5P0ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 82
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0zA01
2VJ7A 2PYNA 2Q63A 4HEGA 3OK9A 4ZSRA 4CKUA 4YCTA 1WBKA 1UH8A 3INEA 1LYAA 4Y51A 5P2ZA 3OAGA 5P6KA 4YD3A 5P5NA 3UFLA 4F74A 4LBTA 9HVPA 4RCFA 2VIEA 5P18A 4Y4AA 3KFRA 1W5WA 5P7ZA 5OZWA 2ER0E 5P7VA 1CMSA 4DQCA 2ZDZA 3EKPA 4EJDA 5OZKA 2QZXA 2G1SA 5OZ8A 2QZKA 1PPME 4Y57A 4J0ZA 5OZBA 3EBZA 3U6AA 3L38A 4QLHA 1BV7A 4D85A 3SABA 5P8VA 5OZ3A 1MPPA 1C70A 1PSAA 4Y3RA 3VSWA 2OHLA 2R3WA 1OEXA 4NKKA 3I6OA 5P05A 5UPJA 4APEA 2I0DA 3S7MA 2QMDA 1GVWA 4QJ6A 5P00A 1A8GA 3ZKQA 1BBSA 4Y50A 3GI4A 5P16A 5P86A 3VV8A 3SA4A 1SDTA 3Q3TA 1Z1RA 3QPJA 3LZVA 5P87A 3SA8A 1QDMA 4ZIPA 3T3CA 3QVIA 2WEBA 5P27A 2BPVA 4JOOA 5P09A 1W6HA 3OUAA 4HVPA 3D1ZA 3EL5A 5KR8A 2XFJA 1OHRA 1HTFA 1D4SA 4F76A 5P7LA 3OUCA 3L5EA 5P5HA 1QBUA 4JP9A 1YX9A 2IGXA 4BEKA 5P1ZA 1FKNA 4M8XA 4EQ0A 4FGXA 1HOSA 2FNTA 2JXRA 4DPFA 5C9BA 4JPEA 4Z2ZA 4J0VA 4F73A 4A6BA 4Y53A 2FGUA 4Y41A 3PEPA 3I7EA 4BFDA 5P4UA 4RZ1A 5P1HA 5P39A 2J9KA 3UQUA 4JPCA 3BXRA 5P5IA 5P72A 2B8LA 4R95A 2F3KA 1G2KA 5HU0A 4CPRA 4YBIA 5P3GA 1ODWA 2FXEA 5P4QA 3HD8A 4Y3SA 8HVPA 5P7MA 3O9BA 4ZLSA 4DQEA 1EBZA 2QMGA 1RNEA 2QD8A 3IXKA 2IEOA 1MEUA 2QD7A 1KJ7A 1EC0A 5DQCA 4WY1A 3TPPA 5JFUA 4LP9A 2FNSA 3LPIA 5P82A 5P8UA 5COPA 5P5QA 5P4KA 1HPSA 1W6IA 1SDUA 5OZFA 5P68A 5OZ2A 2NMZA 3UQPA 4PZWA 3QRVA 2O4NA 5HTZA 3NWXA 2PQZA 5P7AA 1IDBA 5P5AA 5P2TA 1MSMA 5COKA 5P54A 4Y56A 5OZXA 5P7OA 5P7NA 4OBZB 5P35A 5P6CA 1K6PA 4Y3QA 4Y3MA 3ECGA 1XL2A 4KE0A 4FM6A 4RLDA 3QI1A 4LC7A 4ACUA 3EM3A 4EP2A 5APRE 2QI7A 2XFKA 1W5YA 3PVKA 2WECA 4L6BA 5P3SA 2WF4A 3L5BA 4Y4ZA 3NSHA 2Z4OA 5OZTA 2BPXA 1PPLE 3K5DA 3OUDB 5P62A 1FEJC 1MESA 3PMYA 2Q3KA 3UQRA 3NUOA 2P8HA 5P4MA 1BDQA 3JVWA 2FXDA 5P3UA 4YE3A 2OHPA 4GJBA 1HVIA 3LIQA 1CPIA 3SAAA 5HCOA 4J0YA 1IIQA 1HTGA 3QRMA 4J0PA 2G22A 1FQ7A 3JW2A 3MSJA 5P29A 6APRE 2I1AA 2MIPA 4FRJA 5P78A 2AZ8A 1WKRA 3GI6A 5OYUA 1SBGA 