5P0AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 57
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA01
5P0YA 5P7KA 3GI6A 2ER9E 5P3KA 3UQUA 1EC1A 4ER1E 1HXWA 2PSUA 4GJBA 1YG9A 4U8WA 2NXMA 3OQKA 3CMSA 5COPA 2ER7E 2BKSA 2CEMA 5P23A 2ZJKA 4J0VA 2AOHA 5P2BA 5P6SA 3SPKA 4I0DA 5P2RA 2I0DA 1FB7A 4Y5MA 4ZSQA 2AVOA 1PSAA 2JE4A 2QD7A 4H3GA 2WKZA 3L59A 5P18A 3QIHA 1YM4A 5HU1A 3TNEA 5I3WA 2R38A 3FSMA 5P1LA 1PSNA 2APRA 1FMXA 2G27A 2AVMA 5P2QA 5P50A 5OYQA 5P7JA 4EXGA 4Y5PA 5HVPA 5I3VA 4RGHA 3SABA 1OEXA 2P83A 3D3TA 3NWXA 5P75A 2PYMA 1DPJA 1B11A 4CP7A 3OUDA 4FRIA 3L5EA 4DJUA 3S7LA 4AA8A 2VIYA 4Y3WA 4Y3TA 4EJKA 1T3RA 3PRSA 1MUIA 4Y3LA 3VFBA 3S56A 5P6YA 5P6WA 1LYAA 5OYSA 2IGYA 5P7QA 3QVCA 5P8FA 5OYXA 1UH9A 5P7TA 5KQZA 2ZHRA 4CPWA 4Y39A 1EBWA 2ZHSA 3OQAA 5P2EA 5P7HA 5P7VA 1HVLA 5P49A 2Q5KA 2VIEA 3PB5A 1FQ8A 5OYRA 4X7IA 1K1TA 5P1SA 1BWBA 2OHTA 3HZCA 2FDEA 3Q5HA 4PPHA 5P1XA 4TVGA 1APUE 3T3CA 5P4FA 4I11A 3WSJA 5P8HA 2NNPA 1SDVA 5DGUA 4BFBA 5P32A 5P7LA 5P4PA 3EKXA 3MSLA 5P3HA 3RTHA 3TTPA 1SBGA 5P8GA 2B8VA 3I2LA 4Y3XA 3OXWA 3SM1A 4FS4A 4Q1YA 2WECA 2OHPA 5P17A 2UPJA 4OBDA 2QHYA 5P0BA 4Y56A 5E5KA 4J1IA 4A6CA 3EL5A 4FE6A 5P3JA 1MRXA 5AH6A 3WB5A 5P4QA 3VG1A 4B77A 3HDKA 5P27A 1DP5A 1GNMA 3TL9A 5P3IA 5P7SA 4M8XA 3CKPA 1HSHA 5OZNA 9HVPA 3L5BA 1RL8A 5OZWA 4Y3MA 3GGAA 2IS0A 5P1QA 2G24A 3KMXA 2FNTA 1META 5P1YA 4Y5BA 5P4DA 3VEUA 3SFCA 4EJLA 1ER8E 1TSUA 5SY3A 3PHVA 5P3SA 1K1UA 4LC7A 4Y3DA 5P01A 6APRE 4YD3A 5E5JA 3G70A 2RMPA 2HS1A 3CYXA 3LZSA 4RVJA 3PVKA 2G1SA 1MERA 5P5KA 1W6IA 1HVRA 5P2UA 1IDBA 3OUBA 3OU1A 4QJ2A 4ACXA 2IDWA 5P7RA 4XXSA 5P1TA 2IL2A 2PWCA 2AIDA 5KR8A 5P7FA 5P41A 3NWQA 3PCWA 5P8SA 5KQFA 3ZKXA 4YD7A 5C9FA 1FFFC 1CMSA 5P8JA 1YM2A 3O9CA 1T7KA 4EXHA 1HVCA 2I4DA 3UTLA 1MESA 4J1KA 3R0YA 1LF4A 5P8DA 4ZSRA 1PPME 1KJFA 2AODA 3TKGA 4GJ9A 1JLDA 4GJ6A 3D1XA 5CLMA 4Y3FA 2XFIA 3CKTA 5P6KA 5P0SA 4S1GA 5P5LA 2NXLA 4N00A 5P81A 5P09A 5P42A 4U7QA 5P0EA 