5P10A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 83
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p10A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p10A01
4RCFA 1MEUA 3OU4A 5P0DA 4A4QA 2MIPA 1KJ4A 5P59A 4Y5GA 3EKXA 3OAGB 3KA2A 2H6TA 3WB4A 4GJDA 5P2VA 5OZ5A 3PBZA 3S43A 1BWBA 5P4SA 5P4MA 4YDFA 1K6TA 4OD9A 5P7GA 2I4QA 5P05A 5AGZA 4KUPA 1PPME 2UXZA 5P5VA 5P89A 5P0VA 3BGCA 3K5DA 5P2LA 4NJTA 1EPLE 3MSJA 3KMYA 4EQJA 2QMDA 5P3JA 2QCIA 5SXNA 4FRIA 2P3DA 5P1WA 5P42A 1NH0A 4HDBA 5OZDA 2QD8A 3KM4A 1OHRA 1T6GA 2R43A 5P4NA 5P3IA 5P4FA 2ZJIA 5OYUA 4I0FA 3KN0A 1Z1HA 3PI0A 4YA8A 3OQDA 5IVRA 2O4NA 5P1PA 4FGXA 1YTHA 4GJ7A 3PEPA 1G35A 4B72A 2G1OA 4EJDA 3TOGA 1SBGA 5IE1A 2ZHSA 4WTUA 3CKTA 2G27A 3HLOA 2AOGA 1SMEA 5AHBA 3VCMA 5P2DA 1E5OE 3CKRA 2BKTA 5P8DA 5P7KA 3LPJA 3WB5A 5HVPA 1B6MA 4Y3EA 3SA8A 1ZP8A 5P75A 4DQBA 2G1NA 1KZKA 2I4UA 1BXOA 3QS1A 3F9QA 1HXBA 3RTHA 4DUSA 1A8KA 5HU1A 5P2BA 4GJCA 3MXDA 3SM2A 5HDXA 3QROA 5P0SA 3S53A 1B6JA 2HB3A 3VF5A 4H1EA 5J25A 5P43A 5P2QA 3IXOA 5P79A 1LF4A 5OZZA 3K5CA 3SAAA 3U6AA 3IAWA 4EP2A 5SY3A 5P31A 1GVXA 4CPTA 3T7QA 4RROA 5P77A 5P2MA 1HVRA 1YTGA 4AA9A 2R9BA 2AZBA 2FIVA 1EPOE 5P56A 3BXSA 5ISJA 2OHLA 1QRPE 4HA5A 5OZMA 1FG6C 4FIVA 3NDXA 4Y3HA 1LYAA 2ZHVA 3H0BA 3TPJA 5JFUA 5P6AA 4Y4ZA 4AUCA 5I3VA 3ZLQA 4K4QA 3OOTA 4H3JA 4QJ7A 4FM6A 3D20A 3UPJA 4B1EA 4NPUA 2V16C 3EKVA 3HD8A 5APRE 1APVE 3I25A 4Y3TA 3MXEA 3URJA 3ECGA 4XXSA 4Y4AA 1LZQA 2QMGA 5P30A 4U8WA 4B77A 4OBZB 3UQPA 5C9DA 5P4QA 3AIDA 4D8CA 4ER4E 5P32A 3EM3A 3EL4A 5P40A 5OZIA 2J9JA 5BS4A 4IVTA 5P2FA 3N3IA 5TOLA 4N00A 3S45A 3NR6A 5P04A 2P3BA 1SDVA 3OQFA 4Q1XA 1Z8CA 5EZXA 3QRVA 2RMPA 1HVKA 2BPVA 5P4YA 2I0DA 1ENTE 1RV7A 3NLSA 5P0HA 1SIPA 3Q6YA 4LXKA 3SKGA 