5P1SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 111
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1sA01
2IKOA 2HB2A 4I0IA 5OZUA 5P4RA 5P5ZA 4Y3TA 5P2JA 3ZKNA 3BUGA 3UHLA 4AUCA 4DJXA 1SDUA 5P6RA 1VIKA 1FGCC 4COEA 1HTRB 3INEA 2QMDA 5P88A 5P1SA 3QROA 3PWRA 3RU1A 3I25A 5P7ZA 3PMYA 3OQFA 4FGXA 3CMSA 4Y3QA 1E81E 4FS4A 4I0DA 4CPQA 1AZ5A 4Y5BA 4GJBA 1XDHA 5P2NA 5P1QA 5OZOA 2FMBA 3K5FA 2A4FA 4Y3HA 5P4EA 5HDUA 2HAHA 4N00A 5P02A 3IXKA 5EZZA 4Y43A 5IE1A 5P6EA 4PYVA 3GI6A 2HB3A 3UDJA 2FNSA 3LHGA 2QZWA 5P4JA 4TRZA 5P64A 5HDXA 4EHCA 3NYGA 3PHVA 5P19A 5P6IA 5P8OA 4Y4AA 5P16A 4OBFA 2RENA 4JP9A 1LYWB 4I0HA 2B7ZA 4FM6A 2AOCA 4I1CA 1ZPKA 3FIVA 1TCWA 5P32A 4Y39A 5P2FA 4HEGA 1A94A 1LYWA 4B70A 1GVWA 4GJCA 2B8VA 5P66A 5P7KA 5P62A 1APWE 3D1YA 5P7VA 5COOA 3PCWA 3TOFA 3TPLA 1B11A 2WF3A 1YTHA 4QJ8A 3EKWA 1HVKA 1XE5A 4EP3A 5JG1A 1FEJC 4XXSA 2OHUA 5P6BA 3K5DA 3R0YA 1D4YA 5P2HA 3EKVA 3FNSA 4QGIA 3RSXA 4J1IA 3Q3TA 2OHQA 3SA3A 1HVJA 5P26A 3EM3A 5OZVA 3ZPTA 4ZEAA 1FFFC 4EJLA 3IVHA 3DK1A 4CP7A 2HB4A 5DPZA 3CIBA 5OZ8A 4RGHA 2NXMA 2VIEA 5P4CA 3EXOA 5HVPA 2AOIA 5F00A 5BS4A 4Y36A 5OYSA 5P67A 5DQ2A 3PM4A 5P8KA 3NDWA 5P12A 5P4QA 4TVGA 5P5NA 2NNKA 1T6GA 3EKXA 2O4PA 1GKTA 1K1TA 1SIVA 4F76A 1MSNA 4LC7A 3VLAA 4BFDA 5ISJA 2BPYA 4YHQA 1K2CA 1GNNA 2OHSA 1DP5A 7UPJA 4Y3JA 5P2YA 3UF3A 1G2KA 4Y35A 3UFLA 5P4LA 1HSIA 5OZEA 3EM4A 4CMSA 4GMIA 3D1ZA 2ER0E 3OXCA 3TPJA 5IVSA 4HLAA 4D88A 5P5FA 1FQ7A 4U8WA 2FGVA 5P3LA 5P2WA 4QJ6A 1MT8A 1HSHA 1YX9A 5P5BA 3WB5A 3NDXA 2G20A 5P8BA 2ZE1A 3OGPA 2G1NA 2SAMA 1MESA 2JYSA 4D85A 1MSMA 4GJAA 1T7IA 3HLOA 4YA8A 5E5JA 5P8PA 4GZFA 3QBHA 3OXXA 4Y37A 1D4SA 5P5TA 3D20A 3VF5A 4J1CA 4RVJA 3NR6A 1IVQA 5P60A 5HU0A 1IIQA 3EL9A 4FCOA 3SA9A 