5OZUA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 41
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozuA01
1KJHA 5OZSA 5P0YA 1EPLE 3L3AA 4EHCA 4Y3EA 3B7VA 3CKRA 4OD9B 3BGBA 1B6PA 4Y3SA 5KR1A 2ANLA 4Y5NA 4Y48A 3WB4A 1B6MA 4QGIA 1ZSFA 5P1SA 5P8DA 1W5XA 5P0UA 1MESA 3WZ6A 2IEOA 3OXCA 4HDPA 4Y5AA 3G70A 2G1YA 1HVSA 4TRYA 5P34A 3TKGA 5ISKA 5P2HA 3EKTA 1LF4A 5P17A 4Z4XA 5OYWA 3MSKA 4QJ2A 1KJ7A 1QS8A 3QIHA 5I3XA 4YCTA 2B60A 1DP5A 1NPVA 5P40A 2B7ZA 1GVXA 1HPXA 4R5NA 5OZWA 3ZPUA 5DR8A 2WEBA 3INDA 4Y5EA 1N49A 4L1AB 5DQCA 4EP2A 3O9EA 4QJ7A 5P7JA 4BFBA 3IGBA 3S7LA 5P0VA 5P7QA 3U7SA 1IVQA 3SQFA 4Y3GA 1E5OE 4EJDA 4FAFA 2QNQA 3BGCA 3SLZA 3OUAA 4H1EA 3PSYA 4XKXA 3FIVA 4OBGA 5P42A 1K2CA 3BXRA 5P2RA 5P1AA 3SA6A 3GI6A 2WJOA 2BPWA 1QBRA 5P1XA 4Y39A 1HVHA 5ER2E 3QS1A 1DMPA 3QVIA 3KMYA 5P6ZA 1RPIA 2R5QA 1A9MA 5P8CA 2V12C 3S56A 2H6SA 5SY3A 5P6TA 1HIHA 5P5PA 4F76A 1MT9A 4B00A 4EYRA 5OZIA 3BVAA 3VSXA 2PC0A 4Y36A 1HIIA 2QZKA 3PCWA 3ZKXA 2QD6A 2AOHA 4Y4AA 5IVTA 2WF2A 5P3UA 3H0BA 5P7UA 2HIZA 5P3RA 2ZJKA 5P4HA 5P58A 5P6SA 4OC6B 1BV7A 2WEDA 3INHA 3BUFA 2V11C 5P7DA 2P3BB 3FV3A 1ODYA 1G2KA 4FSLA 2FS4A 5HDVA 1FQXA 1LF2A 1MVPA 2H6TA 5OZ5A 4CPQA 4MC1A 1SH9A 5P3FA 2WECA 3VF5A 3CIDA 1PROA 4FGXA 1LYWA 4YD6A 3ZKIA 4KE0A 2Q63A 3T6IA 5P3WA 5BWYA 5P6CA 2QI0A 3CICA 2AOJA 1FFFC 5P1DA 1IVPA 3QAAA 3S43A 3UTLA 5P7NA 3ZKMA 3VF7A 4PZXA 1HPVA 5P2AA 3EL5A 5P2GA 3DUYA 1G0VA 5P2VA 1TW7A 3CYXA 5P4EA 5P4FA 5P7XA 4ZPGA 3LZYA 2XYEA 2PWCA 2WL0A 2FGVA 1PFZA 4OBKA 3FKTA 4FRKA 4R92A 3QRSA 2NMZA 5P2CA 3OU3A 1PSAA 2J9JA 5P3SA 3B80A 4J1FA 3ZLQA 4N00A 3I7EA 3BC4A 3EM4A 3O9CA 3HVPA 5OZYA 3K4VA 5P1RA 5CLMA 2QZLA 3MXEA 2VJ9A 3L5BA 1W5VA 1RV7A 4JP9A 5P1VA 5P3YA 5P8TA 5P6NA 3KN0A 5P04A 2ZJHA 3AUPA 5P4VA 4E43A 5KOQA 2IL2A 2OHSA 3OTYA 1WBMA 4YD3A 5P5OA 1MSNA 5P46A 4FRIA 2AVQA 5P6OA 4YD7A 3EMYA 5OZHA 5P4DA 5P7OA 1U8GA 2QHZA 4OC6A 5P0PA 5BRYA 2AZCA 4F75A 3EL1A 3O9GA 4FRSA 4AZYA 