5P02A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 49
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p02A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p02A01
2G1SA 5P7OA 4TRZA 5P79A 5P4PA 2B60A 3IN3A 3VLAA 2NMZA 5P5UA 2BPXA 1B6LA 5CLMA 1FMBA 2A4FA 5P4MA 5IVTA 4MC9A 2EWYA 4HZTA 2ANLA 3LHGA 3NU6A 2P83A 1YX9A 1HIHA 4H3IA 5P8AA 4RCEA 1Z1RA 3O9GA 2J9KA 1LV1A 3K4VA 2Q15A 1XL5A 5P29A 4APEA 3DCRA 4IVTA 4F76A 5P4QA 3DV5A 4I0DA 1HIVA 1W5XA 5KR2A 6APRE 3TLHA 2QI5A 3O9IA 5P5TA 3IXOA 2PSUA 2R38A 3L5CA 5P12A 3O9BA 4H3GA 1TSUA 2VA5A 1VIKA 4XX4A 3WSJA 3OQKA 5ENKA 4R91A 5F00A 5OYTA 5P0CA 1M4HA 5P1GA 1NPVA 4ZSPA 5P1EA 1M43A 4J0PA 5P2YA 1EC1A 5OZLA 5P5CA 4A4QA 4OD9B 3KFSA 2NMYA 4Y43A 2R8NA 3H0BA 2O4NA 4OBFA 3BGCA 5P50A 5OZHA 5P8VA 4BEKA 5HDXA 3EM4A 5P88A 4OBZB 4MC2A 3T7QA 5P8PA 5P6MA 2AZBA 1EBZA 4HA5A 2ZHSA 1FQ6A 2UXZA 5P5GA 2WEBA 5P28A 2R43A 5P4EA 5P6BA 2FDPA 5P7JA 1BAIA 2PSVA 4CPWA 1HVHA 4Y3MA 3G72A 5ISJA 4CP7A 4Y3LA 3ZKIA 1YTGA 5P4SA 5P7VA 3ZLQA 4Q1YA 3I6OA 2R3TA 1YTJA 2AIDA 4MC1A 3OU1A 3UFNA 4YOBA 3D3TA 1XS7D 5AH7A 3PWRA 5KR8A 2BPZA 3VLBA 5AHBA 5P0QA 5P24A 5P58A 2VA6A 2WF1A 5P04A 3URLA 1DP5A 1G6LA 5P1UA 5P3XA 4Y4EA 4YD4A 3I25A 2ZHRA 5P81A 2P3AA 4JOOA 5P5IA 1M0BA 5P4UA 3MSKA 2G1RA 5P8QA 2WF4A 5IS4A 1FB7A 2CEMA 5P2MA 3SA8A 3IA9A 3TL9A 2Q64A 5P3SA 3EBZA 1LYAB 1A9MA 5P3MA 5JFPA 3QBFA 3KFPA 4GYEA 4Y45A 5P8OA 5OYRA 3EM3A 1EPME 2QK5A 1FQXA 3Q6YA 5P1ZA 2B8VA 3BHEA 3S56A 3S2OA 1BDQA 3L5FA 3NYGA 2HS1A 1B5FA 1LS5A 1XE6A 4J0YA 3EC0A 1BVEA 1FG6C 2ZYEA 3KMYA 4Y4TA 5P3IA 4DH6A 5P70A 5P0EA 7UPJA 5P0IA 4RYCA 3FNUA 4H1EA 2QU3A 4H3FA 5P8LA 1SH9A 4Y50A 3PGIA 5P7GA 4Z50A 3TPLA 2FDDA 4R92A 3EKYA 3U6AA 1FGCC 1IZIA 5P10A 3ZKNA 1HVCA 5P1AA 5P01A 1YM2A 