5P0PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 72
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0pA01
2Q11A 3L5FA 2G1SA 3M9FA 5OZ2A 5IVSA 5P41A 1LS5A 3QP0A 3FNUA 5DQ4A 5P8DA 4AUCA 5P4NA 4PZWA 4ZSMA 1OEWA 4Y5NA 4DI2A 1T6GA 1GKTA 1RV7A 1LEEA 2OHMA 5P53A 3KA2A 3OU3A 4L7JA 2CEJA 4APEA 4A4QA 1AIDA 4A6CA 1LYBB 3K4VC 3N4LA 3RTMA 3T3CA 2B60A 3VYDA 5P00A 4XX4A 4KE0A 5P3JA 3QBFA 4BEKA 4GZFA 5OYXA 3NU3A 3OADA 3ZPSA 5P77A 2VIEA 3LIYA 4BFDA 5P1ZA 2I0AA 5P2OA 4Y3FA 2IRZA 3BHEA 2HC0A 5P7YA 2ZJNA 3D1XA 2VIYA 1MTRA 3PWWA 1K2CA 4DPIA 5OZLA 3GGAA 3BC4A 2F80A 3VF3A 3KFNA 3OGQA 3IN3A 4RVXA 5P07A 4COEA 2PSUA 5P2QA 4D83A 3UQUA 4FSEA 7HVPA 3S43B 4TVHA 2OHSA 1K6TA 5P01A 1SIVA 3OQAA 1QS8A 3VUCA 3OK9A 1MTBA 2IQGA 3IVHA 3EXOA 1PFZA 5P6WA 5P4OA 3Q3TA 3VV6A 1BDQA 4LHHA 3LITA 5P5EA 3PCWA 3TOHA 1UH8A 1YG9A 2F3KA 4A6BA 2P4JA 2BKSA 3NDUA 2RENA 1YM2A 5P3CA 2CEMA 5P8SA 5P37A 3OQDA 3S53A 2ZHTA 1YTIA 4Q5MA 5P72A 5OZ3A 3DOXA 2I4QA 2OHLA 5OYSA 5P5NA 3HVPA 2V16C 1BIMA 5B18A 2AVOA 5P44A 5P45A 1JLDA 3VFAA 5P4ZA 1BV9A 4DJOA 5P5ZA 1HEGE 5P48A 5HDVA 2PK6A 3O9EA 1MT9A 4GJCA 5HDZA 3OXXA 5F01A 5DQ5A 2Z4OA 3BXSA 9HVPA 2PK5A 1M4HA 5OZ5A 4Y3ZA 3QRSA 3OTYA 1M0BA 1XL5A 1NPVA 2Q3KA 1B6LA 1EPME 3KN0A 1ER8E 3BUFA 2PQZA 3NU4A 5P0IA 5HE5A 3VF7A 4B00A 1EC2A 1D4HA 2VA7A 5DQ2A 5P1WA 4PEPA 5P4UA 3GI0A 1DMPA 1FMBA 2ZHVA 1FF0C 3TOGA 5P3BA 5P7RA 2ZJIA 3QRMA 2AIDA 5DR8A 3S56A 3OU4B 2CENA 4DFGA 1GVTA 5IVTA 3D3TA 4B1DA 3K1WA 3R1GB 4YD3A 1E82E 2PWCA 1IVPA 1W6IA 4J0YA 4PHVA 2BPWA 4Q1XA 2PYMA 5P5AA 4ZPEA 4D8CA 3GI6A 5P2WA 5P0MA 1ZLFA 5P2DA 1IVQA 1FKNA 5P1EA 5P5HA 2FS4A 2P3AA 5DR1A 1B6KA 3L3AA 3MSJA 4Y44A 4FAFA 3KFRA 5P1DA 2I4UA 3SACA 3KYRA 4FRJA 1LYWA 4DJXA 4FL8A 1LYBA 4RVJA 4PYVA 4FRKA 3VCMA 2NMYA 4HDFA 2J9KA 4K4RA 1VIJA 4R5NA 1BVEA 5I3YA 5DQCA 5KQYA 4RYGA 3IXJA 3OWNA 5HDUA 3TPRA 3T7QA 4HEGA 4Y37A 4Y9WA 3LZUA 4Y5GA 1ODYA 4OBKA 2WKZA 4PPHA 4Y4AA 4GJAA 1ZTZA 5P6GA 4RCEA 1KJHA 4AA9A 