5P23A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 121
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A01
3VLBA 5P09A 1KZKA 4MC9A 2BPWA 5HDXA 4Q5MA 5P62A 4NPUA 3JW2A 5AH9A 5KR8A 3IVHA 3O9FA 4I0GA 5P4WA 4Y3TA 4Y35A 5OZMA 4QJ6A 5P1WA 5P6JA 2V0ZC 5OZIA 2F80A 5P4EA 3SPKA 1FQ5A 2G1NA 1W51A 2ZJHA 1G35A 4OBJA 3EL0A 4I1CA 3O9BA 2QZWA 5P0EA 5OZEA 4FRSA 3UQPA 2BQVA 4GJBA 3PBZA 4Y4XA 1XL2A 5AH6A 3BRAA 3DV5A 5P61A 5P3PA 5OZGA 4ZIPA 1G0VA 3PSUA 1HRNA 3DK1A 2RKGA 5P4KA 3QPJA 3WB5A 5IVRA 1SBGA 2ZJNA 4XXSA 3LIXA 4K9HA 5P6KA 3FNUA 5P3NA 4NPTA 3T7PA 2QMGA 3IXKA 3OOZA 2Q15A 4Y3ZA 2V13A 4K4PA 1OEWA 4FSLA 3Q6YA 5P11A 5P3XA 5P19A 4LXKA 1HVJA 2IKOA 5P37A 1LZQA 3URJA 2H6TA 2Q3KA 5P8CA 5P6ZA 2F8GA 1SGZA 1FQ6A 5P49A 1DPJA 4YCTA 3ST5A 1D4LA 3CYXA 1UPJA 5P0RA 2WJOA 3QP0A 1Q9PA 5P5WA 2AOHA 4ZPFA 3OQ7A 4Y3YA 5P0QA 3K4VA 5P8LA 4XX4A 4AA8A 5P7JA 3T7XA 5P52A 3QROA 5ISJA 5P1EA 5P7VA 3ER3E 5OZSA 5P0DA 3EMYA 4Y4JA 3T11A 5I3VA 2QI3A 3SA9A 3TPLA 5P44A 1T6EX 1XS7D 4Y48A 2CEMA 2QI4A 2O4SA 4LHHA 4Y38A 4ZEAA 5OZ8A 1F7AA 4RGHA 4B0QA 1MRWA 5P1DA 4FIVA 4NJSA 1HVSA 3L5FA 3JVWA 5P1IA 5OZ5A 5P3LA 5P6EA 2ZHRA 4HA5A 3C9XA 2VNMA 1MTBA 4Y39A 3O9CA 3EL9A 5P65A 5P45A 3DOXA 1FQ4A 4Y4UA 4LBTA 5P30A 2P3CA 4I8WA 4APRE 1IZIA 3CKRA 5IE1A 1HTEA 3OU4A 2QI7A 3LINA 4RCDA 5FIVA 1ODXA 5SY2A 1MRXA 3RSXA 3QAAA 2QI6A 2AOIA 4OC6A 3OQAA 1FMUA 1HBVA 5P5MA 2FNSA 1FG8C 4FSEA 2NR6A 3PVKA 3OQKA 4I0JA 3K5CA 3HLOA 5P0FA 5P1OA 2QZLA 1G6LA 3PEPA 3QVCA 4B05A 4GJCA 4EJDA 1C6YA 1LYBB 2P8HA 5P10A 3K5FA 4Y3XA 2I4VA 3VSWA 5KR0A 3I25A 4WY1A 5P3MA 3K4VC 1EC2A 5P6QA 5P82A 5OZ9A 3OU1A 4DJYA 1BWAA 5P78A 5P08A 2J9JB 4XX3A 5OZUA 2QHZA 2RMPA 3OXVA 5DR4A 2XFJA 3F9QA 5P1YA 3QS1A 4DQBA 4I10A 2FDDA 1HXBA 