5P7WA 3ER5E 2F80A 2G69A 5J25A 5COPA 4AA9A 3OU3A 4RLDA 2V16C 5PEPA 5P25A 5P17A 3QRMA 5P0SA 5P61A 1DW6C 1FQ4A 3PMUA 5BRYA 4S1GA 5OZ7A 5P4KA 2QHYA 3PLLA 1OD1A 4RROA 5P0OA 2AOGA 4J1HA 4FE6A 5IVRA 3M9FA 4FAFA 5P3FA 3URLA 5DQ5A 2ZJHA 5OZBA 4L7HA 2FDDA 5KOQA 3VFAA 2QU3A 2I0AA 4PZWA 4Y4JA 3GI4A 1YTGA 1W5WA 2AVOA 1NPWA 2WHHA 1ZLFA 3NDTA 3TPPA 3PJ6A 2BPVA 5P0TA 2ZHSA 5P2AA 1IDBA 1TCXA 3S85A 5CLMA 2WECA 2PWCA 2Q54A 3BXRA 4DPFA 5P4PA 2I4DA 3TNEA 5BWYA 4Y57A 2OHMA 4H3GA 1PPKE 2BBBA 1FIVA 4D8CA 3QAAA 2R9BA 3QP0A 3VUCA 5SY3A 5I3WA 3R0WA 1XN3A 3SA7A 3IVIA 4B00A 1A8KA 5HTZA 1HRNA 4HZTA 3VFBA 3PSGA 5SXNA 3ER3E 5OZ4A 4EP2A 3OQ7A 3Q5HA 1RL8A 2ZDZA 5P0FA 5P03A 1EPNE 4J1FA 5P3SA 5P2CA 5DR0A 2IENA 4WY1A 4OC6B 9HVPA 4CPTA 4Y3WA 5P5QA 4L1AB 3IN4A 5KR1A 5P3OA 1BILA 4DJUA 3K1WA 3OUCA 5P4SA 5P3RA 3Q6YA 3R4BA 2UXZA 4Z2ZA 4K9HA 4L1AA 5OZ6A 4Z4XA 3L59A 4FSLA 2NR6A 5AH6A 2FXDA 5P1BA 1SMRA 1MPPA 2VA6A 4QLHA 1EEDP 3LIVA 4EJKA 3D1XA 3UQPA 3HVGA 4KUPA 3L5CA 1KJ7A 1BVGA 2V10C 3HDKA 3VV8A 4YD7A 4F75A 3K5CA 4ZSMA 5OZRA 2QD6A 5P85A 3N4LA 5OZ2A 3CICA 4DJQA 2IEOA 3VYFA 4OD9A 1MIQA 5DGUA 1B6MA 4H3JA 2ASIA 1OHRA 1B6LA 5P7IA 2F81A 5P4AA 5SY2A 2ZJLA 1IVPA 1KJ4A 1ODWA 3UDMA 4M8YA 3AIDA 5OZ9A 3OQDA 4ZSQA 5P07A 5OZZA 1AVFA 3LIXA 4Y5GA 1FF0C 3LZUA 3EL5A 3HAWA 4Y5AA 5P4TA 5P1EA 2HIZA 5P0HA 2G24A 4I0FA 3NUOA 3ST5A 1KZKA 4A4QA 4HDFA 1ER8E 4F74A 4R93A 4B72A 5P53A 3CYXA 3KT2A 1HVCA 3NU6A 3INFA 5OZLA 3UCBA 6APRE 4YE3A 4GIDA 5P22A 1YT9A 5P38A 4LHHA 1LYAB 2PYNA 5P8LA 1OEWA 3R2FA 3QRVA 5P6MA 1Z1HA 1SH9A 3UDRA 4Q1WA 1LYAA 3INHA 4AA8A 5P5OA 3GGVA 3LIZA 2NPHA 1HVLA 5P7GA 5P4GA 3KFRA 5OZWA 1C6YA 3VYEA 3L5DA 3NU5A 5CONA 2H6TA 2Q3KA 2AIDA 1NPVA 5P8UA 3LZYA 5P0NA 3S2OA 2JJJA 2OHPA 5P52A 