5P0EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 61
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0eA01
4Q1YA 5P1LA 1GNMA 5P14A 3LZUA 1T3RA 3IVIA 3BGCA 3NU6A 5P15A 4DJXA 2FS4A 2R5PA 4Y53A 4Y5KA 1MT7A 5P6EA 1VIJA 5P2KA 2QD7A 1E81E 5P41A 4CPUA 5C9DA 4EJKA 4ZSRA 4BEKA 5P5IA 4EXGA 5KOQA 1LZQA 2R3TA 4D89A 3NDUA 5P3JA 4RLDA 5P4EA 2AQUA 5P11A 2O4PA 4B1DA 4FE6A 2XFKA 5P0MA 5P3IA 1W51A 5P3GA 1EPLE 5P0AA 5P2HA 3LPIA 4I8ZA 2QAKA 5P40A 2J9JA 4X7IA 1PFZA 5P1VA 4RVXA 5OZ9A 1K1TA 4Y5LA 2BPXA 5C9FA 5P2SA 4PEPA 9HVPA 5P09A 4GIDA 5C9BA 1B11A 4Y4GA 5AH8A 2RSPA 3Q5HA 5P1SA 1UH7A 2QZLA 3LZYA 4RVIA 5P3ZA 4HZTA 5P8FA 1FQ8A 1SMEA 1K6TA 1U8GA 2V13A 5P1OA 2UXZA 2FMBA 3L5CA 5OZYA 4Y3WA 5ISKA 4FAEA 5P0JA 2IQGA 6APRE 5P4VA 2R3WA 2XFJA 2OHNA 4YD3A 1XL2A 5P6VA 4JOOA 4DJRA 3PWRA 2ZJHA 4LHHA 5P6HA 1AJVA 2QI1A 2PWCA 1ZP8A 3VV6A 4HE9A 5P7SA 2AZBA 3L5EA 2IGYA 3S8IA 2H6TA 1MIQA 5P4TA 1META 3EM3A 5AH9A 4Y50A 2VA5A 5P0VA 1BXQA 1VIKA 3VF3A 4HDFA 5P3VA 4Y3DA 4Y5CA 3GW5A 4Y4DA 4B05A 3S7MA 2BQVA 2HPEA 5OZQA 4YD6A 2PK5A 4I10A 3TPLA 4Y9WA 3NLSA 5P06A 1QS8A 5BWYA 4F73A 2SAMA 5ISJA 4Y3NA 5OZCA 3OTYA 1T7JA 5P07A 4RRSA 2BKSA 4Y44A 5P1QA 1KJ7A 5P5CA 4Y35A 2AVVA 2AZCA 1BILA 1QDMA 5SXNA 4FRSA 4ER2E 3TPJA 1BV7A 1IZEA 2ZE1A 3SA3A 1SDVA 1HXWA 4J1HA 5P17A 3C9XA 2A1EA 1SBGA 3KFPA 3ST5A 3PLDA 1W6IA 3KA2A 5P37A 5P5KA 5P8JA 5P5GA 5P05A 1OD1A 3ZL7A 1T7IA 2NNPA 5P7ZA 2I4UA 1FG6C 3DV1A 2P3CA 1WKRA 3GI6A 3EXOA 1GVTA 1HWRA 5IVSA 1HVRA 4YHQA 4B70A 2IRZA 5P4YA 4EYRA 4Q1WA 5T4SA 5P5SA 4DH6A 3T3CA 3JVYA 4CMSA 1EBZA 5P2BA 5KAOA 2QI7A 3OU1B 2A4FA 1QBUA 4YBFA 1FLHA 1HTEA 1KJHA 2Q64A 6UPJA 3OAGB 3KDBA 2AOCA 4L1AB 2AODA 1IVQA 3BUFA 5SY3A 3VLBA 4DJPA 2BPWA 4Y58A 4Y3GA 2JJJA 2O4SA 4Y5BA 2B8LA 1XDHA 1EPME 4ZPFA 1MSNA 3SA8A 4DUSA 2QI4A 4QJAA 4M8YA 1UPJA 3CYWA 3VUCA 3PBDA 4PPHA 3S45A 4Y6MA 5P2RA 2WF3A 5OZ6A 1C70A 2Q54A 4FM7A 5OZBA 3S2OA 3OHHA 5P3NA 5P32A 5OZ7A 3RSVA 3UHLA 5P6PA 2ZJJA 