5P25A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 123
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p25A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p25A01
1PFZA 3PB5A 4Y3MA 3BGCA 2ZHUA 2ZJLA 3NWQA 5SY3A 1A8GA 2QZWA 5HD0A 3ZKNA 4B1EA 3K5FA 1IZEA 5P7RA 5P20A 5HU1A 4COEA 1PSAA 4Y3ZA 1OHRA 1MRWA 4MC9A 9HVPA 3UDNA 5HVPA 2QMFA 4I0DA 3LPKA 3O9IA 1C6YA 2ZHVA 4Y57A 1T3RA 2QZXA 5ENMA 2AOCA 2VA5A 4M8XA 1AIDA 3FSMA 4K9HA 3B80A 3H0BA 3OQDA 4CPSA 3D1ZA 5P4HA 5OZ6A 4MC2A 2Q55A 5OZZA 4R95A 1LF2A 3KFNA 3SKFA 1LYBB 2QHYA 4NPTA 1UPJA 3AUPA 7UPJA 1HXWA 4RCDA 5P6UA 3SAAA 5OYZA 1FMBA 1SDTA 4RZ1A 5P0OA 2QP8A 3LZUA 1BBSA 5P3OA 4DJUA 4LC7A 2NMYA 5KQFA 4ZLSA 5P3KA 2ASIA 4I0HA 2AVMA 5P13A 4D88A 5P49A 5P4MA 4Z4XA 4BFDA 1N49A 3L38A 2QU2A 2QHCA 1B5FB 5P4UA 1W51A 5P5CA 4Y6MA 1D4JA 3APRE 5P8MA 1GNMA 5HCTA 5P39A 5P6VA 1A94A 3KN0A 5KR0A 2G20A 1MRXA 2I4WA 1Z1RA 5P6HA 1W5WA 2I4DA 5P2RA 4B77A 4L7GA 5JFPA 5P40A 5P6FA 3GI6A 1B6JA 2IENA 3OTYA 4ZPFA 1ZJ7A 5P1TA 5P5PA 5P4VA 1TW7A 3O9EA 5P34A 3GI4A 3OQKA 5P6OA 3KT2A 3EKVA 3DUYA 3K5GA 5PEPA 2AZ9A 2R9BA 3LHGA 5P2VA 2IS0A 1QRPE 3D91A 2ZJKA 4RGHA 1UH7A 3R0YA 4GB2A 4AA8A 3PWRA 1F7AA 4L7JA 3MXEA 2A1EA 4Y3FA 5P0IA 2WEDA 4Y3SA 4RRNA 4YA8A 2JJJA 3ST5A 3TH9A 4Y37A 5P4IA 2OHSA 3I25A 3ER3E 2ZGAA 5P5YA 4B00A 2G27A 1OEWA 4DQFA 3JVWA 3Q4BA 2R5QA 3OWNA 1QBTA 4I0JA 4EP3A 3OXWA 4Y5KA 5OZDA 4CMSA 4GJ9A 1DAZC 1GNNA 5P72A 3EM6A 4FIVA 2FGUA 2Q5KA 1K6CA 3F9QA 1A9MA 2R8NA 5P7AA 3L59A 2R3WA 5P41A 4CPRA 1NPVA 3EKTA 3ZOVA 5P8TA 3NU3A 5P0FA 2AOFA 5P75A 4EWOA 3OUDA 2Q64A 3FV3A 3I6OA 3VF7A 5I3WA 2J9JB 2FGVA 2FDPA 3PEPA 4K4PA 1BILA 3M9FA 4Y3WA 3NDWA 5P8QA 4H1EA 3OU1B 5UPJA 1NPAA 2AIDA 2AZBA 1NH0A 1IIQA 3HVGA 2VIYA 5P0KA 3GI5A 3VF3A 