5P06A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 53
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p06A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p06A01
5HE7A 4DQFA 3LIZA 1MUIA 3O99A 5OZQA 5P4NA 4RCDA 5KOSA 5P2BA 4I0HA 4CPWA 1HEFE 1M0BA 5P6PA 3IVIA 1C70A 3HAUA 2B8LA 1B6KA 5OZ5A 1K1UA 1ZSFA 4R93A 3LZYA 3GI0A 3KMXA 4EQJA 5DR8A 1HTRB 5P4TA 3UDYA 1MPPA 4Y3NA 5ENKA 4Y39A 3NUJA 2I0DA 1D4KA 5OZAA 5P84A 3TOGA 3RTNA 2QI1A 1YTJA 4I10A 5P8VA 3QIHA 2WEAA 3VLAA 1DW6C 4NPUA 2QZKA 2P3BB 5P5YA 4YCKA 1IZDA 1HWRA 3INFA 3SA9A 5P39A 3PWWA 1SH9A 5P72A 3SO9A 4DJPA 4I0ZA 4PYVA 1CMSA 4Y45A 3EKWA 4AA8A 3A2OA 3LINA 5P62A 4JPCA 5P6EA 3O9LB 1K1TA 1K2CA 3FX5A 5P71A 5OYXA 2ZGAA 5P0UA 5P1PA 6APRE 3ZPSA 1G0VA 4Y3WA 3UDHA 3I2LA 2O4SA 5OZDA 2AZ9A 5HDZA 5DPZA 5HDVA 2NXDA 3S43B 2ZJKA 2IENA 2IRZA 1FFFC 4WY6A 3K1WA 5OYTA 2R8NA 4DJRA 2I4QA 3EKQA 4DI2A 5P14A 5P04A 4B0QA 2J9JA 5KQXA 1ODYA 1QS8A 4S1GA 2NPHA 4FIVA 2OHUA 4Y41A 1NPWA 4YHQA 1BAIA 5OZTA 3UDNA 5P49A 2F3KA 4L7HA 5EZXA 5OZIA 2APRA 2PWCA 3DJKA 4KB9A 3VG1A 5CLMA 5P69A 5ISKA 2QK5A 3GI5A 1PPKE 3UDMA 4DJQA 2BPWA 2ASIA 4QJ8A 3CKPA 1MERA 3LZVA 5P22A 4B05A 5P3UA 5P8RA 3RTMA 4EQ0A 5P3BA 5P2FA 3HLOA 5P47A 4Y36A 2FDEA 4CPQA 3UQXA 3TKGA 4ZE6A 4HEGA 4OBGA 4GIDA 5P88A 4A6BA 3LHGA 1XL2A 2V0ZC 4LAPA 3D1YA 4RROA 2XFIA 2I0AA 4RYCA 4PZWA 1YTIA 1SGUA 2OHRA 4N00A 5P0MA 3QVIA 4GJBA 2AZBA 3TPRA 3RSXA 3K4VC 3B80A 3SKFA 1LYBB 1MESA 1BIMA 2G94A 5P1XA 4NKKA 4RLDA 3S7MA 2OHTA 5P3GA 5SY3A 3OUDB 4ZEAA 4K9HA 5P0NA 1LF4A 4LXAA 8HVPA 3H5BA 4NPTA 4LHHA 4Y5CA 5P1NA 1FKNA 5P1HA 5P5BA 2I4DA 5I3YA 2P8HA 5P55A 1EPRE 3EL5A 3JVWA 4I0GA 3VV8A 5BS4A 3OHFA 1IZIA 5COOA 5OZWA 1OHRA 3L59A 3F9QA 1FG6C 2PC0A 4R91A 4DJYA 5P89A 5OYVA 5UPJA 