5P13A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 86
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p13A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p13A01
4DQHA 2Q63A 5P8HA 1HIIA 1META 5HDUA 5BS4A 4XX3A 5P6PA 2I1AA 1C6ZA 3KMXA 5P0VA 3D1ZA 1C70A 5OYRA 5IS4A 1AAQA 4KE1A 1TQFA 4Y5PA 1WKRA 3I25A 4PZWA 4Y5NA 1EPQE 2IQGA 2AVOA 5P33A 5P0SA 3LPIA 5P2UA 2ASIA 4FRJA 5OZ8A 2AOIA 4D85A 3OHHA 4OBJA 5DPZA 4YOAA 2FMBA 2O4PA 3VF7A 1LEEA 2PK6A 2QI7A 5P8OA 4RRSA 3NU9A 4APRE 1LYAA 5P35A 5P8BA 4Y4EA 5P8JA 1K6CA 3OUBA 5DQ4A 5P60A 4WTUA 3NU6A 2IRZA 1SGUA 5DR7A 4ACUA 3OADB 2VKMA 1VIJA 2ZHTA 5P3NA 3D3TA 4K9HA 3OXXA 4Z50A 1HVHA 4FL8A 3VLBA 1EC3A 4M8XA 5P56A 1XL5A 1OD1A 5HCOA 5P48A 4HE9A 2VJ9A 5OZHA 1IZIA 1QBUA 1YTIA 2IGXA 3BUHA 5P7UA 3LITA 4X7IA 4FRIA 1IZHA 3WZ6A 5P5CA 3OOZA 3SPKA 5P45A 4NJVA 1BDLA 7UPJA 1G35A 3M9FA 4QJ7A 5P19A 5P8MA 3D91A 2FS4A 5P8SA 3SA3A 5P5YA 5C9DA 4Y4WA 5P52A 4OBZB 3INHA 5P4AA 4OD9B 3Q3TA 4I0FA 4GB2A 5ER1E 4JP9A 4I8ZA 5P34A 5P2JA 3TPLA 1D4HA 3ER3E 5P4QA 4Y35A 1ODXA 4LHHA 2IL2A 2RMPA 2QP8A 2ER6E 3KDCA 3KT5A 5P1KA 3RSXA 3O9GA 4RLDA 3MSJA 2NNPA 2CENA 2HAHA 5OZIA 3L3AA 3DCRA 3SA9A 3K4VA 3HLOA 3U7SA 3IA9A 3O9EA 5P68A 4I1CA 4FM8A 3UDHA 3NU3A 2OHMA 3GI0A 4J17A 5OZRA 4ZSPA 2AOHA 4K4QA 1ER8E 5P69A 3TOGA 2NXDA 4Y3GA 3NDXA 3PWMA 3RVIA 1XL2A 1AIDA 2FNSA 3NU5A 5P76A 4QGIA 1G6LA 3RU1A 5P05A 3HW1A 4A6CA 1HPOA 4Y43A 3S56A 5P4CA 5P02A 4GJ6A 5P1BA 1LF2A 1AM5A 3CYXA 1LYWB 4J1KA 5P73A 3ZL7A 2I4QA 1HOSA 5P59A 3NR6A 2HPFA 1SP5A 3I2LA 4CPQA 5P3CA 3UQXA 5OZWA 4PZXA 1WBKA 6APRE 3BC4A 2HIZA 1T6GA 3TLHA 4OBGA 1NPAA 3RTNA 5OYUA 3FNUA 5P2GA 4GJ7A 4J1CA 3TKGA 1N49A 2P3CA 4Y37A 5P1NA 1W5XA 4DJYA 5JG1A 3FNTA 4Y4XA 5B18A 3QIHA 5OZTA 1FG6C 3O9BA 