5P0YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 81
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0yA01
1BWBA 3CKPA 5P3GA 5ER2E 2VA6A 3TPRA 2FIVA 4I0JA 2G1OA 1IBQA 2BPVA 3TPJA 3PLDA 1FG6C 4FE6A 3GGUA 5P8MA 3ER3E 1M43A 5OZIA 2AZCA 1A8KA 2AVQA 4ZIPA 3PSGA 5SZ9A 1D4YA 1B6JA 1SP5A 4FSLA 5P74A 1ZSRA 4ZSMA 1YG9A 2HPFA 4D83A 3OXVA 3JVWA 1XL2A 4Y5AA 3UDJA 1UPJA 4Y4BA 2QI5A 1EEDP 5P5UA 1XE6A 1HIHA 2IRZA 4Y38A 4L7JA 2P4JA 5P0QA 5P1NA 3OQAA 2V10C 1FEJC 3OUDA 4OBDA 3QBHA 1YM4A 3K5DA 5OZUA 3RTNA 1MTBA 5F00A 3QN8A 1MIQA 4RZ1A 5P09A 4DPFA 5P2VA 1META 1A30A 4OBKA 5ENMA 3PCZA 2VNMA 5P1VA 4XXSA 3OOZA 4J1IA 4E43A 3CIDA 1M4HA 5P70A 5P3NA 5P5RA 1W50A 2B8VA 5P3FA 2JYSA 3NLSA 3QS1A 3PMUA 5P61A 4ACUA 1SDVA 5P49A 3KDDA 3LPIA 4Y5CA 5P5OA 2G20A 5P06A 4B72A 3S2OA 3LPKA 5P0FA 2BQVA 4HDBA 2B8LA 3IGBA 1D4KA 5P1QA 3O9LB 3EC0A 2VJ7A 2I4QA 3LZSA 5KQFA 3FV3A 2QZWA 3SLZA 5P3RA 1ZP8A 2AOHA 5P2JA 2G1RA 5JFPA 2I4DA 2SAMA 5OZ7A 4ZLSA 2AOCA 3R4BA 1TSQA 3RSVA 1JLDA 4JP9A 1FQ6A 3WB5A 4J1FA 2QK5A 4ZPGA 3PCWA 3SO9A 5OZLA 1LF2A 5P75A 1BV9A 3LIZA 1HPVA 4LP9A 5P8FA 1EC3A 1HRNA 2G1YA 1HWRA 2QHCA 5P5YA 3BVBA 5P7FA 5P2ZA 3KDCA 4HDPA 3OOTA 3OAGB 1FQ8A 1IZDA 3UDPA 1HVCA 5P7LA 5P6NA 1EPQE 3KFSA 4TVGA 5P8GA 2G94A 4I0EA 3IN4A 4RVJA 3K5CA 7HVPA 3RVIA 3OU4A 1NPWA 5BRYA 3FNUA 1KJGA 1RV7A 5P37A 1QBTA 5P2TA 2Z54A 5P50A 3FSMA 4FSEA 3HW1A 3EL4A 3VV7A 1QS8A 5P7IA 4PYVA 5P8TA 4OC6B 4Y4WA 5P41A 3VV8A 4J0VA 2OF0A 5P5FA 4Y5KA 1OEXA 1QBUA 4YDFA 1APUE 2QMDA 2FGVA 1B5FB 3UDRA 2F8GA 4Y4EA 4ER4E 3EM6A 5P2GA 3EKPA 1LEEA 5P57A 1A9MA 2HB4A 5P0HA 2A1EA 4MC2A 1EC1A 5I3VA 5P8NA 1XDHA 2WF2A 3S45A 3DCRA 2ZJIA 5P53A 4BEKA 3R2FA 1FMBA 5KAOA 1Z1RA 2G26A 3OQDA 3LIYA 3OUAA 4Y3QA 5SY3A 4OBZA 3SA7A 4M8YA 1FGCC 1GVTA 2Q11A 5APRE 2NMYA 3Q5HA 3OHHA 5I3XA 4I8ZA 5P2IA 3N4LA 2AVOA 1RQ9A 4X7IA 3SABA 1BDRA 3UQUA 4HA5A 5P0EA 4RRNA 4Y53A 1B6KA 5OZMA 5IVRA 1ZPAA 5P3AA 1E80E 4Y50A 2R8NA 4ZSQA 3K5GA 5P5BA 