5P1DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 96
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1dA01
3SM1A 4DQEA 1ER8E 4I0DA 5P5AA 1EPPE 1M4HA 5P0GA 4MC2A 4Y3ZA 4Y4ZA 5IVRA 1FFIC 4I8ZA 4A6BA 2APRA 4B1EA 3H0BA 4NPUA 1BIMA 3OQFA 2JJJA 2PH6A 1EAGA 1MT9A 3OXWA 5P3RA 5P2BA 2VIJA 3IN4A 4Y56A 1ZP8A 2QD6A 2ZJLA 5P09A 5P5TA 3BGBA 1HSIA 5P0MA 5OZXA 5P2FA 2QU2A 3S2OA 1HHPA 4GB2A 1W5VA 3D1YA 9HVPA 4EPJA 5DGWA 3KM4A 5P2CA 3I25A 5P0WA 5AH6A 4ZSQA 1YTHA 1E80E 1CZIE 2JJIA 2O4SA 5P1PA 4Y43A 3KDCA 4LL3A 4K9HA 2OF0A 5P2SA 4TRYA 2QZXA 1TCXA 3S85A 4Y3XA 5P16A 1G35A 5P5PA 1W5YA 4Y4XA 4B1DA 5P48A 1QDMA 1HTGA 3FNTA 5OZTA 3K4VA 4Y3RA 5P39A 4JP9A 4Y51A 2OHNA 5KQYA 4GJ8A 3BRAA 1HVRA 1CPIA 1KJGA 5P8VA 2B42A 5P3CA 4IVSA 1LYAB 5P8EA 5OZ8A 5P29A 4K4RA 2PMAA 3PLLA 3UDPA 5P58A 1FQ4A 5P4BA 5P7JA 2B60A 4Y5GA 1A8GA 3NDWA 3LZVA 1FFFC 1PPME 1HSHA 3QBHA 4OBGA 5P19A 5HDXA 5KR0A 1XN2A 1E5OE 2WEZA 5P6NA 2QZLA 4R92A 3EBZA 4Y5MA 2RENA 5IVQA 4DJOA 5P8HA 2B7FA 5P8PA 1G6LA 5P49A 3UHLA 4I0ZA 4Y6MA 3APPA 3HDKA 2AOEA 1FEJC 2SAMA 4S1GA 1NPAA 1HBVA 4J1CA 2QCIA 3K4VC 4I11A 1G0VA 3LZSA 5P7IA 6FIVA 3EL5A 4R8YA 4J17A 5P5QA 3EM4A 5P8FA 2BKTA 5P3LA 2HIZA 5HE5A 5P4IA 1KJ4A 1HOSA 3GGAA 1XL2A 5IS4A 3O99A 5P8TA 1FQ8A 4RVJA 1PSAA 4ZPEA 1AJVA 4Y39A 4L7HA 5P2DA 4HA5A 3ZOVA 3IXKA 6APRE 2F8GA 5HDUA 4YOBA 1IZDA 4LXKA 4CKUA 5AHCA 1ZTZA 2ZHTA 4X2LA 3SQFA 1RPIA 2NMZA 4J1KA 4JECA 5ISKA 4U8WA 1SMRA 5P2XA 5P5IA 5KAOA 5P4MA 4R95A 4QGIA 3OOZA 1IZEA 2G1YA 5KQFA 5P50A 5P8RA 1HTRB 5P1SA 2RMPA 4LC7A 4Y53A 4FCOA 2P4JA 4EJDA 2WF1A 5P7RA 1EC3A 1LYAA 5P12A 3EL0A 2H6SA 5SZ9A 3L59A 3QN8A 5OYVA 3OU4A 2WEBA 5P3WA 4CPSA 3ER3E 2ER0E 1HXBA 4RYCA 4B05A 7UPJA 5DR0A 5P3XA 5P3NA 4D83A 2FIVA 3INDA 