5OZMA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 33
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozmA01
3H0BA 3S7MA 1HVHA 3EL4A 3ZKMA 4ZSMA 5EZXA 5KQYA 3AIDA 3K4VA 5P7VA 1DPJA 1FG6C 3SQFA 3RU1A 5P7DA 5P1OA 3IN4A 5JFPA 5P74A 2P83A 2AOFA 2QHZA 5P2HA 3DOXA 5P2NA 2FDEA 1E5OE 4A4QA 4YCKA 1LYWB 4Y37A 5P41A 4BFDA 2BJUA 2V16C 3BGCA 1ER8E 2ZHVA 1QS8A 1A8KA 4B1CA 5P4BA 5P6HA 1HVCA 5OZ4A 5P55A 3ZPSA 5HE4A 5P1EA 3UDPA 5OZOA 2I4WA 5P8RA 1YX9A 3A2OA 3DK1A 3R2FA 3LZUA 5P1BA 3QROA 3Q5HA 1NSOA 3NU9A 3NR6A 1APVE 5P4QA 2G1OA 5P7YA 3TLHA 2HIZA 5P3CA 1YTIA 5FIVA 5P0ZA 5P8VA 3BUFA 5P2RA 2O4SA 4EJDA 3IGBA 3OUDB 1AAQA 4FE6A 3VLBA 2BB9A 2QCIA 3R4BA 1HVJA 3VYFA 3URIA 2HS2A 1MT7A 2VA6A 2VIJA 4D85A 1ZJ7A 2Q11A 5P7CA 5P3YA 4DJPA 3ZLQA 2NPHA 4YHQA 5P6SA 5P03A 4Y41A 4EPJA 4B00A 4Y51A 4U7QA 2AOJA 5P2VA 4HA5A 2QHYA 1BWAA 4DQFA 4J0VA 5OYWA 5P02A 1AVFA 5P1JA 3QRVA 5C9FA 2R5PA 1DIFA 3LIYA 5P5MA 3QAAA 4K9HA 2CEMA 3DUYA 5P3ZA 3PSUA 5BRYA 1SBGA 2I4VA 3PMUA 4LC7A 1LV1A 4LXMA 3TNEA 4EWOA 4K4QA 3TKWA 5P5NA 2HB3A 5P2AA 4AZYA 3INFA 3TH9A 3UDRA 5P60A 4BELA 4NKKA 4NJVA 1FMBA 3N4LA 5P2QA 1PPME 2ZJHA 4OD9A 5AHBA 3HDKA 5P2WA 5P6QA 2A1EA 2FS4A 4B05A 3CIDA 5P6XA 5P22A 2IL2A 4J54A 2G22A 1B5FB 3UQPA 1RL8A 4X2LA 3WSJA 3SACA 1D4IA 1QDMA 3O99A 5P6WA 4YBFA 2QI4A 4OBFA 2P3BB 4M8YA 3UDNA 5P42A 5P8HA 3SA9A 4Y4WA 5P11A 3EKTA 3L3AA 4DQGA 1HPVA 1PSNA 5OZWA 3LPJA 3BHEA 3VCMA 5OZ8A 3T6IA 4RLDA 3SA6A 5P0JA 1J71A 5P2MA 3L5EA 4RCDA 5P89A 4EXGA 4ZIPA 4AA9A 3QBHA 5P3BA 5P08A 1BDQA 3FNSA 4GMIA 1HTGA 5P40A 1YTJA 5DQ4A 5P26A 1SMRA 1FQ5A 5IVSA 5P4FA 3S53A 4Y56A 1IZDA 1MRWA 3SA7A 5P2OA 4ZLSA 5P56A 5P4EA 3EKWA 3FKTA 3EL9A 5HCOA 5P52A 1EBZA 2CENA 4Y3EA 4YBIA 2R8NA 4TVGA 2NXDA 3UQRA 