5OZ4A 2Q5KA 2ASIA 2CEMA 1K6PA 4FSEA 5P73A 1APVE 5P51A 5P8EA 1HEFE 5I3YA 7UPJA 4Y56A 5P0IA 1GVTA 1SMRA 1TZSA 4Y4UA 5JG1A 5OZ8A 5P1WA 3UQPA 5P5XA 1D4KA 5IS4A 5P2TA 1M43A 5P6WA 5P11A 4GJ6A 5P47A 1NPWA 5P1MA 2ZJMA 1XE5A 4DJRA 5DR4A 2QD8A 5P8SA 4A4QA 4GJ7A 5P7GA 5P5IA 2NPHA 4CPTA 3QP0A 5OYYA 4YD5A 4DPIA 1YM4A 2PWRA 4YA8A 3EXOA 2G1NA 1XL5A 4Y4EA 4Y4DA 4J0VA 4DJXA 3QRMA 5KQZA 3RTMA 5P5FA 4LXMA 1FG8C 2I4QA 1YTHA 4GMIA 1YG9A 4ZIPA 5P3JA 1HSHA 1W6HA 4QJ6A 2JYSA 3HBOA 1GVVA 4Y3RA 3LPJA 1EBZA 3LZSA 3SO9A 1KJ4A 2MIPA 2A4FA 1HIVA 3O99A 3UDMA 4QJ8A 2O4LA 5P4RA 5P6KA 4GJDA 4FM8A 5P2LA 2R5PA 4Z2ZA 1BWAA 2FLEA 2WEZA 5P5SA 5DGUA 4RGHA 1D4IA 2AODA 2WF1A 2F81A 5OZ6A 5P06A 4LBTA 3KFSA 3PMYA 4CPRA 1E81E 3TL9A 1PSNA 4GIDA 5DR7A 1EPRE 4NJVA 4I0GA 4J1EA 1MUIA 2QZWA 4TRWA 4TVGA 5P6BA 5P0HA 2QP8A 1MEUA 3EM3A 2BPXA 5OZRA 5OZ3A 4ZLSA 2G27A 1XS7D 3OQFA 4NJUA 3N4LA 2HB4A 5P8RA 1A8GA 4Y9WA 5OZEA 2PSVA 4EJ8A 4F74A 4I10A 5P7AA 4IVTA 1TSQA 3EKYA 5COKA 5P14A 1APWE 2QI5A 4RVIA 5P30A 5P54A 2I4UA 1OD1A 5P0CA 5JFUA 3OQDA 2BBBA 5P6JA 3GI0A 4JPEA 1J71A 3SABA 3KDDA 3SAAA 4L7HA 1KJFA 4F73A 5P74A 3U71A 5P6RA 2FMBA 5P2UA 2OF0A 5P4WA 2AOCA 2PYMA 1HPOA 5HE7A 2PSGA 2I0AA 3TPJA 5AHBA 5C9FA 5P0KA 3DOXA 2P3AA 3UDNA 1TQFA 3VV6A 4I8ZA 1CMSA 2V10C 2VJ7A 3RVIA 1YTGA 3VLAA 1LYAB 3CIBA 4LXAA 5P3XA 5P89A 3VV8A 4A6BA 3QN8A 4GJAA 5AH6A 5P55A 4QJAA 2RKFA 5P8GA 1D4JA 2BPVA 2IENA 3TPPA 5I3WA 3SA3A 4EP3A 2QI3A 1EPME 2HPFA 5P67A 3TOGA 1D4HA 4JECA 3I25A 3QROA 4Y3JA 4Y3HA 3S45A 5P2DA 5P66A 1EC3A 5P7HA 2O4SA 5P62A 3S53A 3MXDA 3HZCA 5P5AA 2UXZA 2ZHTA 5P4YA 2AOEA 4RCDA 3TLHA 4MC9A 1AVFA 1BVGA 2AQUA 1ZAPA 1A30A 2QD7A 5HE5A 2B8VA 5P4OA 5P7TA 4Q1YA 5P5RA 4Y53A 2IGYA 2NTRA 4D8CA 1XE6A 3OQAA 3CKTA 5P6HA 3LPIA 4Y5KA 2OHUA 3NLSA 3UF3A 2I0DA 4RZ1A 4Y4XA 2AVOA 5OZTA 5P3PA 1D4SA 4RRNA 1HVJA 3DV1A 5P7ZA 3PSGA 3R2FA 4OBZB 4DH6A 3Q3TA 5OZPA 1NH0A 4J5JA 3PB5A 4D89A 3KFRA 2NXMA 2QNPA 2PK5A 5EZXA 4I8WA 1T6EX 