5P04A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 51
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p04A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p04A01
5P7WA 3OGPA 2AOIA 3UQXA 5P75A 2CEJA 3GI6A 5P7KA 3ZPUA 5P7IA 1BWAA 2ZJLA 5P3DA 1PFZA 1FIVA 1IZDA 1B5FA 4JPCA 3MSJA 5P4ZA 4DV9A 4Y5KA 4TVHA 4Y5AA 2BKSA 2ZJJA 3S2OA 1W51A 1D4KA 5P1DA 3IA9A 5DR4A 2VA7A 1K1UA 4PYVA 5P2NA 1KJ7A 3MXDA 4MC1A 4FSEA 5P60A 1D4LA 5P5QA 3SA7A 5P7UA 4RCFA 5P1OA 2I4VA 3EMYA 3ZKNA 1DP5A 5DGWA 1MPPA 5P77A 4Y43A 5P0KA 5AHAA 3FKTA 5P1RA 5COKA 3LZUA 1FFIC 2A1EA 3RSXA 5P08A 2I4DA 4NKKA 5P3RA 4Y3DA 5P53A 1G2KA 3KDDA 4J0TA 4Y3XA 5OZBA 4APRE 2BB9A 5P6PA 4D85A 4DJXA 2QK5A 3S56A 4HVPA 5OZPA 1IDAA 2JXRA 5P5BA 3ZOVA 2IEOA 3UFNA 4L7JA 5P64A 4GIDA 3OADA 2OHPA 1HPOA 3UDQA 1IZEA 3CIDA 5BRYA 5P1FA 5P8DA 4ZPGA 2QI7A 1VIKA 4FM8A 1XL2A 1AXAA 5P2LA 1EPME 3Q3TA 5P37A 5P6NA 3DV1A 1HHPA 4I11A 4RVIA 2IL2A 1APVE 3L59A 1C6XA 3O9GA 4LBTA 5OZLA 1ODYA 5P4PA 3BXRA 3FX5A 3VSWA 3OQDA 3S43A 2QI5A 5OZEA 5P89A 3ZKIA 5KOQA 3UDMA 4ZPFA 5P7JA 5HE5A 1FB7A 5P6VA 3SQFA 5P79A 5P2UA 3PJ6A 5OYYA 2FNSA 3ZMGA 4HE9A 2QMPA 2OHTA 3KA2A 5P13A 3EM6A 4OBKA 3ZKQA 1HIIA 1MTRA 4I8ZA 3K5CA 4FRKA 3SLZA 3GW5A 2IRZA 2PYNA 3T6IA 2WF0A 3S7MA 1E82E 1BV9A 5IVSA 4LXMA 3EKXA 4H1EA 4Y57A 3WZ7A 5P6TA 2F81A 5P04A 4Y54A 5P2SA 3VCMA 1DAZC 1BVGA 3OUAA 4CPXA 3OQ7A 1HSIA 3HBOA 3O9CA 3GGAA 3OU4B 2FIVA 1FGCC 3TKGA 4DJOA 4L6BA 1HSGA 3SM2A 2ER0E 4KE0A 1HTRB 4Y3GA 1IVQA 5P6XA 3S53A 3H0BA 4PZXA 3UCBA 4EWOA 4Y3YA 3KMYA 2V16C 4AUCA 3URJA 4TRWA 3D1ZA 1IVPA 2QU3A 5OZ9A 5DGUA 2ZJHA 5OZ7A 5I3YA 2ZHSA 5AHCA 2WHHA 1MIQA 1SDTA 3LINA 5P09A 3SA6A 3K5FA 5P7EA 5KQZA 1Z1HA 3R2FA 5HDZA 3K4VC 3QRVA 1HOSA 2AZ8A 3T11A 3QRMA 4HLAA 1ZPKA 