1ZAPA 1B5FA 2OHRA 4TRZA 5P0JA 4YCTA 3OXCA 5P0MA 5OZPA 1UH7A 4Y38A 3CIDA 4RCEA 5P0UA 5E5KA 3T3CA 2NNKA 5F00A 5P0AA 3ZKNA 4E43A 4I10A 4I8ZA 3LINA 1XL2A 3PWRA 1BVGA 3DV5A 5P1KA 1PROA 3OUDA 2WECA 4DI2A 2HS1A 2QD7A 4MC6A 2A4FA 5P55A 3SACA 5P61A 2OHKA 1BV7A 5P34A 1D4YA 1META 5P5XA 5HD0A 2OHTA 3OADA 5P2TA 4GJ6A 4J17A 3KT2A 3EL1A 5P88A 2A1EA 1CPIA 4EJ8A 4QLHA 4Y4JA 1XL5A 5ENMA 1FGCC 3OOZA 2EWYA 3UDPA 5P2RA 5IVTA 3L5DA 4FE6A 2VIJA 3TOFA 5P5PA 3QVIA 3UCBA 5DR7A 2VJ7A 5DQCA 3TTPA 4YOAA 4J1HA 2R5QA 1DIFA 1FQ6A 5HDVA 1EBWA 2J9JB 4DJWA 1F7AA 3KDBA 3PB5A 4Z2ZA 3O9LB 2ZHTA 4RYCA 4YHQA 4TRWA 5P5SA 5P7MA 2AQUA 1MERA 2P3BB 1EEDP 4B00A 1IVQA 2WF4A 5IVSA 4Y3YA 3BC4A 3OHFA 3OY4A 5P4GA 4LXAA 5P81A 3INFA 3UDHA 1BWAA 5P12A 5I3YA 1J71A 3DUYA 1GNNA 5OYTA 4Y51A 5P6LA 3KF0A 5ER1E 4ZEAA 5P72A 4I0IA 5P00A 5P4RA 3SA7A 5P6KA 5KR8A 4QJAA 3KMXA 5P1ZA 3OXVA 4Y4UA 5OZXA 5P7WA 1CZIE 2P4JA 1N49A 4FSLA 4ACUA 5P2OA 2QHCA 3WZ6A 4HE9A 4F75A 4Y3GA 3OTSA 5P1TA 1FMUA 1NPWA 4QGIA 4ZSQA 1ZTZA 2PYMA 2ZJHA 2RKGA 3QRSA 2R3WA 3NUOA 3EM4A 5DGUA 4A6BA 3NDUA 3U7SA 4D83A 2CENA 3EKWA 1EPQE 1FLHA 2PSGA 4XKXA 2NMZA 2PK5A 3PWMA 3DM6A 2AZ9A 3OK9A 1TSQA 5KOQA 5P41A 1EC1A 2ZDZA 3OWNA 4PYVA 4FRKA 3G72A 2XFJA 1FKNA 2NXMA 3SM1A 4EWOA 5P8GA 1EPPE 1K6VA 5P23A 5P3RA 3T6IA 1HSGA 2VA6A 2BPYA 2WEAA 5OZRA 4B70A 2FDDA 2Q15A 1AJXA 3OAGA 4Y5KA 2ZJJA 4J0ZA 2RSPA 1TCWA 5P4HA 4DQEA 3MWSA 2QK5A 4WY6A 5P1DA 4ZE6A 2FGUA 5P4VA 5P3VA 5P8RA 4I0HA 1C6XA 1HWRA 3BVBA 5P60A 5DR8A 1LYWB 3BHEA 1UPJA 2OHMA 3O9AA 5P51A 5P7CA 2O4KA 5KR2A 2R3TA 1M0BA 3BVAA 5P8NA 5P3PA 2ZE1A 4I0DA 2IKUA 2IGYA 3HZCA 3K5GA 2QU2A 4CPXA 5KQFA 3SFCA 1JLDA 2PMAA 5P1XA 2QNNA 3O99A 1FQ5A 2BPXA 1YM2A 3OU1B 3Q5HA 4Z22A 5P0YA 4I0GA 4ZIPA 3LIZA 5DR1A 4JECA 