5P08A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 55
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p08A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p08A01
5DR0A 1FFFC 4NJVA 3OOTA 5P8MA 3LINA 5P7XA 5P85A 3TKWA 4K8SA 1PPLE 5P1OA 5P6HA 1FEJC 5OZJA 5P1VA 2AVOA 3R1GB 4Y4XA 4K9HA 4Y5CA 5ISJA 1OEWA 5P27A 3EC0A 5P4XA 5P36A 1HBVA 2PQZA 5JFUA 4DJOA 1A8GA 2FGUA 3L5DA 4CPUA 1XL5A 2IL2A 5P0UA 1DIFA 2BPXA 3DUYA 5P0ZA 1E81E 2Z4OA 5P2JA 4Y5NA 4DJWA 1HPXA 1ZPKA 1META 5P73A 3OHFA 3OGQA 4BFBA 4DFGA 5IVQA 3ZKMA 1LF2A 4Y5AA 1YTIA 1K6PA 1OEXA 4D83A 3HD8A 5P2FA 5HE4A 5P23A 3QIHA 2G1YA 5P0SA 5OZ6A 1HIHA 4EJDA 4R95A 4CMSA 5P4CA 5OZHA 4RYGA 3EMYA 2G94A 5I70A 5P8DA 2QMPA 4B77A 1ENTE 4QJAA 3BUGA 5P8SA 4EHCA 4DQGA 2CENA 2P4JA 4OBKA 3SA5A 5P7PA 4QJ6A 3L3AA 1ODWA 1D4IA 1HVKA 3R0WA 1SDVA 1FMBA 1GNNA 4GJDA 2A1EA 2VNNA 1VIJA 5P8AA 4H3FA 5P7RA 2P3DA 3HVGA 4YCKA 3APPA 1GVWA 2I0AA 5P0OA 5P50A 1QRPE 3OGPA 4ER1E 4I0EA 3LIVA 2WEZA 3OADA 3IGBA 1XE5A 1IBQA 5I3YA 2QD8A 1ZAPA 3AIDA 1F34A 5P58A 2AZ9A 5P01A 3NUJA 1C70A 4KUPA 5J25A 1Q9PA 5P1EA 5ENMA 5OZIA 5P6CA 3S53A 2NMYA 5P31A 3QVIA 1UH9A 3OU1B 4JPEA 3S7MA 4CPTA 5P7AA 2I4UA 5P0XA 4OD9B 5P6PA 5P4ZA 5KAOA 3Q4BA 5C9BA 4EPJA 4LXMA 4GMIA 2MIPA 4Y58A 5P8TA 3RSXA 2ZYEA 4RCDA 3ZKIA 2J9KA 4ZE6A 2F3KA 2FMBA 4J55A 3EBZA 1DW6C 1XDHA 2AVQA 1M43A 2ZJIA 1W50A 1LYBB 4DJPA 3EKVA 3QRSA 4Y3WA 4U7VA 1B6KA 4QLHA 1A9MA 4FRSA 3UQPA 2OAHA 1W5WA 3SA9A 4R5NA 5P1KA 1TSUA 2ZJLA 3OTYA 2P3CA 2ZHRA 4Y3SA 3SKGA 5P3OA 4L6BA 5P3GA 1HEGE 5P70A 1GVTA 5P7MA 1WBMA 4X2LA 1LZQA 1HOSA 5OYUA 3OY4A 2V16C 2G1NA 3NU5A 1IVQA 4I0JA 5P53A 4CPQA 4Y4UA 3TOGA 2NNPA 5P2KA 1PSNA 2HS1A 3DV5A 4FGXA 5OZSA 2VIEA 3FNUA 5P1YA 5UPJA 3TH9A 3UDMA 5P7NA 4DJVA 3OQAA 