2Q15A 4Y4XA 5P7UA 1D4IA 5P68A 1FMXA 5P6IA 5ENMA 3SA6A 2BPZA 4JPCA 4NJTA 4OBHA 4CPQA 5P3CA 1HSGA 5P74A 2ZHSA 3EMYA 4QGIA 1W6HA 2P83A 1GNNA 4B78A 5P34A 1T6GA 3BGBA 4U7VA 1TSQA 3DJKA 4QJ7A 1XE6A 4J55A 2VIEA 5P4BA 3VYEA 3S54A 1EBKC 4U8WA 1GVVA 5P4ZA 3R2FA 5P4CA 4Y41A 3NXNA 4ER1E 3DV5A 5P56A 5P18A 4Y3QA 5P10A 1HBVA 4XKXA 5I3XA 3NU3A 4Y4AA 5P0ZA 7HVPA 3OXVA 3UDPA 3O9HA 1KJGA 5OZ2A 5P1GA 1M4HA 2J9JB 1SH9A 4OBGA 4Q5MA 4L7GA 3ZKQA 4M8XA 3WZ8A 4JPEA 3NDXA 3FV3A 3QS1A 3VLAA 2B7ZA 5OZOA 4GMIA 1MSMA 3GI0A 3KN0A 5OYXA 3PJ6A 1EPQE 3OU4B 2ZJKA 2VJ6A 2Z4OA 3L3AA 4YCKA 1LF4A 2WHHA 1HRNA 5P2DA 2G1NA 3ECGA 1W5VA 5P22A 1WBKA 3DM6A 3PWMA 3ZKSA 1PSNA 1ZSRA 2OHKA 4APRE 2QD6A 5IS4A 5OYRA 1QRPE 2ER0E 1HIHA 1B6PA 3RTHA 5OZ5A 3CICA 1MRXA 1BV9A 3O9EA 2AOFA 4OBZA 4J54A 4YOBA 3PLLA 5P3EA 3WB4A 2ZGAA 1YM4A 4Y3ZA 3ZKXA 4Y3MA 1HVLA 1MERA 3TOHA 2PYMA 4DQGA 5P30A 2AOEA 5OZVA 5P1KA 5P20A 5APRE 2QNPA 4I1CA 2MIPA 3QBFA 1FFFC 4DJUA 4CPWA 2PH8A 2ZHRA 3HDKA 5P6OA 5P7GA 5OYVA 5P1ZA 5P80A 2VA6A 1TZSA 2IEOA 5OZTA 5P0SA 1PSAA 4PZXA 5KQZA 5P5HA 1MTBA 2F81A 4ZPGA 5OZPA 3RSXA 3PEPA 2HAHA 3KFSA 2G69A 3HVGA 3VV7A 4HDBA 5P5NA 5OZ0A 4Y3HA 4Y38A 5P7DA 1LS5A 5P0BA 1ENTE 3OUDA 1B6MA 4LP9A 2HC0A 2NXLA 5P1AA 1MT9A 3LIVA 5P08A 3OXWA 5P71A 5P6AA 3FNTA 4Y43A 4F76A 2QNQA 5P1DA 4J0YA 5P89A 1ZLFA 3VF5A 4J0ZA 2VKMA 4GJ7A 1RV7A 2CEMA 1A94A 2QMDA 1ODYA 2G24A 3UDYA 1NPAA 4H3IA 1QBSA 2FLEA 3VF7A 1IZIA 2OHTA 4Y4WA 3WB5A 4EHCA 2FGVA 3KFRA 4GZFA 3S7LA 1EC2A 2G21A 2HB3A 2VJ9A 4AMTA 5CLMA 5P1MA 3OTSA 1HPXA 4IVSA 5P38A 3GGVA 1CPIA 4Y5GA 4AUCA 3HAWA 1MPPA 3LPJA 3Q4BA 5KQFA 3R0YA 2UPJA 2QZWA 2F8GA 3WSJA 1T6EX 1HXBA 4I0DA 3EL9A 1AM5A 4DQCA 5P6KA 1D4JA 1LV1A 5P4AA 1IIQA 3CKTA 5P8VA 4H3JA 5P0EA 1G2KA 5P4QA 2F80A 2PMAA 1MTRA 3L5FA 3QBHA 3ZPTA 1HEGE 1PPME 4I12A 5P2MA 2AOIA 3OY4A 3HD8A 1ZAPA 2P8HA 3T7PA 1HHPA 5HDZA 5KR0A 3TKWA 2I1AA 2WEDA 5OZLA 5HD0A 3SA5A 5P4MA 4I11A 5P28A 5P7LA 5DR3A 3APPA 4EP3A 