5P1CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 95
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1cA01
1WBKA 1SDVA 5P0CA 4RLDA 4J0ZA 4FAFA 5P4PA 3R0WA 1J71A 1EBWA 1G0VA 2G27A 1IVPA 5P81A 4A6BA 4QJ7A 4PPHA 5P28A 3L5FA 4PHVA 4ER1E 1LZQA 5P7PA 1ZBGA 1HTEA 2WECA 4H1EA 3PBDA 1FMBA 4WTUA 5P8IA 1W5VA 4TRWA 4B1CA 3U7SA 2UPJA 2A1EA 1YTJA 4RVIA 2V16C 2Q11A 5P3FA 1NH0A 5P7AA 5P35A 1JLDA 3SA7A 1RPIA 1HRNA 5P7CA 4I0HA 1GVVA 5DQ2A 1SDUA 3HAUA 1LF4A 5OZWA 4Y4TA 3QRMA 5OZ4A 5P1GA 3LZUA 3UHLA 5P1IA 1B11A 1B6KA 1ODXA 3PMYA 2XFIA 3M9FA 3A2OA 3ZKQA 5P2AA 3OUDB 5P2ZA 2IKUA 5P7LA 3OQAA 5HE4A 5P3QA 4RGHA 2BQVA 3UDNA 5P01A 5P4MA 2FDPA 5P2VA 4I0EA 5P14A 1HPXA 3PWWA 4I0DA 2IEOA 3EM6A 1G2KA 4HE9A 1BBSA 1RQ9A 3JW2A 3NXNA 4XX3A 3NUOA 3O9EA 3GGAA 2ZHVA 5P77A 2VIZA 4LC7A 5P23A 2R5QA 5P5DA 3SFCA 3O9FA 3D20A 3MSKA 2WJOA 2OAHA 4YOBA 1IIQA 3EL0A 5I3YA 3OAGA 2AOGA 3OGPA 5ER2E 3WZ7A 2BKTA 4TRZA 5P2YA 1YTIA 3ST5A 3SQFA 3L5DA 4Y5EA 2B60A 2R3TA 4FLGA 1YM4A 5P7BA 4Y47A 5UPJA 1EPRE 4APEA 5P8PA 5P70A 4RYGA 1CMSA 5HDVA 4J0VA 1FG6C 3BUHA 3L38A 5P1EA 5P5LA 4OBDA 5P8CA 3FIVA 5P6JA 3Q4BA 4FM6A 5P60A 1IZIA 3QAAA 5P8EA 3ECGA 5OZ0A 5P0VA 1OD1A 2JJIA 1XDHA 3QN8A 5P3KA 1GVWA 5P74A 1BVGA 5OYWA 1SMEA 3SPKA 1GVUA 5P7ZA 1MIQA 4NJTA 5P0FA 4QJ8A 4HDPA 4Y45A 3VV7A 3EL4A 4EJ8A 3PCWA 3RTNA 5P4DA 4J1FA 4Y3FA 4Y5BA 2Q54A 2QCIA 3KYRA 5P2GA 4CKUA 2J9KA 5P0NA 2XFKA 1EBKC 2G26A 3Q5HA 2WEDA 3OADB 5OZUA 3L5BA 3BVBA 3SA3A 1NPWA 5P40A 1HIIA 1N49A 1YM2A 4L1AA 5P29A 3L5EA 1PROA 2P83A 1GKTA 1LYAA 2AVOA 4ZPGA 2ZJNA 1LF2A 1AAQA 5P4OA 5P8GA 1ZTZA 5P5MA 5P3SA 4IVTA 1MT8A 5AH6A 5P5ZA 3O9LA 4Y4WA 4EQJA 3WZ8A 3EL9A 4DQFA 1MRWA 3Q6YA 4CPXA 3OU3A 1K6PA 5P6NA 5OZYA 1ZSFA 2VA7A 2FNTA 1FB7A 