4YCYA 1IZHA 4CPQA 2HB2A 3S56A 5P5NA 4B1DA 4FRJA 4RVXA 2UY0A 3EKPA 2ANLA 2ER0E 4K4PA 3NUJA 1HEGE 4DJQA 4QJ6A 5P3YA 3UDMA 1MSMA 5P3BA 4JPEA 3D1YA 4Q5MA 3HAWA 5P69A 2G1SA 5P8TA 4YD3A 5P0GA 5P6QA 5C9FA 2HPFA 1NSOA 3TPPA 1C6ZA 3SA9A 3R0YA 2FNTA 1XDHA 2IENA 1D4SA 5AH7A 2AOEA 2PSVA 3VEUA 1RL8A 4Y36A 3O9CA 3URLA 1SMRA 2PQZA 4L7GA 3TKGA 4Y3NA 3WZ8A 1NPAA 1MIQA 5P7IA 5P5EA 1IIQA 5P58A 4ZPEA 3AUPA 1W5VA 4RVIA 2WF1A 5P4PA 5P4UA 5P5IA 1QBRA 4Y50A 5KR1A 3OU3A 1HPSA 5JODA 5P8CA 3IGBA 4Y4GA 2PWRA 1K6CA 2VNMA 5P46A 4J1CA 4J0TA 3R2FA 5P8OA 1HPOA 4QJ2A 1EBYA 4DJOA 4EQ0A 5P2YA 5P20A 3K4VA 3S2OA 2NMYA 5P6RA 4I8WA 1AAQA 5P1EA 5P3KA 5OZ8A 3BUHA 1QBSA 2I4XA 4M8YA 5P8JA 1A9MA 4Y3XA 1ZBGA 5OZUA 4Q1NA 4TRYA 3KFNA 1W6IA 1WBKA 3ZKMA 4GMIA 1ER8E 1AVFA 2VIZA 3PGIA 1C6YA 2HC0A 5P26A 3NU9A 1E81E 1HIIA 4Y5BA 3FNSA 5P01A 5CONA 1VIKA 1SGZA 1BXQA 2OAHA 5P83A 2HM1A 4OBZA 5P1OA 5P4AA 1LF2A 3ZKSA 3ZL7A 5P3OA 3IXJA 5OZQA 5P29A 4TVHA 3SKFA 3O9EA 3QVCA 5P5CA 3ZPTA 2I4WA 5P6SA 2Z4OA 3L5CA 2PK6A 5P5UA 4L7JA 1BDRA 4RRNA 5P36A 3EL5A 5P6EA 2QZWA 1FQ4A 3RVIA 4Y53A 1DMPA 5P13A 5P85A 1MESA 4HDPA 5JG1A 2G69A 1OEXA 5OYYA 4DQFA 4J1IA 4CPWA 2FXDA 4ZSRA 4Q1WA 3Q4BA 4X2LA 2PH8A 5P1FA 3SABA 2ASIA 5P8LA 1BDLA 3EMYA 1FG8C 5P65A 3TLHA 2QMPA 5P5TA 5KQYA 1T7KA 2VKMA 5BWYA 5P3UA 4ZLSA 2QI4A 4MC2A 4OC6A 4EJKA 5OZOA 3KDCA 1Z1RA 3CYXA 1TSUA 1EC3A 3H5BA 4YBIA 1D4KA 2BPZA 4YDGA 3TOHA 3NU6A 4Y41A 5OZLA 3OUBA 3I7EA 1KJ7A 1HSIA 5HE4A 3L5BA 5P4OA 2NR6A 1C70A 5P3DA 2NNPA 5P0OA 5OZJA 5DQ5A 3UDKA 1KJHA 5P5QA 1M4HA 4OBDA 5P6DA 4J55A 5P1RA 3D3TA 5AH8A 1PFZA 3HVPA 2B8LA 5OZTA 4GJ5A 5P0WA 5P1SA 3QRMA 3EKTA 1YX9A 5P3HA 5P3FA 2B8VA 5KR0A 4GJ8A 4I1CA 3VV6A 3URIA 2FDPA 1E82E 2BKSA 5P38A 3L5FA 4ZSMA 3HAUA 2IL2A 