5P6TA 3O9CA 3UDMA 4QJAA 5UPJA 3VYEA 4Y37A 4DQHA 3UFLA 3K1WA 5KQFA 5P3GA 3INEA 2ZHVA 5P4FA 1EBKC 5P2DA 5P59A 4CPUA 2IGYA 3KFNA 4QJ8A 3RTHA 4YOAA 5P3OA 4YE3A 4CKUA 4RRSA 3TPJA 3VF3A 2ZJNA 5OZIA 2VJ7A 5P2XA 5P2SA 1FLHA 1MT7A 5DR7A 1FMUA 3NUJA 3HZCA 4LP9A 4Y3SA 4EJDA 2PH6A 4EP2A 3DJKA 4NJUA 4Y51A 5DGUA 2OHUA 1ZAPA 3OK9A 4DQCA 3KT2A 3S8IA 1HVJA 2P3BA 4RLDA 1A8KA 4Y36A 2PH8A 2AOIA 2ZJHA 4J0VA 1TW7A 3O9LB 3NXNA 4TRWA 5P5ZA 3HVGA 3PVKA 5P1WA 2AVOA 4FAEA 3Q4BA 2WECA 1LF3A 3JW2A 1IZDA 4OBKA 4QJ7A 5P1XA 3SABA 1HVSA 4LXAA 3K5GA 4R93A 3TPRA 3ZKQA 1HWRA 5P4ZA 5P0RA 5P34A 3SA3A 2VKMA 4OD9A 5P2GA 2ZDZA 5P73A 5P09A 3BUHA 1RPIA 3GW5A 3BXSA 4R5NA 4FS4A 1LYBB 3FX5A 3ZPUA 2AOEA 5OYQA 1IDAA 3S53A 5P84A 1MSNA 4DJRA 2BQVA 3LITA 3L38A 5CONA 2QU2A 1BWAA 5KQYA 2Z4OA 3WZ8A 2ZHUA 2ZGAA 5P5QA 5OYWA 4LXMA 5P5HA 3MWSA 1HVRA 1PSNA 3PLDA 5P23A 1Z1HA 3URIA 5SY2A 3OUCA 4Y5EA 1GNNA 1MIQA 1DMPA 5E5JA 4CPQA 2QP8A 2I4UA 5P0GA 3CYWA 1T7KA 3GI0A 1BV9A 3OU4B 1DIFA 1K6VA 1QDMA 1WKRA 5P6SA 3UTLA 3OQ7A 3R1GB 2XFKA 5B18A 5P5DA 4F74A 5P19A 2AOJA 4FRJA 1IVPA 2HIZA 3ST5A 1HOSA 2QNPA 5OZDA 1ODYA 4EQJA 2AQUA 5JFUA 5OZMA 3PJ6A 2H6TA 3SO9A 2J9JB 3JVYA 5P6LA 5HCOA 5AGZA 1AVFA 5P69A 5HTZA 5OZWA 1Q9PA 1ME6A 5P0MA 1FKNA 2F8GA 1HPSA 5P4LA 4OBGA 3LPKA 4Y53A 1ZJ7A 1W51A 2G27A 2BPVA 5P0WA 5OZ9A 3UPJA 3QVCA 2JJIA 5AHAA 1J71A 4J0TA 3U71A 1F7AA 8HVPA 2F3KA 5P51A 3INFA 4CPTA 3RSVA 2PK6A 4B72A 3OUBA 5TOLA 1EEDP 1QBUA 2NXMA 3O9FA 2PWRA 5P7YA 3M9FA 3BRAA 3ZMGA 5P8BA 1RNEA 2WL0A 5P8HA 1B6KA 4DJYA 5C9BA 4PZWA 4IVSA 2O4LA 2FMBA 5OZTA 5DR3A 3CKPA 4MC6A 4GJ9A 5P8RA 4YBIA 4ACXA 2ZJKA 5P4XA 2JXRA 3EKXA 4PZXA 3INDA 5P86A 1PROA 3R2FA 1EC2A 4I0EA 5P0OA 4Y6MA 5COOA 2G26A 3IXKA 1FQ5A 1BDRA 3QS1A 4GJCA 3LINA 5P3WA 