4DH6A 2NXDA 5DPZA 4X2LA 2P3DA 5OYZA 2R9BA 4H3FA 3HD8A 3ZLQA 3ER5E 4QLHA 1EPRE 3NUOA 5P0ZA 3EKTA 4APEA 4OBZB 2G1OA 1A8KA 5P4BA 5P7NA 5P0VA 4Y5AA 2AOCA 4ZIPA 2ZJMA 3JVYA 5P3QA 1IZIA 2QMFA 5P7YA 2G1NA 2CENA 4DVFA 3NUJA 5P4RA 3KDDA 3SA4A 1E81E 5HCTA 3NXEA 4A6BA 1XN3A 3EL4A 3PM4A 3OHHA 4NJSA 4BFDA 1XE5A 5P3LA 4Y36A 5KR1A 5OZGA 2I4VA 5P1WA 4EQ0A 4QJ8A 3QBFA 3KDCA 2ER6E 2QI5A 3L5DA 3OU3A 5P4JA 1FKNA 1ODYA 3DV5A 4FM6A 3OQDA 4YE3A 3QAAA 3HBOA 5P4WA 5P7DA 2PK5A 1G35A 2B60A 5P1ZA 3SACA 2OHRA 3OUAA 4OBJA 5P28A 3NYGA 3VF7A 4XX3A 1A94A 5SZ9A 2ASIA 5I70A 4DFGA 5P07A 3UCBA 2V13A 5OZKA 4DJQA 2AZCA 4TRZA 3OXCA 1MSMA 3INHA 5P0UA 2I4XA 5P4KA 4FGXA 4K9HA 5P2MA 5P8BA 4J0ZA 1MRWA 2QNQA 5HDVA 2JYSA 2F3KA 1FQ7A 2PSVA 5HCOA 4Y3PA 1MT8A 4Y3RA 1QBUA 3EKWA 5P6JA 4DJXA 3NXNA 1KZKA 5P62A 3NU5A 2QCIA 4Y50A 4Y9WA 1A9MA 1LV1A 1ENTE 4Y4EA 5OZ5A 3VYEA 1T7IA 5P40A 3GI4A 2IEOA 5OZTA 5OZFA 4Y47A 2QZLA 1RV7A 5P7GA 5DGWA 1TZSA 1EEDP 4J5JA 4RCFA 5P1HA 5P1IA 1GNNA 3TOGA 3LIYA 4DUSA 4HA5A 1BV7A 5OZ8A 1XL5A 5P4SA 2RSPA 2ZHVA 4Y3AA 4NPUA 2VIJA 5P0GA 3VV6A 5P0RA 3HAWA 2AVVA 1SGZA 4PZWA 3OY4A 3S53A 5T4SA 4HDBA 3TOHA 5OYWA 4Y4BA 5C9BA 4JPEA 4I0GA 5P02A 1A30A 5P3VA 5P6DA 5P6HA 5P4TA 3KYRA 4D85A 3UQPA 5OZ9A 5OZRA 4TRYA 3OOTA 2P3AA 3OTYA 2EWYA 5ER2E 3WZ7A 2XFKA 5B18A 1EPNE 3OOZA 2BPXA 3T7PA 1K6TA 3UDNA 3OU1B 4I10A 1GVVA 1C6YA 5I3YA 2QI7A 5P0KA 3O9AA 4TRWA 5P2CA 1G0VA 1ZAPA 3VYFA 2G22A 4FSLA 3BUFA 1FG8C 3PWWA 1GVWA 4K4QA 2ZHTA 5P5TA 4BELA 4I0IA 5KAOA 4DQFA 5P45A 4Y3HA 2QZWA 2Q11A 4LL3A 5P0OA 2NMYA 3KFNA 1HEFE 2IENA 5P53A 5DR0A 5OZOA 1K2BA 2NPHA 3UDMA 4FAEA 1XL2A 3IGBA 2O4LA 2PH8A 1N49A 4YCYA 4B70A 1YT9A 4L7HA 2IKOA 5P3XA 5IVRA 5ISJA 5OZVA 5P7BA 5P5WA 5P5YA 3APRE 3GGUA 5ISKA 3FKTA 4U7VA 5IS4A 1BVGA 4MC2A 2OF0A 3SA5A 1HWRA 5P6QA 5P25A 5P0WA 4Y4XA 3SA3A 3SAAA 3KA2A 5OYUA 3PMYA 5P5XA 3PBZA 5P52A 3ZKIA 1LF2A 5P51A 2ZJLA 4WY1A 3SKFA 1MVPA 5P3RA 5EZXA 4I12A 1UH7A 4EWOA 1IBQA 3CIDA 2H6SA 