3D1XA 5P45A 3TKWA 5B18A 2QD7A 1AIDA 4EJ8A 5P09A 3ZMGA 5P76A 1W50A 4HZTA 5P2MA 5P80A 3OY4A 5P4EA 3GGUA 4FRSA 5P17A 3PSGA 3O9AA 4DJOA 1HVLA 5P8TA 4YOBA 3GGAA 5P4QA 5P6HA 5P6RA 5IVTA 3R0YA 5P5DA 5P3RA 3IXKA 3OTYA 3EL9A 4BELA 5KOQA 1GVWA 2VNNA 3DCKA 5OZ6A 4Y5AA 3SPKA 4YD7A 1D4HA 3QP0A 5P8KA 4HDPA 2FNTA 5DR4A 5P3XA 3INHA 5PEPA 4TVGA 3URJA 1W5WA 5P0KA 4ZSQA 1PSOE 1YT9A 4Y5NA 4J0YA 1PFZA 1IVQA 1GKTA 4DQEA 1YM4A 3KDBA 3TLHA 2IQGA 1PPLE 3OUAA 3UDPA 5P73A 5I3XA 3WB4A 4Y3AA 4DJVA 4B77A 5P2UA 2QZWA 4FSEA 1LEEA 5P5QA 1BXQA 3EKPA 3VV6A 2PMAA 4D83A 3ST5A 3OQKA 1YX9A 2ZJJA 2Q64A 1GNNA 3OXWA 3OU4B 2WF0A 4QLHA 4LP9A 3KDCA 3R1GB 5P7QA 2PSUA 5P8AA 3VYDA 5P3SA 3PI0A 1NH0A 3EMYA 3EM6A 5P5AA 3PWMA 4FM6A 4TRZA 3DUYA 1B5FA 4OC6A 3KFSA 1FFIC 5P0AA 2VNMA 4RCFA 3HBOA 5ENMA 1BDLA 1NPAA 5P0PA 2QNQA 4RCEA 5BRYA 5P3ZA 2IEOA 1GVTA 1IDAA 5P0EA 3EBZA 1MVPA 2PK5A 4ZIPA 5OYSA 3VFBA 5P12A 2AVMA 4OBHA 4F74A 4Y44A 4KE0A 4Y3MA 5OZPA 3KFRA 2ZJHA 5OZ2A 4FSLA 3R4BA 2HAHA 5DQ2A 2V12C 5P5RA 3SQFA 4Y37A 4Y3LA 5P0VA 3JW2A 3INDA 5P4FA 3S2OA 2VJ7A 4GJAA 1EBKC 3LIVA 2FIVA 4Y3JA 5HU0A 2Q3KA 2F81A 5P4JA 5P5SA 5P5IA 5P00A 2NNPA 3KMYA 1HIVA 3PWRA 3BUGA 5P8FA 4QJ7A 4IVTA 5P0TA 3MSKA 1KJ4A 5P10A 3FIVA 3SM1A 2ZYEA 5P1BA 5COKA 1F34A 1HVCA 1QRPE 4I8WA 2VIJA 5KQYA 1AAQA 5P6SA 4LXMA 3WB5A 3RVIA 3KFNA 5P34A 1YG9A 3JVYA 4Y3PA 4OBZA 4I11A 2O40A 1SDVA 4D85A 5P28A 3OAGB 2VA6A 1A8KA 5P05A 4OBDA 4M8YA 5OZBA 4M8XA 1MT7A 4YDGA 3KM4A 2AZ8A 2NTRA 5P1LA 2G24A 1HVHA 2OHLA 5P6LA 4Y50A 4RYGA 5OZMA 2AOHA 3ZKSA 5P8EA 3T6IA 4H3IA 2A4FA 1SMEA 1G6LA 5P77A 4Y58A 2JJIA 4GZFA 4MC1A 1DPJA 2G22A 4U8WA 5P0XA 2V10C 4Y6MA 4Y5PA 3EXOA 3QS1A 4Y4XA 1PPME 1EC2A 1FEJC 1MTRA 4Y54A 4F75A 2RENA 1MT9A 1ZLFA 5P6BA 2OHNA 2IKUA 2QCIA 