5P1AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 93
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1aA01
1YTGA 3FX5A 5P57A 2HC0A 1IZIA 5P5WA 2NMZA 4IVTA 5JG1A 2ZJJA 2J9JA 5IE1A 4Y3MA 5P26A 2ZJMA 1YM2A 2AZBA 1BVEA 3O9CA 5P7RA 3U71A 1TW7A 1E81E 4Y5PA 5OZJA 1FQ7A 3MSLA 3INHA 4YOAA 2OHNA 1ZBGA 4DUSA 5P2TA 1C6YA 1SGZA 5HTZA 1FEJC 2AVOA 5P08A 4HVPA 2VA6A 1EBKC 2V13A 4LAPA 5P4DA 4H3FA 4Y41A 2AOJA 2FMBA 3S8IA 2B60A 2I0DA 2UXZA 2WEZA 5IVRA 1HXBA 1GVVA 5DR7A 5P0MA 4J1FA 3PVKA 5DR0A 4GYEA 5P7BA 1MESA 2VKMA 3WZ6A 3LZSA 3URJA 1APVE 4Y4EA 1ME6A 3UPJA 4RRNA 5P28A 5P0PA 1SDUA 1IZEA 1UH7A 5P3EA 3BVBA 5P7TA 2WJOA 5P0UA 5I70A 2F80A 3PSUA 1HEGE 3EM4A 3NXNA 4J55A 5P2NA 5P8NA 3RSVA 4Y4DA 2NMYA 2P3AA 1B6JA 3SQFA 3VG1A 3IN3A 4WY1A 4Y3FA 1UH8A 1MRWA 3KFPA 3NWXA 1AM5A 4FE6A 5P7SA 3SA5A 1PPME 1FQ5A 5P36A 5C9FA 5P58A 4R95A 5P1SA 4Y39A 5OYQA 5P2IA 1DMPA 5DQ2A 4B0QA 5P1NA 2QMGA 4Y3AA 2QD6A 1WKRA 2QI0A 3ZL7A 2BJUA 3BRAA 5P5JA 4FRSA 1AVFA 4Y53A 4M8XA 1EC0A 2Q64A 4I0GA 3ZMGA 3QBHA 3LPJA 3L3AA 3HZCA 5E5KA 1MIQA 1IDAA 2HPEA 5ISKA 5P2WA 4GB2A 2J9JB 1B6KA 4B1EA 5P4TA 4Y5NA 1NPVA 4Y48A 5P6PA 5P3PA 3S45A 5P1YA 7HVPA 4Y5GA 3S54A 5P1IA 4FGXA 3DV5A 1G35A 5P54A 4YBFA 3OUDA 4XXSA 4LC7A 1E5OE 1Q9PA 3VF3A 3PB5A 5P6NA 4ZE6A 1U8GA 5P59A 2G1OA 3UCBA 5OZ6A 1KJ4A 9HVPA 1BVGA 2QZLA 1Z1RA 4DQGA 1ZJ7A 5P69A 3SACA 1TCXA 5P72A 2IL2A 1BXOA 3U6AA 4ZPFA 3PWWA 3UFLA 1FGCC 2QU3A 5P6XA 5P48A 3PWRA 3UDKA 4GJCA 3KMYA 4I0JA 3BHEA 4L1AB 1PPLE 3IN4A 4H3IA 3ZPSA 1MEUA 5P07A 2ZJKA 4S1GA 1FFIC 3SKGA 1BWAA 1DAZC 2WL0A 4B00A 3VFBA 4YDGA 2O40A 3A2OA 5P1DA 3GGXA 5JFPA 2JYSA 1AIDA 5P6AA 3MWSA 3SFCA 3OOTA 3TPRA 4GJ6A 3NWQA 5P6VA 4NPUA 4Y57A 1HTRB 4EYRA 3PBZA 4Y3YA 5P78A 4TVHA 1XN3A 4Y4TA 4HE9A 1HVLA 3HVGA 1GVTA 2RMPA 5P3HA 3IGBA 2OHPA 5P0HA 5P8PA 5P7ZA 1PSOE 5P1TA 4DQBA 2QI5A 1APUE 3UDNA 1MT8A 2WF3A 1TQFA 5P7WA 1AZ5A 3OADA 5OZGA 5OZIA 4RZ1A 1T7KA 3QIHA 5P1WA 1GVXA 4I0IA 3OXVA 2H6SA 