3QBFA 5P8CA 3K5FA 4U7VA 1TCXA 1FG8C 1HPSA 2QHZA 5OZPA 5P19A 5P0IA 5OYRA 5P1MA 4FRKA 3ZMGA 5P6DA 4XX4A 4Y57A 4DJRA 2OHUA 4A6CA 1AZ5A 4FAEA 3SA9A 1LYAA 4PEPA 2ANLA 3BVAA 3PEPA 5OYYA 1MRXA 1EAGA 2APRA 3OWNA 3T11A 5P3PA 2ZDZA 1BXOA 5SXNA 5OYQA 5P7MA 5P1OA 4K4PA 5P7JA 2WEBA 3OU3A 4GYEA 4WY1A 1KZKA 1GVXA 4MC9A 4TRZA 4NJTA 5P5DA 1B6PA 3DV5A 3PWMA 4I0IA 4HE9A 3APPA 3I6OA 3EMYA 3SACA 5P5QA 1AVFA 1QBRA 5P24A 5P51A 3ZLQA 5P4DA 4LXAA 5AHBA 3ECGA 2OHNA 1DMPA 5P4JA 3EXOA 4UPJA 3SA8A 4EQ0A 2PSUA 3UPJA 2BBBA 5P08A 4ZE6A 4GIDA 3O9CA 2P3AA 5P1WA 5P3WA 5OZKA 3OUBA 3INHA 3GGAA 2XYFA 3UCBA 1XN2A 4OD9B 3KN0A 4EWOA 4FGXA 3URJA 3BUGA 3DCKA 3OUDB 3QPJA 1TW7A 4U7QA 3S8IA 5OZYA 3WZ8A 4I0DA 5JFUA 1B6MA 3SFCA 1NH0A 3L38A 3SA5A 4FRJA 3PBDA 1E82E 3HBOA 2ER6E 5P2KA 2BPYA 3QRVA 1SDUA 1SDTA 4GJBA 5KOQA 1K1TA 2OHSA 2QU2A 5DQ1A 3VF3A 3NR6A 5P8BA 5KQXA 3OK9A 5P17A 1HVRA 5P34A 5P7SA 4YD4A 1FIVA 2VKMA 3OQKA 2R43A 3OTYA 1EPRE 1PPLE 1K6VA 3QROA 5P7UA 5P5HA 4DJPA 1W5VA 5P2RA 4QJ8A 1UH8A 4Y9WA 4LL3A 4RCEA 1AJXA 2CEMA 4ZEAA 5P1XA 3SA4A 2P3BA 2IKOA 5P1PA 5P03A 5P2NA 2HB2A 4N00A 3NWXA 5HCTA 1T7JA 4FIVA 4Y36A 5OZ1A 2Q5KA 4NPUA 5P48A 4D88A 3CIBA 1K6TA 5P0PA 4NPTA 5P3XA 4H3IA 5P10A 3LIVA 5P7CA 3WSJA 5P0DA 4D85A 2O4LA 2OAHA 3APRE 2RMPA 1ZSFA 2B42A 3L59A 2AOIA 4GJ7A 5DR1A 5P6ZA 4YD5A 3NYGA 4IVSA 4DJVA 3BGBA 5P2WA 4L1AB 4Y3MA 2FGUA 5P71A 4Y4TA 5P4CA 1GVVA 5HD0A 5P1HA 2AVSA 3G70A 1GNMA 3PWWA 1UH9A 3PLLA 4Y6MA 2V0ZC 5P85A 1IVQA 1ENTE 3D1YA 4EYRA 4Y51A 5HU0A 2AOEA 5P7NA 4Y3WA 5P6BA 1HVJA 4Y47A 1ODYA 4EJKA 2H6SA 4A6BA 1DPJA 1K1UA 4COEA 3I2LA 4Y5GA 4J1EA 3OU4B 1MSMA 1W6HA 5ISJA 4APEA 2IQGA 4Y4AA 3ZKGA 1ZLFA 5ISKA 5AH6A 4KUPA 1HVSA 5P3SA 5P0SA 4CPWA 2AVVA 3D20A 4Y3SA 4DQBA 2MIPA 4JOOA 1APTE 3MWSA 1EBYA 5P5CA 4Y35A 3VLAA 5P45A 4DJUA 3IVHA 1K2BA 3UF3A 3LIQA 4NJUA 4BFBA 5P5TA 4Y54A 4DQHA 2B7ZA 1D4LA 2H6TA 3OGQA 3U71A 2QZXA 5E5KA 1G35A 5P4AA 5IE1A 5P8LA 4QJ7A 3URLA 2IEOA 4H3GA 