5OZWA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 43
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozwA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozwA01
1YG9A 4ZSRA 3R2FA 2FS4A 3DV1A 5P0AA 5P64A 3LPIA 4AZYA 4BFDA 4H3IA 5OYSA 3PWWA 5OZ2A 3UDPA 4I11A 1BDRA 5P0DA 4B05A 5IVRA 3R1GB 1HWRA 1D4KA 2F3KA 4YBFA 2RENA 2QCIA 3S53A 4OBGA 4DQGA 1ZJ7A 1APVE 2I4VA 1LZQA 1IVQA 1FGCC 3CICA 3FSMA 5P7RA 5P3VA 1XN2A 5JFUA 1VIJA 4DPFA 5P2LA 2G1OA 1APWE 1AVFA 1DW6C 2XFIA 5P8DA 5KOSA 1EPME 5P5QA 1LYBA 1B6PA 5DR3A 5P7OA 2AZ8A 3LIQA 2WECA 1EC2A 2XFKA 5OZNA 3RSVA 1EPPE 2FMBA 1M4HA 5P3DA 3VLAA 2F3EA 3OGQA 2O4KA 3SA6A 2G20A 3LIXA 4Y3TA 2P3CA 4JPEA 2BKTA 1FKNA 5P1ZA 4Y5LA 3TKWA 4YCYA 2AVVA 4Y39A 2WF3A 1DMPA 3TLHA 4CPQA 3URJA 3LZVA 2VNNA 4CP7A 2Q3KA 5COOA 5P8UA 4WTUA 5P6SA 4FAEA 5P6NA 5P4IA 4Y5MA 4OC6A 4EPJA 4EP3A 3U6AA 1B5FA 5P20A 5P4QA 1FFIC 5P02A 2BPYA 5P31A 2PWRA 3TOHA 5P4FA 2B8LA 5P7MA 2FIVA 5P1BA 5P89A 1IZDA 3TTPA 4QLHA 2IS0A 4KE1A 5P34A 4BEKA 3D1ZA 3EKXA 2OHPA 5P1XA 4TVGA 1GNNA 3KDCA 3QAAA 4Y51A 3APRE 5P4NA 1FF0C 4NJVA 5P1GA 3VFAA 5I3VA 4RYCA 5P3FA 1YT9A 3ZPSA 5P09A 3ECGA 3IXJA 4MC1A 1ZSRA 4Y57A 2PSUA 2B7FA 3L3AA 5P41A 2I0AA 5P1VA 5P7QA 5P65A 5P1QA 3PRSA 1LYAB 1KJHA 3R0WA 2Q11A 2Q63A 5P5VA 1MSNA 3TPLA 5P1SA 1K2CA 3FX5A 5P0RA 5OZSA 3ZKSA 4RZ1A 3OXVA 5P18A 2UPJA 4FSLA 2WKZA 5P0UA 2PYNA 3HLOA 2G24A 5P6IA 2ANLA 5P14A 4RCFA 5P3OA 3IXOA 3SKFA 5P6KA 4K9HA 1YTJA 4I0DA 3EKPA 1D4YA 3K4VA 2FGUA 4L7JA 4Y38A 5P37A 2QHYA 2RMPA 4J0PA 1HIVA 5P86A 3H0BA 3DK1A 5P3XA 1EBZA 1TW7A 4YCKA 3R0YA 3A2OA 1HVCA 2AZCA 4I8WA 4EP2A 3UHLA 5P83A 4Y3EA 4I1CA 5P3MA 5OZGA 3EL1A 4HA5A 4EHCA 1IDAA 3EKYA 5P4YA 3WZ7A 3I6OA 3CYWA 2VIEA 5IS4A 4DJOA 5P4UA 5P78A 1SGZA 4EJLA 