5P0HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 64
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0hA01
4EJDA 5DQCA 5P0VA 1BXQA 1EBZA 5P8MA 2AQUA 4BFDA 4YHQA 2BPZA 2FDEA 4RGHA 3KDBA 2UPJA 5P2CA 5T4SA 3ER5E 3NU5A 5P5KA 2P3CA 1FF0C 1HSGA 3K5GA 4YD7A 2I4UA 4A4QA 1E82E 2B8VA 1ZPAA 4M8YA 1YM4A 5P6FA 3KN0A 3IVHA 1B6LA 1WKRA 3DCRA 3HZCA 3OQ7A 1HVCA 3SAAA 3KDCA 4Y5NA 5OYSA 5P2FA 5P1PA 4Y5KA 5P5YA 4DV9A 5P64A 3UQUA 2Q55A 3A2OA 5P2RA 5P2MA 1LEEA 5DGWA 3O9GA 4QJ9A 2WL0A 3ZPSA 2PH6A 4XXSA 4FM6A 3QRSA 5P70A 4Y3SA 3DJKA 2OAHA 5P0RA 1UH7A 1W6HA 3ZPUA 2QNNA 3OUDB 1XL2A 5DR7A 5P59A 2FDPA 5P2OA 2I0DA 3ZKXA 4F73A 4DJYA 2VJ6A 4EP3A 1EBYA 3CKRA 5P7DA 2F80A 1EBKC 4DI2A 2B7FA 2I1AA 5J25A 3SA9A 1YTGA 1B6JA 5SY2A 4U7QA 3S53A 3RSVA 3O9IA 3G6ZA 5P3EA 3OGQA 3PEPA 5P32A 1AM5A 1GVUA 5AH7A 3GI0A 3DOXA 1YG9A 5HDZA 2FMBA 3OGPA 1FMBA 4RCEA 4OBFA 1YTJA 5P47A 4AA8A 1F34A 1BAIA 3CICA 4Y5GA 2QU3A 5KR1A 5ER1E 5P3SA 1OD1A 1C70A 1HVJA 3HBOA 5P3DA 5P5OA 3U6AA 2O4LA 1KJFA 1XE5A 5OZWA 1G0VA 3EMYA 1HXBA 5OZRA 1Z1HA 2J9KA 5P80A 4RVIA 5P7EA 1EAGA 5P6KA 4GMIA 3TKGA 3KMYA 3PMYA 3L59A 5P5RA 3G70A 2OHSA 4DJPA 4ER4E 1XN2A 4Y3MA 4OBHA 1LYWA 1IZHA 5OZCA 1LYWB 3DM6A 5P5JA 5P86A 3TOGA 4Y38A 1C6XA 3SA7A 3PRSA 5P5ZA 2QI5A 3HW1A 4Y3NA 1E5OE 2UXZA 4FE6A 3PWMA 3OY4A 5KAOA 3BHEA 5OZGA 3EC0A 5P4VA 5P5PA 3NDTA 2ZJJA 5I70A 1U8GA 1T7JA 3VEUA 5C9BA 2B60A 2OHLA 4A6BA 5P19A 2G24A 3SQFA 3FNUA 4L6BA 3EM3A 1MTBA 4HZTA 3LIZA 3S8IA 4U7VA 5P0YA 3KYRA 3HVGA 2ER0E 2RKGA 5P0MA 3QP0A 5P5SA 5P3CA 1HVIA 5P57A 2G20A 3CYXA 2FNSA 4H3GA 4TVGA 2XFKA 2WF2A 5P03A 1HEGE 5P5MA 4LAPA 4PYVA 5AHCA 3ZKIA 1ODWA 3LNKA 1FFIC 3S7MA 5CLMA 3JVWA 5P0QA 4B05A 4OBKA 5DR0A 5P46A 1Z1RA 4FS4A 4PPHA 5P6BA 1UH9A 