4Y43A 5SY2A 3OTSA 3MSLA 3UQRA 3TH9A 5APRE 1HSIA 1B6MA 3BXSA 5OZJA 2VKMA 5DGUA 2HPEA 1MTBA 3L5FA 3O9GA 5P8UA 5P4BA 3OADA 2SAMA 3C9XA 3DOXA 3SACA 2WF4A 4EHCA 5P1GA 4RVJA 5DQCA 3UHLA 5P87A 3D1ZA 3Q70A 3TL9A 5P1DA 1PROA 4QGIA 4Y4BA 5P7SA 4I12A 2NNKA 1TCXA 2O4PA 3SA6A 5I70A 3S54A 3EM3A 5P6OA 3NR6A 5DQ1A 5P4DA 3EKTA 4GJ8A 2BPYA 4I0EA 5P7WA 2IKOA 4GYEA 5OZRA 5P1OA 5OYZA 3OU3A 3Q5HA 4I0IA 2ER9E 4DQHA 5P1QA 4DPIA 2AIDA 4DJXA 3ZKQA 3S56A 3CYXA 5P4GA 5P5JA 2OHQA 4YD4A 5HU1A 5P0WA 5P0HA 1IZHA 4ACUA 1FQ7A 2G26A 3MWSA 1ZTZA 3OQFA 5P64A 5P7MA 4LL3A 3BHEA 3R2FA 4QJ9A 3GI6A 3SA5A 2G21A 2P3BA 1HPVA 1TCWA 4Y5BA 5P4PA 1KZKA 1EPPE 5I3WA 3PSYA 3DCRA 3DV1A 3OQ7A 5OYQA 3SAAA 5P1MA 1OD1A 3VV7A 3O9LA 3PGIA 5DR1A 4Y57A 4L7JA 4U7VA 4RGHA 2J9KA 3CICA 1K6VA 3FV3A 4K4PA 5AGZA 5P7PA 5P8CA 3PBDA 2Q15A 2G27A 4Z2ZA 2WL0A 2QD8A 1FLHA 4FM7A 3S43A 3KFPA 1T6EX 1HVSA 2HPFA 2AODA 2QI3A 1K2BA 3KDDA 1MRXA 3LIYA 5P3LA 2FDPA 5HDXA 5P2DA 4H3GA 5COPA 3SA3A 5BWYA 2IS0A 5IVSA 4EP2A 3ZKIA 1FMUA 2QHCA 5P30A 2NMZA 5P7DA 5P8IA 2I1AA 2Q55A 3KF0A 3G72A 4ER4E 5P4UA 3T11A 3QRMA 5P81A 5P2KA 5P1RA 1QBUA 3PSUA 2VJ6A 5P4MA 5P6XA 1WBKA 2ZHSA 2R5QA 5P43A 4J0VA 5HD0A 3U71A 3WZ8A 4OBJA 1B6PA 3FKTA 1EBWA 5P6ZA 4RVXA 1MSNA 5P06A 3S7LA 5P2SA 3SM2A 4FS4A 4GJ5A 5P3KA 3VEUA 5P6DA 5E5JA 5OZUA 3DK1A 5P3MA 3BGCA 2ZJIA 1FQ6A 1RNEA 3BUHA 3HZCA 4AZYA 5JFPA 1XN3A 4Y56A 2P3CA 5P1TA 3L58A 3NSHA 3I8WA 3NDWA 5P6KA 3GW5A 5P7AA 2AVVA 5P5NA 1EPQE 5P11A 5KQFA 3VF7A 3NU6A 3HD8A 1LV1A 2BPVA 4ER2E 1RQ9A 4K4QA 1T6GA 1META 5OZOA 4BEKA 5P4HA 2AOFA 5P2HA 3RU1A 4Y3HA 5P32A 4Y4WA 5P50A 2HIZA 5P7KA 3ZL7A 1FIVA 1LF2A 5P02A 4OBKA 2Q5KA 5P03A 4Y3TA 5P82A 5ER1E 5P2IA 1BWBA 3OUDA 1FQ4A 5P48A 5P6WA 3CKTA 3I25A 4OBFA 4QJ6A 4ZSRA 2PK6A 