5DQ1A 5P5BA 1DAZC 2P3BB 4DJUA 2G21A 3BC4A 5ENMA 3OHHA 4Y3DA 1HTFA 3U6AA 3OXWA 1RV7A 5P6OA 3VF7A 4Y5LA 2BPXA 4RCEA 5P44A 2IGYA 3TTPA 2FXEA 5P8NA 5P00A 5JODA 2ER7E 4Q5MA 4A6CA 3CYWA 3SLZA 1XE5A 3T11A 3PI5A 3BGBA 4DQHA 4FL8A 4CMSA 3L3AA 3U71A 2BJUA 4J1KA 5E5JA 3TLHA 5P46A 4PZXA 4Y3MA 5P30A 3RSXA 5P3VA 2QMDA 2FLEA 2QK5A 2F80A 3N3IA 5OZHA 3FNUA 1FLHA 5B18A 3PLDA 1ZSRA 2O4SA 3CMSA 5OZLA 5P6AA 2B8LA 2HPEA 1B6LA 4R93A 4Y9WA 3URJA 5P0DA 3OWNA 4NJUA 3PM4A 3NDUA 5P7TA 4GJ6A 2HS2A 4B1EA 4Y38A 1EPOE 1BV7A 5F01A 2PYNA 3LIVA 5P3OA 1FIVA 4I0FA 3OOTA 4TVHA 1HVCA 4COEA 4YBFA 4R5NA 1IZHA 1LYWA 5P17A 5P3BA 4JECA 3T7QA 3MWSA 3GGUA 2I4VA 4RZ1A 5OZ9A 1SIVA 5P12A 4R92A 1MRXA 2AODA 4GYEA 1EPPE 4GJBA 2ZYEA 5HE5A 2ZDZA 2IL2A 5EZXA 3PJ6A 1HVSA 3NU4A 5P3JA 2QNQA 5P2SA 1QBSA 1G35A 5P8MA 5P0KA 4PZWA 1YTGA 4ZIPA 3OU1B 2PMAA 4YDGA 5P4CA 3DM6A 2RMPA 4NPTA 4LBTA 4EJKA 1K6TA 2BPZA 3QVCA 3KFRA 5P6XA 2QMFA 1KJ4A 1PPME 3VF3A 1ME6A 4MC2A 1AJXA 4BFBA 2O4NA 2R5PA 2RKFA 2WEBA 4R91A 1AXAA 3TH9A 2CEMA 2BPWA 1U8GA 2OHTA 3EKPA 4Y3GA 5P8UA 3L59A 4Y58A 4JPCA 2P3CA 4AA8A 5DR7A 5P7VA 5P7HA 4F76A 4I0IA 4Y3HA 5P1BA 4HLAA 1M0BA 5P5JA 4S1GA 4ZE6A 5P1OA 4QJ2A 8HVPA 4X2LA 1QBUA 3FKTA 3SM1A 3HW1A 1FEJC 5OYTA 4B78A 3PRSA 2JYSA 5OZJA 3R4BA 2QNPA 5P52A 5P5FA 3KDCA 5KQXA 4OD9B 5OZ7A 3OQFA 4KE1A 2P4JA 3SO9A 1TSQA 5P8AA 1WKRA 4H3IA 4J0YA 5P11A 5P0OA 5P82A 5DR8A 3ZKMA 2WF1A 4K8SA 1HVJA 1XS7D 1CPIA 1XN2A 3NUJA 5P68A 4ER2E 1UH8A 4HA5A 1HPSA 3NU6A 2FDEA 5P4QA 2AOCA 1BWBA 1Z8CA 2H6SA 4ER4E 1LYBA 5P4VA 5P1YA 1KJGA 3KF0A 3HAWA 2AOHA 5P5WA 1ODWA 4HDFA 3QBHA 1A8GA 1SGUA 5OZ3A 2ZGAA 2I1AA 9HVPA 3VV8A 4CP7A 4MC9A 3K1WA 5P1DA 3ZKNA 3DCRA 1PPLE 1BDQA 5KR1A 1E5OE 5OZQA 1SBGA 3D3TA 1D4SA 5DR0A 3EM4A 