3NDXA 3OU1B 2NNKA 2PSGA 4J1CA 3GGUA 3QRMA 1PFZA 5P5BA 3NXEA 1MT9A 2Q64A 2G94A 3T6IA 3OUAA 5OYTA 4Y4XA 2OHNA 4RZ1A 1HTFA 4Y5PA 5P1OA 5P7GA 3VYDA 4PEPA 1MEUA 1SMRA 1W5YA 4I0IA 2QI1A 5P5AA 2AOIA 3EL4A 2SAMA 1XL5A 4GYEA 5ISKA 4HDPA 1IBQA 3WB4A 2AOFA 5HD0A 4GJ8A 5P4GA 5P85A 2V10C 1XDHA 3BXRA 1BDRA 5KR8A 2R38A 3MSJA 1G2KA 4GJ7A 4Y5MA 5P8GA 5P0AA 1SH9A 5OZ3A 2A4FA 3NU4A 5P5UA 2VJ9A 2BB9A 2QCIA 5P83A 3TLHA 5OZ6A 1SGZA 4J5JA 4Y53A 3ZMGA 2ZHSA 2ZJNA 2JXRA 5P6JA 1IZDA 1HTGA 5P68A 3UQWA 1B5FA 3OHHA 1SBGA 5P2UA 3URJA 3INEA 1FG6C 5P7MA 4BFBA 3L3AA 1BXOA 5DQ1A 4Y3RA 5P52A 2AZBA 1FG8C 4MC6A 1ZPKA 1EPNE 5BWYA 5P3IA 2WF0A 1MESA 1BWBA 5P0SA 5P81A 5P2YA 5P3VA 3UFNA 3VUCA 2G69A 2Z54A 1OHRA 3VF3A 4LXKA 1HTRB 5P7KA 4MC9A 5P36A 5OZDA 2PSUA 4MC1A 5OZQA 5P0XA 4Y47A 1ZSFA 4Y4AA 3HDKA 2R5QA 4GZFA 5JFPA 5P8UA 5P65A 5OYUA 3SABA 1GVTA 3INDA 1GVWA 4HEGA 5OZYA 1FQXA 4Y5BA 5P5FA 2FXDA 4GB2A 4BELA 2VA6A 4AMTA 4TVHA 1HIIA 5IVTA 1DP5A 5P2BA 3O9AA 5P2XA 3EL1A 5OZ2A 2MIPA 3PCZA 3KFNA 4Y4UA 3PSUA 3IA9A 1FMXA 5P8OA 3T3CA 3BRAA 4OBJA 4HA5A 1MSMA 5P66A 2Q11A 3LHGA 4S1GA 4Y35A 5OZBA 5P18A 1IIQA 1MVPA 1AZ5A 5P0TA 2ZJLA 1A94A 4HE9A 5P6XA 2HB3A 4R95A 4D88A 5P12A 1B6PA 2G1SA 5P43A 4F76A 1LZQA 1PSNA 1EC1A 5P6SA 4DQCA 5P1AA 3RTHA 4YD6A 3EL9A 1HPXA 2VJ7A 2WF1A 2VS2A 1QBUA 4FIVA 5P8BA 5P8NA 1NSOA 3TOHA 4FL8A 2G21A 3T11A 4Y43A 4RCFA 5PEPA 5P3ZA 5P6YA 5OZAA 3U7SA 4DJQA 6FIVA 3FSMA 4YOAA 1A9MA 4BEKA 4QJ6A 1T6GA 5OYVA 3NUOA 4YE3A 1GVXA 5P54A 5ENKA 2XFIA 3OU3A 3SLZA 4DUSA 1META 1RPIA 2OHTA 1HPOA 4J0TA 3LINA 4DQFA 5AH6A 4Y57A 4F74A 1B11A 5P5VA 5P71A 5P1HA 4U8WA 5P4EA 4CPRA 3KT2A 2ZHVA 5P4WA 2H6SA 3DK1A 1EPOE 5DQ5A 3D91A 4Y5EA 3BUHA 2UY0A 4NPTA 3GI4A 3NU6A 2B42A 5P1GA 3NU3A 3MXDA 