2HIZA 4GYEA 4CKUA 3VV7A 3IGBA 5DQ4A 1LZQA 4Y3QA 3KFNA 2V0ZC 1W5XA 3OXWA 5AGZA 2WF3A 5C9DA 5P1NA 5P22A 5OZFA 1LYBB 1PPLE 5OZUA 5P0MA 1HPSA 1K6VA 1MRXA 2IGXA 1K2CA 5P3PA 5P82A 3GGVA 5P8AA 1NSOA 2O4SA 5P4FA 4Y5BA 2J9JB 5P24A 5P59A 4K9HA 5P7XA 1EC0A 5P4EA 4Y53A 3VF7A 3DCKA 5P14A 2G21A 4XX4A 3SFCA 4RYGA 3ZKGA 3NWQA 2FDEA 4K4PA 3OHHA 4Q1XA 3I7EA 2PQZA 3T7XA 3U6AA 5P87A 4GJ7A 2R3TA 5P78A 5P5HA 4HEGA 1MUIA 5P30A 3F9QA 3PCZA 4EXHA 3O99A 3QBFA 1QBRA 2F3KA 3NU9A 3UDKA 4Y3TA 3GI5A 5P32A 4Q1WA 1HTFA 1LF3A 2IQGA 4R5NA 5P28A 3RTNA 2R5QA 3PSYA 5P1GA 1HWRA 2VIJA 3L5FA 4Y3RA 3LZSA 3TL9A 3AUPA 5P2TA 1K2BA 4YCTA 1BDRA 3DM6A 5P68A 5HU1A 3RTHA 2FXDA 1BWBA 5OZ1A 3Q5HA 1D4SA 1K6PA 2AVVA 3IN3A 3OU1B 2I0AA 2UY0A 4CPSA 3NDUA 2FLEA 1B6JA 1SMEA 4Y3SA 5P7BA 5P0AA 1HEFE 3EBZA 3VSXA 4NJVA 3UF3A 2G94A 3PMYA 3OXXA 1BDQA 1IIQA 1XE6A 5KR8A 1ZPAA 1AJVA 1OEWA 1FG8C 5P4VA 1SBGA 1EC3A 5OZ4A 4LL3A 5P8PA 1YG9A 4DJQA 4J1EA 2O4PA 3OHFA 5P4WA 4FM6A 3PLLA 5P0RA 3CKTA 1SDVA 1EBWA 2BPXA 3HD8A 5P44A 3MSLA 4MC9A 1EC2A 2P3CA 4Y4AA 2WF1A 3VEUA 4Y3ZA 4CPQA 3OU4A 3SA8A 3OUDB 5P3LA 3OU3A 2WEAA 5P4RA 4Z22A 3KDCA 5P47A 3PI0A 5P7TA 1T7JA 1BIMA 4J1IA 5P5TA 5SXNA 2VJ9A 5TOLA 2P3BA 4QJ2A 4YCKA 3UDJA 4QJ6A 5P2CA 2ZHRA 1META 5OZOA 2QHZA 2R8NA 5P0CA 5P2WA 5P65A 6UPJA 1QDMA 3NDWA 1BBSA 3WZ8A 3EM4A 4OBFA 4RCDA 4H3JA 2PWRA 4COEA 3QBHA 1HVHA 5P5YA 5KQXA 5P8CA 1FQ6A 2VIEA 3NU3A 5P3OA 5P3IA 5P2DA 2ZHVA 5P62A 3QN8A 4F76A 4TRZA 5P84A 3KFSA 5P5WA 2G27A 4Y4ZA 4YOBA 3BXSA 1EPRE 2G1OA 4R93A 4RVXA 2ZJMA 2XFKA 4OBZA 5P5OA 1YTJA 3JVYA 4EJDA 3LIZA 1SIVA 4OC6B 5OZWA 5P2HA 4KE1A 4DVFA 3G72A 4J0YA 2HB2A 2QZLA 5P5KA 5P5PA 1FQ5A 4JECA 3GI0A 4I0ZA 4FRJA 3KN0A 1EPQE 3ZLQA 1BDLA 2BPZA 3OXCA 5OZCA 3VV6A 5P29A 5KQYA 5DQ5A 