5P1CA 5AH9A 2IENA 3WZ8A 5P0JA 5P6XA 4D89A 3OU1B 2FXEA 1W51A 3UDYA 3GW5A 4IVTA 4NJSA 2XYEA 2RKFA 4H3FA 3URIA 4B70A 2R3TA 3SA6A 4Y3AA 5P5CA 5AHBA 1SDVA 1ZPAA 2G94A 2BPVA 3SLZA 3K5CA 3SA3A 1XL2A 5OZQA 3KM4A 4Y36A 3OQ7A 4YD5A 5P1NA 1IZEA 4I0EA 5P27A 5P2KA 2F3FA 3HZCA 4I0HA 5P5UA 1PPLE 3D1YA 2QMPA 1B6JA 3I25A 2G1RA 3EBZA 5P5PA 3L5EA 3URJA 4HZTA 2QU2A 3CIBA 1SIPA 3BXRA 2ZHSA 2I4WA 2QD6A 2ZJHA 4B78A 2H6SA 3O9BA 2AVQA 3CYXA 3KDDA 5P0CA 3JVYA 3NWQA 2WEBA 1KJ4A 4X7IA 4CPUA 2AZ8A 5P1MA 5AH7A 5P6UA 3VYFA 1BV7A 1W6HA 1T7KA 5P4WA 2BKTA 3CMSA 3SA5A 2OHRA 3CICA 4MC9A 3PRSA 2QI6A 1VIKA 3MXDA 5P68A 1G2KA 5DPZA 1D4IA 5TOLA 5P4JA 4Y4WA 2NPHA 4Y5LA 5P78A 5P6BA 5P3DA 3VYEA 1K6CA 5P7MA 1BXOA 2RSPA 5P3FA 2P3DA 4CPSA 4U7QA 5OZHA 1HIHA 3K5GA 5P7UA 1EBKC 4YCYA 5KOQA 3FX5A 3I7EA 5P75A 2JE4A 3EL5A 5KR0A 3TKGA 4ZIPA 3OUDA 5I3XA 1RNEA 5P5GA 4NJTA 5P38A 3EL4A 2A1EA 4RCFA 2V10C 4WY6A 3FIVA 5CLMA 5OZIA 3NXEA 2SAMA 1E81E 3NYGA 5P3UA 3OXVA 4Y4JA 1F34A 3OADB 3ECGA 3L5BA 5KR1A 5P31A 5P1RA 4KB9A 3T11A 4D85A 2EWYA 5OZWA 4OBFA 5HCOA 3L58A 4GJ6A 1IIQA 4CKUA 5P4FA 1XDHA 2F8GA 4UPJA 5JFUA 4FGXA 2APRA 4DH6A 2IKUA 5HU0A 4Y5BA 5OZUA 1PPME 2MIPA 1LYAA 3TLHA 3SA8A 5SY2A 3UFNA 2QNPA 2R5QA 3QIHA 1IZHA 3BUGA 5SXNA 1EC0A 5P5SA 4ER2E 4Y3LA 2FXDA 3OQFA 3IVIA 4EJDA 1EPQE 4Y4BA 5P8FA 4DQBA 5P3PA 5P59A 2AQUA 3MSKA 4ACXA 3EM6A 4WTUA 3KMYA 2G1OA 2QZLA 4I0JA 2AZ9A 4MC6A 5ER2E 3WB5A 4FM6A 1TZSA 2G26A 1XS7D 1HSHA 1BWBA 2JYSA 5P1UA 4CPWA 1YM4A 1A8GA 4B77A 5P3WA 2ZJLA 1G0VA 3I2LA 4I0ZA 1K1UA 1SMEA 4H3IA 1TSUA 4Y39A 3U6AA 8HVPA 5P1GA 5P7XA 4YD6A 4Y3MA 1F7AA 4QJ2A 5AHAA 4WY1A 1UPJA 1FLHA 5P7AA 3PI5A 4Y43A 4JPEA 5P4MA 5P6IA 3FKTA 4LL3A 5P0YA 4Y56A 2QI1A 5P0NA 3QI1A 1B6MA 2ZJJA 1D4YA 3WB4A 1HBVA 1EPRE 3OUBA 5P3SA 3ST5A 5OZ9A 4B1EA 2ZE1A 2WEAA 2AVSA 2AVVA 3EL9A 3QS1A 3PWRA 4J0VA 4YA8A 5ENKA 2G1NA 5P06A 5P2SA 4APRE 5P1IA 5P0VA 5P12A 5P7GA 1K1TA 1RPIA 4LAPA 5P8RA 2QI3A 2OHKA 1FG8C 2QD7A 2Z54A 3OAGB 