5P0NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 70
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0nA01
2AIDA 3L59A 1HIIA 3RSXA 4Y3SA 5APRE 5HCOA 1LF4A 3NYGA 1TQFA 2G1NA 5OZVA 1G0VA 2QI1A 3OWNA 4EHCA 5P6QA 3OUBA 5BRYA 4Y48A 2VIYA 2HS2A 5P0QA 4CP7A 4YOAA 4GJ6A 5P5VA 4RYCA 4GJAA 3OU4A 3PCWA 3Q70A 5OZSA 4EYRA 3IGBA 2I4DA 5P31A 3PMYA 1AZ5A 3KFRA 5P1AA 5P0HA 2VIJA 3VF5A 1LYWB 1GVTA 3PSYA 1M43A 3D1ZA 5P7GA 4JPEA 3DJKA 1YTHA 5P6IA 3ZKSA 3K1WA 2PK5A 5OZ5A 1LYAB 5F01A 3D1YA 5P50A 3BUGA 4LXMA 4Y3LA 3NU3A 5P3PA 3SA4A 2PK6A 4FGXA 1DP5A 1MT8A 5DQ1A 3ZPSA 3BXRA 1K6PA 4Y9WA 4YDGA 1SMRA 1HIHA 2J9KA 3R0WA 2WEBA 4N00A 7HVPA 4B1DA 5I3WA 4GJBA 3SAAA 3EKQA 4Y3EA 3OAGB 5OZQA 2VA7A 4FIVA 4DVFA 1YM4A 1T6GA 5C9DA 1UH9A 5DR0A 2RKFA 5P4GA 2P3BB 5P3UA 4R8YA 5P48A 2VS2A 3JVWA 5HE7A 1D4YA 4L7GA 1K1UA 5P78A 4NJSA 5OYWA 4Y37A 1QBRA 3T7QA 1QBTA 4LXKA 4RVIA 2PSVA 4Y4AA 1KJHA 5P6ZA 3LPIA 5OZ6A 4NJUA 1RV7A 3UFNA 1K6CA 3K5GA 5KAOA 4EP3A 3F9QA 1BXOA 5P0BA 2Q3KA 4K9HA 4HDFA 3KYRA 4Y3JA 4Y51A 3S85A 1TCXA 3MXDA 1NSOA 4X2LA 3NDXA 5P4ZA 5BS4A 2OAHA 2XFIA 4YD5A 5DR3A 3HAWA 5P3MA 1EPME 5P3JA 5P20A 3B7VA 5P8KA 5JFPA 4RYGA 2PYNA 3U6AA 5OZKA 2JJIA 5HDVA 4LC7A 3LIYA 1DIFA 1W5VA 1B5FA 3FX5A 1M0BA 5COOA 5P1FA 4EJDA 4Y39A 1J71A 1HWRA 1GVWA 4BELA 3APRE 1FMUA 2ZE1A 5EZXA 5P37A 4Y5MA 4Y58A 3KN0A 1LEEA 2Q63A 5KQYA 5P88A 5B18A 1BV9A 5P11A 9HVPA 2Q11A 4ZLSA 4Y5GA 1WBKA 1SP5A 1TW7A 4Y5CA 5P1ZA 4DQBA 4HVPA 2BKSA 2I1AA 4EP2A 1HPSA 5P3OA 5P1GA 2CEJA 3S7LA 4D88A 1IZDA 2HS1A 5P59A 4OBZA 2QI4A 4R91A 4A6BA 4YD3A 5OYQA 4F76A 5P8TA 1NPVA 4Y3YA 3BVAA 5P6EA 4I0DA 5P6XA 4GIDA 5P2VA 2VJ9A 4B0QA 4Y4TA 4J1IA 1C6ZA 3OADB 5P2IA 5P5EA 1XL5A 1FQ4A 3DOXA 4PPHA 5KR1A 4J17A 3OUAA 5P30A 4B1EA 2QNNA 2FNSA 5J25A 1BDQA 1C6YA 5OZXA 2QHZA 5OYSA 4NKKA 1BVEA 5P6RA 1U8GA 3FNSA 5OYUA 3HVPA 3PM4A 3NDWA 4FM8A 4CPWA 3NSHA 1LYWA 5OYVA 1UH8A 1NH0A 1EBKC 3INEA 3O9LB 1PPME 5I3YA 3CICA 4J5JA 2AOEA 1LYAA 4GB2A 