5P1XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 116
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1xA01
2Z4OA 2B8VA 4DV9A 4NKKA 3OY4A 2R38A 1Q9PA 3UDQA 5P12A 5P3KA 3OOTA 1K2CA 3HLOA 3INHA 4Y56A 2IL2A 5HTZA 5HE7A 2V00A 3UDRA 3VYFA 5OZRA 2BKTA 1ZLFA 5P8QA 3OHHA 4JOOA 5P1LA 4NJTA 3UTLA 3VFBA 7UPJA 1DPJA 1FFFC 3LNKA 5P8SA 2PK5A 2QMFA 4HVPA 1QBTA 2WL0A 4KUPA 1B5FA 2OHNA 4Y3ZA 5P3BA 5P0SA 5P2AA 1MSNA 1HIIA 5IVQA 1HVKA 3EKPA 5P4DA 4Y48A 4Y4TA 1J71A 4H1EA 3TL9A 5P3AA 1FIVA 4RYCA 3UF3A 2AIDA 5P2YA 4XXSA 2PYMA 4ACXA 1RPIA 3PM4A 1HEGE 5P0LA 1XE5A 2F3EA 3Q3TA 4QJ7A 1W51A 4Y9WA 3CICA 2QI4A 2QI0A 2NPHA 1HPXA 1IVQA 1KJ7A 5HU0A 1APUE 3IXJA 5P69A 2NXDA 4FRSA 2RSPA 4Y39A 1BV7A 3SO9A 2PQZA 5P7HA 3OGQA 2AOJA 5IVSA 5OYTA 1MRXA 5P5CA 4D88A 3EL9A 1W5YA 5P5IA 3UPJA 5P1TA 5P7QA 3UDKA 2Q15A 3SM2A 3ZOVA 3VCMA 5P58A 3NXEA 5P8DA 1NPWA 3UQUA 2XFJA 5HU1A 1BDQA 3I2LA 3IAWA 4EWOA 2PH8A 4K8SA 3WZ8A 4Y3RA 5ENMA 4Y5CA 5OZ4A 2JXRA 2A1EA 4Y3DA 5P10A 2QD7A 7HVPA 5P7CA 1VIJA 5P5TA 3L38A 5P5QA 2ZJIA 3GGAA 3NDUA 2I4UA 4PZWA 4XX3A 3TPJA 3PMUA 4HEGA 2QAKA 4Y4JA 5OZDA 4EP3A 1EBYA 3EMYA 4DI2A 4YD4A 5P2RA 3S45A 1G35A 1MPPA 5P5UA 1BIMA 3F9QA 4Y50A 5P0WA 4RYGA 5P0JA 5P5KA 5P7LA 3PI0A 3D3TA 4R5NA 5P6CA 1SH9A 5P43A 1D4LA 2I4VA 4I0JA 3UHLA 4YBFA 4R92A 5OZMA 1FMBA 3DV1A 4DJYA 1HIVA 3SLZA 3UQXA 5P49A 3EM3A 4HDFA 2P3CA 5JFUA 1HSGA 2NMYA 5P6BA 4ER4E 2NXMA 5COKA 4UPJA 2UY0A 3Q5HA 3BGCA 2OAHA 5P25A 1PSOE 1ZTZA 1D4KA 5P79A 2XFKA 4KE0A 1XN3A 3M9FA 3ZKGA 3HVGA 2IDWA 3UQWA 2I4WA 3KA2A 3D1ZA 1SIPA 4ER1E 3S43B 1YTGA 4DJWA 1LYAA 2QNQA 4Y4WA 2AVQA 2OHRA 2O4KA 1IZHA 3IN4A 4KE1A 5P0UA 5ER1E 1BWAA 3OU3A 2I0DA 5P4OA 3QN8A 3AUPA 5P4JA 2HS1A 5AH9A 3SA7A 4EJ8A 3FNUA 5P2FA 4J1EA 