5P1WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 115
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1wA01
5P80A 5P2ZA 2WEZA 2G22A 4YD7A 1CPIA 5P2RA 5P6ZA 4DPIA 5P5QA 1LV1A 3OTSA 3OXXA 1ODXA 3I7EA 3S8IA 2B8LA 3OADA 3PLDA 4DQCA 5EZXA 5P4WA 2UXZA 3O9HA 3ZMGA 3PLLA 4DVFA 3EKXA 3QBHA 1MTRA 4Y5MA 1HTFA 3QRMA 5P0JA 1TW7A 1MERA 3SA5A 3EM6A 4Y3HA 4ZSPA 5P2CA 1GVXA 4I0GA 5P07A 2F3EA 2WECA 4D89A 5P5MA 3PWWA 5P5SA 1D4LA 3NU3A 5P6QA 3K4VA 4QJ2A 5P0XA 2WF0A 3ZPSA 4CPXA 2ER0E 5P4PA 3O9LA 2G1RA 2JJIA 3S56A 2VA6A 1Z1RA 5P53A 3L3AA 3NU5A 4L7GA 1AJVA 1CZIE 3WB4A 4Y53A 2APRA 5IVSA 1HTRB 5P13A 3O9FA 2AOJA 2V00A 5KQFA 5SY2A 5P4VA 5P6FA 1ER8E 5P8HA 4ZSRA 2PK5A 5P4SA 1E80E 1FQ7A 5DGWA 5P4XA 5OZKA 3BC4A 4NJUA 1XN2A 2QI6A 3SO9A 4L1AA 1DW6C 4OD9A 1HPXA 3EKWA 5DQ1A 1FMUA 5P6WA 3KFNA 5P3NA 2XFJA 5EZZA 5P0VA 5JFPA 2QI7A 3FKTA 2NNPA 4EWOA 2QMFA 3FSMA 5P30A 2ZHRA 1HVSA 3OXVA 5HU0A 5P02A 5P7CA 1IVPA 2P3BA 3ZOVA 5P81A 4TVHA 5P5AA 2F8GA 3KF0A 4B1DA 3VUCA 2HB2A 4YHQA 5OZHA 1NPWA 3INHA 3C9XA 3OHHA 5P8JA 2NXLA 1YX9A 2QHCA 3JW2A 5I3WA 4YD5A 4J0VA 1QBUA 3PVKA 1ODWA 5P5EA 4JP9A 1HEGE 1GVVA 4L6BA 4ZEAA 1WBKA 3S43B 3LIXA 5ER2E 3U7SA 4Y45A 1G2KA 4TVGA 1T3RA 5COKA 2QK5A 4Y44A 4DQBA 4FAEA 3IA9A 3NXEA 4D8CA 2AIDA 3QROA 5SZ9A 1TSUA 1SH9A 3UDMA 1MESA 2OHLA 2FDDA 3FV3A 4DQGA 3URJA 5P7KA 4HE9A 1IVQA 3OUDA 4Y5EA 4ZSQA 4Y3NA 2Q63A 3CKTA 5P0MA 4AA8A 4KUPA 3RSVA 4I0HA 3SM1A 4L7HA 2XYFA 5P44A 1MSNA 5DR1A 3NUOA 2G1NA 3F9QA 5P7OA 3NU6A 4N00A 1BXOA 3TPLA 1MT7A 5AH6A 1AM5A 5OZ2A 3HZCA 7UPJA 3UPJA 1HIIA 2VJ7A 4RROA 3TKWA 4FM7A 3S43A 5IVRA 5UPJA 3SACA 4I0DA 5P5ZA 1OHRA 5P0GA 3KFRA 5P2AA 4J0ZA 2AZ8A 1W5WA 2QU2A 2AOHA 3VCMA 1XDHA 5OZYA 2ZDZA 1HPVA 3K5FA 5OYXA 5P0QA 5P7MA 