4AZYA 4Y3TA 5P66A 4Y50A 5P1IA 1FEJC 5P3RA 5HE5A 4Y44A 3LZYA 4DJUA 3T6IA 4FRJA 5P5RA 5ISJA 5P0RA 4MC9A 3S45A 1Z1RA 3Q6YA 5P2YA 3IXJA 2ZYEA 4I0ZA 3VSXA 4Y3DA 3WSJA 4WY1A 1KJGA 4CPUA 4ZPFA 3K5CA 5OYYA 1FQXA 2OHRA 2B60A 1HEFE 3PWMA 3OK9A 4DPFA 5KQXA 1SMEA 3I7EA 3VLBA 2P3BA 5P6BA 5P2JA 2QD7A 1CPIA 4GJDA 2B8VA 3UQUA 3SKFA 2APRA 4J0ZA 4QJ6A 2G24A 3KMXA 3I6OA 1NPWA 1EAGA 1AJVA 1MPPA 5P3LA 3PJ6A 2F80A 5P8FA 3OUDB 1HEGE 2QK5A 2JYSA 2ANLA 5P4HA 4DQHA 2I4VA 4B78A 5P29A 4EQJA 5P0CA 5P46A 2RKGA 2JJJA 4ZPEA 3ZOVA 1HTRB 1DMPA 1MSNA 3O9IA 2IS0A 3Q3TA 4DJQA 7UPJA 5P5PA 3VSWA 2BKTA 5P5DA 5COPA 5KR2A 1QRPE 2QP8A 1AM5A 5P8SA 1SDVA 4QJ9A 4HDPA 3CYWA 3IAWA 1TSUA 4FCOA 2FXDA 1ODYA 1ZSRA 2IRZA 1TSQA 3MXEA 5OZIA 3BVBA 3VUCA 1GVUA 3PHVA 4H3FA 1LYBA 3EKVA 5P23A 2HM1A 2AOIA 2VKMA 1ZLFA 1CMSA 3UDMA 5P32A 3O9EA 3O9GA 5P8VA 3L58A 1HVKA 5P2WA 1APVE 3S53A 4DQFA 5P45A 3KFNA 3ZKQA 3T11A 5HE4A 2NTRA 4U7QA 4EJKA 3OQKA 2HC0A 2ZJMA 5P8IA 2AVOA 2NNPA 3OU4B 3KMYA 2G69A 4OBKA 3UPJA 5P6SA 2V00A 1FQ8A 3JVYA 4DQEA 2VNNA 4DPIA 3L5FA 5P80A 5OZZA 1JLDA 3N3IA 5OYXA 5P0PA 5P7MA 5P2AA 5P3VA 3OQFA 1B6MA 1YX9A 5P8GA 3EKXA 5P7ZA 3H5BA 5P1WA 3KF0A 4Z22A 5P1RA 4R5NA 5P13A 4CKUA 4F75A 5P0YA 5P2KA 3JW2A 3UDJA 5P4CA 2QHCA 3TOFA 2WKZA 3CMSA 1APUE 1BV7A 4R93A 1B6LA 1KZKA 3NXNA 3OXCA 3EMYA 2Z4OA 2AZCA 1FB7A 1ZBGA 5OZ7A 5P17A 3D3TA 4ZEAA 5P1VA 5P6MA 3O9LA 4Y38A 1A8GA 5P3GA 4RGHA 5P3ZA 3KDDA 6UPJA 3UHLA 2QMPA 3K5DA 2NMYA 2QCIA 4Y4UA 2O4LA 5P1LA 1APTE 1ME6A 3QRMA 1ENTE 1EPLE 1DPJA 2WF3A 3VEUA 3PMUA 5P4BA 5TOLA 1F7AA 3LZVA 2G22A 1EEDP 5P73A 3L5EA 3LPJA 4YA8A 3HBOA 5P65A 5P6HA 4M8YA 5P5OA 3TL9A 3S7MA 4Y45A 2PQZA 5P2UA 1IVQA 5ER2E 4YDFA 2XYEA 5HTZA 3EL4A 5P3FA 1K6TA 3EBZA 2V13A 2P3CA 1ZTZA 4OBFA 5AHBA 3O9AA 4D83A 5P7CA 3ZKXA 4DQGA 1B5FB 2AVSA 3SA5A 1FFFC 1BWAA 1QBSA 3OUDA 2BJUA 3N4LA 5P33A 2ZHTA 5P6OA 2G27A 1XE5A 1TCWA 3I2LA 5P24A 1HVJA 3SACA 1BWBA 3ECGA 5P0ZA 1HTGA 5ENMA 4Y53A 2VIZA 4QLHA 2AVQA 