4ACUA 3BHEA 4DJWA 4H3IA 5P8IA 4Y44A 4LP9A 2O4PA 3SM1A 4OC6A 5HU0A 5P2QA 3HAWA 5OZHA 5P2OA 2Q15A 1XL2A 2FS4A 2V0ZC 1W6HA 3G72A 5P0TA 5P19A 4EJDA 1LYWA 5P8KA 4LXMA 4D83A 3PBZA 1IDBA 4ER4E 5AHAA 3LZSA 4BEKA 5P2KA 1PSNA 4Y3YA 2WF2A 4J1CA 2G1NA 3URJA 1RV7A 2VIZA 5P35A 3S7LA 5P6IA 3FNSA 3SA7A 5KOSA 3SPKA 2ZJJA 1HVKA 2RENA 3OQAA 5DR8A 5OZ4A 3S43B 5P6EA 3S85A 1IZIA 5P60A 2BB9A 2CENA 5AH7A 3L5EA 1EAGA 1SGZA 5P12A 3N4LA 3EL4A 3HVPA 5OZFA 4D8CA 2QMGA 1D4KA 5P51A 4DVFA 4TVHA 5P88A 1ZTZA 5P61A 5AHCA 1DIFA 5P7QA 1ENTE 3APPA 3PVKA 5OYVA 1LS5A 5P78A 4Y3GA 5P3UA 3N3IA 1XL5A 2WF3A 4ZSQA 2V10C 5OZ0A 3UQRA 5P68A 5IVTA 1D4SA 1SMEA 2NNKA 2HB4A 1BDQA 2B8LA 1B6KA 5P66A 5P4KA 1IZHA 2Q3KA 3SA8A 5P0QA 3L58A 4ER1E 4J1FA 5T4SA 5P3RA 1OD1A 1GVXA 1EPLE 3WZ6A 5P3CA 2IGYA 1W5VA 2ZJNA 5AH8A 2NR6A 5P7UA 1LEEA 5P1NA 2OAHA 2JJIA 1D4IA 4FRSA 4LL3A 4WY6A 5P5DA 5P6LA 5DR7A 3WSJA 5OYYA 5OZLA 3VLBA 3RTMA 2OHRA 5P2SA 5P16A 4OBFA 4KB9A 4B72A 3GGAA 4OBGA 1EC1A 4YBIA 1G2KA 5DQ4A 3QROA 4Y45A 4ER2E 3G6ZA 5P4PA 4I0ZA 3ZPSA 5P7GA 2ZJIA 6UPJA 5P4TA 5C9FA 1CZIE 3BVAA 1XS7D 3UDJA 4Y4BA 5P05A 1EC2A 2RKGA 4RYGA 1NPWA 3UDKA 4QGIA 5OZOA 1EPRE 5P3JA 5P3NA 1HVRA 3RTHA 1CPIA 4FRIA 3O9LB 5P0YA 4AUCA 4DJYA 4Y4XA 5P01A 4Y3NA 3RVIA 3FKTA 4YHQA 3VSWA 4KE0A 4YE3A 5P8JA 2BKTA 3NYGA 1HTEA 4YD5A 4HDBA 4J0VA 1MT7A 2Q63A 2NNPA 4YDGA 5P18A 1LZQA 3EL5A 1LYAA 5P2CA 5P29A 4L7HA 3IN3A 4YBFA 4I0IA 2V12C 1TSUA 1T7IA 4GIDA 4FE6A 5P5GA 2HS2A 4Y5MA 3VFBA 2HPEA 2HM1A 2AVSA 3NR6A 3O99A 4HDFA 4OBDA 5SXNA 2HB2A 3Q70A 5P5FA 1XN2A 4XX4A 3KMYA 2PC0A 5P5JA 1META 5HDZA 5P38A 4Y53A 1G0VA 3EL0A 2VIJA 5P6GA 4OD9A 3PWMA 5P22A 5P5UA 1HEGE 5P87A 4CPTA 5OYSA 1UH9A 4Y4EA 2BPXA 3BVBA 1ODXA 5COOA 3LZVA 3MSLA 3IXOA 3K4VA 5OZTA 5P23A 