3UQWA 3EKPA 5P7ZA 2AZ8A 5P0DA 1FQ7A 3B80A 4L7HA 3U7SA 4B1DA 2Q11A 5P26A 4BELA 4A6CA 3HAWA 4PEPA 5KOQA 2FGUA 5OYVA 2F81A 5I70A 5P7QA 3HD8A 1D4JA 2R3WA 3L58A 1GVXA 5P5BA 4Y5CA 2V0ZC 3LZSA 1GVWA 3BUFA 5P1DA 4Y48A 1MESA 3VG1A 2PK5A 2AODA 3QRMA 3TOHA 5OZ8A 2QD8A 5P64A 3IGBA 4RCDA 4DUSA 5P03A 3Q3TA 5P6WA 2QMDA 5P77A 1E82E 1ODXA 5P6PA 2VJ9A 3BVBA 4ER4E 4J1FA 3S54A 1K6CA 3VFAA 4EJ8A 1SGZA 1BDLA 1D4LA 3QVIA 2RSPA 5OZBA 4ZSQA 5P68A 5P32A 5P7EA 5P6VA 3BVAA 1MERA 2XYEA 4HLAA 5P2AA 5P5EA 1UPJA 3N3IA 2OHRA 3CYXA 3QPJA 5P7PA 2RMPA 4L7GA 4B1EA 3HDKA 2QMPA 2IS0A 3Q70A 4RVXA 4OC6A 5P8EA 5P80A 4FGXA 1LYWA 5P44A 2CENA 3KF0A 5P76A 5P16A 4DJPA 1DPJA 4NJVA 1SBGA 4RRNA 5P0BA 5P1CA 2IKOA 3LIQA 3MXEA 5P3ZA 3QRVA 4RVIA 1E81E 4Z22A 1SMEA 1HRNA 3K5CA 3OU4A 2Z54A 5P07A 5P6UA 1FEJC 5DQ1A 2HB2A 5P33A 4Y4AA 4QJ6A 2OHKA 3RVIA 3OUAA 4DQGA 4B1CA 1HVIA 1W6IA 2AVSA 1TQFA 5HU1A 2QI3A 4YD5A 3NDTA 2VIJA 4OBHA 5P3VA 3ER5E 5OZXA 1RV7A 3LNKA 5P8KA 3SAAA 4D8CA 2FNTA 5P0ZA 4Y47A 4Y3AA 3DK1A 5P1YA 5P49A 5P6QA 5OZPA 4J54A 3SKFA 3INHA 1OEWA 5P0FA 4FL8A 3CICA 5P1IA 1RQ9A 2FXDA 3NDXA 5P2WA 5P31A 5P57A 5P7XA 3ZPSA 3OOTA 1HVLA 4Y9WA 5DQ5A 1EPNE 1NPAA 5P1OA 3F9QA 3SQFA 1C6XA 3VEUA 4EXGA 5P30A 5I3XA 4Y3WA 1TCXA 4GJAA 3VYDA 5P4TA 1HSIA 3PSUA 5P0UA 5OZQA 5P5PA 5AHCA 5P4OA 3B7VA 4K4QA 1FQ4A 1HTRB 4ER1E 1IZHA 5AH9A 4HDFA 4QLHA 2OHLA 5P3JA 4Y5MA 2G1NA 5P4YA 4ACUA 1GVUA 4KE1A 5P7NA 5P0HA 5OZUA 5P3DA 3LIZA 1IBQA 3BC4A 1ER8E 4LL3A 1EBYA 1EPRE 2P3DA 5P7AA 2VS2A 5P61A 3OADB 3OHHA 1K2BA 4Y3RA 5P7KA 2QD7A 1KJHA 1LEEA 1BV7A 3NLSA 3ZL7A 3OU3A 4I8WA 5P6DA 4FSLA 4ZIPA 3KT5A 4Q1XA 5OZ4A 3FNTA 1HSGA 3OXCA 3OXVA 3QROA 1SDVA 3HLOA 5P4NA 5F01A 5P3PA 3O9HA 3UQRA 3DV1A 1MPPA 5AH6A 4J1KA 2B7ZA 1WBMA 4D89A 5P06A 