1NPVA 5OYZA 4R91A 2VNMA 3D1XA 5P09A 5OZXA 5OZZA 5P1BA 3PI5A 5P72A 5I3WA 1ZJ7A 3LZYA 4Y4DA 5P07A 5P2AA 5P6HA 3KT5A 3K1WA 1K6PA 2VIJA 5P0JA 5P1VA 2QK5A 4Y3XA 2R43A 3DV1A 5OZUA 5P76A 3EKYA 3VV8A 5P39A 5P82A 4FRJA 2F3FA 1LYAB 2QMFA 5P8PA 5P56A 1TSUA 5P1CA 4J0VA 2HB4A 3CKTA 4RYGA 4EP2A 2OHMA 1W6IA 3I6OA 1C6YA 2XYFA 3INHA 4EWOA 2A1EA 5ENMA 4M8XA 3QPJA 3D20A 4CPQA 4DQBA 3AUPA 3S85A 5P1WA 3VV7A 3TH9A 2RENA 2NXLA 5P7PA 1LYBB 5P16A 2F3EA 5P6ZA 5P0PA 5P1LA 3LITA 3QVIA 2NXDA 2BPWA 3AIDA 5P6MA 5P0IA 3UDMA 2ZJHA 4RVJA 5P01A 2ER7E 1HWRA 5P5TA 4OD9B 2QMDA 3TNEA 2VIEA 1HVHA 2V16C 5P3AA 1RNEA 3OU4B 1C6ZA 5P74A 1IDBA 5P58A 5P13A 4WTUA 2XYEA 1MERA 4Y5AA 5SY3A 3PMUA 5P3WA 3NDUA 2QHCA 2ZYEA 3OUCA 4J1FA 4DPIA 3S54A 1APUE 5P7WA 1W50A 1AJXA 3KFPA 5P6PA 5COPA 2VKMA 4J55A 5P62A 5P2GA 3OUDA 3BVBA 4YDGA 3ZKNA 1W51A 2NMZA 4FCOA 1BDLA 1E81E 2AVQA 2OHPA 5P3FA 5HE7A 5P2SA 5P6AA 3UPJA 4DQEA 2VA5A 5P4XA 1K1UA 2QZKA 2F3KA 3L38A 3U71A 1FFFC 1MT7A 5E5JA 1MUIA 1HTEA 3OXXA 3KM4A 4GJBA 3MSKA 4GJ9A 4QJ7A 5OZJA 2IGYA 5P78A 5P3XA 2IQGA 4Q1NA 3L5EA 2HB2A 5IS4A 4ZE6A 3VSWA 3PVKA 4NPUA 3PI0A 5KQFA 5P7SA 3APPA 5AGZA 3UHLA 5OZ9A 1DW6C 3KF0A 5P89A 1NPAA 4F75A 5AHBA 1ZSRA 1FIVA 4YD5A 4Y44A 4N00A 3VV6A 1MSNA 4EQJA 5P8LA 4Q1XA 3EKPA 1BV9A 4EJ8A 5I3VA 5SXNA 4TRZA 5P31A 4J17A 2RMPA 1G35A 3Q5HA 3S2OA 1LF3A 2AZ8A 4YBFA 5P7XA 4Y3GA 1PSOE 4QGIA 2QI3A 5P0NA 4Q1YA 4LHHA 4XKXA 3IN3A 3OADA 5P4TA 5OZLA 1BV7A 5P7NA 1TZSA 2QD8A 2FNTA 5F01A 5C9DA 4Y58A 3OADB 5P8CA 5P6OA 4Y6MA 3GI6A 5AH9A 3IGBA 4RCDA 3SO9A 2AOHA 2QMGA 5DQ2A 1TW7A 4RRNA 2G1OA 5FIVA 1EC0A 3UDNA 5P6DA 3OQDA 5P49A 2P3BA 2PK5A 3GI5A 3WZ6A 1HOSA 3QROA 3QAAA 2P3BB 5KR2A 2WEDA 2F8GA 1HEFE 3EKXA 3UDPA 4CPSA 2G22A 2BPYA 4D8CA 1MRWA 