5P1RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 110
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1rA01
1ZP8A 4BEKA 5OYUA 2SAMA 2AQUA 3RVIA 1HIIA 3PB5A 2VNMA 1MRWA 3LIQA 3VF7A 1B6PA 5P8TA 5EZXA 5HU1A 3PRSA 3OTSA 1HVJA 2FXEA 4J0ZA 1PPME 3PVKA 1BBSA 5P30A 1HOSA 3UDMA 2WEDA 4I10A 8HVPA 2JJIA 3K1WA 2XFIA 5P0RA 4H3GA 5P82A 2ZJMA 4QJ7A 2BJUA 3PI5A 2I4WA 1FG6C 4Y3JA 4Y5PA 4OBHA 4A6CA 5DGWA 1LYAB 2PMAA 3BVAA 3KDDA 5HU0A 5P5CA 4K8SA 5DGUA 3NR6A 5P33A 4L7HA 5P0TA 5P7SA 3OQDA 3DM6A 4Y5AA 3UDYA 5SZ9A 5P02A 4XX3A 2B7ZA 4LXAA 4R5NA 1D4YA 2AZBA 2ER6E 2FS4A 5OZAA 5JFUA 4ZPFA 1ZBGA 4L1AB 2HC0A 3EKPA 3OGQA 4DQHA 1QS8A 4TRWA 5DR3A 4F75A 4YHQA 1MVPA 5P2WA 3S2OA 3ZPSA 2AVVA 4DQCA 5P3OA 4Y6MA 3ZPUA 5I3YA 4FRSA 2IS0A 4Y53A 4Y5CA 3FIVA 5P09A 5FIVA 3K5DA 3OADB 4WY6A 4APRE 4H3FA 1NPWA 4OBZA 2QHYA 2JYSA 2I1AA 3OOZA 4Y3LA 3LZSA 3ER3E 3ZKMA 2G20A 3Q6YA 5P85A 5P7JA 2XFJA 2QK5A 5IVSA 1HSIA 4DJYA 4Y3QA 5P5MA 5P31A 3VUCA 4LBTA 1SP5A 5P0NA 1MTBA 5P3CA 3DJKA 2O4SA 5P6UA 4B72A 4QJAA 3RSXA 5OYRA 5P4OA 5DQ2A 5P3BA 5P3IA 3NDUA 4H3JA 3TNEA 2HAHA 3T7QA 3EKVA 3PWMA 4K4QA 3VLAA 2F8GA 5P68A 3T11A 3T7XA 3GGAA 5P2JA 1BAIA 2VIEA 1OD1A 2A4FA 5OYVA 4YD7A 2V12C 2ER9E 3UDRA 2RENA 3DV1A 3CKRA 4ZPEA 1MT9A 3BUGA 1HPVA 1D4SA 5P8JA 5P5ZA 4LHHA 2QU3A 4Y48A 1LV1A 3LITA 4ZSRA 5OYSA 3TLHA 4Y3SA 1EAGA 2MIPA 1WBMA 1YTHA 3UFLA 3KMXA 1IVPA 5P47A 2ZJIA 3EMYA 1G2KA 3DCRA 5P6GA 1KJGA 1MT7A 5P05A 1FQ6A 1QBRA 4YCYA 3QIHA 5P13A 1BXQA 2VIYA 5AHBA 2CEJA 3LPIA 3QRVA 3NUOA 5P62A 1W50A 5P26A 4B1EA 3SAAA 3OGPA 1XE6A 4GYEA 2QI5A 3MSJA 5P2GA 1BDLA 2G24A 3Q5HA 4Y35A 3KFNA 5P5VA 4RRNA 3UDKA 2G1SA 5P3ZA 2FDDA 1HPXA 2XYEA 3HW1A 5P2OA 4HLAA 3ECGA 4XKXA 3EL1A 3L59A 3LIXA 2B7FA 5P1KA 5P5LA 5P8BA 4Y37A 3H0BA 4RROA 1FQXA 3T3CA 5P63A 4IVSA 3LZUA 2AZCA 2IRZA 5P4CA 1W51A 3EL4A 5P6LA 4Y41A 3OU4B 5KQXA 2QZKA 1HVKA 1XE5A 4X2LA 5P1JA 5CLMA 1HWRA 2OHTA 2VNNA 3SM2A 5P4VA 1ZLFA 3JW2A 4FM6A 5J25A 4OBKA 2WF2A 