2FLEA 2VNNA 4HVPA 3I8WA 3SQFA 2APRA 1FQXA 5P0XA 5IVQA 4F76A 1W6HA 3O9LA 5OZ0A 2F80A 5P0EA 2XFIA 2F3KA 5P49A 1LF3A 3K4VC 3R1GB 2P8HA 5OZSA 3RTMA 4MC1A 1SGUA 2QNQA 5P4CA 4DVFA 1LS5A 1RNEA 4PZXA 3L58A 4GJBA 2AOFA 5P03A 4X7IA 4YD6A 5P84A 1IBQA 5P3EA 3PSUA 3ZKIA 1FMBA 4KE0A 4QJ8A 4Y5EA 5P4JA 3HW1A 3QBHA 5P0FA 4DJUA 1RQ9A 5P0QA 1APUE 5P11A 1XS7D 5P8VA 5P8AA 4HLAA 1BBSA 5P3GA 5P44A 3DV1A 4Y4BA 3KFRA 4HDFA 4OC6B 8HVPA 3FV3A 3IXKA 1HVJA 3UTLA 5HCTA 4Y3SA 3FKTA 2G26A 1ODWA 4JOOA 3PLLA 4FAEA 1B6KA 3IVIA 5P68A 4B05A 2OF0A 3VV8A 5P22A 3ZOVA 2HPEA 4K9HA 4Y47A 3GGVA 2JJJA 3LZVA 3N4LA 3PSGA 5P0CA 3OXXA 5DPZA 5P3TA 5COPA 4M8XA 2QI7A 1UH9A 4JPCA 5P6WA 1WBMA 3HBOA 2B7ZA 5DQ1A 4Y56A 5HCOA 2OHSA 5P6UA 1YT9A 5P57A 4Y4WA 3GI5A 4R95A 3UDRA 1SDTA 4CPUA 3DOXA 5P6MA 4DJRA 1HTEA 2QD6A 3G6ZA 4DH6A 2AVOA 3D1ZA 4DV9A 2R38A 5P3SA 3VLBA 5HDUA 2BPWA 3CYWA 5P1AA 4DQCA 4F74A 1MRXA 1HRNA 3QI1A 3JW2A 4NKKA 3APPA 3UFLA 3PMUA 1LYWA 3GGUA 2FGVA 1IZIA 3O9GA 3B7VA 5P8MA 5P6ZA 3PRSA 4U7VA 3B80A 1W5WA 2QI3A 5ER2E 5ISKA 3QIHA 5PEPA 2JJIA 4Y5LA 5P8HA 3GGAA 3MSKA 4Y4EA 5P4WA 5P63A 4OBFA 5HE5A 1AJVA 2XYFA 4HZTA 4KE1A 3OU1A 3Q70A 3TPRA 2QHZA 3O9DA 1SDUA 5P8BA 3LHGA 1HTGA 2G94A 5P67A 5P1CA 2AOIA 4D88A 5B18A 4LHHA 5P7UA 2QHYA 4LXMA 3A2OA 2G22A 4DPIA 4QJ9A 5P5KA 4EJLA 4I11A 5P33A 3GGXA 1T6EX 1D4LA 3BUFA 2BBBA 2BJUA 2Q11A 3LIYA 4J5JA 2P83A 1LV1A 5P2ZA 2P3CA 3IVHA 5OZNA 3LZUA 3VF3A 1EBZA 3GI6A 4ZPGA 5P2IA 2V0ZC 5P7NA 1GNOA 2QZXA 4GIDA 3UF3A 2QZKA 1ZSFA 5P86A 3NSHA 1FEJC 2AVMA 1PSOE 3L3AA 4Y45A 1FQ7A 4NJSA 4CP7A 2QZLA 2Q64A 2QI0A 2VA5A 1BDQA 5P6FA 1ZPAA 4APRE 5OZHA 2I4DA 1BVEA 4L7HA 2V12C 3LPIA 1MT7A 1XN3A 3DK1A 1ZSRA 5P5ZA 1ME6A 5OZCA 3KT5A 1HVLA 3SA3A 3NXEA 4KB9A 5P5GA 3LZYA 3KDDA 3VYEA 