5P0MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 69
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA01
3EL0A 4J1HA 5IVRA 1JLDA 2I4DA 4KE0A 5P33A 4DJUA 5P8UA 3L5FA 3OK9A 5P5IA 5P8IA 5P45A 2QNNA 2OHQA 3INFA 5OZRA 4DQCA 5P2WA 5P65A 3NDTA 4ZEAA 3TOFA 3PEPA 5EZZA 1GNNA 3SA5A 5P7BA 3SA8A 2FGUA 3LNKA 3PJ6A 1D4HA 5OZFA 4DUSA 5P6OA 4FAEA 1T7IA 5OZZA 1ME6A 5DQCA 5P23A 5P7IA 3KFNA 3S56A 2WHHA 5ENMA 2F3KA 1HEFE 5P5DA 4CPUA 1APVE 5P4UA 5P7GA 2A1EA 4GB2A 5OZHA 5P1OA 1E82E 3TL9A 1GVXA 1XL2A 3INEA 3UDNA 5AH7A 3QROA 1GVWA 5HE7A 5P6QA 2QU2A 1AIDA 2NXDA 2FMBA 3FV3A 3QRMA 1K1UA 2P3BA 3BC4A 5P3VA 5P34A 2R38A 4FRKA 4I0JA 3SA6A 2Q5KA 1M0BA 4DQBA 4DJPA 3QRVA 5P3WA 3EKYA 1SGZA 5P60A 3GI0A 2QI4A 5P7XA 2APRA 5P8TA 5J25A 3NUOA 1ODXA 1CZIE 3K4VA 3I25A 4BELA 1ZLFA 3KFPA 5P1RA 5P2EA 1MEUA 2PQZA 5P00A 5P7UA 3NU3A 1YX9A 1UPJA 5P0PA 5P22A 3LZSA 3MSKA 3OY4A 1D4SA 5P2FA 5DR3A 1HEGE 4X7IA 4HZTA 2AVQA 2HIZA 3PBZA 4Z22A 4B0QA 3PSYA 1D4LA 3ZOVA 3CKRA 5P73A 5P1LA 3RU1A 2Q3KA 4J5JA 3PVKA 5KR1A 4QGIA 1Z1HA 2QHCA 2P4JA 3S7MA 3WB5A 4B77A 1B11A 1PFZA 1Q9PA 3QN8A 5P7WA 1A94A 1J71A 3IN4A 4GJDA 3O9EA 2XYFA 1ZP8A 5OYYA 4LP9A 1B6MA 3HDKA 2VIJA 4IVSA 5P8RA 3RSVA 5P2IA 1K6TA 3PBDA 2O4SA 4A6CA 1FEJC 4KE1A 5P0NA 1LZQA 1B6JA 2ZDZA 4M8YA 3SAAA 4I0EA 4LHHA 1BVEA 5P5ZA 5P2NA 5P30A 1ODYA 1FQ8A 2JXRA 2PH8A 5P36A 5P5NA 5P5HA 4TRWA 4QJ8A 2AZ9A 5OZNA 3A2OA 1PROA 3I2LA 3UQPA 4Y3AA 1BILA 2OAHA 1W6HA 5P2BA 5ISJA 1ZPKA 3IXOA 4J1IA 5OZIA 4DQGA 2PK6A 4Y4ZA 4Y41A 2P3AA 4Y54A 5P0VA 4CKUA 4YCTA 5OZDA 5P6KA 2VJ6A 5P3JA 1W50A 5OZOA 4K4RA 2QD8A 4D8CA 4Y5MA 5P4VA 5P4OA 2F81A 3NU6A 3VYFA 3OUAA 5P7SA 4ER2E 4LXAA 4YHQA 5P8JA 3DUYA 4UPJA 3BVAA 1DP5A 3URLA 1PSNA 3RTHA 2ZJNA 1RNEA 2OHRA 