5P0OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 71
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA01
4RROA 1MT7A 1NH0A 5P5UA 1HVSA 1FB7A 5DR8A 3CIDA 3UDHA 5P7RA 3CKPA 5P48A 5P1PA 5P6IA 1LYAB 3T3CA 2IQGA 3SLZA 2OHRA 5P5HA 5IVRA 1KJ7A 4Y53A 2AVQA 5P22A 5P7BA 2QU2A 5OZDA 2O4PA 2QMGA 2PH6A 3ZKGA 3L58A 5P5PA 5P33A 3SO9A 2MIPA 1PFZA 4Y45A 1XN3A 1ER8E 5P0UA 5P4UA 2SAMA 1B11A 5P6DA 6UPJA 5HDZA 1E81E 2O4LA 4OD9B 3R2FA 1APWE 5P2XA 2ZHVA 2BB9A 2Q3KA 4M8XA 5P19A 1FMXA 1C70A 1HSGA 4QJ9A 1EBWA 4Y4XA 3SA8A 5P20A 4DJXA 3TPRA 4KE0A 1HVHA 5P0RA 5P1MA 3O9DA 3PI5A 2ZJJA 5P2LA 5P61A 1IBQA 5OZEA 5DGUA 4Y5MA 1HTGA 1LEEA 1QBTA 5P5GA 3K5CA 2AVVA 1XE5A 2G1RA 4GIDA 1PSAA 4ER4E 1BIMA 5P0YA 3URIA 4HZTA 1BV9A 3EM4A 1FMUA 1KJGA 5HVPA 4Y4GA 3TTPA 3VV6A 1K2CA 3OTYA 1BXOA 4ZLSA 1DAZC 1TSUA 5P1ZA 5OZPA 5DR7A 5SXNA 3OU1B 4YCYA 3KA2A 4RRNA 5AH7A 3NDWA 3NWXA 1FMBA 1EPNE 1MESA 5P4RA 3PSGA 5P3NA 5P8GA 3VF7A 1UH9A 2AZ8A 3QRMA 5SZ9A 1GVVA 1BAIA 5P4VA 5HU0A 5J25A 4Y5PA 2VA6A 1K6TA 5P0FA 1TZSA 5P6KA 3SM2A 5P5MA 4CPUA 3TOHA 4IVSA 3CYWA 4J0VA 1HTEA 2CEMA 4CKUA 2AOCA 1OHRA 4J0TA 3K5GA 4FM8A 4D8CA 3PMUA 1MERA 1AAQA 1MRWA 2R9BA 3K5FA 4RZ1A 5OZ3A 4EXHA 5P7KA 3QRVA 5OZAA 2F80A 1UH8A 5KQXA 2ER6E 4B1CA 4F73A 2ZJHA 5P4PA 3ZMGA 4U7QA 2NNKA 5P07A 5OYVA 1MUIA 5OYZA 3RSXA 4ZPFA 5UPJA 5P4HA 1M4HA 3K4VA 1AXAA 4L1AA 3OTSA 2ZHTA 3OAGA 5F01A 3OUBA 4ZSQA 1EBYA 3O9GA 2PWCA 5P2VA 1TCXA 5P1NA 3SKFA 5P2KA 3PM4A 5P7XA 3WZ7A 4EPJA 2OHKA 4FSLA 3HVGA 5P2YA 4DQGA 3OXWA 3VFAA 4R8YA 3EL9A 3UQUA 1LYWB 2JJIA 5P68A 5P82A 5P3JA 4Y3WA 5OYYA 4Y3AA 4DI2A 2VJ7A 2FLEA 4PYVA 2VKMA 4EJ8A 1W5YA 5P4CA 4Y6MA 2J9JA 4LHHA 3LIQA 5P2HA 1C6YA 2P3BB 5P5YA 5P6NA 1LF2A 3NYGA 4TRWA 1META 5ISKA 5P2DA 1HVCA 4JPEA 4ZSPA 4GB2A 4K4PA 3LIYA 5P1DA 4K4RA 3NU3A 4B72A 1HVLA 5P0LA 5P4FA 5P1TA 1Z1RA 4UPJA 5P62A 5P46A 2PWRA 1M0BA 5P1KA 3GI6A 4A6CA 5P7FA 1YX9A 4EHCA 1FF0C 3ER3E 3UDYA 2QD8A 4QLHA 4CPTA 1BDLA 2IKOA 4D88A 