5P17A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 90
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p17A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p17A01
3WSJA 2QD7A 4HEGA 2O4SA 5P32A 5P4YA 3VEUA 5OYWA 5OZCA 4FLGA 2RKGA 3K1WA 1FQ7A 5P6OA 2A4FA 4PZXA 4RCFA 1D4LA 1SDUA 4WY1A 5OZXA 4LC7A 5HU1A 2IS0A 2AZ9A 3D1YA 3UQRA 4Y5BA 4DJWA 3IN3A 5P2IA 2XFJA 4H3GA 3OWNA 4J0TA 2G20A 2JXRA 4GYEA 4LBTA 3QP0A 4XX3A 5P2XA 5P4VA 1OEXA 3EKYA 1BBSA 5P0BA 5P7LA 4B00A 2QMPA 2I4UA 1MEUA 3BHEA 5COKA 1HOSA 5P4WA 4Y5KA 6FIVA 3MWSA 3FNUA 4Y47A 5IVQA 5P7PA 1SIPA 5P64A 1FIVA 3R4BA 5P8TA 4YOBA 5OZPA 5P76A 5P7OA 5KOQA 1EPPE 2Z4OA 1DW6C 2FGVA 5P1CA 5P5WA 5P6VA 5P2HA 3OOTA 3IVHA 5P3ZA 4LXMA 5P5ZA 1FKNA 3S2OA 5DR8A 1MT9A 5P61A 4Y6MA 1HPSA 3FNTA 4AZYA 3PLDA 5P7ZA 4FGXA 2OHPA 5P5PA 5P0ZA 1KZKA 3VV7A 4Z22A 5P7AA 5P1OA 4A4QA 4ER2E 5P0DA 1ER8E 5P06A 2HB2A 5P7NA 4Y5CA 5P4RA 3NDWA 4Y3WA 2NR6A 1MTBA 5P5OA 5P2MA 4Y50A 3PM4A 1IBQA 5P1YA 3NU4A 4QJ9A 4Y5LA 1FFFC 2AZ8A 1IDAA 4F75A 4Q1YA 4L7HA 1ZBGA 5JFUA 5P1HA 1T7KA 3T11A 3VV8A 2V16C 3N3IA 4ZPGA 4UPJA 3CKTA 4Y35A 4ZEAA 2OHTA 5P7VA 2OHLA 3G70A 5P4CA 1IVPA 3EMYA 3EXOA 5P18A 1RV7A 1HEFE 5HTZA 1AVFA 3OHHA 3PGIA 3NDTA 5P8VA 4ZIPA 3SPKA 5P0OA 4HLAA 5DPZA 1EC3A 3SA5A 2V11C 3OGPA 1FMUA 4D85A 5T4SA 3CIBA 1GVWA 2Q54A 5P1SA 5P67A 3OUAA 1TSUA 5P38A 5P17A 3T7PA 3SA8A 4M8YA 4ER4E 4Y3QA 3FNSA 5P0MA 1A8KA 5P0AA 3PMUA 5OZ1A 3UDQA 1TW7A 5P2FA 4OD9A 4Y3NA 1VIJA 4TRWA 3APRE 1NPWA 2AQUA 5COPA 2ZJMA 3ZKMA 2IGXA 3S8IA 5P42A 1HPXA 2B7FA 4Q1XA 2QI1A 1Q9PA 3S85A 4FCOA 2QHCA 2JJJA 3UPJA 3L5DA 1K2CA 4J5JA 5P4QA 2VNNA 1K2BA 5HE7A 5DQ2A 3EL5A 4CPSA 5P6BA 2QI7A 3OUDB 3TKWA 3IAWA 5OZMA 1TSQA 1GNMA 1HSGA 5OYYA 6APRE 3TOHA 1FB7A 2PQZA 3U71A 