4BEKA 2HIZA 4XKXA 5HCOA 5OZVA 1AJVA 5P75A 4J17A 3I25A 1CMSA 5P3HA 4APEA 1MRXA 4XXSA 4Y3QA 3MXEA 3OTSA 5P5XA 2FXEA 3VCMA 1E5OE 1K1TA 4FE6A 2FS4A 2IKUA 2FXDA 2QI3A 3D1ZA 3OAGB 5P4PA 4OBZB 5P1DA 4Y4GA 4Y6MA 4NJSA 3EKQA 3LHGA 3PHVA 5P26A 2ZJHA 2NMZA 5SZ9A 2QMDA 4YD6A 3QBHA 4Q5MA 3O9LB 5P5TA 1T7KA 4ZSRA 5P6QA 3INHA 2IGYA 3KFPA 5P3EA 3URIA 2XYFA 4Y5BA 5EZZA 3ER5E 1EC2A 3PB5A 1IZIA 4HDPA 5P03A 5JG1A 3VSXA 4DJQA 3VSWA 5P3FA 1C6ZA 5P4RA 3OXCA 3NWQA 3S2OA 5AH8A 1QBSA 2P3BB 1T7IA 3BUFA 3RU1A 2OHQA 5P5BA 3OU1A 4MC6A 3LZYA 4I0GA 5P2QA 1EPOE 5P5EA 4EJKA 1FG6C 2WL0A 4Y4WA 4LP9A 4RLDA 1XL2A 3ST5A 5P7JA 3R0YA 5OYVA 1MRWA 1DAZC 3SPKA 2XFJA 4Y3GA 1YM4A 2QNNA 1B5FB 5P4YA 4E43A 1IZHA 1HEFE 1FB7A 5P71A 4CPRA 4NKKA 3CKPA 1GKTA 3FV3A 1APTE 1MEUA 2H6SA 4YOBA 4YBFA 4X7IA 1LYBA 5P6XA 5P46A 5P3ZA 5P5PA 2ER9E 3ZL7A 4DQCA 3VFAA 4DUSA 5DR3A 5P0HA 4J1KA 3SACA 2WJOA 5P5AA 1GNOA 2XFIA 5P4QA 4OBDA 5P8GA 2IEOA 5OZ9A 1AAQA 2ANLA 1YTGA 1BWBA 2WEBA 1K2BA 5P69A 4I0DA 4YCYA 7HVPA 3LZSA 5OZWA 4Y5PA 2AODA 4Y44A 3S56A 5P8KA 4B1EA 5P8PA 2B8LA 2VJ7A 4NJUA 4ACUA 3HW1A 4J54A 5P4IA 1FFIC 1AXAA 1D4SA 5P4FA 5OYZA 4YE3A 1XN3A 3LIXA 3PMUA 1MUIA 3O9FA 3OU4B 3NU6A 5P6IA 5AHBA 3A2OA 5P6JA 3BXRA 3ZKXA 5P6BA 5P0GA 5P00A 2JE4A 5HE5A 2FNSA 5P5SA 3TOHA 3NYGA 5ENKA 1BV7A 2CEJA 5P77A 3OAGA 5P1JA 4OBZA 2G27A 1YT9A 5P1HA 5P3IA 3WSJA 4TRYA 5P14A 3OWNA 5OYTA 1IDBA 3WZ8A 3LITA 4Z50A 3FX5A 3VV8A 3KYRA 4TVGA 5P10A 3G70A 4Y47A 9HVPA 1KJGA 4FAEA 2BBBA 4GJ6A 5P68A 1B6JA 2RMPA 1FMUA 3OXWA 4Y3DA 3SAAA 5P45A 5P3XA 5P4BA 1UH8A 1SH9A 2I1AA 1HVLA 3MXDA 3UQUA 5P4HA 2P3BA 4UPJA 3GI5A 3L38A 1PFZA 4FAFA 3I8WA 5P8FA 1HWRA 2HS2A 3NXNA 1ODYA 5P6KA 4EXGA 2OHRA 3OUBA 4U7QA 5P3DA 3KMYA 1EC3A 5P7TA 4FRIA 5P3KA 2R5PA 5E5JA 