3I2LA 5P5BA 2FNTA 5IVSA 5P8FA 2ZJHA 4EQ0A 5AGZA 1EPRE 2Q54A 2ASIA 2BPZA 3FNTA 3EM4A 2FDPA 2VNMA 5P8TA 4HE9A 4RGHA 5P2HA 1D4LA 4YCTA 2QZKA 3QROA 5P5DA 1TCWA 2BPXA 4HVPA 2XYEA 3INEA 4GJDA 5OZRA 5KR0A 3OUDB 4OD9A 4L7GA 1SDUA 3UQRA 1HVHA 4LXKA 5SXNA 5KQZA 5OYTA 5P6HA 1W5VA 3UQPA 1HPOA 4Y4JA 5P11A 1HPVA 1NH0A 1KJ4A 2BPWA 1D4SA 2J9JB 5P4CA 5P0JA 5P3SA 2WHHA 5OZFA 5P1IA 4WY1A 3PCZA 4M8YA 3NUJA 2ZJMA 3L5DA 4QJ2A 4Y53A 3S2OA 4Y3PA 4R8YA 5P3YA 5P7LA 2AOIA 3OU3A 5P68A 3SPKA 4LP9A 4KUPA 4JOOA 4FS4A 4I12A 3WSJA 3T3CA 1K6TA 3K4VC 5P6WA 2IKOA 2IEOA 4ACXA 3SA7A 5P82A 1FMUA 5P5OA 5I70A 3OOZA 5P4PA 4CPXA 3HVPA 2VJ7A 5P2XA 5P06A 4Y3RA 3CIBA 5P84A 3I8WA 1E5OE 3IN3A 3S43B 1G6LA 4X2LA 5P1WA 1MPPA 1GVWA 4TRYA 5P7VA 5P85A 1FIVA 1KJ7A 2Q5KA 4AUCA 4Y3HA 5APRE 1AM5A 1MTRA 5P0FA 5IVTA 5P4DA 5P6FA 3VYDA 2QK5A 5P1PA 5P5TA 4K4PA 4U7QA 1GVTA 3NDUA 3OU4A 1IDBA 4OBKA 2PWCA 5CONA 1W50A 4GJ8A 2FDEA 4Z4XA 5P4SA 3ZLQA 5P2FA 4DJVA 3OUDA 2O4NA 5P0EA 5P7SA 2V13A 1HTRB 2VA7A 5P72A 1SH9A 3PI0A 1MRWA 5P0IA 2WF1A 2O4SA 2HPFA 4AMTA 2G22A 4L1AB 3SO9A 5P8LA 2AODA 1K1TA 2J9JA 4A4QA 3GW5A 2ER6E 2QD6A 1QBSA 4Y6MA 3UDYA 3UFLA 5P15A 4Y4AA 1W5WA 2G1YA 3OAGB 4I0FA 1HVJA 3HAUA 5P59A 4MC2A 3VV8A 4NKKA 1SDVA 4YBIA 3AIDA 5DR4A 4FAFA 1WKRA 3UDJA 4JECA 5P70A 1TQFA 3BRAA 5E5KA 5P23A 3OXXA 3PLLA 2HAHA 5P5RA 3SA8A 5COKA 4U7VA 1PSOE 4IVSA 4OBHA 5KAOA 3DCRA 5P66A 4MC9A 1HRNA 1AIDA 3BVAA 4R93A 4DVFA 4B0QA 3S8IA 2RKGA 1CZIE 4WY6A 3EMYA 5P8RA 5JODA 2VIYA 3VCMA 2PQZA 1HVSA 1N49A 4XKXA 3SM2A 5OZ7A 2HS1A 4DI2A 5P0WA 3LINA 3T6IA 5P8EA 5P2GA 2QNQA 5OZJA 4ZE6A 2I1AA 2I4WA 2R9BA 3OQFA 2ER7E 1QBRA 3GI0A 4DQCA 4HEGA 1ZAPA 3T7XA 4Y3YA 5P6EA 5P2AA 3R4BA 1E80E 3O9LB 5DGWA 4I0ZA 1PSNA 4J0ZA 4B78A 1ODXA 1K6PA 3EC0A 