5KOQA 4RGHA 4CP7A 3APRE 2WEDA 4PEPA 5DPZA 4K4PA 2QI4A 5P41A 5P3KA 5F00A 3KF0A 1HWRA 3KFNA 3IVIA 1QS8A 6UPJA 1YTGA 1TCXA 2G1RA 5P23A 3F9QA 5P7IA 3NU6A 4Y5BA 5OZHA 5P13A 4YA8A 3ZKGA 4GJAA 5P3CA 1M0BA 5OZSA 2QU3A 3INFA 3OY4A 1D4HA 4APRE 4OBHA 3S85A 4Y3XA 5P4XA 3OU3A 3DV5A 4FIVA 5P1JA 4DPIA 4YD6A 3UPJA 5P0TA 2V11C 3O9DA 2ZJIA 2RENA 3O9EA 5KQXA 5I3YA 3SPKA 5P22A 5P4HA 5JFPA 2AQUA 4B05A 5P8IA 5OZJA 1LYAB 4RVJA 4N00A 5OYYA 3OAGB 4I0GA 3ST5A 1RV7A 3ZKXA 1AXAA 2NNPA 1PROA 3AUPA 1D4KA 3SM1A 3EKTA 3T7QA 3MSKA 4Y4BA 3PLDA 5P6RA 1SP5A 4Y47A 4DQHA 1HVSA 4Y35A 4CPUA 1TSQA 4IVTA 2WHHA 2QI1A 1BVEA 1APUE 3SA6A 4L7HA 4QJ9A 1QRPE 5OYVA 4GJDA 5OZ9A 5P69A 3IN4A 4YD4A 1LV1A 1MERA 3EKWA 3BXSA 4Z22A 4Y4GA 4Y38A 4BELA 1MRXA 1IVQA 3TPRA 2I4QA 2P3BA 5P5DA 2I4DA 3FX5A 1OEWA 4J5JA 4S1GA 3OOTA 3SKFA 1YTHA 3K5FA 5OZVA 1NPAA 1HIVA 3NDWA 4NPUA 4K9HA 1IBQA 5P7KA 1APVE 1QBTA 3BUFA 5BWYA 1IZDA 3DOXA 4J1CA 5KR0A 4Y3LA 5P1YA 2VJ6A 5P8QA 4DI2A 5HVPA 2AVVA 5JG1A 5P5YA 2B42A 1CZIE 5P0LA 1NH0A 5P4DA 3OGQA 1GNMA 3O9IA 5P5GA 5P07A 4OBFA 3CIBA 1XDHA 4Q1WA 5P0YA 3OQFA 5P0OA 2J9JB 3CKPA 1SMRA 4Y5GA 5I3VA 2P83A 4J1FA 5P73A 5P89A 5P1VA 4CPTA 2I4UA 5P6VA 3CMSA 3NU4A 2B60A 2ER9E 3LZSA 5P5ZA 4I0FA 3NYGA 4QJAA 5P2AA 4RRNA 2WL0A 2AIDA 2WEAA 1QBRA 2Q11A 1FFFC 2HB3A 5IVRA 4B72A 1ME6A 5T4SA 5P3XA 4EXGA 1LYBA 4KUPA 2QHYA 4H3FA 3UHLA 3VYFA 1DW6C 5P32A 2PMAA 5P6FA 4OD9A 3VV6A 3K4VC 5P02A 5P1AA 3Q6YA 5P6DA 2ZJJA 1HRNA 2R5PA 5P0AA 4HDPA 3NLSA 2QZWA 5P6TA 3HAWA 3O9CA 5P8OA 2QK5A 1DIFA 5HDUA 3PB5A 5P0BA 4U7QA 2Q64A 3UDRA 4B00A 3JVYA 2FLEA 4D83A 5P2SA 1FFIC 2I4VA 4KE1A 5OZOA 4NPTA 3L58A 1BDLA 5P5OA 3ZKNA 4GJCA 1AM5A 1HTEA 5P2WA 1ZPKA 4QGIA 4MC1A 5P0CA 5P1OA 3O9FA 4RCEA 2FMBA 5P14A 1FQ6A 4COEA 5P1UA 4U7VA 5DR4A 2R8NA 5P0WA 3KMXA 5P6XA 4EPJA 1UH9A 2AOHA 5P28A 3R0YA 3EC0A 2ER6E 2A1EA 4NJUA 1AZ5A 3LIXA 5IE1A 3QS1A 4ZEAA 4NJTA 3UCBA 2FIVA 3QBHA 3D91A 3LPKA 4YCYA 3D3TA 3I25A 5OZ1A 5P79A 2AZBA 3KYRA 5P5MA 