3NLSA 3OTYA 3NYGA 1GKTA 3OUDB 3WZ8A 5P8DA 4OBKA 5P2RA 5P8KA 5PEPA 1B6MA 1A30A 5P77A 1HVJA 2I4UA 3VCMA 3KDBA 1YT9A 3O99A 2ZHUA 4Y56A 5OZ9A 3EMYA 3QVCA 2G94A 2PYMA 1IBQA 2WEDA 3H0BA 1PSAA 3KDDA 3O9FA 2NTRA 5P4GA 5P4KA 3TL9A 2VIZA 2PMAA 2V10C 4FCOA 5P8VA 2VIYA 5P6LA 2QI3A 4BELA 1HSHA 4YCTA 4YOBA 4L7JA 1W5VA 5P43A 1HVIA 3LIYA 3EBZA 5P71A 2VS2A 4BEKA 4Y3RA 3IXOA 5P5XA 2VJ6A 2HAHA 4ACUA 1KZKA 5P27A 5P2AA 4B05A 6FIVA 5P50A 4Y5BA 4LXAA 1JLDA 3M9FA 4EJKA 1RNEA 3LIVA 5P4HA 2AOFA 2WKZA 2OHLA 3NUJA 5BS4A 1W51A 1T3RA 5P68A 4F73A 2EWYA 1FKNA 2AZCA 2IQGA 1DPJA 4Y51A 3O9DA 2ER6E 4FAFA 5ENKA 3PHVA 5P64A 4J1IA 1FG6C 5P1ZA 5OZ7A 3Q70A 5P45A 6UPJA 2NXDA 5P8FA 3HW1A 3CIBA 1YTJA 1OEWA 3DOXA 4OC6B 5P32A 4FIVA 2I0AA 2ER7E 4DJUA 2IENA 3OQFA 4XX3A 2V11C 2AOEA 5KQZA 3UQXA 4EQ0A 4COEA 4Y3WA 1LF4A 3EKPA 5OZKA 3BUGA 2R5QA 1MERA 2IKUA 5P6TA 5P1AA 4Y38A 1QDMA 1EPQE 4MC2A 2QZWA 1DIFA 5DR1A 2O4NA 5OZDA 1ENTE 5P11A 3GI5A 2AZ8A 5P5UA 3F9QA 1A8GA 1BXQA 4CKUA 4A6CA 4QLHA 4Y50A 4J1KA 5P6YA 1SMRA 5P3DA 4Y5LA 1OHRA 3G70A 5P5CA 2PC0A 5P3BA 1HVSA 5OYXA 1SH9A 4Z2ZA 3UDQA 3D3TA 5COOA 3ZKNA 5OZVA 4CMSA 2PH8A 3PI5A 5P7DA 4HDPA 3FNSA 4FL8A 4I11A 5P7AA 3OXCA 4UPJA 3EKVA 4ER1E 3C9XA 1EPPE 5P41A 5P24A 3OQAA 5UPJA 1EBWA 1YTHA 2OHUA 2QCIA 5P5MA 3ZPUA 2QHZA 5P2SA 4GJBA 3EL0A 5P8RA 3ZPTA 2QI1A 3LIXA 1IVQA 4A6BA 4F74A 5HD0A 5C9DA 4FAEA 5COPA 4WY6A 1ODWA 5OYYA 2VNNA 1HPSA 1FQ8A 3GI0A 5P5AA 3TNEA 5P5FA 3DJKA 3EKTA 3UQWA 1A9MA 1Z8CA 5P66A 2BPVA 3S7LA 4DJXA 4YD3A 2IGXA 3OUBA 3OXXA 4Y4JA 5SY2A 5KR2A 4K9HA 2V00A 1IVPA 5DR8A 5FIVA 3KDCA 4BFBA 4MC9A 1W6HA 5EZXA 3DK1A 3EKXA 5P5YA 2VA7A 1MT9A 1HRNA 2HIZA 4I0HA 4I1CA 5P0BA 4Y5CA 5P0YA 2F81A 1VIJA 5P3VA 5OZ4A 5P34A 1Z1HA 4I0DA 3OU1A 3FNUA 3UF3A 2IS0A 4JPCA 5CONA 5P6CA 1BBSA 5DPZA 3UDRA 5P4EA 2NNPA 5P6FA 4B77A 3NDXA 4H1EA 3G72A 4A4QA 5P6WA 1ZAPA 4EP2A 3TPLA 3GI4A 2QHYA 3OQDA 3K4VA 2BPZA 2QU2A 1SMEA 3R2FA 4Y4BA 1FMXA 1K6PA 3FIVA 2RKFA 