5P1OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 107
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1oA01
4Y5CA 4ZLSA 5HE5A 1PSAA 1W6IA 5P2MA 4ER2E 2HIZA 1J71A 1KJHA 3PWRA 5P88A 2G94A 1TCXA 3EM4A 5P5PA 5P10A 4QLHA 5P5KA 4K4RA 1VIKA 3S7MA 2AZCA 4Y3AA 3TTPA 3O9CA 2WEDA 5P4NA 5P79A 2I4QA 2VJ9A 5P7XA 4OBDA 1IZDA 1LS5A 4Q1YA 4B05A 4CPRA 1M0BA 3WZ7A 1G6LA 2ZDZA 1IZHA 4Y3ZA 2P3AA 4F73A 5P75A 4J1EA 4ER4E 3O9GA 5P7GA 4L7GA 2VS2A 2HPFA 4Y47A 4GJ6A 3LIYA 5HE7A 3NU9A 5P5RA 3Q70A 1QBRA 3HBOA 1FG6C 4ZSPA 1D4HA 1HSIA 1FMUA 3PB5A 2QP8A 2B7FA 1MT9A 1F34A 4Y3QA 3ZKSA 2VIYA 2R3TA 5P8AA 2PWRA 5P17A 3PI0A 2UY0A 5ENKA 5KR8A 4EJLA 4QGIA 3NWXA 1HOSA 3BHEA 4YDFA 2V11C 1XE5A 4RRSA 5P58A 4EQ0A 5P1BA 4TVGA 3TPPA 3VSWA 5P5WA 3O9LB 3QBFA 5P3PA 1FB7A 2QMDA 1PROA 3UQUA 3LHGA 1HXBA 1IVQA 3L38A 5P72A 4FM8A 3IN4A 1YT9A 3NR6A 3LPKA 3OUCA 5P8OA 3AUPA 5P5XA 1OEWA 5HDVA 2V16C 5I3YA 5OYUA 5I3XA 3DM6A 3ZLQA 3LIXA 5OYWA 2APRA 2I4UA 2B42A 4HE9A 3I8WA 1YX9A 5OZ2A 3OU4A 2Q15A 2HS1A 2NNKA 3BVAA 3OHHA 5P3YA 5COPA 4NPUA 1A8GA 1C6ZA 3SO9A 3ZMGA 3UDRA 2QHYA 5P5AA 2HS2A 4R93A 3OUDB 4APEA 4RCEA 1TZSA 5P8LA 3UQRA 1HVJA 4RLDA 5P3LA 1B6JA 2O4PA 1W5VA 5OZTA 4Y3TA 3UPJA 3H5BA 1EBZA 3MXDA 3O9IA 5P3IA 2QI1A 3PBZA 5P8RA 3KMYA 2P4JA 3ER3E 5P14A 3HVGA 3VUCA 2CEMA 3TKWA 3KYRA 5P83A 4DVFA 4QJ8A 4HEGA 4MC9A 5HE4A 2QMPA 5OZ5A 3TKGA 5P8SA 4Y54A 4KE1A 4EXGA 2ZHUA 3ZKNA 2I1AA 3OU3A 3EKVA 2AOGA 2WEAA 4ZSQA 2IKOA 5P78A 1FKNA 5DR8A 5P87A 5P8BA 5P1CA 5HU1A 4Y3DA 4CMSA 3PLDA 2IDWA 5P0FA 5P2IA 5P3BA 5P68A 4DQEA 5JODA 3SFCA 5HDUA 5P0GA 7UPJA 2ZYEA 4A4QA 1K6PA 2VIJA 2JJJA 3AIDA 4EJKA 1G0VA 2B60A 1LYBA 2O4KA 4Y4DA 5P04A 1T6EX 2J9KA 3NUOA 5P7FA 1GNNA 2HB4A 5P6LA 2F80A 1AZ5A 2F3EA 4EPJA 