHA 1YTJA 2XYEA 2I1AA 5P6EA 5P3WA 5P0YA 5P79A 3S53A 1ZLFA 4K4PA 3SM2A 4K4QA 2NXMA 1C70A 5P00A 4DVFA 5P0BA 5P10A 3VYFA 4Y4DA 5P1HA 5P8BA 4WY6A 3EXOA 3WB5A 5P5CA 1ME6A 2V0ZC 3GI5A 1GNOA 5DGUA 5P3OA 5P4MA 4BFBA 1HTRB 3KDDA 3RTNA 1A94A 1LYBA 2O4PA 5DR3A 3UHLA 4CPUA 2AZBA 2FS4A 5AH7A 3PGIA 3EKXA 2VIZA 4PHVA 3RTMA 4J1CA 4YA8A 1KJFA 2OHRA 3PWMA 4FM7A 4D85A 3DV1A 5P11A 1TCXA 4GJ6A 1XDHA 5P44A 5P4IA 5P6LA 4FAEA 3LPKA 4EHCA 2QU3A 4Y41A 5OZJA 2NXDA 5P7QA 3KA2A 4Y9WA 4Y43A 1FFFC 4DJWA 7UPJA 2WEBA 4R95A 5P7GA 5P2GA 1HIHA 4OBDA 4OBGA 1K2BA 4OBZA 4CPWA 4K8SA 3DUYA 1T3RA 5P5SA 5P20A 1BBSA 5P7CA 3CMSA 5P5NA 3VSWA 5P24A 2G1OA 1EPQE 5P19A 5P6DA 3OWNA 4DQBA 4ZE6A 5OZDA 3PM4A 5P7PA 1EBKC 1D4JA 3CIDA 4R93A 4NJSA 3O9FA 4Y3YA 1KJ7A 5F01A 5HDXA 3NU5A 5P37A 1PSNA 4Y54A 3EL4A 5AHAA 1HVSA 4FIVA 1HWRA 3PI0A 4LAPA 5OZXA 2VA6A 2F3FA 2HB3A 5P4WA 3UDHA 4YDFA 5P3LA 1FFIC 5P1WA 1W5XA 5P03A 4D83A 4Y4ZA 4XKXA 1F34A 3VEUA 5P1BA 1EBYA 1META 1PPME 3U7SA 3KFRA 2NR6A 1NPAA 5KR1A 2QMDA 5P1DA 4JECA 5F00A 5OZHA 4CPRA 5P88A 3FV3A 1EC0A 3OADA 1ZSFA 3PWWA 4HZTA 4A4QA 1W51A 1K1UA 2QHYA 2JE4A 2O4KA 5HU0A 4YBFA 4ZEAA 2HPFA 1SIVA 5P1QA 4APRE 2R3WA 3GW5A 2FGUA 5DR7A 1XE5A 1DMPA 4I0ZA 2WF2A 5P53A 2IEOA 3OOZA 3I7EA 2OHNA 2QMPA 5P6FA 3L5EA 1MT9A 4GJ7A 4R8YA 2AODA 5P0SA 5P3FA 4F75A 3KDBA 1TZSA 3D1YA 5P07A 3OU1B 1IVPA 4Y56A 2ER9E 2R43A 2Q54A 4Y48A 4J1KA 5P4PA 1FGCC 3RTHA 2QI0A 2J9JB 1APTE 3O9CA 5P0ZA 3KFNA 5P60A 4EXHA 5I3YA 3EKQA 1IVQA 2P4JA 4FRIA 4HLAA 1FLHA 2I0AA 4H3JA 4YCKA 3UPJA 1W6IA 3WSJA 3UCBA 3BXRA 3IVHA 3ZKQA 4ER2E 4Y3AA 5COKA 5HCOA 5P6ZA 5P6SA 3URLA 4J54A 2ZHUA 1LYAB 5P82A 5P1NA 4FLGA 2VS2A 1BV7A 2G20A 4DUSA 1F7AA 3K5GA 1B6MA 3JW2A 1HOSA 2OHLA 3L3AA 5P04A 3PEPA 2AZ8A 2IS0A 3Q6YA 1QDMA 5P54A 1MTBA 4GZFA 5JODA 3TPRA 1E80E 3TPJA 2AOHA 1C6XA 2J9KA 3EMYA 4FGXA 2IGXA 1ZTZA 4CPSA 1OEWA 4Y4UA 3OHHA 2HAHA 3SA5A 3TNEA 4J0YA 3NYGA 1BWBA 3BVAA 5HCTA 3LITA 4TRWA 5P5PA 1FMXA 2ZJMA 3NDXA 5C9BA 2PK5A 3OGPA 5IVQA 3GI6A 3VG1A 