3NU6A 1SP5A 5P0DA 5P1PA 5P85A 4QJ7A 3VG1A 5AH6A 3KDBA 3A2OA 5P5RA 4EWOA 5COOA 5P33A 5OYYA 5ER1E 1FEJC 2Q55A 4I0DA 2JJJA 1W5WA 3SKGA 1K6VA 1BDRA 3L5CA 5P2AA 1LYWB 4Y3WA 4HE9A 2IGYA 4R93A 4FM8A 3WZ6A 4Y5EA 3ZMGA 1HTEA 1MPPA 3K5DA 4I11A 2P3CA 5P6NA 1PSOE 5P7EA 3O9AA 5P4HA 5IS4A 4OBDA 2P3BA 4B1CA 5DR7A 3UDMA 2J9JA 3Q4BA 2A4FA 3S45A 4XXSA 5P5TA 4Y51A 4ACUA 5P5BA 4YDFA 3O9HA 4MC2A 4DJVA 1HPOA 2OHNA 3LZVA 1SH9A 5DR3A 1EEDP 2I1AA 4DUSA 4YD7A 1FB7A 4JPCA 1AXAA 4L1AA 2ZDZA 2B42A 1ZSFA 2FDDA 2NNPA 5OYVA 2QHZA 5P7VA 4Y5MA 5P3QA 2V13A 5P8OA 5OZMA 3OOZA 4HA5A 4RGHA 5P15A 1J71A 2NTRA 2BQVA 3VLAA 1C6YA 4OBZB 4J54A 5P5MA 3UCBA 1MESA 2UXZA 2ZHUA 4Y3QA 5P66A 5P87A 4GB2A 5E5KA 5P0BA 2QP8A 3HLOA 3O9IA 3TKWA 5OZAA 5JG1A 5P2FA 2FDPA 5OZFA 5P36A 3VSWA 3R0YA 4Y58A 5P7QA 4EXGA 2NXMA 1BBSA 2ASIA 5P51A 3EL1A 3LZYA 1D4KA 2QZWA 3MWSA 4AMTA 4RLDA 5OZ8A 3UPJA 5HCTA 3HD8A 2P83A 5P0AA 2WL0A 5P0XA 5P13A 4DQEA 4EQJA 5P5QA 3PWMA 3G70A 5P4CA 5P5IA 3T7PA 1QBSA 2Q5KA 5HTZA 1AZ5A 2HS1A 3UHLA 4GIDA 1FQ4A 2NXDA 5P3KA 4E43A 3R2FA 1HVLA 2ER7E 1D4JA 5P2XA 5P5WA 1K2BA 3EMYA 3EKVA 3VSXA 2HIZA 5P8UA 2FMBA 3OXWA 1SMRA 1TCXA 1APTE 1GVUA 5P3ZA 5P71A 1RL8A 5P8BA 1HWRA 5AHCA 4I1CA 4EP3A 2IKOA 3KMXA 3D20A 3OOTA 4Y5PA 4CPRA 4I10A 4K8SA 1DPJA 1MRWA 3SO9A 5P1KA 4Y54A 5P83A 3N3IA 5P10A 5P6OA 4FM7A 5P69A 3TL9A 3EC0A 5P5OA 5OZZA 4S1GA 2QHYA 5P2VA 2QI0A 4NJUA 5P5DA 5I3VA 1HVJA 4Y4GA 4R8YA 4ZSQA 1ZSRA 3OUDB 1C6ZA 5P7CA 4RRNA 3OAGA 4QJ8A 5P2GA 1RQ9A 3IN4A 3LIZA 4NPUA 5P3AA 4DJQA 1FQ5A 5P0UA 5P3IA 2O4SA 4GJ5A 5P2YA 5P8TA 1Z1HA 4EJLA 5P16A 1LV1A 4OC6A 3OUAA 1AM5A 3L38A 5E5JA 1HRNA 4DQHA 4H3GA 5P4XA 2PYNA 1MIQA 2ZJMA 2QK5A 3FNSA 2VS2A 4QJAA 5HU1A 1HPSA 4EP2A 1Z1RA 4X2LA 5P62A 3HBOA 3CYWA 4GMIA 5P3NA 1LYAB 2B7FA 3DM6A 3O9LA 2WECA 2IS0A 3HDKA 5P8IA 3EM3A 3FSMA 1HVIA 5P3TA 6APRE 4JP9A 4CPQA 1EBYA 3AIDA 4DJYA 5OZEA 5P7BA 3EKXA 1SGZA 5BRYA 1OD1A 3KFSA 2V11C 3UQRA 3LINA 4I0GA 4DJRA 2I4DA 5P2RA 3RU1A 2ZHRA 