5OZDA 1EPLE 5P7TA 2NPHA 2NMYA 5P8MA 5P44A 1CZIE 4R92A 4QJ8A 5P2QA 2OHSA 3GI6A 5P5BA 5P35A 1BXQA 3MXDA 3OU1B 4K8SA 5OZ0A 2OHUA 4CPWA 4MC2A 2AVMA 3OUCA 3NUJA 4Y3GA 5P3XA 2WF0A 5P48A 1M4HA 2BB9A 2QNPA 4EWOA 5P2KA 3DJKA 3UF3A 3LZSA 2Q15A 4GJDA 5P3BA 1BDRA 5OYUA 7HVPA 3Q4BA 3EM3A 5P49A 5P7WA 3TL9A 3VUCA 3SLZA 1PSAA 2BPZA 5IVRA 4J1CA 2I4WA 1LS5A 1LYAA 4RROA 3OXCA 5DGWA 2IQGA 5P3SA 5P8AA 3Q5HA 3NXNA 5OZFA 2P8HA 1W5XA 5P7XA 5P0RA 2AOCA 4I8WA 5P0TA 5P0JA 1HIHA 4YOAA 3NU5A 1T7IA 5HDUA 5OZNA 4J1IA 3EKPA 3UDPA 3O9LB 1SP5A 5P34A 4Q1NA 5P6YA 4JP9A 3O9CA 4COEA 5OZLA 3ZKNA 5OZEA 3HBOA 3UQUA 3TPPA 2JE4A 4B05A 2HC0A 3HDKA 2G69A 3BXSA 3HVPA 3UFNA 2HAHA 4HDFA 1AZ5A 2VA6A 1FMXA 4NJSA 4APEA 2V10C 3SKFA 2Q64A 3ZKQA 1DMPA 4QJ6A 2ZJNA 3SM1A 1KJHA 4DQFA 5IE1A 4I0GA 2B8LA 5P6DA 4Z2ZA 5P40A 1MT7A 5OYSA 5P6HA 2NXDA 2QU2A 4CP7A 4I0DA 4B1DA 5P7MA 2I0AA 4FAEA 4KE1A 3FX5A 4I0JA 1TQFA 2O4NA 3D3TA 5P4DA 3LIQA 5P27A 1SDVA 4R5NA 1ZSRA 4Y3HA 5AHCA 4B70A 2AOFA 1BILA 5I3XA 1W6HA 3O99A 2ER6E 4Y4XA 5P4JA 2P3BA 4RCEA 5P4HA 3EL9A 4QJAA 3VF3A 3I25A 1B6PA 4DJYA 1SGUA 3SA4A 3INEA 3CYXA 5P2CA 4I10A 5OZBA 1GVVA 1FGCC 5P39A 5P46A 5P6AA 5P80A 3ZKGA 4J0YA 3LIYA 2PK6A 5SZ9A 4B77A 4IVSA 4GJ7A 4AA9A 3URJA 4Y4JA 4EQ0A 3NU3A 1MSNA 1UH9A 5P23A 1FMBA 5P51A 5P10A 2J9JA 2J9KA 2AOGA 5P03A 3OOZA 5OZSA 5P7JA 2ZHTA 4YE3A 3F9QA 1KJ7A 2PMAA 3VYFA 1UH8A 1BIMA 3MSKA 2O4PA 5P8EA 2QZXA 2PH6A 4Y58A 4Y4AA 1HVJA 1ME6A 3KFNA 2AVOA 3BRAA 2QI5A 2FXDA 4QJ2A 4Y3JA 2VIEA 4J1KA 3BVBA 5DR3A 1FEJC 3CKRA 4HZTA 4Y3LA 5TOLA 2ZJLA 1HVSA 2FDEA 5P2SA 4TRYA 5AH6A 1IVQA 4TRZA 1LF4A 3DK1A 5P6LA 3TNEA 4CKUA 4F76A 1TCXA 1FQ4A 5IVTA 3D20A 4D83A 4HDBA 4YA8A 2BPXA 4HVPA 4Q5MA 3OAGB 2P83A 1AM5A 3KM4A 3UDNA 2AZCA 1ZPKA 5P8LA 3O9IA 