5P00A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 47
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p00A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p00A01
2AVSA 2ZJLA 3NU3A 2R9BA 5P08A 4YD7A 5P44A 1WKRA 3IXKA 5P4NA 3O9AA 4AA8A 1BXQA 5OZMA 3IAWA 2F80A 2WEZA 2NNPA 2J9JA 2FS4A 1G0VA 4YOAA 5P7WA 5P8PA 5P06A 4CPQA 2QMFA 1BAIA 1K1UA 2BB9A 5F00A 3I6OA 5OZYA 5DR8A 5P5MA 4LP9A 4KUPA 5KQXA 1MRXA 2R38A 5P6OA 3NU6A 3HW1A 3NDWA 3I2LA 1MESA 1UPJA 4F74A 2XFIA 4E43A 3O9FA 3APRE 1A9MA 2OAHA 5AHAA 2PYNA 1B5FA 5P32A 1ZPAA 1EPRE 3PM4A 3D91A 4J0TA 3SA9A 1LYAA 5P0LA 5P7LA 1E5OE 1PSOE 1MPPA 4M8XA 3BUHA 4QLHA 3DCRA 4EPJA 3FSMA 2VJ7A 4CPSA 2G26A 1HPSA 1MTBA 3TL9A 1HPXA 5P4GA 4FM7A 3WSJA 4J5JA 5P6CA 2IRZA 4EP2A 5P41A 5P2XA 5P6XA 4FAFA 5P8BA 3T7QA 1HVIA 2CEJA 1HVHA 1Q9PA 3HVGA 2IS0A 2AZ9A 2NMZA 5P1GA 3OUAA 3HLOA 1IZEA 3A2OA 5P6MA 5P23A 4NPTA 2ZYEA 2F3EA 5HE5A 4RCFA 3ZPUA 4DQFA 3BGCA 2F81A 3AIDA 3PSUA 4Y4AA 3OXVA 1LF2A 4FRJA 5P7XA 5I3XA 1IVPA 5P0DA 5IVRA 5P1QA 1ZPKA 1LEEA 3NXEA 4R93A 5P5SA 4J55A 5P1ZA 1YTGA 5OZHA 3NU4A 2P83A 4Y6MA 2WKZA 4I0EA 3OQ7A 2J9KA 3HZCA 4I0DA 4GJ8A 4Y3LA 3VG1A 4KE1A 2QMPA 1M4HA 4TRZA 2I0AA 3L38A 4DJVA 3GGVA 5P8LA 4Y9WA 3NWQA 1Z8CA 1ODXA 4B77A 2FNTA 1QBRA 4WTUA 3R4BA 1UH7A 3QBHA 4OBZB 3PBDA 5P81A 1EPQE 5P1HA 3ZKSA 2BBBA 1ZSFA 4B72A 2PWRA 3TPPA 5P26A 1HTGA 4FSLA 3G72A 5P2JA 2I4DA 2WF0A 1AJVA 5P0XA 3IN3A 5P5VA 3LIVA 5P72A 4RRSA 3UDJA 1T3RA 5P7JA 5P4DA 3CKPA 3S56A 1W6IA 4LL3A 4K9HA 5P64A 4FRIA 5OZGA 5OZCA 5P6GA 5P77A 5KR0A 4Y37A 1GKTA 2F3KA 5HCTA 1EBYA 3UDKA 4Y3AA 4DUSA 1OD1A 3S54A 3EL1A 4MC1A 4NKKA 3UFLA 4OBGA 3EC0A 4AZYA 4FM6A 3IXJA 2HB2A 5P85A 3LIQA 4R91A 4ZSQA 3EM3A 2PWCA 2O4PA 3L3AA 1W51A 2QI1A 5P8UA 3GI5A 2QU3A 