4A4QA 5P7CA 4Y4AA 2WJOA 5P2WA 3SM1A 2V00A 3VSXA 1UH7A 3FKTA 1TCWA 3L5EA 4Q1YA 1HIHA 1HTRB 5P3FA 5P17A 5P71A 1GVXA 2G24A 2IDWA 4I0GA 1EBKC 1C6ZA 2NPHA 1CZIE 4X2LA 5P6EA 5P5OA 1HBVA 5P27A 2AZBA 1BV7A 5OZXA 4XX4A 5P0GA 4FCOA 1KJ4A 2G21A 2F8GA 4YBIA 2A1EA 2P8HA 4NKKA 5OZJA 3PCWA 2AOGA 5P2ZA 1QBSA 4J17A 5P8OA 3G70A 5P5IA 4J1KA 3VEUA 4R95A 2I4QA 4CPRA 3FSMA 3UDJA 3EXOA 4FSEA 4YD5A 5JODA 5I3XA 5P64A 2QHYA 4QJ7A 5P7DA 1K1TA 2PH8A 1A8KA 2F3FA 5P4OA 5P04A 5P8SA 5BS4A 2G1NA 2IKUA 2AOIA 4MC9A 3MXDA 5P6WA 2IL2A 2R3WA 5P8JA 2VIJA 2VA5A 4EQJA 5P01A 5P44A 1FQ8A 4B05A 2ASIA 3S8IA 2QU3A 4DJUA 3APRE 1GKTA 1HEFE 3SA4A 2V16C 4Y35A 3G72A 4Y37A 4NJTA 5P5SA 5P8KA 1VIJA 2V11C 2WKZA 3QI1A 2FIVA 5OZ0A 4H3GA 3UDRA 4DJRA 5P3LA 4OBJA 4GYEA 4Y56A 3OOZA 3LZYA 3S7MA 2P4JA 4J1HA 4MC1A 5P5NA 3TOGA 5P3PA 4BELA 3S43B 4Y58A 1E80E 5P7EA 2ER9E 1LV1A 3NXNA 3LIZA 2QI6A 4L7HA 1T7JA 1HTFA 1W5VA 3EL4A 1EPLE 5P2SA 5DR4A 3TOFA 5P7NA 4ZIPA 5P77A 3EKTA 3OQAA 5P23A 2Q54A 5F00A 4LXAA 4RCDA 5AHBA 1IZEA 5P10A 4CMSA 3I2LA 3NSHA 4Y3XA 4I0EA 4Y5AA 3OAGB 4Y47A 3DJKA 5P76A 3DOXA 4Y4EA 3UDNA 2ER7E 1B5FB 3Q70A 3N4LA 5P7YA 4ZSRA 2VJ6A 3UDPA 2HS1A 4APRE 5P51A 5P49A 5T4SA 2BPXA 2QNPA 1FEJC 3R0YA 3KMYA 2ER0E 1NPWA 3PSUA 3MSLA 4Z50A 1NSOA 2OHNA 2AODA 2BKSA 1HPVA 2QD6A 4L7JA 4AUCA 4TRYA 4FRIA 2XFIA 1ODXA 2QI1A 3UQPA 2FGUA 2J9JB 3VG1A 5P14A 4B78A 4ZE6A 1LF4A 5P5TA 2FS4A 3O9CA 1ZPAA 3EC0A 4I8ZA 4EJLA 1N49A 5C9BA 7UPJA 3FIVA 1W51A 3UQWA 1ZTZA 3EKVA 1FGCC 5P30A 5P52A 5P8CA 5P60A 5P66A 5P6SA 3EKQA 5P85A 4YD6A 1OD1A 4CP7A 2J9KA 4Y3LA 5P1FA 3EBZA 3DUYA 1TSQA 1Z8CA 1ME6A 3G6ZA 3ZPUA 5P6HA 5P8TA 1ODWA 5KAOA 1IVQA 4YA8A 3QIHA 3EKPA 1HVJA 1LYBA 1U8GA 2Q15A 3QN8A 2G1OA 3M9FA 5P7IA 4D89A 5P0KA 5OZ7A 5HCTA 3EKXA 2QI3A 2QI0A 4GJBA 4LXMA 5P80A 4CPSA 3R4BA 3O99A 1RQ9A 5E5KA 3INDA 4X7IA 4OBZA 4DV9A 2ZJLA 4HEGA 5P1AA 1YTIA 3DK1A 5P8UA 3KT2A 2VJ9A 5P53A 3WB5A 4H3JA 4Y3JA 4EWOA 4Y51A 5HE4A 1ZSRA 3I7EA 5KQZA 3ZL7A 