5P0KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 67
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0kA01
3QS1A 1F34A 1Z1HA 5JODA 2VA7A 5J25A 2B8LA 3EXOA 3A2OA 1HIHA 4Y3JA 5P50A 1OEXA 1FKNA 4E43A 5P35A 1RNEA 2IENA 7UPJA 3INFA 3EM6A 1K6VA 3K5GA 4Y3SA 3O9DA 5DR0A 4Y9WA 2HB2A 4F75A 5ISKA 4EJLA 2G21A 5P0NA 2V16C 2G1YA 4FL8A 5FIVA 3ZMGA 3ER5E 3QVIA 4RCFA 2HAHA 5P2HA 2VS2A 4J0PA 5OYZA 2IS0A 4Y5EA 3GI0A 4RROA 1GVUA 5OZNA 5P19A 4Y35A 5P20A 5OZ0A 6APRE 4Y51A 3ZPUA 5P29A 2UY0A 2MIPA 3OADB 5P12A 5DR4A 5BS4A 3OAGA 5P84A 1YT9A 3LINA 5IVSA 4B00A 4KB9A 2B8VA 5P2QA 4FM8A 3U7SA 6FIVA 3K4VC 5TOLA 4L6BA 5P3FA 5OZCA 2PQZA 1K2CA 4Y3HA 3KF0A 3O9LB 1E81E 5OZGA 3WZ8A 4Q1NA 4DJUA 5P7IA 5P8JA 4B1EA 3CKPA 3O9CA 4Y57A 5COOA 5P1EA 5P4YA 2NXDA 1HIVA 2VA6A 3UDJA 5OYWA 3UDPA 5P0HA 3D91A 5P4BA 4MC2A 3EKWA 6UPJA 4M8YA 4QLHA 5ISJA 2R3WA 5P78A 2NR6A 2P3DA 2PSGA 4ZE6A 4LXKA 4Y54A 3O9GA 4ZSRA 2OAHA 1IDAA 5P8BA 3DV1A 3SA9A 3JVWA 4AA8A 4PEPA 4WY6A 3QBHA 5P0KA 1WBMA 4Q1YA 5HE4A 4EP2A 2R5QA 5P26A 5P1YA 4J54A 4K4RA 5P5BA 4H3FA 1YTGA 1SMEA 5ER1E 5HVPA 4OBGA 2BB9A 2P3BA 1MT7A 4GJ5A 4Y53A 4Y3PA 4FSLA 5P0OA 3EBZA 5P6UA 4CPRA 1TSUA 5P4UA 3ZKGA 4YBIA 4DQCA 3INHA 5OZXA 3IVIA 5P0PA 2AOEA 1W5WA 2ZHVA 4R8YA 5P6YA 5P5QA 3KFRA 4DJQA 4HDFA 4J1IA 2ER9E 3BUGA 5P8RA 4Y47A 5OZ5A 4GJAA 1GNOA 5OZSA 4FE6A 4J1KA 3VCMA 1ZSRA 5P3ZA 1C6YA 3TPRA 5AHAA 2QP8A 1YM2A 3I8WA 3LITA 4Y6MA 3PBDA 3OQ7A 2J9JB 5OZLA 5P57A 3SA8A 4GJBA 4RVIA 2JJIA 3OXWA 3OQFA 2WEAA 3RTNA 5P89A 1IZIA 1DP5A 3BGCA 5P46A 5P8FA 1FQ4A 1CPIA 5P45A 4QJAA 2IEOA 5P5UA 2I0AA 5OZ2A 1LZQA 1B6JA 5IVQA 1OD1A 5P3BA 2VIZA 5P5JA 5P5GA 1HVJA 5P1KA 3SPKA 1SDUA 3EKTA 5B18A 3ECGA 3HZCA 2R3TA 4I0JA 3PMUA 2AVVA 4ER2E 1N49A 3KM4A 