3RTHA 4Y4ZA 3OY4A 3ZKMA 3VV7A 2AOEA 3PMUA 2QNNA 1AVFA 4J0PA 1W50A 3I6OA 5COPA 4HLAA 5P73A 2NNKA 2ZGAA 3IXOA 3LPJA 4L7HA 2NMZA 3T7XA 3KDCA 3OHHA 2VJ9A 5P3HA 5P54A 1BDLA 5P0SA 1GNOA 4OBZA 2NXLA 5P65A 3BGCA 1FFIC 5P2EA 1QDMA 2VKMA 4LP9A 5P05A 1GVVA 5P1HA 3OHFA 4J5JA 4NJVA 2PH8A 3UDHA 1IZDA 5P17A 3R0WA 4LC7A 5P0TA 4R95A 1M43A 4M8YA 3NU9A 2OHPA 2HB2A 2HPEA 2QZKA 3KF0A 1HTFA 5P1FA 4RCDA 1D4LA 3OGPA 3GI5A 5OZPA 1HVKA 4ER4E 1HTRB 1MT8A 1CMSA 3GI4A 5BS4A 3GGUA 4J1IA 4Y4EA 5P64A 1A94A 5P0OA 2QMGA 5DQ1A 1META 5SY3A 3INFA 2ZJKA 5HVPA 4LBTA 4Y4TA 3LIVA 1BILA 3UTLA 4DJWA 5P2CA 2AVMA 3S2OA 5P6LA 4FE6A 5I70A 5ISKA 4XKXA 2R5PA 5P1YA 2AOGA 5P2NA 4Y3PA 4J0ZA 3TOFA 4GJBA 1EPNE 5OZKA 3SPKA 2I4VA 1TQFA 2G1YA 1AAQA 5P6JA 2UPJA 1YTJA 3LNKA 2P3BB 4Y5KA 1C6XA 2J9JB 4Y57A 3GGVA 4ZEAA 3F9QA 2G20A 1YX9A 5P76A 2G27A 5PEPA 3PM4A 2AOIA 4FCOA 3PHVA 1SDUA 5P0PA 2QHCA 2R3WA 5P47A 5P7WA 2OHTA 1BWAA 3C9XA 5I3WA 4Y3HA 1QRPE 3B80A 4Z22A 5IVRA 2Q15A 3PBZA 5P67A 4EHCA 3NR6A 5OZRA 5J25A 1IDBA 5P57A 3KFPA 2FDEA 5P1XA 2WJOA 3FNTA 5OYRA 5P0KA 3TPJA 4Q1YA 4L1AB 1ODXA 1PROA 4Y50A 5OZ7A 5OZDA 5P88A 3ZPTA 3TTPA 1C70A 5P4RA 5P74A 3DCRA 4DVFA 4JOOA 1FMXA 2O4NA 5P4AA 5KQZA 3BVBA 3QROA 4YBIA 3HAWA 2QI5A 1YTGA 2BB9A 1XE6A 3ZKSA 2R38A 4EPJA 4H3JA 1CPIA 5P89A 3G6ZA 2WF3A 3B7VA 4R91A 5DR4A 5T4SA 5OZTA 4TVGA 2FNSA 5P2BA 5P6HA 6UPJA 5P0ZA 3ZPUA 4Y3YA 5SZ9A 1FGCC 3S7MA 3S8IA 2F3EA 1QBUA 4I0IA 5P30A 1NPAA 4Y3EA 1PPKE 5P4YA 5OYQA 1SBGA 5P1OA 2G69A 2AODA 4QLHA 4D88A 4EQ0A 5P1TA 5P4IA 3D91A 4Y6MA 3SKFA 1E80E 3ZKXA 1HEFE 5P18A 3G72A 4L6BA 4YCTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q11 A;  3L5F A;  2G1S A;  3M9F A;  5OZ2 A;  5IVS A;  5P41 A;  1LS5 A;  3QP0 A;  3FNU A;  5DQ4 A;  5P8D A;  4AUC A;  5P4N A;  4PZW A;  4ZSM A;  1OEW A;  4Y5N A;  4DI2 A;  1T6G A;  1GKT A;  1RV7 A;  1LEE A;  2OHM A;  5P53 A;  3KA2 A;  3OU3 A;  4L7J A;  2CEJ A;  4APE A;  4A4Q A;  1AID A;  4A6C A;  1LYB