4RVJA 2OHTA 2NR6A 1N49A 4YCYA 3AUPA 2R43A 2A4FA 3EKWA 5P1GA 3T7QA 4Y9WA 4QJ9A 3JW2A 1KJ7A 2G1RA 5P67A 2JXRA 3URLA 1GVWA 5P2DA 1TSUA 2NPHA 3FV3A 3D20A 3SA9A 1UH9A 4H3GA 2JE4A 3EL1A 4M8YA 3I25A 3VV8A 3GGAA 4ZSQA 1IIQA 5DR3A 1TZSA 1XDHA 5OYZA 2FDDA 5TOLA 3K4VC 2IEOA 5P3XA 3HLOA 5P0KA 4Y3ZA 3L38A 4B78A 5AH6A 4EQJA 3SAAA 1BIMA 5HU0A 4YD6A 3PLLA 1QBSA 5P7HA 4AMTA 1ZSRA 4ZPGA 2QAKA 4I0ZA 1FG8C 4RVIA 5P3YA 3ZOVA 3OU4A 3OGQA 4DJVA 2QD8A 5P7YA 5P8GA 3CYXA 4QJ8A 3SLZA 4EP3A 4FS4A 2QNNA 1WBKA 3T7PA 5P4LA 4Q1NA 7UPJA 4K4QA 4RYCA 2FIVA 1HXWA 1D4HA 4OD9A 4XKXA 4ZSRA 5P7CA 3NU5A 1LZQA 5P3AA 5P8BA 3LPIA 8HVPA 2HB4A 3VSXA 3EM6A 3OU1B 4OBGA 3SA4A 5P49A 4Y3NA 5P53A 4PPHA 4MC6A 5AHCA 4TVGA 3NR6A 5P6ZA 2QMPA 5OZOA 5P6SA 3S7MA 3EKYA 2FNSA 3TPJA 3UFNA 5SY3A 4E43A 4NJVA 2HB3A 4Y3QA 3UDJA 5OZ1A 4GJ7A 5P7JA 3NDTA 3KFSA 1HVKA 1B6LA 3QROA 5P85A 4ER4E 3TTPA 5P1KA 1F7AA 5EZZA 5P8AA 4PZWA 2Q11A 1FQ4A 5P8LA 3CKPA 5OYUA 2P3DA 3BVAA 4DJQA 5P4YA 2P8HA 1W6IA 5P5IA 2XFIA 4Q1XA 3CMSA 5P2MA 5P01A 5P2LA 3I2LA 5OZNA 1RL8A 5KQFA 1EPNE 5B18A 1C70A 5P4RA 5P2OA 1UPJA 1HSIA 2AVSA 1VIKA 2BPYA 3MXDA 5KR8A 4GMIA 4WTUA 5P4BA 5P0JA 2PH6A 3CKRA 4EHCA 3HD8A 5P7UA 4GJDA 4CPSA 5P30A 3KFNA 5IVTA 5P5RA 3SA3A 5P4OA 5HDVA 2FXEA 5P3UA 1M0BA 2XFJA 3VF7A 1K1UA 1D4SA 3I6OA 3OU4B 1DW6C 5P2FA 3CIDA 4DQFA 4ER2E 5P5DA 4QJ7A 2AVQA 3SA8A 2PQZA 3TKWA 2V0ZC 3TPPA 3IAWA 3OAGA 5KOQA 2BKSA 5P4UA 3T3CA 2FS4A 5DGWA 3JVWA 4OD9B 1PPKE 5OZ3A 1LYWA 1E82E 5P0DA 3QAAA 5P83A 5P31A 5OZLA 4NJSA 4Y3JA 5P00A 3ZLQA 2VNMA 4Q5MA 2ZJHA 2AVVA 3UDYA 1BV7A 4Y5KA 1J71A 1BDLA 3BXSA 2F3KA 4PHVA 1BAIA 3S43A 3HVPA 5P1UA 5P0NA 4QJAA 1NSOA 3PCZA 2ZJLA 3CYWA 4NJUA 5P0XA 5P2VA 1B6PA 4RYGA 3SM1A 3RTHA 3BUFA 1FF0C 4K4RA 5P6RA 4XX4A 1MSNA 3EL9A 4K8SA 4Y43A 4R91A 5HE4A 2AQUA 4HZTA 1K1TA 1SGUA 2HS2A 2HM1A 5AHAA 4CPWA 2AOCA 1APWE 3GGVA 3RTNA 1QRPE 3SKFA 3K5GA 3LITA 5HDXA 3VF5A 5P7QA 1F34A 1C6XA 2XYFA 5OZ5A 3VUCA 4B1DA 4HEGA 5P05A 