5P01A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 48
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p01A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p01A01
4QJ7A 4OBGA 5P4HA 1GVUA 3L3AA 4FM6A 1LYWA 5P4CA 2HM1A 1D4YA 2AVMA 5P1MA 1MSMA 4HDFA 4TVGA 5P8CA 4Y5PA 4CPWA 4GZFA 1ZJ7A 3N3IA 5I70A 5P0RA 4Y43A 2AOIA 3UQWA 3L5EA 1APTE 4YD5A 1TCXA 5P5JA 5COOA 5P3YA 1E82E 3FNUA 5P0BA 1HSIA 1CMSA 1IDBA 4XX4A 1B5FB 2QZXA 3KFPA 3PMUA 2P83A 5P5SA 5HDZA 2AZCA 5P1XA 5OZ0A 2ER6E 2AZ8A 3URJA 5AH7A 4J54A 4QJAA 3EKWA 2BPYA 2RMPA 1K1UA 3OTSA 4GJ6A 4BEKA 2AOCA 2CEMA 5P8EA 3O9AA 4YA8A 4Y44A 2IENA 4Y38A 4FAFA 1FMXA 3OUDA 3EL4A 5KR8A 5P5OA 5P7TA 4YD3A 2NXDA 4RLDA 5P7CA 5P52A 2Q55A 1IZEA 1GNNA 5P6ZA 4Y5EA 2QI7A 5P8QA 4ZPGA 3UPJA 5P6YA 4RCEA 3PBZA 1XL2A 5P3RA 1META 5P7KA 5P6HA 5P8BA 2B7ZA 5P7OA 3S7MA 3B7VA 4FCOA 5OZ1A 1A9MA 1RV7A 2ZHTA 3OGQA 4PZWA 5DQ1A 4ER1E 3OY4A 3D1XA 3KMYA 5OZ4A 2V0ZC 5P12A 4Y4WA 1IBQA 2F3KA 2PH6A 5P5NA 2V16C 5P36A 3OUCA 2IRZA 2XFJA 5OZXA 5OYRA 5P19A 3BXSA 3CIDA 2VA7A 2ZHUA 1FKNA 2QK5A 3INDA 3EM3A 2AZBA 1SH9A 3PB5A 5P78A 1SIPA 3VG1A 3NU6A 2V10C 2IDWA 4QGIA 4ZPEA 2IEOA 5P7GA 2G1YA 3HLOA 2NMYA 3GGXA 5P4IA 3TOGA 1HSGA 3PSUA 5P6CA 4Y3ZA 3INEA 4EPJA 5P37A 2Q63A 2G21A 5T4SA 4J1EA 1XN2A 3EM4A 4I0GA 1B6JA 4Y3AA 1BDRA 5P72A 2FNSA 5P5MA 5P0CA 4QJ6A 3QRVA 1LF3A 4Y3FA 3LHGA 5P2FA 1K6CA 2WEAA 1HVSA 3RTHA 5P16A 1YTHA 3APPA 4H3FA 5OZCA 3KF0A 1LZQA 3OOTA 1EC2A 3OXCA 5P1IA 4YOAA 1XDHA 3LPIA 3D3TA 4Y50A 1SGUA 5P51A 3WZ6A 5KR2A 4WY1A 5J25A 5C9FA 5AHBA 4NPTA 4OBDA 4B78A 5KR0A 1D4IA 3CMSA 5COPA 4A4QA 1AZ5A 5P5DA 2H6TA 4YHQA 1W5YA 1KJ7A 5UPJA 1W50A 4FIVA 2V11C 2VJ9A 3SQFA 4DQHA 3KDBA 2AOFA 5OZFA 5P89A 3IN3A 5P7QA 4E43A 1BXOA 4A6CA 3PBDA 1ZTZA 