5P2RA 5OYWA 4FLGA 4Y41A 5P3BA 3PVKA 5P1VA 5OZNA 3T7PA 1DPJA 1FQ5A 5P4QA 3OQFA 5P6GA 2HPEA 5OYTA 1HIVA 5OZSA 1KJHA 4I10A 1MSNA 1HHPA 2P3AA 3RTNA 5P47A 5SY3A 5P0QA 5AHCA 3LPKA 1IDAA 1LF3A 3OHFA 2F3EA 4ZPGA 4OBGA 3APPA 3S2OA 1BDQA 2RMPA 4Y4WA 4ACUA 1PPLE 5P78A 5KR8A 1T7KA 3HZCA 5AH6A 3UDMA 3PBDA 4JPCA 4LAPA 4YDFA 5P02A 5P45A 4BFDA 4DQFA 5P25A 3ZKMA 5P65A 4Y5EA 3DCKA 1FLHA 5P7OA 5ENMA 4DJVA 1BDRA 3PBZA 1J71A 5P29A 4APEA 1D4YA 3D1ZA 2V13A 5P4WA 5P2QA 5IVQA 4RCFA 5P63A 2R5QA 5P83A 3S54A 1FFFC 3T11A 2WF0A 3EL5A 4Y43A 3WSJA 1HIIA 5P4GA 2G26A 5P5WA 2B7FA 3L3AA 5P18A 3VV7A 5P1CA 4Z2ZA 1DP5A 4Y38A 3SQFA 4DJYA 5P74A 2HIZA 1APTE 4AA9A 2WEZA 3K1WA 4I8WA 1W6IA 1XL2A 3PSYA 3WZ6A 1AVFA 3ECGA 2XYFA 3GI0A 4U8WA 3VYFA 5P7HA 3T6IA 5DGWA 3ZPSA 3K5DA 2ZJIA 2I4UA 3QBFA 5P6BA 4N00A 3FNTA 5P88A 1PPKE 4KB9A 4Y3PA 3A2OA 4GZFA 4AA8A 3BVBA 3KFSA 5P09A 1FQXA 5P5JA 5DQ5A 4Y3QA 2WF4A 1ZJ7A 1XE6A 1YM4A 4Q5MA 1MEUA 1UPJA 4Y9WA 4NPUA 1EAGA 2WF3A 1K1UA 3OXCA 3OU3A 5P7MA 3SA3A 5P2IA 5P6VA 2I0AA 1IZIA 1NPAA 3Q4BA 3GGXA 4BFBA 1BVGA 5P34A 1GVUA 2O4SA 5P13A 5P31A 1MSMA 4GJ9A 3VF3A 3S43A 1E5OE 2NTRA 4WY6A 5JFPA 3OQKA 3KDCA 5DR1A 1GNNA 4HE9A 5P8PA 5P3ZA 3Q6YA 1AJXA 3D1YA 5P0VA 1YM2A 2ANLA 2IEOA 4M8YA 5P69A 2JXRA 2FXEA 3LHGA 3VV8A 4Y44A 5COOA 1MPPA 3KDDA 3DV1A 5P6YA 4J1IA 4IVTA 4PZXA 4Y4JA 3OUDB 1G6LA 3I8WA 5P32A 1LYBB 5P50A 5P1OA 1OEXA 3NDUA 3ZKIA 1EC2A 5P4TA 5P7WA 4Y3HA 1B5FA 5OYSA 4DPFA 3T7QA 1YTGA 5AH9A 3TNEA 5P4BA 5KOQA 2ZJKA 4GJAA 1HRNA 3O9LA 2NMYA 1FIVA 2NXMA 4GJ7A 3L5CA 1PSNA 2HB3A 1K6PA 1HXWA 4OBZB 4RVIA 5OZ4A 3AUPA 3BGCA 2BKTA 1K6CA 5P1HA 3L5DA 5P5LA 4I11A 4FRKA 4COEA 3IXJA 3S7LA 2WL0A 3DV5A 5DQCA 5P1XA 2I4WA 5P42A 5P3MA 3EMYA 1HPOA 4FS4A 3UQXA 5P56A 2PSVA 4YBFA 1SIPA 4L6BA 3PWRA 3KN0A 1KJFA 5P4IA 5OZ2A 3KFNA 4Q1WA 3UQRA 1EC1A 3SA6A 4FIVA 4OBFA 5DQ4A 3LZSA 3EKYA 5P5VA 4Q1NA 1T7IA 2OAHA 1HVIA 4YOAA 4PHVA 4ER1E 1IZDA 1QBUA 6APRE 1QBRA 5ER2E 4FAFA 4RLDA 4DJQA 4B1DA 1MVPA 