3EL0A 4Y4WA 5P3JA 4X7IA 1D4HA 2PH8A 4OC6B 5P8IA 3ER3E 4Y3TA 1N49A 1G6LA 7UPJA 4J1HA 4DQGA 2FXEA 5KOQA 5OYXA 5IE1A 4LBTA 3CIDA 2WHHA 5P6QA 5P0WA 4YD4A 5P6WA 5P6NA 5P60A 5OZ8A 3IN4A 3OK9A 5P3MA 4HDBA 5P28A 2AVMA 4FM7A 1D4YA 4YD3A 1B6MA 5OZEA 4L7HA 5DR3A 2G1NA 2ER6E 3QBHA 5P2LA 3Q6YA 3PM4A 4QJ8A 5P5DA 2AIDA 1YTIA 5JG1A 3SA4A 5P73A 3SACA 3OU1A 5P50A 5P79A 4Y48A 2QD6A 1T6EX 3OUBA 5P4DA 5P4PA 5CONA 4GJCA 1K6CA 5P02A 3UTLA 4Y3JA 3RU1A 5P3LA 4CPWA 5P6LA 1K6VA 4DJWA 1E80E 4ACXA 5P17A 3RVIA 3BUFA 3JW2A 2FIVA 5P3OA 2QI4A 5P7CA 2BBBA 3VYFA 3LZSA 4ZSPA 1HHPA 1ZP8A 3VLAA 2JYSA 4TRYA 2P4JA 4Y9WA 4FAEA 4ZPFA 1Z8CA 1IVQA 3PHVA 3LIQA 5P1DA 5P7OA 4ZSRA 5P8KA 3NWQA 1FQ4A 5P0HA 1MTRA 1ZBGA 2BKTA 5P8FA 5P2HA 3GGVA 4EJLA 3L58A 5P4AA 2J9JA 4AA9A 1KJHA 3UQXA 5P7QA 3PCWA 3QBFA 2J9JB 3EKWA 5DR8A 5P3HA 4CPTA 3G72A 2R5PA 1D4LA 2O40A 3URLA 5P1XA 2WF3A 2Q63A 1DIFA 2I4DA 2AVOA 4DJRA 4DQHA 2QZLA 1BDQA 1XS7D 2R3TA 4Z50A 5E5KA 4FGXA 3VYEA 2I4VA 3INFA 1EC2A 5P4MA 5HTZA 5JFUA 2ZHRA 5P8HA 5OZIA 4IVSA 4R5NA 4ZEAA 1PROA 4Q1WA 4UPJA 2FGUA 3OQAA 1FEJC 1W5XA 5P3KA 1WBMA 3N4LA 2IKOA 2AVVA 3GGAA 2O4NA 5P7YA 3QS1A 2AODA 4JECA 2Q3KA 5P40A 5P4SA 4COEA 1T3RA 1QBRA 5P44A 1DAZC 5P1QA 1M4HA 4EXGA 4I0ZA 2OHUA 3Q3TA 5P1UA 1SDTA 2PK6A 4Y3EA 3NXNA 5F00A 5P87A 2FGVA 3VCMA 5KOSA 2P3DA 4I0FA 3SA8A 3EKQA 5P37A 4YCYA 4HLAA 1HSHA 3IAWA 1SP5A 3PSGA 5DR4A 3PJ6A 2BKSA 2Z4OA 4H3IA 3OQKA 1A30A 5P69A 1KJGA 3K5CA 2ZJMA 2AZ9A 4LC7A 3I2LA 3LIXA 3S43A 3PLDA 3VSXA 2JJIA 5P2KA 4XX3A 5OZKA 3L5FA 4MC2A 3S43B 3H5BA 3ECGA 5P2DA 5OYRA 1K2CA 4Y3PA 5P3GA 1IZEA 5C9FA 3S7LA 2I4QA 3ZKMA 5P8TA 4ER1E 3GGXA 1BILA 5EZXA 3I25A 4FSEA 5P5EA 5P0EA 4Y54A 4Y41A 3VG1A 2BPVA 4QJAA 5P0DA 2QD7A 4K4RA 2NPHA 5P5NA 2QMPA 