4RVXA 5P4EA 6UPJA 1MUIA 1WBKA 5P2AA 5P0JA 3KF0A 5P4CA 5P36A 5OZWA 4DI2A 3INFA 5P4JA 1QRPE 5P2SA 2Q63A 4I0IA 3UTLA 2AODA 3K5DA 4Y45A 5P5QA 5P0RA 4Y56A 3U7SA 3OY4A 1YG9A 4QJ9A 2QI7A 1ER8E 4GMIA 5P27A 5P64A 3EKYA 1EBKC 4NJSA 1APVE 4H3JA 5P7SA 3NDUA 5T4SA 2AOHA 1FQ7A 4GJ8A 5P2NA 4KB9A 2P8HA 3S43A 1GNOA 1HSGA 2FDEA 5P8MA 5P16A 4N00A 2AOCA 5OZLA 1MRXA 5P0QA 2O4LA 1GVXA 1TSUA 3DCKA 3OU4B 1MTRA 1MPPA 3OXWA 3GGAA 3QS1A 3CICA 2Q11A 4PPHA 4XX4A 2AZ9A 4AA9A 3FV3A 3EKXA 5P5YA 2NPHA 3OK9A 1FGCC 4TRZA 3ST5A 4CPWA 3CIDA 1QDMA 4HDPA 3TPJA 1UH7A 4GJ5A 1NPVA 1BWAA 4RRNA 3RSVA 5KQFA 3DOXA 2QI3A 2ZHVA 4EQJA 3B80A 5DR1A 5P4IA 3QN8A 4WY1A 5DR4A 2WF1A 4FRKA 5P3CA 4L7JA 1PPLE 5DQ1A 3D1XA 5P01A 4PEPA 3FNSA 3UFLA 3PEPA 5P12A 1NSOA 2RSPA 5P1AA 5P8IA 4L1AA 4GJ7A 3EKPA 3KDDA 1KJGA 3R4BA 3GGXA 4QJ2A 5P11A 5P7QA 2JE4A 3MSLA 2I4DA 5P5FA 2HB2A 4ZPGA 2VA5A 5AGZA 2ZGAA 1C6XA 2FGUA 5B18A 1ZPAA 1D4JA 1KJ7A 5OZ4A 1K6TA 2ER0E 5AHAA 5P2XA 4YA8A 3LIQA 4B0QA 4CPUA 1BV9A 4WY6A 2PSGA 5P69A 5P7UA 5P2WA 3NU4A 4EP2A 5P15A 4B1EA 1G2KA 1SDTA 2WF2A 4GJAA 4F75A 3VF5A 2PK6A 3VF7A 1HVHA 5P5ZA 2OHSA 5P0NA 1NPAA 5P2LA 4U7QA 5P30A 4FL8A 3VYEA 1QS8A 2AZ8A 2F3KA 3BUHA 2F81A 3QRSA 3SM2A 5P2RA 5P7LA 3TH9A 3CIBA 3CKPA 2JYSA 4DPFA 2G1RA 4FGXA 5P3OA 5P05A 1CZIE 2V10C 4K4QA 5P3AA 5P73A 5P7JA 1HTRB 5P6TA 5OZGA 5P6OA 5P6CA 1AJXA 1FFIC 2H6TA 3NLSA 3S43B 4Y3YA 5P6JA 3S56A 1HPOA 2R3WA 1IZEA 1T7JA 5P5VA 3UCBA 5HDZA 5P0CA 4Y57A 4BELA 1MEUA 4J1KA 3ZKGA 5P4BA 5P0YA 3HAWA 4APRE 5PEPA 4J17A 5OZQA 4DQBA 5P7OA 1SH9A 5P4RA 2G1SA 3SKFA 1T6GA 2SAMA 5P18A 5P4OA 3INDA 5KOSA 3KT5A 3NXNA 5P6XA 4OBKA 3LNKA 3L58A 5P3RA 2UXZA 4Y39A 5EZXA 4RROA 1TCWA 4OBJA 3O9LA 1GKTA 4Y5MA 5P7BA 5P02A 4OD9A 5P49A 5P61A 4ER1E 