5P14A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 87
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p14A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p14A01
1T3RA 1TSUA 2FXDA 1M4HA 5DR7A 4PPHA 2ER6E 4WY1A 1C6XA 3S7MA 5P37A 5HU1A 1MPPA 5P8UA 3EL0A 1PSOE 3PWMA 3PLLA 3EL4A 5COPA 1WBKA 4NJTA 3DV1A 5HDZA 3EKPA 2IENA 1IZIA 5AH9A 4DPIA 5P0PA 3I8WA 3KFSA 3GI6A 5IS4A 5OZEA 2FDDA 4NKKA 5OZZA 5P2ZA 2G94A 3OU1A 1OEXA 5P5JA 5KOQA 3LIXA 3SABA 2FGVA 4JPEA 3NYGA 2HPEA 1KZKA 5P65A 4HVPA 5P3SA 3PMUA 3UHLA 2QP8A 3VCMA 3OQKA 3IVIA 1HSIA 2JYSA 5P1QA 4CP7A 2NR6A 4DQGA 2ER7E 2AOHA 1AIDA 5P17A 4Y57A 2NXDA 4QJ6A 5P3GA 5P6ZA 5P4SA 4FLGA 2PC0A 1HXWA 3UDPA 4Y3PA 2IQGA 1HEGE 1SMEA 2OHPA 3DJKA 1HPXA 4FAFA 5P83A 3WB5A 4EJLA 2FDPA 5P88A 4TRYA 3SO9A 4Y58A 1W5XA 4Y3LA 5P6WA 2H6SA 1YM2A 3TKGA 2VNNA 1APWE 3BUFA 1Q9PA 4CMSA 3QAAA 4NPTA 5P2OA 3EKTA 2RKFA 5P6PA 3UDHA 4DH6A 5HE5A 5P81A 2A1EA 1MRWA 2FMBA 1HBVA 5P3NA 2QZWA 5P36A 4APRE 4TRZA 5P2HA 4Y54A 5P58A 4TRWA 2NMYA 5P3KA 5P46A 1KJGA 2HB4A 2OAHA 5P51A 4J0YA 2I4VA 5P4HA 4XX4A 1YM4A 5OZWA 3LIQA 1HVSA 2HS1A 4I0IA 4ZPEA 1EC2A 1XN3A 5P35A 2BPZA 3ZLQA 5DR3A 3SA8A 2QK5A 1EBKC 2XFIA 2WECA 4Q1XA 4Y39A 3IAWA 3UCBA 5P2IA 4CPRA 3OUDB 4FRIA 3KA2A 1MTBA 5P1BA 5P7VA 5KOSA 2B7FA 4EWOA 3KT5A 3Q70A 4GJ9A 2OHUA 1HWRA 2P3BB 3TL9A 4S1GA 4DJYA 4Y38A 3HAWA 2IGYA 1M0BA 4H3FA 3D20A 1K6CA 2F8GA 3GGVA 5P0SA 3H5BA 2PH8A 4Y3NA 1FMBA 2AVSA 5DQCA 2JXRA 5P1ZA 3GGAA 3H0BA 1HXBA 5OYYA 3RU1A 4J0ZA 1XE6A 1EEDP 4CPXA 4ZSRA 5P8SA 3SA6A 2BBBA 4ZSQA 5I3WA 2Z54A 3PBZA 1FIVA 5P2WA 3TH9A 1NPAA 5P74A 1W6HA 4LXMA 4LAPA 4K4QA 2BPWA 4OBGA 2HPFA 2I4UA 1HOSA 5HDUA 1D4JA 4L1AB 5DQ2A 1GNOA 4D85A 4H1EA 3UDYA 5OZ0A 3INEA 1NPWA 3VV7A 4EQ0A 3SLZA 3OADB 