5OZNA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 34
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA01
5P25A 1WBKA 5P6FA 3TOFA 4J1KA 4EQ0A 3NXEA 1HVRA 5P4CA 2V10C 1DMPA 3D1XA 5OZNA 3UDNA 5P1NA 1TSUA 2AVQA 1T7KA 1TZSA 2WEBA 5OYZA 5P04A 1FG6C 2RKFA 3FV3A 4OC6B 3QPJA 2FXEA 2VIYA 1QRPE 5OZGA 2Q64A 1HOSA 1QBUA 1M43A 4HDPA 5KQYA 1ZLFA 2PSUA 5P7FA 5OYXA 4DVFA 5P7SA 2OHSA 4MC6A 5P7VA 5P0AA 5P2SA 2V13A 3DOXA 1DP5A 3EKYA 4PZXA 3PHVA 1EBYA 1MT7A 3OGPA 2OHPA 2BBBA 5OYYA 4TRWA 2WF4A 1HEGE 3T7XA 5P8NA 4J1HA 4Y5EA 3SFCA 2VA7A 4FLGA 2IENA 3BRAA 5P85A 3KMXA 3OU4A 1HHPA 5AHAA 4Y53A 5P51A 4GJAA 4H3IA 1VIKA 3GGVA 4ACUA 3PI5A 5P49A 4L7JA 2PH6A 5P4MA 5EZZA 5P52A 2QI7A 3ECGA 5OZJA 2ER0E 1FFFC 5HE5A 5P3PA 4ZPGA 3QROA 5P72A 3Q6YA 5P8IA 2VS2A 3PB5A 1W50A 3MWSA 1ODWA 2V16C 5P6TA 4DH6A 2ZYEA 3OUDA 4OBZA 5P8EA 2I4WA 1KJ4A 2FIVA 4PHVA 3SA3A 4BFBA 4OBHA 5P2CA 3TPJA 4QGIA 5P6DA 3NYGA 1ER8E 1MT9A 4KE0A 3UDRA 3L5BA 3SA4A 5P14A 1AXAA 3U7SA 3PSYA 4BEKA 1FQ8A 3UF3A 3VF7A 4X2LA 5P5QA 5P40A 4Y5PA 5AH6A 3GGXA 4GJBA 1MSNA 3LHGA 4RVXA 4JPEA 4GMIA 5P5MA 3QBFA 5OZLA 4N00A 5P8FA 1J71A 5OZAA 1Z1RA 5DQCA 1M0BA 3SA7A 2PK5A 1META 3R2FA 1MRXA 2V0ZC 3KFRA 2RMPA 2VJ9A 1C70A 2PH8A 5OZBA 5P3NA 1BIMA 4R5NA 3EL9A 3TL9A 4TRYA 4RCDA 3EM6A 5P2EA 3O9FA 1NPAA 5P6XA 1EC0A 1FQ7A 3DV5A 5P0HA 5P0VA 1D4YA 3MSJA 4R91A 5P01A 4ZSPA 5P3KA 4D85A 1SBGA 1IIQA 4J1EA 5P4NA 4TVGA 4DUSA 2FS4A 1K6TA 5P5NA 5P30A 5P6HA 5OZEA 5P65A 5P0NA 2AOFA 4OBFA 2AOHA 5P08A 2Z54A 3OUCA 2QAKA 5P78A 1YX9A 5CLMA 3GW5A 3SLZA 1LF3A 1CPIA 2P4JA 4MC1A 3R4BA 4RRNA 5DR1A 3T7PA 3ZKXA 5OZ8A 2PYNA 5OZUA 5P6KA 3UDQA 3ZKMA 5DR4A 4YHQA 1ZAPA 1PSOE 1FFIC 3O9HA 4HDBA 1GVTA 2NXLA 3SKGA 3PGIA 3EBZA 3PMUA 4HA5A 4B00A 