1GVVA 2OHPA 2G21A 3JVYA 3OGPA 1CMSA 1IDAA 5P87A 2H6SA 4FS4A 5P8KA 1K1UA 4UPJA 4L1AA 1HXWA 2OHNA 3O9FA 3VUCA 5P0ZA 4Y3LA 4AZYA 2Z54A 2VS2A 1G0VA 3DCKA 5P70A 1B6PA 4NJVA 4Y54A 1GVWA 5OYQA 3SO9A 3EBZA 1HEFE 4Y3MA 1M43A 1MRWA 1LYBB 4R8YA 1ZJ7A 2FMBA 3TH9A 4Y5NA 5P7DA 1G2KA 2IDWA 5P82A 3T7PA 2NXDA 4RYGA 5HDZA 2AOJA 2AZ8A 2FS4A 4RRSA 5P6TA 4F73A 1HTRB 5COOA 5P3ZA 3WSJA 5OZFA 5P7SA 5P18A 5P6CA 2P3AA 2JYSA 4R93A 3FSMA 3SLZA 1K1TA 5P4BA 1IZEA 2Q5KA 5P6YA 3LZSA 2SAMA 3RU1A 2V13A 3VG1A 4J1EA 2VJ6A 5HU0A 3EL9A 5P50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  1MEU A;  3OU4 A;  5P0D A;  4A4Q A;  2MIP A;  1KJ4 A;  5P59 A;  4Y5G A;  3EKX A;  3OAG B;  3KA2 A;  2H6T A;  3WB4 A;  4GJD A;  5P2V A;  5OZ5 A;  3PBZ A;  3S43 A;  1BWB A;  5P4S A;  5P4M A;  4YDF A;  1K6T A;  4OD9 A;  5P7G A;  2I4Q A;  5P05 A;  5AGZ A;  4KUP A;  1PPM E;  2UXZ A;  5P5V A;  5P89 A;  5P0V A;  3BGC A;  3K5D A;  5P2L A;  4NJT A;  1EPL E;  3MSJ A;  3KMY A;  4EQJ A;  2QMD A;  5P3J A;  2QCI A;  5SXN A;  4FRI A;  2P3D A;  5P1W A;  5P42 A;  1NH0 A;  4HDB A;  5OZD A;  2QD8 A;  3KM4 A;  1OHR A;  1T6G A;  2R43 A;  5P4N A;  5P3I A;  5P4F A;  2ZJI A;  5OYU A;  4I0F A;  3KN0 A;  1Z1H A;  3PI0 A;  4YA8 A;  3OQD A;  5IVR A;  2O4N A;  5P1P A;  4FGX A;  1YTH A;  4GJ7 A;  3PEP A;  1G35 A;  4B72 A;  2G1O A;  4EJD A;  3TOG A;  1SBG A;  5IE1 A;  2ZHS A;  4WTU A;  3CKT A;  2G27 A;  3HLO A;  2AOG A;  1SME A;  5AHB A;  3VCM A;  5P2D A;  1E5O E;  3CKR A;  2BKT A;  5P8D A;  5P7K A;  3LPJ A;  3WB5 A;  5HVP A;  1B6M A;  4Y3E A;  3SA8 A;  1ZP8 A;  5P75 A;  4DQB A;  2G1N A;  1KZK A;  2I4U A;  1BXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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