4Y41A 4Y54A 5P5PA 4Y43A 6FIVA 2QI1A 4HA5A 3SA8A 3HBOA 1W6HA 3UDPA 5P7NA 4PYVA 3FV3A 3OUCA 5P82A 5IS4A 2WF4A 3QVIA 3KMYA 2AVOA 2QI3A 1NH0A 4J17A 1BAIA 4BFBA 5P1ZA 4L7GA 1LEEA 2MIPA 2BPWA 5P2IA 4I0FA 3ZKNA 1K1TA 1W6IA 3URLA 1B5FB 3LINA 4GJDA 5P4MA 4LBTA 5P67A 3LIVA 1E81E 4Y6MA 1MESA 4B00A 5OZIA 5DQCA 1K1UA 1OEWA 3VYEA 2VJ7A 1GVTA 2ER0E 5P48A 5P42A 5PEPA 5P6JA 4GIDA 4DJXA 3LPKA 5P3MA 5P7XA 3O9BA 4MC6A 2I4DA 5HDZA 5HDVA 2Q11A 1ME6A 5P5OA 3DJKA 1K2BA 2O4PA 3VEUA 4H3IA 5P1WA 3DUYA 5P5EA 3PB5A 3RTHA 1A8GA 3Q6YA 5OYVA 2G1OA 2G1SA 4YCYA 3NUOA 1YTJA 5OZSA 3OAGA 2O40A 3OK9A 5P7AA 4ZSQA 3OUBA 4CPUA 3L3AA 4OC6A 3SABA 2PC0A 5P59A 2OHSA 3NU3A 3EBZA 4Y4ZA 5P6PA 3NSHA 1FQ4A 4QGIA 5P2VA 1ZJ7A 3EM4A 2Q3KA 4Y38A 1AVFA 5I3VA 4FM7A 5P7RA 2ZDZA 3KN0A 5P65A 2ZHRA 4R93A 1XDHA 2AOIA 4YD7A 5P5NA 4DUSA 2FDDA 1TW7A 3GGVA 1HVIA 1FLHA 4B78A 3HAWA 1MERA 1FG8C 5P5BA 3VV6A 2QHCA 2B7FA 3R0WA 4Y3JA 5EZZA 4F74A 5P1PA 2PH6A 4J0YA 4GJAA 5P3GA 1PSNA 5P4PA 4CPRA 4QJ8A 5KR8A 3U71A 5KQYA 4RCDA 4Y37A 5HCTA 1YM4A 3KFSA 5P1UA 5P5FA 5P1OA 5P7TA 9HVPA 3OXCA 3GI6A 5OZ8A 1RV7A 5P2NA 3FX5A 5P1DA 5OZNA 3T6IA 1QRPE 4EP2A 2WECA 1UH8A 2G22A 3OQFA 3OQKA 5P20A 4Z2ZA 5P6ZA 1E82E 5P0IA 2BJUA 3TOFA 5OZZA 4HLAA 5P85A 1KJGA 3OWNA 5P56A 5P4RA 1PFZA 2ANLA 5P3QA 5P11A 5T4SA 5KR2A 5P29A 5P57A 3IGBA 2H6TA 1HTRB 3QBFA 5P7ZA 4BFDA 4FL8A 4GJ5A 3WB4A 5P0GA 4EJKA 1SP5A 3MSKA 5P1XA 1U8GA 4J0PA 5P89A 5FIVA 4AUCA 3KDCA 1LYAB 2FXEA 5P1RA 5P64A 3KDDA 3NWQA 3ZKXA 5P3JA 4PPHA 3S53A 3SKFA 3ZKMA 4APEA 4EXHA 1AAQA 4GJ9A 3PEPA 1UH7A 3GI0A 3NLSA 4J1KA 3K5DA 1ODXA 3UDNA 3QBHA 5OZGA 1KZKA 2Z54A 3VSXA 5P4KA 1BXOA 2FMBA 5P2TA 1GVWA 4MC1A 5P17A 1LS5A 5P14A 1FMXA 2IGXA 5P45A 3FIVA 4J0VA 5P44A 1EC2A 3BRAA 1BV9A 