4R8YA 4BEKA 3T7XA 5P1AA 4HA5A 5P3ZA 4JPCA 4R95A 3VFAA 4FSLA 4S1GA 2Q11A 4EP3A 4Z4XA 3WZ6A 1W50A 4Y5GA 3OHFA 4Y38A 5E5KA 4CPTA 4DJXA 3VSXA 5P7RA 4GJ6A 3NU4A 1K2BA 5P55A 1OEXA 2WEBA 3NSHA 1YTIA 2ZJIA 4EJKA 3PRSA 4HDBA 5P8OA 5AHBA 4HLAA 4L7JA 4NJVA 4Y5KA 1B6KA 3SM2A 4Y3MA 4Y5AA 5P2FA 5P45A 5OZIA 1APTE 5IVTA 4GJDA 4R92A 1FQ4A 3OK9A 5P5OA 5P75A 5P06A 5P4QA 3GGVA 4Y35A 3QAAA 4J0TA 5P4UA 1ZP8A 2IGYA 5P4JA 2Z54A 3G70A 5P39A 2QCIA 4GJCA 1FG8C 5OZ1A 4B70A 5AGZA 1Z8CA 3OGQA 1HSHA 4J1FA 3ST5A 1HPSA 1MTBA 2V16C 4YA8A 4CPUA 1NH0A 5T4SA 4YDFA 1TCXA 3DCRA 1YTHA 4DPFA 1GNMA 5P3EA 4GJ7A 3LINA 3L38A 5P3IA 2V13A 5P2QA 3VYDA 2NPHA 1IZIA 5P4FA 3VV6A 5P7FA 3VFBA 3NUJA 2CEJA 3K5CA 1G6LA 5KR2A 4TRZA 1PSNA 2BJUA 5P59A 2R8NA 3LPIA 5P3PA 4HZTA 5P6SA 4Y4AA 4JOOA 5P2UA 4H3IA 2I4XA 2F81A 3TOHA 2NXDA 1UH9A 3FNUA 5KAOA 2R43A 3D20A 3S54A 2O4SA 4OBKA 3ZKGA 2V10C 5OYQA 2PQZA 5P15A 5P3CA 1GNOA 5P3FA 1RPIA 4H3GA 1U8GA 5P3DA 4Y37A 5P6PA 2IQGA 3IXOA 5P2BA 3R0WA 3TOGA 4FL8A 5P0BA 1BDLA 4CPQA 2P8HA 5P7NA 6FIVA 1SGUA 5P2KA 3APPA 1D4JA 1META 5P51A 5P3TA 3UDRA 3UDPA 5P2NA 5P2GA 4B77A 3IAWA 3DOXA 1K6VA 2AVSA 5KOQA 5I70A 2AVVA 5OZXA 3TKGA 5AH9A 5P83A 1T6GA 5P3UA 5P1ZA 5P6LA 8HVPA 3WZ8A 5P6VA 3OU4B 4EXHA 3INDA 4Y4GA 4DV9A 5HVPA 4RCEA 4BFBA 5KQXA 2WJOA 3UFNA 3AUPA 3SA7A 3N3IA 3ER3E 4EQJA 2UY0A 1FQXA 4CP7A 1FG6C 4BFDA 2AVQA 1G0VA 2OHRA 3B80A 5P5HA 2WF4A 5P87A 2I4QA 3OOZA 4WY1A 4GYEA 5P1JA 5ENKA 2WEAA 5P2YA 4DQHA 3GI4A 3DJKA 5P84A 5P7VA 4Y9WA 5P5IA 5P1GA 5P7IA 5OYYA 5I3VA 2AOEA 3SPKA 2QI1A 4RGHA 1QRPE 2HAHA 2AOCA 2BPVA 5KOSA 5OZAA 4B72A 3PMUA 3T6IA 5P0NA 2XFIA 4YE3A 5P4AA 2IS0A 1YTJA 5P3AA 5P23A 1PPME 2IEOA 5JG1A 2PWRA 1GVUA 3O9BA 5P4DA 3UCBA 3O9AA 3MWSA 5P19A 4FIVA 5P3GA 