3T7XA 3WSJA 5C9BA 3NWXA 2ER6E 1IZEA 1AXAA 1B5FB 4Y3YA 3QVCA 5P0GA 4I0IA 5DR3A 3TKWA 3OTSA 4EQJA 1BXQA 1SIPA 1MIQA 4K8SA 2WHHA 4ZPEA 5P08A 1ZLFA 1QRPE 1MTRA 4HE9A 3NU9A 3VF3A 4DVFA 1GVWA 1GNMA 5OZVA 4ACXA 5P2YA 2XFKA 2OHKA 3APRE 5P87A 4GB2A 5P0XA 1BDQA 3O9LA 5DR1A 4J1HA 3L5DA 3NDWA 4DQGA 5P7WA 2VIYA 1MRXA 4KE1A 3O9BA 2QMPA 3OWNA 4ER2E 5AGZA 1WBKA 1IBQA 3K4VC 5P0JA 5T4SA 4LC7A 4YCYA 2QHYA 5HVPA 4DJPA 4FE6A 3VG1A 3LZVA 3SM2A 5OYZA 3NYGA 4RVXA 4RVJA 4OBDA 4HA5A 3FNUA 1MPPA 1MT8A 5P4AA 3OUDB 5P1TA 3OAGB 1FQ5A 2V0ZC 5P3TA 3ZPSA 4WTUA 2ER0E 4FM6A 4LXKA 2FNTA 4FAEA 5P5BA 3DK1A 1IZDA 5OZ1A 2WF4A 1PSOE 5ISJA 2UY0A 5P0MA 3PJ6A 3T11A 5P5CA 3VYFA 1EPNE 5P2IA 3NDUA 1ZPKA 4CMSA 3IN3A 4ZSRA 4FRJA 2QI7A 4Y3QA 3LIZA 5JFPA 2FNSA 5P5KA 1PPME 5OZQA 2I4WA 5P23A 5P0DA 4Y38A 4Y4BA 4R93A 2ZJJA 4YBIA 5P0AA 1C6XA 2O4NA 5P65A 2WEAA 2B8LA 5P4TA 2AZ9A 2I4XA 5KAOA 4OD9A 3LPKA 3NUOA 5P6PA 5P8JA 5OZGA 2APRA 3OXXA 2HC0A 3OADB 4QLHA 5P50A 5P72A 2J9KA 3EKVA 4M8YA 2F80A 5OZ0A 3K5DA 4Y3TA 4I1CA 1RNEA 3QRVA 1HTGA 3O9DA 4HEGA 3UCBA 3BVBA 1T6GA 5P6VA 2OHRA 4Y3MA 4PYVA 1FQ7A 4CPSA 7HVPA 3OOTA 1SDUA 5P2OA 4U7QA 4X7IA 4B05A 5P5MA 3A2OA 5P3HA 3SKGA 1F7AA 2NMYA 5P77A 1FQ6A 1W5YA 5KOSA 1FMBA 4Y3WA 5P1HA 2ER9E 5P80A 3QBHA 3HDKA 3D1XA 4R91A 1GNOA 2ER7E 5HCOA 4HDBA 4Z22A 4AUCA 5P2MA 3O9IA 2ZJNA 3S2OA 4L1AA 5IVSA 5FIVA 5P3IA 4ZE6A 3BUGA 2OHTA 3EKQA 2VIEA 3BUHA 1A94A 4RLDA 3GGXA 3LITA 3KYRA 4Y3PA 1HVCA 2JXRA 1LV1A 1W51A 5P5NA 4WY6A 2PQZA 5JODA 3G72A 1T7IA 2PH8A 4Y43A 3DCKA 2FDPA 3UDRA 4MC2A 1EEDP 3PEPA 4PZWA 1SDVA 1Z1RA 4LHHA 5P3AA 2ZE1A 3CMSA 2RMPA 5DGWA 5DQ5A 1FG6C 5P2NA 2FXDA 4L7JA 5ENMA 1C6ZA 2IRZA 5P7RA 1RL8A 1MTBA 5P6IA 1T7KA 4BFDA 1UH8A 3I8WA 2Q64A 5P5TA 4Y3DA 3UDHA 3SKFA 2QNNA 3OU4B 5P6EA 4B1CA 2HB2A 4TRZA 1AJVA 3Q5HA 5B18A 1IIQA 5P76A 4NJTA 1IDAA 5P79A 2R9BA 5P6FA 1B6JA 2A1EA 4Y6MA 3Q6YA 5P38A 5P33A 4DJYA 1QBUA 2P3BA 5OZFA 3OADA 4Y3XA 5P86A 4YDGA 3LINA 4Y3FA 2BB9A 