4PEPA 5P50A 1QBSA 5OZTA 1EPLE 2VA6A 2F3EA 3NWQA 5P1EA 1ODXA 5P8LA 3UFLA 5P5FA 3PCWA 4QJ7A 2WKZA 5OZ7A 5P24A 5P0MA 4RYGA 5P52A 5P3MA 5P3ZA 4ER1E 5EZXA 2BKTA 4I0GA 2HC0A 2IS0A 3QI1A 4Y3SA 3L5CA 4KE1A 5P4VA 3OAGB 2OHNA 5P27A 3ST5A 5ER2E 3T7PA 1OD1A 3NR6A 5P31A 1XDHA 4OD9B 3SPKA 1SDVA 3GI5A 3L59A 1MERA 5HD0A 4I0EA 3KDCA 1HPSA 4EJDA 1WBMA 3ZKIA 4QJ9A 4CPUA 5OZIA 4K8SA 3CMSA 2I1AA 2QD6A 4Z22A 4Y41A 3WB4A 3VFBA 5P8KA 4HDFA 4FRSA 4GJDA 1LYAB 3BVAA 5P5HA 4FIVA 1EPME 5OZSA 5P79A 3T3CA 4I8WA 3BC4A 2SAMA 5P59A 1BIMA 3WSJA 1UPJA 2V10C 4J5JA 1ZAPA 5P56A 2I0DA 2I4WA 4QJ8A 5HE7A 4YCTA 1RQ9A 1JLDA 5AHAA 4ZSMA 4GJ7A 3CKPA 3R4BA 4Y3YA 5P7IA 1ZSRA 1T6EX 4RGHA 2IKOA 3NSHA 4IVTA 5OZ4A 5P7NA 4Y3DA 5P7HA 3S43A 5P5WA 5P5BA 2AOIA 5P0QA 5P6LA 3S7LA 5P1UA 2B42A 5KR2A 5SY2A 4KB9A 3TLHA 5P11A 4BFBA 1E80E 3OU4A 2WJOA 5P13A 3APRE 1YTHA 1KJFA 3QBFA 4Y3EA 5P6FA 5KQZA 3PEPA 3L5FA 4AA8A 7HVPA 4ZLSA 3IN4A 4MC9A 4FSLA 3ZPUA 3FSMA 4A6BA 2VJ9A 5P4CA 5P23A 3C9XA 5P84A 4JPCA 5P2RA 1ZPKA 5TOLA 3CIDA 4Y3FA 1F34A 1MT7A 3VF5A 2PQZA 5PEPA 1FEJC 2WHHA 4R95A 1QRPE 5P44A 2B7ZA 3KT2A 2O4LA 3KDDA 4I0HA 2XYFA 1FQ7A 5P4FA 1U8GA 3ZKXA 5HCTA 5P00A 5OZ2A 4QJ2A 1NH0A 2WF4A 4DJRA 2R3TA 1AM5A 5OZDA 5P1MA 5P8VA 1W6IA 5P6NA 5P2XA 2V13A 5P7RA 2AVOA 4DQFA 5BWYA 5P4ZA 3ZL7A 5OZHA 3UDKA 4J1IA 3PWRA 3QPJA 2Z4OA 1SGUA 3T6IA 3HZCA 4IVSA 5P6UA 5OZYA 1D4IA 1G0VA 3APPA 3EKWA 1IZEA 5OZ1A 1BXOA 3PMYA 4Y3AA 2QZLA 5P4PA 4RROA 4EP3A 3O9BA 3JVWA 1DW6C 1HHPA 3O9IA 2A4FA 5P8NA 2AZ8A 5P05A 5P6IA 3CYXA 4FGXA 4I10A 5P55A 5P5VA 4JOOA 1A94A 2FNSA 3ZKGA 5P5QA 1SIVA 3QBHA 2G1NA 2OHQA 3I6OA 3T11A 3IXOA 1LYBA 5P2SA 3LPKA 1HVKA 5P1HA 5P73A 3EKVA 3RSVA 5P0AA 3PSGA 5P8CA 4DQBA 1W5YA 3LHGA 5P4UA 2VKMA 5P1WA 1BDQA 4B1EA 4HA5A 