4U7QA 1SDTA 4FIVA 1QBTA 3QI1A 3NYGA 2G21A 3BUGA 1A9MA 4KB9A 1FKNA 3GGUA 4Y3HA 2PC0A 3L5DA 3UDPA 2Q63A 1DPJA 4Z50A 4DH6A 5HD0A 5P70A 4U7VA 3OOZA 2JJIA 3NWXA 4J0VA 3QP0A 5P3GA 1MESA 5P06A 2VJ9A 3WZ7A 1LYBB 4H3JA 1GVVA 2QI6A 2O4KA 5P8LA 2FXEA 1HIVA 4Y5AA 2VS2A 1SP5A 5P6BA 2IGYA 5P7FA 4JPEA 5P69A 3UQUA 3O9CA 2H6SA 3HAUA 3IVHA 4M8XA 5P17A 2AOJA 2V11C 1HBVA 4YOBA 4YE3A 4FSEA 2RSPA 4XXSA 3PLDA 5AH8A 1T6EX 1KJ7A 3SO9A 1ZBGA 5P5XA 1MIQA 1B6LA 5P5WA 5P2ZA 4I0IA 1LYAA 4R5NA 5DPZA 3B7VA 1IDAA 1W5YA 1MSNA 1LF3A 4Z2ZA 5COOA 3NDXA 4PEPA 3QPJA 1HVHA 1HVKA 3U6AA 3PMUA 5P68A 3EL4A 4DQFA 4ZLSA 4YD6A 3I8WA 5P6AA 5P4CA 1G6LA 5P87A 3ER5E 4JPCA 4J0YA 2NXLA 4YA8A 5OZ1A 1FQ7A 4I0GA 1DAZC 5AH9A 1FQ5A 2Q54A 5I3YA 1BAIA 2Q15A 5P5PA 3VLBA 3VUCA 1EC0A 2R43A 5P84A 5P0LA 5P0JA 2ZE1A 4NJSA 1YM4A 2QZWA 5OZCA 4Y3WA 3OADA 2AQUA 5P4AA 3LHGA 5P0BA 5P4SA 2I0DA 2AZBA 4L7GA 5P3UA 3O99A 5P4ZA 3NXNA 3IVIA 4NJTA 5P46A 2B42A 2HB2A 4F74A 2HB3A 5P2TA 1MSMA 5P5LA 2G1OA 5P3FA 2BPYA 1SGUA 1XN2A 1SIPA 5P6FA 3ZLQA 3O9LB 4BFDA 2PSVA 5DR7A 1Z8CA 2G94A 1KJHA 1SBGA 5P1DA 5P7RA 4OBZB 5P3DA 3L58A 4HDFA 1BIMA 3L5EA 4CPWA 2AOHA 5P7TA 4KUPA 4COEA 4RGHA 5P78A 4ER1E 2QI0A 4Y37A 3TPPA 5P0UA 4Y47A 4Y5LA 2FDPA 4EJLA 2NNPA 4JP9A 4GZFA 3B80A 1HVCA 3HVGA 3S85A 4Y4BA 1TCWA 3PM4A 5P0WA 2QMPA 1FG6C 3AIDA 1IZDA 5KQYA 1HTRB 1ODWA 5P0FA 5HDXA 4I8WA 1ZJ7A 5P8SA 4DFGA 4Y4DA 4PPHA 4Y4JA 3TPRA 5P1PA 3IA9A 1DW6C 1HSGA 1HVIA 2P3BB 3D1ZA 3ST5A 3PGIA 5HVPA 3PCZA 5P6SA 1IBQA 3UDHA 4N00A 5OZAA 2XFKA 1OHRA 5B18A 2WL0A 4EWOA 1EC2A 2H6TA 2XFJA 4RCFA 4Y56A 5P24A 3GGAA 5P0DA 5P89A 2Z4OA 3NSHA 5P86A 4XX3A 3NR6A 5P66A 3T6IA 3SFCA 5P6XA 3PB5A 4I10A 4TVGA 5P6LA 5P35A 3UPJA 3IXJA 4OBFA 5OZQA 3DOXA 2P3DA 3FNUA 5P7EA 