2ZJKA 3S7LA 1ZSFA 3L59A 5P4RA 2AOGA 3TTPA 3KFSA 2J9KA 5OZHA 5P70A 5P8HA 5P8DA 5P8AA 2QI0A 3APPA 4L6BA 4GJ5A 2ER7E 2VA6A 5P4GA 1IZHA 2BPZA 1PROA 4KUPA 5P80A 2O4PA 5P6MA 1META 2WF3A 2XFKA 3VEUA 5JFPA 3KDCA 4Y3WA 4H1EA 4ER2E 1B5FA 3ZKMA 4I0HA 1BIMA 2G1RA 5P6RA 4GJ7A 2JE4A 1APTE 3H0BA 3GGXA 4WY6A 4J1KA 3WZ6A 4Y3MA 3MSKA 5P7YA 1UH9A 5P3UA 3UQRA 1D4YA 2PWCA 5P5UA 2Z4OA 3SA6A 1ZTZA 2AQUA 2BB9A 1PSAA 2FIVA 4FRJA 2HC0A 5P7KA 4R5NA 1OD1A 1PPKE 4EWOA 1J71A 3VV7A 3OADA 1APWE 2UPJA 1APVE 1LYWA 3NDTA 4BFDA 1FMXA 3SA8A 3G70A 3VV6A 5OZOA 3RTNA 1SIVA 4DJQA 5P51A 2JXRA 1K1TA 2I4DA 1FQ7A 5P6HA 2Q63A 3GI4A 5P4TA 5P6AA 3UCBA 4GJ9A 5P00A 5OZ7A 3I7EA 5P66A 3TKWA 2CEJA 2OHKA 4Y3LA 5OYUA 1EPNE 4Y37A 5OZKA 4AMTA 4Y3EA 5P60A 2QNPA 4LL3A 2BPXA 5P3ZA 2WF0A 4GJDA 5P2JA 5P3HA 2QU2A 3OXWA 4L7HA 1XE6A 1FLHA 3D1XA 4YD3A 5P5RA 4L7JA 4RRSA 4I0IA 2BBBA 5P1KA 4Y3QA 5P8FA 5DR3A 1YTIA 3FV3A 3TOHA 5DR8A 4GJ6A 5OZVA 5JODA 2OHNA 4H3IA 3UDYA 5P7BA 5P48A 4DJXA 4YA8A 1Z1HA 4Y4AA 3OU4B 5P0AA 1QBUA 5OZQA 4OC6B 1EPQE 3PLLA 4Y47A 1N49A 2AZ8A 3K5DA 5P68A 2RKFA 4Y36A 5E5KA 1MVPA 3GGUA 3NDWA 2OHLA 5BS4A 2ZYEA 1BVGA 4QJ9A 3T3CA 2ZHSA 2QI1A 2BPVA 5P4JA 3KFNA 1DAZC 3Q4BA 3LIZA 5P7QA 3IAWA 2G26A 2QMDA 5ISKA 4Y3HA 4Q1NA 1IIQA 2G1YA 4EXGA 1GVXA 4B00A 1EBYA 2G1SA 3INEA 4U7QA 1HPXA 3QN8A 4YDFA 4I8ZA 1SP5A 1KJHA 5P67A 5P07A 3IN3A 5P5EA 2QD7A 5P4IA 4OBKA 3S7MA 5P2WA 5P8BA 5HDZA 3TH9A 2IRZA 3LZYA 7HVPA 1BBSA 3MXEA 4FAFA 1RV7A 2XFIA 3GGAA 2B42A 5P5AA 2APRA 5P4VA 1MT7A 5P04A 1EAGA 5P7GA 5P0SA 1ZAPA 1HIVA 3OTSA 5DQ5A 4ACXA 4Y5LA 4DQCA 3QRSA 3GI6A 2WF2A 5P1RA 5AH7A 1B5FB 3IXOA 1CMSA 3HW1A 5P1MA 1EPRE 4HE9A 4DUSA 1A8GA 1LYAB 3TPRA 4J1CA 1B6MA 3VV8A 1XE5A 5P14A 3TPJA 2R8NA 3EKVA 3I2LA 3OHHA 