3DOXA 1WBMA 2PWCA 1ZLFA 2Q5KA 4XKXA 5HCOA 3NXEA 4RVJA 5OZHA 4Q1NA 5P81A 5P8KA 4IVTA 2MIPA 1XS7D 1BV7A 5ER2E 5OYQA 5P1KA 3DUYA 4H3GA 5P8VA 5OZ6A 4CPRA 1T6EX 4GJ5A 3IVHA 2BBBA 3LZVA 2QD8A 3VYEA 5P0XA 1AM5A 2I1AA 5DR1A 2G22A 4YHQA 3OAGA 4RZ1A 5P46A 5P16A 3QAAA 1QRPE 2AZ9A 4R92A 3OY4A 3VYFA 3NDXA 5P0JA 3SKGA 3UQPA 4LXKA 1RV7A 5P6QA 4HDBA 1HPVA 2AVQA 4ZSPA 3OU1A 3CKRA 2UPJA 4DJWA 2Q55A 3ER3E 3CMSA 4LXAA 1GNNA 4A6BA 1UPJA 1E81E 5P0EA 5P3HA 2B7FA 3L58A 1AAQA 5P8NA 5OYXA 1PSOE 5OZGA 3TPJA 2FGUA 3L3AA 2NMYA 2R38A 1XDHA 3KDBA 1D4HA 5P20A 3EM3A 1BXQA 3BVAA 4Y44A 4HDFA 5P4UA 2RMPA 3HLOA 5I3XA 3PMUA 5JG1A 5P6OA 3EKWA 5C9FA 2VA5A 5P23A 5P7VA 1HXWA 1K6TA 3QPJA 1C70A 3M9FA 4PZWA 9HVPA 4ZSRA 3L5BA 3SO9A 3OUDA 3LIVA 1HVIA 2XFJA 1NPWA 5HDXA 1D4JA 4EYRA 2G24A 5OZTA 3R4BA 4Y48A 3VUCA 5AH7A 5P27A 1OHRA 1ZSRA 2F3FA 5OYSA 3TTPA 3O9AA 5P3AA 2I4UA 1J71A 5IVTA 2QD7A 4AA8A 3LPJA 2OHKA 5B18A 5P1ZA 3HVGA 3QI1A 1GNOA 3LPKA 2QI4A 2J9KA 5P36A 5E5KA 3IVIA 5P7ZA 4Y3HA 1JLDA 2ZHUA 3D3TA 4OBDA 5P19A 2FGVA 5HU0A 2FDDA 4Y3JA 2ANLA 1T6GA 3RSVA 1OEXA 5P3NA 5P5DA 5DQCA 3R0YA 3D1YA 3GGXA 5OYVA 5JODA 5P2GA 4I0FA 4Y50A 1YTIA 3UTLA 3L5DA 5P6IA 1EPPE 4GB2A 3TKWA 2FDPA 5OZNA 5P6AA 4OC6A 2OHLA 5P2XA 4J17A 1MT9A 2AOHA 3JVWA 5P3XA 4QJ7A 1QS8A 5P52A 3BUGA 3INFA 3CIBA 5P4IA 3EL1A 4Y47A 3BRAA 3ECGA 1YTHA 4D89A 3PBZA 1A94A 2OHRA 5P5AA 5KOSA 1HEGE 5P1VA 4CP7A 4DQHA 5P17A 1EBKC 2QI3A 3DK1A 5P7PA 4RRNA 1ZAPA 5P0FA 4PPHA 2F3EA 4FE6A 2HPFA 4RYCA 5P6CA 5P61A 3QP0A 2OHSA 4B0QA 1TSUA 1ZJ7A 2PH8A 5P8RA 4DJUA 5T4SA 3QVCA 4JOOA 5P3YA 5P6FA 5P8EA 5IS4A 5P8BA 5P12A 3WB4A 3PRSA 3VLBA 1BILA 3BUHA 5P5RA 4DJPA 2G1YA 1K6CA 2P3BB 5P48A 4OBHA 1EC1A 3BC4A 3UFLA 2AQUA 2AVMA 4K4RA 1ER8E 2AIDA 3BVBA 1SP5A 4Y56A 