4YA8A 5P1UA 2ZHRA 3L5DA 3EKWA 5IVSA 5P02A 1BVEA 5ENMA 3OXVA 4M8XA 5P7MA 4DJRA 2QMGA 4ZIPA 4Y56A 5P6GA 4B72A 1APUE 2G1OA 2BKSA 5P7DA 1HVCA 5P1WA 1M4HA 4AUCA 5P7WA 4Y3QA 4RGHA 3QVCA 5P33A 5P76A 5P3ZA 5P17A 4ZEAA 1ENTE 2QZKA 4Y44A 2B7ZA 3EMYA 1EBWA 1T6GA 4I12A 3NWQA 3PSUA 1FQXA 4GJCA 1D4JA 1B6MA 2HPFA 4FL8A 5KQFA 5HDVA 2Z4OA 3TOHA 4YD3A 5KQZA 2ZHVA 3MSKA 2HB2A 2FLEA 3SO9A 4ZE6A 2WKZA 3OY4A 4YCTA 3VEUA 1LYAA 2CEMA 4Y5AA 5HE4A 3BVAA 2BB9A 2QI3A 1CZIE 3UDPA 2J9JB 5P28A 5P2XA 2G1RA 5HU0A 4UPJA 3VF5A 3OQDA 5DQ4A 4M8YA 5KR1A 4WY6A 1HIHA 1HEFE 5JFPA 3OADA 5P3UA 2B8LA 2OHNA 3PI0A 3OOZA 5E5JA 1QBSA 1QBRA 1W5XA 4K4QA 2P3CA 5P0PA 5P54A 4HZTA 5SY3A 1EPNE 4J1CA 4TRZA 3APRE 4HVPA 3SM2A 3K4VC 1HPOA 2RENA 3HZCA 3CKRA 5IS4A 2O4PA 3QN8A 5P16A 4RVIA 1HPXA 1GNOA 2BPYA 4PPHA 3KFSA 1HWRA 3NUJA 3GI6A 5P83A 4I0JA 4FIVA 2JJIA 5P1VA 4Y3WA 5P0YA 5P8LA 1AAQA 3I8WA 4Y3MA 1W5YA 5P06A 1QS8A 5AH7A 1B6LA 5HE7A 4EXGA 2QP8A 2IKUA 3TH9A 5P0MA 2PWRA 3AIDA 5P5ZA 5P4PA 4B0QA 3IVHA 1IZHA 4I8WA 4ER4E 4Y41A 2Q11A 5P71A 4D89A 2AOEA 3OWNA 2AOGA 2NR6A 2I4QA 1W6IA 4MC9A 1ZJ7A 5HDUA 5P53A 5P7XA 4HE9A 2IDWA 3C9XA 4HDFA 2VNNA 4Y4UA 5P6NA 5OZSA 3H0BA 4KUPA 4Y5BA 3CIDA 4I1CA 5P4ZA 5HDXA 5P7NA 3L3AA 4ZLSA 3IN3A 3IXKA 4B1DA 3UDJA 5P7PA 1FB7A 1D4LA 3BVBA 3OAGB 5DPZA 3JW2A 2HB4A 3HBOA 4GZFA 3OHHA 7HVPA 5P60A 2F80A 5UPJA 5P4JA 2ASIA 2BPVA 1HIVA 5P5OA 5P3VA 4PZWA 5AH8A 1AM5A 1SIVA 3H5BA 5P81A 2IGYA 2UY0A 2AOCA 1GVVA 4DJXA 3NLSA 1QDMA 5P1PA 2I4VA 2G24A 4XXSA 5P3EA 4BELA 3D20A 3PMYA 5P3WA 3F9QA 1TQFA 3O9EA 5P7KA 2UPJA 3EL0A 1AJVA 2PK6A 4B78A 5I3YA 4J1FA 1B5FA 3BGBA 1ZSFA 1G0VA 2VJ7A 3GGAA 5CONA 5P5XA 5OZMA 3Q3TA 1APVE 5P87A 5P7OA 3NSHA 3RTNA 1ZPAA 5P70A 5P3OA 3IAWA 4FCOA 3KT2A 5P6ZA 