2FDPA 2F3KA 5P86A 3DCKA 5SY2A 3FSMA 5P2UA 3KDDA 2HB2A 3ZOVA 3G6ZA 2AOJA 4XXSA 2QU3A 2BKTA 5P5VA 5P13A 4J0TA 3SM1A 1FQ6A 3O9IA 5P3AA 2FXEA 4Y3AA 4DI2A 3PHVA 4OBFA 3DCRA 2XYFA 3R4BA 4EWOA 5P2OA 4LXAA 4Y47A 3UQXA 2PK6A 3QVIA 5P3FA 1FQ5A 3GGAA 5OYUA 3TTPA 1EPNE 1BXOA 4Z22A 4L7HA 3VFAA 3ER5E 4FL8A 4AA8A 1DW6C 5P5TA 2Q11A 4R8YA 5P6QA 3UPJA 1GVWA 5P4NA 2OHSA 5P0PA 1WBMA 8HVPA 4J5JA 3IGBA 4Y4UA 1K6CA 5P73A 1BWAA 5P79A 5I3YA 1PPLE 2VIZA 4F75A 3JW2A 2HM1A 1MT8A 1W5YA 3EL4A 5P1EA 1DAZC 3K5CA 2QI5A 4OC6A 2O40A 1D4YA 5OZDA 3UQRA 1OEXA 2O4NA 2ANLA 3QP0A 2V12C 3OADA 5P7BA 1W50A 3KMXA 3EKPA 4TRYA 2ZHUA 3EKWA 1B6JA 1HTRB 3LZVA 4LXKA 1SDUA 4Y3YA 2V11C 2WEZA 3AUPA 3L5DA 3GGUA 4QLHA 1FKNA 4U7QA 5P01A 3S43B 1APTE 4B0QA 3U6AA 5P25A 5P6TA 1D4LA 4Y3LA 5P6CA 4NPTA 2PSGA 3FIVA 5P88A 5P2ZA 4DQEA 1IZDA 5P1TA 3INFA 4GJCA 1LYBA 3QRSA 5P5UA 5P8SA 1AIDA 2Q3KA 3QAAA 5PEPA 5BRYA 3TOFA 5P8KA 4OD9A 1GNOA 5P64A 3UQWA 3PMYA 4OBZB 2IKUA 3URJA 4EJDA 3LINA 2NXDA 5P1PA 2WF4A 2NNKA 4J1KA 2QI0A 5EZXA 1BWBA 5P8QA 3Q3TA 2JXRA 5P6MA 1ZPAA 4BELA 5I70A 1SGZA 4K9HA 5HDUA 4DQHA 4I0HA 5P0OA 5P6ZA 4Y45A 5AH7A 4DJVA 3BC4A 2BB9A 1HTGA 3KMYA 5KR8A 3QI1A 4Y39A 4R95A 5DQ2A 5P26A 5B18A 3DOXA 1ZPKA 5P0KA 1ZTZA 3DUYA 5P8NA 4S1GA 1FGCC 5HTZA 3RTNA 2RMPA 2QHZA 3QN8A 2BPYA 3EKYA 3INHA 4Y4TA 5P62A 1EBYA 5P2CA 3KYRA 4FSEA 5OYTA 4FRKA 3NSHA 5P7PA 4DFGA 3MSJA 5DGUA 1B5FA 5E5KA 5IVQA 2QMGA 4EP2A 2UY0A 2WECA 1FF0C 4H3GA 5P6GA 5AHCA 3CMSA 5OZ4A 1GVXA 2I4DA 3PM4A 2VIYA 1KJFA 2ZHVA 3CIDA 1W5XA 5P35A 1Z8CA 4D88A 5P0XA 4GJ5A 5P7EA 4GJBA 3INEA 1ZSFA 3BRAA 2OHRA 1RL8A 1NPVA 2Z54A 2BBBA 5P54A 5E5JA 5P5EA 5P3UA 1EAGA 3URLA 5HU0A 5OZ8A 5OZWA 2OHMA 5KOSA 1IBQA 5COPA 1SP5A 2V10C 5P85A 3URIA 3CKPA 4DJYA 5HE7A 3BVBA 2QMPA 4QJ6A 3O9LA 2AVOA 5P70A 4BFBA 3O9BA 2QHCA 4RROA 5P60A 4EPJA 3UDHA 5OZ3A 3L58A 1BVEA 5P6YA 1HVSA 3BXSA 3IA9A 5P49A 3T6IA 3NXEA 2G1SA 2AZ8A 4GJDA 3NU9A 3OQKA 5P8IA 4D85A 3PSUA 4Y4ZA 3GI5A 