4I0JA 3KA2A 1HVRA 1YM2A 1LZQA 2BPYA 3VCMA 3OOZA 5P4YA 1AXAA 2QI5A 5KR0A 3OTYA 2PQZA 3EBZA 5OZKA 4CPSA 4JPCA 1LF4A 5P7ZA 4L1AB 3EKQA 3GI5A 3HAUA 1E82E 3VSXA 1DIFA 5IVQA 1HIIA 3OU1B 4XKXA 4EP3A 4Y3XA 2OHUA 3LPIA 3LINA 3FKTA 5P37A 3PSYA 4ZEAA 1HEGE 5P1JA 1FLHA 1NPWA 4I11A 2B7ZA 5P6EA 5P4XA 2HAHA 3IVIA 4Y3RA 5OZUA 5P2DA 1YM4A 2A1EA 5BS4A 4XX3A 1HPSA 5CLMA 4YCKA 3PMYA 5IVTA 4LAPA 2V12C 4EXHA 5P7KA 3VV7A 5P00A 4TRYA 3PJ6A 2QZLA 4Y4JA 3OXXA 2A4FA 5TOLA 5P4WA 3OXVA 5SY3A 1T7IA 4LXMA 5P6DA 3HDKA 5P7DA 5P6RA 4Y3MA 5P1VA 3SM1A 1HTEA 4DJYA 1DAZC 5P52A 4X2LA 1ODYA 4L7HA 1HTFA 2OHQA 1LF2A 1XN3A 5P71A 5P1SA 4Y50A 1T3RA 3EM6A 4DJPA 3IXJA 4B00A 3K4VC 5P2JA 3QVCA 3I7EA 5P6FA 1GVWA 5P8NA 5P4LA 5UPJA 2AVVA 3EL1A 5P6IA 5BRYA 3SA8A 2ER9E 3R0WA 1EPME 3D91A 3K4VA 1K2BA 2RKGA 3SA7A 2G24A 5P38A 2NR6A 5P4PA 4R92A 4YDGA 5P0BA 5P7RA 2ER7E 5P60A 2FDPA 4Y44A 2OHNA 5P5DA 1KJ4A 5P41A 5P4DA 5OZSA 4J5JA 1HVCA 5P2FA 5P70A 5OZ8A 5P1GA 1EEDP 1GVUA 1TQFA 1FFFC 3UDQA 4Y5KA 3R0YA 4Z4XA 1HPXA 3UQWA 1UH8A 2F8GA 5P4MA 5SZ9A 4XXSA 3BXSA 3QAAA 2QZXA 4JPEA 5JFPA 1HVSA 3GI4A 4OD9B 2PYMA 2G27A 5P4QA 5P8DA 5P7CA 2RMPA 5P2VA 3VFAA 5P4ZA 2JJIA 5P3HA 3Q4BA 2Z4OA 5P7EA 1HBVA 2P83A 1N49A 3OAGA 3ZKIA 5SY2A 3L59A 5DPZA 3D1ZA 5OZFA 4JOOA 4PZXA 3IN3A 5P0SA 3S7LA 1D4YA 3NDTA 1ODXA 3FNUA 5P3NA 3CKRA 5P0XA 1ZP8A 5P82A 4K8SA 3K5FA 2BB9A 3S8IA 2WHHA 4Y35A 3SKGA 3T7XA 2AVSA 2QI6A 5OZ7A 3OQAA 1A8KA 4DJWA 1BV7A 4U7VA 1IVPA 1TW7A 3VV8A 1BDLA 2QHZA 3ZOVA 3LIZA 5P0VA 3GGUA 3VV6A 5OZZA 5P46A 5P6WA 5OYTA 4A6CA 1ODWA 1ZTZA 4GB2A 3VYDA 6FIVA 3PVKA 5P8EA 5DGUA 3UDPA 4D89A 1F7AA 3VG1A 3R2FA 3NUJA 4FAEA 3APRE 4Y3NA 2AVOA 1HXWA 4IVSA 5FIVA 4YD6A 2I0DA 1QBSA 5P8KA 3FNTA 4M8XA 4OBZA 1HVKA 1D4LA 1GNMA 