4RVJA 5HE4A 1BV7A 2AVMA 6FIVA 2AZBA 5P7UA 3NUOA 3OXXA 5E5KA 4A6CA 5P3EA 3L38A 5P3XA 3S2OA 3RTMA 1HIHA 3OUAA 5P4JA 5ENKA 3EBZA 5P42A 1A8GA 1E81E 4J0TA 5T4SA 2AOJA 1A8KA 2VA5A 3OUBA 3OGQA 1IDAA 1VIJA 4ER4E 3D3TA 3ZKMA 5P8GA 5DPZA 4Y5NA 5P6SA 3VF3A 2VIJA 5P6XA 2QI0A 4HEGA 5P6VA 5P7YA 1QS8A 5P32A 4Y3TA 1LYWB 3LIYA 5P3OA 1FF0C 4FM6A 5P1KA 2WEDA 3CICA 1IZHA 2VIYA 1ZSFA 2QU3A 5P0VA 5P1RA 4EP2A 2AIDA 3I7EA 5P6OA 2ZYEA 4YCYA 4K4RA 5P7TA 4DJUA 3D1YA 5P8FA 2PWRA 5AGZA 3LINA 5P47A 2G69A 4Q5MA 1SIPA 1G2KA 1ENTE 3EC0A 1FQ8A 2QU2A 4QLHA 5OZ6A 4OBFA 2OHMA 4LC7A 3CKTA 5P3AA 3TPLA 4Y3HA 5IVQA 3IXJA 3TPPA 2FNTA 5P7PA 3TKWA 3DV5A 1D4SA 4R92A 2Q63A 4I0FA 5P41A 4H3IA 5P2MA 5AH6A 4LL3A 1EPQE 1HTEA 2R3WA 2JJIA 1LZQA 5P01A 5P4LA 3VLBA 1EPOE 3S53A 5KR8A 5P5YA 4D83A 2PSUA 5P6CA 1RNEA 5P0NA 1FFIC 5CLMA 1UH9A 4YD3A 1FQXA 4Y5CA 2VJ6A 5OYUA 2MIPA 3HDKA 4DQHA 3PI5A 5P1LA 2R5PA 2PSVA 3NDTA 3R0WA 4Y4ZA 3CYWA 3LZYA 4J55A 1HVLA 4FRJA 2QNNA 4B1DA 1LF4A 3OK9A 1NSOA 2VA7A 1XE5A 4Y5MA 5P5PA 2B8LA 1VIKA 3HVGA 5P4EA 5P77A 3LZVA 1SDTA 3SA5A 1MSNA 5P8QA 1HTRB 4RCFA 1DP5A 2RMPA 3VLAA 4Y5KA 3MSJA 2WF1A 4DQEA 1D4LA 1UH8A 3CKRA 4XX3A 3NXEA 5P49A 5P0IA 5P08A 3BHEA 3QVCA 4YD7A 3MXEA 2QNPA 2ZHTA 3O9CA 4Y4EA 4GYEA 4H3JA 2HB2A 5P0LA 4GMIA 5OZCA 4M8XA 4OBZB 2G24A 5P40A 5JODA 1HEFE 4AA9A 2O40A 2OHTA 2XFJA 3FNUA 5P61A 4ZPGA 2HM1A 2BPVA 5C9BA 1BVGA 3TOGA 4A4QA 1W51A 5P1AA 1W5VA 5P7EA 5P8RA 3TNEA 5P70A 1AJVA 1ZPAA 3I2LA 5P62A 3UFNA 1PSAA 2OHKA 5P8PA 1ZBGA 2AZCA 1B11A 1B6PA 5B18A 1D4HA 1EPRE 2HS2A 5P6HA 2G22A 3VYFA 5P60A 1MT9A 5P5MA 2BPXA 4KUPA 1FQ4A 3S54A 4NPUA 2O4PA 1N49A 4RZ1A 5P3WA 2QI5A 5P3QA 3SM1A 5AHCA 5P5NA 1B6KA 4J1HA 2FDEA 3OTYA 5AH8A 1XN2A 3O9AA 3SQFA 3KFRA 3O9GA 4GJ5A 4MC1A 5KQYA 