3UDQA 4I10A 5P6YA 4K4RA 3SA5A 5P8HA 3CKRA 4APEA 5P3JA 5P3UA 5P5WA 1HXWA 1HPXA 4Y45A 1ZSFA 3KMYA 3SA4A 3BUGA 1SMRA 1M43A 1W6HA 5OZUA 3ZKNA 4L1AA 5P35A 5P5SA 2G27A 2BPVA 2OHQA 5P1CA 2FNSA 4RROA 4Y35A 2AOEA 3MSLA 1BV7A 3NU6A 3KMXA 3S54A 4K8SA 4ER4E 5P7ZA 5P48A 1AJVA 4FL8A 3O99A 1FLHA 4Y3WA 4AA9A 1EC1A 2B7ZA 2NMYA 2Q55A 4Y3FA 5P27A 3UPJA 1HEFE 3FIVA 3LPKA 3OOTA 5P4VA 2OAHA 4GB2A 3L5EA 5P0YA 4S1GA 3LIVA 3O9BA 4ZSPA 1HSGA 5P6JA 2AZ9A 5P8GA 1APUE 5CLMA 4Q1YA 4Y4ZA 2HB3A 1Z1HA 3NDWA 3VF5A 3PVKA 4Y4WA 1PROA 2P8HA 1GVXA 5DQ5A 1CMSA 5HDXA 5P22A 1NPWA 1HVIA 3UFNA 4D88A 4DQFA 3EKWA 2O40A 3PEPA 5BS4A 4U8WA 3INFA 4Y5EA 5P38A 3Q6YA 1W6IA 5P60A 1Z8CA 3OGPA 2Z4OA 1HSHA 2AOGA 4B00A 5P8QA 4YDGA 4Y3LA 4H1EA 5P6BA 2Q64A 2QI7A 2F81A 1HXBA 1ZTZA 4DQEA 3EL9A 4YA8A 3QBFA 3SLZA 2A1EA 1A94A 5DQ2A 1EC0A 1FQ8A 5P0BA 2I4UA 1HSIA 2G1SA 4H3JA 1IVPA 5KR1A 2G69A 3KFRA 3PMYA 4R5NA 5P03A 2AOFA 3VLBA 4PEPA 3MXDA 4GJBA 5P05A 2RSPA 5P2JA 5AHCA 3ZKGA 2F3FA 3SQFA 2V16C 2PSGA 4GJ6A 1GVVA 5P75A 3LIZA 1WBKA 5P0KA 2B42A 3KT2A 5HTZA 1MEUA 4QJ7A 1ENTE 1E82E 5I3WA 5P0TA 4TRZA 5P40A 2Z54A 4Y5AA 2ZHRA 3QVCA 6APRE 1MT9A 4N00A 1A8GA 3NU5A 6FIVA 4A6CA 1UPJA 2QI5A 1IZEA 1YTGA 4L6BA 2CENA 3KYRA 4CMSA 3HBOA 5DR1A 5P8PA 1LEEA 5C9BA 5P0CA 5P7XA 2IGXA 5P8SA 3LZSA 5P2VA 3L58A 2OHNA 4YD3A 3TH9A 5P0GA 3TPJA 3L5BA 1D4JA 1T7KA 3Q3TA 5P77A 1YTHA 4GJ9A 3OUCA 2QMGA 5P6DA 4XX4A 5J25A 1IZHA 2BB9A 3NSHA 2ZHTA 4ACUA 1MIQA 4B77A 4Y37A 2FXEA 1HVLA 3KFNA 3CYXA 4E43A 5ISJA 2XFJA 3OQKA 1XS7D 3NXEA 1HOSA 4BELA 5P1EA 2QZWA 5P0PA 5P7UA 5P3EA 1PSAA 5P4LA 2PYMA 4FIVA 4J1CA 3SFCA 2NNPA 1DP5A 1XE5A 5P2EA 5UPJA 1NPVA 2IDWA 4NJSA 1UH8A 2PK6A 3KFSA 1LF2A 3VEUA 3NWQA 4Y50A 4Q1NA 5OZTA 4J54A 3QP0A 3OHFA 5P17A 5HD0A 3OUAA 