3PEPA 4DJUA 2BPWA 4Y5MA 4I0DA 4Y3SA 4I0IA 5P38A 2F3EA 1QBTA 3INHA 2G22A 3O9CA 4K9HA 3I6OA 5P3LA 3ZKGA 3ZPSA 1BDLA 2G94A 4J1IA 1Z1HA 2O4NA 3SABA 1SP5A 5DGUA 2WF2A 1C6ZA 3UQRA 5J25A 5P1JA 4DQCA 3PCWA 3O9AA 4NJSA 2J9KA 5P2QA 2ZJJA 1B6JA 4YCYA 4Y4XA 5P2BA 5P32A 1FQ5A 5P59A 5P2OA 4EJDA 3S54A 1MIQA 1PSAA 4Y3TA 5P15A 4U7QA 4DJWA 4OD9A 2ZJIA 5OZIA 4ER1E 3SA6A 2QNPA 5P11A 3DK1A 3QIHA 3EKVA 4J0TA 1ZP8A 5KAOA 5P5IA 2A1EA 4L6BA 5P55A 2WEAA 4LAPA 1UH7A 2R5PA 5P6UA 5P1KA 1RPIA 3OU1A 2NXDA 5P2WA 5OZ4A 1LV1A 1UH8A 4YOAA 3M9FA 4Y3FA 4BFDA 4J55A 5P4XA 4AMTA 4J0VA 1DAZC 4DI2A 1OD1A 4Y4ZA 2BPXA 5P8GA 3UQPA 1IBQA 1HVJA 2I4UA 2ER9E 3EL1A 1PSNA 3UDMA 5P6AA 1IZEA 1B6KA 5P7UA 2HB3A 2QNQA 5P69A 2ZGAA 4Y43A 3NUOA 1MTBA 3VFBA 5P3CA 1HXWA 3WSJA 4Y3GA 2XFKA 4Z4XA 4Y5GA 4ZSMA 5P1SA 3CYWA 2FGUA 1HPVA 5DR3A 5IVRA 1LYBA 2PWCA 2P3BB 3O9DA 4CKUA 5IVTA 3LIZA 2AIDA 2QMFA 5P3DA 3VSXA 4RYCA 4R95A 1FMUA 4OBKA 4Y3XA 5OYUA 5P7QA 2A4FA 1SGZA 3UQWA 5P4EA 5OZOA 5PEPA 4L1AA 5ENKA 5P3FA 4Y47A 4DPIA 2I1AA 4RYGA 3VV7A 5P8QA 5DR0A 4TVHA 5P7JA 5P6BA 5OYQA 2V12C 4AA9A 3SQFA 2RKGA 1MERA 5P5JA 5P05A 5P18A 4YOBA 2R8NA 2FDDA 1IVPA 4IVTA 4Y5KA 3HAUA 3T3CA 3TKGA 2PC0A 3PSGA 3OQAA 2I4XA 4NPTA 4I0ZA 3QRSA 2IRZA 4R8YA 5P7CA 1MT8A 3EC0A 5KQXA 4L7GA 1EC2A 4B70A 4Q5MA 2IQGA 1BWBA 2AVSA 1MESA 5I3VA 3VYFA 5OYTA 3D1YA 3L59A 5P4TA 5P4BA 3S85A 4FAFA 2QZWA 5P0IA 1ZBGA 2VJ6A 3WB4A 5P0SA 1FMBA 2ZDZA 4Y3EA 3SKFA 4Z22A 3OGQA 3GI0A 2WECA 3EKQA 2NPHA 3OXWA 4FM7A 1PPME 5P5PA 5P4SA 2CENA 1MEUA 3L5CA 3T6IA 4B77A 1U8GA 3TPLA 1XS7D 3UFLA 5P1DA 5P31A 5ISJA 2QMPA 5P00A 5P6PA 2FMBA 5P5LA 4CMSA 5P43A 5OZ1A 4J0ZA 7UPJA 5HCTA 4B05A 1DIFA 3QBHA 1EC1A 2VIEA 4OC6A 2PMAA 5P4RA 3I25A 5OZ3A 5P8RA 5P4OA 5P44A 4WY1A 