3EKYA 2IDWA 3EMYA 5P1KA 3OUAA 2Q11A 5IE1A 4Z50A 4FAEA 5P7GA 4APRE 4DJQA 3O9EA 5P11A 5P6HA 4DJWA 1FG6C 3IGBA 1EBYA 4DH6A 2QNPA 1LZQA 2AVOA 1BDLA 2HPEA 2P3BB 4Z22A 1GVXA 5P3EA 2VA5A 5DR3A 5UPJA 4F73A 5P6GA 5P0CA 4Y4DA 5P75A 3UQPA 5P7KA 5P5OA 1GNMA 4DQCA 2OHSA 1BILA 1DW6C 5P1IA 3PJ6A 3LPKA 3DV1A 1XL5A 3VG1A 3L3AA 5P0IA 2FLEA 5OZJA 2P3AA 3PCWA 5P47A 2HS1A 5IVSA 1WBMA 5P05A 5P4XA 5SY3A 2ZHRA 5P3GA 2VA7A 4DQBA 4JPEA 5OZ3A 3LIYA 3OUBA 2WF2A 2AVMA 4OC6B 1YM4A 4OBFA 5OYRA 2F3KA 5AGZA 4D88A 3UDHA 1ZPKA 3UDYA 5P4VA 5KR1A 2G24A 5P8BA 4Y3YA 3JW2A 1Z8CA 5P1XA 1AIDA 2ZHUA 3MXEA 1IZIA 5P04A 4ZSRA 4YD7A 1MT8A 4KB9A 3Q4BA 3KF0A 5P3FA 4NKKA 2H6TA 4GZFA 3SKFA 3TPJA 3OTSA 3ZPTA 5P72A 2O4KA 3ZKIA 4Y4EA 2BBBA 4YA8A 5TOLA 3HVPA 2QI6A 4EJ8A 2ER6E 1FLHA 3PSYA 4YCYA 2AVVA 1EPME 4L6BA 1NSOA 5P8KA 4ZSPA 3NDXA 1BVGA 5P1DA 2P83A 1HVHA 5P2HA 1Z1RA 4EJLA 2OHLA 5ER1E 2RKGA 2V0ZC 4YD3A 3CKTA 4Y5CA 1OD1A 2CEJA 5P40A 5P1MA 4CPTA 5OZGA 5P2UA 5P6RA 5P8QA 3LIVA 5P2TA 1FIVA 1K1TA 2Q15A 3TH9A 1SH9A 2Q54A 3WSJA 4K4PA 5P8LA 3D1XA 3OUDA 5P45A 5P2YA 4ZEAA 5P3IA 1EBZA 3TNEA 5P1LA 3QROA 5COOA 3Q70A 4J0ZA 1B6KA 4PEPA 5DQCA 3ZPUA 1IIQA 4HDPA 3UDKA 2UY0A 5P6KA 1GVTA 3VLBA 2AIDA 5P64A 4RCFA 2G20A 4BFBA 1W51A 4Z2ZA 5P3HA 2QU3A 3O9IA 2J9JA 2IKOA 5DQ5A 2QAKA 5P03A 3VYEA 1GKTA 3Q5HA 4QJ6A 5P5FA 2AOFA 4Q1XA 5P7DA 3ZLQA 2FXEA 2V00A 5P6QA 5BWYA 5P6VA 4B72A 1IVPA 5OZMA 3B7VA 5P7PA 4OC6A 1QBSA 3CICA 1HPSA 2OHPA 4R91A 3KDBA 2QI3A 5B18A 2G69A 3RTHA 5P1BA 1VIKA 1IVQA 1HWRA 2I4XA 2G27A 4Y4UA 2FDDA 3U6AA 2OHMA 2G22A 2VIEA 4RCEA 3OHHA 5P0EA 5P7EA 5P88A 1MSMA 5P1OA 4GJ9A 4Y54A 4GIDA 3NWQA 3QRSA 4Y48A 5P25A 4IVTA 3RTNA 4EWOA 3IA9A 5P74A 5P7HA 3KFPA 4YDFA 4YE3A 4AUCA 3T7XA 4EXHA 3UQWA 3EKPA 