5P0VA 3T7PA 1LZQA 4GJ8A 1E5OE 3LHGA 2VA7A 5P61A 5ISKA 1AVFA 1EBWA 1UPJA 4I0IA 4KE1A 5P70A 4CKUA 4APEA 2G22A 5P66A 5OZJA 4DJXA 1OEWA 2PH8A 5P1SA 5P79A 1BWBA 2R43A 5P8GA 1SDVA 2XFKA 5P55A 4Y4XA 3K4VC 5P43A 1FMXA 4J0TA 5HE5A 2B60A 5E5JA 2R5PA 2ZHTA 2QI1A 1UH9A 3VEUA 1BIMA 5P0JA 2BPXA 2ZHVA 4WTUA 3IXJA 2QNQA 3ZL7A 1LF3A 4ZSQA 3CYWA 4DQFA 2F80A 5OYWA 1ZSRA 4HZTA 5P8SA 4BFBA 4RVXA 3QVCA 3OXXA 3FSMA 1LEEA 2I4QA 3QP0A 4R92A 5P1UA 4LXKA 5COOA 4DJVA 4LP9A 3NDWA 2QMFA 1OEXA 4CPWA 3IVIA 3IN4A 5OZIA 4DV9A 5P6OA 1QDMA 4M8YA 5OZTA 2PYMA 4YCTA 3EKXA 3L5BA 3IN3A 1LYWA 3BRAA 3GI4A 3WB4A 1NPAA 5P7VA 4NJVA 5OZWA 3MXDA 1A8GA 3LZYA 1FIVA 5P8QA 2WECA 3TKWA 5P4NA 1UH7A 2P3CA 3NLSA 5KQFA 1PSNA 1HTEA 2APRA 3NDTA 3RTMA 4Q1XA 2OAHA 5HVPA 4Y3PA 1QRPE 3OUAA 4RCEA 5IVRA 3O9GA 4GJAA 5ENKA 2P83A 2BPZA 2G1RA 2G26A 3I7EA 5P5EA 4J1IA 3PHVA 5P6HA 2BB9A 5P6SA 2BPYA 1GVUA 5P38A 2IL2A 1ODYA 3BC4A 1K2CA 3O9CA 2QI4A 3OWNA 4ACXA 3I6OA 2J9JA 4RCFA 1XN3A 2ZE1A 3SABA 4RRSA 4Y3XA 3GGVA 5P14A 3FKTA 1D4LA 2VA5A 2QCIA 5P28A 3SQFA 4DJPA 3NWQA 2RKGA 2IQGA 1NPVA 2R9BA 4RYCA 1K2BA 1EPNE 5AHCA 1HVHA 5P2QA 5P69A 1FMUA 5P6JA 4TRYA 3SA8A 4A6BA 3EL5A 2I4UA 3VSXA 2G21A 2QD7A 5P34A 3DOXA 5P6IA 1FB7A 3CIDA 1B6LA 2QMPA 3UQWA 2QU2A 1HTGA 3PBZA 2VJ7A 4YOAA 2WKZA 1CMSA 2HB3A 5HE7A 4EYRA 2HS2A 4K9HA 3OQ7A 5P8HA 5COPA 1PPKE 4EHCA 4Y36A 1SIPA 1XS7D 2R38A 4Y39A 5P1NA 4GJBA 2Q11A 3OU1B 4CPRA 2V16C 2QHZA 2NNPA 3VF5A 5C9FA 1XL5A 4CPUA 5APRE 1BVEA 5P5UA 2OHUA 2AVMA 1GKTA 1HRNA 5HDZA 3ZKQA 3S56A 4YD4A 5P2HA 4D85A 3SACA 5P22A 2Z4OA 5P7IA 1BXOA 5P4MA 1MTRA 3UQXA 3PJ6A 1YM2A 5P5NA 2PK6A 5P1TA 3AIDA 1DPJA 5P5XA 1EEDP 1HSHA 4FL8A 5P7XA 1HTRB 5P0PA 1T3RA 1AAQA 2ZHUA 4D83A 1T7JA 4I0GA 1G6LA 2WJOA 2P4JA 4M8XA 3SA6A 3SA9A 2NXLA 4JPCA 3NU4A 3SA3A 2V00A 4Q1NA 4HE9A 5P2BA 5OZ7A 3NU3A 5P3RA 4XXSA 5P2XA 3QROA 4EXGA 1HIHA 1BVGA 1K1TA 5SXNA 4I0HA 5P7TA 5P56A 5I3WA 4JP9A 2JXRA 2HB2A 3R0YA 3OXVA 3OXWA 5P6XA 4Y3DA 4R91A 