4U8WA 5P1LA 1CMSA 1BVGA 2NTRA 4ZPFA 4XKXA 3BUGA 5KR2A 1RV7A 4Y48A 5P5CA 5P8DA 3RSVA 2OHLA 2B7FA 5P2HA 5P46A 2WF3A 1OHRA 8HVPA 3OQFA 1K2CA 5KOQA 3SM1A 5P8UA 1PROA 4YBFA 2AZCA 5P3HA 5P62A 1A30A 5P3MA 2NMZA 5KR8A 4Y4EA 3BC4A 3QRMA 2CEJA 1YTJA 3FSMA 5P68A 4YDGA 5P0OA 5P6LA 2R3WA 5P1RA 1BILA 5P56A 2G27A 3D1ZA 5P4GA 4GJ9A 1K1TA 2JXRA 2ZJNA 3TKWA 3O9LB 3OQKA 1FF0C 5P37A 3U6AA 2I0AA 1HVIA 3NDWA 4RROA 1TCWA 3UCBA 5SXNA 5P2TA 4K8SA 1HTRB 4H3JA 3HLOA 2ER7E 4JOOA 4Q1NA 2RSPA 2QI5A 4KE1A 1T3RA 3PVKA 5P3GA 1XL2A 4Y58A 5P6SA 1A94A 5IE1A 1G2KA 5P5GA 4Y3RA 3QS1A 3MSLA 3BUFA 1N49A 5P0EA 5P4UA 1FKNA 3UFNA 4Y36A 1BV9A 3OTYA 3PBDA 3ZLQA 2PSVA 3TTPA 2BKTA 5P4IA 5APRE 3OTSA 4LXAA 5OZDA 4K4RA 5P2IA 3HDKA 2IL2A 2OHRA 5P89A 5P7RA 5B18A 5P27A 2QHCA 2V00A 4Y3ZA 1LYWB 3IGBA 2PSGA 5P7IA 4LC7A 2G1YA 3R0WA 4Y5NA 4DQFA 5TOLA 1FIVA 4Q1XA 2BQVA 4Z50A 4R92A 4D88A 5P47A 1E5OE 4CPXA 3RTMA 1NSOA 2IS0A 1LF4A 5P1TA 1FLHA 4Y6MA 4RRSA 1EAGA 4EXHA 3NDXA 5P5UA 3RTHA 3DV1A 3NU3A 4JPCA 2QZXA 2PQZA 3O99A 4Y51A 4K4PA 2XYEA 5P13A 2BJUA 2NXMA 1PFZA 5P3XA 1BXOA 5P5AA 3DJKA 3Q5HA 4J5JA 2WF0A 4YDFA 1KZKA 5OZRA 4Y45A 3S7MA 1NH0A 5OZWA 4NPUA 2I4DA 5P8CA 4OBGA 4ZSQA 1SMEA 6FIVA 1D4SA 4LBTA 5P8OA 4PEPA 3QAAA 4XX3A 1EBKC 2VKMA 4FAEA 4CPTA 4Y4TA 3SA9A 5P03A 4EJKA 4XX4A 4OBJA 5P5WA 3NDUA 2P8HA 3PRSA 5P2MA 2BPZA 5HU1A 5P61A 3BXRA 5P5KA 2OHTA 2WHHA 3EKTA 5P8MA 5P64A 1RNEA 5P7AA 5P86A 5P3IA 5OZTA 4EYRA 2V11C 1EPLE 1LF2A 1APWE 3TPPA 1TW7A 2PYMA 1AJXA 1BBSA 5P0GA 3DCKA 5P12A 4ZPEA 1SH9A 5DQ1A 3K5GA 4GJ5A 3NU4A 4IVSA 1YG9A 2IGXA 2O4SA 5OZCA 5P66A 1HIIA 5AHCA 3VLBA 3UDKA 2Q63A 1AVFA 4Y5LA 5P3QA 2O4KA 2QI4A 5P4WA 2O40A 1XN3A 3KDCA 4Y4AA 1GKTA 5P24A 5P4YA 3LIXA 3ZMGA 3RSXA 4QLHA 3VSWA 5P2AA 