3TOGA 3L5BA 5P4BA 4ZSQA 5P22A 4OBKA 5DQ1A 3HZCA 3INEA 3SM1A 3IA9A 3PBZA 4J55A 2HS1A 5P01A 5P4DA 3O9LA 1EPOE 5OZEA 5P5OA 1HXBA 4B70A 5ENMA 4EQJA 3QROA 2R9BA 2HB2A 1HVCA 4EYRA 1HEFE 5B18A 1RQ9A 5P5BA 1AAQA 4Y47A 5P3JA 2VJ9A 2R8NA 5P8KA 3U6AA 5OZUA 5OZ8A 2XFJA 4B1CA 5DQ4A 2ER6E 1FMBA 1SDTA 2VIYA 2QD8A 4F74A 3SLZA 1W50A 5P1AA 5HTZA 2WKZA 5OYSA 5P7TA 5P3QA 5P0CA 5KAOA 5P02A 3TH9A 2FGVA 1HVRA 4A6CA 2AOGA 3QVCA 4EQ0A 3UQXA 2FXDA 1FF0C 5P8VA 1W5VA 2JJIA 3LIZA 5P0UA 4HA5A 3NR6A 2WHHA 4HE9A 5P8JA 1W5WA 3PHVA 5APRE 1SP5A 5P3DA 1HVLA 5P4ZA 4U8WA 4EPJA 5KQZA 1K1TA 1K6CA 2Q11A 1ZJ7A 2IDWA 4OC6B 1SDUA 3TKWA 5P8UA 5P7NA 3O9HA 3G6ZA 5P1LA 4QLHA 1FMUA 1Z8CA 2FLEA 2QI6A 2WJOA 2QMFA 5P5IA 2I4DA 3CYWA 4Y3ZA 1NH0A 5KQFA 5P6GA 4R5NA 1BAIA 3OTYA 2XFKA 1FEJC 5P38A 3B7VA 3KFPA 4I0HA 4RCDA 4DI2A 5P2RA 3O9AA 5P5EA 2ZJHA 5P3UA 1HIVA 3DV5A 5P09A 1LYWB 1TSQA 3URJA 2BPYA 1LF4A 5IE1A 3KFSA 1SH9A 3QPJA 5EZZA 3I2LA 1XN3A 2FMBA 4F76A 5P1FA 4CPTA 5P2YA 5P2QA 4RYGA 5P0XA 3NSHA 4EJ8A 4DPFA 5P8OA 2ZJNA 2IKUA 2P3DA 2JYSA 5P6JA 3SABA 4ER4E 4QJ9A 1MRWA 4Y58A 4Y3QA 4QJAA 3RSVA 3QVIA 4Q1NA 2R38A 4Y4BA 5P3VA 5T4SA 4GJ8A 4IVTA 5P68A 3IN3A 3QBHA 5P8SA 5DQ2A 3TPPA 3OU1A 5ISKA 1HIIA 1YT9A 2G26A 2FNTA 2J9JA 2NNKA 3O9DA 3UFLA 5P7MA 1M4HA 5P3EA 1FKNA 5CLMA 5P6CA 1DAZC 4OBFA 2EWYA 2NMZA 5P2IA 5OZWA 5OYYA 2RMPA 5P13A 2B8LA 3LINA 5C9FA 2QZWA 4L1AB 4GYEA 4NJUA 4Y3DA 3EM6A 4D8CA 1DW6C 3PWRA 4RCFA 5P8PA 4J1EA 2NTRA 1LYAA 2RSPA 4Y3XA 3FNUA 9HVPA 1ZBGA 5OZBA 1HTGA 1EPNE 3OTSA 2F80A 4Q1YA 4RCEA 5IS4A 2IL2A 5P0PA 1BXQA 2ZGAA 4FRSA 5P06A 5KOSA 1N49A 5OZ9A 1HRNA 4I10A 5AHCA 4J1HA 2QD6A 4UPJA 1LEEA 5OZZA 5P80A 4D89A 4H1EA 4RRSA 2VA7A 1GVWA 1Q9PA 2Z54A 4L7HA 1YTGA 4LXMA 5P2NA 4FS4A 2O4SA 4OBHA 5KR2A 6FIVA 5OYWA 3ZKIA 5P0WA 5OZRA 2PSGA 5P1RA 5P26A 3VF5A 2R5PA 2ASIA 5P89A 4MC2A 1D4LA 4M8YA 3BGBA 4TVHA 5P0AA 3FNSA 1IZDA 1SBGA 3Q3TA 2B7ZA 2G69A 2G1SA 2OHSA 5AGZA 3UDRA 5P4VA 3S2OA 5P4OA 1JLDA 2QNNA 5P4EA 3QRSA 5P2HA 5UPJA 1T7IA 