5P8TA 5P0NA 1SIVA 3QP0A 4R95A 5OZDA 2QD6A 5P2IA 3CIDA 3ZPTA 2PK6A 3O9BA 3BXRA 3INDA 3OQDA 5P62A 5P8RA 4DJWA 3RTNA 5SY2A 3QRVA 2XYEA 1W50A 4KE0A 4PHVA 5P7UA 5P3XA 4PPHA 1E82E 1QDMA 3ZL7A 4I0IA 5P6WA 2QI5A 5P88A 4YD5A 4DJRA 3SA8A 1BV9A 4Y4BA 3R0YA 4I8WA 5P0RA 5P7GA 2P3BA 5HE4A 1NPAA 1BDLA 3D1YA 5P40A 2P8HA 3VUCA 1U8GA 2R5PA 4YDGA 1PSNA 5P20A 5P7EA 2G1YA 5P6YA 4APRE 5P48A 2AZ8A 3DUYA 5P6BA 4OC6B 2Q15A 5FIVA 4J0ZA 5P1LA 2P3AA 5P6TA 5F01A 2ZGAA 5P4EA 4Y41A 5P4QA 5P3GA 4B0QA 5OZZA 4I0FA 3G6ZA 4PEPA 3GI4A 7UPJA 4CPXA 1YM2A 2CEMA 1KJHA 1HVLA 4Y3JA 3OQFA 5AH9A 5CLMA 5P1RA 5P68A 4H1EA 5P39A 5OZ9A 1XL2A 4U8WA 4CPWA 1D4YA 5P7NA 4A6CA 3PEPA 4J1HA 5P0YA 1RPIA 5P47A 3D1ZA 3LPKA 5KQZA 1EPOE 2P3DA 5P7IA 5CONA 1DPJA 4Y38A 2I4VA 3SO9A 3S43B 2G69A 1HVSA 1T7IA 5DGWA 4CPTA 1TQFA 3QN8A 2WL0A 5P51A 2BKSA 5P7PA 2AVQA 2H6TA 1MRWA 5P0QA 1W5XA 3BVBA 4RRNA 1SDVA 2J9JB 3DK1A 5OZRA 4YA8A 3UDQA 5DQ4A 5OZLA 3PLDA 2VNNA 5P0UA 5P0HA 2O40A 5P14A 5UPJA 3K4VC 2V13A 2NNKA 5P4VA 3RU1A 4Y3DA 3OAGB 5HD0A 3SABA 5OZ7A 4B1EA 4ZPFA 5P02A 5P1WA 5P1KA 1A8KA 4EWOA 2QAKA 4NJVA 5APRE 5OYSA 5OZ5A 1B5FB 1PPLE 3LZSA 3T6IA 3PJ6A 1LYAB 2JE4A 4Y35A 2V00A 1JLDA 2VA6A 3K5DA 1AJXA 2QHYA 2AOJA 3DOXA 3ZMGA 3VYDA 5P49A 5DR7A 4Q1WA 5OYXA 1KJFA 2MIPA 5OZBA 5P1MA 2NR6A 5P1JA 5IVTA 3CYXA 3PGIA 3L5CA 2NMYA 2ZJHA 5P67A 4J1FA 5HDUA 2EWYA 4RVIA 4FRKA 3EKPA 5P1YA 3QIHA 4B1DA 2BPWA 1B6MA 4Y53A 3LZUA 2VIEA 3S53A 2G22A 1EPLE 1EC1A 4Y3SA 5OYTA 5P4BA 3T7PA 1CMSA 3EM4A 4Y5KA 3NDTA 3OXCA 5P3OA 4LXAA 2QU2A 2WF2A 5ER1E 2PH6A 3LINA 5BWYA 5P2GA 5P74A 1LYBA 5P0CA 2Q11A 1XS7D 5P6UA 5P46A 3EL4A 4Y5AA 3KN0A 4LXMA 4YCYA 3U6AA 5ISJA 3UQPA 3HD8A 3CYWA 5P53A 4Q5MA 5AHCA 5P6QA 5P7BA 5P8AA 4FE6A 4I10A 3WZ8A 5P60A 3INEA 3EM6A 