5HD0A 5OYQA 5P83A 5P68A 2VIZA 4OD9B 5P1QA 1OEWA 3K4VC 2G26A 3PWRA 2RSPA 2IEOA 5P1JA 5P2EA 2WEBA 2IRZA 2QCIA 3FIVA 5P1BA 2V0ZC 3PSGA 4NJVA 5P02A 4APRE 4HE9A 4Y54A 5P1WA 1M0BA 3PRSA 5CLMA 4YD7A 5P08A 8HVPA 3GGXA 4ER1E 4FSEA 4DQCA 1BAIA 5OZ4A 1K1UA 3IA9A 3NYGA 5P8HA 2I4DA 5P04A 3K4VA 4EJKA 2OHRA 1TZSA 3INDA 3OXWA 3CMSA 5P6XA 2AOEA 5P8NA 1G2KA 3S56A 5P4AA 1APTE 1AJXA 3L58A 4GMIA 2WHHA 3QI1A 2BPYA 4CPRA 5BWYA 3U7SA 1HSIA 3L5CA 4LXKA 3CKPA 5P3UA 3K5DA 1BVEA 5C9DA 3PCZA 5OZ7A 3S53A 4Y38A 2AOHA 2QNNA 5OZHA 2F8GA 2NTRA 4ZSPA 5OZAA 2IENA 5P62A 3NU9A 4L1AA 4I8ZA 5P09A 4Y3FA 5OZZA 5F01A 5P12A 1W51A 3S43A 1LYAB 4MC1A 5P1NA 2PSVA 5P2NA 4X2LA 4Y41A 1APUE 1XE5A 3TH9A 3OXXA 4EJ8A 5P8UA 1IZEA 3VG1A 4AMTA 4EJDA 2I4QA 5P5AA 1T6GA 2OHNA 5P7QA 3JVYA 3D1ZA 4BEKA 2F81A 5P2TA 5P0FA 4D8CA 2BPWA 4K4PA 2ANLA 2FMBA 5P3NA 4Q1WA 3LPKA 1RQ9A 2QI4A 5ENKA 5P5YA 5HDVA 4R93A 3GGUA 5E5JA 2QZWA 2P4JA 1EPQE 3WB5A 4GJCA 4Y3RA 1W5YA 5P7HA 1BDLA 5P3VA 4Y3AA 1HVLA 1FF0C 5DQ5A 3QRVA 2QP8A 1J71A 2FLEA 3U6AA 4YCTA 5DQ4A 2AIDA 3QAAA 5I3YA 1HHPA 1BWBA 4K4QA 5P0EA 3AIDA 3BVAA 1QBUA 2OHKA 2PK5A 4Y9WA 4L7JA 3EBZA 5JODA 5P0WA 3TKGA 5P7UA 5P5EA 1B5FB 1AJVA 5P24A 2F3FA 1HBVA 3CICA 2QNQA 4Y4EA 3K5CA 3ST5A 4EJLA 5P3EA 5P4KA 2NXLA 5P4FA 1HTGA 2VA7A 1QS8A 5P13A 1HTRB 3VSXA 5P73A 1YTJA 3EKWA 1BDQA 4DJPA 2R5PA 4EP2A 4Y3EA 4I0HA 4GIDA 3VCMA 5IVSA 3TOGA 4Y39A 3KT5A 1YX9A 4DJOA 5BS4A 4Y53A 4GJ5A 5P3CA 4DUSA 3UDRA 1WBMA 2HB4A 3VYEA 4KB9A 4DQBA 2QHYA 4EYRA 5P2BA 1EBKC 4Y4BA 3SKGA 3RU1A 1LYWA 5J25A 1JLDA 5UPJA 4OBKA 5I3WA 2VJ9A 2V00A 2G24A 2HIZA 3NXEA 4DVFA 1LZQA 1QRPE 5P3JA 5P5QA 3IXKA 4N00A 1NSOA 3OTYA 1FQ8A 2VKMA 2WF4A 1B11A 1W50A 5P2ZA 3OQKA 5P77A 3PBDA 5P2AA 3GI4A 5P07A 3BUFA 1RL8A 4RYCA 5OZKA 