2FDPA 1RL8A 2QNNA 5HVPA 4NKKA 2Q55A 5P8OA 3RU1A 4Y45A 5P3JA 4YOBA 4APEA 2PQZA 5P2TA 2HAHA 3UDKA 5IS4A 5P5FA 5P6CA 1FEJC 3HAWA 3INDA 5HD0A 3FSMA 2NXDA 5ENMA 4D83A 3R0YA 5SY3A 4OD9A 3OHFA 1YG9A 5P56A 1VIJA 2G21A 3CMSA 1WBKA 2O40A 1LYWB 1HOSA 2OHSA 5P5QA 5P7AA 4Z50A 5JFUA 4M8XA 5P55A 5P3RA 5C9DA 4R91A 1HVLA 5P79A 1EBZA 5UPJA 4L7GA 3MSJA 1LYBA 1C70A 2NTRA 1HTGA 2JJJA 1K2BA 4WTUA 3APRE 4DH6A 5SZ9A 1K6VA 2P3AA 1RNEA 3PI0A 3EKXA 5P5BA 2J9JA 4FS4A 2AOEA 5OYWA 5KQFA 3SM1A 3O9HA 4DJPA 5P4HA 1SDVA 3NDXA 5P4MA 1IZDA 4Y3RA 5P85A 3PJ6A 5P1ZA 3LZUA 3PSGA 1IZEA 3LPKA 5P0OA 2QMPA 5DR7A 3O9EA 3IA9A 3LNKA 3OWNA 3OXCA 3SABA 3SA3A 3A2OA 4J0VA 3LPJA 1DMPA 3KM4A 5OZ1A 2ZHUA 1XL5A 3EXOA 1GVTA 5P57A 5P8TA 4TRZA 1B6LA 5P8RA 1D4IA 3L3AA 4ZE6A 4JOOA 3BVBA 3URIA 2FMBA 5P2SA 3NDUA 4GMIA 1ZP8A 5IVQA 5P7PA 3DV1A 5P3WA 4B1CA 2ZGAA 4OBZA 3K1WA 2OHUA 5P7CA 5HE5A 5COKA 3PWWA 4IVSA 1B6KA 1KJGA 4ER4E 3BVAA 3SM2A 5APRE 3PSYA 4YE3A 4N00A 5OZFA 3B80A 2I0AA 3EKQA 4CPSA 1M43A 4BEKA 4Q1YA 4Q1WA 3PGIA 4B77A 4ZSMA 4ZPGA 2V11C 4Y3JA 1FQXA 5P6UA 4FE6A 1YX9A 3L58A 3ZMGA 4I0DA 5P0VA 5OZWA 3RTHA 4EQJA 2AOJA 2QHCA 5P03A 4J1HA 5EZZA 1HPVA 3WZ8A 1HIHA 3SKGA 9HVPA 5P7MA 4K8SA 3CIDA 1APUE 1QBSA 4Y4WA 2OHQA 3LZVA 3PI5A 5DR1A 2VKMA 4RCFA 1BAIA 2NNPA 5OZZA 3D1ZA 5P74A 2OAHA 5P7LA 4YDGA 2P3BA 2I0DA 4FLGA 2IQGA 5P5PA 1KJ4A 3U7SA 3EKTA 4J55A 5P8IA 4F76A 4CPRA 2NPHA 3Q3TA 3R1GB 1W5YA 1BDRA 2WL0A 5P4ZA 3URLA 4OBFA 2O4NA 4Y5BA 5P32A 2PH8A 5P1NA 1A94A 3MWSA 2FGUA 4I12A 2WEZA 4S1GA 3SACA 4EJ8A 1K6CA 3KT2A 4LAPA 5OYTA 3ZPSA 4BFBA 4B1DA 1YT9A 4D89A 4OD9B 5P5SA 2AOFA 5P25A 3NLSA 5P1UA 5P6FA 2ZJIA 5P2GA 3UDHA 5P3GA 2ZJJA 1B6PA 3CYWA 4YHQA 3O9GA 5P7DA 4EQ0A 4HDPA 5DPZA 4YD6A 1PPLE 5P5TA 5P46A 