1B6PA 1EC3A 4DQEA 2OHKA 5P0SA 4FAEA 2FNSA 5P66A 5P1TA 2G1RA 2P3CA 5P5GA 5P2RA 1NPVA 3PMUA 2R8NA 1YX9A 4Y5CA 3QVCA 1FIVA 4I11A 5AHBA 5P1AA 4LBTA 3ZKIA 5I3WA 3OUCA 3URLA 5KQYA 4QGIA 2AQUA 1HSGA 3PHVA 3O9LB 4Y5MA 5OZ0A 1ZAPA 2G20A 3GW5A 3OHHA 4DVFA 1SGUA 3UF3A 3WZ6A 5B18A 3UDNA 1D4HA 5P0TA 1NPWA 2AOGA 3KFPA 4Y44A 3K5GA 1G2KA 5P15A 5P8DA 4AA9A 1W6HA 2PQZA 2OHNA 2FXDA 5OZTA 2JJIA 5P70A 4J1CA 3KFRA 5OZSA 5COOA 4WY1A 3BUFA 1SH9A 2JYSA 3INHA 2A1EA 4NJUA 3VEUA 1MSMA 2IGYA 3MWSA 3INFA 5P7OA 4GJ6A 3ZOVA 4A6BA 2G24A 4Y3TA 3BUGA 1TCXA 4J0VA 5P0JA 4HLAA 3SKGA 4L1AA 3R1GB 1HXBA 2HAHA 1FFIC 3LPIA 5I3YA 4QJ7A 2VIZA 4FM8A 2Q55A 3KDCA 4RZ1A 5P0ZA 2WF3A 4JPEA 5P30A 3EXOA 2F8GA 3PWRA 1C6XA 1UH8A 2B8VA 3CKRA 5P2NA 5J25A 5ISKA 4QJ6A 1K1TA 5P1NA 3RVIA 3VYFA 1HWRA 1HIHA 3Q5HA 5P4UA 4CMSA 2ZJJA 5P0KA 3UDPA 3MSKA 5E5JA 1LYWB 4D88A 1PFZA 3ZKNA 5P35A 3ZKMA 5C9BA 4GJ5A 3NLSA 1LF3A 5IVSA 3PBZA 5P3RA 5OZUA 3K1WA 3L5EA 5P3BA 5C9DA 5P75A 4N00A 2I4UA 4OBHA 3OWNA 5P3DA 5OZAA 1GVUA 1OEWA 3M9FA 1HEGE 5KAOA 5P1XA 5OZ2A 4DQCA 4ER4E 3L5FA 1TSUA 2QI4A 1C6ZA 5ENKA 2FDEA 4L7GA 4Y47A 3OK9A 3NUJA 2I1AA 5SZ9A 5P5PA 5P8SA 4Z4XA 5I3VA 3LNKA 3APPA 5P0EA 1GVVA 3PMYA 1YTJA 5P1BA 1IZHA 1FG8C 2QZKA 3PRSA 2G1NA 4Y5BA 1BWBA 3C9XA 3ECGA 1SGZA 3UPJA 2R3WA 1C70A 2I4QA 4Y3WA 3N3IA 3ZKQA 3FNUA 1MT7A 1BILA 3JW2A 2AZBA 1SDUA 2ER6E 5P87A 1FQ5A 1Z1HA 1M0BA 1A8GA 4LC7A 2H6SA 3OADA 1RNEA 3EMYA 3PI0A 5P7QA 4L7JA 2IGXA 3NUOA 2UY0A 5P5JA 5IVQA 1C6YA 5E5KA 4YD3A 4RCEA 2NXLA 2AVVA 2R3TA 1APWE 4EQ0A 4Y3HA 5P5FA 2WEDA 4J1IA 3OU3A 1FQ4A 3EL0A 3O9EA 4OBFA 3RSVA 1FEJC 3CIBA 5AH8A 4F73A 3OXXA 4Y4WA 2ZE1A 4Y4UA 4XXSA 5P58A 1AAQA 1FMXA 5DR4A 5P2QA 3OU1A 1FGCC 4NJSA 3L5BA 2QI6A 3QBFA 4HZTA 3KFSA 2IDWA 3QRMA 3OU4A 