5P72A 3EL5A 4Y39A 5P3KA 3LIVA 3NU4A 4F73A 1CMSA 4NPUA 3OUDB 3OU4A 3SA3A 4GJBA 5P4DA 4Y4XA 4FS4A 5P0OA 1FMBA 3RTNA 2WEAA 2ZJJA 1E80E 2RMPA 5P4GA 5SY2A 2WF3A 2VNNA 3FSMA 2IKUA 5P1EA 4Y43A 5P20A 2ZJLA 4DJOA 3HBOA 1WBMA 2WEDA 2PWCA 3KFRA 4Y4EA 2IRZA 5P8QA 3ZKIA 3R4BA 5OZGA 3OTYA 3OQAA 1MUIA 5AHCA 5P5QA 3NDUA 3BUFA 3OAGA 2AZ8A 1G0VA 4I8ZA 2QHZA 4EPJA 5OZPA 2I4WA 2OHKA 3LIZA 1GKTA 2ZJIA 4Y3TA 5I3VA 4DJXA 1MT8A 5P0RA 3EL9A 5P0YA 5ISKA 1AJXA 3IAWA 2G1NA 3G70A 2WF2A 1BXOA 2JJJA 5P77A 1BV7A 1AZ5A 4RYCA 1XDHA 5AHAA 1HHPA 5P40A 2AVMA 1HVSA 3APPA 3S53A 5P5YA 1HVJA 5P71A 2AOFA 5OYUA 3EM4A 3UQWA 1HTEA 5OZ4A 3MSJA 4CPRA 5P1GA 5P10A 5DGUA 3VV8A 1CPIA 3S43A 1BWBA 2FNTA 2OF0A 4H1EA 5ER1E 1C6ZA 1G2KA 4Y3LA 2J9JB 4OBDA 5I3WA 5P37A 3KT2A 5P4IA 1W5XA 4OD9B 5P0SA 5P1CA 1SMRA 2QI5A 3UDYA 4D89A 1APWE 5P2KA 5P4EA 4Y44A 1EBKC 5HCTA 3VCMA 4ZE6A 3Q3TA 3OUBA 5P76A 3ZMGA 4DJYA 4Y3JA 3DCKA 5P6UA 3MXDA 4Y3YA 5DQ1A 1QDMA 2G1RA 5P51A 1LF4A 1BDQA 1SIVA 1GNOA 5P59A 3RSXA 1APUE 5T4SA 2ZGAA 1EPRE 5P1MA 1N49A 2QI7A 4BEKA 3INDA 1ZPAA 2OHPA 4ZSMA 1WKRA 2PH6A 1ZAPA 4B1EA 3OGPA 4XKXA 2HAHA 3ZKSA 2BQVA 5P1SA 1HRNA 5OZ2A 5PEPA 2WEBA 1QS8A 4K9HA 4J1FA 3HAWA 5P38A 1BDRA 2JYSA 4Q5MA 4RRNA 4U8WA 3EM6A 3VF3A 1YTGA 2QHYA 4ACXA 4B1CA 3UDMA 5P50A 1TSQA 5P8BA 3D1XA 3L5BA 2B8LA 2VJ7A 3LPKA 4R91A 5SY3A 3ZKMA 1LS5A 1HPVA 5P2JA 4Y5KA 4YDFA 1HPOA 3PWRA 2WEZA 2Q11A 4YBIA 4Y58A 2CENA 2R9BA 5P4WA 1U8GA 1PSOE 4I1CA 2QI3A 1XS7D 2P3CA 1MT9A 4NJUA 5P29A 5P7OA 5SZ9A 4A6BA 5P6RA 3SKFA 3ZKQA 1ZSRA 3NWQA 3BXRA 5P4QA 2QAKA 2IENA 5P14A 5P6YA 4QJ7A 3CYXA 5P4NA 4FGXA 2F3FA 4J1CA 2WKZA 5P05A 3PI0A 5P3PA 5DQ2A 2I4VA 1NSOA 4K4QA 4I12A 3CKTA 3S7LA 4F75A 3U7SA 3QVCA 2PYMA 5P5FA 3DJKA 1EPPE 5OZKA 5P4XA 