5AH8A 2O4KA 2J9KA 5P18A 4Y56A 5P1HA 3TLHA 5P64A 4K4QA 4I11A 3SA7A 4RRNA 5P4VA 3NXNA 4ACUA 4YOAA 5P2IA 5HU0A 1SDVA 3KDCA 2JXRA 3K1WA 5KR0A 1BVEA 3G70A 4ZPGA 5KR1A 1EAGA 4Y36A 2AQUA 4FM6A 1YX9A 3OUDB 1SIVA 5P76A 3HD8A 3KDBA 3B7VA 3PVKA 1BAIA 1HVHA 1B5FB 1EBWA 3Q6YA 1GVWA 5P8KA 4Z50A 2WF4A 4BFBA 3TNEA 1MVPA 4Y4BA 5P51A 3OTSA 1NH0A 5P3SA 1CMSA 5P3XA 3LIXA 4I0DA 4I0FA 5P0GA 3NYGA 5P41A 5P3AA 4ZPEA 2QU2A 4HEGA 1HBVA 2WF2A 3EKXA 1HVCA 3PBZA 5OYQA 2CENA 4OD9A 1VIKA 1IVPA 5P2AA 5P59A 1Q9PA 3UQXA 5P8QA 5P6FA 1KJGA 2ZHSA 2Q54A 2P4JA 3PCZA 5P2UA 2B7FA 2G94A 4NJSA 1LV1A 5P1AA 1HEFE 3UQWA 4NJTA 3OU1A 2G24A 4K4PA 3DUYA 5P4XA 3PMYA 2I0DA 5ENKA 3TH9A 4CPTA 2QMDA 3INEA 3S43B 1UPJA 1BDQA 3QIHA 1GNNA 3IN4A 5P6KA 5P5NA 2V12C 1T6GA 2ZDZA 2ZHTA 4DFGA 2A4FA 5P5OA 1J71A 5P5ZA 4Y41A 5P27A 4ZEAA 5P0IA 4B0QA 3OQKA 5KR2A 5P1CA 2RMPA 5HDUA 4Y4ZA 2WKZA 1E82E 4JPCA 4IVSA 1BBSA 2NNKA 1HPOA 2FDPA 4F73A 2PK5A 5P6OA 3R0YA 5P2YA 1ZSFA 3EL4A 4QJ8A 4DPIA 3ZKNA 5P0DA 4KUPA 1IZDA 1IZHA 2QU3A 3T6IA 4B1DA 1EPQE 1LF3A 1AVFA 1EC1A 3EL5A 4B05A 1HVIA 5P54A 1EEDP 4DJWA 2BPYA 1T7KA 1LEEA 2PMAA 4FLGA 5HU1A 4J0VA 4DQEA 1Z1RA 3VF3A 3C9XA 3L5DA 2O4LA 5P74A 3VF5A 3O9AA 5AH6A 3VG1A 3ZKSA 5E5JA 3OADA 1APTE 3R4BA 4L7GA 5P05A 5P8VA 5P1GA 3TKGA 1FEJC 4ZPFA 2XFIA 5SY2A 5P28A 1FMUA 5P8EA 1IBQA 4M8XA 3L38A 5OZ1A 4BEKA 2PYNA 1A9MA 4RLDA 4Y3QA 4BFDA 5P68A 3NU5A 3DJKA 3NUOA 5P1WA 4I0EA 5KQFA 2IDWA 3WZ7A 4CPUA 1F7AA 2O40A 4TRWA 2CEJA 1G6LA 3TOFA 3UDQA 5I70A 4JOOA 5P58A 2AZBA 5P4PA 3KYRA 5P4CA 5P67A 5P00A 5P6CA 5OZMA 5P2EA 5P37A 5P61A 3I25A 8HVPA 1W5YA 4Y3XA 2OHPA 4J55A 3DK1A 2Q3KA 4A6BA 2OHKA 1XN3A 2F3FA 2I4XA 1A8KA 5P2NA 4Y3MA 2AOCA 1HPSA 4GB2A 2FDDA 5P5EA 5P5TA 5P1MA 3EL0A 5P3YA 5KQYA 