4WY6A 4TRWA 4L6BA 4F74A 2BQVA 2R5QA 3ZKQA 4Y4UA 2RKFA 3IGBA 1K2BA 1LF3A 3VLAA 5P3OA 5OZ2A 4YE3A 1PFZA 5P7BA 2ER7E 3K1WA 3ZPSA 1LYBA 2EWYA 4NJUA 4LC7A 5P1CA 1UH7A 5P3BA 5P38A 3OXCA 3S8IA 5F00A 3T11A 5J25A 3GGUA 2QZWA 5P3FA 5DGWA 4Y36A 5P7GA 5OZ5A 5P2XA 4HLAA 4HDFA 1YM4A 1FMXA 3APRE 1TW7A 4ER4E 2BPXA 2VIYA 4EHCA 3UDMA 2P3BB 4DJUA 1OEWA 3PLLA 2HB3A 5P42A 3HAUA 5P4WA 3UQWA 3OQFA 5P7AA 4J0VA 5P20A 4I0IA 1NH0A 4J55A 4XXSA 1J71A 3L5CA 3OQ7A 1E5OE 5P5VA 4B1EA 2QHYA 3OXVA 3GGAA 3OU4A 1MRWA 5P5FA 1B6PA 3KDDA 5FIVA 3UQPA 2NXMA 1OHRA 4DH6A 2PQZA 4CPWA 3O9HA 1HEGE 4OBHA 1SMRA 1EBKC 3PB5A 5P3MA 5P4DA 1PSAA 3LZUA 1K6VA 4GYEA 5P27A 3GGVA 4B1DA 2ZJLA 2O4KA 1HSGA 1MT8A 2V16C 5OZUA 5P82A 5SZ9A 2AVSA 2VIZA 4U8WA 1KJFA 2V13A 4LXKA 2P3DA 4YD3A 5P23A 3FX5A 1IBQA 5P1XA 3WB4A 5P0IA 5P2CA 4DJPA 5P30A 3PMYA 4B78A 5P7XA 5P6QA 1FLHA 5P1FA 2QHZA 3OUCA 2BB9A 4RVXA 1A30A 5P0YA 3UFNA 3OU1A 3K4VC 5P15A 1LYWA 5AHCA 5CLMA 1W6HA 4QJ2A 3KMYA 4B77A 5P3ZA 3HD8A 3ER5E 4BEKA 3SM1A 3PCWA 4Z2ZA 4R5NA 2AZBA 5P5SA 3LNKA 4LBTA 2Q11A 5HDZA 4EQJA 3MSLA 5P8NA 5P7WA 1GVTA 3VV6A 4HZTA 5P0DA 3S53A 5P4XA 3ECGA 2OHTA 3PHVA 4J1HA 5P3EA 2NMYA 2XYEA 3SM2A 3O9AA 5DR1A 5P3XA 5P66A 5OZ4A 2RENA 4DJVA 4YDGA 5P1AA 3MXEA 1HXBA 2WF2A 3HZCA 2AVQA 5P1OA 4Y5MA 3OGQA 1DPJA 1OEXA 3QI1A 4LXAA 2IKUA 4YCYA 5P8EA 3KDBA 5P2LA 5OZNA 5P8DA 2R8NA 5IE1A 4H3JA 4K4PA 5OZ6A 4HDBA 1LYAB 1DMPA 4RVJA 2XFKA 4Y50A 5P1ZA 4Y44A 2G94A 1SH9A 1BVEA 3ST5A 4YCKA 1W6IA 4B0QA 5P18A 2APRA 4Y4BA 3LHGA 5ENKA 5P4LA 1HVCA 3CKTA 5DR0A 5P2DA 4GJDA 3QAAA 2VJ6A 1PPLE 3HDKA 4IVSA 3DM6A 5P8RA 1ZSRA 5OZLA 5OYSA 1A8KA 2NTRA 4M8YA 2WEDA 4GZFA 2P3BA 3EM4A 3UQUA 4Y4AA 5OZJA 3EXOA 4HA5A 3PCZA 3QN8A 3EL5A 5P74A 4TVHA 5ER2E 1FQ4A 3L38A 5P25A 4QJAA 