5OZPA 2BPVA 3DV5A 4J17A 5P43A 1K6VA 4LXAA 1KZKA 1WKRA 3VYEA 3ZPTA 1JLDA 5P4DA 2PWCA 3UDHA 5P1BA 3MXDA 2PH8A 2J9KA 4Y3QA 5P4RA 5P5KA 1GKTA 3HD8A 1HEFE 6APRE 1T7KA 4DPIA 4QJ9A 2V13A 1HXBA 5AGZA 2G94A 4HE9A 2FLEA 5P48A 5P8PA 1FQ7A 1XE6A 3KFRA 4EYRA 4B1DA 2IEOA 1BWAA 1M43A 4Y5LA 1ME6A 4EJKA 3RSXA 3NDUA 1MTRA 5P58A 2BPWA 4X2LA 1FFIC 1FQ5A 5P32A 3OY4A 1PROA 1LYBA 5P0ZA 4ZSRA 2WECA 4J1KA 5P2FA 2FNTA 1ZLFA 2OHKA 3TTPA 3VYFA 1DMPA 5J25A 5P0UA 3OHFA 1PSOE 2HS1A 1GNOA 5AH9A 3VV8A 3TL9A 5P4JA 3SA5A 2CEMA 5C9DA 3H5BA 4EQ0A 5P7ZA 5P02A 2B7ZA 3PGIA 5P3QA 5P2AA 5DR1A 1AM5A 4ACXA 3PLDA 5P8CA 4GJ8A 1FQ8A 5P15A 1F34A 3T11A 3QI1A 5P1LA 1SMRA 2AOEA 2G1OA 5P0SA 5P80A 4GJCA 4I0FA 3SO9A 5P0JA 5P2MA 3LINA 2P3AA 4U7QA 5P0WA 3D1YA 3BGBA 4L1AB 4Y5AA 3PSYA 3LZYA 3BUFA 1HOSA 4RVIA 5JG1A 3UDMA 2NPHA 1FQXA 1QDMA 3BUGA 4FSEA 2AOIA 5P1FA 3R0WA 2OF0A 5CONA 5P1KA 5OYTA 5P7SA 3KA2A 4QJ8A 1G35A 4OBKA 4R5NA 5OYQA 3U71A 3UPJA 3S2OA 3OAGB 2I4VA 1UH8A 3S56A 3QP0A 1BDRA 1W5XA 3DK1A 2P4JA 1WBKA 2XYEA 3URLA 5P8RA 5OZGA 5P1YA 2Q54A 4QLHA 5P6DA 3QRVA 4PYVA 3TPRA 2EWYA 3GGVA 4Y5PA 5P0GA 5P3SA 3Q6YA 2IDWA 5P3DA 3INHA 4WTUA 5BS4A 1W50A 1RNEA 4I1CA 2QI5A 2APRA 2QZKA 1MESA 5OZBA 5AH6A 1K6TA 2SAMA 2G69A 3Q5HA 2ZHTA 3CKPA 1OEXA 5P5VA 4FM7A 4DQCA 3HBOA 2AOHA 4U7VA 2P3BB 3D20A 2VA6A 5P5IA 5P83A 1FG6C 4M8YA 5P69A 2XYFA 5P3AA 4Y36A 5E5JA 1EPNE 3OXCA 5DR4A 2OHMA 3MSKA 1YM2A 3ZMGA 5AHBA 5P00A 2WEZA 5P0XA 2RKFA 4CPWA 1HBVA 5P1GA 2IQGA 4Y3XA 1Q9PA 2JXRA 4RCFA 5P1UA 1HVHA 1T6GA 3PBDA 5P6KA 4BELA 3SA4A 1YT9A 1MIQA 4I8WA 3PI5A 1SH9A 2AVQA 4L6BA 3WZ8A 1TSQA 3LIQA 3ZPUA 1PPKE 3IA9A 5P2JA 1YX9A 4NJUA 4QJ7A 3CYXA 1BXOA 3L5FA 5C9BA 5P70A 2WJOA 5F01A 2F80A 5P3WA 5P04A 2ZE1A 4EP2A 5P3TA 3OU4A 3CMSA 2VJ6A 