5P8AA 5P5TA 5P6MA 1GNOA 6FIVA 1D4IA 2PYMA 1HXBA 5AH6A 2IENA 2XYEA 4WY6A 2ZHTA 3IN3A 5P8MA 1Z1HA 3IVHA 2QNPA 5OZQA 2PK5A 4GJ9A 4DJWA 1B6MA 2HS1A 1HHPA 3BHEA 1ZPAA 5P24A 4DJUA 4EJLA 4ZPEA 5P42A 5P4VA 5BS4A 3VSXA 1E5OE 1UH7A 1HVJA 3WB5A 3S8IA 3VG1A 3CIDA 5P1IA 3LHGA 3RTHA 5P4RA 4EJ8A 2OHMA 4Y4XA 5P59A 4ZPFA 3UFNA 2CENA 4EYRA 1MT9A 3K5GA 1EPLE 2FDEA 1FQXA 5CONA 4Y39A 5P51A 5P8KA 3ZL7A 4L1AA 4XX4A 5P3YA 1ER8E 4LHHA 3ER5E 4UPJA 3VFAA 3DCRA 5HE4A 3M9FA 5P3IA 5OZMA 3ZKIA 1K6TA 3KDCA 3NXEA 1A30A 3G70A 3GGUA 5P15A 5ISJA 1META 5P5FA 3NU5A 5P7UA 2WJOA 5OYTA 3I8WA 2HPFA 2HS2A 5P7QA 1HEGE 2PH8A 5DR3A 1E80E 2AZ9A 3EL9A 5P6QA 2ZJKA 4Q1YA 4GIDA 4H3GA 5P5XA 3QVCA 1D4JA 3PHVA 3DJKA 4Y4EA 2ZJLA 3LINA 5P17A 5OZPA 1G6LA 1D4LA 1NPVA 5P7PA 1T7JA 1T7KA 5P3NA 5P5SA 5P6IA 3T7PA 5OZNA 5OZ0A 5C9FA 1LF4A 5P75A 3KMYA 1E82E 2IKOA 5HDVA 5P4PA 3PBZA 3TLHA 5P5EA 2QP8A 3C9XA 3WZ8A 3R4BA 5P74A 5OZCA 5P53A 3DM6A 5P65A 3VEUA 5P7FA 5P2LA 5P4NA 2QD6A 3OWNA 3UDYA 4Y5LA 2B7FA 3TPJA 5P1CA 4Y4UA 3KA2A 5P1TA 1FG8C 3APPA 1PPKE 3PM4A 1SGUA 4Y3ZA 3OGPA 5P0EA 5DGUA 5P8SA 1TZSA 5P2VA 3KFSA 2P3BB 4HDFA 1FQ8A 2G26A 5HE5A 4XXSA 5P47A 1APTE 1W50A 1IVPA 4X7IA 5P8JA 2OHQA 1FG6C 5P2YA 3UF3A 1APWE 5P0SA 5P8PA 5P3WA 5P8FA 5AH9A 4Y3YA 3EMYA 5P3ZA 2IKUA 4I11A 2B8VA 3KT2A 4Y5CA 1K2CA 5DQ1A 3OQ7A 4Y58A 2WF1A 3TH9A 4DV9A 5P38A 2ASIA 1LZQA 3WB4A 3DV1A 4RVXA 2VA5A 5P52A 3OXCA 5P8CA 5P4YA 3OHHA 3SKGA 3INHA 3FKTA 4YDGA 5P2HA 2OHTA 3K5CA 5P1FA 4R5NA 1SDVA 3GW5A 4HDBA 5P0HA 5AHAA 3ZPTA 3VLBA 4Y3DA 4IVSA 4FRSA 4JECA 1U8GA 3ZPUA 5COOA 3CICA 4HA5A 1BV9A 4Y4JA 4Y5KA 4AZYA 3ZMGA 5P4AA 1BWBA 5I70A 1FMBA 3Q5HA 3KDBA 2Q55A 1ODYA 4OD9B 4ZE6A 4AA8A 5P44A 4FS4A 5P0UA 4RRSA 1M4HA 2B7ZA 2P3CA 3PRSA 2V00A 1ZJ7A 5P3MA 5P6LA 2NXMA 1YT9A 5P5BA 5P0IA 5J25A 3CKRA 3L5FA 2ZGAA 4J1HA 1HSGA 2BQVA 1MTBA 3WSJA 3NUJA 2WF2A 3S43B 5OZZA 3PWRA 1EPRE 4A4QA 5ISKA 1MT8A 5P30A 5P6UA 5P36A 4GJ8A 3L59A 2FDDA 2XFIA 2O4LA 5KQFA 5P7XA 