5KQYA 1G6LA 3QS1A 5DQ1A 5P1UA 3EL0A 5IS4A 3QRMA 5P1ZA 5P74A 3VV6A 2PYNA 1C6YA 4RRSA 4RRNA 9HVPA 2XFIA 4J1FA 4OBGA 2OF0A 1D4SA 4I0IA 5AH7A 5DR7A 4H3JA 5P6EA 3Q6YA 3DCKA 5P0VA 5P0PA 3R1GB 3T6IA 3EC0A 3OADA 4FM8A 4Y3XA 1YTIA 3QN8A 3L5FA 5P3IA 1EC0A 1DPJA 4B0QA 1LYBB 4Y5NA 1MPPA 1PPME 5P85A 3L5BA 3L3AA 2F80A 5HE5A 2BJUA 4PPHA 5SY2A 4Y3SA 1EC1A 1HVKA 5P2VA 5P3DA 5P8SA 5ISJA 4Y3PA 2QMFA 1A8GA 4BELA 2H6SA 5OZ6A 4QGIA 3OU4B 3TTPA 5P6FA 1EPRE 2AVVA 1Z1RA 2BKTA 4DJQA 5P7BA 4Y3DA 5P56A 2NNPA 3OUBA 5P8BA 1EC2A 4DQHA 4EXHA 5P79A 2BQVA 5P8QA 3O9EA 3T7QA 3FKTA 4FS4A 2QZKA 4H1EA 5P0XA 1C70A 5SXNA 5P05A 4M8XA 5P0QA 5OZ5A 2WF1A 4D88A 3D1XA 5P2WA 3S45A 4CPQA 3PCWA 5AHAA 1K6PA 4PZWA 3ZPUA 2QD6A 2Q5KA 3LZVA 3ZLQA 4LL3A 3NU6A 3WZ8A 3VFAA 3KMXA 1GVUA 2MIPA 5P69A 1D4YA 1AXAA 1EAGA 4Y4GA 1FQ6A 5P5SA 4YBFA 5ISKA 1IIQA 1IDBA 1BXOA 5P5GA 2AOJA 2H6TA 3UDKA 1KJFA 5P5TA 1YM4A 4GJ8A 5OZUA 4YD6A 2AZBA 2G1YA 3ZL7A 5OYTA 2FS4A 4F73A 3S7LA 2O40A 1SH9A 3SAAA 2A1EA 1LF3A 1BV9A 4R95A 5P3RA 4YBIA 5DR1A 3Q70A 1HVHA 5P7CA 5P53A 3S43B 3OK9A 1B6LA 3O9GA 4FAFA 4QJ7A 5P1KA 2QD8A 5FIVA 1F34A 5P2YA 3KT2A 5P41A 3OU3A 5B18A 1HVCA 3JW2A 2EWYA 2APRA 4FRKA 3BUHA 3NSHA 2B7ZA 5P7GA 3C9XA 5C9BA 4EP3A 4Y43A 2ZGAA 5P00A 3NR6A 2NMZA 3O9HA 5P1TA 5JFPA 3SA6A 2VA5A 2HM1A 3SA9A 4DPFA 4J1EA 5P60A 3PB5A 5P4BA 4DFGA 4Y56A 1OD1A 1BVGA 5P37A 4Y5GA 4PHVA 1HPOA 3UDYA 5OZIA 5HDXA 1EPME 4DQEA 3ER3E 3BC4A 5P3PA 1XL2A 5OZOA 3L5EA 4JPEA 5P36A 1T3RA 2G1OA 3JVWA 5KR8A 1HSHA 2QHZA 5P0KA 3WB4A 4NPUA 2G94A 4ZSQA 5PEPA 3RTMA 3M9FA 5OYRA 4FL8A 2NXMA 5P2UA 4DJXA 1D4IA 1XL5A 3LPJA 1SMEA 5P1VA 3OY4A 3EL4A 5P88A 4Y3TA 5P5FA 4J0ZA 5P0SA 4ZE6A 1T6EX 1K6VA 2R5QA 4OBJA 5P8KA 1RNEA 5P20A 3I6OA 4Y5PA 3VLAA 5I70A 1QBRA 5P01A 