3QAAA 1SDTA 1GVXA 5COKA 2AZ8A 2XFKA 1QDMA 2NNKA 5P43A 1YT9A 2G94A 6FIVA 2G20A 1HIVA 2HPEA 4LXAA 2OHPA 2WF1A 1E81E 4OBZB 2AVMA 3LIVA 4J0PA 2QU3A 5P7AA 4GYEA 3INHA 3BC4A 3WZ6A 5IVSA 4TRZA 3O9DA 4Y3FA 5OYTA 5P7UA 5P5ZA 4Q1YA 4NPUA 5P67A 5P5LA 4FSLA 2PC0A 1B11A 4J0TA 5I3VA 5OZHA 3OY4A 5P5YA 5P6LA 5P6TA 4Y3QA 5P8QA 2WEDA 4OD9A 4APRE 4I8ZA 4MC2A 5P06A 3VYEA 1PSOE 2R3WA 3OXVA 2ASIA 3HAUA 4MC1A 5P8DA 5P72A 4ZSPA 5P7XA 5P09A 2V16C 3ST5A 3KT2A 1AXAA 4Y5AA 3EL5A 4ZSRA 5P16A 5F00A 5P6FA 2QI6A 1YG9A 5P2SA 3TPJA 1T7KA 4KUPA 1B6JA 3UCBA 5JG1A 5KOSA 2P8HA 3NUJA 4B70A 3PVKA 3HW1A 4BEKA 5P7NA 5P0EA 4ER2E 1FQ7A 5OZ1A 4OBGA 5P2NA 3EL9A 3EC0A 4Y3HA 4FLGA 1YTGA 1GNOA 5P6PA 4Y4GA 4CPTA 1HPVA 5P5AA 2ZHSA 3FNTA 5P5IA 3K5FA 4AA8A 1ODXA 3NU6A 3DM6A 2HAHA 1SBGA 5P3KA 5P4YA 5P6VA 3QPJA 3INDA 2NXDA 5P7DA 5P7PA 1T7JA 3LNKA 1IVPA 5P8HA 2WJOA 5P5KA 2WF0A 3U7SA 5OZMA 3SA3A 1BDRA 2QZWA 1BAIA 1MTBA 5P7QA 5P7HA 5P2XA 4L7HA 5IE1A 4U7VA 4Y5LA 1M4HA 5P58A 3WZ7A 2NR6A 5T4SA 3ZL7A 5SY2A 5P5TA 5P3EA 3PI5A 5P7JA 5JODA 4Z4XA 3GW5A 1E82E 5P0SA 4RCEA 5P25A 5AHAA 4Y41A 3APPA 4TRYA 3GGXA 3O99A 5P6CA 5P4DA 1SIPA 1RPIA 5OZOA 2RMPA 1LYBB 5DR1A 4BFBA 3PSUA 3ZPTA 1T3RA 5P8CA 3NDTA 1C6XA 5P0GA 2AOJA 3WB5A 2ER6E 2IKOA 4J1HA 5P7KA 2AZ9A 5P36A 5P0LA 4RROA 3U71A 1FLHA 5P1MA 2FGVA 2PH6A 4FS4A 5DQ4A 2AVVA 4Y3PA 4Q5MA 5P61A 3I25A 1LV1A 5OZEA 5DGWA 3VG1A 3NU9A 5OZ9A 3QI1A 1HSHA 5P8MA 1OD1A 3PWWA 4QJ7A 4YD6A 5P86A 3OHHA 5P5GA 3RU1A 5P0AA 5P5SA 4DJWA 3CIBA 3OXWA 5DQ2A 5OZWA 4YCTA 5P8LA 5P5MA 4KE1A 5P2HA 2Q55A 4ER1E 4H1EA 5AH8A 2HB2A 3HLOA 3ZPUA 4B72A 2IQGA 3NXEA 3TPPA 3UDRA 5SY3A 3S56A 1E5OE 4Q1XA 4F74A 3K4VA 4YCKA 3S43A 1AJXA 3K4VC 3IA9A 4I0HA 3LIXA 3VV8A 3PBDA 5P2BA 1B6PA 3HVGA 3SO9A 4YE3A 2OHSA 5P22A 1D4HA 4CPRA 3OU1B 1W5WA 1PPKE 1MVPA 3L5DA 5P5QA 4Y4DA 2IGYA 4FE6A 2BPVA 1GNMA 3SLZA 5P6YA 4Y36A 3EKYA 4RCFA 3R1GB 3SABA 1PSAA 2ZHRA 5P3HA 3QS1A 5P2MA 2R38A 3LINA 1QBUA 4OBJA 3KFSA 5OZ4A 5P2ZA 