1UH7A 2WEAA 3DUYA 2WKZA 5P36A 2QI0A 5P2NA 4OBHA 4J1CA 5P0IA 3AIDA 1B5FA 1PSOE 3LPJA 5P06A 1A94A 5JFPA 2PYMA 3FX5A 1HHPA 1W6IA 4Z2ZA 2PH8A 2ZHRA 4LXMA 4CPRA 3NDTA 4DPIA 1C6XA 3KFNA 4H3JA 2I4WA 5P3GA 4EP2A 1EC3A 1IVQA 5ER1E 3HBOA 4YCKA 4BEKA 5P42A 3HLOA 2QZLA 2QD6A 2IQGA 5P7OA 3S43B 2IKOA 2MIPA 2V10C 4LXAA 1YTHA 2QD7A 5P5QA 4ZSQA 4NKKA 7HVPA 1E82E 3OQ7A 5P1UA 5P1WA 4FRKA 1HVLA 5P8VA 3KA2A 3FNSA 5OZOA 5P41A 4ACUA 4Y3EA 3S56A 4EHCA 5P1CA 2RSPA 5P6FA 5DQCA 1K2CA 5P0MA 5P2CA 4GMIA 4CPWA 5P7FA 3UDQA 2PSUA 4K4PA 3ZKSA 3DK1A 4Y44A 5P8TA 3QP0A 4J1EA 3NU5A 3MSLA 3OQDA 4ZPFA 5ENKA 3UDJA 4ZLSA 5P38A 5P4RA 5P2MA 5KR0A 5P54A 3JVYA 2FIVA 4RYCA 1GNMA 5BWYA 5P3DA 5HCTA 5P89A 1EBZA 4DV9A 3GI5A 7UPJA 2I0DA 2QD8A 3S53A 3R1GB 4U7QA 1KZKA 4Y4DA 3UQWA 2ANLA 3PB5A 2PSVA 1ZPAA 4BELA 5P1KA 2AVSA 4TVGA 3TKGA 3K4VA 3VFBA 1M4HA 2EWYA 5P5IA 4RCFA 4CPUA 3N4LA 5P33A 1BDRA 1FQ4A 1HXWA 1B6PA 5P5OA 5JG1A 2V0ZC 4Y4XA 5P13A 2QMGA 1PSAA 4QGIA 5P2RA 5P3WA 2BPVA 5BRYA 2O4LA 2OHRA 1C70A 3BUGA 4D88A 5P2JA 1FG8C 4M8YA 3MXDA 2QI7A 5AH7A 3IA9A 2R9BA 5P6GA 1LEEA 4EWOA 1W5WA 4B77A 3IVIA 5P6UA 4I8WA 5HDXA 1IDAA 4FM8A 4H3GA 5P3HA 3S7MA 2QU3A 5P8BA 5P5EA 3S54A 5F00A 5AHAA 1TW7A 4WY6A 1HOSA 2AVQA 5P6HA 4A4QA 5KOQA 2ZHUA 4FCOA 5P7GA 4AZYA 3OXXA 3QROA 4ZSMA 4DJOA 4ZEAA 4D8CA 3QI1A 5P2BA 1HVIA 3O9GA 3UTLA 1ZPKA 4AMTA 4DJWA 3PI0A 3O9LB 4DJYA 4DJPA 5P78A 3TPJA 3INEA 1F7AA 3S2OA 4F74A 1M43A 2VJ9A 5P5SA 4L6BA 3UDKA 1FQ6A 1MTBA 1TSUA 5P1AA 3OOZA 1RL8A 2B42A 5HE7A 2O40A 2ZJLA 3KFPA 3WSJA 1VIJA 5P86A 4Y35A 4Y4ZA 4Y3AA 4Q1XA 1F34A 4J55A 3OY4A 2VA5A 5P7MA 2VA6A 5AHBA 5JFUA 1IBQA 4D83A 4B70A 1FGCC 1HXBA 1VIKA 5P7RA 3TOHA 3OUDA 5P6KA 3HVGA 3UQUA 6FIVA 4J1IA 4YE3A 3PWMA 4Y3XA 4FE6A 4I10A 