4Y4UA 2BJUA 4YCYA 4J0TA 4Q1WA 1ZPKA 3WB5A 5OZVA 5P7VA 1B6LA 4ACXA 1EPPE 4Y5CA 2OHNA 4LL3A 5P4LA 5P3KA 1DIFA 2R43A 3PB5A 4A6CA 1HTGA 3S2OA 1FQXA 1OEWA 5P81A 5P83A 4I10A 4BELA 2OHQA 1E5OE 4YA8A 2G22A 1FIVA 5P33A 3OGQA 2IRZA 4Y4GA 5P7UA 3LPIA 3OU4B 3S56A 3K5CA 3LZUA 4Y3YA 1FG8C 5P5RA 1B6PA 5OYTA 4ZSQA 4MC9A 5P5XA 1EPLE 3NWQA 2ZHRA 3VYFA 3PWWA 4H3GA 2QZXA 5P3IA 3MWSA 5P3DA 5P8GA 4EYRA 4B70A 5P02A 3SA4A 2HS2A 1QBTA 1W50A 5PEPA 4J1CA 2AVOA 4CPWA 4AMTA 4Y50A 3FIVA 3LIQA 5DQ5A 2WF3A 2J9JA 3UTLA 3ZPSA 5P0BA 3EL9A 3BRAA 2AODA 2NTRA 4Y4DA 3UQPA 1FMBA 1A94A 2F3EA 4Y38A 4RYCA 2FNSA 5C9DA 4PZXA 5P7SA 1UH7A 5P7EA 5P79A 5P4IA 5P62A 3HLOA 3QRMA 5P6GA 3TOGA 5P87A 4NPTA 4Y58A 3SKGA 4DJOA 5P8NA 4EPJA 1G2KA 5P0VA 2QNNA 5P1OA 3EM4A 3NDWA 5P3NA 3TPJA 3OQAA 5P2OA 3BXRA 4Y5NA 5P03A 1ODYA 2I4UA 1BXQA 5P0LA 2WHHA 3OHFA 3BVAA 4EXGA 1XL5A 5JFUA 5P2WA 5KOSA 4CPQA 2B42A 4B72A 5P0XA 4YE3A 1KJ7A 3IA9A 5EZZA 1T6EX 5ER2E 3SA5A 5P5WA 3PM4A 4JECA 5P5AA 4I0GA 4NKKA 1QBUA 1BV7A 3LPJA 5P7WA 4B78A 2I4WA 3L5FA 3I7EA 3S8IA 1B11A 3OUDA 3R2FA 1HXWA 3GW5A 1BDLA 2WEBA 5P65A 2OHRA 2ASIA 4Y5BA 3TKWA 5JG1A 5P6NA 2B60A 3QI1A 5KQXA 3CIDA 3RU1A 2FXDA 4NJVA 4ZSMA 3OUAA 1FFIC 3PWMA 4MC6A 2BQVA 5IVRA 3ZKMA 2FS4A 3WZ6A 5P6HA 1PPME 5P5HA 5P1VA 5DR3A 4KE1A 2F3KA 3SM2A 1QRPE 3GGAA 3BUFA 2NXMA 4OBZB 5P0CA 3NWXA 4YBFA 1W5VA 1BILA 4MC1A 5P8HA 3ZKXA 4CP7A 1KJ4A 2FIVA 5P5YA 2SAMA 5P86A 5OZZA 4Y5GA 5HDZA 1VIJA 4S1GA 3SKFA 2CEMA 1YTIA 2HB4A 4X2LA 5P24A 2ER0E 3VV6A 5P6RA 1MERA 2ZJLA 3T7QA 4B1CA 3VUCA 2QMPA 3S43A 5DGWA 1AZ5A 2G1SA 1TZSA 3L59A 4EQ0A 5P3GA 5OYUA 3R1GB 5P3MA 1DMPA 3O9IA 3NLSA 4GMIA 5P40A 5P7LA 4AA9A 1IVQA 1E80E 1IZEA 5P2FA 1PFZA 1ME6A 3CMSA 2WJOA 5P6WA 4CPSA 5P7YA 3BHEA 3FX5A 