B;  3K4V C;  3N4L A;  3RTM A;  3T3C A;  2B60 A;  3VYD A;  5P00 A;  4XX4 A;  4KE0 A;  5P3J A;  3QBF A;  4BEK A;  4GZF A;  5OYX A;  3NU3 A;  3OAD A;  3ZPS A;  5P77 A;  2VIE A;  3LIY A;  4BFD A;  5P1Z A;  2I0A A;  5P2O A;  4Y3F A;  2IRZ A;  3BHE A;  2HC0 A;  5P7Y A;  2ZJN A;  3D1X A;  2VIY A;  1MTR A;  3PWW A;  1K2C A;  4DPI A;  5OZL A;  3GGA A;  3BC4 A;  2F80 A;  3VF3 A;  3KFN A;  3OGQ A;  3IN3 A;  4RVX A;  5P07 A;  4COE A;  2PSU A;  5P2Q A;  4D83 A;  3UQU A;  4FSE A;  7HVP A;  3S43 B;  4TVH A;  2OHS A;  1K6T A;  5P01 A;  1SIV A;  3OQA A;  1QS8 A;  3VUC A;  3OK9 A;  1MTB A;  2IQG A;  3IVH A;  3EXO A;  1PFZ A;  5P6W A;  5P4O A;  3Q3T A;  3VV6 A;  1BDQ A;  4LHH A;  3LIT A;  5P5E A;  3PCW A;  3TOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3INE A;  3INH A;  3WZ7 A;  4ZE6 A;  5KQF A;  4FRS A;  5P2U A;  3DJK A;  4Y38 A;  1FQ6 A;  3QVI A;  5P8H A;  5P3X A;  3PBD A;  3D1Z A;  3I8W A;  5P8M A;  1KZK A;  2ER6 E;  4MC1 A;  3PMY A;  5P4V A;  2O4K A;  5ENM A;  2P8H A;  1D4S A;  3T6I A;  4F73 A;  1G35 A;  2R9B A;  3KT5 A;  2QD8 A;  2WF2 A;  3APR E;  1HVH A;  5OZB A;  5P25 A;  3EKY A;  5OZX A;  4DQG A;  5C9F A;  3BRA A;  4I0F A;  5OYT A;  5P43 A;  5P5J A;  1FQ7 A;  3TPP A;  4LXK A;  1A8K A;  4J1C A;  3UDK A;  1MT7 A;  2OHU A;  1GVX A;  5P6Q A;  2PC0 A;  2AZC A;  1HII A;  5P8C A;  4RRO A;  2IGX A;  4Y35 A;  3U71 A;  4L7G A;  1KJ7 A;  2ZYE A;  3SM2 A;  3DUY A;  3FV3 A;  4Y3D A;  5P6E A;  5P56 A;  1APW E;  3O9F A;  1OEX A;  1TCW A;  2FGU A;  2F81 A;  3UQP A;  5P19 A;  5P7F A;  1ZJ7 A;  3OU4 A;  1QBR A;  3L5D A;  5P4E A;  4I12 A;  2NR6 A;  1SGU A;  2BPY A;  4EJK A;  4J1E A;  2VA6 A;  5P35 A;  2FNT A;  2BPX A;  4U7V A;  1B6P A;  2VIJ A;  1NPW A;  2FIV A;  3RSX A;  3ER5 E;  1KJF A;  2B8V A;  1BAI A;  3DV5 A;  1FQ8 A;  4H1E A;  4J1H A;  3L59 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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