3QBHA 3TL9A 2G1SA 2QAKA 4DH6A 1GVWA 3OQ7A 2AOFA 3KFRA 5SY2A 4NJSA 3JVWA 1WBKA 4DFGA 1SH9A 3U71A 5P3QA 1ZPKA 1MIQA 5P7QA 4Y5GA 5AHAA 4LBTA 5P3WA 1HOSA 3OADA 1SDVA 3OU4A 2JYSA 3ER5E 5P89A 3FX5A 5P5ZA 3QROA 4ZPEA 5P7AA 5OZ1A 3VSWA 5P8FA 1EPRE 4Y4UA 3S53A 4OBHA 4XKXA 5KR1A 1DIFA 1YT9A 4WTUA 3KYRA 1EBZA 4Y36A 2QZKA 2OHSA 3DCRA 2UPJA 3IN4A 5P26A 1FKNA 5P4KA 5P3AA 1EPPE 4RVXA 3S56A 3SFCA 2P3CA 2ZHUA 4EP3A 5P4MA 2QZXA 5JG1A 1W50A 1E82E 3UDQA 4DQEA 2G1YA 1BWBA 4Q1XA 3QVCA 1M43A 4L7GA 4ER2E 2P83A 3OWNA 1T6EX 3LINA 4PPHA 3RTHA 3BVAA 3VF5A 2AIDA 4MC2A 4F75A 4FAEA 1SMRA 3BC4A 3NU4A 3INHA 2CEJA 5P5DA 5P6AA 2ZE1A 4Y5NA 4QJ2A 4R93A 5ISJA 5P3CA 4EJDA 1VIKA 4E43A 1Z1HA 5P2AA 4DQCA 4WY1A 4Y3EA 4A6BA 2BPZA 1WKRA 5OYXA 5P37A 1OEWA 3EL0A 2AOEA 2V0ZC 4MC6A 1AM5A 3UTLA 2RSPA 5OZCA 5P2GA 1Q9PA 1APVE 2R8NA 1SIVA 1A94A 1PPME 5P5FA 2G69A 3KF0A 1W5XA 1DMPA 3IXKA 1SDTA 1SBGA 4B1EA 4Y4BA 1SP5A 5KOSA 2IRZA 3IGBA 2QCIA 3BUHA 3O9AA 5P8VA 5OZUA 3QRSA 4I12A 4YD3A 4QGIA 5TOLA 5P86A 4DUSA 5P6FA 5P70A 2XFKA 4YCTA 5P3UA 5HDUA 2XYEA 5P03A 2HB2A 3NWQA 5P16A 4Y57A 5P2BA 5JFUA 2VS2A 4CPQA 2JJJA 3L5BA 3PHVA 5P11A 5P5CA 1GNOA 3QPJA 3NUJA 1B6LA 2AVOA 4EQ0A 2FDDA 1HVKA 4HA5A 3TPJA 1HPXA 2O4NA 3KM4A 1PROA 5P1QA 1EC0A 3O9LB 5P3GA 1SDUA 4Y39A 4Y4ZA 3IN3A 5P54A 3HVPA 4ZSMA 4K8SA 3SACA 1BXQA 3CIBA 3KMXA 2OF0A 4RYCA 4DQBA 3NU6A 1MRXA 1C6XA 4XXSA 3GGVA 2F3KA 3S85A 1SGUA 5P3XA 2OHUA 2QI5A 4FGXA 3MWSA 3TLHA 5P1RA 4FL8A 2Q55A 3NDXA 1HXBA 3L59A 4Y3DA 2I4VA 1ZAPA 3O9IA 2B7ZA 5P0IA 9HVPA 3VLAA 5I3VA 4NJUA 4J0ZA 3OXXA 5P00A 5OZZA 5P3OA 1RV7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RRO A;  1MT7 A;  1NH0 A;  5P5U A;  1HVS A;  1FB7 A;  5DR8 A;  3CID A;  3UDH A;  5P7R A;  3CKP A;  5P48 A;  5P1P A;  5P6I A;  1LYA B;  3T3C A;  2IQG A;  3SLZ A;  2OHR A;  5P5H A;  5IVR A;  1KJ7 A;  4Y53 A;  2AVQ A;  5P22 A;  5P7B A;  2QU2 A;  5OZD A;  2O4P A;  2QMG A;  2PH6 A;  3ZKG A;  3L58 A;  5P5P