2Q3KA 1EPPE 2AVQA 2FDDA 5COOA 3U6AA 3FX5A 5P63A 3VV8A 5BS4A 5P61A 4Y4GA 1KJ4A 1BIMA 3BVBA 5P4ZA 3D91A 4OBZA 3T11A 5P1KA 5P57A 4XKXA 5P5DA 5P1NA 5P4CA 4Y3SA 5OZ4A 5P29A 5OZLA 1QDMA 4Y53A 5P83A 2VJ9A 4COEA 5P55A 3BRAA 2NTRA 5P5HA 5HTZA 1DAZC 1M4HA 4Y57A 5P38A 1K6PA 3EM6A 5P5RA 2QI1A 4FRJA 5P8VA 5P3FA 1LYBB 1TW7A 1U8GA 5OYYA 5P72A 5P22A 3LIQA 3Q3TA 4MC1A 5P73A 3UHLA 3O9LB 4R95A 5APRE 3R4BA 2J9JB 3I7EA 4RVXA 2PWRA 4EP3A 2BPWA 3FV3A 1FMBA 3EKYA 3A2OA 2OHKA 5P31A 1ZPKA 5OZHA 5P8IA 1HTGA 4EYRA 4Y35A 5P0AA 4QJ7A 1BDQA 5P4UA 4DPIA 2VS2A 4OBKA 4Y37A 5P5PA 3KFSA 5P24A 2V12C 5P7OA 1MT7A 4I0HA 3KFPA 4Q1XA 2V0ZC 2IRZA 5P66A 3B80A 4RYGA 2WEBA 3S8IA 4F74A 2HB2A 3O99A 5P8UA 3ZKSA 4AUCA 1GVTA 5P1CA 1DMPA 2QAKA 5P86A 1AJXA 5P8LA 5P16A 3OADB 5P7UA 4Z22A 3ZKQA 4YHQA 2PSGA 3LZVA 2XYFA 5P74A 1W5YA 3CKRA 1VIKA 5P2HA 2G94A 4MC9A 3BXRA 1RNEA 3ST5A 5P2GA 2O4KA 4QJ9A 1GNOA 1ZPAA 2BPYA 5AH8A 5OZSA 5P58A 4Y3EA 1Q9PA 5P5JA 1DW6C 1HHPA 3EKPA 3OXXA 7UPJA 4Y41A 2R3TA 4FLGA 3VUCA 4KE0A 1GKTA 1HXBA 3IN4A 5P2AA 3VF3A 1TCXA 2R43A 1ODXA 5P30A 1DIFA 1BDRA 4Y4UA 3QI1A 5P8MA 4A4QA 3GI0A 3OAGB 5P43A 5P2SA 2Q54A 4R5NA 5P7WA 4I8ZA 4CMSA 4Y3GA 3DCRA 3IXOA 4LHHA 2BPZA 2Q15A 5P5GA 2QZXA 2B7FA 3VV7A 4Y6MA 3GW5A 5OZUA 2B42A 4DJWA 1BVEA 2AZBA 3QN8A 2A4FA 4TVHA 4YCKA 3OK9A 4YDFA 2P4JA 2HB3A 2QNPA 3L5CA 1LZQA 4DJOA 3LIZA 3UDKA 2QMDA 2F8GA 5P15A 5P0HA 1FF0C 2HC0A 1EC0A 1PPKE 4L7GA 4Y4DA 1EC3A 4FRKA 4K8SA 1EBZA 3CICA 3SA7A 1APWE 5IVSA 4IVSA 2QK5A 3UFNA 3VSXA 4Y3YA 5P1BA 3AIDA 4OBFA 2P8HA 3PEPA 1T6EX 2QI3A 4R8YA 4Y3NA 3ZL7A 2ZHUA 3OGQA 1HPOA 4J0PA 7HVPA 5P1FA 3MSJA 5TOLA 4ZE6A 3MWSA 5P35A 3TOFA 2HIZA 1B6KA 4ZSMA 2UY0A 3Q4BA 3INFA 4EQJA 3RVIA 3UFLA 1HVKA 3SA9A 1KJGA 5P4VA 2AVSA 5P2NA 4H3IA 5P3NA 4JP9A 1HTFA 4HDPA 2FNSA 5P1PA 1HBVA 2F3FA 5P0IA 4GJ7A 3VSWA 2QMGA 3KMYA 5P47A 3QBHA 1BWAA 3JVWA 4B1CA 4RRNA 4GMIA 3O9BA 1LF3A 4Y58A 2SAMA 5OZ1A 4DQEA 3DCKA 3LZYA 4APRE 2AZ9A 5OZDA 3NLSA 4DI2A 