4LP9A 1EBKC 4DV9A 2ZHTA 2I4QA 5DR8A 3SKGA 3VV6A 4QJ9A 3UDYA 5P68A 5P4ZA 5P3XA 1EC3A 1B6LA 3UHLA 2Z4OA 3JVYA 3EKQA 5E5JA 5KR2A 5P1VA 2J9JA 5P6LA 1BDLA 4OC6B 5P3SA 5P7EA 5P2KA 3UPJA 5DQ5A 5P17A 3TPPA 2IGXA 2WJOA 5OZCA 3GI0A 4Y57A 4PZXA 1BVGA 2UPJA 3OY4A 3QP0A 5P6DA 2UXZA 1T7KA 1K6PA 3L38A 5DQ2A 3UDMA 4B0QA 1BIMA 1DP5A 5P53A 3KDCA 2OHUA 2JJIA 5P1YA 5P2UA 4LXAA 5P5UA 3U7SA 1FQ7A 1PFZA 1MT8A 2JXRA 2NNPA 5P1NA 1E80E 5P45A 3OOZA 2V10C 1FQ4A 3OQFA 4J0PA 3NDTA 4BFBA 5T4SA 4Y38A 4Y47A 5OZNA 3KM4A 3EM3A 1EPRE 7UPJA 3G72A 5HE7A 3Q4BA 5P00A 4H3IA 5P0UA 3I25A 1MRXA 4Q5MA 2VA5A 3LINA 3PEPA 5P0AA 5KOQA 3EKYA 2VNNA 2RMPA 4HE9A 1LYBA 5P3QA 1B6MA 3S8IA 3NXEA 5OZBA 2IGYA 1HRNA 1KJGA 2AVVA 5P5AA 4DJQA 3PI5A 5P2JA 2FXEA 1A8GA 2HB2A 3VF5A 3LIVA 2XFJA 2WF4A 5ISJA 4QJ8A 3CYXA 4Y3AA 4J1CA 1M4HA 2HB4A 5P4PA 3BGBA 4FL8A 4FRKA 1HTFA 1ME6A 2R3TA 4ZSPA 4NJUA 2WEBA 5P0CA 2AVOA 4Z2ZA 4ZPEA 4Y43A 4Y3TA 5P7OA 3D91A 3VYDA 3UFNA 5COOA 3FX5A 1FEJC 3QI1A 1TW7A 5P34A 4ZEAA 1LF4A 1SDUA 1LS5A 4GZFA 1A9MA 3I2LA 4FSLA 2CEJA 3KYRA 2OHLA 1C70A 4Y50A 4FLGA 4XXSA 5HU0A 2V00A 3TOHA 2ZJKA 2QI7A 3WB4A 2IRZA 3GGXA 5P25A 3EM4A 1IBQA 5P6FA 4ER4E 3ZKQA 2PSVA 3VSWA 3ZL7A 5P0BA 2QU2A 4ZSQA 5P6PA 5OZXA 5SXNA 4QGIA 2I4UA 5P2XA 4FM7A 5P3LA 2O4LA 3O9HA 3OAGB 4OBJA 5P30A 5P8AA 5P7SA 4TRZA 1IVPA 1W5VA 3K5GA 3OADA 3TPRA 5P0PA 3SA8A 1ZLFA 3R0YA 3RTMA 2I0DA 3D1ZA 5I70A 4GJDA 1W50A 5P8TA 4DQCA 1C6YA 4Y3GA 3PM4A 5OZ2A 1C6XA 5P0FA 5P5VA 4I0EA 3ZPUA 2AVQA 4J1FA 5P4CA 5P37A 1G6LA 4Y3RA 5P3RA 5P7HA 4H3GA 1XN2A 3KT5A 4RVJA 5OZVA 2F81A 1MESA 4CPWA 5P1GA 3LIZA 4OBDA 1FQ8A 4Y3WA 5OZLA 1QBSA 5AH6A 4JPCA 1FQXA 2ZHRA 5P4TA 4WY1A 5APRE 5PEPA 5EZZA 3FNUA 2QP8A 4PEPA 1B6JA 3HBOA 3KF0A 1GKTA 4IVSA 3O9LB 