5P35A 4AZYA 5OZ5A 5P6MA 5P47A 5P2BA 4F76A 3QI1A 5OYVA 3HVGA 3NUJA 5P46A 4OBZB 2XFKA 5HCOA 1IDBA 5P1SA 2HB3A 4ZSRA 4QLHA 4CPRA 2ER9E 3D1XA 4YCKA 2P3CA 2G27A 1BV7A 3OADB 4MC1A 4YCYA 3S53A 5P0WA 1RPIA 5P27A 2QD8A 3I7EA 4OD9A 1HXBA 4Y3FA 3TPPA 5HU1A 5UPJA 1HVKA 2CEJA 4YE3A 1HTFA 1ME6A 5P5JA 1EPNE 2NXLA 1BILA 5P3OA 1C70A 4OBHA 4Y45A 5AH8A 1TZSA 5P5SA 2RSPA 4DQGA 5P62A 3UTLA 5P4WA 3LNKA 3O99A 5B18A 3NSHA 4WTUA 4BFDA 2HC0A 3EKWA 2PK6A 3VG1A 2VJ9A 4YD6A 4KE0A 2FXDA 5OYTA 1LYAB 4B77A 3DM6A 1OD1A 2I0AA 2QI0A 5DR0A 3Q3TA 5OZDA 3U6AA 4J0ZA 2QAKA 5P59A 2HAHA 1DIFA 4Y4ZA 1EPME 1RL8A 2XFIA 1FFFC 2BPZA 4K9HA 3EKTA 5I3WA 2IGXA 4FAFA 3LPJA 3INEA 4Y3YA 1APWE 2VNNA 5P3CA 2VIYA 2OHPA 3B80A 3KM4A 1FQXA 1PFZA 2QZLA 1EPOE 4Y56A 4HZTA 3EM3A 2R38A 5P31A 5EZXA 2NNKA 4J0TA 3PGIA 3RTHA 5OZEA 5P38A 1E81E 4Y39A 3O9DA 4R8YA 4H3JA 5P78A 5DQ5A 5P7RA 1HVLA 1IIQA 2F81A 4GZFA 2Z4OA 4R5NA 1HVIA 3QAAA 4Y44A 4CPXA 4BELA 2BPWA 5P55A 1XS7D 3ZKMA 5OZAA 4QJ6A 4DQEA 1W51A 2UY0A 5HVPA 3ZKXA 4Y43A 5DQ2A 4L1AA 4J1HA 2OHRA 3VF5A 3EKQA 3INDA 4YCTA 4YDGA 2ASIA 2Q64A 5OZJA 1SMEA 4Y3PA 3ZPSA 3VLBA 3ST5A 1HIVA 2NR6A 5P2LA 1AJVA 3BC4A 1BVGA 4Y3ZA 1W5XA 4I1CA 4EJ8A 3O9AA 3RU1A 5P8QA 5P12A 2BKTA 1MT7A 4Y3JA 4Y37A 5P7WA 2UPJA 2PSGA 4Y5MA 5P4LA 5P8HA 5J25A 1MT9A 5P6IA 2FDDA 2F3EA 2R9BA 5P7BA 3VUCA 1D4HA 4DJOA 5P0BA 5P8IA 3ZKIA 4YHQA 3EL9A 4LAPA 5P1AA 3EKXA 5P87A 5P56A 5P68A 3LZVA 1T6GA 3B7VA 4XKXA 2PC0A 3MSLA 5P3KA 4RROA 5P7AA 1T7IA 3KT2A 2QU3A 2P3BB 3MXDA 3QRSA 4B78A 2PMAA 5P4ZA 5P3UA 5P1JA 4OBFA 2IS0A 4GJAA 1BBSA 5OZ6A 5P3MA 5P0JA 5P40A 5P6FA 2QNNA 1SBGA 3EL5A 3PI5A 4YOAA 5ENKA 5P60A 1M0BA 5P6LA 5P5EA 1AIDA 3O9FA 5P63A 3PHVA 1LS5A 1IDAA 3SQFA 1SGUA 3HDKA 5OZWA 3ER5E 5KR1A 2AOGA 5P6QA 1HHPA 3LZYA 3OY4A 4F73A 4S1GA 4R91A 4KB9A 1IZHA 4I12A 5P6JA 2AIDA 2WF0A 5P29A 4AUCA 5OZ3A 2I4VA 5P7TA 4Y3XA 5P8DA 3UDKA 3OADA 2PWRA 5P4XA 3KFPA 5SY2A 3URIA 3NU4A 5P7DA 5AGZA 5P8SA 5P5XA 5P81A 9HVPA 