2ZYEA 1K6TA 2R3TA 5OZYA 3QROA 1B6MA 2UXZA 1YG9A 3OHFA 2AODA 5P65A 5P2JA 1ZP8A 4BFDA 1W5WA 4I0FA 5P5NA 5CONA 4GZFA 3DM6A 1SGZA 3O9BA 1FQXA 1A9MA 1LYWB 5P1IA 5P86A 3WZ6A 5P25A 3OXVA 3URLA 3O9DA 4JPCA 3LNKA 3BXRA 3OUDA 3GGAA 2PSGA 4J17A 5P4OA 4JECA 1MSMA 5P8PA 3N4LA 1FLHA 4S1GA 1ZJ7A 4MC6A 5P8FA 2ER9E 4YDGA 3RSXA 4CMSA 1Z1HA 1NPVA 4OBFA 5E5KA 1FQ5A 5OZQA 1GKTA 3K5FA 4LXAA 1SBGA 1A30A 3UQXA 5AHBA 3EM6A 2VNMA 3OU1A 3PBZA 2P3CA 3EKVA 1C6ZA 1F7AA 3NUOA 1SMRA 5P0YA 2I4VA 3OQDA 1DP5A 4YDFA 1MT8A 4JOOA 4DJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WSJ A;  2QD7 A;  4HEG A;  2O4S A;  5P32 A;  5P4Y A;  3VEU A;  5OYW A;  5OZC A;  4FLG A;  2RKG A;  3K1W A;  1FQ7 A;  5P6O A;  2A4F A;  4PZX A;  4RCF A;  1D4L A;  1SDU A;  4WY1 A;  5OZX A;  4LC7 A;  5HU1 A;  2IS0 A;  2AZ9 A;  3D1Y A;  3UQR A;  4Y5B A;  4DJW A;  3IN3 A;  5P2I A;  2XFJ A;  4H3G A;  3OWN A;  4J0T A;  2G20 A;  2JXR A;  4GYE A;  4LBT A;  3QP0 A;  4XX3 A;  5P2X A;  5P4V A;  1OEX A;  3EKY A;  1BBS A;  5P0B A;  5P7L A;  4B00 A;  2QMP A;  2I4U A;  1MEU A;  3BHE A;  5COK A;  1HOS A;  5P4W A;  4Y5K A;  6FIV A;  3MWS A;  3FNU A;  4Y47 A;  5IVQ A;  5P7P A;  1SIP A;  5P64 A;  1FIV A;  3R4B A;  5P8T A;  4YOB A;  5OZP A;  5P76 A;  5P7O A;  5KOQ A;  1EPP E;  2Z4O A;  1DW6 C;  2FGV A;  5P1C A;  5P5W A;  5P6V A;  5P2H A;  3OOT A;  3IVH A;  5P3Z A;  4LXM A;  5P5Z A;  1FKN A;  3S2O A;  5DR8 A;  1MT9 A;  5P61 A;  4Y6M A;  1HPS A;  3FNT A;  4AZY A;  3PLD A;  5P7Z A;  4FGX A;  2OHP A;  5P5P A;  5P0Z A;  1KZK A;  3VV7 A;  4Z22 A;  5P7A A;  5P1O A;  4A4Q A;  4ER2 E;  5P0D A;  1ER8 E;  5P06 A;  2HB2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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