3R0YA 3BXRA 3HBOA 3PSGA 5JFUA 4DJOA 1RQ9A 3VYFA 4EJ8A 2B7FA 1FIVA 3DCRA 5P7FA 5P12A 5P5OA 1T6GA 5P0QA 4DV9A 1HIHA 3O9LA 3ZKSA 3FNTA 3L5FA 3PCWA 5P87A 3B80A 4LXMA 2ZHTA 5P7OA 3VFAA 3UTLA 1AJVA 1GNNA 1M4HA 1MT7A 4Y5AA 1ODYA 4Y45A 5P0ZA 4EXGA 4GJAA 4Y3TA 5F01A 3BGCA 5OZZA 4EJDA 1KJGA 1HTGA 2R3WA 5P4IA 2B7ZA 1LF3A 3URIA 4NKKA 3NDWA 4DVFA 5DGUA 1EC3A 5P7EA 3OXWA 5P3MA 2I1AA 3TLHA 1AAQA 3FSMA 5P4CA 2VJ7A 3OAGB 2ZHRA 3QP0A 4FM6A 2G1YA 5I3WA 1FMUA 3DCKA 3R1GB 3QRSA 1EEDP 1HVCA 5AH8A 2B8LA 2R5PA 4RCFA 2ZYEA 2G1NA 5P04A 4YBIA 3D1XA 1FQXA 4FLGA 2PK6A 3KN0A 3R4BA 2BPWA 3Q4BA 2QK5A 4CP7A 1PROA 5P06A 2B8VA 4CPRA 2IRZA 5OZSA 5P0WA 4Y4XA 3GW5A 4Y3LA 4U7VA 5P2CA 1MVPA 1SBGA 4EWOA 1D4JA 3QPJA 2UPJA 1W5WA 4Y3DA 4J0PA 5P7IA 1LF2A 1A94A 3OK9A 3KT2A 4DPIA 2QP8A 3WB5A 5OZAA 5AH9A 4FRIA 4J1HA 1TSQA 5P5VA 3PMYA 5P5LA 1MTRA 2XYEA 5P35A 2WF1A 2G1SA 2F8GA 5P4PA 2Z4OA 4JP9A 5P5EA 2O4PA 2CEMA 3LHGA 1AJXA 2QMDA 2O4SA 5P8IA 2JJIA 5P7VA 1BV9A 3GI6A 4BFDA 5OZXA 3PI0A 3OADB 2P4JA 4LXKA 4KE0A 2HS1A 3APPA 1G0VA 5P8CA 3O9LB 4ZEAA 5I3YA 3VYEA 2V12C 3HAUA 3O9BA 3UQRA 5KAOA 2RKGA 5P4FA 5BWYA 5P03A 4LL3A 5P76A 4Q1YA 5IS4A 5P5BA 3U7SA 4Y5EA 3BGBA 5AGZA 3NU4A 5OYWA 1PFZA 5P09A 2I4WA 1SDTA 4YD7A 2WEBA 3L59A 5P63A 3VSWA 4U8WA 4FRKA 5P3LA 1W5XA 4ZIPA 2Z54A 2XFKA 5P3NA 4I8ZA 5DR4A 5P1XA 3Q5HA 2RENA 1LS5A 2JJJA 5P17A 2G27A 2O4KA 3LPKA 2HPFA 5P4QA 3L5EA 4EJLA 1HHPA 5P1OA 3NU3A 5DQ5A 2WF2A 3INEA 5P4VA 3GGUA 5P02A 2HB2A 1RPIA 1W50A 2FGUA 5OYVA 5KQXA 2IDWA 3NXEA 5P5SA 5OZ0A 4I10A 5P46A 2WHHA 5HDUA 3IVHA 5SXNA 4GZFA 1FB7A 3SPKA 3D91A 1MRXA 3LZVA 2P3BA 5P3FA 3LZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YTG A;  3FX5 A;  5P57 A;  2HC0 A;  1IZI A;  5P5W A;  2NMZ A;  4IVT A;  5JG1 A;  2ZJJ A;  2J9J A;  5IE1 A;  4Y3M A;  5P26 A;  2ZJM A;  1YM2 A;  2AZB A;  1BVE A;  3O9C A;  5P7R A;  3U71 A;  1TW7 A;  1E81 E;  4Y5P A;  5OZJ A;  1FQ7 A;  3MSL A;  3INH A;  4YOA A;  2OHN