2WF3A 4D83A 1HXWA 2QU2A 3QS1A 1PPKE 3KFNA 3RSVA 2R3TA 5E5JA 1FGCC 1DIFA 1FEJC 1G2KA 4DUSA 1FQ5A 4Y5BA 5P71A 1JLDA 4Y53A 1EPME 5OZ1A 1YM2A 5P2RA 3OQDA 3Q4BA 5OZGA 3OQAA 4I11A 1YG9A 5P53A 5P04A 4CMSA 5P0BA 5DR4A 4I0DA 5OYQA 1E82E 2HB4A 2OHLA 5OZ3A 5P5LA 5C9FA 1IDBA 5P1MA 5P11A 5P6FA 3K5CA 5P7RA 2I4VA 3KT2A 4FGXA 4Y3XA 3PEPA 1EPRE 8HVPA 3GGXA 1HTGA 4OBDA 4Y5LA 5P58A 4J0PA 4L1AB 2AOJA 4EQ0A 3PVKA 4TRYA 3UDKA 5P89A 2FNTA 2FGUA 5P3KA 4R91A 5SY3A 1HVIA 4U7QA 5P5GA 3LIYA 1SBGA 3D1YA 1NSOA 5OYYA 4YDFA 2PC0A 5AH6A 1EPNE 2I4DA 1QBSA 4ZPEA 4A4QA 1PSOE 4LAPA 3F9QA 5AGZA 5P1GA 1APUE 2WF4A 1B5FA 4EJ8A 1FFIC 1IIQA 5P13A 4FE6A 1CPIA 2PMAA 3TOHA 5P07A 5P2NA 4Y3ZA 2PWCA 2J9JA 4Y3JA 1KJ7A 5P1HA 3T6IA 2OHNA 2QMFA 4RRNA 5P08A 5P3RA 2IS0A 4EJKA 3GW5A 2AVVA 5P24A 3U6AA 5P0RA 5P8PA 5P7JA 4CPXA 6FIVA 5P4ZA 5P2QA 4FAEA 5P0HA 5P03A 5KQZA 2PWRA 4DVFA 4FRKA 3NUJA 2ER0E 5P0CA 1ZBGA 4F76A 3T7QA 3UDQA 4ZSRA 2MIPA 2B7ZA 3UDYA 4D89A 5P5XA 5P0TA 5P5RA 5P1YA 3LIZA 3PWWA 5P6YA 4AA8A 4Y4GA 1EPOE 3QRSA 5P64A 2B8LA 3C9XA 3RTMA 4XKXA 5P8VA 5OZOA 3VSWA 5APRE 5P7QA 4Y3HA 4YBFA 4DJOA 4FIVA 3PSUA 4YD4A 5P8IA 3VFBA 1TCWA 4Y3YA 2R38A 5TOLA 5P85A 1BDRA 2G69A 3EBZA 5AHAA 1LYBB 3T3CA 3LPJA 4I0ZA 3L5BA 4L7JA 5P41A 5JFUA 1K1UA 4J0TA 5P1RA 1BDQA 5P36A 3LIQA 1HVRA 5P5OA 4D8CA 3A2OA 3SA5A 4H3GA 4FSEA 1B11A 5P0UA 2HS1A 5P7MA 5P5BA 3ZPUA 2ANLA 2OHSA 5EZZA 1C6YA 2QHCA 5HE4A 4DJRA 3R2FA 2ZJMA 5P78A 5P3YA 2AVMA 1D4SA 5ISKA 1D4IA 5P5PA 1MSMA 4H3FA 4Z4XA 2A1EA 5OZBA 3EL4A 1QDMA 4WY1A 5UPJA 2QMGA 1ENTE 1EPLE 2BKSA 2WEAA 3LZSA 4ZPGA 5P0NA 2PSUA 2IGYA 2AOGA 2ZHSA 2QI4A 3OU4B 3TNEA 2BKTA 5DQ5A 1WBMA 4YA8A 2PH6A 3EKVA 2PYMA 2V00A 4L1AA 1A94A 2IEOA 1UH9A 4LP9A 1IZDA 5P8AA 3EKPA 3EC0A 3LIVA 3VF5A 5IVTA 1MEUA 1HEFE 4YD5A 5OZXA 3OTSA 3CMSA 3URJA 5P84A 5P6XA 1BWAA 3L5FA 2CEMA 1TSUA 2Q54A 5P6DA 3QVCA 1T6EX 5P2FA 4EXGA 1SDTA 3H0BA 5P88A 2WECA 5KQXA 2CEJA 1GKTA 1TSQA 2FLEA 2NMZA 3OU1B 4IVTA 5JODA 4ZE6A 3ZPTA 5IVSA 4Y3MA 5P5WA 3BUGA 4Y45A 1MERA 4J1EA 2ZYEA 3PRSA 2I4UA 1IDAA 4Y3SA 1D4LA 3SKGA 4I8WA 1EC2A 3S54A 4Y58A 2QD8A 3TL9A 4X2LA 4B72A 2B7FA 5DQ2A 1DP5A 1YT9A 3GI4A 3UHLA 2V11C 2FXEA 3I8WA 5I3VA 4CPSA 2G24A 5P12A 1G0VA 2WL0A 2FXDA 3UDPA 5P1IA 3AIDA 5P6CA 4HEGA 2R43A 2Z54A 3L59A 2AODA 5P8UA 5P87A 3SAAA 5P6JA 5P2IA 5OZAA 4ER1E 2QNNA 5P0LA 2AOEA 4Y47A 2XYFA 2WEZA 5P6WA 5P39A 4GMIA 4JECA 1FMUA 4RGHA 1K6TA 2OHPA 5AH8A 3SABA 3ZKIA 4FAFA 5P6NA 2WF1A 3OY4A 2ZJHA 4YD7A 3ZLQA 2IENA 4Y5AA 5P6ZA 3IVIA 4YOBA 1QBRA 3QPJA 3LIXA 2JJIA 5P3PA 1YX9A 3SA6A 3SA8A 2B42A 5KR1A 5P4RA 4PYVA 5P3TA 4FSLA 3VUCA 4Y41A 5P00A 5P4UA 5HVPA 5P8GA 3PI0A 5P4SA 3RTHA 3CICA 4AA9A 1EBZA 3KFPA 5OZYA 1RPIA 3UDNA 5P0EA 5P2MA 1XN3A 5P6VA 2BPVA 4HDPA 5KAOA 5P6RA 2BPWA 1SIPA 4Y5CA 4DQFA 1XN2A 2Q5KA 4CPTA 4YBIA 4Y4JA 2G1RA 5P8KA 1B6JA 5P1TA 3DV1A 1BWBA 5P4PA 2JYSA 4Y3PA 4DJWA 3LZYA 4FLGA 3FSMA 4GJ9A 3PJ6A 3BUFA 1HPVA 5P1PA 4NKKA 1ZP8A 2XFIA 1SGZA 3EL9A 5P57A 4I0HA 3IXKA 2ZE1A 4J54A 2WEBA 1ODWA 3D1XA 4FM7A 5OYWA 3FNSA 4K4RA 3O9IA 5DGUA 3BRAA 4Y3WA 4CKUA 1RNEA 1BV7A 5BRYA 3BVBA 1BAIA 5P32A 2F80A 4EJLA 5I3YA 3URLA 2UXZA 5P2BA 2QK5A 1MT9A 5DR3A 5P26A 4Y5EA 2FIVA 1HTEA 5P4YA 3VCMA 5AH9A 1ME6A 2G1NA 5P1VA 3FIVA 4GIDA 1B6LA 5P4GA 1B5FB 3ZKNA 5P5AA 4RYCA 4EP3A 2ZJJA 4FRSA 5P0OA 3SFCA 1T7IA 1T7KA 3PMUA 2BPYA 1KJ4A 5P17A 1YTJA 2J9JB 4A6BA 4PEPA 1EC1A 1IVQA 2JE4A 5P5HA 5PEPA 5P62A 3UDJA 4CPRA 4Q1NA 3EKXA 4U7VA 3S85A 3BGCA 5P7FA 1EC0A 2QAKA 3OUDA 2OHQA 2QZLA 1GVWA 2ZDZA 2BJUA 3Q6YA 4XX4A 2B60A 