3ZPUA 5OZWA 2PH6A 1PPME 5OZIA 3UDMA 1FMXA 4LXMA 4CPSA 3GGXA 3EL5A 5P5PA 3HZCA 1BDQA 5P3GA 1WBMA 5P07A 3GGAA 5OZYA 3PSGA 2ZE1A 3TPRA 4Y41A 1BBSA 2CEMA 4FM8A 5P7JA 2QU3A 3PWRA 3WZ6A 4EJKA 5HDVA 3HD8A 5OZAA 3ER3E 2NXLA 4RYGA 4LHHA 5P0SA 1XN3A 4HZTA 3NYGA 3LZYA 1IZIA 3NU9A 4QJ8A 5PEPA 5P1DA 1A9MA 1LYWB 3ZKQA 1ZPAA 3UF3A 4PHVA 5P7FA 2R8NA 2P3BB 4J1EA 3VYEA 1ER8E 3LHGA 3SACA 5P55A 4F76A 1GNOA 4FM7A 2QNNA 1M0BA 5P4JA 4ZSQA 4RVXA 4DJWA 3O9AA 2OHKA 4A6BA 5P5UA 1BXQA 2HC0A 5OYYA 5P7IA 1BWAA 3QRVA 3D91A 1BWBA 1BV9A 5P0NA 4COEA 1ME6A 4YD6A 4DJRA 3SA3A 5P10A 3KN0A 3AUPA 2FDDA 2UY0A 1SGUA 5P5JA 3VUCA 2G21A 3OU1B 5P19A 3ZL7A 5P6CA 1SDTA 1LYAA 5HE4A 4HDPA 5P3WA 3M9FA 2OHUA 2V0ZC 3EKVA 4DJXA 2ZGAA 2QI0A 3O9GA 5P5XA 4DQBA 5I3YA 5P4MA 3D20A 4GMIA 5IE1A 1Z1RA 4RVIA 3K5FA 2BBBA 4ER1E 4Y44A 3KT5A 4GYEA 2QP8A 5P0XA 2F80A 4CKUA 5ENMA 5P8BA 5P5LA 3C9XA 3S7MA 1MT8A 1G35A 3BGCA 1UH7A 4Y4BA 3SAAA 2O4PA 5P63A 1QS8A 3BVBA 1A30A 2QI4A 1K6VA 1C6YA 2P4JA 4Y48A 3QN8A 5P5YA 5P3QA 3U71A 5P5IA 3PSUA 5OZ3A 4QJ9A 4ZPEA 3VV6A 1F34A 1ZLFA 4I0IA 5P43A 2NPHA 3S7LA 5E5JA 1QBTA 3VG1A 5P7TA 1MUIA 5OZPA 1ODYA 3FNUA 5EZZA 2ZHSA 4I8ZA 3I7EA 4Y56A 3SM1A 4Y5KA 3QVIA 1T6EX 3JW2A 5P26A 5P46A 2B8VA 3ZKMA 5IVQA 3O9CA 7UPJA 4Z22A 3KM4A 5P62A 2R5QA 3N3IA 5AHBA 5P3ZA 2P3BA 5HVPA 1NPAA 1W51A 1HHPA 5P1HA 4Y54A 5P1JA 4DH6A 1T7JA 2H6TA 5P33A 1JLDA 2JYSA 1MT7A 3FV3A 4MC6A 1HVRA 3EM3A 4I0JA 3DV5A 5P47A 3U7SA 4CPRA 5P1FA 4R95A 5P8MA 5P32A 1SMEA 3EL0A 5P80A 4OBZB 2ER0E 5OZ8A 4Z50A 4Y4XA 4AA8A 1EAGA 4DJYA 5P39A 5P04A 1C6ZA 2SAMA 1A8KA 1SIVA 1B11A 5P57A 3O9FA 5AH7A 1FEJC 2J9KA 2FXDA 4LAPA 5JG1A 2HB4A 5P4GA 3QRSA 4Y5GA 5OZOA 4Y3XA 2I4QA 3PHVA 5P00A 5P88A 3TKGA 3O9HA 5P52A 1B6MA 2FLEA 2MIPA 3OHHA 4OBDA 