3O99A 5SY3A 4DQGA 5P5NA 2WJOA 3VYEA 5OZ8A 2AZCA 5P6RA 1HTRB 2QZXA 1BV7A 3KDDA 3FX5A 1NSOA 5P57A 3BXSA 1T6EX 1SP5A 1EPNE 3NWXA 5P3AA 2IENA 5P3ZA 1AZ5A 3SA3A 1CZIE 2QP8A 2PC0A 3IXOA 5P1CA 3DJKA 1XN2A 5P0MA 4A4QA 4Y56A 3PB5A 5P4IA 3QI1A 3SPKA 4JECA 1XE5A 5P80A 5IE1A 1HSIA 4EHCA 4Y3XA 3TOHA 1YTIA 1EEDP 3GGXA 1WBMA 4YCTA 1MT9A 5P3WA 4NPUA 2BJUA 2XFKA 5P2TA 3IVIA 5P2EA 4Y4TA 4RROA 2G1OA 2Q3KA 1YG9A 2G1SA 3UDHA 3KT2A 1K6VA 3QS1A 1FMUA 2I0DA 4L6BA 2FGVA 2ER7E 4HA5A 1GVWA 2NXDA 3KMYA 4Q1XA 5P17A 5EZXA 2Z54A 4Y3NA 2Q5KA 3VLAA 1G6LA 4H3GA 2QMDA 1FKNA 5P42A 3UDYA 2WEBA 1FQXA 5P6DA 4Y3PA 5P4XA 3ZKXA 3S7LA 2RMPA 4EJKA 3EKYA 5P4FA 4J17A 1D4KA 1Z1RA 5P63A 5P24A 2AOHA 1EBKC 3EL9A 5P2UA 5P12A 3N4LA 3LITA 1ME6A 4FCOA 2ZHTA 5P7TA 4M8YA 5P8HA 5OZVA 1DAZC 1LV1A 5P2AA 4L7HA 2QI0A 3GGAA 5P2YA 5P3FA 4H3IA 4Y3RA 5P4CA 5P43A 5OYRA 4EJLA 1EBWA 4Y3FA 2V11C 4BFDA 4L1AB 1W5VA 2AVMA 1HHPA 3Q3TA 3PWWA 2JJJA 1XL5A 1CPIA 4HDPA 2IEOA 2VJ6A 4Y57A 1G35A 5P5DA 4Y3YA 3ER5E 4D8CA 2OHSA 5P4LA 5P5ZA 1APUE 2WF4A 5P2HA 5P3VA 3G70A 3UQRA 4MC9A 4J0YA 2AVOA 3S85A 4ZE6A 1TW7A 5P0FA 1HTEA 2ZJKA 1A30A 2BKTA 5P2OA 2BPXA 4Y4JA 2O4KA 5P2BA 2HIZA 4HDFA 1ZLFA 2PH8A 2QMGA 3UQUA 2Q54A 4COEA 2F3FA 1XN3A 2UPJA 4GJCA 4Q1YA 4YCKA 3TPLA 4FS4A 2ZHVA 1RL8A 3EBZA 1T7JA 4MC2A 1B6JA 4Y5GA 5P8GA 4EP3A 1GNMA 4R5NA 2VIYA 1ODYA 3S45A 4K4RA 2FXEA 5OZ6A 4GYEA 5P1UA 3VCMA 5P8NA 1D4IA 5P5LA 3KFNA 4X7IA 3SQFA 3WZ7A 4DJXA 1BVEA 4QJAA 4BELA 3VV7A 3BHEA 3DV1A 1EC2A 4B00A 5P52A 1DMPA 1GVTA 3KF0A 5P3JA 3R0WA 3VF3A 4Y4EA 5P1FA 4D83A 4ZEAA 5DGUA 3I8WA 1E81E 2A4FA 5P71A 4YD4A 5P5BA 4Y5NA 3HDKA 3MXDA 5AGZA 2BPZA 5P5XA 4DI2A 5DPZA 4RCDA 5P3MA 2ZJNA 5P0VA 2R43A 5P09A 4ER1E 3BVAA 1KJ4A 1FF0C 2NXMA 4JPCA 3RTMA 4DQBA 3SA4A 