5P0TA 3MWSA 1EC2A 4CPQA 4RYGA 1E81E 3TLHA 5P56A 3RTMA 3Q5HA 4Y3PA 5P6PA 2P3DA 3VYFA 3O99A 4ACUA 3ZL7A 5P09A 3QBHA 2QK5A 1Z8CA 2FNTA 4R8YA 3QP0A 5P55A 5P1UA 1MSMA 1B6MA 5P35A 1RV7A 5P6SA 1ZLFA 5P5HA 3RTNA 4Y43A 5DQCA 1GVVA 3EKTA 2G20A 1GVTA 5P6QA 4GZFA 4Z22A 5P2HA 2QD8A 1DPJA 5P06A 5OYVA 3R1GB 5P66A 4NJTA 5JG1A 3VFBA 1PSOE 3RVIA 5I3WA 4JP9A 3FSMA 5P1FA 5AH6A 4Y4AA 1BVGA 3UQPA 5P44A 5HU0A 3S2OA 4FS4A 4Y3WA 1RL8A 2R5PA 5OZ3A 1MIQA 5P39A 3HW1A 1WKRA 4Z50A 4J1IA 2BQVA 1CMSA 1LF3A 1XN2A 2FXDA 3LZSA 4DJRA 4YD3A 3OTSA 4FRJA 7HVPA 3WB4A 5OZ9A 2P3BA 3URJA 2JXRA 5C9DA 3TOHA 3M9FA 1BWBA 2PWCA 5P6MA 1MRWA 3TNEA 3ZKQA 3I2LA 5P3VA 4DQFA 3CKTA 4H3IA 2WJOA 2I4VA 1EPRE 4YCYA 3OAGB 1OEXA 5P3GA 1FF0C 3HVPA 2ANLA 4S1GA 4FSEA 5P3XA 2AOIA 5OZXA 1FQ5A 2CENA 1K6CA 3OOTA 1PPME 4NKKA 4LL3A 3LIVA 4K9HA 2OHKA 5DR0A 5P1KA 1EBWA 2Q5KA 2BPWA 4DQHA 5OZ6A 3TOFA 5KQZA 3EL0A 1KJFA 5P1ZA 1XL5A 2AOJA 2PC0A 3O9AA 5P6HA 4GJCA 4QJ6A 5OZAA 5P2TA 1XDHA 3QRVA 3L3AA 3VLAA 1W6HA 1FG8C 3UDJA 2AVQA 3LZVA 4J54A 3EKWA 4Y3GA 1D4SA 5P2BA 4ZSRA 1A94A 4OBGA 2BKTA 4Q1NA 4Y4UA 3S53A 3D1YA 1MTBA 2AOFA 3BRAA 2WEZA 5J25A 2WKZA 2VA7A 4HVPA 1W5WA 1SP5A 3G70A 4B1CA 3VLBA 1EC1A 1E5OE 4Y48A 5P1HA 4H3FA 2O4SA 4DH6A 4J0YA 5P6AA 1W5XA 1SBGA 2OF0A 3IAWA 5P2KA 4KE0A 5P2QA 1W5YA 5P8HA 5P3JA 3OU1A 2BJUA 4OBZB 4EYRA 1IDAA 2FLEA 5OYSA 5P4KA 1MSNA 3PCZA 4OBHA 4GYEA 4OBFA 5F00A 2G69A 2NMYA 5HD0A 1QBTA 1CPIA 2R9BA 3EM3A 5AHBA 5P4UA 4OC6A 1EBYA 4H1EA 3K5GA 3WZ8A 5KR1A 4FRSA 5COOA 5P0AA 1ZPKA 2QNQA 2Q55A 2FS4A 4I8ZA 2V0ZC 3OQDA 5P63A 2RENA 1Z1HA 3D20A 4YD7A 3WSJA 1M4HA 5OZNA 4NPTA 3O9FA 5P76A 4U8WA 1HVLA 5P0WA 5P86A 2ZJKA 5P81A 3OUBA 3OQ7A 3SA5A 2NMZA 5OYRA 2BKSA 2FDDA 4LXKA 1ENTE 5P6KA 3UDYA 3T7QA 