3EKQA 3PSYA 4YD7A 5P6GA 5OZYA 2NXLA 4Y3WA 4OBDA 5P6WA 3QAAA 3TL9A 2PSGA 1T6GA 5OYQA 5P2UA 3DK1A 5P11A 3UDHA 5OZ7A 3B80A 5P2EA 3N4LA 4AUCA 1MIQA 5P63A 5P6HA 4Z4XA 2BPYA 3IAWA 5P12A 5P76A 3ZPSA 1HVKA 5P77A 2WF0A 3NDXA 5P06A 2FDPA 1YM4A 3UQXA 5E5JA 3IGBA 4L7JA 2ANLA 2FS4A 5P1LA 1F34A 2NMYA 3U71A 5P5CA 2NTRA 5C9DA 1TW7A 4DQBA 5P2IA 5P6AA 5P3EA 2ZHSA 2PSVA 2AVMA 4TRZA 5SY2A 3PLLA 1A94A 4Y5AA 5DR1A 1BIMA 5P83A 5SXNA 3PGIA 4MC6A 3EKYA 3K1WA 7UPJA 1HVLA 3OXVA 4FSLA 5P3OA 4QJ7A 1EC3A 1B5FA 5ER2E 4ACXA 3SA3A 1PFZA 1EBKC 5P31A 4Y4WA 1EBYA 3BVBA 5P1PA 4A6CA 4HZTA 5P61A 1N49A 2WEZA 3OUBA 4L1AB 1B6LA 2ZJNA 1EC2A 5P4ZA 4GJ7A 1FB7A 5P67A 1RL8A 2IDWA 1K6VA 5AHCA 4Y3AA 1BXQA 4Y4TA 2OF0A 3GI0A 5AH7A 5P7HA 4E43A 4GJ5A 5P2OA 3PCZA 2R38A 5P3HA 1ENTE 2G69A 4B1DA 5P5KA 2CEJA 3LZYA 1HVHA 2RKFA 1DAZC 1AAQA 5SY3A 5P56A 3SACA 4MC9A 5P7GA 5P6NA 2VIJA 5P2RA 4CPXA 5P2CA 2PK6A 5AGZA 2NPHA 2QAKA 3BUGA 1HXWA 1QBSA 5P3AA 2NR6A 3UDNA 5P66A 2AOEA 1J71A 3T7XA 3URLA 4YOAA 1KJFA 5P2XA 1BXOA 2R9BA 3DUYA 5P0RA 5TOLA 3KT5A 4RYGA 1BAIA 1FQ4A 5P5LA 4R92A 5P26A 4PZXA 3OU4A 4YHQA 1ZBGA 3L3AA 3MXDA 1GVTA 3ZLQA 1SMEA 2ZHUA 5ENMA 1XE6A 3VLAA 5P10A 5P43A 4I0DA 5P3RA 1XN3A 4J0TA 3H5BA 3AIDA 5P7CA 1Q9PA 3FNUA 1FMXA 5FIVA 3EM6A 1BILA 3IA9A 1RQ9A 1XS7D 4Y3EA 5P2GA 2G24A 1GVXA 3S2OA 3RSXA 2Q15A 1SIPA 5EZZA 2BJUA 5OZLA 3PSGA 4J54A 3CYWA 3EL4A 5P1NA 3D20A 3LIZA 5KR1A 3VF5A 2BB9A 1MTRA 3N3IA 3OXWA 1EPQE 3LITA 5HD0A 3SFCA 1HTRB 5P3VA 3SM2A 1EPOE 5DR8A 4EJKA 4EP3A 1ZP8A 3ER3E 1HSHA 5OZ6A 4B70A 4EHCA 3RVIA 2A4FA 5P0VA 4R8YA 3IXOA 2JJIA 2Q54A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VJ7 A;  2PYN A;  2Q63 A;  4HEG A;  3OK9 A;  4ZSR A;  4CKU A;  4YCT A;  1WBK A;  1UH8 A;  3INE A;  1LYA A;  4Y51 A;  5P2Z A;  3OAG A;  5P6K A;  4YD3 A;  5P5N A;  3UFL A;  4F74 A;  4LBT A;  9HVP A;  4RCF A;  2VIE A;  5P18 A;  4Y4A A;  3KFR A;  1W5W A;  5P7Z A;  5OZW A;  2ER0 E;  5P7V A;  1CMS A;  4DQC