5P7VA 1PFZA 3BRAA 4LC7A 5E5KA 5C9DA 4QJ2A 3TLHA 5P49A 3INDA 4J1FA 4LBTA 1PPKE 3VYEA 4GMIA 3DK1A 5P7LA 5P7JA 1ODXA 3LNKA 2BPXA 2AOIA 1G0VA 2QP8A 4I0JA 4Y3SA 3VV6A 5P4FA 5P1ZA 5P50A 3RVIA 2OHTA 4U7VA 5DQCA 5HDZA 5P3HA 3OXVA 2IQGA 4FSEA 2P3CA 3QI1A 3L58A 5P40A 4FRJA 5P1IA 1T6GA 5P6UA 5KQXA 5P2BA 1GNNA 4Y44A 4Y3GA 1HBVA 5P05A 1MERA 5P0TA 1FG8C 4Y5AA 4EXGA 3UQRA 5HD0A 3OXXA 3HW1A 1XS7D 5OZMA 3EL9A 1IZHA 2BPVA 4K9HA 2IGYA 4H3FA 5P4KA 3KMYA 3S7LA 3HAUA 4GJBA 4RRNA 5P67A 4PPHA 5P7AA 3SKGA 5P3NA 4DQEA 4CMSA 2A1EA 1E5OE 3OUDB 5SY3A 3LHGA 3K5FA 1YTHA 3MSLA 4Y51A 5P15A 4DJPA 2ZJIA 5P0IA 3S45A 1EPPE 7HVPA 3VV8A 4Y4AA 4OC6A 5P4XA 4QJ7A 2AVQA 3ZKSA 1HPXA 5KQYA 5P86A 2FDEA 4I12A 1MEUA 3KN0A 5P0MA 4KE1A 5OZVA 4MC9A 5P5MA 6APRE 4ACUA 1PSAA 2AOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DOX A;  3ZL7 A;  3BVB A;  4XXS A;  1FB7 A;  1IIQ A;  1B6K A;  4DJX A;  4DQF A;  3TOF A;  3T3C A;  2QHC A;  3UDY A;  2JXR A;  5HE4 A;  3RU1 A;  4GID A;  1HHP A;  4PZX A;  2G22 A;  5P75 A;  5IVR A;  2IEN A;  5P2M A;  3OK9 A;  5P0N A;  5P8H A;  4COE A;  3QAA A;  3R2F A;  5P3X A;  1K2C A;  5E5J A;  3OY4 A;  1LV1 A;  5P7Z A;  4J0V A;  3KMX A;  5P64 A;  3WZ7 A;  2VA5 A;  5IVT A;  1VIJ A;  4J0T A;  4YD6 A;  2WF0 A;  5P8C A;  1K6P A;  3OHF A;  3LIQ A;  1QBS A;  4H3G A;  3VF3 A;  1MUI A;  1OHR A;  2NMY A;  2QHZ A;  4B05 A;  4L7G A;  3PSY A;  3K4V C;  5P34 A;  3CYX A;  1SGU A;  4Z50 A;  2Q3K A;  3NXE A;  5P7O A;  5J25 A;  1TCW A;  1MTR A;  5P5D A;  2AOJ A;  5OZY A;  2P83 A;  5P2C A;  2Q5K A;  4FRK A;  1K6V A;  4Y39 A;  5P3A A;  4X2L A;  4YCT A;  5P6T A;  5OYV A;  1NSO A;  3NDT A;  3B80 A;  5OZ5 A;  3Q5H A;  2QMG A;  3CKR A;  3UF3 A;  3T7Q A;  3PLL A;  4XX3 A;  4DPI A;  3HD8 A;  3KDC A;  2PK6 A;  1LZQ A;  1LYB B;  5P7S A;  3SAC A;  1TQF A;  1FG6 C;  2HC0 A;  2AVS A;  2HB4 A;  1MVP A;  3QRV A;  1AXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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