4Y4AA 5P1ZA 2BB9A 2QZWA 2R5QA 2ZJKA 5P38A 4Y3MA 4YHQA 4Y3EA 5P2RA 1HIHA 2JE4A 3VF7A 2J9KA 5P1VA 3T6IA 5P2JA 2NXMA 1Q9PA 3NLSA 5P7TA 5P35A 1ODYA 5P4QA 1N49A 2VJ9A 5P84A 1GVUA 5P3PA 5P1RA 4TVGA 2Q64A 5P0YA 2FMBA 2FNSA 4KE0A 2QI5A 1M43A 2UXZA 2I4UA 5P5JA 3VV6A 4FGXA 2PYMA 2G94A 5P2OA 4Y35A 5DQ1A 1W6HA 4Y3SA 2HAHA 5P34A 5P8CA 4ER1E 3NU6A 3G6ZA 2BPYA 3KN0A 4WTUA 3BUGA 4Y45A 5OZ7A 2WF0A 3PRSA 5P1HA 3HD8A 5P33A 3UDNA 5P4AA 3KYRA 2QI7A 4JPCA 5P6MA 4NJUA 5P14A 1CMSA 2QI4A 3TL9A 1QBRA 1PPLE 4Q1NA 1EC1A 3K5FA 5P3VA 2PSUA 3KA2A 1YTJA 3BUHA 3RU1A 4RGHA 3NU3A 3RTMA 1T7KA 4LXMA 5P7FA 2WJOA 2ZHVA 3CMSA 5P6AA 2G26A 3CYWA 4YDGA 5OZOA 2IENA 2O4PA 3DCRA 3OAGB 5T4SA 1NPWA 1PROA 2QI1A 2UPJA 5OZAA 1TCWA 3ST5A 5AHBA 5KOQA 1HVLA 4HDBA 5P3QA 3PM4A 5P80A 1SIPA 3SAAA 4FE6A 4ZE6A 3TPRA 4APEA 5P54A 2ER7E 3UQUA 1ODWA 2HB3A 4ZPGA 5P6BA 1F7AA 4Y5LA 5P5KA 5P5RA 5P59A 3NR6A 5HDZA 5P0FA 2NPHA 4WY6A 5HU1A 3NWXA 5P2GA 3QRMA 5P6IA 1BV9A 2AOIA 5P2IA 4Y5EA 4PPHA 3SACA 5P7SA 3DV5A 4DJXA 2R5PA 1FMBA 2IGXA 6UPJA 2QMFA 3MSJA 2WHHA 1EPOE 4J0YA 4XX4A 5P4PA 3UQRA 3OU4B 3PCZA 4I0JA 3O9CA 4Y3GA 5P7AA 5P0XA 1HVCA 1APTE 5P32A 5P85A 1PSOE 3EL1A 5DGUA 1PSNA 5P28A 5P5GA 1LF4A 3AIDA 2VA6A 5P7NA 3H5BA 2ZYEA 5AH7A 1ZSFA 4Y3FA 5P5WA 5DQ2A 3CKRA 3LHGA 4Y5KA 8HVPA 4GYEA 3PHVA 1EC2A 1PPKE 4J1FA 4ZSMA 4B78A 4H3GA 5P5VA 3OUCA 4PHVA 4RRSA 3VFBA 1ENTE 3ZKQA 4D89A 2QD8A 3LNKA 3JVYA 5P7VA 4CPWA 3L5CA 7HVPA 1K6TA 1B5FA 2ER9E 2IEOA 3BXSA 1FQ7A 3D1ZA 5P76A 1D4YA 5P6YA 4A4QA 4B77A 4DJUA 1KJHA 3HBOA 3KT5A 2IGYA 3VF3A 3OAGA 5OYZA 2VNNA 1D4LA 1D4JA 2F80A 2WF3A 1HPVA 4NPTA 1FF0C 3S54A 1DIFA 2OAHA 5P4DA 3VCMA 2OHUA 3IVHA 4Q1WA 3G70A 2G21A 2WEDA 2B8VA 2NR6A 3SKGA 1J71A 4EHCA 1IDAA 1W5WA 3SA8A 5P4GA 