3UQPA 4OBDA 2IL2A 5OYQA 3UDHA 5AHAA 3FKTA 4HVPA 4ZSMA 4LP9A 1CZIE 5UPJA 1FGCC 6APRE 3SM1A 1QBTA 2VIZA 5HDXA 1WBKA 3EKVA 3MXEA 1EPRE 2PMAA 2ZE1A 5P5QA 4B00A 5P8QA 5P7RA 4JOOA 3QIHA 2PWRA 4JP9A 3T7XA 5P3QA 1ZLFA 5HCOA 3APRE 1FKNA 4IVTA 5P0OA 5P8SA 3PWWA 4GJ6A 4I12A 3OWNA 3PB5A 5DGUA 1HPVA 3EXOA 1FMUA 2RKFA 3FNTA 5P6TA 5DR1A 1RV7A 4Z2ZA 4L1AB 2BJUA 5P5WA 4J0YA 1K1TA 3OOTA 4I0EA 5P04A 5P7LA 3JVYA 4Y4TA 5P0CA 1JLDA 1ER8E 1PPLE 2ZDZA 2QZXA 4E43A 2ZHTA 5P38A 2QI7A 1HRNA 1D4IA 4D83A 4JPEA 3LZVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJD A;  5DQC A;  5P0V A;  1BXQ A;  1EBZ A;  5P8M A;  2AQU A;  4BFD A;  4YHQ A;  2BPZ A;  2FDE A;  4RGH A;  3KDB A;  2UPJ A;  5P2C A;  5T4S A;  3ER5 E;  3NU5 A;  5P5K A;  2P3C A;  1FF0 C;  1HSG A;  3K5G A;  4YD7 A;  2I4U A;  4A4Q A;  1E82 E;  2B8V A;  1ZPA A;  4M8Y A;  1YM4 A;  5P6F A;  3KN0 A;  3IVH A;  1B6L A;  1WKR A;  3DCR A;  3HZC A;  3OQ7 A;  1HVC A;  3SAA A;  3KDC A;  4Y5N A;  5OYS A;  5P2F A;  5P1P A;  4Y5K A;  5P5Y A;  4DV9 A;  5P64 A;  3UQU A;  2Q55 A;  3A2O A;  5P2R A;  5P2M A;  1LEE A;  5DGW A;  3O9G A;  4QJ9 A;  2WL0 A;  3ZPS A;  2PH6 A;  4XXS A;  4FM6 A;  3QRS A;  5P70 A;  4Y3S A;  3DJK A;  2OAH A;  5P0R A;  1UH7 A;  1W6H A;  3ZPU A;  2QNN A;  3OUD B;  1XL2 A;  5DR7 A;  5P59 A;  2FDP A;  5P2O A;  2I0D A;  3ZKX A;  4F73 A;  4DJY A;  2VJ6 A;  4EP3 A;  1EBY A;  3CKR A;  5P7D A;  2F80 A;  1EBK C;  4DI2 A;  2B7F A;  2I1A A;  5J25 A;  3SA9 A;  1YTG A;  1B6J A;  5SY2 A;  4U7Q A;  3S53 A;  3RSV A;  3O9I A;  3G6Z A;  5P3E A;  3OGQ A;  3PEP A;  5P32 A;  1AM5 A;  1GVU A;  5AH7 A;  3GI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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