5P1CA 3O9LA 5P1IA 5P3CA 5P06A 1BDLA 4EXGA 5P3TA 1MVPA 1MUIA 4U8WA 5P2TA 1AVFA 5P8JA 2QI6A 2AVVA 1TSQA 5P7FA 5HVPA 4EQJA 2F81A 3Q4BA 1KJHA 5KQFA 5P4NA 3PSUA 3S43B 2V16C 6APRE 4F75A 4Y3MA 3EM6A 3ZPTA 3OU4B 1FQ6A 3BGBA 1Z8CA 5OZ8A 2QD8A 1HRNA 3Q5HA 2QNQA 4B05A 1IDBA 5P4GA 3HW1A 5P4YA 4ACUA 4LHHA 3URIA 3VYDA 3N4LA 1EPPE 5P5OA 3INHA 1HVCA 3PRSA 4Y51A 5OYSA 5P67A 2OF0A 2Q3KA 4Y48A 3ZOVA 3OQDA 2I0AA 5P7AA 1RV7A 4EJ8A 3OQFA 3TOFA 2IDWA 1J71A 2PK5A 3PB5A 4J0VA 4R91A 5P6AA 5ISKA 1YTJA 5P4BA 5J25A 3HBOA 5OZRA 2J9JA 5P2QA 4WY6A 5BRYA 2QI4A 4GJBA 3BXRA 3GI4A 1GVWA 3R0YA 5P0JA 1FB7A 5P80A 3GI0A 5P2GA 4M8YA 4YDGA 3VEUA 2ZJLA 2UXZA 4YHQA 4CPWA 3KDBA 5SY3A 5KR0A 3BXSA 4ZSPA 6UPJA 1PPKE 5P7LA 1NPVA 5HU0A 5OZPA 3PVKA 5P3FA 4AZYA 5P0CA 5KQXA 4CKUA 3NDWA 5P3VA 3PHVA 3LNKA 2F80A 4Y5AA 5P18A 1A9MA 4GIDA 4F76A 2VIEA 2RENA 1MRXA 2CENA 3DOXA 1AAQA 2FXEA 4H3GA 5P7MA 4Y3WA 1IVQA 4BEKA 4Y3QA 2V00A 2O4KA 3A2OA 4OBDA 5P22A 5KAOA 5P48A 2PSGA 3PSYA 3SKFA 3INDA 2G26A 5SZ9A 1TCXA 2OHRA 2NNKA 3LITA 3EXOA 2IRZA 1YT9A 2ZJIA 2ZJKA 3K5FA 1B5FA 5P04A 4YOAA 2AODA 5P0XA 5P8AA 3SFCA 3BUGA 1XS7D 2P3BA 2QCIA 5P69A 1BILA 1PROA 1BAIA 3KFNA 3UDRA 1EBYA 3IN3A 5COOA 4CPTA 2IL2A 4FM7A 4PHVA 3PWWA 4GJAA 5P5TA 2B8VA 4L6BA 4Y35A 5P6GA 4Y3GA 3IA9A 4RVXA 5P5LA 2ER0E 2ZHUA 5AH7A 4I11A 2F3KA 2WL0A 1UH7A 5OZFA 2WEZA 5P87A 3ZPSA 1FG8C 5P7KA 2NNPA 2WF2A 2PWCA 5P3JA 5P4MA 4FAEA 2G1RA 2QMDA 1HIIA 5P29A 2ANLA 4L7JA 4R5NA 3UQWA 5OYXA 3IVHA 4GJ8A 4L1AA 5OYRA 1B6JA 3OUCA 4Y53A 5P7QA 3OQ7A 2AQUA 5P1FA 5F00A 5JFUA 4Y4WA 2HB3A 3I25A 3PM4A 3UQUA 5P86A 1META 5P7XA 2P8HA 2QD7A 5IE1A 3QRVA 4J1EA 5P0DA 5P38A 3NU4A 4J1KA 5APRE 1G6LA 2V11C 5P0OA 4RCEA 1EPNE 4U7QA 3HD8A 3L3AA 2UY0A 4JECA 1OHRA 1YTGA 3RTHA 5P15A 