2G24A 5P4LA 4MC9A 3ER3E 1KJ4A 2BKTA 3Q70A 5P88A 1BDLA 4HEGA 5P2RA 2R5QA 3HW1A 2I1AA 3OUCA 5P5RA 4PZWA 1B5FA 3IN3A 3UTLA 5OYRA 2VA5A 4Y48A 2OHTA 5P1TA 2QP8A 3LPJA 5P2SA 4J1EA 3OU1B 3DCRA 3LIYA 5P3IA 3UFNA 5P4JA 3OQFA 4ER4E 4Y3ZA 3O9FA 2Q55A 1EBWA 5P83A 1RQ9A 4Y3MA 5P6DA 4YCKA 3OWNA 3SACA 2V16C 4ZPEA 5P2OA 4CPQA 4DPFA 1UH9A 4FM7A 4Y3PA 4GJ7A 5P3HA 5P7PA 3OXVA 2IGXA 4B00A 1B6KA 5P75A 1FFFC 3DM6A 2AVOA 5HCOA 1SDUA 4B1DA 2ZHRA 5DR4A 1RL8A 1HOSA 4OBHA 5JFPA 1LYWB 3QBFA 5ER2E 5P0TA 5P8EA 3LZYA 5P3NA 4I0ZA 5P4FA 5KR0A 3QS1A 5P5VA 4Y51A 3I7EA 3G6ZA 1IZEA 1W5VA 1UH8A 3K1WA 5P7MA 3BUHA 3BGCA 1TQFA 4EHCA 4A4QA 2O4LA 4MC1A 5P7CA 4L1AB 4D85A 3SA4A 4RCDA 2WJOA 1QRPE 3EKTA 3MWSA 4AUCA 4YDGA 4DVFA 5P6CA 1G35A 5C9FA 3CIDA 2SAMA 1RV7A 5P5TA 5P7AA 1HVRA 3KFSA 4R8YA 3URIA 2QMGA 4Y3GA 1FG8C 1T3RA 2WF1A 4L7HA 5OZMA 3OQDA 3VSWA 5DR8A 1A8GA 3VF7A 4FM8A 4Y4TA 2FS4A 1TCXA 3H5BA 1HIIA 3O9BA 4CPXA 3TTPA 1FIVA 2FGVA 5P8KA 4OC6A 5P41A 3ZPSA 3O9DA 5P55A 2Q64A 5JFUA 2I4QA 5P2QA 2HPEA 5P8VA 3ECGA 1XN3A 3OAGB 5P4TA 5P1QA 3VEUA 1C6YA 2V00A 2I4XA 1GNMA 3TOGA 1KJGA 4Y3DA 4Y57A 4J55A 4HE9A 5P1FA 5P3QA 4HVPA 5P52A 5HE5A 3OXXA 2FDDA 4Y4WA 5P61A 5P2AA 5P0QA 2F3EA 5P42A 5P3SA 3IGBA 1VIJA 4RVIA 2VA6A 5OYQA 5P3YA 3SLZA 1IVPA 4CMSA 3M9FA 5P5BA 4Z4XA 5KQFA 4GJAA 5P5EA 3QBHA 1M4HA 2RENA 3K5CA 5P18A 3KT5A 5OYWA 5OZ7A 4QJ6A 5P5UA 4S1GA 5P1AA 3AUPA 4QJAA 5P5KA 3TPLA 4DV9A 5P63A 5P6GA 5P3AA 2BPWA 3TH9A 1K6PA 3QVIA 1FQ4A 5P02A 2ANLA 3OHFA 2UPJA 1PPKE 5BS4A 3KDCA 3UDRA 2A4FA 1KZKA 5IVSA 1T6GA 3RTMA 1GVUA 2B7FA 4F76A 4JOOA 5BRYA 3NXEA 4Y4UA 3UQXA 3VYEA 5P7QA 5P6ZA 5AH6A 5OZYA 4TRZA 3L3AA 1FLHA 1LF2A 4FRJA 2PSGA 3NU5A 4Y36A 1DMPA 3VG1A 3EKXA 5P5JA 5JG1A 2WECA 4Y38A 1AVFA 5P8NA 