3DV1A 5P6FA 1W5XA 2VA7A 5P3KA 3PB5A 3QRSA 1AJVA 3EBZA 1HIHA 5ISKA 4APEA 2QAKA 2QK5A 1C6XA 4JPCA 2G1RA 5DQCA 5P1FA 1MRXA 2R8NA 3NWQA 2Q15A 5P1OA 1BWBA 2BPXA 5P4XA 2BB9A 5P78A 1BXQA 5P4ZA 1UPJA 5P27A 1XE6A 2P4JA 4R92A 4EJDA 5P7SA 1Z1RA 5KR0A 2NTRA 2B8LA 5P89A 1E80E 1BXOA 1LYBB 4K4QA 1Q9PA 1K6PA 5P43A 4K8SA 4Y3MA 4Y45A 5P3NA 1AM5A 5P1MA 1RV7A 1BV7A 1LYBA 5I3XA 1TZSA 4FRJA 2QI1A 1BDQA 3UQUA 5C9BA 2QU2A 1FLHA 1TW7A 1HVHA 4HDPA 3FNUA 5P4HA 2HPFA 2AOHA 5IVTA 3KFSA 3H0BA 1C6ZA 1WBKA 5DGWA 1LF2A 3ZL7A 2IKUA 2ZJNA 1QBTA 4YD3A 4Y54A 2CEJA 5P2OA 4LBTA 4J0TA 3OAGB 2QP8A 2BJUA 4Y3AA 1LS5A 5P20A 1W50A 4RVXA 3IXJA 4K4RA 5DR7A 1BWAA 5P7YA 3PBDA 3K4VC 1HVRA 4I10A 3EKQA 2OHTA 4I11A 2H6SA 3VSWA 3Q70A 3UQWA 2EWYA 4LXMA 4Q1NA 5AH9A 5P59A 5KR8A 3B7VA 4A6CA 3TPRA 4ZPGA 3ZOVA 3OUAA 4DJOA 1ME6A 2VA5A 2G1YA 3KDDA 4HE9A 4NPTA 3DJKA 4MC6A 1MEUA 1K1UA 1MUIA 4X7IA 5P63A 2B60A 3VCMA 3APRE 2PSUA 4Y4UA 2F3KA 2ZGAA 5P13A 4Y4WA 5P0VA 1SP5A 4EQ0A 5P5XA 1APUE 2QMGA 2R38A 5P7HA 3VSXA 2QZKA 5P8CA 5P7AA 4KB9A 3NXNA 5P6CA 5P35A 4EXHA 3ECGA 3TL9A 5KOSA 4FM8A 4RCDA 3KFNA 1HWRA 3L38A 1HTEA 2Q63A 4U7VA 2CEMA 4DJVA 4Y3EA 3EL1A 3L5FA 3C9XA 5OZKA 5P55A 2R3TA 2QMPA 5P09A 4ZIPA 5P29A 3UDHA 2PWRA 5P7CA 4YD4A 5FIVA 5P18A 3K5GA 2NMYA 5P56A 2AQUA 4XX4A 2G21A 5OZTA 2VJ6A 5P81A 3UDQA 2VKMA 3PRSA 3S7LA 4Y58A 5P1GA 4Y9WA 3JW2A 2AZBA 5HCTA 1PSNA 3JVYA 4YOAA 3TTPA 3O9HA 2QI4A 2Q5KA 4YBIA 1UH7A 5P6YA 4GYEA 4I0JA 4OBDA 5OYRA 5P5RA 4Y5KA 2QNPA 4FAEA 4JOOA 3SAAA 1ENTE 1XS7D 3O99A 3T11A 5P36A 1APVE 4GB2A 2I4UA 1SGZA 5P1YA 5P1IA 3FV3A 4RZ1A 5P3QA 5P6AA 3SA4A 1OEXA 2XFJA 3ZPSA 1TSUA 2FLEA 1FQ6A 3NU9A 3LITA 5P5UA 5P87A 3WZ7A 4YOBA 3QS1A 1J71A 3O9EA 3SA5A 5P6UA 3VV7A 2QI3A 5P7PA 3PI0A 4Y50A 