3NDTA 3K1WA 4Y3PA 2PQZA 5P5LA 4Y3JA 2WKZA 3VEUA 1B6KA 1IZHA 3IXOA 1LYWB 3T11A 5P45A 1HVJA 5OZRA 2IS0A 5IE1A 4YD4A 3OQ7A 1XN2A 3VV8A 5EZZA 2RKGA 3LHGA 5P2LA 2WF2A 4B00A 4AA9A 3IAWA 5P0HA 3KT2A 5P48A 5P8EA 2HB4A 1YX9A 5P7WA 2QP8A 4XX4A 3IVHA 3TL9A 1K6PA 1TW7A 3S53A 4J1EA 5P87A 4D83A 2NPHA 1NH0A 4NJVA 2VNNA 5P1NA 1EEDP 5OZFA 5P57A 5P8DA 1EPPE 4DJQA 3ZPSA 1HIIA 3MWSA 3TPRA 3ZLQA 4Y5NA 2QU2A 3VG1A 2B60A 5OZGA 4A4QA 2OHPA 5P81A 3SA7A 4Y4BA 1AXAA 3LIYA 4Y57A 4Y3XA 5P6RA 3QVCA 5P3PA 3UFLA 5OZXA 4B1EA 5P8LA 3A2OA 2VIJA 3HZCA 5OZEA 3LIXA 4YCTA 5P75A 3O9CA 3TH9A 2AIDA 5P8GA 1BDLA 1A9MA 3NDWA 3EL1A 1E80E 3HAUA 5P3YA 4NPUA 1TCXA 5P36A 3ZKNA 2WF0A 1OHRA 4OC6B 4R91A 5P6NA 4Y56A 1BAIA 3OU3A 5I3VA 1EPRE 3OADB 3OUAA 2R38A 5P2NA 2WJOA 2IGXA 2QMFA 3GI4A 3EKTA 1G6LA 5P3RA 4Y4EA 1N49A 5OZJA 5P0QA 5P00A 2G20A 2FXDA 4APEA 3OGPA 3TOGA 3GGXA 1E82E 3D1XA 3FNUA 2XYEA 2PH6A 2EWYA 5P66A 4MC1A 3QRVA 5P8CA 3R0WA 2HPFA 3UCBA 3L59A 5P8PA 4ACXA 5P8HA 5P2JA 3EKXA 3BUHA 4YCYA 1LYAA 3OWNA 5P5JA 5P2VA 1RNEA 3OUCA 1ZBGA 5P2FA 1FG8C 1HVKA 2ER7E 5P7XA 5P5AA 2PWRA 1M43A 5P5RA 4Q1XA 2FNSA 2OF0A 1GKTA 3JVWA 2AVSA 4FM6A 5P7JA 3K4VA 1BIMA 1ER8E 1TCWA 2FIVA 5P6UA 4FGXA 2QHYA 4RYGA 4PHVA 4NJSA 3SFCA 1IVPA 2ZJNA 3NR6A 5P4UA 4R92A 5P1WA 2PSUA 5P47A 2PYNA 4H3FA 1TSUA 1YG9A 1EC0A 5P39A 5P31A 2P3AA 5P4JA 3Q70A 5P6FA 1HOSA 1B5FB 4B77A 5P3WA 1YTIA 4HLAA 5OZMA 5P83A 4L6BA 5KR1A 5P7QA 4DJOA 3H0BA 1BDRA 4K4RA 5P02A 5DQ5A 3NU4A 4NJUA 4QJ2A 5P1IA 1EBWA 3UFNA 1F34A 4GJ8A 5DQ1A 5P65A 4PYVA 2ER6E 5P82A 5P72A 4BFDA 4J0PA 5P1UA 4DQBA 2AVMA 5P24A 4FRJA 5P4IA 3SACA 5P3KA 2P3BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1Y A;  5P1L A;  1GNM A;  5P14 A;  3LZU A;  1T3R A;  3IVI A;  3BGC A;  3NU6 A;  5P15 A;  4DJX A;  2FS4 A;  2R5P A;  4Y53 A;  4Y5K A;  1MT7 A;  5P6E A;  1VIJ A;  5P2K A;  2QD7 A;  1E81 E;  5P41 A;  4CPU A;  5C9D A;  4EJK A;  4ZSR A;  4BEK A;  5P5I A;  4EXG A;  5KOQ A;  1LZQ A;  2R3T A;  4D89 A;  3NDU A;  5P3J A;  4RLD A;  5P4E A;  2AQU A;  5P11 A;  2O4P A;  4B1D A;  4FE6 A;  2XFK A;  5P0M A;  5P3I A;  1W51 A;  5P3G A;  1EPL E;  5P0A A;  5P2H A;  3LPI A;  4I8Z A;  2QAK A;  5P40 A;  2J9J A;  4X7I A;  1PFZ A;  5P1V A;  4RVX A;  5OZ9 A;  1K1T A;  4Y5L A;  2BPX A;  5C9F A;  5P2S A;  4PEP A;  9HVP A;  5P09 A;  4GID A;  5C9B A;  1B11 A;  4Y4G A;  5AH8 A;  2RSP A;  3Q5H A;  5P1S A;  1UH7 A;  2QZL A;  3LZY A;  4RVI A;  5P3Z A;  4HZT A;  5P8F A;  1FQ8 A;  1SME A;  1K6T A;  1U8G A;  2V13 A;  5P1O A;  2UXZ A;  2FMB A;  3L5C A;  5OZY A;  4Y3W A;  5ISK A;  4FAE A;  5P0J A;  2IQG A;  6APR E;  5P4V A;  2R3W A;  2XFJ A;  2OHN A;  4YD3 A;  1XL2 A;  5P6V A;  4JOO A;  4DJR A;  3PWR A;  2ZJH A;  4LHH A;  5P6H A;  1AJV A;  2QI1 A;  2PWC A;  1ZP8 A;  3VV6 A;  4HE9 A;  5P7S A;  2AZB A;  3L5E A;  2IGY A;  3S8I A;  2H6T A;  1MIQ A;  5P4T A;  1MET A;  3EM3 A;  5AH9 A;  4Y50 A;  2VA5 A;  5P0V A;  1BXQ A;  1VIK A;  3VF3 A;  4HDF A;  5P3V A;  4Y3D A;  4Y5C A;  3GW5 A;  4Y4D A;  4B05 A;  3S7M A;  2BQV A;  2HPE A;  5OZQ A;  4YD6 A;  2PK5 A;  4I10 A;  3TPL A;  4Y9W A;  3NLS A;  5P06 A;  1QS8 A;  5BWY A;  4F73 A;  2SAM A;  5ISJ A;  4Y3N A;  5OZC A;  3OTY A;  1T7J A;  5P07 A;  4RRS A;  2BKS A;  4Y44 A;  5P1Q A;  1KJ7 A;  5P5C A;  4Y35 A;  2AVV A;  2AZC A;  1BIL A;  1QDM A;  5SXN A;  4FRS A;  4ER2 E;  3TPJ A;  1BV7 A;  1IZE A;  2ZE1 A;  3SA3 A;  1SDV A;  1HXW A;  4J1H A;  5P17 A;  3C9X A;  2A1E A;  1SBG A;  3KFP A;  3ST5 A;  3PLD A;  1W6I A;  3KA2 A;  5P37 A;  5P5K A;  5P8J A;  5P5G A;  5P05 A;  1OD1 A;  3ZL7 A;  1T7I A;  2NNP A;  5P7Z A;  2I4U A;  1FG6 C;  3DV1 A;  2P3C A;  1WKR A;  3GI6 A;  3EXO A;  1GVT A;  1HWR A;  5IVS A;  1HVR A;  4YHQ A;  4B70 A;  2IRZ A;  5P4Y A;  4EYR A;  4Q1W A;  5T4S A;  5P5S A;  4DH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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