5OZTA 5P54A 1A30A 2G20A 5KAOA 1ODYA 5P8EA 2ER9E 5COPA 4YA8A 2PWRA 5P3WA 5P2EA 3D91A 5P0OA 3FSMA 1C6YA 5P05A 5P8MA 1LF2A 5P53A 1DMPA 1HPOA 3OQ7A 3HZCA 2B42A 5P00A 1RNEA 3S7LA 2O4LA 2HS2A 1SMEA 1AXAA 1HBVA 5DGUA 2IEOA 4Y4AA 3ZKIA 4FGXA 5DR3A 5P4IA 3INDA 5P5LA 5HCOA 5P4XA 4LXAA 5P1GA 5P3VA 5I3YA 3IVIA 1APWE 5P1VA 2OHMA 2AZ9A 4YDFA 3WB5A 4EYRA 3ZPUA 4GJBA 5P2GA 1MSMA 5HVPA 5P60A 1APVE 1MIQA 2QNNA 5P75A 1XL2A 3CYWA 3LZSA 4PZXA 4Y3LA 5F00A 5OZFA 3SPKA 2G27A 3PBZA 2QHYA 1TSQA 5P3IA 5P4YA 1IBQA 4DQCA 3IXKA 4D89A 1QBRA 1YM2A 1SDVA 4GYEA 3RU1A 4M8YA 3S7MA 1EPRE 1PROA 1HSIA 4RLDA 3PVKA 3O9HA 2R3WA 3IN3A 4DQFA 1W5VA 8HVPA 1KJFA 2PSUA 4Y45A 4I11A 5P76A 3SA4A 3BVAA 5P84A 3OHFA 4JPEA 4S1GA 4K4PA 2AOGA 1EAGA 1ZBGA 5P1NA 1GNOA 4Q1XA 3OU4A 3K5GA 3TPLA 4TRYA 4Y5NA 2JJIA 4Y3HA 1QS8A 3BGBA 1FG6C 5P1QA 3TOGA 1MTRA 4Y5MA 3IVHA 4MC9A 3LZUA 3NR6A 3TPPA 2PSVA 5P0QA 5P7UA 2ASIA 2QI6A 3JVWA 4Y3GA 5P0DA 5P7MA 4I0IA 2SAMA 3INEA 1FFIC 4Y4GA 5SXNA 3OXWA 4CP7A 2PK6A 5P35A 1D4JA 1EPQE 4DJUA 2WEBA 3FKTA 2BPVA 2J9KA 3ST5A 2QD8A 5OZWA 1XS7D 5P4NA 5P7OA 2ZHSA 5I70A 5P5ZA 1Z1HA 4A4QA 4DJRA 4I8WA 1K6CA 4YOAA 3TNEA 5P3UA 3VLAA 2P3AA 2AOFA 3LITA 5P31A 3QAAA 4TRZA 3OU1A 5P01A 4ZPFA 4ZSPA 2BPXA 3URIA 1CMSA 4Y3SA 5P81A 5P34A 3T7PA 1XE6A 1T7KA 3EKXA 2ZJKA 2WKZA 5P1KA 5P62A 5P4BA 2ZE1A 5P8RA 1KJHA 5P6KA 1AJVA 2I0AA 5P09A 5P7IA 3I6OA 2UXZA 1A94A 4XX4A 3URJA 1YX9A 5P1MA 3WZ6A 5P4EA 3PJ6A 5P2CA 3OTYA 3LZYA 1LF4A 3H0BA 5E5KA 5OYYA 1B6JA 5P5JA 5C9BA 3LZVA 5P27A 1MEUA 5P7BA 2V16C 1A8KA 3KFPA 5OZEA 5P5YA 5P40A 3AIDA 2WEDA 2R5PA 4J0TA 4AA9A 5AHBA 3CKRA 5P5WA 2JJJA 3UDYA 5KQXA 1GNNA 1LYBA 3PHVA 3T7XA 2R43A 3L5BA 5OZOA 3JVYA 3NU5A 2I4QA 2AODA 5P8IA 2WF2A 3VSWA 3GI5A 4OBZA 2VIZA 