2Q55A 3HBOA 2G1SA 5P6MA 4JPEA 5P43A 4Y3QA 3CIBA 4Y5GA 4L7GA 3SACA 5P3WA 4QLHA 5COKA 5P3VA 1BXOA 3OXWA 2JXRA 4GJCA 1AXAA 5OYTA 2VIJA 5OZVA 3B7VA 3UDRA 3OQKA 3JVYA 4Y3AA 4EJDA 5P6SA 5HDXA 3OK9A 4EPJA 1M43A 3SO9A 2UPJA 1W5YA 5OZPA 2OAHA 5P7LA 3L5EA 2A4FA 4GJAA 2I4WA 4MC9A 3PWRA 3ZKMA 4QJ8A 5P01A 5P1UA 2PSGA 4QJ9A 4PHVA 4YHQA 3G6ZA 1XS7D 5P6AA 3NYGA 3KM4A 1DW6C 2P83A 4S1GA 3T7PA 3PBDA 5OYZA 4F73A 2V0ZC 3UPJA 3S7MA 3NDWA 3VFAA 4I10A 5P2KA 3BVAA 5P8QA 2P4JA 3JW2A 2BBBA 2QI3A 4J1IA 4Y4ZA 1W5VA 4Y3DA 1HIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQH A;  2Q63 A;  5P8H A;  1HII A;  1MET A;  5HDU A;  5BS4 A;  4XX3 A;  5P6P A;  2I1A A;  1C6Z A;  3KMX A;  5P0V A;  3D1Z A;  1C70 A;  5OYR A;  5IS4 A;  1AAQ A;  4KE1 A;  1TQF A;  4Y5P A;  1WKR A;  3I25 A;  4PZW A;  4Y5N A;  1EPQ E;  2IQG A;  2AVO A;  5P33 A;  5P0S A;  3LPI A;  5P2U A;  2ASI A;  4FRJ A;  5OZ8 A;  2AOI A;  4D85 A;  3OHH A;  4OBJ A;  5DPZ A;  4YOA A;  2FMB A;  2O4P A;  3VF7 A;  1LEE A;  2PK6 A;  2QI7 A;  5P8O A;  4RRS A;  3NU9 A;  4APR E;  1LYA A;  5P35 A;  5P8B A;  4Y4E A;  5P8J A;  1K6C A;  3OUB A;  5DQ4 A;  5P60 A;  4WTU A;  3NU6 A;  2IRZ A;  1SGU A;  5DR7 A;  4ACU A;  3OAD B;  2VKM A;  1VIJ A;  2ZHT A;  5P3N A;  3D3T A;  4K9H A;  3OXX A;  4Z50 A;  1HVH A;  4FL8 A;  3VLB A;  1EC3 A;  4M8X A;  5P56 A;  1XL5 A;  1OD1 A;  5HCO A;  5P48 A;  4HE9 A;  2VJ9 A;  5OZH A;  1IZI A;  1QBU A;  1YTI A;  2IGX A;  3BUH A;  5P7U A;  3LIT A;  4X7I A;  4FRI A;  1IZH A;  3WZ6 A;  5P5C A;  3OOZ A;  3SPK A;  5P45 A;  4NJV A;  1BDL A;  7UPJ A;  1G35 A;  3M9F A;  4QJ7 A;  5P19 A;  5P8M A;  3D91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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