4LAPA 3SFCA 1C70A 4Y50A 5JODA 1Z1HA 2XFKA 2WF0A 5P0NA 5P4QA 5KR8A 3S53A 4FLGA 4I10A 3O9GA 5P46A 1MPPA 5IE1A 1E80E 2FIVA 4D89A 4J0ZA 1XE5A 3LNKA 2ER0E 5E5KA 1W6IA 4RRSA 4FCOA 4Y5NA 1DPJA 5P1AA 4AZYA 2BBBA 5P7PA 4Q5MA 4GJ5A 2FXEA 4Y43A 2Z54A 1APVE 5P2HA 1KJ4A 5P56A 5P1SA 3OOZA 3SLZA 4Y38A 2H6TA 2JYSA 1APWE 1ZBGA 3SQFA 2FDEA 2P3DA 4GYEA 4GZFA 3LPJA 4B70A 5ER2E 2V00A 5EZXA 3EM4A 1A8KA 3NU6A 4A6BA 2JE4A 5DPZA 4CPXA 1AJXA 2G1YA 5P7YA 4F76A 6FIVA 5KR2A 2B7FA 3KDDA 5P6PA 3ZKIA 1HVCA 4AMTA 1MERA 4Y41A 4FGXA 5OZXA 1SGUA 5P1PA 5P8SA 2NXMA 3EKPA 2FNSA 3QBFA 5P1RA 5ISKA 2PSGA 5P5HA 3UFLA 5P45A 3VV6A 5P73A 1AVFA 3TOGA 1RQ9A 5P3LA 4NJSA 4F75A 3A2OA 4KE1A 3KDCA 1B11A 3URIA 5P1XA 3QBHA 2QD8A 7HVPA 5OZIA 5P6TA 4DQBA 4K4QA 5OYRA 2R38A 3SKGA 3KT5A 3I2LA 5P7XA 4H3GA 5IS4A 3T7QA 4B0QA 1ODWA 3GGUA 1MSNA 1EPOE 5P3BA 2WF1A 3O9FA 1E5OE 2BJUA 1ZPKA 1W5YA 1HPSA 2V16C 4Y58A 5P4LA 4CPUA 5P2WA 3PLLA 2QNQA 4OBHA 5P3VA 4OC6B 5COKA 1AAQA 1FLHA 5P03A 1ZSRA 2VS2A 2P83A 2ER6E 2R43A 2VNNA 2AQUA 3KDBA 5P7HA 4EPJA 3QN8A 1LYWB 5P6ZA 5P28A 1T7JA 1Z8CA 3O9LA 3HLOA 4RYCA 5P6SA 5P0EA 1MT8A 3PCWA 1MSMA 2QCIA 1FEJC 5P2DA 4XX3A 5OYUA 3PJ6A 5P44A 2AZ8A 4YCYA 2PYNA 3OADA 3UFNA 2UPJA 1QBSA 4B78A 1G6LA 4TRZA 4FSLA 2BPYA 1HSIA 1VIJA 4WY1A 2AVVA 2I0DA 4PZWA 4GMIA 2ZDZA 2FXDA 5P8GA 3VFAA 2G24A 5P4OA 1SIPA 3PSUA 1IDAA 3BXSA 1PPME 3EMYA 5OZQA 3NDTA 4FRKA 5P6MA 2ZHSA 5ENKA 4ZEAA 5OZVA 2AOGA 5P0AA 3RSVA 3EKYA 2ZJHA 3OQ7A 5P3EA 5P85A 1HVSA 3LIZA 3L3AA 5P5QA 3OXVA 5P8UA 4J5JA 5P7VA 4DUSA 4YCTA 4NPUA 5P53A 3KYRA 3NLSA 2XFIA 4EXHA 5P55A 4DQHA 5P7BA 3PI0A 4Y4DA 2VNMA 2Q11A 5P1ZA 3D3TA 4Q1WA 4Y56A 3PM4A 4EJ8A 4JP9A 4IVTA 4Q1XA 4XKXA 2WL0A 3EXOA 2H6SA 3UQWA 3O9DA 4H3JA 1B6PA 1QBRA 1HTFA 2G22A 1A30A 