1FG8C 4JOOA 4U8WA 1Z8CA 3FV3A 4AA9A 2H6SA 3DV1A 1LZQA 5P5BA 4QJ8A 2G1SA 5P7IA 3OOZA 3I8WA 1IDAA 1FMXA 1KJ4A 3FIVA 5P62A 2B7FA 1TZSA 3HD8A 3LITA 1XS7D 5P1PA 3LZUA 5P1SA 3PSGA 1EPPE 4FL8A 2AOGA 1VIJA 5OZRA 1IIQA 5OZYA 5P0IA 5P52A 4LP9A 3Q4BA 5P2TA 4GMIA 1ZP8A 2FLEA 2F3FA 2HB3A 4D89A 1MESA 1EC0A 1HXWA 1AAQA 4Z2ZA 2AOFA 4PZWA 3DCKA 2ZJJA 5P4EA 5DGUA 4RRNA 3TPLA 4J55A 3TKGA 3EM4A 5P39A 5P14A 5OYRA 3AIDA 1AVFA 2QHYA 5P6GA 1MRWA 3MWSA 4I0EA 1WKRA 2QZKA 2BQVA 1DAZC 4YCYA 1META 5P3AA 3OHFA 1GKTA 5P40A 3ZKGA 1FMBA 3SM2A 2I0DA 3IXKA 5P7RA 5P4FA 4DJXA 3VCMA 2V0ZC 1SH9A 4NPTA 2FXEA 3OOTA 4Z50A 3UFLA 4Y4WA 2R5QA 2QZLA 4Y4BA 5P4PA 2ZHVA 5P00A 5OZBA 1FGCC 5P71A 6APRE 3LPKA 3SM1A 1AIDA 2R5PA 3Q5HA 2QD6A 4ACXA 3L38A 5P83A 3CYXA 4OD9B 1HPXA 3CKTA 3UQRA 5P5FA 3A2OA 2Q5KA 2Z54A 3EKTA 2UY0A 5P0JA 4LBTA 5P18A 3SQFA 2RSPA 1LS5A 5DR7A 2HPFA 5P6DA 2WF2A 2QMDA 2G1OA 1HHPA 2FGUA 5P1EA 5P3BA 1PFZA 2G1YA 1LF2A 2CEMA 3QBHA 3SPKA 1MEUA 3IVHA 2QAKA 3BHEA 2JXRA 5FIVA 3SKGA 5P81A 5DPZA 2Q64A 1YTIA 1ER8E 1EPNE 2WF4A 4YD4A 2QMFA 3ZMGA 5P4NA 5AH6A 1N49A 2WECA 2XYFA 3OTYA 3KA2A 3EKPA 4AMTA 2BPWA 2PH8A 2QI3A 4JECA 1HBVA 3O9HA 3GI5A 4LAPA 3URLA 1ZSFA 4A4QA 5HDXA 4Y3NA 3BXSA 3KM4A 4GJ8A 3QRVA 5HDUA 3OU1A 2ZJHA 3H0BA 1D4KA 1BBSA 5P8PA 5P4QA 5UPJA 3UDNA 5OZCA 1W6IA 3B80A 2BB9A 4R95A 4OC6A 5KR8A 4FAEA 1VIKA 2AOCA 5P8JA 2P83A 1FG6C 3R4BA 3S2OA 5I3XA 5P2QA 5P8OA 2G21A 5P4SA 1XL2A 2A1EA 3OTSA 4HZTA 5P1BA 2VNMA 5P0NA 3PCZA 1PPLE 2FS4A 3OQAA 1EPOE 4JP9A 5P76A 4YOBA 1UH7A 3KT5A 1FFIC 3R0YA 1FIVA 2ER7E 1HVHA 4Q1NA 5P7WA 1XN3A 4PYVA 2HIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AID A;  3L59 A;  1HII A;  3RSX A;  4Y3S A;  5APR E;  5HCO A;  1LF4 A;  3NYG A;  1TQF A;  2G1N A;  5OZV A;  1G0V A;  2QI1 A;  3OWN A;  4EHC A;  5P6Q A;  3OUB A;  5BRY A;  4Y48 A;  2VIY A;  2HS2 A;  5P0Q A;  4CP7 A;  4YOA A;  4GJ6 A;  5P5V A;  4RYC A;  4GJA A;  3OU4 A;  3PCW A;  3Q70 A;  5OZS A;  4EYR