1BVEA 2UY0A 2WKZA 1LS5A 1D4JA 2IDWA 1K2CA 5P06A 1ZPKA 5CLMA 1KJ7A 2QMFA 2IGYA 5P27A 6APRE 4LP9A 4HEGA 4LC7A 5P8GA 5P2FA 5OZJA 4AZYA 1NH0A 5P1PA 1ZLFA 2MIPA 4I11A 5P5CA 5P3VA 2R43A 1T3RA 2FS4A 5P5GA 5KQYA 3RVIA 4U8WA 5P2LA 1E82E 5EZXA 5P31A 5P3YA 5KOQA 5P2EA 3S53A 2PK6A 4FGXA 2PWRA 2Q5KA 3NUOA 4JPCA 1PSNA 1FF0C 3UQXA 4DI2A 4CPXA 1HVIA 5C9BA 4Y53A 2R3TA 2V10C 4Y9WA 1MT9A 2AVSA 2HM1A 2V16C 4GJ8A 2NMYA 2G1OA 2OHMA 5P35A 2ZHTA 3VSXA 5P8VA 3L38A 4J1IA 5P0LA 3CKPA 4YBIA 5P6LA 1ER8E 5DQ1A 1EC0A 1LYAA 2FXDA 2RENA 5OZPA 4CPQA 2QAKA 1T6GA 1LF4A 3OUAA 4OBZB 1ENTE 4CKUA 3B7VA 2VNNA 3OTYA 4Y3NA 5B18A 1EPME 4DVFA 2P3DA 4MC2A 3NUJA 8HVPA 1E80E 5P0WA 5P69A 5P8SA 4X7IA 1W5WA 3Q70A 3JVYA 1B11A 1AIDA 3N4LA 2F3EA 4E43A 2JYSA 3PBDA 5AHBA 1D4HA 6FIVA 5P7UA 2QCIA 2R5QA 3VUCA 4DPFA 5P05A 4B1EA 3O9DA 3UFLA 1NPVA 1SIPA 2G24A 3GGVA 4DQHA 5SXNA 2QK5A 3SA5A 4Y5GA 4Y4ZA 1TSQA 2Q64A 1M0BA 5DQ2A 3O9AA 3TOGA 5BWYA 3VYFA 4DPIA 4J0TA 5P2ZA 4FL8A 2WEDA 4Y58A 3OQFA 1EEDP 5P0CA 5P6XA 3O99A 2SAMA 2P83A 5AH8A 5P86A 1PPME 3HDKA 4KB9A 3UF3A 3EL1A 5DQ4A 2G22A 2AVOA 2I4QA 2P3BB 1T7JA 2AZCA 3NWXA 1TCWA 1DIFA 3QRVA 4OBHA 2G94A 1AXAA 4Y4DA 4F75A 3UHLA 5P0IA 2QI5A 5P02A 5P1GA 3L5DA 4J0YA 1MTRA 4EP2A 3KA2A 5P47A 2FLEA 2Q54A 4RCEA 1SH9A 3RTMA 1W5VA 5OZDA 4YD7A 5P7WA 2HS2A 4Y5EA 4GB2A 4RVIA 1BXOA 2VIEA 4FCOA 4GIDA 5P6GA 4R8YA 3QVIA 1BXQA 5DR0A 3ZOVA 2AVQA 5P2RA 5P59A 3ZKNA 4Y3GA 2FGVA 2NMZA 1TQFA 5P76A 5P7ZA 1MSNA 1TCXA 1SMRA 5P1BA 4NJVA 4HZTA 5P2BA 4F73A 5P5NA 5P0UA 4Z2ZA 4GZFA 3L5EA 1HVRA 4Y5AA 4RYGA 5P71A 4Y6MA 1EPPE 3QRMA 5P4LA 1EBWA 3FX5A 3SKFA 2G27A 4PZWA 5F01A 5P75A 3CICA 2ER9E 5AHAA 4JECA 3UTLA 3LITA 2NXLA 4Y5NA 5P2XA 3NR6A 3OOTA 4RROA 3EKWA 5BRYA 2B7ZA 1AVFA 2ER0E 