3H0BA 5P3MA 1K2BA 1HWRA 5P54A 1TZSA 1WBKA 5HDUA 5DQ5A 1E81E 1BV9A 5P0MA 1TW7A 4MC2A 4Q1WA 5OYVA 3SABA 2FIVA 4LAPA 5KOQA 5P67A 3D1YA 2RKFA 2ZJMA 3FNSA 5COPA 4B70A 5P85A 3T11A 3CICA 3APRE 4RLDA 1XL5A 3VFAA 4Y35A 5P04A 4I11A 3KMYA 1D4KA 5P7NA 4RVXA 4I0DA 2G26A 1BVGA 5P32A 4EJ8A 3VF5A 1LYBA 2NXMA 2QZKA 3KDDA 4WTUA 2BKSA 1D4YA 2FXDA 5OYTA 1PPME 5I3XA 7HVPA 4EQJA 5P7LA 3PSGA 5P3OA 2AOIA 4Y3FA 2F80A 3UDKA 5OZBA 5P3ZA 5P8MA 3PHVA 5P4MA 5P4RA 3PWMA 2WF0A 4L6BA 1SH9A 3T7XA 5P5MA 3UDJA 1IDBA 1YTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EL0 A;  4J1H A;  5IVR A;  1JLD A;  2I4D A;  4KE0 A;  5P33 A;  4DJU A;  5P8U A;  3L5F A;  3OK9 A;  5P5I A;  5P8I A;  5P45 A;  2QNN A;  2OHQ A;  3INF A;  5OZR A;  4DQC A;  5P2W A;  5P65 A;  3NDT A;  4ZEA A;  3TOF A;  3PEP A;  5EZZ A;  1GNN A;  3SA5 A;  5P7B A;  3SA8 A;  2FGU A;  3LNK A;  3PJ6 A;  1D4H A;  5OZF A;  4DUS A;  5P6O A;  4FAE A;  1T7I A;  5OZZ A;  1ME6 A;  5DQC A;  5P23 A;  5P7I A;  3KFN A;  3S56 A;  2WHH A;  5ENM A;  2F3K A;  1HEF E;  5P5D A;  4CPU A;  1APV E;  5P4U A;  5P7G A;  2A1E A;  4GB2 A;  5OZH A;  5P1O A;  1E82 E;  3TL9 A;  1GVX A;  1XL2 A;  3INE A;  3UDN A;  5AH7 A;  3QRO A;  1GVW A;  5HE7 A;  5P6Q A;  2QU2 A;  1AID A;  2NXD A;  2FMB A;  3FV3 A;  3QRM A;  1K1U A;  2P3B A;  3BC4 A;  5P3V A;  5P34 A;  2R38 A;  4FRK A;  4I0J A;  3SA6 A;  2Q5K A;  1M0B A;  4DQB A;  4DJP A;  3QRV A;  5P3W A;  3EKY A;  1SGZ A;  5P60 A;  3GI0 A;  2QI4 A;  5P7X A;  2APR A;  5P8T A;  5J25 A;  3NUO A;  1ODX A;  1CZI E;  3K4V A;  3I25 A;  4BEL A;  1ZLF A;  3KFP A;  5P1R A;  5P2E A;  1MEU A;  2PQZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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