4ACXA 4D88A 1UH9A 2G22A 3RTHA 1EAGA 1DP5A 1HIVA 5P8GA 4HDFA 4GIDA 2FNSA 1BILA 2BBBA 3UQXA 3IXOA 2P3BB 2XFKA 2ER6E 3BUGA 1HHPA 4KUPA 4AMTA 4Y3LA 2RKFA 2QU3A 1DW6C 5I3VA 2IKUA 4IVTA 4M8YA 3NU6A 4HLAA 4ZSMA 1MT7A 3GI0A 5I70A 5P1DA 3ZPUA 1MERA 2FXEA 4NJUA 2BPZA 4I0GA 4JECA 4HZTA 1ZBGA 3UDHA 4Y4XA 1XL2A 5P7IA 4Y3JA 3HZCA 1G35A 5P1QA 1HIHA 1OD1A 4Y4BA 1TSQA 5P8FA 1QBUA 3QRMA 3SLZA 2NXMA 4I10A 2OHPA 5OZPA 1MESA 3JW2A 4YOAA 5OYXA 2O40A 1EPLE 2WEBA 4Y5BA 5IVRA 2Q64A 5P51A 4DV9A 4EJDA 8HVPA 3QIHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5C A;  4ZLS A;  5HE5 A;  1PSA A;  1W6I A;  5P2M A;  4ER2 E;  2HIZ A;  1J71 A;  1KJH A;  3PWR A;  5P88 A;  2G94 A;  1TCX A;  3EM4 A;  5P5P A;  5P10 A;  4QLH A;  5P5K A;  4K4R A;  1VIK A;  3S7M A;  2AZC A;  4Y3A A;  3TTP A;  3O9C A;  2WED A;  5P4N A;  5P79 A;  2I4Q A;  2VJ9 A;  5P7X A;  4OBD A;  1IZD A;  1LS5 A;  4Q1Y A;  4B05 A;  4CPR A;  1M0B A;  3WZ7 A;  1G6L A;  2ZDZ A;  1IZH A;  4Y3Z A;  2P3A A;  4F73 A;  5P75 A;  4J1E A;  4ER4 E;  3O9G A;  5P7G A;  4L7G A;  2VS2 A;  2HPF A;  4Y47 A;  4GJ6 A;  3LIY A;  5HE7 A;  3NU9 A;  5P5R A;  3Q70 A;  1QBR A;  3HBO A;  1FG6 C;  4ZSP A;  1D4H A;  1HSI A;  1FMU A;  3PB5 A;  2QP8 A;  2B7F A;  1MT9 A;  1F34 A;  4Y3Q A;  3ZKS A;  2VIY A;  2R3T A;  5P8A A;  2PWR A;  5P17 A;  3PI0 A;  2UY0 A;  5ENK A;  5KR8 A;  4EJL A;  4QGI A;  3NWX A;  1HOS A;  3BHE A;  4YDF A;  2V11 C;  1XE5 A;  4RRS A;  5P58 A;  4EQ0 A;  5P1B A;  4TVG A;  3TPP A;  3VSW A;  5P5W A;  3O9L B;  3QBF A;  5P3P A;  1FB7 A;  2QMD A;  1PRO A;  3UQU A;  3LHG A;  1HXB A;  1IVQ A;  3L38 A;  5P72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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