1YM2A 4B70A 1XDHA 5ENKA 1IDBA 5OZTA 3MXDA 3ECGA 2HIZA 3UPJA 3UDMA 4QJ2A 1HSGA 5J25A 1DW6C 4DQGA 1PSOE 3PWMA 4NJTA 4HDBA 4R93A 5P4BA 4BELA 5OYRA 3EC0A 1M4HA 3H5BA 3TOFA 1IDAA 5OZAA 4QJ8A 2WF4A 4CPUA 5P3SA 2QHYA 5P5YA 4RYCA 1UH8A 3G6ZA 3VFAA 5OZNA 5P2KA 3G72A 5P84A 5OZ4A 3SAAA 4JP9A 2BJUA 1EC3A 2ANLA 3TLHA 3PLDA 2B8VA 5OZ0A 1ODYA 1MIQA 2BKSA 5P0MA 3AUPA 3UDNA 1B6JA 3BUFA 3PMUA 5P7TA 2UXZA 2PC0A 2XYEA 5P17A 5P2UA 1HSHA 1G2KA 1ODWA 4I0ZA 4RRNA 1DP5A 5P2AA 2F3KA 5IVTA 5OYZA 3IXJA 1HIIA 1EC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VLB A;  5P09 A;  1KZK A;  4MC9 A;  2BPW A;  5HDX A;  4Q5M A;  5P62 A;  4NPU A;  3JW2 A;  5AH9 A;  5KR8 A;  3IVH A;  3O9F A;  4I0G A;  5P4W A;  4Y3T A;  4Y35 A;  5OZM A;  4QJ6 A;  5P1W A;  5P6J A;  2V0Z C;  5OZI A;  2F80 A;  5P4E A;  3SPK A;  1FQ5 A;  2G1N A;  1W51 A;  2ZJH A;  1G35 A;  4OBJ A;  3EL0 A;  4I1C A;  3O9B A;  2QZW A;  5P0E A;  5OZE A;  4FRS A;  3UQP A;  2BQV A;  4GJB A;  3PBZ A;  4Y4X A;  1XL2 A;  5AH6 A;  3BRA A;  3DV5 A;  5P61 A;  5P3P A;  5OZG A;  4ZIP A;  1G0V A;  3PSU A;  1HRN A;  3DK1 A;  2RKG A;  5P4K A;  3QPJ A;  3WB5 A;  5IVR A;  1SBG A;  2ZJN A;  4XXS A;  3LIX A;  4K9H A;  5P6K A;  3FNU A;  5P3N A;  4NPT A;  3T7P A;  2QMG A;  3IXK A;  3OOZ A;  2Q15 A;  4Y3Z A;  2V13 A;  4K4P A;  1OEW A;  4FSL A;  3Q6Y A;  5P11 A;  5P3X A;  5P19 A;  4LXK A;  1HVJ A;  2IKO A;  5P37 A;  1LZQ A;  3URJ A;  2H6T A;  2Q3K A;  5P8C A;  5P6Z A;  2F8G A;  1SGZ A;  1FQ6 A;  5P49 A;  1DPJ A;  4YCT A;  3ST5 A;  1D4L A;  3CYX A;  1UPJ A;  5P0R A;  2WJO A;  3QP0 A;  1Q9P A;  5P5W A;  2AOH A;  4ZPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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