1HTEA 2QD6A 4Q1NA 5P66A 5P4HA 2G22A 5DQ4A 2VIJA 3BRAA 5AHAA 2J9KA 2IKUA 5P6HA 4GJ5A 2ZYEA 3OU1A 4TRWA 5P25A 5P0CA 3NXNA 3UQPA 1FMUA 3NU3A 3QVCA 5CONA 1VIKA 5P43A 3VCMA 5P6EA 3TOHA 5P2UA 3IAWA 4PZWA 3OXWA 5OZZA 1HPXA 2BPXA 5P1IA 1N49A 4EHCA 5JODA 5P8UA 3VFBA 1PSOE 4J1KA 2VS2A 3NUOA 5P1KA 2I0DA 4H1EA 5P2QA 3T3CA 1QBSA 3SM2A 5P7XA 3KFRA 4GJDA 1B11A 2QCIA 3OTSA 2B7FA 4LXKA 2V12C 1ODXA 4RVXA 4A4QA 5P1GA 4Y5LA 3ZOVA 2QMPA 3U7SA 4TRYA 1SH9A 5P3HA 2NMZA 5P1UA 5P14A 5P3EA 3BXRA 3S7MA 2J9JB 1MERA 4GJ8A 4FS4A 3KFNA 4Y5PA 5P80A 5P2HA 3BGCA 5P5AA 4J0PA 2FNSA 2WF1A 3PVKA 5P2CA 1FQ4A 3OQFA 1LF4A 3TLHA 2WEZA 3CICA 2QI7A 3AUPA 5OYZA 5P13A 1PPKE 5OZRA 3TKGA 1LF3A 4YBIA 4ZPEA 5P2SA 3NXEA 2XYEA 5P6PA 2QD7A 2AZ9A 4LXMA 1ZPKA 3OHFA 4KE1A 2V16C 5P2DA 1NPAA 1TQFA 3UQXA 3MXEA 5P5IA 3FX5A 4RVIA 2HM1A 5E5JA 2ZGAA 1XL5A 5COPA 5P39A 4Y3TA 5P3QA 4DI2A 4GB2A 2QI6A 4GJCA 5P44A 3KF0A 5OZNA 5P5KA 4B05A 4EXHA 4DPIA 2ZHTA 3H0BA 4AA8A 4QJ2A 1WBMA 3TNEA 2JJJA 2ZHSA 2G1NA 2V11C 3BUHA 1HEGE 5BWYA 1TCWA 2V13A 1W5WA 5P5LA 3D3TA 4L7HA 2XFJA 2ZHVA 3O9GA 5P0XA 5P36A 5P6OA 1AAQA 5OZCA 3G6ZA 4HLAA 5AHCA 1D4SA 2RKGA 1W6IA 2Q63A 3VYEA 2R5QA 5P42A 1PROA 3GGVA 5P6WA 1IVPA 2BKSA 1FMXA 1AXAA 4B00A 1KJFA 3FIVA 5I70A 1J71A 2RKFA 1HSHA 1KJHA 3PSUA 5P15A 3TL9A 1PPME 3F9QA 3NU5A 5P4FA 3TH9A 5P2AA 5P5NA 4FCOA 3AIDA 3VF7A 1GNNA 1B6LA 2QNQA 4R93A 2V00A 3ZPUA 5P3IA 2NTRA 3FNTA 5P8EA 1ZBGA 4ER1E 2IENA 5KR8A 4NJVA 5HDXA 5P6AA 5P7EA 2ZJJA 2PWCA 5P82A 4DJWA 5OZTA 1VIJA 3CKRA 2CENA 3JW2A 2O4KA 2FXEA 4I11A 5HTZA 1YTHA 3LZUA 4Y5NA 4EXGA 1FKNA 5P1RA 1C6YA 2O4SA 1K6CA 2VA5A 4U8WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BWB A;  3CKP A;  5P3G A;  5ER2 E;  2VA6 A;  3TPR A;  2FIV A;  4I0J A;  2G1O A;  1IBQ A;  2BPV A;  3TPJ A;  3PLD A;  1FG6 C;  4FE6 A;  3GGU A;  5P8M A;  3ER3 E;  1M43 A;  5OZI A;  2AZC A;  1A8K A;  2AVQ A;  4ZIP A;  3PSG A;  5SZ9 A;  1D4Y A;  1B6J A;  1SP5 A;  4FSL