1DAZC 5COPA 5P7AA 3LPJA 5P3AA 3RTMA 3K5DA 5P5NA 1T6GA 5P7PA 2V12C 5OZKA 4OBJA 2VKMA 4GJAA 4ZLSA 3JVYA 1ZPKA 5ENKA 5P1KA 5DR7A 5P8AA 1FFFC 3HVGA 4Y43A 3UQUA 4RCDA 3NDTA 3OUBA 1ZBGA 2VA6A 3D1XA 3G72A 4BFBA 1EC3A 3S43A 5BRYA 5P61A 4F75A 9HVPA 4Z2ZA 4YDFA 4H3FA 3ZOVA 3VF3A 1K2BA 3IVIA 3BXSA 1HEGE 1ZP8A 3ZKXA 1EBYA 2QZLA 5P74A 3G70A 3GGVA 2Q15A 5DGUA 5P5AA 5P6QA 4EWOA 2PC0A 5HU1A 1XL5A 5P7GA 5P3TA 3OTSA 4NPTA 1QDMA 5DPZA 1OHRA 1OD1A 3JVWA 4YHQA 5P3RA 5P0HA 3ZPTA 2ZJLA 2OHRA 4OBZA 4XXSA 5P2BA 3BUHA 4Y3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YG9 A;  4ZSR A;  3R2F A;  2FS4 A;  3DV1 A;  5P0A A;  5P64 A;  3LPI A;  4AZY A;  4BFD A;  4H3I A;  5OYS A;  3PWW A;  5OZ2 A;  3UDP A;  4I11 A;  1BDR A;  5P0D A;  4B05 A;  5IVR A;  3R1G B;  1HWR A;  1D4K A;  2F3K A;  4YBF A;  2REN A;  2QCI A;  3S53 A;  4OBG A;  4DQG A;  1ZJ7 A;  1APV E;  2I4V A;  1LZQ A;  1IVQ A;  1FGC C;  3CIC A;  3FSM A;  5P7R A;  5P3V A;  1XN2 A;  5JFU A;  1VIJ A;  4DPF A;  5P2L A;  2G1O A;  1APW E;  1AVF A;  1DW6 C;  2XFI A;  5P8D A;  5KOS A;  1EPM E;  5P5Q A;  1LYB A;  1B6P A;  5DR3 A;  5P7O A;  2AZ8 A;  3LIQ A;  2WEC A;  1EC2 A;  2XFK A;  5OZN A;  3RSV A;  1EPP E;  2FMB A;  1M4H A;  5P3D A;  3VLA A;  2F3E A;  3OGQ A;  2O4K A;  3SA6 A;  2G20 A;  3LIX A;  4Y3T A;  2P3C A;  4JPE A;  2BKT A;  1FKN A;  5P1Z A;  4Y5L A;  3TKW A;  4YCY A;  2AVV A;  4Y39 A;  2WF3 A;  1DMP A;  3TLH A;  4CPQ A;  3URJ A;  3LZV A;  2VNN A;  4CP7 A;  2Q3K A;  5COO A;  5P8U A;  4WTU A;  5P6S A;  4FAE A;  5P6N A;  5P4I A;  4Y5M A;  4OC6 A;  4EPJ A;  4EP3 A;  3U6A A;  1B5F A;  5P20 A;  5P4Q A;  1FFI C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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