3ZOVA 1XN2A 3C9XA 5P8KA 3G72A 1W6HA 3ECGA 3ZPUA 1B6JA 3PSGA 3TH9A 4Y51A 3S45A 2VA5A 5P5VA 4YOAA 1EPME 5P8NA 1BILA 3KN0A 5P1DA 5P6FA 5HE4A 1FMUA 5DQ2A 5P4EA 4RROA 4D8CA 3HVGA 4YD6A 4ZSPA 2I4WA 3EL9A 1FEJC 2AOIA 4I0ZA 1MEUA 1K6CA 4NJUA 5P7ZA 3AUPA 2AZ8A 1QS8A 5P19A 4DV9A 5P0PA 3EL0A 2RKFA 2QD8A 1W5VA 1VIJA 3F9QA 1LS5A 3DJKA 4LP9A 1AZ5A 5P8AA 1BXQA 4J1FA 1ZSFA 4RZ1A 4Y4JA 3PJ6A 2VKMA 4Y38A 1LYBA 2R3WA 3KF0A 2VNNA 1TCWA 1YX9A 2I4QA 5P54A 3BGBA 3OU4B 1IZEA 3O9LA 2HM1A 3TPLA 2J9JA 1NPWA 1SH9A 1HPSA 4Y4AA 5P0TA 2R5PA 3K5DA 3PGIA 4ZEAA 5P6MA 4B05A 3SKGA 5P2IA 5I3XA 4LXKA 1AM5A 3DUYA 2QHZA 4RVIA 5HDUA 1YTHA 4NPTA 4I1CA 5P2OA 2BJUA 5F01A 4B1DA 2WEAA 5P1GA 5P4XA 5KQXA 2R8NA 2BQVA 4RCDA 5P1RA 1B5FB 3NU3A 2WL0A 2JJJA 5P71A 3R1GB 4CPTA 5P1OA 5OZ2A 5P78A 4PZXA 5FIVA 4L1AB 5P79A 3D1ZA 5P56A 1IVQA 2HAHA 3UF3A 5P5BA 3OADA 5P6ZA 5P3WA 3BC4A 3TPRA 3I6OA 1ZSRA 3T6IA 1ME6A 5P8OA 3BVAA 5P46A 4GJ8A 5P3AA 4Y5NA 2BBBA 3OHFA 5P59A 4F76A 4ZLSA 2JXRA 5P4NA 4HLAA 2PH6A 4YD5A 4GB2A 4DPFA 4H1EA 1UPJA 4JPCA 1G6LA 4QJ6A 2B8LA 1EPOE 4D83A 1NPVA 1W5XA 4YA8A 2G20A 2FMBA 1F34A 1IZDA 3NU9A 5P6IA 2RKGA 1BV9A 4FIVA 2OHMA 1IZHA 3IN3A 4RLDA 2WF2A 1AVFA 3O9GA 4FL8A 5P0LA 1PPLE 5JODA 3OAGA 5P5FA 5JFUA 1AAQA 4Y3QA 3VCMA 4KUPA 2OAHA 1LYWB 2QNNA 5P1AA 3WZ6A 4FAFA 5P2ZA 1NH0A 4CPRA 3NDTA 3JW2A 4EJDA 2F3EA 2QHCA 3T7XA 5P6RA 5P65A 5P14A 1K6VA 3Q70A 1SGUA 5DQ4A 1BBSA 2ANLA 5P87A 2ZYEA 1NSOA 2PC0A 5P7AA 3K4VA 5P77A 1BAIA 4FSEA 3SM2A 4Y5CA 5P5QA 5P6TA 4EJ8A 5KR0A 5OYVA 4RYCA 5P6NA 4B78A 5P3BA 5OZYA 3TPPA 2VJ6A 1LEEA 5P1VA 5P8QA 3S2OA 4R91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Y A;  5P7K A;  3GI6 A;  2ER9 E;  5P3K A;  3UQU A;  1EC1 A;  4ER1 E;  1HXW A;  2PSU A;  4GJB A;  1YG9 A;  4U8W A;  2NXM A;  3OQK A;  3CMS A;  5COP A;  2ER7 E;  2BKS A;  2CEM A;  5P23 A;  2ZJK A;  4J0V A;  2AOH A;  5P2B A;  5P6S A;  3SPK A;  4I0D A;  5P2R A;  2I0D A;  1FB7 A;  4Y5M A;  4ZSQ A;  2AVO