3Q5HA 2R3WA 1MSMA 5P7TA 2FS4A 2ZJNA 5P7EA 5P2DA 4FE6A 1RNEA 3PBDA 4QJ6A 5P6KA 2ZJMA 2VJ6A 5P8AA 4J1HA 4EP2A 1RL8A 4RCDA 5HE5A 5P11A 4Y3DA 1W6IA 5P0RA 5AHAA 4DFGA 4B1CA 1ZSRA 5P17A 5OZVA 5P1XA 3L5BA 5P1TA 2BB9A 2PC0A 1MUIA 4Z50A 2OHTA 3T3CA 1HVKA 4YOBA 4D83A 4A6CA 1HSGA 3L5EA 1J71A 4I0ZA 3EBZA 1ZBGA 1LYWB 5P6CA 5P1CA 2P4JA 5SY3A 3BHEA 1W5XA 3HVGA 2P3AA 2ASIA 5P5GA 1QBTA 3H0BA 3NLSA 4GJAA 5P8LA 5AH8A 1FKNA 1MT9A 1A8GA 3UDKA 3SA4A 3NWXA 5F01A 4IVTA 5P43A 4Y6MA 2PYNA 4QJAA 1EPME 3QIHA 4QLHA 1KJGA 3CKRA 1D4YA 4DH6A 2G1YA 4U8WA 4Y4JA 5COOA 1LYBB 5J25A 4H3FA 3FNSA 3S7LA 4RRSA 4Y3TA 2WF3A 3VYFA 3QBFA 2QD8A 4Y3JA 1FFIC 3I25A 3MXEA 3VG1A 3RTNA 2QU3A 5I3XA 2HS2A 4CPSA 3JVWA 4Y4BA 5OYRA 5OZ8A 3GGAA 1DP5A 2IKOA 4MC1A 3EM3A 5P32A 5P35A 1QBSA 4NJSA 2QD7A 5P16A 2ER7E 1ZAPA 2B8VA 5P6RA 3RTMA 5P8NA 5OZ4A 4I11A 3NR6A 5COPA 5BRYA 3R4BA 2BKSA 5P5KA 3HBOA 2ZYEA 2A1EA 5P0CA 5P8MA 4Y4EA 5OZBA 3PMYA 5C9BA 5P88A 2PH8A 5HE4A 3DCKA 4AZYA 2F3KA 5OZPA 2HIZA 4XX4A 1TCWA 2QZXA 3ZKIA 4EYRA 5P5YA 4RRNA 2HC0A 1BWAA 2BPWA 2G20A 1Q9PA 1LYBA 1E5OE 3EC0A 5HDZA 1APWE 4LXKA 3T7PA 1NPAA 3BRAA 5P6BA 5HU1A 3LZUA 5P1KA 5P61A 1GVWA 4LHHA 3H5BA 4E43A 4YD6A 2V11C 5P2VA 1QDMA 5P1DA 3HW1A 5P04A 4Y5PA 2G21A 5P0FA 2QZWA 5P74A 3L5CA 1ZLFA 1HVIA 4TRWA 4I8ZA 3LIYA 5P31A 4I0EA 4PPHA 5P5UA 5P3JA 5P1RA 1W5YA 2B42A 2OHNA 3IN3A 1EBYA 1FMBA 5P1SA 3UQPA 2WF2A 1MPPA 4YDGA 3QI1A 5P54A 3SLZA 2QAKA 5HCTA 3VYEA 4Y39A 5P25A 2RKFA 3IXKA 1IDAA 3OUCA 5P62A 1FMXA 2G69A 1D4HA 3CIDA 4QGIA 2Q15A 3KN0A 4ZIPA 5P0SA 5OYVA 2AVMA 1FEJC 2AZ9A 4Q1NA 4Y3AA 4HDPA 1BV9A 2G94A 4B00A 5P0LA 3K1WA 4AUCA 4K4QA 2B7ZA 4R93A 4TRYA 5P6EA 1N49A 3NDXA 3VF7A 5P5DA 5P12A 5P73A 4Y41A 3U71A 3LZVA 1SGZA 5P6OA 2ZHTA 3KMXA 