3FNTA 5P74A 4Y5EA 1TCXA 3RVIA 1SBGA 1ZPAA 5UPJA 3HAUA 3PSUA 1FF0C 1ZSRA 4RCEA 3EKVA 5AHAA 5OZPA 4DJVA 5F01A 4YBIA 2PMAA 3KYRA 3UDHA 3ZPTA 1BBSA 4YD3A 1PSAA 3T7QA 5P73A 3TPRA 1EC0A 5KR1A 3MSLA 1GKTA 4APRE 6APRE 5P1AA 1ZP8A 1AM5A 4N00A 3NUJA 1AZ5A 4NJVA 4Y3YA 5P5AA 5P6FA 4R8YA 1PPLE 2HB2A 2ZJLA 1BDRA 5P24A 4LC7A 5DPZA 5P7JA 5P7KA 4PHVA 5OZ5A 3UDJA 1IDAA 5P1IA 5P39A 2J9JA 3OUAA 2BPZA 2HAHA 2FIVA 3OU4B 3TTPA 4Y44A 5P4ZA 5P52A 2O4NA 3PWMA 1MUIA 1Z8CA 5P6RA 4DH6A 4Y3WA 5OYUA 2F81A 4Y57A 3VF5A 2OHLA 5BS4A 4DFGA 1CPIA 1HXBA 5KOSA 5P4FA 2HB3A 2IKOA 5HD0A 4TVHA 2ZHVA 5P7PA 3SKGA 3VYDA 1AIDA 3IXOA 2IENA 2ZYEA 1WBMA 2IKUA 4LP9A 3OGPA 4Y47A 4HDPA 2WF0A 1B11A 4JP9A 5P2QA 4B77A 2WHHA 4Q5MA 3BUFA 3KT5A 5P23A 4EXGA 4FAFA 4DQBA 1QBUA 2QI7A 4Q1WA 1B6PA 3S54A 4I8ZA 5P15A 1ZPKA 5JFPA 3EXOA 2ZJJA 5P2XA 3OXVA 3S8IA 2RENA 1CZIE 2QHZA 3OQAA 5P37A 5SZ9A 3S2OA 2QZKA 1HXWA 1T6EX 5OYXA 4QJ9A 2XFIA 3D1XA 3OU1B 3UDMA 3D1YA 3LIQA 4DJOA 4I10A 4Y51A 5P32A 5P33A 3IA9A 3O9LA 4I0GA 5P6LA 2BBBA 3I7EA 4ZIPA 1FQ8A 3PMYA 2G1YA 3OTSA 4FSEA 4K4QA 3PWRA 5P0MA 5P3TA 4WY1A 2B8LA 5OZAA 1SIVA 2A4FA 3ZPSA 2RMPA 1SDUA 1HPSA 4Y4EA 5AHCA 5P7DA 1K6PA 5P8JA 1HVHA 2P4JA 3LIZA 5OZQA 5J25A 3B80A 1SMRA 5P46A 3NDWA 3DOXA 4OBHA 5OYQA 4FRIA 5P8TA 5P1CA 3VUCA 5OZ0A 5P6DA 1ENTE 2CEJA 1APTE 1E5OE 2IQGA 5P6XA 3Q4BA 5HDXA 5AH8A 4Z22A 2NNPA 3PWWA 1HIHA 4YD5A 5P4QA 1SGZA 4M8XA 5P2HA 1M4HA 1K6TA 3R4BA 3MXDA 5P5XA 1EPPE 1EBKC 3L5DA 4ZEAA 3OADA 3EM6A 1LYBB 2B60A 5DR4A 2QU3A 4QJ6A 5APRE 3D20A 1OD1A 4CPSA 1G2KA 4YE3A 1HPVA 2AVMA 2P3BA 3I8WA 4IVTA 3WSJA 2QMGA 3DCRA 5P0FA 5P3PA 3U7SA 1VIKA 3PCZA 2Q64A 5HE5A 1NPAA 5OZYA 1LV1A 5P6AA 3QROA 4LXKA 5P78A 3SA6A 1SDTA 2RKFA 2WEZA 2FLEA 2QNPA 5TOLA 2OF0A 