2OHQA 5P0TA 3FIVA 2J9JB 4OC6A 4F75A 3SA4A 4H3IA 1SMRA 2HPEA 2HB3A 1GNOA 5KAOA 1RNEA 5P4ZA 1TCWA 5P8LA 5P5ZA 5P85A 4RVXA 5SY3A 5P2MA 5P3NA 5P1KA 4Y5MA 3T7PA 4L1AA 5OZ3A 5AH8A 4CMSA 4HVPA 5P5XA 5OYVA 3T7XA 3LZUA 1HWRA 5P0HA 3OK9A 4L7HA 5P82A 2ER9E 5P34A 5P01A 3KYRA 5P7IA 4AZYA 4B70A 4Q1NA 4B77A 6FIVA 2Q15A 4FGXA 5P57A 4Z2ZA 1WKRA 3OUAA 1NPAA 2VIZA 5P1WA 5OZQA 3S85A 4Y4XA 3KFRA 1DPJA 5P3KA 4JOOA 2FGUA 4EP2A 5SY2A 3GGAA 3PCZA 4DJYA 3OU4B 3UFNA 3VUCA 3EL1A 3OHHA 1ODWA 5P42A 1APWE 2JJIA 1VIJA 2I1AA 1HPVA 3BUFA 1GVTA 2NPHA 3UDRA 5OZ8A 4WTUA 5P09A 3JW2A 3S43B 2I0AA 5KQFA 5P4RA 4GJ5A 5P3JA 3OADA 1FFFC 4YCYA 2QNQA 3AUPA 3R2FA 4ER2E 1HXWA 4L7GA 1BDLA 3VV8A 5OZMA 3OTYA 4EHCA 3NWQA 3SKGA 5KOQA 5P8MA 1IZDA 3VFBA 1FIVA 1FQXA 5OZRA 4NJSA 1IZHA 3SABA 4Y5AA 3SKFA 1D4HA 1FMBA 1HIHA 3QS1A 2A4FA 4D88A 1J71A 4X7IA 5OZZA 2BPWA 5OZUA 2AOGA 5P23A 4Y4BA 5P7RA 4Y57A 4Y3RA 5DQ5A 4Y3HA 4J17A 2G1OA 4RYGA 5P8HA 4TRZA 2FNTA 3VV7A 3O9GA 2QI5A 3VFAA 1MEUA 1ER8E 4Y54A 4PYVA 4AUCA 1SDTA 5P2YA 4JPCA 5PEPA 3EXOA 3NU9A 3FNSA 3O9EA 4GJ9A 5DGWA 4Y3SA 3TKGA 2AOJA 5P1RA 4APEA 1G35A 4Y4EA 4HDBA 5P7VA 5P0OA 3PVKA 1M43A 5HE5A 1LV1A 3HAUA 4LBTA 1DMPA 3QAAA 2O4LA 2HS1A 3MSJA 5P8NA 1BV7A 4Y4JA 3PSYA 5P56A 4XKXA 3OU1A 2FLEA 2FXEA 5P6PA 2FDPA 4D89A 3MWSA 3QN8A 5P5AA 2QMFA 2P3AA 3TPRA 5P8KA 5P22A 2J9KA 5P65A 4J5JA 1BWAA 1TQFA 2QCIA 4HDPA 4I11A 2NXMA 3OQAA 3VSWA 1SBGA 3SM2A 1RPIA 5F00A 2OHTA 5P5FA 3SA7A 5P3ZA 4Y4DA 3ZKSA 4QLHA 4DV9A 5P1CA 1BIMA 2WHHA 2F3FA 5P1EA 3OXXA 2XFIA 2WKZA 2HB2A 3ZPTA 5P3FA 5P6RA 5P6EA 1UPJA 3UTLA 1UH7A 2B8VA 1PSAA 5OZAA 4PEPA 5P6OA 3HAWA 5P5UA 4GJCA 2F3EA 5ISKA 3ER3E 4PHVA 5P6AA 1M4HA 3LIYA 7HVPA 4TVHA 4YCTA 5E5KA 4Y37A 5P0FA 4ZEAA 4XX3A 4Q5MA 4DQFA 5P10A 4K8SA 