3VF3A 3O9FA 3BRAA 1GNNA 1A30A 3BC4A 5OZJA 2ZJMA 4FIVA 2WF3A 3ST5A 3EC0A 1KJFA 3DJKA 5P5TA 5OZ6A 1TSUA 4LHHA 5P28A 2QZLA 2NMYA 5P5XA 1FFFC 3KN0A 3IA9A 3AUPA 5KQXA 1HPOA 2PSGA 4HVPA 3KDDA 2FGUA 3S2OA 5OYVA 4ACUA 5P20A 3O9GA 4Y3PA 2QMFA 2G20A 5P1XA 3NWQA 9HVPA 4QJ2A 2Q5KA 2WF0A 3ZPTA 5DR7A 5P2EA 3FV3A 3IXOA 3OQKA 3PJ6A 4I8ZA 1K1TA 4Y5PA 1W5XA 4EYRA 1M0BA 3OU4B 5P4WA 5P0DA 3O9IA 2QI5A 5P2TA 5OZPA 1EC2A 5OYQA 5P4SA 4APEA 5P7IA 2AOCA 1N49A 2B7FA 2B42A 3VV8A 2IKUA 2BPXA 2NXLA 2RKGA 2H6SA 3S56A 2HC0A 3F9QA 3GGUA 1T6GA 1D4SA 5HTZA 1EBYA 5OZQA 4J1IA 4FCOA 1MSNA 5P4MA 5P47A 1IDAA 5KOSA 4DJVA 4PHVA 2G27A 3O9BA 5P5OA 3EL0A 5P1SA 3DCKA 3Q70A 3ZMGA 1Z1RA 2IKOA 1IIQA 2FXDA 4KUPA 5P2GA 4J17A 5F00A 5ER1E 2PYNA 5P8MA 2BBBA 4J5JA 1RNEA 2QNNA 1HIIA 3OQDA 4I0GA 1FF0C 5P7FA 1KJ4A 1E81E 1HTRB 3RTHA 5P3FA 2VIEA 4L7JA 4LBTA 3IXJA 1D4JA 3HAUA 5P4LA 5P1ZA 1EPQE 1IZHA 5P63A 1HXWA 2B60A 4K4RA 5SZ9A 5ENMA 3IXKA 3SO9A 3INEA 3ZKXA 1ZPAA 3T3CA 3TOGA 2ZHUA 2OHKA 4JECA 4ER1E 5P6BA 3APPA 5HVPA 2QI1A 4DJXA 5P14A 2ZE1A 2QMGA 4J55A 1AXAA 2FNSA 2OHSA 2MIPA 5P86A 5P5RA 2F8GA 5P2ZA 2G21A 3I6OA 1K6CA 3JW2A 4RZ1A 5P09A 4COEA 3MSJA 5P6AA 3PBZA 2G1NA 3NU4A 4NPTA 4I10A 5ER2E 4NJTA 5P5DA 2AIDA 5P4GA 3NDWA 1MTBA 4CMSA 3LZYA 1GNOA 4CPXA 3PHVA 4CPSA 3NU3A 5P1AA 5P2DA 3UF3A 2O4PA 4HDPA 2ZYEA 3SPKA 3UDQA 4I1CA 5P1FA 5P4OA 5P1RA 1F7AA 1LF2A 1UH7A 1SGUA 1DMPA 5P01A 5P2LA 5P1KA 3RSXA 5P4YA 3N3IA 5P8GA 3T7XA 2XYEA 3BVAA 4I11A 3IN3A 5B18A 2R9BA 4EQ0A 2QAKA 3QPJA 3EBZA 1GVTA 5AGZA 4AUCA 4Y6MA 5E5KA 5P0SA 5P8QA 5OYTA 2HM1A 1HSIA 2OHTA 1IZEA 5OZ0A 5P5KA 5P0YA 2PQZA 2P4JA 3OUAA 1SH9A 4Y4EA 2ZHSA 4FRJA 1QBRA 5P77A 4DPFA 5P0RA 3LIXA 4ACXA 2G1SA 5P7ZA 3OU1A 2SAMA 5P84A 4GJAA 2APRA 2XFIA 