4J0ZA 4DH6A 4GJ6A 5P0BA 2NXDA 4Y3MA 2ZYEA 3QIHA 2XYFA 3T7QA 5P5FA 3PCWA 2P83A 1LYAA 4Y38A 4D8CA 4GJ9A 4FRSA 5P71A 3NU6A 4Y58A 4I0IA 2NR6A 2RKFA 3CYWA 4JPEA 3TOGA 2ZJNA 4Q1YA 3APPA 2HS1A 5P6ZA 3TPPA 3U7SA 5P1TA 2H6TA 2Q11A 2QI0A 1TCWA 3TLHA 2ZJIA 4NJSA 4OBZB 2QD6A 5P1HA 1QBUA 5DR7A 4FGXA 5HD0A 4NPUA 1HBVA 3EL0A 3KF0A 4ER2E 3GGUA 2AOCA 4NJUA 5P0HA 2PC0A 2P8HA 5ISJA 1YM2A 3HVPA 1FEJC 4YBFA 5P38A 5P66A 1IDBA 3SABA 4I1CA 5P2VA 2AZCA 5P6BA 4Y6MA 4F73A 3IXKA 3KFRA 1RPIA 5JFUA 1FQXA 4Y45A 2VS2A 1WBKA 1DPJA 1ZBGA 2V12C 4YD7A 3FNTA 1XN3A 2QZKA 4KUPA 4EJ8A 3VF5A 3O9IA 5IVRA 5P7NA 4QJAA 3OTYA 4A6CA 5HVPA 4I0JA 5P7MA 5P6LA 3TOFA 3PVKA 5P4YA 1FF0C 2UXZA 5OZJA 4QJ8A 4Y41A 3SKFA 1HSHA 4J5JA 1W6IA 5COPA 1RQ9A 2F8GA 4K4QA 2QAKA 1YTGA 1KZKA 1YM4A 3OAGB 4GMIA 5SZ9A 5P8QA 4ER1E 8HVPA 1ZTZA 5P6EA 3VFAA 5P5MA 5P69A 4OBJA 2APRA 2HS2A 5P8HA 1PROA 5P4NA 3ST5A 1HPXA 3UHLA 4B70A 5P7SA 3LITA 2QCIA 4Y5NA 5OYUA 5OZAA 5P4DA 3SA9A 5P7FA 2G1RA 2B8VA 2IKOA 4NJTA 4GZFA 1HRNA 2JE4A 5ISKA 3LIQA 4BFDA 1SIPA 2NNKA 3K1WA 5P74A 1TW7A 5P2IA 5P2OA 1ODXA 1HVJA 3UPJA 1KJ4A 5P1JA 5HE4A 2RKGA 5P8MA 5P8UA 3SACA 2IS0A 1AIDA 1LF2A 1MEUA 2ZJKA 5P5NA 5P02A 1W6HA 4RRSA 1MSNA 1HVRA 4YBIA 5P33A 4PHVA 3K5GA 4FL8A 5P3JA 4EJLA 2NNPA 4DQEA 3KT5A 5DQ2A 3OQAA 5P7LA 5P8JA 1BXOA 2O4LA 3SM1A 2AOFA 5P50A 1B11A 4LAPA 5P0DA 1FQ8A 1B6LA 2I4WA 3UDRA 5FIVA 1GVVA 3T3CA 3SA3A 3EL4A 1KJGA 5P6JA 4ZSQA 5P2RA 2BKTA 5AH8A 5P45A 5P4GA 3R1GB 4DQCA 7UPJA 4MC6A 4DJRA 1PSAA 3EC0A 1A8KA 4JP9A 1ODWA 2PYMA 3UQWA 2ER6E 3INEA 4ACUA 2ZDZA 2OAHA 4Y51A 2BJUA 2XYEA 1FFFC 3URLA 5P4XA 2O40A 5P2AA 4BELA 2G1NA 3R0WA 3QVIA 3IAWA 2HB3A 5OZXA 3EKYA 5AH9A 2VJ7A 2CEMA 4H3IA 4CPUA 4ZE6A 5P0SA 5P7RA 2G69A 4ZIPA 4AA9A 1EPLE 2QU2A 4R95A 