A;  3IGB A;  2I4D A;  5P31 A;  3PMY A;  1AZ5 A;  3KFR A;  5P1A A;  5P0H A;  2VIJ A;  3VF5 A;  1LYW B;  1GVT A;  3PSY A;  1M43 A;  3D1Z A;  5P7G A;  4JPE A;  3DJK A;  1YTH A;  5P6I A;  3ZKS A;  3K1W A;  2PK5 A;  5OZ5 A;  1LYA B;  5F01 A;  3D1Y A;  5P50 A;  3BUG A;  4LXM A;  4Y3L A;  3NU3 A;  5P3P A;  3SA4 A;  2PK6 A;  4FGX A;  1DP5 A;  1MT8 A;  5DQ1 A;  3ZPS A;  3BXR A;  1K6P A;  4Y9W A;  4YDG A;  1SMR A;  1HIH A;  2J9K A;  3R0W A;  2WEB A;  4N00 A;  7HVP A;  4B1D A;  5I3W A;  4GJB A;  3SAA A;  3EKQ A;  4Y3E A;  3OAG B;  5OZQ A;  2VA7 A;  4FIV A;  4DVF A;  1YM4 A;  1T6G A;  5C9D A;  1UH9 A;  5DR0 A;  2RKF A;  5P4G A;  2P3B B;  5P3U A;  4R8Y A;  5P48 A;  2VS2 A;  3JVW A;  5HE7 A;  1D4Y A;  4L7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TTP A;  5P53 A;  5CON A;  3UQX A;  5P7S A;  5P4L A;  2F3K A;  5IVT A;  2FIV A;  2ZJI A;  5P4U A;  5P2L A;  4OBD A;  8HVP A;  3ER5 E;  3CID A;  2PYM A;  3NLS A;  1IZI A;  1SDU A;  1IZH A;  5P7E A;  1ZPK A;  3BUH A;  3ZKI A;  4QGI A;  4CPQ A;  3BGC A;  5P0V A;  2IL2 A;  1MTR A;  3C9X A;  3OAD A;  2NXL A;  3TOH A;  1OEW A;  4J0Y A;  3AUP A;  4D8C A;  5DQC A;  1D4S A;  5HCT A;  4EQ0 A;  4CPX A;  4Y6M A;  5P0F A;  5P4K A;  5P0M A;  3GI0 A;  2OHN A;  3L5C A;  4H3I A;  4DJP A;  2PWC A;  5P1X A;  2FDD A;  1RQ9 A;  5P3Y A;  3ZKM A;  5P56 A;  5P10 A;  4FM6 A;  2FNT A;  4TVH A;  2UPJ A;  4Y4Z A;  5P1T A;  2Q15 A;  5P5U A;  2PSU A;  2VJ6 A;  3QN8 A;  5P35 A;  4B05 A;  2ZHU A;  1MT9 A;  1GVV A;  4Y4X A;  3GI4 A;  4DV9 A;  2QI0 A;  4I11 A;  5OZD A;  2IEO A;  2H6T A;  4IVT A;  4I12 A;  3CKP A;  4FAF A;  4RVJ A;  3KDB A;  5P57 A;  4XX3 A;  4NJV A;  3D20 A;  5P7B A;  5P74 A;  4H3G A;  5P0U A;  1NPA A;  3OUC A;  3QVC A;  2B8L A;  5P75 A;  4PHV A;  3HDK A;  4EXG A;  5KOQ A;  2R9B A;  4RZ1 A;  2FMB A;  3TH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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