A;  5P33 A;  3SO9 A;  2MIP A;  1PFZ A;  4Y45 A;  1XN3 A;  1ER8 E;  5P0U A;  5P4U A;  2SAM A;  1B11 A;  5P6D A;  6UPJ A;  5HDZ A;  1E81 E;  2O4L A;  4OD9 B;  3R2F A;  1APW E;  5P2X A;  2ZHV A;  2BB9 A;  2Q3K A;  4M8X A;  5P19 A;  1FMX A;  1C70 A;  1HSG A;  4QJ9 A;  1EBW A;  4Y4X A;  3SA8 A;  5P20 A;  4DJX A;  3TPR A;  4KE0 A;  1HVH A;  5P0R A;  5P1M A;  3O9D A;  3PI5 A;  2ZJJ A;  5P2L A;  5P61 A;  1IBQ A;  5OZE A;  5DGU A;  4Y5M A;  1HTG A;  1LEE A;  1QBT A;  5P5G A;  3K5C A;  2AVV A;  1XE5 A;  2G1R A;  4GID A;  1PSA A;  4ER4 E;  1BIM A;  5P0Y A;  3URI A;  4HZT A;  1BV9 A;  3EM4 A;  1FMU A;  1KJG A;  5HVP A;  4Y4G A;  3TTP A;  3VV6 A;  1K2C A;  3OTY A;  1BXO A;  4ZLS A;  1DAZ C;  1TSU A;  5P1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VNM A;  3BHE A;  3RU1 A;  4HDP A;  3LNK A;  4Y54 A;  5P1G A;  2RKG A;  8HVP A;  5AGZ A;  4J0Y A;  5P3S A;  5OZ9 A;  2I4D A;  1ZLF A;  5COK A;  2JE4 A;  5P3H A;  3EKW A;  5P0T A;  2FNS A;  2PK6 A;  4F74 A;  5P36 A;  1HPS A;  2QI4 A;  5P4N A;  4L1A B;  3PLL A;  4Y3F A;  4DJO A;  2V10 C;  3CIC A;  3OGQ A;  5P05 A;  4QJ6 A;  3LPJ A;  5OYR A;  4K4Q A;  4OBD A;  5P1W A;  5BRY A;  3OU1 A;  2RKF A;  3NU9 A;  1QDM A;  3OGP A;  4Y3Y A;  3ZKN A;  2CEN A;  5OZT A;  4Y4T A;  2PSG A;  3SA9 A;  2NR6 A;  4TVH A;  5DQ1 A;  4JEC A;  4HDF A;  4I0I A;  2AOJ A;  4FE6 A;  3TKG A;  2Q5K A;  3URL A;  2P3D A;  3TPP A;  5AH8 A;  2BBB A;  3HD8 A;  5P5A A;  1BBS A;  5DR3 A;  3FNS A;  5KR2 A;  3UFL A;  1A8G A;  4KE1 A;  1D4J A;  3FV3 A;  5P6Q A;  2IEN A;  1FQ4 A;  4Y3S A;  1WBM A;  5IS4 A;  3HLO A;  4U7V A;  5P3I A;  1GNM A;  5P2O A;  5P7T A;  4DJP A;  5P8R A;  4LXK A;  3SAA A;  3NR6 A;  5P24 A;  4B70 A;  5C9D A;  2IGY A;  2R3T A;  2Q11 A;  5I3Y A;  3NDT A;  4CPW A;  3IVH A;  1XN2 A;  4YE3 A;  1QRP E;  5P0H A;  4RGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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