5P39A 5P35A 2J9JA 3SAAA 3OUAA 5P2VA 2ZJMA 5JFUA 2QI0A 5P2JA 4DV9A 4Y4GA 1XE5A 2QHYA 3VLAA 2G26A 3AUPA 3UQXA 2XFIA 1WKRA 4B1CA 1T7IA 3OHFA 1XL5A 5P7GA 1BV7A 3LPJA 1C6YA 2ZJHA 1D4KA 3IXOA 1LS5A 4ER2E 4GYEA 1AIDA 2F81A 5P4QA 3PLDA 3ZKNA 3UTLA 3SA5A 2JYSA 4RLDA 3RVIA 5F00A 3KMYA 5P75A 4Y57A 3BHEA 4L1AB 5P0QA 1NPVA 2H6SA 3R0YA 4WTUA 4F73A 3OU4B 4Y3LA 4DJPA 3FNSA 4EJLA 5HTZA 5P41A 5ER1E 1LZQA 1A9MA 2SAMA 3VF3A 5P88A 5SY2A 5DR7A 5P4DA 3TLHA 4Y37A 1D4IA 1UPJA 2QZLA 5P7LA 3LPIA 3KDBA 5I3WA 5BRYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P25 A;  1WBK A;  5P6F A;  3TOF A;  4J1K A;  4EQ0 A;  3NXE A;  1HVR A;  5P4C A;  2V10 C;  1DMP A;  3D1X A;  5OZN A;  3UDN A;  5P1N A;  1TSU A;  2AVQ A;  1T7K A;  1TZS A;  2WEB A;  5OYZ A;  5P04 A;  1FG6 C;  2RKF A;  3FV3 A;  4OC6 B;  3QPJ A;  2FXE A;  2VIY A;  1QRP E;  5OZG A;  2Q64 A;  1HOS A;  1QBU A;  1M43 A;  4HDP A;  5KQY A;  1ZLF A;  2PSU A;  5P7F A;  5OYX A;  4DVF A;  5P7S A;  2OHS A;  4MC6 A;  5P7V A;  5P0A A;  5P2S A;  2V13 A;  3DOX A;  1DP5 A;  3EKY A;  4PZX A;  3PHV A;  1EBY A;  1MT7 A;  3OGP A;  2OHP A;  2BBB A;  5OYY A;  4TRW A;  2WF4 A;  1HEG E;  3T7X A;  5P8N A;  4J1H A;  4Y5E A;  3SFC A;  2VA7 A;  4FLG A;  2IEN A;  3BRA A;  5P85 A;  3KMX A;  3OU4 A;  1HHP A;  5AHA A;  4Y53 A;  5P51 A;  4GJA A;  4H3I A;  1VIK A;  3GGV A;  4ACU A;  3PI5 A;  5P49 A;  4L7J A;  2PH6 A;  5P4M A;  5EZZ A;  5P52 A;  2QI7 A;  3ECG A;  5OZJ A;  2ER0 E;  1FFF C;  5HE5 A;  5P3P A;  4ZPG A;  3QRO A;  5P72 A;  3Q6Y A;  5P8I A;  2VS2 A;  3PB5 A;  1W50 A;  3MWS A;  1ODW A;  2V16 C;  5P6T A;  4DH6 A;  2ZYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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