5P8RA 4Z22A 3ZKSA 4EJ8A 4DQGA 4Y47A 5KR2A 5P47A 3LIYA 3WB4A 5AHBA 3PVKA 3BC4A 5JFUA 3DCKA 5E5KA 2PYMA 2APRA 4OBKA 1DIFA 3EL4A 2BKSA 4EQJA 1PSAA 5P1JA 8HVPA 5P3TA 3I6OA 2Z4OA 5P2LA 2P3DA 5P7JA 4FM7A 2V0ZC 4J0VA 3PWWA 5F01A 4NJVA 4E43A 1QBUA 5P5HA 4I12A 4Q1YA 2ZJKA 1IZIA 2VIYA 2NXLA 4GJ6A 1IDAA 5P73A 2QNQA 5P1AA 4ACUA 2ZJIA 1AAQA 5I3VA 3MXDA 1UH8A 5P4MA 4I0ZA 3BUFA 1F7AA 5P5VA 2PH6A 4R91A 4FLGA 1TSQA 1BBSA 1F34A 5DR8A 5HDZA 5P15A 5OZJA 4QJ9A 5P8GA 1AXAA 4MC9A 3LPJA 1HEFE 5P6HA 1M4HA 1PROA 5P41A 5P7DA 2IGXA 3GI0A 1HEGE 4DVFA 5P6SA 4Y56A 4RYCA 1EBYA 3QI1A 3PSUA 5AH8A 5OYYA 2AVSA 4AMTA 3SPKA 4EYRA 3H5BA 5P3PA 4Y4ZA 3ZKIA 1SGUA 5JFPA 5P4DA 3T7XA 5SZ9A 2V13A 2G1OA 2BPWA 3BRAA 3RTHA 4ZPFA 3UTLA 5P3ZA 5P8IA 2JJIA 3VEUA 2XFKA 3UQRA 3S8IA 1T7KA 4KE0A 3S54A 3G70A 4Y5EA 5P6WA 4YCKA 3MXEA 4K4PA 2XYEA 5P3BA 5OZMA 4DV9A 5DQ1A 5P5IA 5P7EA 5P8JA 4HA5A 2WF1A 4J1EA 3O9IA 4DQBA 3N3IA 5P10A 4DQHA 1EC3A 1K6VA 5KQZA 4CPSA 3OUBA 4ZPEA 3O9CA 5P4BA 4TRWA 5P5JA 2I4XA 4YCTA 1EBWA 5I3YA 5P2IA 1MTRA 1D4IA 3PEPA 5P2GA 2JE4A 3BXSA 5P3EA 5HD0A 5P86A 4B1CA 1HVIA 2I1AA 2PQZA 5P2VA 1C70A 6FIVA 3S53A 5P2TA 4X2LA 3GW5A 4DJPA 3DUYA 3KFPA 4YCYA 1FMXA 3INDA 3TKWA 4Y3NA 3BHEA 3LIQA 4QJ2A 2IGYA 3S43B 5OYXA 2P3AA 1QBSA 5AH7A 5P4IA 4PEPA 5P8SA 2A1EA 1BAIA 4J0YA 3T3CA 4Y3YA 1TQFA 1META 3S43A 5P8VA 2VNNA 4ACXA 2G22A 5P6OA 3ZKGA 3BVBA 5P0YA 4ZLSA 5DR1A 4B0QA 5P7MA 3OGQA 2AVQA 5OZCA 2Q11A 2Q55A 4H3FA 5P1HA 5HE4A 5OZDA 3T7PA 1CZIE 4OD9B 4R8YA 5HU1A 4Y5PA 4GJ5A 1ODXA 4DQEA 5HE7A 5OZXA 3MSLA 5P1KA 2J9JB 1AIDA 3CYWA 3NSHA 2VIJA 4DPIA 3NU4A 2FNTA 4J55A 3LNKA 1HIIA 2J9JA 4YDGA 4NJTA 5P1ZA 3UQXA 4RCEA 3IN3A 4DJWA 4ZE6A 5OZ0A 1EPRE 3ZPUA 3DV5A 2WL0A 5P8AA 2P3BA 3OQKA 4H3IA 5P76A 