2FDEA 2QI3A 5P8OA 2R38A 3UFNA 3CYXA 1HWRA 3JW2A 5P6LA 1ODXA 3SFCA 1GVTA 5P6JA 4GYEA 4GJ6A 1AXAA 4U7QA 3PI0A 5P34A 3UDHA 3QN8A 2QHCA 1AIDA 1LYBB 3UDNA 1HOSA 5P4WA 4L7HA 3LIVA 3CICA 5P85A 3NXEA 4QJ9A 3BUHA 5P4GA 2RKFA 4DQHA 5P47A 5P0TA 5ENMA 1EPNE 5P22A 1GVVA 2F8GA 3KN0A 1D4YA 1LS5A 2OHLA 1NSOA 4HA5A 1FG6C 5P2ZA 1SBGA 2QI7A 4R93A 2HPFA 2FGVA 5P2TA 2VJ6A 3MSJA 4EWOA 2AOIA 5P43A 2VJ9A 5OYYA 3DCKA 5P39A 5P6MA 1K6TA 1META 1MT9A 1LYWB 3INDA 5OZRA 1HSHA 1APWE 3NR6A 3T11A 4ER1E 5P1PA 5P8PA 4FRKA 3TOHA 2QI5A 1K6CA 2O4SA 3DCRA 5DR8A 5P32A 2AOJA 2ZJKA 3NSHA 5P2BA 4F74A 3LHGA 2G1RA 4J17A 1G35A 4GIDA 1HVLA 3IN3A 3SABA 1GKTA 3S45A 3OQDA 1NPAA 4RVXA 4WY1A 4RVJA 5CLMA 4J0ZA 5P82A 2V0ZC 4Y3LA 2G20A 3SACA 1FB7A 3PEPA 2NMYA 4U8WA 4APEA 2QAKA 1XE5A 5P08A 2ER6E 2OHMA 5P4AA 2G27A 4Y37A 3LIYA 2QD6A 3NU4A 4Y5MA 5P60A 5P01A 2HB3A 5P75A 1SMRA 3U6AA 5P4DA 2WF1A 1APUE 5T4SA 4GZFA 3Q3TA 1ZP8A 2AVQA 2VIYA 4Y3FA 3NDTA 3O9FA 1G0VA 3OXCA 4Z4XA 3NUJA 5P8AA 1FQ7A 3EKVA 4NJUA 3ZLQA 4F76A 3OU4A 3ZKIA 3QP0A 1B6KA 1UH8A 2ZHUA 3OOZA 4L1AB 1PSOE 2XFKA 5OZPA 3PSGA 3H0BA 5P5IA 5P3RA 3I6OA 4EJDA 1EPOE 3K5FA 1APVE 2NMZA 3CYWA 2Z54A 2QZLA 3PLLA 4FRSA 4Y4TA 5OZWA 3URIA 2UPJA 3KMYA 4FRJA 2R9BA 1TCWA 5I3YA 1A30A 4OC6A 2AIDA 1XDHA 3UDMA 1ZBGA 2AVSA 1TQFA 1FGCC 5P4SA 4B77A 5AH7A 4CKUA 2R8NA 3MXDA 3TPLA 2ANLA 4J1EA 5P88A 5KAOA 5OZFA 2VKMA 5CONA 2VNMA 5P23A 2FNTA 5P6AA 5P3VA 1TSQA 2FMBA 2HIZA 5P7DA 5P0JA 3G72A 2APRA 3O9EA 2IKOA 3NDXA 4R95A 4A4QA 1BDRA 2ZJHA 1T7JA 5HE5A 1LF4A 3Q4BA 1SH9A 1ER8E 3S7LA 3S53A 1C6ZA 1DPJA 2JYSA 2ZJMA 2A1EA 2IQGA 4J5JA 1AJVA 3F9QA 2BKSA 2PC0A 5P8SA 1HVSA 4DJVA 5COPA 4JP9A 5P55A 1U8GA 5P2DA 5P31A 2QZKA 4PPHA 5OZ6A 5P0RA 5P8TA 5JFPA 4Z2ZA 5OZYA 5I3XA 