5P3BA 2PSUA 5P5XA 3UDQA 3VLBA 5P2EA 2VJ9A 4J1IA 2ZJHA 5P2WA 3DK1A 3RTHA 5OYWA 2VIJA 5APRE 4Y43A 1YT9A 3G6ZA 1HXWA 5JFUA 2IL2A 5P0KA 1KZKA 4GZFA 2G27A 5P0IA 5P57A 3O9GA 4J1KA 4Y48A 5OZ7A 3OU3A 3DV1A 4WY6A 1FGCC 3A2OA 3UDJA 3CYXA 4CPRA 2VS2A 1EBWA 3ZPUA 3FIVA 5P0EA 4Y3SA 5P7WA 4YD4A 3EKYA 4Y3PA 1BDQA 3GGXA 1KJ4A 5OZTA 5P4ZA 1FQ5A 1D4SA 3OY4A 5DR0A 5P60A 1EEDP 5P70A 4OC6B 1HHPA 5DPZA 5P1HA 4YCYA 5P4RA 5IS4A 3PSGA 3OTYA 5P8FA 5DQ2A 1T7IA 5HE7A 4FRSA 9HVPA 3QPJA 5P20A 3U6AA 5P46A 5P8EA 5P77A 2ZJLA 5P0AA 2IDWA 2A4FA 5P1IA 1GVTA 5OYUA 4PYVA 4FGXA 3OAGB 2QZKA 5P6JA 4JECA 4Y56A 5P1PA 5P6XA 5P3KA 4GIDA 4XX3A 2R38A 1KJHA 1B6PA 2FDPA 4AMTA 3KYRA 5P3QA 2ZHUA 3L5FA 2AZCA 5P4HA 4J5JA 5P49A 5P5LA 2IRZA 1YM4A 3LZSA 5P82A 4D85A 4HEGA 1HWRA 2WF1A 3OGPA 3PB5A 1MEUA 1MRWA 2HM1A 5BS4A 5P0TA 4Y3ZA 4HVPA 2JJJA 3NDWA 5TOLA 3CIBA 4GJ8A 5P4MA 1G35A 5P47A 2QD6A 1B5FB 2BPXA 5ENMA 5OZEA 4I10A 4OBJA 5OZ3A 2AODA 5P8RA 3LITA 2FMBA 3OOTA 2ZGAA 1DAZC 4FRKA 3ZKMA 5P7XA 4K4PA 3OWNA 2XYEA 4DJWA 2VA5A 1RQ9A 5P0OA 2FNTA 1BDRA 3ZKXA 5I3YA 2V0ZC 2Z4OA 4DQEA 4Q1XA 4J17A 3BUFA 5P7GA 3SA9A 4Y4ZA 1SIVA 2OAHA 4NPTA 3MSKA 1ME6A 2G24A 4LBTA 1EAGA 2PK6A 2Q54A 2R3TA 5P22A 1BILA 2O4LA 3Q4BA 4Y3YA 1EPQE 1EPLE 4A6BA 1IZEA 5P5BA 5P68A 2VIYA 5E5JA 1W51A 5HTZA 5P85A 1HTEA 4ZLSA 5P48A 3PSUA 4FRIA 5OZCA 3RSXA 5P7ZA 1BVGA 5P7YA 4FRJA 4EJ8A 1UPJA 2P3CA 1B5FA 5OZRA 3O9DA 4I12A 4HDFA 1HRNA 4B0QA 2G1OA 5P6UA 4Z2ZA 2QNNA 3NU9A 3UQUA 1ENTE 3IXJA 5ER1E 2HB4A 4KE0A 3CICA 3UQRA 4Y4TA 3QS1A 2PSVA 5P10A 4ER4E 3KA2A 1NPVA 3NWQA 2OHMA 5P1LA 3HVPA 3HAWA 5P58A 5P8GA 3SA6A 4QJ8A 3RU1A 2B60A 4OBZB 5P1FA 5DR8A 5P1UA 5P7BA 5P8KA 5DQCA 5OZ0A 5P2OA 5P1WA 2I0DA 2WEDA 1DIFA 3VSWA 1ZJ7A 2WKZA 3LHGA 2BPZA 