2RENA 3MXEA 1AZ5A 4Z22A 5P8DA 5P6IA 4HVPA 1QS8A 5P18A 1OEXA 1W50A 4AA9A 4KB9A 3LZVA 5P8QA 6UPJA 5P62A 4TRYA 5AH9A 5P2HA 3VEUA 4RRNA 2Q63A 3UPJA 2AVMA 3IN3A 4Y4AA 5TOLA 3VLAA 2NNPA 1XE6A 1NSOA 5P0WA 4RVJA 5OZVA 5P1VA 4U7VA 2OHKA 3IGBA 4NJSA 5P3AA 2ZJIA 2FGVA 2PK5A 4Y37A 5P8KA 5P16A 3FNTA 2ZJHA 4YD5A 3ZPUA 2NTRA 5P0UA 5KQFA 4DPFA 2AZ8A 4GJAA 2QU2A 2R3WA 3B80A 1MESA 3AUPA 3TPLA 4OBFA 5P10A 5P76A 1D4LA 5P4HA 1KJ7A 5P51A 5P8HA 1D4KA 2QZWA 1TQFA 2JE4A 2NPHA 1HPVA 3BVAA 3VCMA 5C9FA 5P07A 4DQBA 3PMUA 5P1RA 1YT9A 3SAAA 4OBKA 4Z4XA 3PSUA 4B00A 2I4XA 3SA8A 5P7YA 4YA8A 1HVRA 2OHPA 2CENA 5P1SA 2VIEA 3OU4B 4RROA 5OZ1A 3UFNA 2B7FA 4LAPA 4GIDA 3F9QA 3UDRA 2O4KA 3ZPTA 4EQ0A 2R38A 1T6EX 3EXOA 4Y5GA 4FGXA 3PBZA 3EKQA 5P6YA 5P79A 5SXNA 5OZ5A 2J9JB 2BB9A 3NWXA 3Q3TA 4GJ7A 3BXRA 3B7VA 5P0BA 1Q9PA 2UY0A 4IVSA 5P4XA 5P4FA 2G69A 3ZKGA 4QJAA 2Z54A 3GGXA 2HB4A 5P0JA 3O9DA 1C6YA 2Q15A 3PEPA 3ER3E 1HTGA 3VYDA 4BFDA 4OBZB 4APRE 2P3BA 3PVKA 5P2OA 1DP5A 5P2QA 1D4IA 2G1NA 5C9DA 5DR3A 3KMYA 3APPA 3UF3A 2OHSA 3D1XA 2FMBA 1FKNA 4YDFA 1PSNA 5P7SA 3LPKA 3OUBA 4I0JA 1LYBB 5P22A 1BILA 4M8XA 3LITA 5OZ6A 2ZJMA 5HVPA 2I4DA 5P0YA 4Y41A 3K4VC 1EPQE 2VNMA 5IVQA 2OHLA 1AIDA 5DR4A 4KUPA 2V12C 3CKPA 3EMYA 2JJJA 3C9XA 3NR6A 5T4SA 5P8JA 5P61A 2IGXA 1Z1HA 5P63A 4DJXA 2SAMA 3KDBA 2FS4A 5P25A 5P1ZA 5AH8A 2AQUA 1KJFA 4Y4UA 1GNOA 4DVFA 4DFGA 5P5VA 5DPZA 3RSVA 5P6RA 1HIVA 3BRAA 5P09A 5P0AA 5P6QA 2G1SA 3ZKXA 3G6ZA 1MERA 1MEUA 5P4AA 4F73A 5P5AA 5P6DA 3EKWA 4L7JA 5OYXA 5P7QA 5P3EA 2P8HA 3TNEA 2F3KA 5P31A 5P04A 2A4FA 3NDWA 1C6ZA 1LS5A 5P2FA 3DV5A 4QJ6A 5P2EA 2AVVA 5P4YA 3KN0A 1ZLFA 4Y4GA 5OYVA 1FFIC 5OZFA 5P2UA 2F81A 2ER6E 2IDWA 3SKGA 1APWE 2HB2A 3SA6A 4HDBA 3KM4A 4LXKA 5P4LA 4Y3TA 