3K5DA 3IVHA 5P2NA 2A1EA 3KM4A 3PRSA 4S1GA 1T3RA 5DQ2A 3CIBA 5P6ZA 2AZ9A 4NKKA 5OZGA 5P2OA 4XKXA 5OYYA 4F75A 5DR0A 1D4YA 3IXJA 3VUCA 2G1OA 5P0YA 1FG8C 1HTFA 5P8SA 5P1NA 3ZKXA 5SZ9A 4Y5AA 4J1EA 3HVPA 4RZ1A 5BS4A 5P56A 4FRKA 3VF5A 1EAGA 3AIDA 1ODWA 5P8DA 1W50A 1DAZC 5P6AA 4I0ZA 2IGXA 4Y3XA 3OQAA 4JP9A 5P5LA 3LZYA 1A94A 5OZKA 1W5WA 2VA7A 4HVPA 1C6YA 2QMGA 2QNQA 2ER7E 3OAGA 5P1FA 1MTRA 2QI6A 3EKTA 9HVPA 4DVFA 3OY4A 5P3UA 5OZAA 1D4SA 2VIEA 1HIIA 2QZKA 3RTNA 4DJQA 5P37A 4Y5BA 2HC0A 3NU4A 2I4XA 5P1BA 4UPJA 5P8UA 3T7XA 3L5BA 2JJJA 1IIQA 1YTHA 3K4VC 3UQPA 3OUDB 5P43A 5JODA 4J1IA 5P5SA 1AIDA 1HSHA 4CPSA 4M8YA 2FDEA 5T4SA 2ER6E 3GI4A 2VIZA 2RKFA 2VIYA 3VSWA 2QHZA 3NSHA 4FLGA 3NU9A 3SA7A 1BIMA 5P8NA 2Q63A 1NSOA 3UDKA 3WZ6A 1K6PA 5P1LA 4YDFA 1C6ZA 1GVVA 3KMXA 5J25A 4DQFA 1T7JA 5P4WA 1Z8CA 5P8CA 2JYSA 2FNSA 3O9DA 5P2RA 3CKRA 3SFCA 5OZYA 5P4RA 4Y54A 5C9FA 5AH8A 1HEFE 3GGUA 5P3HA 5BRYA 1JLDA 2VNMA 2ZJMA 3EM6A 4B78A 4Y4XA 3SPKA 5EZXA 3UDRA 2ER9E 2F3EA 4ZSRA 4Y4BA 1XL2A 4Y58A 5P3CA 2Q54A 1GVTA 4Y3DA 1AAQA 2IKUA 2V11C 2G24A 3EKVA 5P15A 4PYVA 3I7EA 5HDZA 2NNPA 4HE9A 4EHCA 5P3KA 5P8FA 2OAHA 3EL9A 3UQUA 5DGWA 3ZKGA 4OBZA 5P8MA 3EXOA 4FM6A 3DOXA 3UDNA 1FFIC 5P4GA 3O9AA 4K4PA 5OZVA 1ZTZA 4NJSA 4Y5PA 4Y3YA 5P3NA 5P3FA 3NUOA 3ECGA 5P40A 1T6GA 5P1JA 2UPJA 5P5FA 3PMYA 4F73A 2QHYA 3OTSA 4DJOA 3QN8A 1W5VA 1G2KA 4YBFA 4J17A 1C70A 2QD6A 4JPEA 3EL5A 3MSLA 3LIVA 1BWBA 5P5RA 3D1XA 2ZHTA 3TNEA 4HEGA 5P3BA 5P54A 3PMUA 4OBDA 5P5WA 1D4HA 4D83A 5SY3A 5P2FA 5P6JA 4Y39A 1XN2A 5P78A 2QI7A 2NR6A 4Q5MA 4D85A 4X2LA 3PBZA 5P25A 3S85A 1A8GA 2Q3KA 4ZLSA 2OHNA 1OEXA 1UH7A 3I8WA 3S7LA 3QBHA 1KJ7A 1FMXA 4A6BA 1EPQE 4COEA 1LYAA 1KJGA 3OHFA 4DQEA 1FF0C 1PSOE 4LC7A 4Y5NA 5P87A 4NJTA 5P2BA 