5P4MA 4DI2A 2JXRA 4J0ZA 3T3CA 5P3DA 5P6VA 4Y58A 5P28A 3FKTA 1T6EX 3LIVA 2Z54A 2IL2A 3K5DA 1XE6A 2FDDA 4J0YA 1B6KA 5IVQA 5OYZA 2ZJNA 5P5BA 3EKYA 2B7FA 5COKA 5OYSA 3TPLA 2V12C 5P67A 5P2OA 1A8KA 5P3BA 1T6GA 3A2OA 4EQJA 4R92A 4I0DA 5JG1A 2O4SA 4Y5LA 5OZDA 2IS0A 5HCOA 5P7HA 5P4QA 3PWWA 4Z22A 5HCTA 1K6PA 3GW5A 1ZPKA 3L5BA 5P0AA 2QU2A 2OHMA 1UH9A 5P1LA 2WL0A 5CONA 4K9HA 1EPOE 3L5DA 1HVHA 1A30A 1WBMA 1SDVA 3BUHA 3UDYA 3SA3A 3VYEA 1KJ4A 1PPKE 5P0XA 2PSUA 1YTIA 1PSOE 2AVSA 4EWOA 3VCMA 3L38A 5OZEA 4D85A 4Y3DA 2R38A 4YOBA 4MC2A 4I8ZA 4J1CA 1MESA 4NJUA 2QD6A 5P7JA 4FM8A 4I0EA 3S56A 3TOHA 4GJDA 4Y5KA 3QBFA 5P5IA 3B80A 5P6JA 1AIDA 1KJFA 1ODXA 1LYBA 2ZJMA 4OBKA 3UHLA 2WEZA 3WB5A 3CICA 3EKVA 1D4SA 3KM4A 4CPUA 2BPXA 3S7LA 1K6TA 3O9IA 3TPPA 3OAGB 3LPKA 4OBFA 1W6HA 5P0GA 3PWMA 5P20A 5P8UA 3ZPSA 5P6IA 5DQCA 1SGZA 2WEDA 5OZNA 2NR6A 5P70A 4I0FA 5P1VA 5P5CA 3T11A 2ZJJA 4Z50A 5P5GA 4NJVA 5C9DA 4ZPFA 1Z8CA 2VS2A 5P06A 1E81E 2OF0A 2QI0A 1AJVA 5P3EA 1VIKA 4DJXA 1EBZA 4DJVA 5P0IA 3CKRA 1FQ7A 3IVIA 3PMYA 5P0QA 5P50A 5P4UA 3FV3A 4EYRA 2B60A 5OZLA 5P3XA 1FQ4A 3KMXA 4Y48A 5IVSA 2PQZA 5OZYA 1M0BA 1DAZC 2I0DA 3K5GA 3UQUA 1FGCC 3CIBA 3RSXA 2BBBA 2QI1A 2QMPA 2I4WA 1HVRA 5P1BA 1HTGA 3KFSA 3UDQA 2VIEA 1HOSA 2V00A 4U7VA 5I3WA 1XL5A 5P46A 1FG8C 3OWNA 5IVRA 3MSKA 3PRSA 4TRWA 3PLDA 5P2QA 2AQUA 3FX5A 2Q11A 3BC4A 3DUYA 3R1GB 1QRPE 3H0BA 3KFNA 4Y51A 3Q6YA 4FLGA 5B18A 3APRE 2AVOA 3O99A 2HB4A 5P5PA 4ZE6A 4XXSA 2QD8A 5P5LA 5AHCA 3IXJA 5P5WA 5P53A 1LYAB 2QI3A 1XS7D 3CKTA 4GYEA 3R0WA 1BV9A 4I10A 1T7IA 3JVYA 4H3JA 4DFGA 2NMZA 2HC0A 4JPEA 5P86A 5P49A 5P7DA 4AMTA 2I4UA 4J1FA 2QP8A 3DK1A 2QHYA 1HIIA 2AOHA 2QD7A 3UF3A 1YX9A 3O9DA 4NKKA 3SAAA 2B8LA 1ZAPA 2RSPA 5P38A 1W6IA 4N00A 5ISJA 1F34A 