5BS4A 1HSHA 2UXZA 4PYVA 3BHEA 4DI2A 2WL0A 5P6BA 5J25A 1BAIA 3BUFA 3VYEA 5OYYA 1MPPA 3KT2A 5P4BA 4Y3SA 5P19A 4MC1A 3Q70A 1GVXA 2OHUA 5P1FA 3I2LA 5P3LA 4ZPEA 1GVTA 1TZSA 5P5NA 3INHA 4JPEA 4R8YA 3OXVA 4LP9A 3UDYA 4H3FA 4I0GA 2WEZA 3QIHA 1DPJA 5P6PA 3OQKA 3K5CA 4I12A 5COKA 4F75A 1HTRB 2PH6A 4N00A 1QDMA 4J54A 3TL9A 5DQ5A 1SP5A 5OYZA 5P83A 1BDLA 5P1HA 1PFZA 2AOEA 5P0ZA 5P80A 2B7ZA 3NU9A 2QHCA 3PHVA 1SGZA 2IS0A 2ASIA 4B05A 3URLA 1QBTA 5P37A 5OZNA 4YOAA 3ZOVA 3CKTA 3GI4A 1A30A 3CKRA 4FS4A 2XFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WBK A;  1SDV A;  5P0C A;  4RLD A;  4J0Z A;  4FAF A;  5P4P A;  3R0W A;  1J71 A;  1EBW A;  1G0V A;  2G27 A;  1IVP A;  5P81 A;  4A6B A;  4QJ7 A;  4PPH A;  5P28 A;  3L5F A;  4PHV A;  4ER1 E;  1LZQ A;  5P7P A;  1ZBG A;  1HTE A;  2WEC A;  4H1E A;  3PBD A;  1FMB A;  4WTU A;  5P8I A;  1W5V A;  4TRW A;  4B1C A;  3U7S A;  2UPJ A;  2A1E A;  1YTJ A;  4RVI A;  2V16 C;  2Q11 A;  5P3F A;  1NH0 A;  5P7A A;  5P35 A;  1JLD A;  3SA7 A;  1RPI A;  1HRN A;  5P7C A;  4I0H A;  1GVV A;  5DQ2 A;  1SDU A;  3HAU A;  1LF4 A;  5OZW A;  4Y4T A;  3QRM A;  5OZ4 A;  5P1G A;  3LZU A;  3UHL A;  5P1I A;  1B11 A;  1B6K A;  1ODX A;  3PMY A;  2XFI A;  3M9F A;  3A2O A;  3ZKQ A;  5P2A A;  3OUD B;  5P2Z A;  2IKU A;  5P7L A;  3OQA A;  5HE4 A;  5P3Q A;  4RGH A;  2BQV A;  3UDN A;  5P01 A;  5P4M A;  2FDP A;  5P2V A;  4I0E A;  5P14 A;  1HPX A;  3PWW A;  4I0D A;  2IEO A;  3EM6 A;  1G2K A;  4HE9 A;  1BBS A;  1RQ9 A;  3JW2 A;  3NXN A;  4XX3 A;  3NUO A;  3O9E A;  3GGA A;  2ZHV A;  5P77 A;  2VIZ A;  4LC7 A;  5P23 A;  2R5Q A;  5P5D A;  3SFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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