3CIBA 3UDJA 3MSLA 5P6RA 5P0KA 2ER9E 5HTZA 4B72A 1IVPA 5OYQA 5P7JA 4Y3ZA 4NJSA 5P72A 2QI3A 1HSGA 3ZKNA 5P7ZA 4MC2A 5P03A 2R9BA 4OC6A 3OAGA 3HAUA 3NU3A 3EMYA 3TOHA 4I0DA 1HVIA 2P3AA 4YE3A 1APVE 4Y4BA 3F9QA 4AMTA 3RSXA 4Y37A 4OD9A 3ZMGA 3SA3A 3OQAA 4QJAA 5FIVA 3L5DA 1AJXA 3VYEA 1K6PA 5BS4A 3SA7A 3FV3A 3RVIA 4PZXA 3TPRA 1FKNA 3OU1B 5OZUA 4I0ZA 4DI2A 3UF3A 3PCZA 2ZJHA 3K4VC 5P4AA 3OXCA 4R8YA 1G35A 4Y4TA 3ER5E 5UPJA 3UPJA 1XL2A 3VV6A 4Y5LA 4Q1YA 2NMZA 4Z2ZA 5P3UA 2QHCA 5P5XA 5P7BA 3K5DA 5P7SA 4D88A 3QRMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T3R A;  1TSU A;  2FXD A;  1M4H A;  5DR7 A;  4PPH A;  2ER6 E;  4WY1 A;  1C6X A;  3S7M A;  5P37 A;  5HU1 A;  1MPP A;  5P8U A;  3EL0 A;  1PSO E;  3PWM A;  3PLL A;  3EL4 A;  5COP A;  1WBK A;  4NJT A;  3DV1 A;  5HDZ A;  3EKP A;  2IEN A;  1IZI A;  5AH9 A;  4DPI A;  5P0P A;  3I8W A;  3KFS A;  3GI6 A;  5IS4 A;  5OZE A;  2FDD A;  4NKK A;  5OZZ A;  5P2Z A;  2G94 A;  3OU1 A;  1OEX A;  5P5J A;  5KOQ A;  3LIX A;  3SAB A;  2FGV A;  4JPE A;  3NYG A;  2HPE A;  1KZK A;  5P65 A;  4HVP A;  5P3S A;  3PMU A;  3UHL A;  2QP8 A;  3VCM A;  3OQK A;  3IVI A;  1HSI A;  2JYS A;  5P1Q A;  4CP7 A;  2NR6 A;  4DQG A;  2ER7 E;  2AOH A;  1AID A;  5P17 A;  4Y57 A;  2NXD A;  4QJ6 A;  5P3G A;  5P6Z A;  5P4S A;  4FLG A;  2PC0 A;  1HXW A;  3UDP A;  4Y3P A;  2IQG A;  1HEG E;  1SME A;  2OHP A;  3DJK A;  1HPX A;  4FAF A;  5P83 A;  3WB5 A;  4EJL A;  2FDP A;  5P88 A;  4TRY A;  3SO9 A;  4Y58 A;  1W5X A;  4Y3L A;  5P6W A;  2H6S A;  1YM2 A;  3TKG A;  2VNN A;  1APW E;  3BUF A;  1Q9P A;  4CMS A;  3QAA A;  4NPT A;  5P2O A;  3EKT A;  2RKF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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