4WTUA 3NWXA 5JODA 4CPQA 2BPYA 4J1KA 3VUCA 3KMXA 1XS7D 1AZ5A 5COPA 2OHQA 2NNKA 4QLHA 3QS1A 3SM1A 5P3EA 5P1HA 5P6KA 2OF0A 4R95A 4TRYA 5P6RA 2WKZA 5P15A 1XE5A 5P4KA 5P0EA 4Z22A 5SY2A 3D20A 5P0GA 4YD7A 2PMAA 3C9XA 2QK5A 5OZZA 4Y3QA 2OHMA 5IE1A 1BWBA 1HVLA 3EXOA 4FM6A 5P5FA 3QN8A 2ER6E 3NU5A 5P8OA 4AA8A 3KT2A 1BAIA 4L7HA 1EPME 4OBZA 5AHCA 5DR1A 1SP5A 2V11C 1K2BA 4L1AA 4Y9WA 4QJ7A 2ZJNA 1KJHA 1GNMA 5P24A 4RYGA 3SLZA 5KR8A 3DV5A 4Y5NA 4NJSA 1EC0A 2RKFA 1HBVA 3L5DA 3ECGA 4NPUA 3OK9A 1LYAA 4QJAA 1ZTZA 4A6BA 5P54A 1OHRA 5P6YA 2G26A 5COKA 4ER2E 4R93A 5KR0A 1ODXA 4HLAA 4OBHA 5OZ9A 3HD8A 3OUBA 1Z8CA 3S43A 2HPEA 4TVHA 1U8GA 2ANLA 2JYSA 2VJ6A 5P6VA 1EPOE 2NMZA 1TCXA 4GJ9A 5HU1A 1HEFE 4EXHA 1BXOA 5P6OA 4KE0A 5P3JA 5OZYA 2BPZA 5OZSA 3G70A 2QHCA 1APWE 4GJ8A 5P73A 2FLEA 2R43A 3CMSA 5ENKA 3R1GB 4F73A 2OHNA 4MC2A 4YA8A 4R92A 1QBUA 3EL5A 1T6EX 4J1EA 1RQ9A 4Q1YA 4Y5CA 2IDWA 4Y35A 1M43A 4ZPFA 5P5IA 5P39A 2R3WA 4Y45A 5P3TA 1OD1A 5P66A 3WZ8A 4N00A 3BUGA 1D4HA 5P88A 3UDHA 2V13A 5P6IA 1BXQA 2IENA 5P05A 4Y3FA 2NR6A 5P0KA 5P7RA 3GI4A 2WEDA 5P3GA 3S85A 5KR1A 5OZTA 5P85A 5P48A 3VFAA 5TOLA 1CZIE 2ER9E 2QZWA 4Y5EA 1SIVA 5HDXA 2F80A 3K4VC 4R5NA 3T11A 2QNPA 4Y36A 4ZE6A 5P3MA 2VJ9A 2QD7A 5P83A 3WZ6A 3PI0A 5P58A 1SMEA 4YD4A 1UH8A 4YD5A 4FAFA 3FSMA 4OD9B 1TZSA 5P82A 2QZKA 1LYWA 3UQXA 2B8LA 2J9KA 5P5WA 5P3PA 4ZSRA 4TRWA 5DR4A 5P79A 5P57A 4Y39A 3L5BA 3OUCA 3NUOA 3MXEA 2AZCA 5P2IA 4Y48A 1T7JA 4Y3XA 3MXDA 5P6MA 5AH8A 1AJXA 1GVVA 4FAEA 2IQGA 4F74A 5DR0A 1TCWA 2PH8A 5OZGA 3SABA 2VIYA 1A94A 2QI6A 3O9AA 5P70A 3ZOVA 3PLDA 1IZIA 1EC1A 3OTSA 5OZRA 5P5BA 5P8UA 3SAAA 5P1CA 4J0ZA 6APRE 1MTRA 1MIQA 5P1WA 1WKRA 5OZEA 5P50A 3OUDA 4RRNA 3OTYA 2ASIA 3NSHA 3U6AA 3PCZA 3S45A 3OGQA 