5P6TA 1BV9A 3DOXA 4KE0A 1T7IA 1PPLE 3CKTA 5P5CA 4TRZA 4FCOA 1ZLFA 2QI4A 3O9LA 4Y3GA 5AGZA 5P0WA 5P1LA 4GJCA 2F80A 5P1IA 4COEA 5P1NA 1EBKC 1YM4A 5P13A 1SGZA 4XX4A 2Z4OA 1ZJ7A 3ZL7A 3D1YA 5P2CA 5P1SA 5P4HA 1BWBA 1HSIA 4LXMA 5P30A 2QHZA 5APRE 3LZVA 5P3EA 1T3RA 4FAFA 3KA2A 2VNNA 5P7KA 3G6ZA 2FXEA 2O4NA 4OBZA 5UPJA 2XFJA 1QBSA 5P52A 3ST5A 3EKYA 5OZAA 2O4PA 5P72A 3QRSA 2QD8A 2BBBA 1PROA 4YD6A 5P1XA 3KMXA 3PHVA 4RCDA 2QNPA 5P6SA 4J0YA 2QI0A 1HPXA 2P3AA 3OXVA 4FSEA 4TVHA 4DQGA 5P5LA 4LXAA 1WBKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QS1 A;  1F34 A;  1Z1H A;  5JOD A;  2VA7 A;  5J25 A;  2B8L A;  3EXO A;  3A2O A;  1HIH A;  4Y3J A;  5P50 A;  1OEX A;  1FKN A;  4E43 A;  5P35 A;  1RNE A;  2IEN A;  7UPJ A;  3INF A;  3EM6 A;  1K6V A;  3K5G A;  4Y3S A;  3O9D A;  5DR0 A;  4Y9W A;  2HB2 A;  4F75 A;  5ISK A;  4EJL A;  2G21 A;  5P0N A;  2V16 C;  2G1Y A;  4FL8 A;  5FIV A;  3ZMG A;  3ER5 E;  3QVI A;  4RCF A;  2HAH A;  5P2H A;  2VS2 A;  4J0P A;  5OYZ A;  2IS0 A;  4Y5E A;  3GI0 A;  4RRO A;  1GVU A;  5OZN A;  5P19 A;  4Y35 A;  5P20 A;  5OZ0 A;  6APR E;  4Y51 A;  3ZPU A;  5P29 A;  2UY0 A;  2MIP A;  3OAD B;  5P12 A;  5DR4 A;  5BS4 A;  3OAG A;  5P84 A;  1YT9 A;  3LIN A;  5IVS A;  4B00 A;  4KB9 A;  2B8V A;  5P2Q A;  4FM8 A;  3U7S A;  6FIV A;  3K4V C;  5TOL A;  4L6B A;  5P3F A;  5OZC A;  2PQZ A;  1K2C A;  4Y3H A;  3KF0 A;  3O9L B;  1E81 E;  5OZG A;  3WZ8 A;  4Q1N A;  4DJU A;  5P7I A;  5P8J A;  4B1E A;  3CKP A;  3O9C A;  4Y57 A;  5COO A;  5P1E A;  5P4Y A;  2NXD A;  1HIV A;  2VA6 A;  3UDJ A;  5OYW A;  3UDP A;  5P0H A;  3D91 A;  5P4B A;  4MC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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