4EJDA 3F9QA 3TPPA 1GNMA 5P7YA 4RYGA 3PWRA 5P41A 1BV7A 4WY1A 5P0SA 3UQRA 3KDBA 5P3YA 3VLBA 4GJCA 1ER8E 4HDBA 4OC6A 4FCOA 3JVYA 3K5CA 5P5GA 5OZ8A 4Z2ZA 2QNNA 3UFNA 4AZYA 3INDA 3LZVA 4GB2A 4CP7A 3N3IA 5P0BA 1HVSA 5BWYA 3ST5A 2ZDZA 4DPIA 3EM6A 4U7QA 5P0FA 4OBZB 4B1CA 5P5AA 5I3VA 4S1GA 5P1DA 3RU1A 3QS1A 3EXOA 5P8OA 2O4KA 5P6CA 3L3AA 5C9DA 1K6VA 2WF1A 4JOOA 2I0AA 3OXCA 1YTJA 3VV8A 3H5BA 5P0EA 3S45A 5P4TA 2PYNA 5KOSA 5DR4A 4QJ8A 3KM4A 5OZZA 5P1AA 1ZSFA 2IEOA 5P25A 1T7IA 3ZKNA 3VYDA 5OZDA 3O9DA 2AOGA 5AGZA 2UXZA 1YM4A 1Z8CA 5P7RA 1EPLE 4YD3A 1FKNA 2FIVA 5P1VA 3TPJA 2HB4A 2OF0A 5P75A 1AXAA 1HSGA 4I0ZA 2EWYA 2BBBA 5P3FA 2OHNA 4I0DA 1B5FA 1FQ5A 1W6HA 3QPJA 4Y4EA 1MIQA 1SGZA 2NMZA 5OZRA 3UQPA 4R8YA 5P1MA 3L5FA 3UDPA 5P1RA 3GW5A 4UPJA 2VA6A 5HCTA 4Z4XA 5P2UA 3KA2A 4R95A 3L38A 2I4DA 5P1BA 4YA8A 5P4ZA 5OYQA 3G6ZA 4F76A 1CZIE 3AUPA 4D8CA 5P3AA 4FAFA 2RMPA 3VG1A 3LINA 4MC9A 5OZ3A 5P2MA 1DIFA 5P1XA 5HDVA 4Y4JA 5P0LA 3EM4A 5P1YA 1HPOA 5ENMA 5BS4A 3VFBA 1HBVA 3EKYA 3KFSA 5ER1E 3NU5A 4ZLSA 4I0JA 4D88A 5P78A 1HPSA 5P17A 5P2EA 1SIVA 5P72A 2FDPA 1PFZA 5P6AA 5P4YA 5P8CA 5P7QA 3KFPA 2AOJA 2P8HA 4J1HA 4U7VA 4EXHA 1EC2A 2UPJA 4RZ1A 4YDGA 5P0IA 1MPPA 2PH6A 2QAKA 4J0VA 3DCKA 5P7UA 5P37A 1MT8A 2AOCA 5P4FA 3IVHA 3LIYA 5BRYA 5IVTA 4GJ6A 5OYZA 5P42A 1HVIA 5P4EA 2F3FA 1TSUA 5P5QA 5P1OA 2WEAA 3LIVA 3BXSA 4PZXA 5OZ0A 5P4LA 3EKQA 1B6JA 1RV7A 4EJLA 1LS5A 1G0VA 1MSNA 5P3LA 1RL8A 5HD0A 5P6QA 1PROA 4Y4ZA 3QRMA 5P5RA 5P8LA 5P1IA 5P71A 4Y4TA 5P18A 3L5EA 3VV6A 2ASIA 2PSVA 4PYVA 1IZHA 4Y3MA 1ZTZA 2CENA 5CONA 1APTE 2O4LA 1YTGA 2VIZA 1ODWA 4HA5A 4J1FA 5P0AA 4J1CA 5P67A 2BPWA 3QAAA 5P7WA 3KN0A 1HVLA 4GJDA 4ZE6A 5OZXA 4NPUA 1MUIA 1T6GA 1GVXA 3APPA 1F34A 4Y43A 4EJ8A 4Y4DA 5COKA 3FX5A 1D4HA 3PSUA 5IVQA 5P1HA 5P7KA 3BVBA 5P8VA 5P3SA 3OY4A 4KUPA 3U6AA 3TL9A 1E81E 1PSAA 1LYWB 2ZJLA 5P3UA 2AZ8A 4D89A 5P40A 4DJRA 3LPKA 3PGIA 4TVHA 5DPZA 1W5YA 5AH6A 3GGXA 4Y4WA 5OZQA 3QN8A 4YBIA 2BKTA 