2FMBA 1ZSRA 5P3YA 2RMPA 5P5CA 4CPSA 1UH9A 1EPOE 1KJFA 2AZCA 1D4IA 1HXWA 4K4RA 4HDFA 1ZPAA 5P79A 3PJ6A 2O4LA 1APWE 3SA8A 1DIFA 5IS4A 4YBFA 5P5MA 3APRE 1XN2A 3DM6A 3OQAA 7UPJA 4LXKA 1OEXA 1SP5A 3BGBA 5P8BA 2IL2A 2F3FA 4I8ZA 2XFKA 3OOTA 1AJVA 4DVFA 3RSVA 4J54A 2VS2A 5P5LA 5P7NA 5JG1A 3NXEA 4Y35A 5P74A 5HTZA 2R38A 5OZLA 4A6CA 2QNPA 3INEA 5P68A 3UQUA 3WZ6A 4PPHA 2RSPA 4RRNA 3LIQA 5P13A 5P4LA 3SA4A 4ZPFA 4AMTA 4Q1XA 5P8GA 2QAKA 1W5VA 4PEPA 4GJ9A 4J1EA 2G1OA 5P4XA 3NWXA 5P2JA 3KT2A 1IZEA 5KAOA 4XX3A 1FQXA 3EL0A 5P56A 2ER6E 1A8GA 5P4SA 1M4HA 4I0JA 3VFAA 1E81E 3MSJA 1BWAA 2VA7A 2BB9A 3VYEA 2RKGA 4RVIA 3FNUA 5P0FA 5P1EA 3T7XA 5OZCA 1RL8A 3KT5A 1ENTE 1XL5A 5P7RA 3PB5A 4DQGA 4L1AA 1IVPA 3PLLA 4FE6A 1TW7A 2QMFA 3NXNA 1OEWA 1RPIA 3APPA 1EC0A 2QHYA 5KR8A 2Z54A 5P2XA 3OU4A 4CPRA 4Z22A 2XYFA 4Y9WA 5P6IA 4OD9A 5P1WA 1SBGA 1MEUA 5P51A 5AH7A 5P3CA 4ZPEA 3UDJA 1FF0C 4F73A 3S8IA 5P0DA 3QBFA 3IAWA 4K8SA 4Y4UA 5P0JA 5HCTA 3GGVA 5P54A 1MSMA 1GVUA 4J1KA 3T7PA 2PYMA 3CKRA 2OHKA 5P40A 4Y3GA 2ZHTA 1EBYA 5P4VA 3U6AA 3UDRA 3NDUA 5P1KA 3EL1A 5HE5A 2ZJMA 3Q6YA 5C9FA 5P6CA 5OZ8A 4AUCA 3AIDA 1D4SA 1IBQA 4FRJA 3OU1B 4J0ZA 5F00A 1EC1A 1G35A 3TTPA 1UH8A 4ACXA 5P6FA 1C6XA 1ODXA 6FIVA 3KYRA 4J0PA 4L6BA 2FGVA 3NDTA 5P0ZA 1YTGA 1B5FB 5P2EA 4GJDA 5P8OA 1Q9PA 5F01A 1W6IA 4EJDA 2G1YA 4FRIA 4X2LA 3UCBA 4FLGA 3UFLA 3PMUA 4R5NA 2FGUA 1AJXA 2G1NA 1A9MA 1APTE 1KJHA 4Y4JA 5JFUA 1LYWB 5P6TA 5P0SA 1FGCC 3N3IA 5P26A 1LYAA 4CPTA 5P7ZA 2PH6A 3EM4A 4PHVA 2QU3A 4HE9A 3NU9A 3WSJA 3SABA 3CIBA 1HVIA 1BBSA 3HAWA 2QMDA 4Y5EA 5P65A 4DJUA 1EC3A 2HC0A 5P1IA 3EKYA 5P7OA 2WEDA 1Z1HA 3QAAA 2AOJA 2I4VA 5OYRA 4COEA 7HVPA 4YA8A 5OZSA 3ZPTA 1CPIA 3OAGA 4FGXA 3ZLQA 3NYGA 5P5HA 2JXRA 4CPXA 2PSVA 4H3JA 3HDKA 