5P3ZA 3L5BA 5P5ZA 3NXEA 5OZYA 3ZL7A 4ER4E 2O40A 4GMIA 4GJ6A 3CIDA 2QHZA 5P5SA 3NDUA 4CMSA 5CLMA 2B7ZA 5P0HA 5P5BA 4GJDA 1TSQA 5P5NA 5P2ZA 2AZ9A 5E5KA 3OK9A 4LAPA 5P2AA 1JLDA 3TKWA 3NU9A 5P17A 4Y5BA 2F3EA 3OTYA 5P8JA 5P1EA 5OYQA 3URIA 3BVAA 5FIVA 2O4NA 5E5JA 5P2NA 3OY4A 5P6PA 5P13A 5HE7A 1BDRA 2ZDZA 1HVSA 3OQAA 3D91A 3EL9A 5P20A 3ZKSA 4N00A 1ZJ7A 2OHQA 5P00A 3UCBA 3O9DA 4ZLSA 5APRE 3OUDB 3FSMA 5OZZA 4GJBA 4ER2E 3ER5E 2I0DA 3TOGA 3I6OA 5P81A 1YTIA 3PGIA 4OBKA 2I4WA 2AOJA 2CENA 2IRZA 2QNNA 1D4SA 3PLDA 4Y3NA 3O9HA 5F00A 5P1NA 1BVEA 4J1HA 1QS8A 3SA4A 2PK6A 3TOHA 2J9JB 1EPNE 1B6MA 3VSWA 1D4IA 5P8UA 1MPPA 4Y47A 3FNUA 5P4TA 4DJPA 5HCOA 4DUSA 5CONA 1ZLFA 4EP3A 2AVQA 1HVKA 3S8IA 4DJVA 3PI5A 2R3TA 5P5UA 5P24A 3U7SA 4MC1A 5P7QA 4QLHA 4D85A 4J0PA 3AUPA 2QI0A 2AOHA 3PEPA 3D20A 3CIBA 2WL0A 5P7XA 3OU1A 1K6CA 3QVCA 4OBHA 4HLAA 1GVVA 4AA9A 3FKTA 2VJ6A 1VIJA 5OZFA 4I0HA 4LP9A 3NUJA 2HC0A 5P53A 2G1NA 3APRE 3TPLA 1SDTA 3INFA 4AZYA 5P6CA 1RL8A 3VF5A 2R9BA 5P5HA 4YOAA 3MSKA 5P43A 3PB5A 4KUPA 2XFIA 1K6PA 5AHAA 3ZKXA 1EBWA 3BHEA 3F9QA 5P62A 5OZHA 1LYWB 1IZHA 2QP8A 4NJTA 4I0EA 3EKVA 5P31A 1BWBA 5OZKA 5P4WA 3PWMA 5ISJA 3S56A 1MVPA 1OHRA 1ZPAA 1HXWA 5P4KA 1EPLE 4J55A 5P8SA 1LF2A 3MWSA 2WF4A 3FV3A 3VSXA 1MT7A 5P2MA 1W6IA 1DAZC 3WB4A 3R0YA 2IL2A 1YG9A 5P6SA 2AOCA 5P18A 2NXLA 3HVGA 2PH8A 4B00A 4PYVA 2G1SA 5EZXA 3BVBA 4GJ5A 4PZXA 1XE5A 4YBIA 4EQJA 3WB5A 1ZSRA 3WZ6A 3FIVA 1GVWA 5OYYA 5OZNA 3JVWA 4FAFA 5OZWA 5OZ9A 3LPJA 4LXAA 4Y57A 5P41A 4QJ7A 5P2VA 3VUCA 3UFLA 3D3TA 1W5XA 5P07A 3RSXA 2Z4OA 4ACUA 1XE6A 5P1FA 5P7MA 3Q6YA 1ME6A 5SXNA 1T6GA 3SA7A 4JOOA 1WKRA 3T11A 4J54A 5P7LA 1NPVA 1U8GA 3R0WA 5P3DA 5P63A 5P79A 3OQKA 4RVIA 1FKNA 3S43A 4DI2A 3OXVA 5DQ4A 4FRJA 