3OTSA 1EBKC 3ZKSA 3CIDA 4HVPA 3AIDA 1MVPA 5P5XA 1YG9A 2MIPA 5P0PA 3K5CA 4LHHA 4ZSPA 3LITA 4RCEA 1GVTA 5HE4A 4Y3TA 5P31A 4Y4AA 4MC1A 5CLMA 2QD7A 5DQ1A 4ZE6A 4DQGA 4FM8A 1YTIA 3VLAA 1MEUA 2F3FA 3HZCA 3VEUA 3FIVA 5P50A 1HIIA 4OBZB 2PH6A 3S54A 3IXJA 2WEAA 2ZHRA 3EKXA 2F3KA 3R1GB 5HDXA 4EQJA 4DPFA 5DR0A 1FQ4A 2O4LA 1EPME 1FMUA 5P27A 4Y5EA 2ZJMA 2QNNA 2FDDA 4HZTA 5P65A 4YCKA 1IVQA 5P5BA 5OYXA 3HDKA 1KJHA 2QU3A 5P30A 5P8NA 1EC3A 4XXSA 1XDHA 5P4GA 3ECGA 2AZCA 5P6RA 5P86A 1LYAB 4HA5A 1B6MA 1U8GA 5OZ2A 4RVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PFZ A;  3PB5 A;  4Y3M A;  3BGC A;  2ZHU A;  2ZJL A;  3NWQ A;  5SY3 A;  1A8G A;  2QZW A;  5HD0 A;  3ZKN A;  4B1E A;  3K5F A;  1IZE A;  5P7R A;  5P20 A;  5HU1 A;  4COE A;  1PSA A;  4Y3Z A;  1OHR A;  1MRW A;  4MC9 A;  9HVP A;  3UDN A;  5HVP A;  2QMF A;  4I0D A;  3LPK A;  3O9I A;  1C6Y A;  2ZHV A;  4Y57 A;  1T3R A;  2QZX A;  5ENM A;  2AOC A;  2VA5 A;  4M8X A;  1AID A;  3FSM A;  4K9H A;  3B80 A;  3H0B A;  3OQD A;  4CPS A;  3D1Z A;  5P4H A;  5OZ6 A;  4MC2 A;  2Q55 A;  5OZZ A;  4R95 A;  1LF2 A;  3KFN A;  3SKF A;  1LYB B;  2QHY A;  4NPT A;  1UPJ A;  3AUP A;  7UPJ A;  1HXW A;  4RCD A;  5P6U A;  3SAA A;  5OYZ A;  1FMB A;  1SDT A;  4RZ1 A;  5P0O A;  2QP8 A;  3LZU A;  1BBS A;  5P3O A;  4DJU A;  4LC7 A;  2NMY A;  5KQF A;  4ZLS A;  5P3K A;  2ASI A;  4I0H A;  2AVM A;  5P13 A;  4D88 A;  5P49 A;  5P4M A;  4Z4X A;  4BFD A;  1N49 A;  3L38 A;  2QU2 A;  2QHC A;  1B5F B;  5P4U A;  1W51 A;  5P5C A;  4Y6M A;  1D4J A;  3APR E;  5P8M A;  1GNM A;  5HCT A;  5P39 A;  5P6V A;  1A94 A;  3KN0 A;  5KR0 A;  2G20 A;  1MRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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