5P5IA 4RGHA 4EJLA 5P25A 1B5FA 5E5KA 5P41A 4CPWA 2BQVA 3BUHA 1HVHA 1ZP8A 2BKSA 1WKRA 2QD7A 4Y45A 3IVHA 4HEGA 4ZLSA 3GW5A 5P2HA 4L7GA 5HTZA 3SA4A 5OZ5A 3LZUA 1TCWA 4I0IA 5P2MA 3DK1A 4HE9A 3VV6A 1FQ8A 1KJFA 5OYWA 1D4JA 2PYNA 5P89A 4F75A 4J0ZA 2O4LA 1W5XA 5P7VA 3B80A 5OZ4A 3UFLA 4DQBA 5AH9A 4XX3A 3F9QA 2IS0A 5P09A 2NPHA 5F01A 6APRE 4GYEA 4YDGA 5P2UA 4R91A 5DR8A 3H5BA 3PBZA 1AZ5A 3D3TA 4K4RA 3IXOA 5OZ2A 2WF4A 3VF7A 2VA5A 1FMXA 4Y43A 5OZEA 5P1BA 3T3CA 1HHPA 1MT7A 4ZPFA 1RV7A 3HAWA 2V00A 5P8IA 4A6BA 3NDXA 3I7EA 2QNQA 1SGZA 3PLLA 5P8OA 5P2IA 5DQ5A 2XYEA 3KF0A 5P3PA 3OU4A 3VF5A 3HDKA 3O9CA 5OYQA 5P6ZA 4Y3TA 3QPJA 3O9GA 1BDRA 5OYRA 1MTBA 3PBDA 3L5EA 5P49A 3R2FA 5KOSA 3GGXA 3NDTA 3KDBA 4WTUA 5OZUA 5P1NA 3Q3TA 1EPNE 5P39A 3WZ7A 5P8NA 5P0MA 4HVPA 5T4SA 3TLHA 3TPRA 2V10C 5OZ3A 4Y4TA 3BRAA 4LL3A 1WBKA 2ZHTA 4LC7A 1EPME 1HSGA 3KFNA 5P1MA 1D4HA 1HTRB 5P8QA 2ER0E 2QZXA 1RNEA 4B05A 3TPPA 4FLGA 2G20A 5P74A 3Q5HA 2VIJA 5KR0A 2O40A 1HPVA 4TVHA 1HVJA 3UF3A 3PWWA 2UY0A 3HBOA 5P54A 5P5MA 4Y37A 5P5CA 1ZLFA 4Y3ZA 1CZIE 4DPIA 1EPPE 2IRZA 4DQEA 1BDQA 3O9EA 2WEDA 2HAHA 4I0HA 3SM1A 3NLSA 1D4KA 2OF0A 5P3QA 5P1IA 4L7JA 3T7QA 3Q6YA 2ZJNA 3VEUA 4L7HA 5P59A 2BPWA 1OD1A 3O9AA 2PYMA 5P4KA 5P2LA 2B7ZA 5DPZA 3PCZA 4Y5LA 5CLMA 1K2CA 5P12A 4Y50A 3U7SA 5HU0A 2V11C 2I4DA 5P34A 2FDPA 3NU3A 2J9JB 4RRSA 4WY6A 5TOLA 1HTFA 1TZSA 5P7EA 2QZKA 4DJYA 5P7WA 5P4WA 2R3WA 5P2XA 5P28A 5P7CA 3ZKQA 3DJKA 3K1WA 3SA3A 4LAPA 2CEMA 5P1AA 3KT2A 1MIQA 3U71A 4J5JA 3RTHA 1AIDA 3CMSA 2I4VA 2BB9A 3O9IA 4DQHA 1EPQE 3UTLA 4GJ8A 5DQ4A 1YTJA 5P0DA 2AVVA 1HPSA 5P6WA 5P1CA 2BJUA 4LXAA 4MC1A 1MTRA 5JFPA 2R43A 5P15A 4OBFA 5DQ2A 5P7IA 2Q15A 1HRNA 5I3WA 3HVPA 3ZPSA 4BELA 5C9FA 4Y3AA 3EL0A 5P6EA 2V0ZC 4Y4DA 3BHEA 