3R0YA 3IA9A 5ER2E 5P79A 2VIYA 4Y9WA 3ZLQA 5P6LA 2BJUA 5P41A 3LIZA 5SXNA 1B5FA 1MERA 5P4SA 5OZIA 1KJHA 1FFIC 5P0NA 5P7WA 5P2VA 3RVIA 5IS4A 1HEFE 4EJKA 2XYEA 5DQ4A 5P3HA 1HVIA 2I4DA 4CPTA 4RRSA 5P4WA 3OOZA 6APRE 1IDAA 1KZKA 3OXWA 5OZKA 5P5TA 4LAPA 3S45A 5HU1A 4Q1YA 5P6WA 3D1YA 1K2BA 1IIQA 1FG6C 5P0PA 4PPHA 5P4NA 4B00A 2AZ9A 5OZBA 3VLAA 4OD9B 3I7EA 2G26A 2PWRA 1MT9A 1IZIA 5P7AA 1B6MA 2Z4OA 2QNNA 1BXQA 2P3CA 2IGYA 1DP5A 3NUJA 2P4JA 5P8DA 2Q54A 5P4KA 5BRYA 1YTJA 5DQ2A 3TNEA 4KUPA 3IXOA 3ZMGA 5P27A 5P26A 1QBRA 3L58A 1E80E 4EJ8A 5OZOA 4ZSQA 5P69A 4B1DA 5OYYA 2PYMA 1OHRA 3I25A 2ZE1A 5OZ7A 3WSJA 4Y3QA 4B72A 4NPUA 3LPJA 1D4LA 5P3GA 3MSLA 1EC3A 3EKTA 5P75A 5P1TA 4DQEA 3UFLA 2QZWA 3SM1A 2B42A 2WJOA 1IVPA 3SACA 6UPJA 2I4QA 5P33A 4CPQA 1EEDP 4Y3LA 5P7YA 4FRIA 2WF1A 5P1QA 5P30A 5HE7A 1PPLE 4J55A 2HAHA 1LF4A 4Y4AA 2ER0E 1FQ8A 1NPWA 1A94A 3NDUA 1U8GA 3VF7A 4Y5NA 4EJDA 1XE5A 4Y3YA 5P05A 5P1HA 5P8SA 5P04A 2I4XA 4H1EA 3G72A 4RYCA 4YE3A 5P18A 5P4BA 1QBUA 1K6VA 1SMEA 3HVPA 3UDNA 5P1YA 2BPVA 5P1ZA 3URIA 1QBTA 1GNMA 2NXLA 2PC0A 3S54A 5P8OA 1MRWA 4A6BA 3TTPA 2XFKA 5P0MA 5P6BA 3R4BA 3TH9A 1B6PA 5P3LA 4RVIA 3ECGA 3L5FA 5P76A 4U7QA 4L6BA 2VA6A 3NDWA 2BKSA 5KQXA 5P45A 1ZLFA 5P80A 3UQRA 3SLZA 3LZVA 1LF2A 3LZSA 1G6LA 4X2LA 5HDXA 1FEJC 2FGVA 3BHEA 2F8GA 4FL8A 4Y3NA 5DR3A 3BGBA 2Q3KA 5P2ZA 2FMBA 4I8WA 4MC9A 3UDJA 1E5OE 1MPPA 2ER7E 3I6OA 4DUSA 3EBZA 3IAWA 1AJXA 5P2TA 2PK5A 3PM4A 5OZ5A 5P1DA 4FRJA 1ZPAA 2P3BB 4Y4TA 2Q5KA 4HEGA 4DJWA 2J9JA 5P2NA 3O9LB 3OQFA 5P68A 5P32A 2RKGA 3LINA 3VV6A 1JLDA 3K5FA 1GVXA 3BVBA 5KQYA 5P4VA 3EMYA 5P74A 3IXKA 2R9BA 3NU3A 4Y3PA 1MT8A 1EPQE 2ZHSA 1EBWA 3U71A 5P8JA 5FIVA 4F76A 2V13A 3UDKA 4CPSA 1EBYA 1FQ5A 3HZCA 4Y5GA 4RGHA 5P1FA 4GJ8A 3IN4A 