4LL3A 5P5GA 1G2KA 5I3VA 2PSUA 1HSGA 3KFNA 4RCFA 1ZPKA 2QI0A 4LXKA 3M9FA 2P3CA 4B1EA 1HPXA 3VSXA 4Q1XA 5P5SA 4JOOA 1C6ZA 2VIZA 5P62A 3SM2A 5P7WA 5P3HA 5DGUA 2F3FA 3EKVA 5P5HA 1B11A 3BVBA 4GJ6A 5P7XA 4YCYA 4Y58A 4XKXA 2AOGA 3VFBA 4RROA 2BKTA 3S7LA 2J9JB 3I8WA 1K6TA 5P2FA 1NPWA 3K5DA 2P3AA 1CMSA 4U7VA 3DV1A 2ER0E 5CLMA 5P8FA 5P72A 1W5YA 1NH0A 1APTE 1HXBA 4YE3A 1MPPA 3L58A 1YTGA 1MT9A 4YDFA 4DFGA 1SDVA 2F3KA 4DUSA 3PWMA 4DPIA 3PCWA 5OZHA 4Z4XA 5DGWA 4Z50A 5P6NA 3T7QA 1META 5P8NA 5KQZA 2O40A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3H0B A;  3S7M A;  1HVH A;  3EL4 A;  3ZKM A;  4ZSM A;  5EZX A;  5KQY A;  3AID A;  3K4V A;  5P7V A;  1DPJ A;  1FG6 C;  3SQF A;  3RU1 A;  5P7D A;  5P1O A;  3IN4 A;  5JFP A;  5P74 A;  2P83 A;  2AOF A;  2QHZ A;  5P2H A;  3DOX A;  5P2N A;  2FDE A;  1E5O E;  4A4Q A;  4YCK A;  1LYW B;  4Y37 A;  5P41 A;  4BFD A;  2BJU A;  2V16 C;  3BGC A;  1ER8 E;  2ZHV A;  1QS8 A;  1A8K A;  4B1C A;  5P4B A;  5P6H A;  1HVC A;  5OZ4 A;  5P55 A;  3ZPS A;  5HE4 A;  5P1E A;  3UDP A;  5OZO A;  2I4W A;  5P8R A;  1YX9 A;  3A2O A;  3DK1 A;  3R2F A;  3LZU A;  5P1B A;  3QRO A;  3Q5H A;  1NSO A;  3NU9 A;  3NR6 A;  1APV E;  5P4Q A;  2G1O A;  5P7Y A;  3TLH A;  2HIZ A;  5P3C A;  1YTI A;  5FIV A;  5P0Z A;  5P8V A;  3BUF A;  5P2R A;  2O4S A;  4EJD A;  3IGB A;  3OUD B;  1AAQ A;  4FE6 A;  3VLB A;  2BB9 A;  2QCI A;  3R4B A;  1HVJ A;  3VYF A;  3URI A;  2HS2 A;  1MT7 A;  2VA6 A;  2VIJ A;  4D85 A;  1ZJ7 A;  2Q11 A;  5P7C A;  5P3Y A;  4DJP A;  3ZLQ A;  2NPH A;  4YHQ A;  5P6S A;  5P03 A;  4Y41 A;  4EPJ A;  4B00 A;  4Y51 A;  4U7Q A;  2AOJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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