5P7LA 3TKWA 4HDPA 3BUGA 3RU1A 4YCTA 3IVIA 3PI5A 3PEPA 2IENA 1B6JA 3D20A 2QMFA 3C9XA 5P63A 4KUPA 2ZJJA 4HDBA 2NPHA 3PSYA 2ASIA 2AVQA 4EPJA 4YCKA 5P1VA 4DFGA 5P00A 2FLEA 4B77A 5OZOA 5P5VA 3SM1A 3LIYA 4Y3ZA 5OZFA 4J0ZA 2ER0E 1YG9A 1MT9A 4FM7A 2I4WA 3Q5HA 5P5XA 5P0SA 5P4KA 3CKTA 2V12C 5P8IA 5P08A 5P0AA 5P5AA 2QAKA 6UPJA 5IVRA 1KJFA 4CMSA 4L7JA 1LF4A 1MUIA 4YCYA 5P11A 1ZLFA 3S43B 2O4SA 2OHSA 3T3CA 2BJUA 4Y5KA 4FSEA 5PEPA 2BKSA 3OU1B 3TKGA 5P1MA 1TZSA 5HE5A 4QJ2A 5OZ7A 4FIVA 4BFBA 4AA8A 4K8SA 1XE5A 5BWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1S A;  5P7O A;  4TRZ A;  5P79 A;  5P4P A;  2B60 A;  3IN3 A;  3VLA A;  2NMZ A;  5P5U A;  2BPX A;  1B6L A;  5CLM A;  1FMB A;  2A4F A;  5P4M A;  5IVT A;  4MC9 A;  2EWY A;  4HZT A;  2ANL A;  3LHG A;  3NU6 A;  2P83 A;  1YX9 A;  1HIH A;  4H3I A;  5P8A A;  4RCE A;  1Z1R A;  3O9G A;  2J9K A;  1LV1 A;  3K4V A;  2Q15 A;  1XL5 A;  5P29 A;  4APE A;  3DCR A;  4IVT A;  4F76 A;  5P4Q A;  3DV5 A;  4I0D A;  1HIV A;  1W5X A;  5KR2 A;  6APR E;  3TLH A;  2QI5 A;  3O9I A;  5P5T A;  3IXO A;  2PSU A;  2R38 A;  3L5C A;  5P12 A;  3O9B A;  4H3G A;  1TSU A;  2VA5 A;  1VIK A;  4XX4 A;  3WSJ A;  3OQK A;  5ENK A;  4R91 A;  5F00 A;  5OYT A;  5P0C A;  1M4H A;  5P1G A;  1NPV A;  4ZSP A;  5P1E A;  1M43 A;  4J0P A;  5P2Y A;  1EC1 A;  5OZL A;  5P5C A;  4A4Q A;  4OD9 B;  3KFS A;  2NMY A;  4Y43 A;  2R8N A;  3H0B A;  2O4N A;  4OBF A;  3BGC A;  5P50 A;  5OZH A;  5P8V A;  4BEK A;  5HDX A;  3EM4 A;  5P88 A;  4OBZ B;  4MC2 A;  3T7Q A;  5P8P A;  5P6M A;  2AZB A;  1EBZ A;  4HA5 A;  2ZHS A;  1FQ6 A;  2UXZ A;  5P5G A;  2WEB A;  5P28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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