A;  5P74 A;  1ZSR A;  4ZSM A;  1YG9 A;  2HPF A;  4D83 A;  3OXV A;  3JVW A;  1XL2 A;  4Y5A A;  3UDJ A;  1UPJ A;  4Y4B A;  2QI5 A;  1EED P;  5P5U A;  1XE6 A;  1HIH A;  2IRZ A;  4Y38 A;  4L7J A;  2P4J A;  5P0Q A;  5P1N A;  3OQA A;  2V10 C;  1FEJ C;  3OUD A;  4OBD A;  3QBH A;  1YM4 A;  3K5D A;  5OZU A;  3RTN A;  1MTB A;  5F00 A;  3QN8 A;  1MIQ A;  4RZ1 A;  5P09 A;  4DPF A;  5P2V A;  1MET A;  1A30 A;  4OBK A;  5ENM A;  3PCZ A;  2VNM A;  5P1V A;  4XXS A;  3OOZ A;  4J1I A;  4E43 A;  3CID A;  1M4H A;  5P70 A;  5P3N A;  5P5R A;  1W50 A;  2B8V A;  5P3F A;  2JYS A;  3NLS A;  3QS1 A;  3PMU A;  5P61 A;  4ACU A;  1SDV A;  5P49 A;  3KDD A;  3LPI A;  4Y5C A;  5P5O A;  2G20 A;  5P06 A;  4B72 A;  3S2O A;  3LPK A;  5P0F A;  2BQV A;  4HDB A;  2B8L A;  3IGB A;  1D4K A;  5P1Q A;  3O9L B;  3EC0 A;  2VJ7 A;  2I4Q A;  3LZS A;  5KQF A;  3FV3 A;  2QZW A;  3SLZ A;  5P3R A;  1ZP8 A;  2AOH A;  5P2J A;  2G1R A;  5JFP A;  2I4D A;  2SAM A;  5OZ7 A;  4ZLS A;  2AOC A;  3R4B A;  1TSQ A;  3RSV A;  1JLD A;  4JP9 A;  1FQ6 A;  3WB5 A;  4J1F A;  2QK5 A;  4ZPG A;  3PCW A;  3SO9 A;  5OZL A;  1LF2 A;  5P75 A;  1BV9 A;  3LIZ A;  1HPV A;  4LP9 A;  5P8F A;  1EC3 A;  1HRN A;  2G1Y A;  1HWR A;  2QHC A;  5P5Y A;  3BVB A;  5P7F A;  5P2Z A;  3KDC A;  4HDP A;  3OOT A;  3OAG B;  1FQ8 A;  1IZD A;  3UDP A;  1HVC A;  5P7L A;  5P6N A;  1EPQ E;  3KFS A;  4TVG A;  5P8G A;  2G94 A;  4I0E A;  3IN4 A;  4RVJ A;  3K5C A;  7HVP A;  3RVI A;  3OU4 A;  1NPW A;  5BRY A;  3FNU A;  1KJG A;  1RV7 A;  5P37 A;  1QBT A;  5P2T A;  2Z54 A;  5P50 A;  3FSM A;  4FSE A;  3HW1 A;  3EL4 A;  3VV7 A;  1QS8 A;  5P7I A;  4PYV A;  5P8T A;  4OC6 B;  4Y4W A;  5P41 A;  3VV8 A;  4J0V A;  2OF0 A;  5P5F A;  4Y5K A;  1OEX A;  1QBU A;  4YDF A;  1APU E;  2QMD A;  2FGV A;  1B5F B;  3UDR A;  2F8G A;  4Y4E A;  4ER4 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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