A;  1PSA A;  2JE4 A;  2QD7 A;  4H3G A;  2WKZ A;  3L59 A;  5P18 A;  3QIH A;  1YM4 A;  5HU1 A;  3TNE A;  5I3W A;  2R38 A;  3FSM A;  5P1L A;  1PSN A;  2APR A;  1FMX A;  2G27 A;  2AVM A;  5P2Q A;  5P50 A;  5OYQ A;  5P7J A;  4EXG A;  4Y5P A;  5HVP A;  5I3V A;  4RGH A;  3SAB A;  1OEX A;  2P83 A;  3D3T A;  3NWX A;  5P75 A;  2PYM A;  1DPJ A;  1B11 A;  4CP7 A;  3OUD A;  4FRI A;  3L5E A;  4DJU A;  3S7L A;  4AA8 A;  2VIY A;  4Y3W A;  4Y3T A;  4EJK A;  1T3R A;  3PRS A;  1MUI A;  4Y3L A;  3VFB A;  3S56 A;  5P6Y A;  5P6W A;  1LYA A;  5OYS A;  2IGY A;  5P7Q A;  3QVC A;  5P8F A;  5OYX A;  1UH9 A;  5P7T A;  5KQZ A;  2ZHR A;  4CPW A;  4Y39 A;  1EBW A;  2ZHS A;  3OQA A;  5P2E A;  5P7H A;  5P7V A;  1HVL A;  5P49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P4L A;  4LXM A;  3K5G A;  5P2X A;  2J9K A;  5P7X A;  2FS4 A;  3BGC A;  5P3Y A;  3GI5 A;  3OTS A;  4JOO A;  1GVU A;  1IIQ A;  1W51 A;  5P8E A;  1EAG A;  3IND A;  5P6L A;  5P1U A;  3SA8 A;  4XX4 A;  5CON A;  5DQ1 A;  2WF3 A;  5P3U A;  4OD9 A;  5P69 A;  2IKU A;  5P8T A;  1EC2 A;  3HW1 A;  5OZI A;  5DR1 A;  4PHV A;  2OHQ A;  2O40 A;  3DK1 A;  4HVP A;  5DR7 A;  3EC0 A;  3MXE A;  3PMU A;  1HTR B;  3EM4 A;  1IVP A;  2FDP A;  4DQH A;  4B0Q A;  3QVI A;  5P3D A;  2NMZ A;  4KE1 A;  4I0F A;  5P84 A;  5P5N A;  3Q6Y A;  5DQ5 A;  4LXA A;  1MT9 A;  2BKT A;  4ER4 E;  5DQC A;  3PI5 A;  3NDW A;  5PEP A;  3OXV A;  3SQF A;  3RTN A;  3EKQ A;  4K4R A;  3PI0 A;  5P0F A;  3LPJ A;  5P60 A;  1RQ9 A;  2QI0 A;  5P68 A;  1XE6 A;  3ZPT A;  5AHC A;  2FLE A;  5P05 A;  3ZMG A;  1FFI C;  1KJH A;  4Z2Z A;  2ZDZ A;  3OU4 A;  1C70 A;  2G21 A;  3H0B A;  5P8C A;  3OUC A;  6UPJ A;  4FCO A;  3PWR A;  6FIV A;  5P44 A;  1E5O E;  1M43 A;  1QBR A;  4YCT A;  5OZ6 A;  2WF4 A;  3N3I A;  3LIV A;  1HTE A;  3TLH A;  4R93 A;  3OGP A;  1D4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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