2ZJMA 1IVQA 2FIVA 3BC4A 2Z4OA 5P8JA 5OZWA 3IA9A 5HE7A 2PYMA 5P6VA 4AMTA 1QRPE 3K5CA 5P83A 3WB5A 4ZIPA 3RTHA 1T7KA 1J71A 1MSNA 4EQJA 3OADB 4J1EA 3EKQA 3GGUA 5P37A 3LZVA 5P7CA 5DR0A 5HDZA 1K6TA 3R2FA 5OYWA 1HVRA 2WECA 3DM6A 2OHLA 1AVFA 2QI7A 4HEGA 4EJDA 5ENMA 3OOTA 4Q1NA 4I0GA 1META 4I0JA 4J54A 1ZP8A 1ODWA 4Y3QA 4RYCA 4CPRA 2B60A 5HCOA 3AUPA 3L58A 3UTLA 3K4VA 5P05A 3OHFA 5P11A 1B6KA 1ENTE 4ACXA 3IVHA 1FFFC 3S7MA 3B80A 4OC6A 2HS1A 3TPJA 6UPJA 4WY6A 3KDBA 3SFCA 4ZPGA 5P56A 5P4YA 5P8IA 8HVPA 3OU1B 3SACA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AVS A;  2ZJL A;  3NU3 A;  2R9B A;  5P08 A;  4YD7 A;  5P44 A;  1WKR A;  3IXK A;  5P4N A;  3O9A A;  4AA8 A;  1BXQ A;  5OZM A;  3IAW A;  2F80 A;  2WEZ A;  2NNP A;  2J9J A;  2FS4 A;  1G0V A;  4YOA A;  5P7W A;  5P8P A;  5P06 A;  4CPQ A;  2QMF A;  1BAI A;  1K1U A;  2BB9 A;  5F00 A;  3I6O A;  5OZY A;  5DR8 A;  5P5M A;  4LP9 A;  4KUP A;  5KQX A;  1MRX A;  2R38 A;  5P6O A;  3NU6 A;  3HW1 A;  3NDW A;  3I2L A;  1MES A;  1UPJ A;  4F74 A;  2XFI A;  4E43 A;  3O9F A;  3APR E;  1A9M A;  2OAH A;  5AHA A;  2PYN A;  1B5F A;  5P32 A;  1ZPA A;  1EPR E;  3PM4 A;  3D91 A;  4J0T A;  3SA9 A;  1LYA A;  5P0L A;  5P7L A;  1E5O E;  1PSO E;  1MPP A;  4M8X A;  3BUH A;  4QLH A;  3DCR A;  4EPJ A;  3FSM A;  2VJ7 A;  4CPS A;  2G26 A;  1HPS A;  1MTB A;  3TL9 A;  1HPX A;  5P4G A;  4FM7 A;  3WSJ A;  4J5J A;  5P6C A;  2IRZ A;  4EP2 A;  5P41 A;  5P2X A;  5P6X A;  4FAF A;  5P8B A;  3T7Q A;  1HVI A;  2CEJ A;  1HVH A;  1Q9P A;  3HVG A;  2IS0 A;  2AZ9 A;  2NMZ A;  5P1G A;  3OUA A;  3HLO A;  1IZE A;  3A2O A;  5P6M A;  5P23 A;  4NPT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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