5P0OA 3HLOA 5P4JA 1EPPE 1FFFC 1C6YA 1FG8C 4XX4A 5P1ZA 4JECA 5P6EA 5P89A 5P77A 5P46A 4PEPA 4F73A 5P5BA 1E80E 1GNOA 2PQZA 5E5KA 3NWXA 5P03A 3A2OA 2P3AA 3VCMA 5P6TA 1EPME 2F3KA 5OZHA 5P39A 2AIDA 2IGXA 3VF3A 1MSMA 4EQJA 2J9JB 5P2IA 3MWSA 5P2DA 2NXDA 5P87A 3GGUA 2NNKA 3QRSA 3NXEA 6FIVA 2AODA 1B11A 5OYYA 3PBDA 1M0BA 5P6PA 5P7MA 2Z54A 4Z22A 4YE3A 5P3KA 5P5HA 5P0MA 4B77A 3O9FA 3CIBA 4Z50A 3Q4BA 1M4HA 1EC1A 4FSLA 3I2LA 4BELA 3NU6A 5P65A 1T7KA 4FRJA 5AHAA 3M9FA 5P2FA 2WF4A 1ZPAA 3ZKIA 5OZPA 3O9AA 3R0WA 1KJHA 1A8KA 5P0CA 3EM3A 4I1CA 2VJ6A 3Q3TA 1IIQA 2B42A 5P32A 1YTIA 2IKUA 3EBZA 4HDPA 5P1FA 4Y45A 5P1WA 5T4SA 3ZLQA 5P20A 1N49A 3TH9A 4L7JA 5P7HA 3OUDA 4E43A 1A9MA 5P29A 1SGUA 1ME6A 1CPIA 3GI0A 1FLHA 3U71A 3U7SA 4HEGA 5P45A 2ER7E 5OZ4A 4DQEA 2AOFA 1W5VA 1K6PA 5P8PA 3CICA 1FF0C 5P4SA 2NTRA 5OZLA 4KE0A 3SLZA 5P5YA 3GI6A 4FRKA 2PSUA 3OUCA 4Y5EA 4DFGA 5P0YA 3FNTA 5F00A 2Q63A 4YBFA 4OD9A 4OBFA 1EC0A 5P57A 3VYEA 2HS1A 4GJ9A 5P4AA 3SA7A 3QVIA 4RVJA 3D91A 4IVTA 4NKKA 5P2TA 5OZYA 5P7EA 1NH0A 3NUJA 3INFA 4LAPA 2QHCA 3FNUA 4GIDA 4LL3A 3O9IA 5P4HA 3SA4A 5P3PA 4YD5A 1HHPA 2Q54A 4DJOA 3IGBA 3ER5E 5P7OA 2RKFA 3K5FA 3FV3A 3O9LA 2IENA 5DQ4A 5P1QA 5P12A 2AVSA 1BDRA 3UDJA 5SY3A 4DJQA 5P7GA 2O4NA 5OZ1A 1DMPA 1MRXA 5P2SA 4CPSA 3FNSA 4EPJA 4OC6B 5DQCA 1BWAA 2QI3A 5P2LA 1FFIC 3JVWA 2QP8A 2OHQA 1ODXA 5P8AA 7HVPA 3PI0A 5P74A 5P44A 2VIJA 2FGVA 2FXDA 3HZCA 5OZGA 4BFDA 4FE6A 3SFCA 1PPLE 1APVE 5DR0A 2QMGA 2WF3A 4AA8A 3KT5A 2O4PA 3S43A 1EBYA 4B1DA 3OK9A 3OHHA 4Q1WA 3IA9A 1PSOE 4PHVA 3S7LA 1JLDA 4GJ5A 4I11A 3NU9A 3OQAA 3ZKSA 5P5WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZP8 A;  4BEK A;  5OYU A;  2SAM A;  2AQU A;  3RVI A;  1HII A;  3PB5 A;  2VNM A;  1MRW A;  3LIQ A;  3VF7 A;  1B6P A;  5P8T A;  5EZX A;  5HU1 A;  3PRS A;  3OTS A;  1HVJ A;  2FXE A;  4J0Z A;  1PPM E;  3PVK A;  1BBS A;  5P30 A;  1HOS A;  3UDM A;  2WED A;  4I10 A;  8HVP A;  2JJI A;  3K1W A;  2XFI A;  5P0R