5E5JA 2ZHSA 4BELA 3OU1B 1BILA 2AOFA 5P3NA 1EAGA 1HVLA 4DQHA 4Y3AA 3OOZA 5P2WA 4J54A 1APUE 1FQ4A 3R4BA 2IDWA 4J55A 5OYVA 3WZ8A 1HEGE 2HPEA 4I0DA 3GGAA 5OZOA 3DCRA 4J1CA 1AM5A 1JLDA 1FMXA 3BHEA 3TH9A 1SBGA 3I6OA 3NU4A 3EKXA 4I0ZA 5OYXA 2ZDZA 1HTRB 2QAKA 4XX4A 4GYEA 2QZXA 2PSUA 5OYSA 8HVPA 4RYGA 4DQCA 5P7KA 3OGQA 2VIJA 5P1PA 4EXHA 2QU2A 2V00A 2Q15A 3NR6A 2VA7A 5P7PA 3F9QA 2VKMA 3Q70A 4R95A 1SIVA 4B78A 3HLOA 4ZSMA 5P69A 3UQUA 5P3KA 1K1TA 2NR6A 4H3JA 4Y4ZA 4D85A 4Y4GA 1EPQE 5P43A 1EBWA 1NPAA 5P64A 2ZJLA 3K5CA 1DW6C 1XN3A 5OZZA 4GJ8A 4HLAA 3TTPA 5HDXA 1MERA 4Q1WA 1T3RA 2OHLA 1OHRA 5P4QA 5OZDA 1M4HA 2JJIA 5P5HA 1HXBA 3L5CA 1IDBA 5P1QA 2BPZA 4YCKA 1EBYA 3OY4A 4J0TA 5OYUA 1LS5A 3EBZA 2OHNA 2ZHUA 3S85A 3K5FA 5P4UA 3OU4A 4K4PA 3T7PA 4Y57A 1ME6A 1ZBGA 2I4VA 4RCEA 1EC1A 3UQWA 3PWMA 4Q1XA 5P5EA 5P5ZA 3UDYA 1DIFA 4J0PA 2O4KA 3KDBA 4UPJA 3R0WA 4B1EA 3VUCA 4Y5CA 4HDFA 3NU3A 3EL4A 5P6MA 3L58A 5OZNA 1GKTA 5OZMA 4DQEA 3ST5A 1HVKA 5P2BA 1G6LA 2Q54A 5P60A 4JOOA 3LIQA 3D1ZA 4I0EA 5HU1A 2F3EA 3BXSA 2B42A 5OZ9A 4Y35A 5P52A 4CPXA 1IZHA 4DJUA 1EC0A 3EL0A 3NXNA 2JE4A 6FIVA 1K1UA 3HAWA 1EC2A 5P3CA 2PMAA 5P12A 3UQXA 4R8YA 3IN4A 4FL8A 3SA8A 3D91A 1QBTA 5P41A 1VIKA 1DPJA 3PBDA 4HZTA 3L5EA 5P4GA 5P53A 3SACA 5P3QA 2F3KA 2FDDA 4FS4A 3SA9A 2Z4OA 3IXOA 4Y3NA 1YT9A 3APPA 3IVHA 3HAUA 2QU3A 3SA4A 2NXLA 3OQ7A 5P29A 1ER8E 1RQ9A 4CPUA 5P6LA 5P8AA 5OZXA 5P84A 1QBSA 3NXEA 3GGVA 1LF3A 3TPLA 5P0RA 2G69A 5HTZA 5IVRA 4I0JA 1XDHA 3C9XA 2QCIA 3ER3E 1W6IA 3SFCA 1ZTZA 3OUCA 5P56A 4APRE 3WZ7A 4S1GA 1SMEA 5DR0A 2WF3A 1Z1HA 4B0QA 2QI1A 3T3CA 5P4NA 5P10A 3LZUA 4K4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KJH A;  5OZS A;  5P0Y A;  1EPL E;  3L3A A;  4EHC A;  4Y3E A;  3B7V A;  3CKR A;  4OD9 B;  3BGB A;  1B6P A;  4Y3S A;  5KR1 A;  2ANL A;  4Y5N A;  4Y48 A;  3WB4 A;  1B6M A;  4QGI A;  1ZSF A;  5P1S A;  5P8D A;  1W5X A;  5P0U A;  1MES A;  3WZ6 A;  2IEO A;  3OXC A;  4HDP