3OOZA 2OHKA 2NXDA 4Y4AA 2IQGA 5P24A 1SDTA 3MSJA 5P0LA 5P4UA 3CYWA 5PEPA 3CIBA 3QN8A 1HSHA 4AA9A 3IXJA 4GJ5A 2ZGAA 2QAKA 3TKGA 5IE1A 4RRNA 4B1DA 5OZ8A 5IVTA 5IS4A 5P1XA 1BXOA 1HIVA 3RTNA 3VV7A 3VFBA 5P72A 5ER1E 2VKMA 2G26A 3NU9A 5OZKA 5CONA 2P8HA 4CPXA 2BPVA 2G22A 4NJTA 1APUE 1FKNA 4EQJA 1UPJA 1MPPA 4Z2ZA 3O9HA 2XFKA 3TPJA 1RL8A 2G21A 5JODA 1M0BA 4FS4A 3GI4A 5P32A 3QP0A 5P1UA 4FL8A 5P84A 5KQFA 4J1EA 3D1XA 3FNTA 3PGIA 2VJ9A 1XE6A 2FNTA 5COOA 2OHPA 2HPEA 5P1SA 2G1RA 3BGCA 2QZWA 3GGUA 1KJHA 5P5YA 3VUCA 4EWOA 3S85A 3L5BA 3ZLQA 1AM5A 3DM6A 4J1CA 3FKTA 2ZHUA 3VF3A 3K4VA 5P3UA 1YM2A 3G72A 4MC2A 3AUPA 2QMFA 1U8GA 4Y35A 3EKPA 4Q1NA 5P33A 5P5NA 1W6IA 4M8YA 5AH6A 5P8JA 2QZLA 1HIIA 4Y36A 4Y54A 4GJ9A 3PJ6A 1FIVA 4IVTA 3UDKA 1EC1A 2RKGA 2AOCA 2EWYA 4MC9A 3S8IA 2PSUA 2OHUA 1TQFA 4Q1YA 5P2RA 3APRE 4YD3A 3UDNA 2J9JA 1SGUA 3EKWA 3KA2A 1BAIA 5P55A 2QNPA 5COKA 3LIZA 2FGVA 3EL1A 4RROA 3UHLA 5SXNA 1HSIA 3IXKA 3SQFA 1MT8A 4QGIA 5P63A 4I8ZA 2QHZA 1BDLA 3INEA 5P3YA 3KT5A 4Y3NA 5P02A 5P6MA 5C9DA 3NSHA 5P0NA 3QRVA 4B0QA 1MESA 5KQXA 3L5FA 5P29A 5P40A 4Y5MA 5P1ZA 1N49A 3LPIA 1HVSA 1GNMA 5DGUA 5P1FA 3O9DA 1Z8CA 5P3WA 5P81A 3EKYA 2IGXA 1EPRE 2AIDA 5P76A 4GB2A 5P0EA 1G6LA 1BV9A 3OHHA 1NH0A 3TTPA 3EL9A 1GVXA 4I12A 2B60A 4Y3EA 2VIYA 4Y3JA 5P8BA 5P8RA 5BRYA 4QJ8A 3DV1A 1A94A 4Z4XA 5P3AA 4I8WA 3UQXA 5AH7A 5P4LA 2BPZA 4K4QA 2QHYA 3UDYA 5P0JA 3IN4A 4R92A 3ZKGA 5P4NA 4KE1A 2R5QA 2OHLA 1DP5A 2B42A 5OZNA 1K6VA 4TRWA 4AA8A 5HDUA 5OZAA 5P87A 5P47A 5P4MA 3ZOVA 4L1AB 5HDVA 3SA8A 5HU1A 4J0TA 2WF0A 3PMYA 4Y3FA 4I0FA 2AOHA 5P4JA 4AMTA 1K1UA 1KJ7A 3L59A 2QCIA 1GVVA 5KR2A 3CIDA 5P6OA 3HZCA 1TCXA 5P11A 5P2BA 5P38A 3IN3A 5HDXA 4DJRA 1D4LA 1NSOA 5P2CA 3EM6A 3D20A 4A4QA 2P3AA 5ISKA 3PVKA 