A;  4H3G A;  5P82 A;  2ZJM A;  4QJ7 A;  2BJU A;  3PI5 A;  2I4W A;  1FG6 C;  4Y3J A;  4Y5P A;  4OBH A;  4A6C A;  5DGW A;  1LYA B;  2PMA A;  3BVA A;  3KDD A;  5HU0 A;  5P5C A;  4K8S A;  5DGU A;  3NR6 A;  5P33 A;  4L7H A;  5P0T A;  5P7S A;  3OQD A;  3DM6 A;  4Y5A A;  3UDY A;  5SZ9 A;  5P02 A;  4XX3 A;  2B7Z A;  4LXA A;  4R5N A;  1D4Y A;  2AZB A;  2ER6 E;  2FS4 A;  5OZA A;  5JFU A;  4ZPF A;  1ZBG A;  4L1A B;  2HC0 A;  3EKP A;  3OGQ A;  4DQH A;  1QS8 A;  4TRW A;  5DR3 A;  4F75 A;  4YHQ A;  1MVP A;  5P2W A;  3S2O A;  3ZPS A;  2AVV A;  4DQC A;  5P3O A;  4Y6M A;  3ZPU A;  5I3Y A;  4FRS A;  2IS0 A;  4Y53 A;  4Y5C A;  3FIV A;  5P09 A;  5FIV A;  3K5D A;  3OAD B;  4WY6 A;  4APR E;  4H3F A;  1NPW A;  4OBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HCO A;  4EQ0 A;  5JOD A;  4ER2 E;  3IXK A;  2UY0 A;  5OZO A;  5P4R A;  5P7F A;  1KZK A;  1YX9 A;  4B78 A;  2PWR A;  5KR1 A;  3I25 A;  3PEP A;  5P2C A;  2ZJH A;  4Y3E A;  2WF0 A;  3NYG A;  5OZN A;  3RSV A;  3DK1 A;  5P4W A;  5P3E A;  4QJ2 A;  3TTP A;  7UPJ A;  2IKO A;  5P8M A;  1IDA A;  4Y3H A;  5P53 A;  2PK5 A;  6APR E;  3CMS A;  3PCW A;  1FQ8 A;  2OHR A;  2Q55 A;  3TOH A;  3UHL A;  5P81 A;  2V13 A;  3SA5 A;  4NJS A;  2HPF A;  5P5K A;  5P0X A;  2HPE A;  1K1U A;  5P3T A;  3S43 B;  5P35 A;  5OZ9 A;  1B6M A;  4JPE A;  4Y56 A;  2BKS A;  2OHL A;  1AZ5 A;  4FIV A;  4Q5M A;  4U8W A;  1TSQ A;  3CKT A;  1SMR A;  1ZAP A;  4Y58 A;  3UDH A;  1DAZ C;  4B0Q A;  1EPR E;  5P6Y A;  5HDU A;  2R8N A;  4X7I A;  2QNP A;  4OBJ A;  2VKM A;  3VV7 A;  3PCZ A;  4CPX A;  4B05 A;  4J0Y A;  2A1E A;  1RNE A;  3TKG A;  3LIZ A;  4Y57 A;  2P3B B;  1W5W A;  3WZ7 A;  4ZEA A;  5P27 A;  3VSW A;  1UH8 A;  5AH7 A;  5ISJ A;  4I12 A;  4DVF A;  4COE A;  4Y4G A;  2FNT A;  2WEZ A;  4YCK A;  1EC3 A;  1RPI A;  4ER4 E;  2NR6 A;  4Q1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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