2VNMA 4IVSA 5P0YA 3SPKA 5P18A 5CONA 1EPOE 4AMTA 2PK5A 4DQBA 2PK6A 5OZZA 3VV8A 2RENA 3BGBA 3MXEA 2QNQA 1FMUA 2JJIA 1PPKE 4DPIA 1AJXA 1MTBA 5CLMA 5P5EA 4DI2A 1OD1A 1IZHA 5P2FA 4OD9A 3VF3A 4Y35A 5P1LA 5P40A 5P1IA 5P3EA 1PPME 3FNUA 5P3CA 5COOA 3UQUA 4U8WA 5P4SA 4YD6A 1D4YA 3OK9A 4B05A 4J1KA 4Y5CA 3NDTA 4J1FA 1AZ5A 3L5CA 1APWE 5HE7A 3KFPA 5P35A 5P80A 4B1EA 2QZWA 2ASIA 4EQ0A 3I2LA 3DJKA 4J1CA 3OOZA 2PSVA 7HVPA 4Y4JA 6APRE 4GJAA 4Y3PA 5P2KA 5P1AA 4YDGA 1B6PA 1HIVA 3TH9A 4YOAA 5OYTA 2VA6A 2IGYA 3H5BA 4Y3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7W A;  3OGP A;  2AOI A;  3UQX A;  5P75 A;  2CEJ A;  3GI6 A;  5P7K A;  3ZPU A;  5P7I A;  1BWA A;  2ZJL A;  5P3D A;  1PFZ A;  1FIV A;  1IZD A;  1B5F A;  4JPC A;  3MSJ A;  5P4Z A;  4DV9 A;  4Y5K A;  4TVH A;  4Y5A A;  2BKS A;  2ZJJ A;  3S2O A;  1W51 A;  1D4K A;  5P1D A;  3IA9 A;  5DR4 A;  2VA7 A;  1K1U A;  4PYV A;  5P2N A;  1KJ7 A;  3MXD A;  4MC1 A;  4FSE A;  5P60 A;  1D4L A;  5P5Q A;  3SA7 A;  5P7U A;  4RCF A;  5P1O A;  2I4V A;  3EMY A;  3ZKN A;  1DP5 A;  5DGW A;  1MPP A;  5P77 A;  4Y43 A;  5P0K A;  5AHA A;  3FKT A;  5P1R A;  5COK A;  3LZU A;  1FFI C;  2A1E A;  3RSX A;  5P08 A;  2I4D A;  4NKK A;  5P3R A;  4Y3D A;  5P53 A;  1G2K A;  3KDD A;  4J0T A;  4Y3X A;  5OZB A;  4APR E;  2BB9 A;  5P6P A;  4D85 A;  4DJX A;  2QK5 A;  3S56 A;  4HVP A;  5OZP A;  1IDA A;  2JXR A;  5P5B A;  3ZOV A;  2IEO A;  3UFN A;  4L7J A;  5P64 A;  4GID A;  3OAD A;  2OHP A;  1HPO A;  3UDQ A;  1IZE A;  3CID A;  5BRY A;  5P1F A;  5P8D A;  4ZPG A;  2QI7 A;  1VIK A;  4FM8 A;  1XL2 A;  1AXA A;  5P2L A;  1EPM E;  3Q3T A;  5P37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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