3VF3A 5P50A 2NXMA 1JLDA 3R2FA 4GJ9A 2Q55A 3KMYA 1IBQA 5HCOA 2CEMA 3LZYA 2VA7A 3QP0A 3UHLA 1FQ8A 4Y50A 1FFFC 4ZSMA 3K5DA 1XN3A 4J1EA 4Y58A 1EC3A 3OXCA 5F00A 4M8YA 1HEFE 2R9BA 1B6MA 5P67A 2OHSA 5P0UA 1K6TA 1UH7A 5P29A 2OHKA 3OU4A 5P1NA 4ER2E 2EWYA 2OHPA 5P0DA 5P38A 3WZ7A 1ZPAA 3K5GA 1HPOA 3GI5A 5P09A 3EL0A 4OBHA 1APVE 5P4EA 3EM4A 4DJPA 5P5NA 2VKMA 4Y4DA 3D1XA 4IVSA 5P40A 5OZSA 1BIMA 2H6TA 2OHUA 5KQZA 1CMSA 4YCKA 1YG9A 3I8WA 4F74A 4R5NA 3CYWA 5P14A 5P37A 5P05A 5P7PA 5OYZA 3ZKQA 4Y4WA 2R5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P80 A;  5P2Z A;  2WEZ A;  2G22 A;  4YD7 A;  1CPI A;  5P2R A;  5P6Z A;  4DPI A;  5P5Q A;  1LV1 A;  3OTS A;  3OXX A;  1ODX A;  3I7E A;  3S8I A;  2B8L A;  3OAD A;  3PLD A;  4DQC A;  5EZX A;  5P4W A;  2UXZ A;  3O9H A;  3ZMG A;  3PLL A;  4DVF A;  3EKX A;  3QBH A;  1MTR A;  4Y5M A;  1HTF A;  3QRM A;  5P0J A;  1TW7 A;  1MER A;  3SA5 A;  3EM6 A;  4Y3H A;  4ZSP A;  5P2C A;  1GVX A;  4I0G A;  5P07 A;  2F3E A;  2WEC A;  4D89 A;  5P5M A;  3PWW A;  5P5S A;  1D4L A;  3NU3 A;  5P6Q A;  3K4V A;  4QJ2 A;  5P0X A;  2WF0 A;  3ZPS A;  4CPX A;  2ER0 E;  5P4P A;  3O9L A;  2G1R A;  2JJI A;  3S56 A;  2VA6 A;  1Z1R A;  5P53 A;  3L3A A;  3NU5 A;  4L7G A;  1AJV A;  1CZI E;  3WB4 A;  4Y53 A;  2APR A;  5IVS A;  1HTR B;  5P13 A;  3O9F A;  2AOJ A;  2V00 A;  5KQF A;  5SY2 A;  5P4V A;  5P6F A;  1ER8 E;  5P8H A;  4ZSR A;  2PK5 A;  5P4S A;  1E80 E;  1FQ7 A;  5DGW A;  5P4X A;  5OZK A;  3BC4 A;  4NJU A;  1XN2 A;  2QI6 A;  3SO9 A;  4L1A A;  1DW6 C;  4OD9 A;  1HPX A;  3EKW A;  5DQ1 A;  1FMU A;  5P6W A;  3KFN A;  5P3N A;  2XFJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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