1W6IA 2RSPA 1KJGA 5P11A 5P46A 2WEDA 5P82A 5P6XA 4Y3XA 4L7JA 5P51A 3VLBA 3ZLQA 1BVEA 2V11C 3ZKMA 3NWXA 1IZHA 3SKFA 2WF0A 3O9BA 2BKTA 5P45A 5ENKA 5OZYA 3S7MA 1XL2A 1HTFA 3NLSA 3OOZA 1T7JA 4HVPA 1PPLE 5P8NA 1T6EX 2R3WA 4LXKA 3GGUA 1B6JA 3WZ8A 1B5FB 3MSKA 5OZ1A 4Z50A 2QI0A 2ZJJA 4YD5A 5T4SA 5P83A 1B5FA 3IGBA 3CKTA 2QHCA 3OU1A 2WJOA 3L58A 2O4NA 2ZJMA 5P3XA 4Y48A 5OZPA 2ER9E 5P0IA 4DUSA 5P0LA 4EXGA 5B18A 4Y38A 1QDMA 5OYUA 2I4WA 5P1PA 4Y3FA 3APPA 2BQVA 3KDBA 4Y53A 4JECA 4F73A 4PHVA 5P6PA 7HVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IKO A;  2HB2 A;  4I0I A;  5OZU A;  5P4R A;  5P5Z A;  4Y3T A;  5P2J A;  3ZKN A;  3BUG A;  3UHL A;  4AUC A;  4DJX A;  1SDU A;  5P6R A;  1VIK A;  1FGC C;  4COE A;  1HTR B;  3INE A;  2QMD A;  5P88 A;  5P1S A;  3QRO A;  3PWR A;  3RU1 A;  3I25 A;  5P7Z A;  3PMY A;  3OQF A;  4FGX A;  3CMS A;  4Y3Q A;  1E81 E;  4FS4 A;  4I0D A;  4CPQ A;  1AZ5 A;  4Y5B A;  4GJB A;  1XDH A;  5P2N A;  5P1Q A;  5OZO A;  2FMB A;  3K5F A;  2A4F A;  4Y3H A;  5P4E A;  5HDU A;  2HAH A;  4N00 A;  5P02 A;  3IXK A;  5EZZ A;  4Y43 A;  5IE1 A;  5P6E A;  4PYV A;  3GI6 A;  2HB3 A;  3UDJ A;  2FNS A;  3LHG A;  2QZW A;  5P4J A;  4TRZ A;  5P64 A;  5HDX A;  4EHC A;  3NYG A;  3PHV A;  5P19 A;  5P6I A;  5P8O A;  4Y4A A;  5P16 A;  4OBF A;  2REN A;  4JP9 A;  1LYW B;  4I0H A;  2B7Z A;  4FM6 A;  2AOC A;  4I1C A;  1ZPK A;  3FIV A;  1TCW A;  5P32 A;  4Y39 A;  5P2F A;  4HEG A;  1A94 A;  1LYW A;  4B70 A;  1GVW A;  4GJC A;  2B8V A;  5P66 A;  5P7K A;  5P62 A;  1APW E;  3D1Y A;  5P7V A;  5COO A;  3PCW A;  3TOF A;  3TPL A;  1B11 A;  2WF3 A;  1YTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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