3UFNA 3D20A 3BC4A 2HB3A 5P7UA 3VUCA 4DQCA 4EJLA 3O9CA 5P23A 3VSXA 1J71A 5P2ZA 4B78A 4YBIA 5P53A 1HRNA 4Y51A 4YD5A 2ZHUA 2Q54A 5P01A 5P60A 4BFDA 5OYYA 5OZ1A 3OUCA 3URIA 3L5DA 1ZJ7A 2PSGA 2P3DA 4U7QA 1HXBA 3FNSA 2OF0A 1CZIE 2G69A 5TOLA 1BDQA 4X7IA 5P3FA 2HS2A 2QZXA 5KR0A 3UQPA 4HDBA 1MRWA 1T3RA 2PQZA 2O4NA 3MXDA 2QI5A 2WHHA 4Y3ZA 5P3IA 3UDKA 4B70A 1KJ7A 1XS7D 3DV5A 2IDWA 2AVQA 4D89A 3CYWA 5P7XA 5P58A 5P1CA 2XYEA 2V00A 3LIXA 4ZSPA 5P2GA 2V11C 5OZXA 3UQWA 5P15A 5OZ3A 4CP7A 1HPOA 1EPLE 1PSAA 3T7QA 4I1CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE7 A;  4DQF A;  3LIZ A;  1MUI A;  3O99 A;  5OZQ A;  5P4N A;  4RCD A;  5KOS A;  5P2B A;  4I0H A;  4CPW A;  1HEF E;  1M0B A;  5P6P A;  3IVI A;  1C70 A;  3HAU A;  2B8L A;  1B6K A;  5OZ5 A;  1K1U A;  1ZSF A;  4R93 A;  3LZY A;  3GI0 A;  3KMX A;  4EQJ A;  5DR8 A;  1HTR B;  5P4T A;  3UDY A;  1MPP A;  4Y3N A;  5ENK A;  4Y39 A;  3NUJ A;  2I0D A;  1D4K A;  5OZA A;  5P84 A;  3TOG A;  3RTN A;  2QI1 A;  1YTJ A;  4I10 A;  5P8V A;  3QIH A;  2WEA A;  3VLA A;  1DW6 C;  4NPU A;  2QZK A;  2P3B B;  5P5Y A;  4YCK A;  1IZD A;  1HWR A;  3INF A;  3SA9 A;  5P39 A;  3PWW A;  1SH9 A;  5P72 A;  3SO9 A;  4DJP A;  4I0Z A;  4PYV A;  1CMS A;  4Y45 A;  3EKW A;  4AA8 A;  3A2O A;  3LIN A;  5P62 A;  4JPC A;  5P6E A;  3O9L B;  1K1T A;  1K2C A;  3FX5 A;  5P71 A;  5OYX A;  2ZGA A;  5P0U A;  5P1P A;  6APR E;  3ZPS A;  1G0V A;  4Y3W A;  3UDH A;  3I2L A;  2O4S A;  5OZD A;  2AZ9 A;  5HDZ A;  5DPZ A;  5HDV A;  2NXD A;  3S43 B;  2ZJK A;  2IEN A;  2IRZ A;  1FFF C;  4WY6 A;  3K1W A;  5OYT A;  2R8N A;  4DJR A;  2I4Q A;  3EKQ A;  4DI2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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