2CENA 3C9XA 5P2BA 4Y5GA 5P0VA 3TOHA 3UCBA 5AGZA 2NNKA 2AVVA 5P3DA 5OYWA 3KDBA 2ZHUA 3RTMA 2ZJMA 2QZWA 5DR0A 1GVUA 5I3WA 4LAPA 5P0ZA 3EL1A 5P06A 5P6QA 1B6MA 4WTUA 3ECGA 3NU4A 1DW6C 2EWYA 2V10C 4OBFA 2WF1A 5CLMA 2HPEA 4Y5LA 5P88A 2ER6E 5JODA 3DM6A 4CPTA 4Y3AA 5P5RA 4OBKA 5P5MA 1Z1RA 5C9FA 2ZGAA 5P4UA 4GJCA 4D83A 3APRE 5P03A 2VS2A 4Y5PA 3VV8A 3R2FA 2OHUA 4NPUA 1F7AA 3K4VC 3KFNA 2J9JB 1LF3A 1W50A 3OOZA 3S56A 3O9FA 4EJLA 5DR8A 5P6IA 4J1HA 5P8GA 1T7JA 1T3RA 3L5EA 5P8HA 5P63A 4H3GA 3L59A 1EPNE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z4O A;  2B8V A;  4DV9 A;  4NKK A;  3OY4 A;  2R38 A;  1Q9P A;  3UDQ A;  5P12 A;  5P3K A;  3OOT A;  1K2C A;  3HLO A;  3INH A;  4Y56 A;  2IL2 A;  5HTZ A;  5HE7 A;  2V00 A;  3UDR A;  3VYF A;  5OZR A;  2BKT A;  1ZLF A;  5P8Q A;  3OHH A;  4JOO A;  5P1L A;  4NJT A;  3UTL A;  3VFB A;  7UPJ A;  1DPJ A;  1FFF C;  3LNK A;  5P8S A;  2PK5 A;  2QMF A;  4HVP A;  1QBT A;  2WL0 A;  4KUP A;  1B5F A;  2OHN A;  4Y3Z A;  5P3B A;  5P0S A;  5P2A A;  1MSN A;  1HII A;  5IVQ A;  1HVK A;  3EKP A;  5P4D A;  4Y48 A;  4Y4T A;  1J71 A;  4H1E A;  3TL9 A;  5P3A A;  1FIV A;  4RYC A;  3UF3 A;  2AID A;  5P2Y A;  4XXS A;  2PYM A;  4ACX A;  1RPI A;  3PM4 A;  1HEG E;  5P0L A;  1XE5 A;  2F3E A;  3Q3T A;  4QJ7 A;  1W51 A;  4Y9W A;  3CIC A;  2QI4 A;  2QI0 A;  2NPH A;  1HPX A;  1IVQ A;  1KJ7 A;  5HU0 A;  1APU E;  3IXJ A;  5P69 A;  2NXD A;  4FRS A;  2RSP A;  4Y39 A;  1BV7 A;  3SO9 A;  2PQZ A;  5P7H A;  3OGQ A;  2AOJ A;  5IVS A;  5OYT A;  1MRX A;  5P5C A;  4D88 A;  3EL9 A;  1W5Y A;  5P5I A;  3UPJ A;  5P1T A;  5P7Q A;  3UDK A;  2Q15 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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