5DR7A 5I3XA 3GI4A 4QJ9A 4R91A 3MXEA 3BXRA 2G1RA 4JECA 3D1ZA 4Y5CA 1SP5A 3I8WA 3L5CA 3FSMA 5P3TA 2PSGA 2PYNA 4M8XA 4LC7A 3OHFA 3INFA 5P5HA 1EPNE 5CLMA 4DJOA 2G24A 3PWRA 2ZJHA 5P6GA 1EC0A 4Y3XA 2FXDA 3O9CA 5P3UA 1MTBA 1A8GA 5P44A 4RRNA 5ER1E 5P3AA 1ME6A 4ER4E 3F9QA 5P6FA 5P11A 1BVGA 9HVPA 5P0LA 3VYDA 3EL5A 4Y41A 5P5QA 3M9FA 4KE0A 3K5CA 3OU4A 4OBZB 3RSVA 2R5PA 2R5QA 3G6ZA 3TLHA 1D4KA 3WZ7A 3HDKA 5P43A 1FMUA 5P3SA 3GGUA 1DW6C 3KN0A 5P2LA 1LYWB 3EC0A 4D8CA 3DV5A 5P7PA 3S43A 1YT9A 3EL9A 1FB7A 5DR4A 2QU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ7 A;  4OBG A;  5P4H A;  1GVU A;  3L3A A;  4FM6 A;  1LYW A;  5P4C A;  2HM1 A;  1D4Y A;  2AVM A;  5P1M A;  1MSM A;  4HDF A;  4TVG A;  5P8C A;  4Y5P A;  4CPW A;  4GZF A;  1ZJ7 A;  3N3I A;  5I70 A;  5P0R A;  4Y43 A;  2AOI A;  3UQW A;  3L5E A;  1APT E;  4YD5 A;  1TCX A;  5P5J A;  5COO A;  5P3Y A;  1E82 E;  3FNU A;  5P0B A;  1HSI A;  1CMS A;  1IDB A;  4XX4 A;  1B5F B;  2QZX A;  3KFP A;  3PMU A;  2P83 A;  5P5S A;  5HDZ A;  2AZC A;  5P1X A;  5OZ0 A;  2ER6 E;  2AZ8 A;  3URJ A;  5AH7 A;  4J54 A;  4QJA A;  3EKW A;  2BPY A;  2RMP A;  1K1U A;  3OTS A;  4GJ6 A;  4BEK A;  2AOC A;  2CEM A;  5P8E A;  3O9A A;  4YA8 A;  4Y44 A;  2IEN A;  4Y38 A;  4FAF A;  1FMX A;  3OUD A;  3EL4 A;  5KR8 A;  5P5O A;  5P7T A;  4YD3 A;  2NXD A;  4RLD A;  5P7C A;  5P52 A;  2Q55 A;  1IZE A;  1GNN A;  5P6Z A;  4Y5E A;  2QI7 A;  5P8Q A;  4ZPG A;  3UPJ A;  5P6Y A;  4RCE A;  3PBZ A;  1XL2 A;  5P3R A;  1MET A;  5P7K A;  5P6H A;  5P8B A;  2B7Z A;  5P7O A;  3S7M A;  3B7V A;  4FCO A;  5OZ1 A;  1A9M A;  1RV7 A;  2ZHT A;  3OGQ A;  4PZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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