1EBWA 3SKFA 2PWCA 3WB4A 3PSUA 4M8XA 5P2YA 5P4SA 3C9XA 2AQUA 2AZCA 5P05A 2HB4A 5P2NA 3UDQA 6FIVA 4GZFA 2WHHA 5P4EA 4Y5EA 1JLDA 3O9BA 4H1EA 4J0YA 2IKOA 3ZKSA 2ASIA 3PRSA 2HB3A 4FRJA 4R8YA 1BWAA 5OZBA 5P7SA 2AOFA 2ZHSA 4GJBA 4Y3XA 4QJ7A 2QI1A 5P61A 5P80A 4FRKA 4EJ8A 4GJCA 3OQDA 1NPWA 5P07A 4F76A 2QU3A 1EC0A 2I4QA 2ZJJA 2A4FA 4HZTA 4NPTA 1ZPAA 4R93A 3OU3A 1APVE 5P0RA 5P4OA 4FM7A 1IVPA 3DCKA 3K5CA 4AUCA 4NPUA 4DVFA 4K4PA 3NXEA 2Z54A 5P22A 5P2AA 5IVRA 1NPAA 2FDDA 4D89A 3JVWA 3EM3A 1TW7A 5P88A 3UQWA 5P18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR0 A;  1FFF C;  4NJV A;  3OOT A;  5P8M A;  3LIN A;  5P7X A;  5P85 A;  3TKW A;  4K8S A;  1PPL E;  5P1O A;  5P6H A;  1FEJ C;  5OZJ A;  5P1V A;  2AVO A;  3R1G B;  4Y4X A;  4K9H A;  4Y5C A;  5ISJ A;  1OEW A;  5P27 A;  3EC0 A;  5P4X A;  5P36 A;  1HBV A;  2PQZ A;  5JFU A;  4DJO A;  1A8G A;  2FGU A;  3L5D A;  4CPU A;  1XL5 A;  2IL2 A;  5P0U A;  1DIF A;  2BPX A;  3DUY A;  5P0Z A;  1E81 E;  2Z4O A;  5P2J A;  4Y5N A;  4DJW A;  1HPX A;  1ZPK A;  1MET A;  5P73 A;  3OHF A;  3OGQ A;  4BFB A;  4DFG A;  5IVQ A;  3ZKM A;  1LF2 A;  4Y5A A;  1YTI A;  1K6P A;  1OEX A;  4D83 A;  3HD8 A;  5P2F A;  5HE4 A;  5P23 A;  3QIH A;  2G1Y A;  5P0S A;  5OZ6 A;  1HIH A;  4EJD A;  4R95 A;  4CMS A;  5P4C A;  5OZH A;  4RYG A;  3EMY A;  2G94 A;  5I70 A;  5P8D A;  2QMP A;  4B77 A;  1ENT E;  4QJA A;  3BUG A;  5P8S A;  4EHC A;  4DQG A;  2CEN A;  2P4J A;  4OBK A;  3SA5 A;  5P7P A;  4QJ6 A;  3L3A A;  1ODW A;  1D4I A;  1HVK A;  3R0W A;  1SDV A;  1FMB A;  1GNN A;  4GJD A;  2A1E A;  2VNN A;  1VIJ A;  5P8A A;  4H3F A;  5P7R A;  2P3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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