A;  2ZDZ A;  3EKP A;  4EJD A;  5OZK A;  2QZX A;  2G1S A;  5OZ8 A;  2QZK A;  1PPM E;  4Y57 A;  4J0Z A;  5OZB A;  3EBZ A;  3U6A A;  3L38 A;  4QLH A;  1BV7 A;  4D85 A;  3SAB A;  5P8V A;  5OZ3 A;  1MPP A;  1C70 A;  1PSA A;  4Y3R A;  3VSW A;  2OHL A;  2R3W A;  1OEX A;  4NKK A;  3I6O A;  5P05 A;  5UPJ A;  4APE A;  2I0D A;  3S7M A;  2QMD A;  1GVW A;  4QJ6 A;  5P00 A;  1A8G A;  3ZKQ A;  1BBS A;  4Y50 A;  3GI4 A;  5P16 A;  5P86 A;  3VV8 A;  3SA4 A;  1SDT A;  3Q3T A;  1Z1R A;  3QPJ A;  3LZV A;  5P87 A;  3SA8 A;  1QDM A;  4ZIP A;  3T3C A;  3QVI A;  2WEB A;  5P27 A;  2BPV A;  4JOO A;  5P09 A;  1W6H A;  3OUA A;  4HVP A;  3D1Z A;  3EL5 A;  5KR8 A;  2XFJ A;  1OHR A;  1HTF A;  1D4S A;  4F76 A;  5P7L A;  3OUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2Q15 A;  1SIP A;  5EZZ A;  2BJU A;  5OZL A;  3PSG A;  4J54 A;  3CYW A;  3EL4 A;  5P1N A;  3D20 A;  3LIZ A;  5KR1 A;  3VF5 A;  2BB9 A;  1MTR A;  3N3I A;  3OXW A;  1EPQ E;  3LIT A;  5HD0 A;  3SFC A;  1HTR B;  5P3V A;  3SM2 A;  1EPO E;  5DR8 A;  4EJK A;  4EP3 A;  1ZP8 A;  3ER3 E;  1HSH A;  5OZ6 A;  4B70 A;  4EHC A;  3RVI A;  2A4F A;  5P0V A;  4R8Y A;  3IXO A;  2JJI A;  2Q54 A;  4DJX A;  1HIH A;  3BUH A;  5P5R A;  1IZI A;  2ZJM A;  4R93 A;  5P03 A;  1MRW A;  3GGV A;  2SAM A;  3PI0 A;  4I8W A;  4FE6 A;  1DP5 A;  3SA9 A;  3R0W A;  3OOZ A;  5OYZ A;  5P64 A;  1FMU A;  1EED P;  5OZA A;  3NWQ A;  5P2N A;  1MVP A;  3NDU A;  2QNQ A;  1B6J A;  3HBO A;  2WKZ A;  3EM4 A;  5P4E A;  2XYF A;  2HAH A;  5DQ2 A;  4I0I A;  5P60 A;  3QP0 A;  5P4S A;  2PWC A;  3NXN A;  5P2J A;  4GZF A;  2F80 A;  4Y54 A;  4K4Q A;  5P7R A;  3SO9 A;  2Q5K A;  5P37 A;  5P81 A;  1GNN A;  3TPL A;  2QI6 A;  2RMP A;  3G6Z A;  5P0P A;  5P8N A;  3OAD A;  5P2K A;  3UDM A;  4DJV A;  2PSU A;  1B6P A;  1Z8C A;  3NU9 A;  5P46 A;  5P01 A;  4J55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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