A;  1ZBG A;  4DUS A;  5P2T A;  1C6Y A;  1SGZ A;  5HTZ A;  1FEJ C;  2AVO A;  5P08 A;  4HVP A;  2VA6 A;  1EBK C;  2V13 A;  4LAP A;  5P4D A;  4H3F A;  4Y41 A;  2AOJ A;  2FMB A;  3S8I A;  2B60 A;  2I0D A;  2UXZ A;  2WEZ A;  5IVR A;  1HXB A;  1GVV A;  5DR7 A;  5P0M A;  4J1F A;  3PVK A;  5DR0 A;  4GYE A;  5P7B A;  1MES A;  2VKM A;  3WZ6 A;  3LZS A;  3URJ A;  1APV E;  4Y4E A;  1ME6 A;  3UPJ A;  4RRN A;  5P28 A;  5P0P A;  1SDU A;  1IZE A;  1UH7 A;  5P3E A;  3BVB A;  5P7T A;  2WJO A;  5P0U A;  5I70 A;  2F80 A;  3PSU A;  1HEG E;  3EM4 A;  3NXN A;  4J55 A;  5P2N A;  5P8N A;  3RSV A;  4Y4D A;  2NMY A;  2P3A A;  1B6J A;  3SQF A;  3VG1 A;  3IN3 A;  4WY1 A;  4Y3F A;  1UH8 A;  1MRW A;  3KFP A;  3NWX A;  1AM5 A;  4FE6 A;  5P7S A;  3SA5 A;  1PPM E;  1FQ5 A;  5P36 A;  5C9F A;  5P58 A;  4R95 A;  5P1S A;  4Y39 A;  5OYQ A;  5P2I A;  1DMP A;  5DQ2 A;  4B0Q A;  5P1N A;  2QMG A;  4Y3A A;  2QD6 A;  1WKR A;  2QI0 A;  3ZL7 A;  2BJU A;  3BRA A;  5P5J A;  4FRS A;  1AVF A;  4Y53 A;  4M8X A;  1EC0 A;  2Q64 A;  4I0G A;  3ZMG A;  3QBH A;  3LPJ A;  3L3A A;  3HZC A;  5E5K A;  1MIQ A;  1IDA A;  2HPE A;  5ISK A;  5P2W A;  4GB2 A;  2J9J B;  1B6K A;  4B1E A;  5P4T A;  4Y5N A;  1NPV A;  4Y48 A;  5P6P A;  5P3P A;  3S45 A;  5P1Y A;  7HVP A;  4Y5G A;  3S54 A;  5P1I A;  4FGX A;  3DV5 A;  1G35 A;  5P54 A;  4YBF A;  3OUD A;  4XXS A;  4LC7 A;  1E5O E;  1Q9P A;  3VF3 A;  3PB5 A;  5P6N A;  4ZE6 A;  1U8G A;  5P59 A;  2G1O A;  3UCB A;  5OZ6 A;  1KJ4 A;  9HVP A;  1BVG A;  2QZL A;  1Z1R A;  4DQG A;  1ZJ7 A;  5P69 A;  3SAC A;  1TCX A;  5P72 A;  2IL2 A;  1BXO A;  3U6A A;  4ZPF A;  3PWW A;  3UFL A;  1FGC C;  2QU3 A;  5P6X A;  5P48 A;  3PWR A;  3UDK A;  4GJC A;  3KMY A;  4I0J A;  3BHE A;  4L1A B;  1PPL E;  3IN4 A;  4H3I A;  3ZPS A;  1MEU A;  5P07 A;  2ZJK A;  4S1G A;  1FFI C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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