2AZCA 1YX9A 2PC0A 4Y36A 4DJRA 5P08A 3GGUA 4L1AB 3KT2A 1TW7A 5JG1A 3RVIA 2JYSA 1HEFE 3TOFA 3R2FA 3TPPA 1A94A 5P3JA 5I3WA 1BXQA 1SBGA 2NNKA 3QI1A 3NYGA 1HPXA 1WBKA 2HB2A 5DR7A 1FMUA 3M9FA 5P1JA 4RRNA 2AVSA 4DPIA 4BEKA 5COKA 2FGUA 5KOSA 1C6YA 3T7PA 3IXJA 2ANLA 1QBUA 5OZUA 4YCKA 5P60A 4Y4GA 5P2KA 1LYBA 1LYWA 2ZE1A 4FRKA 3K5CA 4H3JA 3VV7A 4Y4JA 3NU4A 2O4LA 2V11C 3UTLA 3UQXA 5EZZA 1T7JA 1SIVA 3UDQA 4BELA 1XN3A 2QK5A 3O9BA 3IN3A 5SY2A 5P23A 1BAIA 1QRPE 5KR8A 2EWYA 5P6XA 3OHFA 2PSVA 2RSPA 1LS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SM1 A;  4DQE A;  1ER8 E;  4I0D A;  5P5A A;  1EPP E;  1M4H A;  5P0G A;  4MC2 A;  4Y3Z A;  4Y4Z A;  5IVR A;  1FFI C;  4I8Z A;  4A6B A;  2APR A;  4B1E A;  3H0B A;  4NPU A;  1BIM A;  3OQF A;  2JJJ A;  2PH6 A;  1EAG A;  1MT9 A;  3OXW A;  5P3R A;  5P2B A;  2VIJ A;  3IN4 A;  4Y56 A;  1ZP8 A;  2QD6 A;  2ZJL A;  5P09 A;  5P5T A;  3BGB A;  1HSI A;  5P0M A;  5OZX A;  5P2F A;  2QU2 A;  3S2O A;  1HHP A;  4GB2 A;  1W5V A;  3D1Y A;  9HVP A;  4EPJ A;  5DGW A;  3KM4 A;  5P2C A;  3I25 A;  5P0W A;  5AH6 A;  4ZSQ A;  1YTH A;  1E80 E;  1CZI E;  2JJI A;  2O4S A;  5P1P A;  4Y43 A;  3KDC A;  4LL3 A;  4K9H A;  2OF0 A;  5P2S A;  4TRY A;  2QZX A;  1TCX A;  3S85 A;  4Y3X A;  5P16 A;  1G35 A;  5P5P A;  1W5Y A;  4Y4X A;  4B1D A;  5P48 A;  1QDM A;  1HTG A;  3FNT A;  5OZT A;  3K4V A;  4Y3R A;  5P39 A;  4JP9 A;  4Y51 A;  2OHN A;  5KQY A;  4GJ8 A;  3BRA A;  1HVR A;  1CPI A;  1KJG A;  5P8V A;  2B42 A;  5P3C A;  4IVS A;  1LYA B;  5P8E A;  5OZ8 A;  5P29 A;  4K4R A;  2PMA A;  3PLL A;  3UDP A;  5P58 A;  1FQ4 A;  5P4B A;  5P7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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