A;  4Y5A A;  3G70 A;  2G1Y A;  1HVS A;  4TRY A;  5P34 A;  3TKG A;  5ISK A;  5P2H A;  3EKT A;  1LF4 A;  5P17 A;  4Z4X A;  5OYW A;  3MSK A;  4QJ2 A;  1KJ7 A;  1QS8 A;  3QIH A;  5I3X A;  4YCT A;  2B60 A;  1DP5 A;  1NPV A;  5P40 A;  2B7Z A;  1GVX A;  1HPX A;  4R5N A;  5OZW A;  3ZPU A;  5DR8 A;  2WEB A;  3IND A;  4Y5E A;  1N49 A;  4L1A B;  5DQC A;  4EP2 A;  3O9E A;  4QJ7 A;  5P7J A;  4BFB A;  3IGB A;  3S7L A;  5P0V A;  5P7Q A;  3U7S A;  1IVQ A;  3SQF A;  4Y3G A;  1E5O E;  4EJD A;  4FAF A;  2QNQ A;  3BGC A;  3SLZ A;  3OUA A;  4H1E A;  3PSY A;  4XKX A;  3FIV A;  4OBG A;  5P42 A;  1K2C A;  3BXR A;  5P2R A;  5P1A A;  3SA6 A;  3GI6 A;  2WJO A;  2BPW A;  1QBR A;  5P1X A;  4Y39 A;  1HVH A;  5ER2 E;  3QS1 A;  1DMP A;  3QVI A;  3KMY A;  5P6Z A;  1RPI A;  2R5Q A;  1A9M A;  5P8C A;  2V12 C;  3S56 A;  2H6S A;  5SY3 A;  5P6T A;  1HIH A;  5P5P A;  4F76 A;  1MT9 A;  4B00 A;  4EYR A;  5OZI A;  3BVA A;  3VSX A;  2PC0 A;  4Y36 A;  1HII A;  2QZK A;  3PCW A;  3ZKX A;  2QD6 A;  2AOH A;  4Y4A A;  5IVT A;  2WF2 A;  5P3U A;  3H0B A;  5P7U A;  2HIZ A;  5P3R A;  2ZJK A;  5P4H A;  5P58 A;  5P6S A;  4OC6 B;  1BV7 A;  2WED A;  3INH A;  3BUF A;  2V11 C;  5P7D A;  2P3B B;  3FV3 A;  1ODY A;  1G2K A;  4FSL A;  2FS4 A;  5HDV A;  1FQX A;  1LF2 A;  1MVP A;  2H6T A;  5OZ5 A;  4CPQ A;  4MC1 A;  1SH9 A;  5P3F A;  2WEC A;  3VF5 A;  3CID A;  1PRO A;  4FGX A;  1LYW A;  4YD6 A;  3ZKI A;  4KE0 A;  2Q63 A;  3T6I A;  5P3W A;  5BWY A;  5P6C A;  2QI0 A;  3CIC A;  2AOJ A;  1FFF C;  5P1D A;  1IVP A;  3QAA A;  3S43 A;  3UTL A;  5P7N A;  3ZKM A;  3VF7 A;  4PZX A;  1HPV A;  5P2A A;  3EL5 A;  5P2G A;  3DUY A;  1G0V A;  5P2V A;  1TW7 A;  3CYX A;  5P4E A;  5P4F A;  5P7X A;  4ZPG A;  3LZY A;  2XYE A;  2PWC A;  2WL0 A;  2FGV A;  1PFZ A;  4OBK A;  3FKT A;  4FRK A;  4R92 A;  3QRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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